单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-03-20	Single-Cell Landscape of Peripheral Blood Mononuclear Cells in Patients With Graves Disease 2025-Feb-27, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf038 PMID:39996309	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了Graves病（GD）患者外周血单个核细胞（PBMCs）的细胞组成和功能变化	首次在单细胞分辨率下描绘了GD患者PBMCs的细胞景观，揭示了免疫细胞亚群的组成和功能特征性变化	样本量相对较小（8名GD患者和12名健康对照），可能限制结果的普遍性	探讨GD患者PBMCs的细胞组成和功能变化	Graves病（GD）患者和健康对照的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞组学	Graves病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	22,680个外周血单个核细胞（PBMCs），来自8名GD患者和12名健康对照
42	2025-03-20	Dissection of Gαs and Hedgehog signaling crosstalk reveals therapeutic opportunities to target adenosine receptor 2b in Hedgehog-dependent tumors 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639530 PMID:40060632	研究论文	本文探讨了Gαs和Hedgehog信号通路的交叉作用，揭示了在Hedgehog依赖性肿瘤中靶向腺苷受体2b的治疗机会	研究发现Gαs通路失活导致的肿瘤与经典Hedgehog SMO驱动的肿瘤相似，并提出了通过激活Gαs偶联的腺苷2B受体来抑制肿瘤形成的新治疗策略	NA	研究Gαs和Hedgehog信号通路的相互作用及其在基底细胞癌（BCC）治疗中的应用	小鼠BCC样肿瘤和人类BCC	分子生物学	基底细胞癌	组织学、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
43	2025-03-20	Human memory CD4+ T-cells recognize Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages amid broader pathogen-specific responses 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.23.639515 PMID:40060660	研究论文	本文研究了人类记忆CD4+ T细胞如何识别被结核分枝杆菌（Mtb）感染的巨噬细胞，并探讨了这些T细胞在结核病（TB）预防中的作用	研究发现，在稳定的潜伏性结核感染（LTBI）中，超过70%的独特和90%的总Mtb特异性TCR克隆型与识别感染巨噬细胞相关，同时揭示了Mtb特异性T细胞的效应功能特征	研究中发现部分T细胞需要外源性抗原暴露才能识别感染巨噬细胞，表明识别过程不完全	研究目的是了解CD4+ T细胞如何识别被Mtb感染的巨噬细胞，并探讨这些T细胞在结核病预防中的作用	研究对象为潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞	免疫学	结核病	T细胞抗原受体（TCR）测序、单细胞转录组学	NA	基因序列数据、单细胞转录组数据	潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞
44	2025-03-20	MIG-21 is a novel regulator of Wnt and Netrin signaling in gonad migration identified from published scRNA-seq data and functionally validated in C. elegans 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639896 PMID:40060509	研究论文	本文利用已发表的单细胞RNA测序数据，发现了一个新的调节Wnt和Netrin信号通路的基因MIG-21，并在秀丽隐杆线虫中进行了功能验证	首次发现MIG-21基因在生殖干细胞微环境中的调节作用，并揭示其在Wnt和Netrin信号通路中的整合功能	研究仅限于秀丽隐杆线虫模型，尚未在更复杂的生物系统中验证	揭示生殖干细胞微环境中新的遗传网络调节机制	秀丽隐杆线虫的远端尖端细胞（DTC）	遗传学	NA	scRNA-seq, RNAi knockdown, 活细胞成像	NA	单细胞RNA测序数据	NA
45	2025-03-20	Structure and Function Relationships of Mucociliary Clearance in Human and Rat Airways 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.24.572054 PMID:38187619	研究论文	本文研究了人类和老鼠气道中黏液纤毛清除的结构与功能关系，揭示了物种间在纤毛和分泌细胞分布及纤毛摆动上的差异，并建立了评估人类气道功能的通用基准	通过结合多种实验和基于物理的建模，建立了评估人类气道功能的通用基准，并揭示了实验室培养物与人类气道在清除效果上的结构差异	研究主要依赖于动物实验，限制了创建准确的人类气道疾病模型的能力	研究人类和老鼠气道中黏液纤毛清除的结构与功能关系，以更好地理解疾病特定的黏液纤毛清除障碍	人类和老鼠的气道	生物医学工程	慢性阻塞性肺疾病（COPD）和哮喘	单细胞转录组学	基于物理的建模	实验数据	人类和老鼠的气道样本
46	2025-03-20	RNase L represses hair follicle regeneration through altered innate immune signaling 2025-Feb-04, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172595 PMID:39903537	研究论文	本文探讨了RNase L在抑制毛囊再生中的作用及其通过改变先天免疫信号传导的机制	揭示了RNase L作为再生抑制基因的功能，并发现其通过调节IL-36α和caspase-1来影响再生能力	研究主要基于小鼠模型，人类数据的适用性尚需进一步验证	揭示哺乳动物再生能力的调控机制	人类参与者和小鼠模型	分子生物学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组分析	NA	RNA-seq数据	人类参与者和小鼠模型
47	2025-03-19	Novel therapeutic strategy: Nrf2 activation in targeting senescence-related changes in chronic obstructive pulmonary disease 2025-Feb-28, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-24-710 PMID:40083491	研究论文	本研究探讨了核因子红细胞2相关因子2（Nrf2）激活在靶向衰老相关变化以缓解慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的治疗潜力	首次提出Nrf2激活作为靶向衰老相关分泌表型（SASP）以缓解COPD进展的治疗策略	研究主要基于体外细胞模型和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨Nrf2激活在缓解COPD进展中的治疗潜力	COPD患者的衰老纤毛上皮细胞及COPD小鼠模型	NA	慢性阻塞性肺疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	COPD患者样本及COPD小鼠模型
48	2025-03-19	Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.20.639313 PMID:40060435	研究论文	本研究通过全脑转录组分析，揭示了怀孕和产后经历对母体大脑神经可塑性的长期影响，特别是背侧海马体在转录重塑中的关键作用	首次将多巴胺确定为怀孕诱导的神经适应的核心调节因子，揭示了女性生殖经历通过转录机制重塑母体大脑以维持长期行为适应的基本机制	研究主要关注背侧海马体，可能忽略了其他脑区在怀孕和产后神经适应中的作用	探讨怀孕和产后经历对母体大脑神经可塑性的分子机制	母体大脑，特别是背侧海马体	神经科学	NA	单细胞RNA测序，化学遗传学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及母体小鼠及其幼崽
49	2025-03-19	A comprehensive transcriptional profiling of developing gonads reveals the role of TGFβ signaling in female gonadal asymmetry in chickens 2025-Feb-20, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104932 PMID:40014972	研究论文	本文通过转录组分析揭示了TGFβ信号通路在雌性鸡胚胎性腺不对称发育中的作用	首次结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq技术，全面解析了雌性鸡胚胎性腺不对称发育的转录组特征，并揭示了TGFβ信号通路在其中的关键作用	研究主要聚焦于鸡胚胎性腺发育的早期阶段，未涉及其他鸟类或更广泛的物种	阐明鸡胚胎性腺不对称发育的分子机制	雌性鸡胚胎的左右性腺	发育生物学	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	雌性鸡胚胎性腺在E5 (HH26)、E6.5 (HH30)、E8 (HH34)和E9.5 (HH36)四个发育阶段
50	2025-03-19	Laser-capture microdissection for spatial transcriptomics of immunohistochemically detected neurons 2025-Feb, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.108150 PMID:39736395	研究论文	开发了一种名为'IHC/LCM-Seq'的多功能方法，用于对免疫组化检测到的神经元进行空间转录组学研究	使用铝试剂和聚乙烯磺酸作为创新的RNA保存策略，在4%甲醛固定的大脑切片中保持RNA完整性	NA	研究免疫组化检测到的神经元的转录组特征	纹状体胆碱能中间神经元和促性腺激素释放激素（GnRH）神经元	数字病理学	NA	激光捕获显微切割（LCM），RNA-seq	NA	RNA序列数据	成年雄性大鼠和小鼠的GnRH神经元
51	2025-03-18	Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.05.592608 PMID:38766132	研究论文	本文提出了一种基于Transformer的自监督空间域检测工作流程，用于分析小鼠大脑的空间转录组数据	提出了名为CellTransformer的新型编码器-解码器架构，能够从细胞和分子统计模式中分层学习高阶组织特征，并实现了对多百万细胞数据集的可扩展分析	未明确提及具体局限性	解决器官尺度空间转录组数据分析中的关键瓶颈，实现细粒度组织域的检测	小鼠大脑	空间转录组学	NA	MERFISH, Slide-seqV2	Transformer	空间转录组数据	四只小鼠的九百万个细胞，跨越200多个组织切片
52	2025-03-18	Recurrent ERBB2 alterations are associated with esophageal adenocarcinoma brain metastases 2025-Feb-26, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.02.19.25322558 PMID:40061311	研究论文	本文通过多组学分析研究了食管腺癌脑转移的分子特征及其临床意义	首次发现ERBB2在食管腺癌脑转移中的反复改变，并揭示了其在疾病进展早期的作用	样本量较小（10例），且仅针对脑转移病例进行研究	探索食管腺癌脑转移的分子机制及其治疗策略	食管腺癌脑转移患者及其匹配的原发肿瘤	数字病理学	食管腺癌	全基因组测序、单细胞空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	10例食管腺癌脑转移患者
53	2025-03-18	Consequences of training data composition for deep learning models in single-cell biology 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639127 PMID:40060416	研究论文	本文系统研究了训练数据集组成对单细胞转录组学深度学习模型行为的影响	首次系统探讨了训练数据组成对单细胞转录组学基础模型性能的影响，特别是在人类造血系统中的应用	研究主要集中于人类造血系统，可能不适用于其他细胞类型或生物系统	探讨训练数据组成对单细胞转录组学深度学习模型性能的影响	人类造血系统中的单细胞转录组数据	单细胞生物学	NA	单细胞转录组学	深度学习模型	单细胞转录组数据	包括成人和发育组织、疾病状态和扰动图谱的细胞
54	2025-03-18	MolGene-E: Inverse Molecular Design to Modulate Single Cell Transcriptomics 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.638723 PMID:40060426	研究论文	本文介绍了一种名为MolGene-E的深度生成框架，用于利用单细胞转录组数据设计新药物分子	MolGene-E结合了两种新模型：一种能够协调和去噪化学扰动的批量和单细胞转录组数据的跨模态模型，以及一种基于对比学习的生成模型，能够根据转录组数据生成新分子	单细胞组学数据具有噪声、异质性、稀缺性和高维性，这为机器学习方法的应用带来了挑战	开发一种能够利用单细胞转录组数据设计新药物分子的机器学习方法	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞转录组学	深度生成模型	单细胞转录组数据	NA
55	2025-03-18	3D spatial transcriptomics reveals the molecular domain structure of the mouse olfactory bulb 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639192 PMID:40060607	研究论文	本文利用3D空间转录组学技术重建了小鼠嗅球的解剖和分子组织，揭示了其分子域结构	首次提供了嗅球分子域结构的全面图谱，揭示了嗅球中分子对称性的组织方式	研究仅限于小鼠嗅球，未涉及其他脑区或其他物种	研究小鼠嗅球的解剖和分子组织，揭示其对称性结构	小鼠嗅球中的分子域结构	空间转录组学	NA	3D空间转录组学	NA	空间转录组数据	近一千个分子上不同的肾小球
56	2025-03-18	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2025-Feb-20, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6050441/v1 PMID:40034439	研究论文	本文提出了一种名为随机空间主成分分析（RASP）的新方法，用于高效降维高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到包含10万多个位置的数据集，并支持非转录组协变量的灵活整合	NA	开发一种计算效率高的降维方法，以更好地理解组织结构和疾病进展的机制	人类和小鼠组织的高分辨率空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机空间主成分分析（RASP）	PCA	空间转录组数据	多种空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）
57	2025-03-18	EpiFoundation: A Foundation Model for Single-Cell ATAC-seq via Peak-to-Gene Alignment 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636688 PMID:39975086	研究论文	本文介绍了一种名为EpiFoundation的基础模型，用于从单细胞ATAC-seq数据中学习细胞表示，通过创新的跨模态预训练过程解决数据稀疏性问题	EpiFoundation通过处理非零峰值集和利用密集基因表达信息监督预训练过程，创新性地解决了scATAC-seq数据的高维稀疏性问题	NA	开发专门针对单细胞ATAC-seq数据的基础模型，以解决数据稀疏性和峰值间相关性建模的挑战	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scATAC-seq, scRNA-seq	基础模型	单细胞ATAC-seq数据	100,000+单细胞
58	2025-03-18	Autosomal dominant SLURP1 variants cause palmoplantar keratoderma and progressive symmetric erythrokeratoderma 2025-Feb-06, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf049 PMID:39913669	研究论文	本研究通过全外显子测序等方法，识别了导致掌跖角化症（PPK）和进行性对称性红斑角化症（PSEK）的新型SLURP1基因变异	发现了SLURP1基因的显性遗传变异，这些变异通过改变SLURP1蛋白的分泌和表达，导致PPK和PSEK的表型，揭示了新的作用机制	研究样本量较小，仅包括三个不相关的家族，可能限制了结果的普遍性	识别导致PPK和PSEK的新型遗传变异	患有PPK和PSEK的患者及其家族	遗传学	皮肤疾病	全外显子测序、计算机模拟预测、患者角质形成细胞实验、高分辨率空间转录组学、定量细胞因子分析	NA	基因序列数据、细胞实验数据	三个不相关的家族
59	2025-03-17	Cxcl9 modulates aging associated microvascular metabolic and angiogenic dysfunctions in subcutaneous adipose tissue 2025-Feb-11, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-09970-y PMID:39934436	研究论文	本研究探讨了衰老对皮下脂肪组织中微血管内皮细胞（ECs）的影响及其机制，发现Cxcl9与衰老ECs的氧化磷酸化受损相关，并提出了Cxcl9作为微血管衰老相关功能障碍的生物标志物	首次发现Cxcl9与衰老ECs的氧化磷酸化受损相关，并提出了Cxcl9作为微血管衰老相关功能障碍的生物标志物	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨衰老对微血管内皮细胞的影响及其机制	小鼠皮下脂肪组织中的微血管内皮细胞	生物医学	心血管疾病	光片免疫荧光显微镜、单细胞RNA测序、代谢通量平衡分析	NA	图像、RNA测序数据	老年小鼠的皮下脂肪组织
60	2025-03-16	InfoScan: A New Transcript Identification Tool Based on scRNA-Seq and Its Application in Glioblastoma 2025-Feb-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052208 PMID:40076844	研究论文	本文介绍了一种名为InfoScan的新型生物信息学工具，用于全面分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，并在胶质母细胞瘤（GBM）中应用，识别出具有癌症干细胞特征的罕见细胞亚群	InfoScan工具的创新之处在于能够识别未注释的转录本和罕见细胞群体，为转录组特征分析提供了强大的平台	本文未明确提及研究的局限性	研究目的是开发和应用InfoScan工具，以探索胶质母细胞瘤的复杂转录组景观并表征罕见细胞群体	研究对象是胶质母细胞瘤（GBM）中的罕见细胞亚群，特别是具有癌症干细胞特征的细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA