单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2025-02-11	TAp63γ is the primary isoform of TP63 for tumor suppression but not development 2025-Feb-06, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02326-x PMID:39915463	研究论文	本文探讨了TP63基因的不同亚型在肿瘤抑制和发育中的作用，特别是TAp63γ的功能	首次通过CRISPR-cas9技术生成p63γ缺陷小鼠模型，揭示了TAp63γ在肿瘤抑制中的主要作用，而非发育	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探索TP63基因不同亚型在肿瘤抑制和发育中的具体功能	TP63基因的不同亚型，特别是TAp63γ	分子生物学	肿瘤	CRISPR-cas9, 单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	p63γ缺陷小鼠
622	2025-02-11	MiR-18a-LncRNA NONRATG-022419 pairs targeted PRG-1 regulates diabetic induced cognitive impairment by regulating NGF\BDNF-Trkb signaling pathway 2025-Feb-06, Proteome science IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12953-025-00239-2 PMID:39915794	研究论文	本研究探讨了糖尿病诱导的认知功能障碍（DCD）中PRG-1的分子机制和细胞异质性，以及其在突触可塑性调节中的作用	揭示了PRG-1通过NGF/BDNF-Trkb信号通路在DCD中的突触可塑性调节作用，并发现了miR-18a-LncRNA NONRATG-022419对PRG-1的靶向调控	研究主要基于体外高糖诱导的HT22细胞损伤模型，尚未在体内模型中验证	探讨糖尿病诱导的认知功能障碍（DCD）的分子机制和细胞异质性，以及PRG-1在该过程中的功能作用	海马细胞、HT22细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA转录组分析	NA	RNA测序数据	NA
623	2025-02-11	Retinoic acid antagonizes estrogen signaling to maintain adult uterine cell fate 2025-Feb-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416089122 PMID:39874292	研究论文	本研究通过遗传学证据揭示了视黄酸（RA）和雌激素信号在维持成年小鼠子宫上皮细胞命运中的拮抗作用	首次提供了RA和雌激素信号在维持成年子宫上皮细胞命运中拮抗作用的遗传学证据，并揭示了RA信号缺失导致的细胞命运转变和免疫细胞浸润	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨RA和雌激素信号在维持成年子宫上皮细胞命运中的作用	小鼠子宫上皮细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三种相关小鼠遗传模型
624	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of human blood eosinophils reveals plasticity and absence of canonical cell subsets 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16213 PMID:38934897	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
625	2025-02-09	Massively parallel flow-cytometry-based screening of hematopoietic lineage cell populations from up to 25 donors simultaneously 2025-Feb, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.014 PMID:39608688	研究论文	本研究旨在开发一种方法，允许对造血来源细胞表面标记进行高维度和技术统一的筛选	该方法能够在技术上统一的方式下筛选数百万细胞上的数百个标记，从而识别和表征稀有细胞群体的变化	虽然该方法能够处理大量细胞，但对于极低丰度的细胞群体，仍可能遗漏某些调控异常	开发一种高维度且技术统一的细胞表面标记筛选方法，以识别和表征稀有细胞群体的变化	造血来源的细胞群体	生物信息学	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序（RNAseq）	机器学习算法	细胞表面标记数据	25个供体的细胞样本
626	2025-02-08	A novel protein encoded by porcine circANKRD17 activates the PPAR pathway to regulate intramuscular fat metabolism 2025-Feb-05, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-025-01153-5 PMID:39905551	研究论文	本研究通过circRNA-seq和Ribo-seq数据筛选出具有编码潜力的circRNA候选物，发现circANKRD17在Lantang猪的长背肌中显著升高，并通过单细胞测序和脂质组学分析揭示了其在脂质代谢中的调控机制	首次发现circANKRD17具有开放阅读框并能翻译成一种新型571氨基酸蛋白质，该蛋白质通过PPAR途径调控脂质代谢	研究主要集中于Lantang和Landrace猪品种，未涉及其他猪品种或物种	探索circRNA在脂质代谢中的调控机制，特别是与肌肉内脂肪含量相关的代谢特性	Lantang和Landrace猪的长背肌细胞	分子生物学	NA	circRNA-seq, Ribo-seq, 单细胞测序, 脂质组学分析	NA	RNA序列数据, 单细胞数据, 脂质组数据	18个circRNA候选物, 477个差异表达基因
627	2025-02-08	Early downmodulation of tumor glycolysis predicts response to fasting-mimicking diet in triple-negative breast cancer patients 2025-Feb-04, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2024.11.004 PMID:39694040	研究论文	本研究探讨了周期性模拟禁食饮食（FMD）在三阴性乳腺癌（TNBC）患者中的抗肿瘤活性和疗效，特别是在与术前化疗结合使用时	首次在早期TNBC患者中展示了严重热量限制的周期性FMD与术前化疗结合使用的高病理完全缓解率（pCR）和长期临床结果	研究样本量较小（30名患者），需要更大规模的临床试验来验证结果	评估周期性FMD在早期TNBC患者中的疗效，并验证肿瘤内糖酵解的早期变化作为营养限制临床益处的预测因子	早期三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	30名早期TNBC患者
628	2025-02-08	CD4+ Effector Memory T Cells Related Marker Gene Signatures in Osteoporosis and Aging: Insight From Single-Cell Analysis and Mendelian Randomization 2025-Feb-04, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073353509241205065221 PMID:39917921	研究论文	本研究通过单细胞分析和孟德尔随机化方法，探讨了骨质疏松症（OP）与衰老之间的关系及其共享的分子机制	首次通过单细胞数据整合和孟德尔随机化分析，识别出CD4+效应记忆T细胞（CD4+ TEM）在OP和衰老样本中的核心作用，并揭示了KLRB1、NR4A2和S100A4基因与OP的因果关系	研究主要基于单细胞数据和动物模型，仍需进一步临床验证	探讨骨质疏松症与衰老之间的关系及其分子机制	骨质疏松症患者、衰老个体和健康对照者的外周血单细胞数据	生物信息学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、RT-qPCR	NA	单细胞RNA测序数据	骨质疏松症患者、衰老个体和健康对照者的外周血样本
629	2025-02-07	The use of deidentified organ donor testes for research 2025-Feb-06, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70008 PMID:39912553	综述	本文讨论了使用去识别化的人类睾丸捐赠组织进行基础科学研究的情况	强调了使用去识别化的人类睾丸捐赠组织进行研究的价值，特别是在人类睾丸发育和功能研究中的独特优势	使用去识别化的人类睾丸捐赠组织可能面临伦理和获取难度的问题	探讨人类睾丸发育和功能，以改进不育症的治疗和诊断	去识别化的人类睾丸捐赠组织	生殖医学	不育症	单细胞转录组和表观基因组分析	NA	组织样本	NA
630	2025-02-07	Loss of 18q Alters TGFβ Signalling Affecting Anteroposterior Neuroectodermal Fate in Human Embryonic Stem Cells 2025-Feb-05, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13813 PMID:39908990	研究论文	本文研究了染色体18q缺失如何影响人类胚胎干细胞（hESCs）向视网膜祖细胞分化的能力，并探讨了TGFβ信号通路在此过程中的作用	首次揭示了18q缺失通过影响TGFβ信号通路，导致hESCs在前后神经外胚层命运决定中的异常	研究仅限于实验室条件下的hESCs，未涉及体内环境或临床样本	探究染色体异常对hESCs分化能力的影响，特别是18q缺失对神经外胚层命运决定的作用	人类胚胎干细胞（hESCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具有复杂核型的hESCs细胞系
631	2025-02-07	SCovid v2.0: a comprehensive resource to decipher the molecular characteristics across tissues in COVID-19 and other human coronaviruses 2025-Feb-04, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.01933-24 PMID:39714149	研究论文	SCovid v2.0是一个更新的数据库，旨在通过转录组测序帮助研究人员揭示2019冠状病毒病（COVID-19）在不同组织中的分子特征	SCovid v2.0相较于其前身，增加了全面的数据、实用的功能，并重建了分析流程，包括更多的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，以及与其他人类冠状病毒的比较分析	NA	揭示COVID-19在不同组织中的分子特征，并进行与其他人类冠状病毒的比较分析	COVID-19及其他人类冠状病毒的分子特征	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	3,544,360个细胞来自45个单细胞RNA测序数据集，涵盖15个组织的789个样本；1,688个样本来自12个组织的62个COVID-19批量RNA测序数据；7个与其他人类冠状病毒相关的批量RNA测序数据集
632	2025-02-07	Development of a prognostic model based on four genes related to exhausted CD8+ T cell in triple-negative breast cancer patients: a comprehensive analysis integrating scRNA-seq and bulk RNA-seq 2025-Feb-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01812-z PMID:39899181	研究论文	本研究旨在开发基于与耗竭CD8+ T细胞相关的四个基因的三阴性乳腺癌（TNBC）预后模型，并探讨其临床和免疫相关性	通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，筛选出与TNBC患者生存显著相关的四个基因，构建了一个新的预后模型	研究主要依赖于公开数据集，缺乏独立的外部验证队列	开发一个基于耗竭CD8+ T细胞相关基因的TNBC预后模型，并评估其临床和免疫相关性	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	TCGA队列和外部队列的TNBC患者数据
633	2025-02-07	EMT-driven plasticity prospectively increases cell-cell variability to promote therapeutic adaptation in breast cancer 2025-Feb-03, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03637-w PMID:39901189	研究论文	本文研究了上皮-间质转化（EMT）驱动的细胞可塑性在三阴性乳腺癌（TNBC）治疗适应中的作用	首次揭示了EMT驱动的可塑性如何增加细胞间表型多样性，并在化疗前产生罕见的预适应状态	研究仅基于体外模型，未涉及体内环境	探讨EMT驱动的可塑性在TNBC治疗适应中的作用	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	两个TNBC体外模型
634	2025-02-07	Oxygen-dependent alternative mRNA splicing and a cone-specific motor protein revealed by single-cell RNA sequencing in hypoxic retinas 2025-Feb, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110190 PMID:39638278	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了缺氧条件下小鼠视网膜中特定细胞类型的反应，揭示了氧依赖的mRNA选择性剪接和锥体特异性运动蛋白Kif4的表达	首次在缺氧视网膜中发现了锥体特异性运动蛋白Kif4的强烈诱导表达，并揭示了RNA结合蛋白Rbm3和Cirbp在缺氧条件下的异构体转换	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类视网膜的缺氧反应	理解特定视网膜细胞类型在缺氧条件下的反应机制	小鼠视网膜细胞	单细胞RNA测序	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠视网膜细胞
635	2025-02-07	Heterogeneity of tertiary lymphoid structures predicts the response to neoadjuvant therapy and immune microenvironment characteristics in triple-negative breast cancer 2025-Feb, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02917-y PMID:39658606	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中三级淋巴结构（TLSs）对新辅助治疗（NAT）反应和免疫微环境特征的预测作用	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色（mIF）和放射组学技术，评估TNBC患者NAT前后的TLSs和肿瘤微环境（TME）变化，并开发了预测TLS状态和NAT疗效的影像生物标志物评分系统	CD8+T细胞水平未能有效预测NAT反应，研究样本量未明确说明	探讨TLSs在TNBC中对NAT反应和免疫微环境特征的预测作用	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色（mIF）、放射组学	NA	RNA测序数据、影像数据	NA
636	2025-02-07	TEAD1-Mediated Trans-Differentiation of Vascular Smooth Muscle Cells into Fibroblast-Like Cells Contributes to the Stabilization and Repair of Disrupted Atherosclerotic Plaques 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407408 PMID:39665254	研究论文	本研究揭示了TEAD1在促进血管平滑肌细胞（VSMCs）向成纤维样细胞转分化中的关键作用，以及这一过程在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的重要性	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和VSMC谱系追踪研究，揭示了TEAD1在VSMCs向成纤维样细胞转分化中的关键作用，并阐明了其通过Wnt4/β-Catenin通路促进斑块稳定性和修复的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨TEAD1在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的作用	血管平滑肌细胞（VSMCs）	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），谱系追踪	NA	基因表达数据	小鼠模型
637	2025-02-07	Single-Nucleus and Spatial Transcriptome Profiling Delineates the Multicellular Ecosystem in Hepatocellular Carcinoma After Hepatic Arterial Infusion Chemotherapy 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405749 PMID:39686623	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，描绘了肝动脉灌注化疗（HAIC）后肝细胞癌（HCC）的多细胞生态系统	首次整合单核RNA测序和空间转录组学技术，详细描述了HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统，并揭示了CD4 T、CD20 B和树突状细胞亚型的增加及其在细胞通讯中的作用	研究样本量有限，且未涉及长期随访数据	研究HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单核RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	治疗前和治疗后的HCC肿瘤样本
638	2025-02-06	Single-cell transcriptomics and metabolomic analysis reveal adenosine-derived metabolites over-representation in pseudohypoxic neuroendocrine tumours 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70159 PMID:39902723	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
639	2025-02-06	BRD4 Induces Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression via the Wnt/β-catenin Pathway 2025-Feb-04, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11043-0 PMID:39903433	研究论文	本研究探讨了BRD4在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的作用及其分子机制	首次全面探索BRD4在ESCC中的功能，并揭示了其通过Wnt/β-catenin信号通路促进ESCC进展的机制	未提及具体样本量，且未讨论BRD4在其他类型癌症中的潜在作用	研究BRD4在ESCC中的作用及其分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	癌症研究	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
640	2025-02-06	Single-cell omics in inflammatory bowel disease: recent insights and future clinical applications 2025-Feb-04, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334165 PMID:39904604	综述	本文综述了单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力	单细胞组学技术克服了传统批量分析的局限性，揭示了多细胞组织的复杂性，并发现了与疾病活动或并发症发展相关的新细胞类型和功能	尽管单细胞组学技术在IBD研究中显示出巨大潜力，但其在临床实践中的应用仍处于早期阶段，存在一定的局限性	探讨单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力	溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	单细胞组学数据	NA