单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-02-13	Capture of Totipotency in Mouse Embryonic Stem Cells in the Absence of Pdzk1 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408852 PMID:39630006	研究论文	本研究通过删除单个基因Pdzk1，在胚胎干细胞（ESCs）中建立了全能性	首次通过删除Pdzk1基因在胚胎干细胞中实现全能性，突破了胚胎和胚胎外组织之间的屏障	研究仅限于小鼠胚胎干细胞，尚未在人类细胞中验证	探索胚胎干细胞的全能性扩展及其分化潜能	小鼠胚胎干细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组分析，bulk RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
602	2025-02-13	SYISL Knockout Promotes Embryonic Muscle Development of Offspring by Modulating Maternal Gut Microbiota and Fetal Myogenic Cell Dynamics 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410953 PMID:39680624	研究论文	本研究探讨了SYISL基因敲除如何通过调节母体肠道微生物群和胎儿肌源性细胞动态来促进胚胎肌肉发育	揭示了SYISL基因敲除通过改变母体肠道微生物群组成和提高胚胎血清中的丁酸水平，进而通过丁酸-HDAC-H3K9ac/H3K27ac途径调节肌肉生成的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类或其他动物模型中进行验证	探讨SYISL基因敲除对胚胎肌肉发育的影响及其机制	小鼠胚胎	生物医学	肌肉疾病	RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据, 表观遗传数据	未明确提及具体样本数量
603	2025-02-13	Mesenchymal Stem Cells Prevent SLC39A14-Dependent Hepatocyte Ferroptosis through Exosomal miR-16-5p in Liver Graft 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411380 PMID:39680749	研究论文	本文研究了间充质干细胞通过外泌体miR-16-5p预防肝移植中SLC39A14依赖的肝细胞铁死亡	首次发现SLC39A14在肝移植中的促铁死亡作用，并揭示了hBMSCs通过外泌体miR-16-5p下调SLC39A14表达的治疗机制	未提及具体样本量及实验设计的局限性	探究肝移植中肝细胞损伤的机制及间充质干细胞的治疗作用	肝移植中的肝细胞及人骨髓来源的间充质干细胞	生物医学	肝移植相关疾病	单细胞RNA测序分析	NA	RNA测序数据	NA
604	2025-02-13	Aberrant Chitinase 3-Like 1 Expression in Basal Cells Contributes to Systemic Sclerosis Fibrosis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202310169 PMID:39686726	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了系统性硬化症（SSc）中基底细胞异常表达的几丁质酶3样1（Chi3L1）在纤维化过程中的作用，并探讨了其作为潜在生物标志物和治疗靶点的可能性	首次在SSc患者中识别出高表达Chi3L1的基底细胞亚群，并揭示了Chi3L1通过IL-17RA介导的纤维化机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体临床试验中验证Chi3L1和IL-17RA作为治疗靶点的有效性和安全性	探讨系统性硬化症纤维化的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	系统性硬化症患者的皮肤细胞和小鼠模型	生物医学研究	系统性硬化症	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	SSc患者和健康对照的皮肤细胞样本
605	2025-02-12	Exploring the therapeutic efficacy difference in claudin18.2-targeted cell therapy revealed by single-cell sequencing 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111768 PMID:39925434	研究论文	本文通过单细胞测序技术探索了CLDN18.2靶向细胞疗法的疗效差异	首次通过单细胞测序技术分析了CLDN18.2靶向CAR T细胞疗法在胃癌患者中的疗效差异，并发现了与疗效相关的关键因素	样本量较小，仅涉及5名患者，且仅分析了治疗后的3天和7天的数据	探索CLDN18.2靶向CAR T细胞疗法在胃癌患者中的疗效差异及其相关因素	接受CT041 CAR T细胞治疗的CLDN18.2阳性胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	5名患者的外周血和腹水样本
606	2025-02-12	Single-cell and spatial transcriptomics reveal pre-metastatic subsets and therapeutic targets in penile carcinoma 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111765 PMID:39925432	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了阴茎癌中的预转移亚群及其治疗靶点	发现了MMP3+SPP1+预转移亚群和CK2α过表达，并验证了Silmitasertib作为潜在治疗药物的抗肿瘤效果	样本量相对较小，仅包括6个原发阴茎癌和6个转移淋巴结样本	研究阴茎癌中的肿瘤异质性及其预转移亚群，以优化治疗方案	阴茎癌的原发和转移样本	数字病理学	阴茎癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、细胞实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	6个原发阴茎癌样本、6个转移淋巴结样本、4个晚期阴茎癌样本、98个单细胞数据集、6个空间数据集
607	2025-02-12	PFKFB3 decreases α-ketoglutarate production while partial PFKFB3 knockdown in macrophages ameliorates arthritis in tumor necrosis factor-transgenic mice 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114102 PMID:39870011	研究论文	本研究探讨了PFKFB3在类风湿性关节炎（RA）患者巨噬细胞中的病理意义及其对巨噬细胞活化的调节作用	揭示了PFKFB3通过调节巨噬细胞活化和α-酮戊二酸产生在RA中的新机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	探讨PFKFB3在RA患者巨噬细胞中的作用及其对疾病发展的影响	RA患者的PBMCs、THP-1细胞、条件性PFKFB3敲除小鼠的骨髓源性巨噬细胞	生物医学	类风湿性关节炎	共免疫沉淀、单细胞测序	条件性基因敲除小鼠模型	细胞实验数据、基因表达数据	RA患者PBMCs、THP-1细胞、条件性PFKFB3敲除小鼠
608	2025-02-12	m6A related metabolic genes in breast cancer and their relationship with prognosis 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114121 PMID:39889412	研究论文	本研究探讨了m6A相关代谢基因在乳腺癌中的作用及其与预后的关系	首次通过单细胞转录组数据分析乳腺癌患者外周血中的m6A相关代谢基因，并构建了乳腺癌风险模型	研究主要基于转录组数据，缺乏对蛋白质水平和功能实验的深入验证	探讨m6A相关代谢基因在乳腺癌中的调控作用及其对预后的影响	乳腺癌患者的外周血单细胞转录组数据和TCGA中的乳腺癌及对照转录组数据	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序（RNA-seq）、实时定量PCR（qRT-PCR）、Western blot（WB）	Lasso-Cox回归模型	转录组数据	乳腺癌患者的外周血单细胞转录组数据和TCGA中的乳腺癌及对照转录组数据
609	2025-02-12	Dapagliflozin alleviated seizures and cognition impairment in pilocarpine induced status epilepticus via suppressing microglia-mediated neuroinflammation and oxidative stress 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114117 PMID:39889414	研究论文	本研究探讨了Dapagliflozin通过抑制小胶质细胞介导的神经炎症和氧化应激，减轻癫痫持续状态（SE）引起的癫痫发作和认知障碍的效果	首次揭示了Dapagliflozin通过抑制SGLT2调节小胶质细胞介导的神经炎症和氧化应激，对SE及其相关认知障碍的神经保护作用	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人类临床试验中验证	探讨Dapagliflozin对癫痫持续状态（SE）引起的癫痫发作和认知障碍的治疗效果	雄性C57BL/6小鼠和BV2细胞	神经科学	癫痫	单细胞转录组分析、免疫荧光染色、免疫组化、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR、ELISA	NA	基因表达数据、行为数据、生化数据	雄性C57BL/6小鼠和BV2细胞
610	2025-02-12	Exploring the dynamic responses of group 3 innate lymphoid cells at different times in response to LPS challenge 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114162 PMID:39889415	研究论文	本研究探讨了第3组先天性淋巴细胞（ILC3s）在不同时间对LPS挑战的动态响应	结合微阵列数据和单细胞RNA测序数据，分析了ILC3亚群的功能，并发现了肠道ILC3s可能迁移至肺部的证据	研究主要依赖于已有数据库的数据，缺乏实验验证	阐明ILC3s在急性炎症中对LPS挑战的动态响应	第3组先天性淋巴细胞（ILC3s）	免疫学	肺炎	微阵列数据、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、qRT-PCR	NA	基因表达数据	NA
611	2025-02-12	Cardiac Reprogramming and Gata4 Overexpression Reduce Fibrosis and Improve Diastolic Dysfunction in Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2025-Feb-11, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.067504 PMID:39673349	研究论文	本文研究了心脏重编程和Gata4过表达在保留射血分数心力衰竭（HFpEF）中减少纤维化和改善舒张功能的效果	首次在HFpEF模型中验证了心脏重编程和Gata4过表达的治疗效果，并揭示了其通过抑制心脏成纤维细胞（CFs）激活来减少纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类CFs的效果仍需进一步验证	探讨心脏重编程和Gata4过表达在HFpEF中的治疗效果及其机制	Tcf21iCre/Tomato/MGTH2A转基因小鼠和人类心脏成纤维细胞	心血管疾病	心力衰竭	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠和人类心脏成纤维细胞
612	2025-02-12	Highly efficient combination of multiple single cells using a deterministic single-cell combinatorial reactor 2025-Feb-11, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00951g PMID:39679936	研究论文	本文介绍了一种新型微流控设备，结合多层互连Si/SiO控制电路，用于高效组合多个单细胞	引入了确定性单细胞组合反应器（DSCR）设备，通过局部电场实现单细胞的高效捕获和组合	NA	实现多个单细胞的高效组合，以促进单细胞转录组分析和细胞间相互作用的研究	PC3细胞	微流控技术	NA	微流控技术	NA	细胞图像	三组不同荧光染料标记的PC3细胞
613	2025-02-12	Exploring Parkinson's through the Lens of Genomics and Bioinformatics 2025-Feb-10, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a041621 PMID:39929729	研究论文	本文探讨了基因组学和生物信息学在帕金森病研究中的应用，旨在揭示该疾病的分子机制并寻找新的治疗靶点	应用单细胞转录组学技术揭示了帕金森病中细胞类型特异性的失调和脆弱性，超越了多巴胺能神经元的损失	未具体提及研究的局限性	通过基因组学和生物信息学技术解析帕金森病的分子机制，寻找新的治疗靶点	帕金森病的遗传和分子机制	生物信息学	帕金森病	基因分型、基因组测序、转录组学、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	大规模人类群体或模式生物
614	2025-02-12	Mapping T cell dynamics to molecular profiles through behavior-guided transcriptomics 2025-Feb-10, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01126-4 PMID:39930061	研究论文	本文介绍了一种名为行为引导转录组学（BGT）的扩展协议，用于整合T细胞活体成像数据与单细胞转录组学，以分析与动态T细胞行为相关的基因程序	BGT协议结合了BEHAV3D平台的活体成像数据和单细胞RNA测序技术，能够揭示与T细胞动态行为相关的分子驱动因素，从而发现新的生物标志物	该协议需要用户具备基本的细胞培养、成像和编程技能，且实验周期较长，需要一个月时间完成	研究目的是通过整合T细胞活体成像数据和单细胞转录组学，揭示与T细胞动态行为相关的分子机制，以增强癌症免疫治疗的疗效	研究对象为患者来源的肿瘤类器官（PDO）和工程化T细胞的共培养体系	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS）	NA	图像、转录组数据	NA
615	2025-02-12	uN2CpolyG-mediated p65 nuclear sequestration suppresses the NF-κB-NLRP3 pathway in neuronal intranuclear inclusion disease 2025-Feb-07, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02079-1 PMID:39920690	研究论文	本研究揭示了uN2CpolyG通过与p65直接相互作用并隔离p65，抑制NF-κB-NLRP3通路并损害自噬的分子机制	首次揭示了uN2CpolyG通过隔离p65抑制NF-κB-NLRP3通路的分子机制，为NIID提供了新的治疗靶点	研究主要基于细胞模型和果蝇模型，尚未在人体中进行验证	阐明uN2CpolyG与NF-κB-NLRP3通路之间的分子相互作用	NIID患者的皮肤组织、HEK-293T和U87-MG细胞模型、果蝇模型	分子生物学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	细胞模型、果蝇模型	基因表达数据	NIID患者的皮肤组织、HEK-293T和U87-MG细胞、果蝇模型
616	2025-02-12	The Role of Jianpi Jiedu Recipe in Modulating the CRC Microenvironment 2025-Feb-07, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073339913241214051331 PMID:39931853	研究论文	本研究探讨了健脾解毒方（JPJDR）在调节结直肠癌（CRC）微环境中的作用及其机制	首次系统性地研究了JPJDR在CRC微环境中的调节作用，并发现其通过下调HMGB1和MT2A基因表达来调节CRC微环境	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨JPJDR在CRC治疗中的抗肿瘤机制	结直肠癌（CRC）微环境中的细胞类型，包括恶性CRC细胞、免疫细胞和基质细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR	NA	RNA测序数据	多个已发表研究中的单细胞RNA测序数据（PMID: 32451460, 32103181, 32561858）
617	2025-02-12	Gene Expression Variations Induced by Sevoflurane in Glia and Glioma Cells and the Role of EPHA3 in Sevoflurane's Anti-Glioma Effect 2025-Feb-07, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673342409241230113947 PMID:39931981	研究论文	本研究通过分析七氟醚处理的单细胞转录组数据，揭示了七氟醚通过免疫炎症反应、神经元分化和血脑屏障维持等信号通路产生麻醉效应，并发现EPHA3基因在七氟醚抗胶质瘤效应中的关键作用	首次揭示了七氟醚通过影响DAAM2和EPHA3等基因表达来影响胶质瘤患者生存率，并发现EPHA3在七氟醚抑制胶质瘤细胞侵袭和迁移中的关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏临床验证	探讨七氟醚对神经系统疾病（如胶质瘤）影响的分子机制	胶质细胞和胶质瘤细胞	生物信息学	胶质瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	NA
618	2025-02-11	Exploring Origin-Dependent Susceptibility of Smooth Muscle Cells to Aortic Diseases Through Intersectional Genetics 2025-Feb-10, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070782 PMID:39925267	研究论文	本文通过开发一种先进的双重组酶介导的交集遗传系统，研究不同发育起源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性	开发了一种新的双重组酶介导的交集遗传系统，能够精确靶向不同发育起源的平滑肌细胞，并结合单细胞RNA测序技术研究TGF-β信号在不同主动脉段的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索不同发育起源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性，并研究其机制	小鼠的平滑肌细胞	遗传学	主动脉疾病	双重组酶介导的交集遗传系统，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
619	2025-02-11	Key Considerations on CITE-Seq for Single-Cell Multiomics 2025-Feb-09, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.202400011 PMID:39924789	综述	本文综述了CITE-Seq技术，一种同时分析单个细胞中基因表达和蛋白质丰度的先进单细胞测序方法	本文详细介绍了CITE-Seq的工作流程，并提供了使用抗体衍生标签（ADTs）染色细胞的关键考虑因素	本文主要基于微孔单细胞分析系统，可能不涵盖所有CITE-Seq应用场景	探讨CITE-Seq技术在单细胞多组学分析中的应用	单个细胞中的基因表达和蛋白质丰度	单细胞测序	NA	CITE-Seq, 单细胞mRNA测序, 抗体衍生标签（ADTs）	NA	基因表达数据, 蛋白质丰度数据	NA
620	2025-02-11	Integration of single-cell and bulk RNA-sequencing data to construct and validate a signature based on NK cell marker genes to predict immunotherapy response and prognosis in colorectal cancer 2025-Feb-07, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01842-7 PMID:39920524	研究论文	本研究旨在构建基于NK细胞标记基因的签名，以预测结直肠癌患者的免疫治疗反应和预后	通过整合单细胞RNA测序数据和TCGA结直肠癌样本的WGCNA分析，识别出NK细胞相关的核心基因和特征基因，并构建了一个新的预后签名	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	预测结直肠癌患者的免疫治疗反应和预后	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	LASSO回归分析	RNA测序数据	587个TCGA结直肠癌样本，124和201个GEO验证样本