单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-21	Multiple Myeloma Insights from Single-Cell Analysis: Clonal Evolution, the Microenvironment, Therapy Evasion, and Clinical Implications 2025-Feb-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17040653 PMID:40002248	综述	本文综述了多发性骨髓瘤（MM）的复杂性及异质性，探讨了克隆进化、肿瘤微环境、治疗逃逸机制及其临床意义	利用单细胞技术（如单细胞转录组学、基因组学和多组学）深入解析MM的细胞水平异质性，识别罕见细胞群和耐药机制	单细胞技术成本高、数据复杂，且临床应用中存在生物信息学标准化和伦理问题	增强对MM进展机制的理解，优化个性化治疗策略并改善患者预后	多发性骨髓瘤（MM）及其微环境	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学、单细胞基因组学、多组学	NA	单细胞数据	NA
42	2025-07-21	Suppressing recurrence in Sonic Hedgehog subgroup medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179 2025-Feb-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54861-3 PMID:39904981	research paper	研究OLIG2抑制剂CT-179在抑制Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发中的治疗潜力	首次证实CT-179通过破坏OLIG2二聚化、磷酸化和DNA结合，改变肿瘤细胞周期动力学，增加分化和凋亡，从而延长生存期并增强放疗效果	未明确提及研究样本量是否足够大，以及是否涵盖所有SHH-MB亚型	开发针对SHH亚型髓母细胞瘤中OLIG2+肿瘤干细胞的特异性治疗方案	SHH-MB移植器官样体、PDX和GEM SHH-MB模型	肿瘤治疗	髓母细胞瘤	scRNA-seq	PDX和GEM模型	转录组数据	NA
43	2025-07-21	BRD4 inhibition rewires cardiac macrophages toward a protective phenotype marked by low MHC class II expression 2025-Feb-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00438.2024 PMID:39716819	research paper	研究BRD4抑制如何通过改变心脏巨噬细胞的表型，减少炎症反应并促进心脏修复	揭示了BRD4抑制通过调控巨噬细胞的MHC-II表达和NF-κB信号通路，促进心脏修复的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索BET抑制剂JQ1改善心脏结构和功能的细胞机制	心脏巨噬细胞和单核细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	小鼠缺血/再灌注损伤模型	基因表达数据	小鼠心脏组织及培养的巨噬细胞
44	2025-07-21	Variants and vaccines impact nasal immunity over three waves of SARS-CoV-2 2025-Feb, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02052-z PMID:39833605	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2变体和宿主疫苗接种状态如何影响人类鼻黏膜的细胞反应	首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了Delta和Omicron变体感染下鼻黏膜的细胞组成变化，并比较了疫苗接种对细胞反应的影响	研究样本可能不足以代表所有人群，且未考虑其他潜在影响因素	了解SARS-CoV-2不同变体和疫苗接种状态对鼻黏膜免疫反应的影响	接种和未接种疫苗的成年人鼻咽拭子样本	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	来自Delta和Omicron感染患者的鼻咽拭子样本，并与原始SARS-CoV-2感染数据整合
45	2025-07-20	SELP+ TEC:CD8+ T cell crosstalk associates with improved radiotherapy efficacy in cervical cancer 2025-Feb-03, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02244-7 PMID:39901166	研究论文	本研究探讨了P-选择素（SELP）在宫颈癌（CC）内皮细胞中的表达及其通过ACKR1-CCL5轴与CD8 T细胞的相互作用如何增强放疗效果	首次揭示了SELP在肿瘤内皮细胞（TECs）中的表达与放疗疗效的关联，并发现了SELP TECs通过ACKR1-CCL5轴与CD8 T细胞进行交互的新机制	研究样本量有限，且机制研究仍需进一步实验验证	探究SELP在宫颈癌抗肿瘤免疫及放疗反应中的作用机制	宫颈癌患者肿瘤组织样本及单细胞RNA测序数据	肿瘤免疫学	宫颈癌	scRNA-seq, bulk RNA-sequencing	NA	RNA测序数据	205例宫颈癌患者肿瘤组织样本，42,159个细胞的scRNA-seq数据（来自8例患者），187例接受放疗患者的bulk RNA测序数据
46	2025-07-19	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase provides protection from experimental acute kidney injury 2025-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639065 PMID:40027701	研究论文	研究甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）抑制在急性肾损伤（AKI）中的潜在保护作用	首次提出MTAP抑制作为一种新型的肾脏保护策略，并通过RNA测序揭示了其调控炎症、氧化磷酸化和细胞存活相关通路的作用机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	探索MTAP抑制作为急性肾损伤治疗策略的潜力	急性肾损伤小鼠模型及人类单细胞RNA测序数据	代谢调控	急性肾损伤	RNA测序、单细胞RNA测序	小鼠AKI模型	RNA测序数据	小鼠模型及人类单细胞RNA测序数据（具体数量未提及）
47	2025-07-15	A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.636192 PMID:40027755	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，构建了一个包含超过51,000个SST+神经元的小鼠转录组数据资源Dev-SST-Atlas，揭示了抑制性神经元在发育过程中的三种多样化模式	开发了一种计算流程来富集和整合多个数据集中的稀有细胞类型，并首次描述了SST+抑制性神经元的三种多样化轨迹	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及胎儿期，可能无法完全代表人类发育过程	探索大脑皮层抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制	小鼠和人类胎儿中的SST+抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	计算分析流程	转录组数据	超过51,000个小鼠SST+神经元
48	2025-07-14	Tissue extracellular vesicles suppress neonatal cardiac regeneration: a Pak2-Erk1/2-mediated macrophage paracrine signaling 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024193 PMID:39949198	研究论文	研究发现小鼠出生后第8天心肌组织来源的细胞外囊泡（P8-EVs）通过Pak2-Erk1/2信号轴调控巨噬细胞的旁分泌活动，从而影响心肌细胞增殖	首次揭示P8-EVs通过Pak2-Erk1/2信号轴调控巨噬细胞功能进而抑制心肌细胞增殖的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类心肌再生机制是否相同尚需验证	探究心肌细胞增殖能力随发育下降的分子机制	小鼠心肌细胞和巨噬细胞	心血管生物学	心血管疾病	生物信息学分析、高通量组学、单细胞测序	小鼠心肌梗死模型	单细胞转录组数据、蛋白组数据	未明确说明具体样本数量，使用P1/P8不同发育阶段小鼠心肌组织
49	2025-07-14	Similarities and differences in the response and molecular characteristics of peripheral sensory neurons associated with pain and itch 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024202 PMID:39953797	研究论文	本研究探讨了背根神经节（DRG）神经元对疼痛和瘙痒的不同反应及其分子特征	使用双光子钙成像和单细胞RNA测序技术揭示了多感觉神经元和单感觉神经元对疼痛和瘙痒的不同反应强度及转录组变化	研究未涉及DRG神经元在疼痛和瘙痒传导中的具体机制	探究DRG神经元对疼痛和瘙痒的不同反应及其分子基础	背根神经节（DRG）神经元	神经科学	慢性疼痛和瘙痒	双光子钙成像, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	钙成像数据, 转录组数据	未明确提及具体样本数量
50	2025-07-06	The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments 2025-Feb-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5977005/v1 PMID:39989953	research paper	该研究评估了基因型分型去复用方法在单核多组学测序实验中的表现，特别是在存在环境RNA/DNA污染的情况下	开发了ambisim，一种能够灵活控制环境分子比例并生成真实联合snRNA/snATAC数据的基因型感知读取水平模拟器	研究主要基于模拟数据，虽然也应用于两个真实数据集，但样本量可能有限	评估和改进单核多组学测序实验中的样本去复用方法	单核RNA测序(snRNA-seq)和单核ATAC测序(snATAC-seq)数据	生物信息学	NA	单核多组学测序(snRNA/snATAC assays)	NA	基因组测序数据	两个真实的联合snRNA/snATAC数据集
51	2025-07-06	The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.06.636969 PMID:39975005	research paper	本文评估了在单核多组学测序实验中环境污染物对基于基因型的去复用方法的影响，并开发了一个新的模拟器ambisim来模拟环境分子比例	开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成真实的联合snRNA/snATAC数据	研究主要基于模拟数据，实际数据验证有限	评估环境污染物对单核多组学测序实验中去复用方法的影响	单核多组学测序数据，特别是snATAC-seq和联合snRNA/snATAC实验	生物信息学	NA	单核多组学测序，snATAC-seq，snRNA-seq	NA	测序数据	两个联合snRNA/snATAC数据集
52	2025-07-02	Altered immune landscape of cervical lymph nodes reveals Epstein-Barr virus signature in multiple sclerosis 2025-02-21, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adl3604 PMID:39982975	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和转录组与表位测序的细胞索引技术，分析了多发性硬化症(MS)患者深颈淋巴结(dcLNs)的免疫景观，揭示了EB病毒(EBV)在MS发病机制中的关键作用	首次在MS患者的dcLNs中观察到EBV驱动的B细胞失调，并检测到EBV DNA和病毒载量的增加	研究样本量有限，且仅针对新诊断未治疗的MS患者	探究EBV感染与多发性硬化症发病机制之间的关系	新诊断未治疗的多发性硬化症患者	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序, 转录组与表位测序的细胞索引	NA	RNA测序数据, 唾液样本	新诊断未治疗的MS患者样本
53	2025-07-02	IL-4 induces CD22 expression to restrain the effector program of virtual memory T cells 2025-02-07, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk4841 PMID:39919198	research paper	本文研究了IL-4如何通过诱导CD22表达来调控虚拟记忆T细胞的效应程序	首次发现CD22作为IL-4诱导T细胞的选择性表面标记物，并揭示了CD22在调控IL-4依赖性T细胞效应程序中的内在作用	研究主要聚焦于CD8 T细胞，未涉及其他免疫细胞类型的潜在作用	阐明IL-4依赖性T细胞激活和扩增的调控机制	虚拟记忆CD8 T细胞	免疫学	寄生虫感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
54	2025-07-01	Fucosylated haptoglobin promotes inflammation via Mincle in sepsis: an observational study 2025-Feb-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56524-3 PMID:39904983	研究论文	本研究揭示了脓毒症患者血浆中Hp的末端岩藻糖基化水平升高及其通过Mincle受体促进炎症反应的机制	首次发现脓毒症患者Hp的特定岩藻糖基化修饰（Asn207和Asn211）与炎症反应增强相关，并阐明Fu-Hp通过Mincle受体激活炎症信号通路的分子机制	观察性研究设计无法确定因果关系，样本量未明确说明	探究岩藻糖基化Hp在脓毒症炎症反应中的作用机制	脓毒症患者血浆样本和小鼠模型	分子病理学	脓毒症	单细胞RNA测序、蛋白质纯化	NA	血浆蛋白质组数据、单细胞转录组数据	脓毒症患者与健康对照（具体数量未说明）
55	2025-06-27	Spatial transcriptomics defines the cell-specific RNA landscape of equine dorsal root ganglia 2025-Feb-06, Veterinary pathology IF:2.3Q1 DOI:10.1177/03009858241312623 PMID:39916473	research paper	本研究利用空间转录组学技术定义了健康成年马背根神经节（DRG）中细胞特异性的RNA景观	首次将人类细胞标记物应用于马DRG的空间转录组学研究，并成功识别了不同区域的基因表达差异	研究仅针对健康成年马，未涉及疾病状态下的转录变化	进一步定义马背根神经节的空间转录组学景观	健康成年马的背根神经节（DRG）	空间转录组学	NA	GeoMx Digital Spatial Profiling from NanoString	NA	RNA表达数据	未明确提及样本数量，研究对象为健康成年马的DRG
56	2025-06-27	Current molecular understanding of central nervous system schwannomas 2025-02-05, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-01937-w PMID:39910685	综述	本文综述了中枢神经系统神经鞘瘤的分子生物学研究现状，包括基因突变、表观遗传调控及肿瘤微环境的最新发现	揭示了新型遗传变异如SH3PXD2A::HTRA1融合基因、VGLL融合及SOX10突变，并探讨了单细胞测序和多组学分析在肿瘤异质性研究中的应用	对神经鞘瘤分子生物学的理解仍不完整，部分机制尚存争议	阐明中枢神经系统神经鞘瘤的肿瘤发生和进展机制，为开发新治疗靶点提供依据	中枢神经系统神经鞘瘤	分子生物学	神经鞘瘤	单细胞测序、多组学分析	NA	基因组数据、表观遗传数据	NA
57	2025-06-27	CRISPR-Cas9 screening identifies the role of FER as a tumor suppressor 2025-02, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6374 PMID:39648412	研究论文	通过CRISPR-Cas9筛选发现FER作为肿瘤抑制基因的作用	首次通过体内全基因组CRISPR-Cas9筛选鉴定FER为肿瘤抑制基因，并揭示了其在肿瘤起始和进展中的关键作用	研究未涉及FER在特定肿瘤类型中的具体作用机制，且临床应用的潜力尚未验证	系统识别肿瘤抑制基因以增进对肿瘤发生的理解并开发早期诊断和疾病缓解策略	FER基因及其在肿瘤发生中的作用	肿瘤生物学	肿瘤	CRISPR-Cas9筛选, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及体内和体外实验
58	2025-06-24	Recent advancement in the spatial immuno-oncology 2025-02, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2024.12.003 PMID:39705969	综述	本文总结了空间转录组学和空间蛋白质组学的最新进展及其在肿瘤微环境研究中的应用	强调了空间组学数据的概念框架及其在免疫肿瘤学领域的更新知识	NA	总结空间组学技术在免疫肿瘤学领域的应用和进展	肿瘤微环境中的细胞类型和细胞状态	数字病理学	肿瘤	空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	空间组学数据	NA
59	2025-06-24	Single-cell and spatial characterization of plasmablast-like lymphoma cells in primary central nervous system lymphoma 2025-Feb, Blood neoplasia DOI:10.1016/j.bneo.2024.100058 PMID:40454408	研究论文	通过单细胞和空间多组学分析，研究原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中浆母细胞样淋巴瘤细胞的细胞和空间异质性及其微环境	首次在PCNSL中发现具有浆母细胞（PBL）特征的淋巴瘤亚群，并揭示了其与微环境的独特分子和空间相互作用	样本量相对较小，且研究结果需要进一步验证	探究PCNSL中肿瘤细胞的异质性及其与微环境的关系	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）患者	数字病理学	淋巴瘤	单细胞测序、空间多组学分析、B细胞受体（BCR）分析、CD138免疫组织化学染色	NA	单细胞数据、空间数据	约40%的PCNSL患者
60	2025-06-21	Spatially resolved transcriptomics reveal the determinants of primary resistance to immunotherapy in NSCLC with mature tertiary lymphoid structures 2025-Feb-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101934 PMID:39909044	研究论文	该研究通过空间转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了非小细胞肺癌(NSCLC)中成熟三级淋巴结构(mTLSs)阳性患者对免疫检查点抑制剂(ICIs)原发性耐药的决定因素	发现了两种特定的癌症相关成纤维细胞(CAFs)亚群在mTLS阳性NSCLC中对ICIs原发性耐药的关键作用，并揭示了这些CAFs与免疫排斥、CD8 T细胞耗竭和调节性CD4 T细胞浸润增加的关联	研究样本量虽然较大(n=509)，但可能仍不足以覆盖所有NSCLC亚型	揭示mTLS阳性NSCLC患者对ICIs原发性耐药的决定因素，以提高免疫治疗效果	非小细胞肺癌(NSCLC)患者，特别是mTLS阳性且接受ICI治疗的患者	数字病理学	肺癌	空间转录组学、多重免疫荧光(mIF)	NA	转录组数据、免疫荧光图像	509名来自BIP研究(NCT02534649)的NSCLC患者