单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2025-02-08	Kindlin-2-mediated hematopoiesis remodeling regulates triple-negative breast cancer immune evasion 2025-Feb-07, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0698 PMID:39918417	研究论文	本研究探讨了Kindlin-2在三阴性乳腺癌（TNBC）进展中的作用，特别是在造血介导的免疫逃逸中的作用	揭示了Kindlin-2通过系统性调节造血和PD-L1表达来调控肿瘤免疫逃逸的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	研究Kindlin-2在TNBC免疫逃逸中的作用及其作为治疗靶点的潜力	三阴性乳腺癌（TNBC）	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	肿瘤小鼠模型
622	2025-02-08	Spatial transcriptomics defines the cell-specific RNA landscape of equine dorsal root ganglia 2025-Feb-06, Veterinary pathology IF:2.3Q1 DOI:10.1177/03009858241312623 PMID:39916473	研究论文	本文通过空间转录组学技术定义了健康成年马背根神经节（DRG）的细胞特异性RNA景观	首次将人类细胞标记物成功应用于马DRG的空间转录组学研究，并确定了不同DRG区域的基因表达差异	研究仅限于健康成年马，未涉及疾病状态下的转录变化	进一步定义马背根神经节的空间转录组景观，以了解其在健康和疾病状态下的细胞特异性转录变化	健康成年马的背根神经节（DRG）	空间转录组学	NA	GeoMx Digital Spatial Profiling	NA	RNA表达数据	NA
623	2025-02-08	Single-cell transcriptomics reveals novel chondrocyte and osteoblast subtypes and their role in knee osteoarthritis pathogenesis 2025-Feb-05, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02136-8 PMID:39904988	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了膝骨关节炎（KOA）中新的软骨细胞和成骨细胞亚型及其在疾病发病机制中的作用	发现了三种新的软骨细胞亚型，并揭示了它们在KOA发病机制中的具体作用，特别是通过FGF2-FGFR2信号通路促进血管生成	研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探讨膝骨关节炎的发病机制，特别是软骨下骨重塑与软骨退化之间的相互作用	膝骨关节炎小鼠模型中的软骨细胞和成骨细胞	数字病理学	膝骨关节炎	单细胞转录组学	小鼠模型	单细胞RNA测序数据	膝骨关节炎小鼠模型的软骨下骨和软骨组织
624	2025-02-08	A novel protein encoded by porcine circANKRD17 activates the PPAR pathway to regulate intramuscular fat metabolism 2025-Feb-05, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-025-01153-5 PMID:39905551	研究论文	本研究通过circRNA-seq和Ribo-seq数据筛选出具有编码潜力的circRNA候选物，发现circANKRD17在Lantang猪的长背肌中显著升高，并通过单细胞测序和脂质组学分析揭示了其在脂质代谢中的调控机制	首次发现circANKRD17具有开放阅读框并能翻译成一种新型571氨基酸蛋白质，该蛋白质通过PPAR途径调控脂质代谢	研究主要集中于Lantang和Landrace猪品种，未涉及其他猪品种或物种	探索circRNA在脂质代谢中的调控机制，特别是与肌肉内脂肪含量相关的代谢特性	Lantang和Landrace猪的长背肌细胞	分子生物学	NA	circRNA-seq, Ribo-seq, 单细胞测序, 脂质组学分析	NA	RNA序列数据, 单细胞数据, 脂质组数据	18个circRNA候选物, 477个差异表达基因
625	2025-02-08	A model-based factorization method for scRNA data unveils bifurcating transcriptional modules underlying cell fate determination 2025-Feb-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97424 PMID:39907554	研究论文	本文介绍了一种基于模型的流形学习方法MGPfact，用于从单细胞RNA测序数据中解析复杂的细胞状态空间，并揭示细胞命运决定的转录模块	MGPfact能够将复杂的发育轨迹分解为基因集的独立分叉过程，从而基于相关特征进行轨迹推断，提供了对细胞轨迹背后生物过程的更细致理解	NA	研究目的是开发一种新的流形学习方法，以更好地理解单细胞RNA测序数据中的细胞命运决定过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	MGPfact	RNA测序数据	239个数据集
626	2025-02-08	Deterministic genetic barcoding for multiplexed behavioral and single-cell transcriptomic studies 2025-Feb-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88334 PMID:39908076	研究论文	本文介绍了一种名为TaG-EM的遗传条形码方法，用于在单细胞转录组研究中标记特定细胞群体，并展示了其在行为测量中的应用	提出了一种新的遗传条形码方法TaG-EM，能够在单细胞转录组研究中标记特定细胞群体，并应用于大规模行为筛选	未明确提及具体限制	开发一种方法以在单细胞转录组研究中标记特定细胞群体，并应用于行为测量	果蝇细胞群体	单细胞转录组学	NA	下一代测序（NGS）	NA	单细胞转录组数据	多个独立条形码的果蝇品系
627	2025-02-08	Current molecular understanding of central nervous system schwannomas 2025-Feb-05, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-01937-w PMID:39910685	综述	本文综述了中枢神经系统（CNS）神经鞘瘤的分子生物学研究现状，包括基因突变、基因表达和表观遗传调控等方面的发现	介绍了新的遗传变异，如SH3PXD2A::HTRA1融合基因、VGLL融合基因和SOX10突变，并探讨了单细胞测序和多组学分析在肿瘤微环境和肿瘤异质性研究中的应用	对神经鞘瘤的分子生物学理解仍不完全，存在一些争议和未解决的问题	阐明神经鞘瘤的肿瘤发生和进展机制，为开发新的治疗靶点提供指导	中枢神经系统神经鞘瘤	分子生物学	神经鞘瘤	单细胞测序、多组学分析	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA
628	2025-02-08	Early downmodulation of tumor glycolysis predicts response to fasting-mimicking diet in triple-negative breast cancer patients 2025-Feb-04, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2024.11.004 PMID:39694040	研究论文	本研究探讨了周期性模拟禁食饮食（FMD）在三阴性乳腺癌（TNBC）患者中的抗肿瘤活性和疗效，特别是在与术前化疗结合使用时	首次在早期TNBC患者中展示了严重热量限制的周期性FMD与术前化疗结合使用的高病理完全缓解率（pCR）和长期临床结果	研究样本量较小（30名患者），需要更大规模的临床试验来验证结果	评估周期性FMD在早期TNBC患者中的疗效，并验证肿瘤内糖酵解的早期变化作为营养限制临床益处的预测因子	早期三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	30名早期TNBC患者
629	2025-02-08	Fucosylated haptoglobin promotes inflammation via Mincle in sepsis: an observational study 2025-Feb-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56524-3 PMID:39904983	研究论文	本研究揭示了脓毒症患者血浆中Hp的末端岩藻糖基化水平升高及其与炎症反应的关系	首次发现脓毒症患者血浆中Hp的末端岩藻糖基化水平升高，并揭示了其通过Mincle受体放大炎症反应的机制	研究样本量未明确说明，且未探讨Fu-Hp在其他炎症性疾病中的作用	探讨脓毒症患者血浆中Hp的岩藻糖基化修饰及其在炎症反应中的作用	脓毒症患者血浆中的Hp及其岩藻糖基化修饰	生物医学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	血浆样本	NA
630	2025-02-08	Usp11 maintained the survival of marginal zone B cells under ionizing radiation by deubiquitinating DLL1 and JAG2 2025-Feb-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07377-7 PMID:39904982	研究论文	本研究探讨了Usp11在辐射诱导损伤中的作用及其机制，发现Usp11通过去泛素化DLL1和JAG2维持边缘区B细胞的存活	揭示了Usp11通过调控Notch配体的泛素化来维持边缘区B细胞存活的机制，并提出了Usp11作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明Usp11在辐射诱导损伤中的作用及其机制	边缘区B细胞	免疫学	辐射损伤	单细胞测序、免疫荧光、免疫组化、流式细胞术、Co-IP、泛素化实验、ELISA	ARS小鼠模型	细胞数据、组织数据	Usp11敲除小鼠及对照小鼠
631	2025-02-08	Single-cell profiling reveals a reduced epithelial defense system, decreased immune responses and the immune regulatory roles of different fibroblast subpopulations in chronic atrophic gastritis 2025-Feb-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06150-w PMID:39905493	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了慢性萎缩性胃炎（CAG）病变中的关键细胞变化和分子事件	首次使用单细胞RNA测序技术全面解析CAG病变中的细胞变化，特别是揭示了不同成纤维细胞亚群在免疫调节中的作用	样本量较小，仅包括3个CAG活检样本及其配对的正常组织	阐明慢性萎缩性胃炎（CAG）发生的关键细胞变化和分子机制	慢性萎缩性胃炎（CAG）病变中的细胞和分子变化	数字病理学	胃炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	3个CAG活检样本及其配对的正常组织
632	2025-02-08	CD4+ Effector Memory T Cells Related Marker Gene Signatures in Osteoporosis and Aging: Insight From Single-Cell Analysis and Mendelian Randomization 2025-Feb-04, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073353509241205065221 PMID:39917921	研究论文	本研究通过单细胞分析和孟德尔随机化方法，探讨了骨质疏松症（OP）与衰老之间的关系及其共享的分子机制	首次通过单细胞数据整合和孟德尔随机化分析，识别出CD4+效应记忆T细胞（CD4+ TEM）在OP和衰老样本中的核心作用，并揭示了KLRB1、NR4A2和S100A4基因与OP的因果关系	研究主要基于单细胞数据和动物模型，仍需进一步临床验证	探讨骨质疏松症与衰老之间的关系及其分子机制	骨质疏松症患者、衰老个体和健康对照者的外周血单细胞数据	生物信息学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、RT-qPCR	NA	单细胞RNA测序数据	骨质疏松症患者、衰老个体和健康对照者的外周血样本
633	2025-02-08	Comparison of CD30L and OX40L Reveals CD30L as a Promising Therapeutic Target in Atopic Dermatitis 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16412 PMID:39589186	研究论文	本文通过分析人类特应性皮炎（AD）皮肤病变的单细胞RNA-seq数据，比较了CD30L和OX40L的表达，并评估了CD30L作为AD治疗靶点的潜力	研究发现CD30-CD30L轴可能成为AD治疗的新靶点，与OX40-OX40L轴具有相似的潜力	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类临床试验中验证CD30L抗体的疗效	探讨CD30L作为特应性皮炎（AD）治疗靶点的潜力	人类AD皮肤病变样本和小鼠AD模型	生物医学	特应性皮炎	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	多个AD患者皮肤病变样本和小鼠AD模型
634	2025-02-08	Development of BACE2-IN-1/tranylcypromine-based compounds to induce steroidogenesis-dependent neuroprotection 2025-Feb, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.117851 PMID:39837213	研究论文	本文开发了基于BACE2-IN-1/tranylcypromine的化合物，以诱导类固醇生成依赖性神经保护，用于治疗创伤性脑损伤（TBI）	通过单细胞RNA测序发现脑创伤增加LSD1和BACE2的表达，并在此基础上设计了一种新型神经保护剂BACE2-IN-1/tranylcypromine-based compound 4，展示了其在减轻线粒体损伤和促进神经代谢恢复方面的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发新型神经保护剂以治疗创伤性脑损伤	创伤性脑损伤（TBI）患者	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型
635	2025-02-07	scRecover: Discriminating True and False Zeros in Single-Cell RNA-Seq Data for Imputation 2025-Feb-28, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.10334 PMID:39912305	研究论文	本文介绍了一种新的统计框架scRecover，用于区分单细胞RNA测序数据中的真实零值和假零值，并仅对假零值进行插补	提出了一种新的统计框架，能够有效区分单细胞RNA测序数据中的真实零值和假零值，并开发了新的插补工具scRecover	NA	提高单细胞RNA测序数据中零值的区分和插补准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	零膨胀负二项模型，Good和Toulmin模型的修改版	单细胞RNA测序数据	NA
636	2025-02-07	Emerging technologies of single-cell multi-omics 2025-Feb-06, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2022.282557 PMID:39911109	综述	本文综述了单细胞多组学技术的最新进展，包括其原理、历史发展以及不断扩展的多组学工具	单细胞多组学技术能够直接测量每个细胞的个体信号，显著增强了揭示细胞异质性的能力	NA	为研究者选择最适合其研究需求的单细胞多组学平台提供指导	正常和恶性造血系统中的遗传克隆性和转录异质性	分子生物学	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
637	2025-02-07	The use of deidentified organ donor testes for research 2025-Feb-06, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70008 PMID:39912553	综述	本文讨论了使用去识别化的人类睾丸捐赠组织进行基础科学研究的情况	强调了使用去识别化的人类睾丸捐赠组织进行研究的价值，特别是在人类睾丸发育和功能研究中的独特优势	使用去识别化的人类睾丸捐赠组织可能面临伦理和获取难度的问题	探讨人类睾丸发育和功能，以改进不育症的治疗和诊断	去识别化的人类睾丸捐赠组织	生殖医学	不育症	单细胞转录组和表观基因组分析	NA	组织样本	NA
638	2025-02-07	An inducible mouse model of OI type V reveals aberrant osteogenesis caused by Ifitm5 c.-14C > T mutation 2025-Feb-05, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf022 PMID:39908237	研究论文	本文开发了一种可诱导的小鼠模型，用于研究由Ifitm5 c.-14C>T突变引起的V型成骨不全症的病理机制	开发了一种新的可诱导小鼠模型，能够在不同发育阶段通过Cre表达来探索MALEP-IFITM5蛋白的致病效应	尽管模型解决了胚胎致死性问题，但仍需进一步研究以全面理解MALEP-IFITM5的分子机制	探索V型成骨不全症的病理机制，特别是由Ifitm5 c.-14C>T突变引起的异常成骨	可诱导的Ifitm5flox c.-14C>T小鼠模型	分子生物学	成骨不全症	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	多种Cre表达的小鼠模型
639	2025-02-07	Loss of 18q Alters TGFβ Signalling Affecting Anteroposterior Neuroectodermal Fate in Human Embryonic Stem Cells 2025-Feb-05, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13813 PMID:39908990	研究论文	本文研究了染色体18q缺失如何影响人类胚胎干细胞（hESCs）向视网膜祖细胞分化的能力，并探讨了TGFβ信号通路在此过程中的作用	首次揭示了18q缺失通过影响TGFβ信号通路，导致hESCs在前后神经外胚层命运决定中的异常	研究仅限于实验室条件下的hESCs，未涉及体内环境或临床样本	探究染色体异常对hESCs分化能力的影响，特别是18q缺失对神经外胚层命运决定的作用	人类胚胎干细胞（hESCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具有复杂核型的hESCs细胞系
640	2025-02-07	SCovid v2.0: a comprehensive resource to decipher the molecular characteristics across tissues in COVID-19 and other human coronaviruses 2025-Feb-04, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.01933-24 PMID:39714149	研究论文	SCovid v2.0是一个更新的数据库，旨在通过转录组测序帮助研究人员揭示2019冠状病毒病（COVID-19）在不同组织中的分子特征	SCovid v2.0相较于其前身，增加了全面的数据、实用的功能，并重建了分析流程，包括更多的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，以及与其他人类冠状病毒的比较分析	NA	揭示COVID-19在不同组织中的分子特征，并进行与其他人类冠状病毒的比较分析	COVID-19及其他人类冠状病毒的分子特征	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	3,544,360个细胞来自45个单细胞RNA测序数据集，涵盖15个组织的789个样本；1,688个样本来自12个组织的62个COVID-19批量RNA测序数据；7个与其他人类冠状病毒相关的批量RNA测序数据集