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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 621 | 2025-10-07 |
Deterministic genetic barcoding for multiplexed behavioral and single-cell transcriptomic studies
2025-Feb-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88334
PMID:39908076
|
研究论文 | 开发了一种名为TaG-EM的遗传条形码方法,用于在单细胞转录组研究中实现细胞类型的正确定位和多路复用分析 | 通过在Gal4诱导型构建体中插入DNA条形码,实现了体内特定细胞群体的标记,并能通过单细胞测序读取条形码信息 | 方法主要应用于果蝇模型,在其他生物系统中的适用性需要进一步验证 | 开发一种能够将解剖学信息与转录组数据关联的遗传条形码技术 | 果蝇特定细胞群体 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,下一代测序 | NA | 单细胞转录组数据,DNA条形码序列 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 622 | 2025-10-07 |
Usp11 maintained the survival of marginal zone B cells under ionizing radiation by deubiquitinating DLL1 and JAG2
2025-Feb-04, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07377-7
PMID:39904982
|
研究论文 | 本研究揭示Usp11通过去泛素化DLL1和JAG2维持边缘区B细胞在电离辐射下的存活 | 首次发现Usp11通过调控Notch配体DLL1和JAG2的泛素化水平来维持辐射后边缘区B细胞存活的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 阐明Usp11在辐射诱导损伤中的作用及相关机制 | Usp11基因敲除小鼠和野生型小鼠的边缘区B细胞 | 免疫学 | 辐射损伤 | 单细胞测序,免疫荧光,免疫组化,流式细胞术,Co-IP,泛素化实验,ELISA | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞测序数据,流式数据,组织切片图像 | 未明确样本数量的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 623 | 2025-10-07 |
Single-cell profiling reveals a reduced epithelial defense system, decreased immune responses and the immune regulatory roles of different fibroblast subpopulations in chronic atrophic gastritis
2025-Feb-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06150-w
PMID:39905493
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示慢性萎缩性胃炎中上皮防御系统减弱、免疫反应下降及不同成纤维细胞亚群的免疫调节作用 | 首次在单细胞水平系统揭示CAG病变中上皮细胞防御功能减弱、免疫细胞功能下降及CXCL11+APOE+成纤维细胞的免疫调节作用 | 样本量较小(仅3例CAG活检样本),需要更大样本验证发现 | 阐明慢性萎缩性胃炎发生的分子机制和细胞变化 | 慢性萎缩性胃炎患者活检组织及配对正常组织 | 单细胞转录组学 | 慢性萎缩性胃炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例CAG活检样本及配对正常组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 624 | 2025-10-07 |
CD4+ Effector Memory T Cells Related Marker Gene Signatures in Osteoporosis and Aging: Insight From Single-Cell Analysis and Mendelian Randomization
2025-Feb-04, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
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研究论文 | 通过单细胞分析和孟德尔随机化研究骨质疏松与衰老的关联机制 | 首次整合单细胞数据和孟德尔随机化方法,识别CD4+效应记忆T细胞作为骨质疏松与衰老的核心细胞亚群,并发现三个关键基因的因果关联 | 样本量有限,动物模型验证仍需进一步扩展 | 探究骨质疏松与衰老之间的关联及共享分子机制 | 骨质疏松患者、衰老个体和健康对照的外周血样本,以及大鼠骨质疏松模型 | 单细胞分析 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, RT-qPCR | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 | 骨质疏松患者、衰老个体和健康对照的外周血单细胞数据,大鼠骨质疏松模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 625 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of human blood eosinophils reveals plasticity and absence of canonical cell subsets
2025-Feb, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16213
PMID:38934897
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 626 | 2025-02-07 |
SCovid v2.0: a comprehensive resource to decipher the molecular characteristics across tissues in COVID-19 and other human coronaviruses
2025-Feb-04, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.01933-24
PMID:39714149
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研究论文 | SCovid v2.0是一个更新的数据库,旨在通过转录组测序帮助研究人员揭示2019冠状病毒病(COVID-19)在不同组织中的分子特征 | SCovid v2.0相较于其前身,增加了全面的数据、实用的功能,并重建了分析流程,包括更多的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据,以及与其他人类冠状病毒的比较分析 | NA | 揭示COVID-19在不同组织中的分子特征,并进行与其他人类冠状病毒的比较分析 | COVID-19及其他人类冠状病毒的分子特征 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 3,544,360个细胞来自45个单细胞RNA测序数据集,涵盖15个组织的789个样本;1,688个样本来自12个组织的62个COVID-19批量RNA测序数据;7个与其他人类冠状病毒相关的批量RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 627 | 2025-02-07 |
Development of a prognostic model based on four genes related to exhausted CD8+ T cell in triple-negative breast cancer patients: a comprehensive analysis integrating scRNA-seq and bulk RNA-seq
2025-Feb-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01812-z
PMID:39899181
|
研究论文 | 本研究旨在开发基于与耗竭CD8+ T细胞相关的四个基因的三阴性乳腺癌(TNBC)预后模型,并探讨其临床和免疫相关性 | 通过整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(bulk RNA-seq)数据,筛选出与TNBC患者生存显著相关的四个基因,构建了一个新的预后模型 | 研究主要依赖于公开数据集,缺乏独立的外部验证队列 | 开发一个基于耗竭CD8+ T细胞相关基因的TNBC预后模型,并评估其临床和免疫相关性 | 三阴性乳腺癌(TNBC)患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序(bulk RNA-seq) | 预后模型 | RNA测序数据 | TCGA队列和外部队列的TNBC患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 628 | 2025-02-07 |
EMT-driven plasticity prospectively increases cell-cell variability to promote therapeutic adaptation in breast cancer
2025-Feb-03, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03637-w
PMID:39901189
|
研究论文 | 本文研究了上皮-间质转化(EMT)驱动的细胞可塑性在三阴性乳腺癌(TNBC)治疗适应中的作用 | 首次揭示了EMT驱动的可塑性如何增加细胞间表型多样性,并在化疗前产生罕见的预适应状态 | 研究仅基于体外模型,未涉及体内环境 | 探讨EMT驱动的可塑性在TNBC治疗适应中的作用 | 三阴性乳腺癌(TNBC)细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 两个TNBC体外模型 | NA | NA | NA | NA |
| 629 | 2025-02-06 |
Single-cell transcriptomics and metabolomic analysis reveal adenosine-derived metabolites over-representation in pseudohypoxic neuroendocrine tumours
2025-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70159
PMID:39902723
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 630 | 2025-02-06 |
BRD4 Induces Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression via the Wnt/β-catenin Pathway
2025-Feb-04, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11043-0
PMID:39903433
|
研究论文 | 本研究探讨了BRD4在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的作用及其分子机制 | 首次全面探索BRD4在ESCC中的功能,并揭示了其通过Wnt/β-catenin信号通路促进ESCC进展的机制 | 未提及具体样本量,且未讨论BRD4在其他类型癌症中的潜在作用 | 研究BRD4在ESCC中的作用及其分子机制 | 食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞 | 癌症研究 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 631 | 2025-02-06 |
Single-cell omics in inflammatory bowel disease: recent insights and future clinical applications
2025-Feb-04, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334165
PMID:39904604
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在炎症性肠病(IBD)研究中的应用及其未来临床应用的潜力 | 单细胞组学技术克服了传统批量分析的局限性,揭示了多细胞组织的复杂性,并发现了与疾病活动或并发症发展相关的新细胞类型和功能 | 尽管单细胞组学技术在IBD研究中显示出巨大潜力,但其在临床实践中的应用仍处于早期阶段,存在一定的局限性 | 探讨单细胞组学技术在炎症性肠病(IBD)研究中的应用及其未来临床应用的潜力 | 溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(CD) | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 632 | 2025-02-05 |
Dynamic evolution of TCF3-PBX1 leukemias at the single-cell level under chemotherapy pressure
2025-Feb, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1002/hem3.70071
PMID:39901941
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研究论文 | 本文通过建立TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型,研究了化疗压力下急性淋巴细胞白血病(ALL)在单细胞水平的动态演化 | 首次在单细胞水平上揭示了TCF3-PBX1白血病在化疗后的克隆动态演化和表型多样性,并发现了与化疗耐药相关的信号通路 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类ALL中的适用性需要进一步验证 | 研究TCF3-PBX1白血病在化疗压力下的动态演化和耐药机制 | TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型和化疗后的白血病细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 下一代测序技术(NGS)和质谱流式细胞术 | 小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据和质谱流式细胞数据 | TCF3-PBX1白血病小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 633 | 2025-02-05 |
Single-cell transcriptome atlas of male mouse pituitary across postnatal life highlighting its stem cell landscape
2025-Feb-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111708
PMID:39898054
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研究论文 | 本文构建了雄性小鼠内分泌垂体的单细胞转录组图谱,涵盖了健康与损伤状态下的重要出生后年龄段,重点研究了垂体干细胞及其复杂身份和微环境 | 通过单细胞转录组技术揭示了垂体干细胞的标记物和调控因子,并利用垂体干细胞类器官功能验证了转录组发现,特别是KLF5、AP-1复合物和EGF通路在垂体干细胞调控中的作用 | 研究主要基于小鼠模型,尽管部分发现可转化至人类,但仍需进一步验证 | 揭示垂体干细胞的生物学特性及其在衰老过程中的变化 | 雄性小鼠的垂体 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涵盖健康与损伤状态下的雄性小鼠垂体样本 | NA | NA | NA | NA |
| 634 | 2025-02-05 |
Molecular characterization of ovarian mesonephric-like adenocarcinoma: Insights from single-cell RNA sequencing and mitochondrial metabolism
2025-Feb, Gynecologic oncology reports
IF:1.2Q3
DOI:10.1016/j.gore.2024.101670
PMID:39895896
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术对卵巢中肾样腺癌(MLA)进行了分子特征分析,并与高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)进行了比较 | 首次使用单细胞RNA测序技术对卵巢MLA进行分子特征分析,揭示了其与HGSOC的差异,并提出了针对MAP激酶和PI3K/AKT/mTOR通路的联合治疗策略 | 需要在更大规模的队列中进行验证以支持临床应用 | 揭示卵巢MLA的分子特征及其与HGSOC的差异,探索潜在的治疗靶点 | 卵巢中肾样腺癌(MLA)和高级别浆液性卵巢癌(HGSOC) | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 一个卵巢MLA样本和HGSOC的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 635 | 2025-02-04 |
Dysfunctional KLRB1+CD8+ T-cell responses are generated in chronically inflamed systemic sclerosis skin
2025-Feb-01, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.01.022
PMID:39894688
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研究论文 | 本研究分析了弥漫性皮肤系统性硬化症(dcSSc)皮肤病变中的CD8+ T细胞反应,揭示了两种主要的CD8+ T细胞亚群在疾病不同阶段的作用 | 通过单细胞转录组学和表观基因组学技术,首次鉴定了dcSSc皮肤病变中两种发育相关的CD8+ T细胞亚群,并揭示了它们在疾病不同阶段的功能差异 | 研究主要基于皮肤样本,未涉及其他器官或系统的免疫反应 | 分析dcSSc皮肤病变中的免疫机制,特别是CD8+ T细胞反应 | 弥漫性皮肤系统性硬化症(dcSSc)患者的皮肤样本 | 免疫学 | 系统性硬化症 | 单细胞转录组学、表观基因组学、多色免疫荧光显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据、表观遗传数据、图像数据 | dcSSc患者皮肤样本与健康对照皮肤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 636 | 2025-10-07 |
Histone methyltransferase KMT2A promotes pulmonary fibrogenesis via targeting pro-fibrotic factor PU.1 in fibroblasts
2025-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70217
PMID:39888275
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研究论文 | 本研究揭示组蛋白甲基转移酶KMT2A通过调控转录因子PU.1促进肺纤维化的分子机制 | 首次发现KMT2A通过催化PU.1基因启动子区H3K4me3修饰调控肺成纤维细胞中PU.1表达 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,缺乏人类临床试验验证 | 探究KMT2A在特发性肺纤维化发病机制中的作用 | 特发性肺纤维化患者组织、博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型、原代纤维化成纤维细胞 | 表观遗传学 | 特发性肺纤维化 | 微阵列分析、单细胞测序、生物信息学分析 | NA | 基因表达数据、组织样本 | IPF患者肺组织、博来霉素诱导小鼠肺组织、原代成纤维细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 637 | 2025-10-07 |
Transcriptome size matters for single-cell RNA-seq normalization and bulk deconvolution
2025-Feb-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56623-1
PMID:39893178
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研究论文 | 提出ReDeconv算法,将转录组大小纳入单细胞RNA测序数据标准化和批量RNA测序细胞反卷积分析 | 引入基于线性化转录组大小的计数(CLTS)标准化方法,首次系统性地将转录组大小变异纳入分析流程 | NA | 改进单细胞RNA测序数据标准化和批量RNA测序细胞反卷积的准确性 | 单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 计算算法 | 基因表达数据 | 合成数据集和真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 638 | 2025-10-07 |
Vaccine-induced T cell receptor T cell therapy targeting a glioblastoma stemness antigen
2025-Feb-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56547-w
PMID:39893177
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研究论文 | 本研究开发了一种靶向胶质母细胞瘤干细胞抗原PTPRZ1的疫苗诱导T细胞受体工程化T细胞疗法 | 首次从疫苗接种的胶质母细胞瘤患者中鉴定出HLA-A*02限制性PTPRZ1反应性TCR,并证明其特异性杀伤胶质母细胞瘤干细胞和星形胶质样细胞 | 研究主要基于临床前动物模型,尚未进行人体临床试验验证 | 开发针对胶质母细胞瘤的TCR-T细胞免疫疗法 | 胶质母细胞瘤患者来源的T细胞受体和胶质母细胞瘤细胞系 | 免疫治疗 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞测序,T细胞受体工程,细胞毒性试验 | NA | 单细胞测序数据,体外和体内功能验证数据 | 原代脑肿瘤样本和胶质母细胞瘤细胞系 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 639 | 2025-10-07 |
Spatial integration of multi-omics single-cell data with SIMO
2025-Feb-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56523-4
PMID:39893194
|
研究论文 | 开发了一种名为SIMO的计算方法,用于通过概率对齐实现多组学数据集的空间整合 | 不仅整合空间转录组学与单细胞RNA-seq,还能整合染色质可及性和DNA甲基化等多种单细胞模态数据,这是之前未在空间尺度上共同分析过的 | NA | 解决空间和单细胞组学测序中的技术限制,在空间尺度上捕获和描述多模态信息 | 多组学单细胞数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq,染色质可及性分析,DNA甲基化分析 | 概率对齐模型 | 多组学单细胞数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,单细胞多组学 | NA | NA |
| 640 | 2025-10-07 |
Oocyte transcriptomes and follicular fluid proteomics of ovine atretic follicles reveal the underlying mechanisms of oocyte degeneration
2025-Feb-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11291-9
PMID:39893388
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析揭示了绵羊闭锁卵泡中卵母细胞退化的分子机制 | 首次系统揭示了卵母细胞铁死亡在卵泡闭锁中的作用机制,并鉴定了与卵泡闭锁相关的关键生物标志物 | 研究仅针对绵羊模型,结果在其他物种中的普适性需要进一步验证 | 探究卵泡闭锁过程中卵母细胞退化的分子机制 | 绵羊闭锁卵泡中的卵母细胞和卵泡液 | 生物信息学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,串联质谱标签蛋白质组学 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据 | 不同发育阶段的卵泡样本 | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |