单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-02-07	Immune microenvironment spatial landscapes of tertiary lymphoid structures in gastric cancer 2025-Feb-04, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-03889-3 PMID:39901202	研究论文	本研究探讨了胃癌中三级淋巴结构（TLS）对免疫微环境的影响及其预后价值	通过多光谱荧光成像和单细胞转录组分析，揭示了TLS在胃癌免疫微环境中的空间分布和细胞间相互作用	样本量相对较小，特别是单细胞转录组分析仅涉及12个样本	研究胃癌中TLS对免疫微环境的影响及其预后价值	59名接受免疫治疗的胃癌患者和110名胃癌患者的免疫细胞浸润情况	数字病理学	胃癌	多光谱荧光成像、单细胞RNA测序、空间转录组分析	NA	图像、转录组数据	59名接受免疫治疗的胃癌患者和110名胃癌患者的免疫细胞浸润情况，单细胞转录组分析涉及12个样本
642	2025-02-06	O-GlcNAcylation attenuates ischemia-reperfusion-induced pulmonary epithelial cell ferroptosis via the Nrf2/G6PDH pathway 2025-Feb-04, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02126-w PMID:39901237	研究论文	本研究探讨了O-GlcNAcylation通过Nrf2/G6PDH通路减少肺上皮细胞铁死亡的作用	揭示了O-GlcNAcylation通过Nrf2/G6PDH通路减少铁死亡的新机制	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床应用的直接证据尚需进一步验证	探索O-GlcNAcylation在减少肺缺血再灌注损伤引起的铁死亡中的作用	肺上皮细胞	生物医学	肺损伤	单细胞测序、蛋白质组学分析、染色质免疫沉淀（ChIP）实验、双荧光素酶报告实验	Ogt1条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征（ALI/ARDS）患者的肺上皮细胞、Ogt1条件性敲除小鼠、缺氧/复氧（H/R）损伤诱导的TC-1细胞
643	2025-02-07	Cotton2035: From genomics research to optimized breeding 2025-Feb-03, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2025.01.010 PMID:39844464	研究论文	本文探讨了从棉花基因组学研究到优化育种的进展，强调了基因组信息存储和表达的时空调控机制的重要性	提出了棉花ENCODE项目，旨在系统解码棉花基因组中的功能元件和调控网络，并强调了单细胞测序和高分辨率时空组学技术的重要性	未具体提及研究的局限性	实现从棉花基因组学到育种的转化（G2B），以优化棉花育种策略	棉花（Gossypium）的野生和栽培品种	基因组学	NA	单细胞测序、高分辨率时空组学、基因组编辑工具、人工智能	NA	基因组数据、多组学数据	多种棉花种群的重测序数据
644	2025-02-07	Single-cell sequencing provides clues about the developmental genetic basis of evolutionary adaptations in syngnathid fishes 2025-Feb-03, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97764 PMID:39898521	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了海马、海龙和海马鱼等鱼类进化适应性的发育遗传基础	首次创建了海湾海马鱼胚胎的单细胞RNA测序图谱，揭示了其头部形状、无齿、皮肤盔甲和雄性怀孕等特征的发育遗传机制	研究仅限于海湾海马鱼，未来需要跨多个物种和发育阶段的研究来全面理解这些鱼类的进化创新	探索海马、海龙和海马鱼等鱼类进化适应性的发育遗传基础	海湾海马鱼胚胎	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	海湾海马鱼胚胎
645	2025-02-07	Development of a prognostic model based on four genes related to exhausted CD8+ T cell in triple-negative breast cancer patients: a comprehensive analysis integrating scRNA-seq and bulk RNA-seq 2025-Feb-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01812-z PMID:39899181	研究论文	本研究旨在开发基于与耗竭CD8+ T细胞相关的四个基因的三阴性乳腺癌（TNBC）预后模型，并探讨其临床和免疫相关性	通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，筛选出与TNBC患者生存显著相关的四个基因，构建了一个新的预后模型	研究主要依赖于公开数据集，缺乏独立的外部验证队列	开发一个基于耗竭CD8+ T细胞相关基因的TNBC预后模型，并评估其临床和免疫相关性	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	TCGA队列和外部队列的TNBC患者数据
646	2025-02-07	Deep learning powered single-cell clustering framework with enhanced accuracy and stability 2025-Feb-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87672-7 PMID:39900656	研究论文	本文提出了一种名为scG-cluster的深度结构聚类方法，旨在提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和稳定性	scG-cluster引入了双拓扑邻接图和双拓扑自适应图卷积网络（TAGCN），通过注意力机制和残差连接来增强图表示并防止过平滑现象	尽管scG-cluster在多个数据集上表现出色，但其在更大规模数据集上的可扩展性仍需进一步验证	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和稳定性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图卷积网络（GCN），双拓扑自适应图卷积网络（TAGCN）	单细胞RNA测序数据	六个不同的scRNA-seq数据集
647	2025-02-07	Single-cell landscape of dynamic changes in CD8+ T cells, CD4+ T cells and exhausted T cells in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88377-7 PMID:39900964	研究论文	本研究通过单细胞测序数据探讨了T细胞相关基因在肝细胞癌预后中的价值	使用hdWGCNA算法识别与CD4 T细胞、CD8 T细胞和耗竭T细胞相关的基因模块，并揭示了耗竭T细胞中信号通路活性的变化	样本量较小，仅包括12例肝细胞癌单细胞测序数据	探讨T细胞相关基因在肝细胞癌预后中的价值	肝细胞癌患者中的CD8+ T细胞、CD4+ T细胞和耗竭T细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序、hdWGCNA、AUCell算法、xCELL、TIMER、QUANTISEQ、CIBERSORT、CIBERSORT-abs、免疫组化、实时PCR	NA	单细胞测序数据	12例肝细胞癌单细胞测序数据
648	2025-02-07	Optimized gene transduction in human lung organoids: A high-efficiency method for advanced research applications 2025-Feb-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07461-w PMID:39900972	研究论文	本文介绍了一种优化的人类肺类器官基因转导方法，提高了转导效率，为肺研究和疾病模型研究提供了有力工具	通过物理破坏类器官增加表面积，并结合旋转接种法施加剪切力，显著提高了慢病毒载体在人类iPSC来源肺类器官中的转导效率	NA	优化人类iPSC来源肺类器官的基因转导方法，以研究肺发育和疾病模型中的特定细胞和分子机制	人类iPSC来源的肺类器官	生物医学工程	NA	慢病毒载体转导、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因和蛋白质表达数据	NA
649	2025-02-07	Exploring biomarkers and molecular mechanisms of Type 2 diabetes mellitus promotes colorectal cancer progression based on transcriptomics 2025-Feb-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88520-4 PMID:39901036	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病（T2DM）促进结直肠癌（CRC）进展的潜在生物标志物和分子机制	揭示了T2DM促进CRC进展的O-连接糖基化相关机制，并构建了T2DM-CRC共病的诊断模型，同时鉴定了COX11作为与T2DM促进CRC进展密切相关的潜在免疫相关分子标志物	研究主要基于转录组学数据，缺乏实验验证，且样本量有限	探索T2DM促进CRC进展的分子机制和潜在生物标志物	结直肠癌患者，特别是伴有或不伴有T2DM的患者	生物信息学	结直肠癌	转录组学分析，基因本体分析，基因集富集分析，Lasso回归模型，免疫浸润算法，单细胞转录分析，分子对接	Lasso逻辑回归模型	转录组数据	结直肠癌患者的肿瘤组织样本
650	2025-02-07	SELP+ TEC:CD8+ T cell crosstalk associates with improved radiotherapy efficacy in cervical cancer 2025-Feb-03, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02244-7 PMID:39901166	研究论文	本研究探讨了P-选择素（SELP）在宫颈癌（CC）肿瘤内皮细胞中的表达及其与放疗效果的关系	首次揭示了SELP在肿瘤内皮细胞中的表达与CD8 T细胞通过ACKR1-CCL5轴的相互作用，从而增强放疗效果	研究样本量有限，且机制研究仍需进一步验证	探讨SELP在宫颈癌中的表达及其对放疗效果的影响	205名接受放疗的宫颈癌患者的肿瘤组织样本，42,159个细胞的单细胞RNA测序数据，以及187名接受放疗的患者的批量RNA测序数据	肿瘤免疫学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	205名宫颈癌患者的肿瘤组织样本，42,159个细胞的单细胞RNA测序数据，187名患者的批量RNA测序数据
651	2025-02-07	EMT-driven plasticity prospectively increases cell-cell variability to promote therapeutic adaptation in breast cancer 2025-Feb-03, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03637-w PMID:39901189	研究论文	本文研究了上皮-间质转化（EMT）驱动的细胞可塑性在三阴性乳腺癌（TNBC）治疗适应中的作用	首次揭示了EMT驱动的可塑性如何增加细胞间表型多样性，并在化疗前产生罕见的预适应状态	研究仅基于体外模型，未涉及体内环境	探讨EMT驱动的可塑性在TNBC治疗适应中的作用	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	两个TNBC体外模型
652	2025-02-07	High rates of placental inflammation among samples collected by the Multi-Omics for Mothers and Infants consortium 2025-Feb, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2024.04.034 PMID:38697337	研究论文	本文通过分析多组学母亲与婴儿联盟收集的胎盘样本，探讨了胎盘炎症与早产之间的关系	揭示了发展中国家胎盘炎症与早产之间的联系，并发现了地理和人群基础上的差异	样本来源仅限于五个特定国家，可能无法完全代表全球情况	分析早产和足月产胎盘样本的形态和基因表达，以改善出生结果	166例单胎早产和175例足月产的胎盘样本	数字病理学	NA	RNA纯化、批量转录组学、单细胞RNA测序	NA	组织样本、基因表达数据	341例胎盘样本（166例早产，175例足月产）
653	2025-02-07	A Study on the Inflammatory Response of the Brain in Neurosyphilis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406971 PMID:39574316	研究论文	本研究通过蛋白质组学和单细胞转录组学的整合分析，揭示了神经梅毒（NS）中由梅毒螺旋体（Tp）引起的中枢神经系统（CNS）损伤的关键炎症通路	首次通过整合蛋白质组学和单细胞转录组学分析，确定了Toll-like/NF-κB信号通路在Tp引起的CNS损伤中的关键作用，并在体外NS脑类器官模型中验证了这一发现	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的环境和反应	揭示Tp引起的NS中炎症介导的脑损伤机制，为临床治疗提供新思路	神经梅毒（NS）患者的中枢神经系统（CNS）和单核细胞来源的巨噬细胞	生物医学	神经梅毒	蛋白质组学、单细胞转录组学	体外NS脑类器官模型	蛋白质组数据、转录组数据	NA
654	2025-02-07	Oxygen-dependent alternative mRNA splicing and a cone-specific motor protein revealed by single-cell RNA sequencing in hypoxic retinas 2025-Feb, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110190 PMID:39638278	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了缺氧条件下小鼠视网膜中特定细胞类型的反应，揭示了氧依赖的mRNA选择性剪接和锥体特异性运动蛋白Kif4的表达	首次在缺氧视网膜中发现了锥体特异性运动蛋白Kif4的强烈诱导表达，并揭示了RNA结合蛋白Rbm3和Cirbp在缺氧条件下的异构体转换	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类视网膜的缺氧反应	理解特定视网膜细胞类型在缺氧条件下的反应机制	小鼠视网膜细胞	单细胞RNA测序	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠视网膜细胞
655	2025-02-07	CRISPR-Cas9 screening identifies the role of FER as a tumor suppressor 2025-Feb, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6374 PMID:39648412	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9筛选技术鉴定了FER作为肿瘤抑制基因的作用，并揭示了其在肿瘤发生和进展中的关键角色	首次通过体内全基因组CRISPR-Cas9筛选技术鉴定FER为肿瘤抑制基因，并揭示了其在肿瘤发生和进展中的具体机制	研究主要基于实验模型，尚未在临床样本中广泛验证	系统识别肿瘤抑制基因以增进对肿瘤发生的理解，并开发早期诊断和疾病进展缓解策略	FER基因及其在肿瘤发生和进展中的作用	肿瘤生物学	肿瘤	CRISPR-Cas9筛选, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
656	2025-02-07	Heterogeneity of tertiary lymphoid structures predicts the response to neoadjuvant therapy and immune microenvironment characteristics in triple-negative breast cancer 2025-Feb, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02917-y PMID:39658606	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中三级淋巴结构（TLSs）对新辅助治疗（NAT）反应和免疫微环境特征的预测作用	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色（mIF）和放射组学技术，评估TNBC患者NAT前后的TLSs和肿瘤微环境（TME）变化，并开发了预测TLS状态和NAT疗效的影像生物标志物评分系统	CD8+T细胞水平未能有效预测NAT反应，研究样本量未明确说明	探讨TLSs在TNBC中对NAT反应和免疫微环境特征的预测作用	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色（mIF）、放射组学	NA	RNA测序数据、影像数据	NA
657	2025-02-07	TEAD1-Mediated Trans-Differentiation of Vascular Smooth Muscle Cells into Fibroblast-Like Cells Contributes to the Stabilization and Repair of Disrupted Atherosclerotic Plaques 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407408 PMID:39665254	研究论文	本研究揭示了TEAD1在促进血管平滑肌细胞（VSMCs）向成纤维样细胞转分化中的关键作用，以及这一过程在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的重要性	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和VSMC谱系追踪研究，揭示了TEAD1在VSMCs向成纤维样细胞转分化中的关键作用，并阐明了其通过Wnt4/β-Catenin通路促进斑块稳定性和修复的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨TEAD1在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的作用	血管平滑肌细胞（VSMCs）	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），谱系追踪	NA	基因表达数据	小鼠模型
658	2025-02-07	Single-Nucleus and Spatial Transcriptome Profiling Delineates the Multicellular Ecosystem in Hepatocellular Carcinoma After Hepatic Arterial Infusion Chemotherapy 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405749 PMID:39686623	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，描绘了肝动脉灌注化疗（HAIC）后肝细胞癌（HCC）的多细胞生态系统	首次整合单核RNA测序和空间转录组学技术，详细描述了HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统，并揭示了CD4 T、CD20 B和树突状细胞亚型的增加及其在细胞通讯中的作用	研究样本量有限，且未涉及长期随访数据	研究HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单核RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	治疗前和治疗后的HCC肿瘤样本
659	2025-02-07	Transcriptome size matters for single-cell RNA-seq normalization and bulk deconvolution 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56623-1 PMID:39893178	研究论文	本文介绍了ReDeconv算法，该算法将转录组大小纳入单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据标准化和批量RNA测序（bulk RNA-seq）细胞去卷积中	ReDeconv算法引入了基于线性化转录组大小的计数（CLTS）标准化方法，纠正了标准每10K计数标准化通常误识别的差异表达基因，并通过正交验证确认	NA	提高单细胞RNA测序数据标准化和批量RNA测序细胞去卷积的准确性	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	ReDeconv算法	RNA测序数据	合成数据集和真实数据集
660	2025-02-07	Monocyte-macrophage dynamics as key in disparate lung and peripheral immune responses in severe anti-melanoma differentiation-associated gene 5-positive dermatomyositis-related interstitial lung disease 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70226 PMID:39902678	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了抗MDA5阳性皮肌炎相关快速进展性间质性肺病（RP-ILD）患者外周和肺部免疫失调的机制	揭示了单核-巨噬细胞动态在抗MDA5阳性皮肌炎相关RP-ILD免疫病理中的关键作用，并提出了针对单核细胞招募和巨噬细胞激活的潜在治疗策略	样本量较小，仅涉及五名患者	深入了解抗MDA5阳性皮肌炎相关RP-ILD患者外周和肺部免疫失调的机制，探索潜在治疗靶点	抗MDA5阳性皮肌炎相关RP-ILD患者	免疫学	间质性肺病	单细胞RNA测序，Luminex检测，流式细胞术	NA	RNA序列数据	五名患者的支气管肺泡灌洗液和配对的外周血单核细胞