单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 649 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies molecular biomarkers predicting late progression to CDK4/6 inhibition in patients with HR+/HER2- metastatic breast cancer
2025-Feb-15, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02226-9
PMID:39955556
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂晚期进展的分子生物标志物 | 首次在单细胞水平分析CDK4/6抑制剂治疗前后肿瘤微环境变化，识别出预测晚期进展的分子特征和免疫细胞动态 | 样本量相对有限，需要更多独立队列验证生物标志物的临床适用性 | 开发预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂治疗反应的生物标志物 | HR+/HER2-转移性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自肝转移、胸腔积液、腹水和骨转移等多个转移部位的肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 42 | 2025-10-05 |
Chronic inflammation deters natural killer cell fitness and cytotoxicity in myeloid leukemia
2025-Feb-25, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024014592
PMID:39571169
|
研究论文 | 本研究探讨慢性炎症如何通过TNFα信号通路损害自然杀伤细胞功能，从而影响慢性髓系白血病的免疫监视 | 首次在CML模型中系统揭示TNFα诱导的炎症信号通过上调Cish等检查点基因抑制NK细胞功能的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限，需要进一步临床研究确认治疗潜力 | 阐明慢性髓系白血病微环境中NK细胞功能受损的分子机制 | 慢性髓系白血病小鼠模型、健康供体NK细胞、CML患者样本 | 免疫学 | 慢性髓系白血病 | 单细胞RNA测序、体外功能实验 | 嵌合BCR::ABL1+ CML小鼠模型 | 基因表达数据、功能实验数据 | CML小鼠模型、健康供体NK细胞、未治疗CML患者血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 43 | 2025-10-05 |
Identifying differentiation markers between dermal fibroblasts and adipose-derived mesenchymal stromal cells (AD-MSCs) in human visceral and subcutaneous tissues using single-cell transcriptomics
2025-Feb-11, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04185-w
PMID:39934849
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学鉴定人内脏和皮下组织中真皮成纤维细胞与脂肪来源间充质基质细胞的区分标志物 | 首次使用单细胞RNA测序技术在同一供体的不同组织中系统比较AD-MSCs和成纤维细胞的转录组差异 | 样本来源相对有限，所有组织样本来自同一批供体 | 鉴定能够区分脂肪来源间充质基质细胞和成纤维细胞的分子标志物 | 人皮下和内脏脂肪组织中的AD-MSCs以及皮肤成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 定量PCR | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据, qPCR数据 | 来自同一供体的皮下脂肪组织、内脏脂肪组织和皮肤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2025-10-05 |
Human memory CD4+ T-cells recognize Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages amid broader pathogen-specific responses
2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.23.639515
PMID:40060660
|
研究论文 | 本研究揭示了人类记忆CD4+T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞的机制及其在结核病免疫中的作用 | 首次在潜伏性结核感染者中量化T细胞对感染巨噬细胞的识别，并通过TCR测序和单细胞转录组学揭示了特异性T细胞克隆的特征 | 研究仅针对潜伏性结核感染者，未涉及活动性结核病患者；使用单核细胞来源的巨噬细胞模型可能不完全反映体内情况 | 探究记忆CD4+T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞的机制及其在结核病免疫保护中的作用 | 潜伏性结核感染者的单核细胞来源巨噬细胞和自体记忆CD4+T细胞 | 免疫学 | 结核病 | T细胞受体测序，单细胞转录组学 | NA | 基因组测序数据，转录组数据 | 潜伏性结核感染者的免疫细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2025-10-05 |
Identification and Pharmacological Targeting of Treatment-Resistant, Stem-like Breast Cancer Cells for Combination Therapy
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.08.562798
PMID:38798673
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析识别并靶向治疗耐药性乳腺癌干细胞样细胞，开发基于机制的联合疗法 | 利用单细胞RNA测序和网络分析方法识别调控化疗耐药性癌症干细胞样细胞的主调控蛋白，并发现抗寄生虫药物阿苯达唑可特异性清除该亚群 | 研究样本量有限，仅包含7名转移性乳腺癌患者，需要在更大队列中验证 | 开发针对治疗耐药性乳腺癌干细胞样细胞的联合治疗策略 | 转移性乳腺癌患者样本和三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型 | 单细胞分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，CROP-seq测定，患者来源异种移植模型 | 网络分析 | 单细胞RNA测序数据 | 7名转移性乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2025-10-05 |
Single Cell Spatial Transcriptomics of the Murine Embryonic Palate Links Pax9 to Patterning and Organization of Extracellular Matrix Components
2025-Feb-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5969552/v1
PMID:40034445
|
研究论文 | 本研究首次在小鼠腭裂模型中应用单细胞空间转录组学技术，揭示了Pax9基因与细胞外基质成分模式化和组织的关联 | 首次在腭裂模型中实施单细胞空间RNA测序研究，采用新兴的Visium HD平台实现真正的单细胞分辨率空间转录组分析 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探索腭裂的基因组基础，识别关键分子靶点以开发有效治疗方法 | 小鼠胚胎腭部组织，在多个发育时间点进行研究 | 空间转录组学 | 腭裂 | 单细胞空间RNA测序，原位mRNA空间分析，RNAscope多重检测 | NA | 空间基因表达数据 | 多个发育时间点的小鼠胚胎腭部组织样本 | 10x Genomics | 单细胞空间转录组学，空间转录组学 | Visium HD, Xenium | Visium HD平台使用2×2 μm空间基因表达数据的自定义分箱，Xenium原位mRNA空间分析 |
| 47 | 2025-10-05 |
mTOR signaling regulates multiple metabolic pathways in human lung fibroblasts after TGF-β and in pulmonary fibrosis
2025-Feb-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00189.2024
PMID:39745695
|
研究论文 | 本研究探讨mTOR信号通路在TGF-β处理后的人肺成纤维细胞及肺纤维化中调控多种代谢途径的作用机制 | 首次系统揭示mTOR和ATF4在肺成纤维细胞中调控氨基酸稳态、糖酵解和TCA循环代谢物的新机制，并通过单细胞RNA-seq数据验证这些代谢重编程在IPF患者肺中的存在 | 研究主要基于体外细胞模型，需要进一步体内实验验证；代谢调控机制的具体下游效应仍需深入探索 | 阐明mTOR信号通路在肺纤维化过程中调控成纤维细胞代谢重编程的分子机制 | 人肺成纤维细胞和特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织 | 分子生物学 | 肺纤维化 | RNA测序, 代谢组学分析, 单细胞RNA-seq数据分析 | NA | 基因表达数据, 代谢物数据, 单细胞转录组数据 | 人肺成纤维细胞系及公开可用的IPF患者单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 48 | 2025-10-06 |
Transcriptomic responses of lung mesenchymal cells during pneumonia
2025-Feb-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177084
PMID:39998887
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肺炎期间肺间充质细胞的转录组响应 | 首次系统揭示肺炎期间不同类型肺间充质细胞的转录组动态变化及其特异性免疫活动 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 阐明肺间充质细胞在呼吸道感染中的功能和响应机制 | 小鼠肺组织中的间充质细胞 | 单细胞转录组学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠肺组织单细胞悬液（包括初始状态、肺炎期和感染恢复期） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 49 | 2025-10-06 |
A transcriptome-wide association study integrating multi-omics bioinformatics and Mendelian randomization reveals the prognostic value of ADAMDEC1 in colon cancer
2025-02, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-024-03910-3
PMID:39680087
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法，揭示了ADAMDEC1基因在结肠癌预后中的保护作用 | 首次结合单细胞测序数据、批量转录组数据和孟德尔随机化方法系统鉴定结肠癌预后相关细胞和基因 | NA | 探索结肠癌预后相关的生物标志物 | 结肠癌患者 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞测序, 批量转录组测序, 孟德尔随机化, 免疫组化 | scissor算法, 摘要数据孟德尔随机化(SMR) | 基因表达数据, GWAS数据, 免疫组化图像 | 两个独立外部验证数据集(GSE17536和GSE39582)及真实世界组织数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2025-10-06 |
Breaking new ground: Unraveling the USP1/ID3/E12/P21 axis in vascular calcification
2025-02, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1016/j.trsl.2024.09.002
PMID:39326697
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了血管钙化中USP1/ID3/E12/P21轴的新调控机制 | 首次发现USP1/ID3/E12/P21调控轴在血管钙化中的关键作用，并识别ID3作为调节血管平滑肌细胞功能的核心基因 | NA | 解析血管钙化的细胞动力学和调控机制 | 血管平滑肌细胞、钙化动脉粥样硬化核心区及邻近区域 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2025-10-06 |
FBXO2 as a switch guides a special fate of tumor clones evolving into a highly malignant transcriptional subtype in oral squamous cell carcinoma
2025-02, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-024-02033-5
PMID:39487312
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了口腔鳞状细胞癌中FBXO2基因作为关键开关引导肿瘤克隆向高恶性转录亚型演化的机制 | 首次发现FBXO2基因作为关键调控开关，引导肿瘤克隆向高恶性转录亚型转化，并阐明其通过复杂网络调控肿瘤细胞功能亚型的机制 | 未明确FBXO2调控网络的具体分子通路和下游效应机制 | 解析口腔鳞状细胞癌中肿瘤克隆的动态演化特征和恶性进展机制 | 口腔鳞状细胞癌肿瘤细胞及其克隆演化 | 单细胞测序分析 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 52 | 2025-10-06 |
Dysregulation of R-loop homeostasis shapes the immunosuppressive microenvironment and induces malignant progression in melanoma
2025-02, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-024-02039-z
PMID:39487313
|
研究论文 | 本研究通过建立R-loop评分模型，揭示了R-loop稳态失调在黑色素瘤恶性进展和免疫抑制微环境形成中的关键作用 | 首次建立了基于单细胞RNA测序数据的R-loop评分模型，并发现CENPA介导的R-loop分布变化在黑色素瘤进展中的新机制 | 研究主要基于测序数据和功能实验，需要进一步体内验证和临床转化研究 | 探索R-loop在黑色素瘤发展中的作用机制及其与免疫微环境的关联 | 黑色素瘤细胞和免疫微环境 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, DNA/RNA免疫沉淀测序 | 评分模型 | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2025-10-06 |
Mapping the topography of spatial gene expression with interpretable deep learning
2025-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02503-3
PMID:39849132
|
研究论文 | 开发了一种名为GASTON的无监督可解释深度学习算法，用于分析空间转录组数据并构建组织切片的地形图 | 提出了isodepth概念来量化空间基因表达模式，并开发了能够同时学习isodepth、空间梯度和分段线性表达函数的深度学习算法 | 未提及具体的数据稀疏程度对算法性能的影响及计算复杂度分析 | 解决空间转录组数据稀疏性问题，分析空间基因表达模式 | 多种组织中的空间基因表达模式，包括大脑神经元分化和肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组技术 | 深度学习神经网络 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 54 | 2025-10-06 |
Construction of the Single-Cell Landscape of Hashimoto's Thyroiditis Tissue and Peripheral Blood by Single-Cell RNA Sequencing
2025-02, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.70153
PMID:39931830
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建桥本甲状腺炎组织和外周血的单细胞图谱 | 首次构建桥本甲状腺炎的单细胞全景图谱，发现新的细胞亚群B_MEF2B_BCL6和TFC_PAX8_NKX2-1 | 样本量较小（6例HT患者组织+4例PBMC+1例正常对照） | 探索桥本甲状腺炎的发病机制 | 桥本甲状腺炎患者的甲状腺组织和外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 桥本甲状腺炎 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例HT患者甲状腺组织、4例HT患者PBMC、1例正常甲状腺组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 55 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis of Endothelial Cell Injury in IgA Nephropathy
2025-02, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.70149
PMID:39945225
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析IgA肾病中肾内皮细胞的损伤机制 | 首次通过单细胞测序揭示IL-6通过Rac1负调控VE-cad表达的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于HRGECs细胞模型 | 探究IgA肾病中肾内皮细胞在肾脏损伤中的具体作用机制 | IgA肾病患者的肾脏活检组织和人肾小球内皮细胞 | 单细胞组学 | IgA肾病 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 细胞实验 | hdWGCNA, AUCell | 单细胞基因表达数据 | 来自GEO数据库的IgA肾病和对照肾脏组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals the dynamic changes in the tumor microenvironment during NMIBC recurrence
2025-02, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-024-02044-2
PMID:39633115
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析非肌层浸润性膀胱癌复发过程中肿瘤微环境的动态变化 | 识别了复发NMIBC中高表达COL18A1的肿瘤相关成纤维细胞亚型和高表达IL-6的巨噬细胞亚型，并发现尿路上皮癌细胞中雌激素上调现象 | 样本量较小（仅10个样本），研究结果需要在更大规模研究中进一步验证 | 探究膀胱癌复发过程中肿瘤微环境的分子机制 | 非肌层浸润性膀胱癌患者样本 | 单细胞测序分析 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序，多重免疫荧光实验 | 伪时间轨迹分析，细胞间通讯分析，功能富集分析 | 单细胞转录组数据，免疫荧光图像数据 | 10个原发性和复发性NMIBC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 57 | 2025-10-06 |
HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200
PMID:39680021
|
研究论文 | 本研究确立HMGA2作为胰腺导管腺癌基底样疾病的标志物，并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的应用价值 | 首次发现HMGA2蛋白表达能预测胰腺癌基底样亚型、患者生存和治疗反应，优于传统标志物细胞角蛋白5/17 | 样本量相对有限，需要更多独立队列验证 | 建立HMGA2作为胰腺导管腺癌生物标志物，用于疾病分型、预后预测和治疗反应评估 | 胰腺导管腺癌患者组织样本 | 数字病理 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，多重免疫组化 | NA | 基因表达数据，蛋白质表达数据，临床数据 | 主要队列580例PDAC样本，补充30例样本，多个独立单细胞RNA-seq数据库 | NA | 单细胞RNA-seq，多重免疫组化 | NA | NA |
| 58 | 2025-10-06 |
Comparison of differences in transcriptional and genetic profiles between intra-central nervous system and extra-central nervous system large B-cell lymphoma
2025-02, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2024.101119
PMID:39733690
|
研究论文 | 通过多组学测序比较中枢神经系统内和中枢神经系统外大B细胞淋巴瘤的转录和遗传特征差异 | 首次通过单细胞RNA测序和全外显子测序系统揭示PCNS-DLBCL特有的B细胞亚群、免疫抑制微环境和BCR-NFkB/TLR通路突变特征 | 样本量相对有限（93例患者），且为观察性研究 | 探索PCNS-DLBCL的特定发病机制和治疗靶点 | PCNS-DLBCL、继发性CNS-DLBCL和颅外DLBCL患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 全外显子测序, 多组学测序 | NA | 转录组数据, 基因组数据 | 93例患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 59 | 2025-10-06 |
β-Catenin mediated TAM phenotype promotes pancreatic cancer metastasis via the OSM/STAT3/LOXL2 axis
2025-02, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2024.101096
PMID:39740539
|
研究论文 | 本研究揭示了β-连环蛋白通过调控肿瘤相关巨噬细胞表型促进胰腺癌转移的新机制 | 首次发现β-连环蛋白信号在TAM中特异性激活，并鉴定出β-连环蛋白/OSM-STAT3/LOXL2信号轴在TAM诱导的胰腺癌进展中的关键作用 | 研究主要基于细胞系和动物模型，需要进一步在临床样本中验证 | 探究肿瘤相关巨噬细胞促进胰腺导管腺癌进展的分子机制 | 胰腺导管腺癌细胞、THP-1来源的巨噬细胞、Panc02肺转移模型 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 体外共培养, 体内转移模型 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2025-10-06 |
Osteocyte connexin hemichannels and prostaglandin E2 release dictate bone marrow mesenchymal stromal cell commitment
2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2412144122
PMID:39937859
|
研究论文 | 本研究揭示了骨细胞连接蛋白43半通道通过释放前列腺素E2调控骨髓间充质干细胞谱系分化的关键机制 | 首次发现骨细胞Cx43半通道通过PGE2释放调控BM-MSPC命运决定，揭示了骨细胞与间充质干细胞间的新型通讯机制 | 研究主要基于转基因小鼠模型，人类组织验证尚不充分 | 探究骨细胞如何通过Cx43半通道调控骨髓间充质干细胞的谱系定向分化 | 转基因小鼠模型的骨髓间充质干细胞和祖细胞 | 细胞生物学 | 骨骼疾病 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据，细胞表型数据 | 两种Cx43突变转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |