单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 672 篇文献，本页显示第 581 - 600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 581 | 2025-02-17 |
Integrative machine learning model of RNA modifications predict prognosis and treatment response in patients with breast cancer
2025-Feb-13, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03651-y
PMID:39948551
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研究论文 | 本研究通过整合多种RNA修饰，开发了一个基于机器学习的RNA修饰特征模型（CMRS），用于预测乳腺癌患者的预后和治疗反应 | 首次整合九种RNA修饰，开发了CMRS模型，并揭示了RNA修饰在乳腺癌预后和治疗中的重要作用 | 研究为回顾性分析，需要前瞻性研究进一步验证CMRS模型的临床适用性 | 探索RNA修饰在乳腺癌预后和治疗中的作用，并开发预测模型 | 乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，免疫浸润分析，免疫组化 | CMRS模型 | RNA测序数据，单细胞RNA测序数据，免疫组化数据 | 15个独立的乳腺癌队列 |
| 582 | 2025-02-16 |
Cannabidiol restores hematopoietic stem cell stemness in mouse through Atf2-Lrp6 axis after acute irradiation
2025-Feb, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70092
PMID:39949985
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研究论文 | 本研究探讨了大麻二酚（CBD）在急性辐射后通过Atf2-Lrp6轴恢复小鼠造血干细胞干性的作用 | 发现CBD通过上调Atf2转录因子恢复造血干细胞的干性，并揭示了Atf2-Lrp6轴在辐射损伤修复中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 探索CBD在急性辐射后对造血干细胞的保护作用及其分子机制 | 小鼠造血干细胞 | 生物医学 | 辐射损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 583 | 2025-02-15 |
Screening Co-Diagnostic Genes for Lung Adenocarcinoma and Myocardial Infarction and Analysis of the Molecular Functions and Drug Value of the Genes
2025-Feb-11, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析发现肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，并分析其分子功能和潜在药物价值 | 首次发现MMP9作为肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，并揭示其在炎症和免疫调节中的作用 | 研究主要依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证 | 发现肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，分析其分子功能和潜在药物价值 | 肺腺癌和心肌梗死的基因表达数据 | 生物信息学 | 肺癌, 心血管疾病 | 生物信息学分析, WGCNA, PPI网络, LASSO, SVM-RFE, 单细胞测序 | LASSO, SVM-RFE | 基因表达数据 | 从TCGA和GEO数据库中获取的肺腺癌和心肌梗死数据集 |
| 584 | 2025-02-14 |
A novel gene signature for predicting outcome in colorectal cancer patients based on tumor cell-endothelial cell interaction via single-cell sequencing and machine learning
2025-Feb-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42237
PMID:39944338
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研究论文 | 本文通过单细胞测序和机器学习技术，开发了一种基于肿瘤细胞与内皮细胞相互作用的新基因特征，用于预测结直肠癌患者的预后 | 创新点在于结合单细胞RNA测序和机器学习算法，识别了与结直肠癌预后相关的肿瘤细胞与内皮细胞相互作用的分子特征，并开发了新的预后标志物 | 研究主要基于计算分析，缺乏实验验证，且样本来源和数据集的多样性可能影响结果的普适性 | 研究目的是通过分析肿瘤细胞与内皮细胞的相互作用，开发一种新的基因特征，以提高结直肠癌患者的预后预测精度 | 研究对象为结直肠癌患者的肿瘤细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 机器学习 | 机器学习算法 | RNA测序数据, 转录组数据 | 多个数据库中的结直肠癌患者样本 |
| 585 | 2025-02-14 |
Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap
2025-Feb-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005
PMID:39945785
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研究论文 | 本文介绍了一种名为HematoMap的工具，用于解析白血病的异质性和谱系异常 | 通过单细胞RNA测序数据和余弦距离算法，构建了正常造血过程的参考层次结构，并开发了LASSO评分模型来揭示AML和BCP-ALL患者的谱系异常 | 研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受限于数据质量和样本量 | 理解白血病的细胞起源和疾病起始及发展的机制 | 急性髓性白血病（AML）和B细胞前体急性淋巴细胞白血病（BCP-ALL）样本 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq） | LASSO评分模型 | RNA测序数据 | 25名健康捐赠者的100,000多个骨髓单核细胞 |
| 586 | 2025-02-14 |
Characterization of ferroptosis-related genes in aplastic anaemia: an integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data
2025-Feb-12, Acta haematologica
IF:1.7Q3
DOI:10.1159/000543656
PMID:39938486
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研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探讨了与再生障碍性贫血（AA）相关的铁死亡关键基因 | 首次在AA中整合使用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铁死亡相关基因在AA中的作用 | 研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于数据的质量和样本量 | 探索再生障碍性贫血中铁死亡相关基因的作用 | 再生障碍性贫血患者和对照组的RNA测序数据 | 生物信息学 | 再生障碍性贫血 | RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 587 | 2025-02-14 |
Analyzing and Validating the Role of Genes Related to Glucagon-like Peptide-1 Signaling in the Prognosis of Pancreatic Cancer
2025-Feb-12, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究旨在开发与胰高血糖素样肽-1（GLP-1）信号相关的可靠预后工具，以指导胰腺癌（PC）的治疗 | 开发了一个基于GLP-1信号的RiskScore模型，用于评估胰腺癌的预后，并通过单细胞RNA-seq和免疫浸润分析验证了其有效性 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据偏差，且样本量有限 | 开发一个可靠的预后评估模型，以改善胰腺癌的诊断和治疗 | 胰腺癌患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), CIBERSORT算法, ssGSEA方法, GSEA | RiskScore模型, nomogram模型 | RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据 | 来自UCSCXena和GEO数据库的胰腺癌患者数据，GSE156405队列用于单细胞RNA-seq分析 |
| 588 | 2025-02-14 |
Single Cell RNA Sequencing in Colorectal Cancer Immunology: Recent Updates, Application, and Emerging Challenges
2025-Feb-12, Current molecular medicine
IF:2.2Q3
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在结直肠癌免疫学中的最新进展、应用及面临的挑战 | 单细胞RNA测序技术的引入，使得研究者能够分析单个免疫细胞，克服了传统批量RNA测序的局限性，为癌症免疫反应和免疫治疗靶点的研究提供了新的视角 | 尽管单细胞RNA测序技术在癌症研究中展现出巨大潜力，但其在临床应用中仍面临技术和数据分析的挑战 | 探讨单细胞RNA测序技术在结直肠癌免疫学中的应用及其在推动个性化免疫治疗发展中的潜力 | 结直肠癌及其免疫反应 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 589 | 2025-02-14 |
Carboxylesterase 1-mediated endocannabinoid metabolism in skin: role in melanoma progression in BRafV600E/Pten-/- mice
2025-Feb-11, Cancer & metabolism
IF:6.0Q1
DOI:10.1186/s40170-025-00378-2
PMID:39934865
|
研究论文 | 本研究探讨了羧酸酯酶1（CES1）在皮肤中通过代谢内源性大麻素2-AG影响黑色素瘤进展的机制 | 首次证明了CES1在皮肤中的表达及其在黑色素瘤进展中的作用，提出CES1可能成为治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类黑色素瘤亚型的CES1表达模式仍需进一步验证 | 探讨CES1介导的2-AG代谢在黑色素瘤进展中的作用 | BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠模型中的黑色素瘤组织 | 肿瘤生物学 | 黑色素瘤 | 靶向代谢组学、化学蛋白质组学、活性蛋白质分析（ABPP）、靶向脂质组学、放射性示踪实验 | BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠模型 | 代谢物数据、蛋白质活性数据、单细胞RNA测序数据 | BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠的黑色素瘤组织及正常皮肤组织 |
| 590 | 2025-02-14 |
Contrasting cytotoxic and regulatory T cell responses underlying distinct clinical outcomes to anti-PD-1 plus lenvatinib therapy in cancer
2025-Feb-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.001
PMID:39889705
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组学和T细胞受体克隆型分析，比较了肝细胞癌（HCC）患者在抗PD-1联合lenvatinib治疗前后的T细胞反应，揭示了与临床疗效和耐药性相关的T细胞亚群 | 发现了肿瘤浸润的GZMK CD8效应/效应记忆T细胞（Teff/Tem）在联合治疗中的积极作用，以及未充分研究的KIR CD8 T细胞亚群和FOXP3 CD4调节性T细胞在非响应者中的富集 | 研究样本仅限于肝细胞癌患者，未涵盖其他类型的癌症 | 探索抗PD-1联合lenvatinib治疗在癌症中的免疫学机制 | 肝细胞癌（HCC）患者 | 免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组学，T细胞受体克隆型分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 肝细胞癌患者治疗前后的T细胞样本 |
| 591 | 2025-02-14 |
Single-cell pseudotime and intercellular communication analysis reveals heterogeneity and immune microenvironment in oral cancer
2025-Feb-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01918-4
PMID:39928204
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、伪时间分析和细胞间通讯分析，揭示了口腔癌的异质性和免疫微环境 | 首次使用单细胞分析技术揭示口腔癌肿瘤微环境中的细胞间通讯复杂性，提供了新的视角 | NA | 研究口腔癌的异质性和免疫微环境，探索其在肿瘤进展和免疫反应中的作用 | 口腔癌细胞及其微环境 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | PCA, UMAP, t-SNE | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 592 | 2025-02-14 |
Neonatal sevoflurane exposures inhibits DHHC5-mediated palmitoylation of TfR1 in oligodendrocytes, leading to hypomyelination and neurological impairments
2025-Feb-08, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.02.009
PMID:39929269
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研究论文 | 本研究探讨了新生儿麻醉暴露如何通过抑制DHHC5介导的TfR1棕榈酰化，导致少突胶质细胞中的铁积累和铁死亡，进而引起髓鞘形成不足和神经功能损伤 | 首次揭示了DHHC5在少突胶质细胞中的关键作用，阐明了TfR1相关铁死亡在新生儿麻醉相关神经毒性中的核心机制，并提出了DHHC5作为潜在治疗靶点的新视角 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 阐明铁稳态，特别是转铁蛋白受体1（TfR1）在新生儿麻醉易感性中的潜在作用和机制 | 少突胶质细胞和神经元 | 神经科学 | 新生儿麻醉相关神经损伤 | 共免疫沉淀实验、酰基树脂辅助捕获实验、单细胞RNA测序 | Pdgfrα-CreERT小鼠模型 | 基因表达数据、行为测试数据 | 从出生后第6天到第8天的小鼠 |
| 593 | 2025-02-14 |
Multiplexing cortical brain organoids for the longitudinal dissection of developmental traits at single-cell resolution
2025-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02555-5
PMID:39653820
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研究论文 | 本文开发并验证了多重化大脑类器官的策略，用于高分辨率解析神经发育轨迹，并链接特定个体的轨迹与遗传变异 | 开发了新的计算方法和多重化策略，包括SCanSNP和共识调用，以解决双细胞和低质量细胞识别的关键问题 | NA | 为大脑疾病和神经多样性建模提供高度可扩展的资源 | 大脑类器官 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | SCanSNP | 单细胞RNA测序数据 | 多个多能干细胞（PSC）系 |
| 594 | 2025-02-14 |
iFlpMosaics enable the multispectral barcoding and high-throughput comparative analysis of mutant and wild-type cells
2025-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02534-w
PMID:39672980
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研究论文 | 本文介绍了一种名为iFlpMosaics的工具包，用于在相同时间窗口和组织微环境中对多种荧光标记的野生型和Cre突变细胞进行重组酶依赖的比例诱导和单细胞克隆追踪 | iFlpMosaics工具包提供了新的遗传工具和小鼠品系，能够在相同时间窗口和组织微环境中对多种荧光标记的野生型和Cre突变细胞进行重组酶依赖的比例诱导和单细胞克隆追踪 | 当前技术在小鼠中诱导遗传嵌合体时缺乏准确性、通量或条形码多样性 | 研究基因功能及其在组织发育、稳态和疾病中对单个细胞生物学的影响 | 野生型和Cre突变细胞 | 生物医学 | NA | 多光谱成像、荧光激活流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA测序数据 | NA |
| 595 | 2025-02-09 |
Unveiling heterogeneity in rare cells by combining RNA-based sorting and scRNA-seq
2025-Feb, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-02073-2
PMID:39920268
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 596 | 2025-02-13 |
A single-cell transcriptome analysis reveals astrocyte heterogeneity and identifies CHI3L1 as a diagnostic biomarker in Parkinson's disease
2025-Feb-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42051
PMID:39931480
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了帕金森病中星形胶质细胞的异质性，并发现CHI3L1可能作为帕金森病的诊断生物标志物 | 首次在单细胞水平上揭示了帕金森病中星形胶质细胞的异质性，并识别出CHI3L1作为潜在的诊断标志物 | 研究主要基于公开的GEO数据库数据，缺乏独立验证队列 | 识别帕金森病中星形胶质细胞的异质性并研究与其分化轨迹相关的基因 | 帕金森病患者和正常样本中的星形胶质细胞 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞转录组分析, qRT-PCR, Western Blot | Monocle2, AUCell | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，但包括帕金森病患者和正常样本 |
| 597 | 2025-02-13 |
Integrative Multi-omics Analysis and Mendelian Randomization Reveal Potential Therapeutic Targets and their Stratification in Lung Squamous Cell Carcinoma
2025-Feb-06, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和孟德尔随机化方法，识别了肺鳞状细胞癌（LUSC）的潜在治疗靶点，并对其进行了分层 | 结合了bulk RNA测序、WGCNA、生存分析、孟德尔随机化、LASSO回归、PPI网络分析、免疫浸润评估、单细胞RNA测序和伪时间分析等多种技术手段，全面探索了LUSC的治疗靶点 | 未提及具体样本量，可能影响结果的普适性 | 识别肺鳞状细胞癌（LUSC）的新型治疗靶点，以改善其治疗策略 | 肺鳞状细胞癌（LUSC） | 数字病理 | 肺癌 | bulk RNA测序、WGCNA、孟德尔随机化、LASSO回归、PPI网络分析、单细胞RNA测序、伪时间分析 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 598 | 2025-02-13 |
Integrative mapping of human CD8+ T cells in inflammation and cancer
2025-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02530-0
PMID:39614111
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scAtlasVAE的深度学习模型，用于整合大规模单细胞RNA测序数据并进行跨图谱比较，构建了一个广泛的人类CD8 T细胞图谱 | 开发了scAtlasVAE模型，能够整合大规模单细胞RNA测序数据，构建了包含1,151,678个细胞的人类CD8 T细胞图谱，揭示了不同细胞亚型之间的联系及其表型和功能转变 | NA | 研究人类CD8 T细胞在炎症和癌症中的克隆景观和动态变化 | 人类CD8 T细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | VAE（变分自编码器） | 单细胞RNA测序数据 | 1,151,678个细胞，来自961个样本，涵盖68项研究和42种疾病条件 |
| 599 | 2024-12-01 |
Human CD8+ T cell map with single-cell transcriptome and TCR information
2025-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02529-7
PMID:39614112
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 600 | 2024-12-01 |
Publisher Correction: Massively parallel single-cell sequencing of diverse microbial populations
2025-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02570-6
PMID:39614113
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |