单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-24	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-Feb-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40402791	research paper	构建了一个名为TcEVdb的数据库，用于探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类	首次通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中构建了全面的TcEV数据库，揭示了TcEV的异质性	技术限制和缺乏全面的数据可能影响对TcEV异质性的深入理解	探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）在免疫调节和肿瘤微环境调控中的作用	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	SEVtras方法	RNA测序数据	277,265个EV液滴，来自21个项目中的221个样本，涵盖51种T细胞类型
42	2025-05-24	CAF-macrophage crosstalk in tumour microenvironments governs the response to immune checkpoint blockade in gastric cancer peritoneal metastases 2025-Feb-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333617 PMID:39537239	研究论文	本研究探讨了胃癌腹膜转移（GCPM）中肿瘤微环境内CAF-巨噬细胞间的相互作用如何影响免疫检查点阻断（ICB）治疗的响应	揭示了GCPM中独特的免疫抑制模式，主要由SPP1+肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和THBS2+基质癌相关成纤维细胞（mCAFs）构成的基质-髓系生态位介导ICB耐药性	研究样本量有限，且为单中心II期临床试验，需要更大规模的多中心研究验证	阐明GCPM患者对ICB治疗产生耐药性的机制，并寻找潜在的治疗靶点	胃癌腹膜转移患者	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	II期临床试验患者样本（具体数量未明确说明）
43	2025-05-23	Association of 5α-reductase inhibitor prescription with immunotherapy efficacy in metastatic renal cell carcinoma: a multicenter retrospective analysis 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011154 PMID:40010773	研究论文	本研究探讨了5α-还原酶抑制剂（5-ARIs）对转移性肾细胞癌（mRCC）患者免疫检查点抑制剂（ICIs）疗效的影响	首次发现5-ARIs使用史与mRCC患者对ICI治疗反应改善相关，并揭示了潜在的免疫调节机制	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，样本量相对较小（185例患者）	评估5-ARIs对mRCC免疫治疗疗效的影响	185例接受ICIs治疗的mRCC患者	肿瘤免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序分析	Cox比例风险模型	临床数据和RNA测序数据	185例mRCC患者
44	2025-05-23	Brain-wide cell-type-specific transcriptomic signatures of healthy ageing in mice 2025-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08350-8 PMID:39743592	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，系统地描绘了小鼠大脑中与健康衰老相关的细胞类型特异性转录组变化	提供了包含约120万个高质量单细胞转录组的全面数据集，揭示了847个细胞簇和14个与衰老相关的细胞簇，并识别了2449个差异表达基因	研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探究哺乳动物大脑中不同类型细胞对衰老的差异敏感性和抵抗性	年轻和老年小鼠的大脑细胞	单细胞转录组学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约120万个单细胞转录组，来自年轻和老年小鼠的大脑不同区域
45	2025-05-22	An analysis of single-cell data reveals therapeutic effects of AMG487 in experimental autoimmune uveitis 2025-02, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2024.116671 PMID:39615601	研究论文	通过单细胞数据分析揭示了AMG487在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果	首次使用单细胞测序技术分析AMG487对免疫细胞的影响，揭示了其在调节免疫细胞比例和功能方面的作用机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究AMG487在自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果及其作用机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠和Vogt-Koyanagi-Harada患者的免疫细胞	数字病理学	葡萄膜炎	单细胞转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)和RNA测序(RNA-seq)	NA	单细胞测序数据	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠和Vogt-Koyanagi-Harada患者的样本
46	2025-05-22	Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing 2025-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08334-8 PMID:39695234	研究论文	本研究通过空间转录组学技术构建了大脑衰老的空间时钟模型，揭示了T细胞和神经干细胞对邻近细胞的促衰老和促再生效应	首次开发了空间衰老时钟模型，系统研究了衰老组织中细胞间相互作用的分子机制	研究仅基于小鼠模型，人类组织的验证仍需进一步研究	探究衰老过程中细胞间相互作用对组织功能衰退的影响机制	成年小鼠大脑中的420万个细胞	空间转录组学	神经退行性疾病	空间转录组测序	机器学习模型（空间衰老时钟）、深度学习	单细胞转录组数据	20个不同年龄段的420万个细胞
47	2025-05-22	CMAP prediction and experimental validation of Forskolin as a podocyte protective and anti-proteinuric drug for nephrotoxic serum-treated mice 2025-02, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2024.116727 PMID:39716644	研究论文	该研究通过结合肾脏单细胞RNA-seq数据库和CMAP数据库预测并验证了Forskolin作为一种保护足细胞和抗蛋白尿的药物在肾毒性血清治疗小鼠中的效果	首次结合单细胞RNA-seq和CMAP数据库预测针对特定足细胞损伤的药物，并验证了Forskolin的保护作用	研究仅在小鼠模型和体外培养的足细胞中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索针对特定足细胞损伤的精准药物治疗策略	肾毒性血清(NTS)处理的小鼠和体外培养的足细胞	生物医学研究	肾脏疾病	单细胞RNA-seq, CMAP分析, GO和KEGG富集分析	小鼠疾病模型	基因表达数据	NTS处理的小鼠和对照组小鼠的肾小球单细胞RNA-seq数据
48	2025-05-22	Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics 2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029 PMID:39919554	研究论文	利用单细胞转录组学技术解析小鼠肝脏中药物代谢酶、转运体和转录因子的细胞类型特异性及区域分布	首次系统性地描述了肝脏不同细胞类型和区域中药物处理基因的基线mRNA富集情况	研究仅基于已发表的单细胞和核转录组数据集，未进行实验验证	解析肝脏中药物处理基因的分布特征	小鼠肝脏细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	已发表的单细胞和核转录组数据集
49	2025-05-21	Divergence in cellular markers observed in single-cell transcriptomics datasets between cultured primary trabecular meshwork cells and tissues 2025-Feb-14, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04528-5 PMID:39952952	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序比较了原代人类小梁网细胞培养物与小梁网组织的细胞标记差异	首次报道了原代人类小梁网细胞培养物与组织的单细胞RNA测序比较研究	研究样本量相对较小(14个样本)，且仅包含4个青光眼患者样本	探究原代人类小梁网细胞培养物与组织在细胞标记上的差异	人类小梁网细胞和组织	单细胞转录组学	青光眼	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	14个原代人类小梁网细胞培养样本(包含4个青光眼患者样本)
50	2025-05-19	Disruption of GPSM1/CSF1 signaling reprograms tumor-associated macrophages to overcome anti-PD-1 resistance in colorectal cancer 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010826 PMID:40010765	研究论文	该研究揭示了GPSM1/CSF1信号在调节结直肠癌肿瘤微环境中的作用，并提出了克服抗PD-1耐药的新策略	首次发现GPSM1通过驱动巨噬细胞向免疫抑制性M2表型极化促进抗PD-1耐药，并鉴定出USP9X作为稳定GPSM1的关键因子	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	探究GPSM1在结直肠癌抗PD-1耐药中的作用机制并寻找新的治疗靶点	结直肠癌患者样本和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、质谱流式细胞术、流式细胞术、ChIP-PCR、免疫共沉淀	原位结直肠癌异种移植小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据、细胞图像数据	抗PD-1耐药结直肠癌患者肿瘤样本及C57BL/6小鼠模型
51	2025-05-17	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.18.576317 PMID:38328105	research paper	介绍了一种名为CHOIR的新方法，用于提高单细胞数据中细胞类型和状态检测的统计显著性	CHOIR通过随机森林分类器和置换测试在层次聚类树上进行统计推断，有效解决了过聚类或欠聚类的问题	虽然CHOIR在多种数据集上表现良好，但未提及其在特定类型数据或极端情况下的适用性	提高单细胞数据聚类分析的准确性和统计显著性	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组和多组学数据	生物信息学	NA	随机森林、置换测试	随机森林	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组和多组学数据	100个模拟数据集和4个真实数据集
52	2025-05-17	Cross-cellular analysis of chromatin accessibility markers H3K4me3 and DNase in the context of detecting cell-identity genes: An "all-or-nothing" approach 2025-Feb, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S0219720025400025 PMID:40169369	研究论文	本研究探讨了染色质可及性标记H3K4me3和DNase在不同细胞系中与细胞特异性基因状态关联的可能性，并提出了一种称为跨细胞染色质开放性（CCO）水平的测量方法	提出了一种新的测量方法CCO水平，用于预测基因的必需性状态，并与现有的scRNA-Seq和bulk RNA-Seq方法进行了比较	数据可能难以获取，特别是对于全新的生物样本	检测细胞特异性基因，研究染色质可及性标记与基因必需性状态的关系	染色质可及性标记H3K4me3和DNase，细胞特异性基因	基因组学	NA	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq	NA	基因组数据	NA
53	2025-05-16	CellGAT: A GAT-Based Method for Constructing a Cell Communication Network Integrating Multiomics Information 2025-Feb-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030342 PMID:40149878	研究论文	提出了一种基于GAT的方法CellGAT，用于构建整合多组学信息的细胞通讯网络	CellGAT首次整合了配体-受体对基因表达数据、PPI信息、蛋白质复合体数据和实验验证的通路信息，利用节点嵌入算法和图注意力网络构建细胞通讯网络	未明确提及具体局限性	开发一种更准确的细胞间通讯预测方法	多细胞生物中的细胞间通讯网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	GAT	基因表达数据	未明确提及具体样本量
54	2025-05-16	VPS25 Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Feb-22, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030323 PMID:40149859	research paper	该研究探讨了VPS25在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中促进免疫抑制微环境的作用及其临床意义	揭示了VPS25通过上调PVR表达激活PVR-TIGIT信号轴促进免疫逃逸的新机制，并提出了VPS25作为免疫治疗预测生物标志物的潜力	研究主要基于TCGA数据集和体外实验，需要更多临床样本验证	探究ESCRT复合体成员VPS25在HNSCC肿瘤微环境免疫调节中的作用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）组织和CAL27细胞系	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	RNA-seq、单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学	NA	基因表达数据、组织微阵列数据	TCGA数据集中的HNSCC样本及组织微阵列样本
55	2025-05-15	Automated Laser-Assisted Single-Cell Sorting for Cell Functional and RNA Sequencing 2025-02-28, ACS sensors IF:8.2Q1 DOI:10.1021/acssensors.4c02417 PMID:39843241	研究论文	本文介绍了一种自动化的高效单细胞分选器，结合激光诱导前向转移技术和高通量皮升微孔阵列，用于单细胞RNA测序	开发了一种新型自动化单细胞分选器，结合LIFT技术和表面功能化的微孔阵列，实现了高效率（>80%）和高精度（约100%）的单细胞分离	虽然展示了在PC-9细胞中的应用，但未广泛验证于其他细胞类型	提高单细胞分选的效率和精度，以支持下游单细胞分析	单细胞，特别是稀有转染的PC-9细胞	单细胞分析	NA	激光诱导前向转移（LIFT），单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及稀有转染的PC-9细胞
56	2025-05-14	InfoScan: A New Transcript Identification Tool Based on scRNA-Seq and Its Application in Glioblastoma 2025-Feb-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052208 PMID:40076844	研究论文	介绍了一种名为InfoScan的新型生物信息学工具，用于全面分析单细胞RNA测序数据，并在胶质母细胞瘤中识别罕见细胞亚群	开发了InfoScan工具，能够识别未注释的转录本和罕见细胞亚群，揭示了胶质母细胞瘤中的'肿瘤干细胞样'亚群及其潜在治疗靶点	未提及样本量大小或数据集的详细限制	开发并应用新型生物信息学工具以探索胶质母细胞瘤的转录组特征和罕见细胞亚群	胶质母细胞瘤中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
57	2025-05-14	stAI: a deep learning-based model for missing gene imputation and cell-type annotation of spatial transcriptomics 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf158 PMID:40057378	研究论文	介绍了一种基于深度学习的模型stAI，用于空间转录组学数据中的缺失基因填补和细胞类型注释	stAI模型通过联合嵌入scST和参考scRNA-seq数据，利用两个独立的编码器-解码器模块，在潜在空间中以监督方式同时进行基因填补和细胞类型注释	未明确提及具体局限性	解决单细胞空间转录组学(scST)中全转录组水平表征和细胞类型全面注释的挑战	单细胞空间转录组学(scST)数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术, scRNA-seq	深度学习模型(编码器-解码器结构)	空间转录组学数据, scRNA-seq数据	来自不同平台、具有不同测量基因数量的数据集
58	2025-05-14	Single-Cell Sequencing: Genomic and Transcriptomic Approaches in Cancer Cell Biology 2025-Feb-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052074 PMID:40076700	综述	本文综述了单细胞测序（SCS）在癌症生物学研究中的影响	SCS提供了基因组、转录组和表观基因组的高分辨率分析，揭示了肿瘤异质性、克隆进化和肿瘤微环境中的复杂相互作用	NA	探讨SCS在癌症研究中的应用及其对精准肿瘤学的推动作用	癌细胞及其微环境	癌症生物学	癌症	单细胞测序（SCS）、空间转录组学、原位测序	AI、机器学习	基因组、转录组、表观基因组数据	NA
59	2025-05-14	Comprehensive SHAP Values and Single-Cell Sequencing Technology Reveal Key Cell Clusters in Bovine Skeletal Muscle 2025-Feb-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052054 PMID:40076676	研究论文	本研究通过SHAP值和单细胞测序技术揭示了牛骨骼肌中的关键细胞群	利用SHAP值分析476个重要基因，重建基因矩阵并成功绘制单细胞图谱，发现Myofiber细胞是骨骼肌中最具代表性的细胞类型	研究仅针对牛骨骼肌，未涉及其他物种或组织的验证	揭示牛骨骼肌中不同类型细胞群的重要性排序及其在肌肉生长和发育中的关键作用	牛骨骼肌中的细胞群	生物信息学	NA	单细胞测序技术、SHAP分析、蛋白质语言模型	NA	基因表达数据	NA
60	2025-05-14	Identification of Prognostic Genes Related to Cell Senescence and Lipid Metabolism in Glioblastoma Based on Transcriptome and Single-Cell RNA-Seq Data 2025-Feb-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051875 PMID:40076502	研究论文	本研究通过转录组和单细胞RNA测序数据，识别与细胞衰老和脂质代谢相关的预后基因，以改善胶质母细胞瘤的预后和治疗	首次结合细胞衰老和脂质代谢相关基因，构建胶质母细胞瘤的预后风险模型和列线图，并验证其预测能力	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	改善胶质母细胞瘤的预后和治疗策略	胶质母细胞瘤患者	生物信息学	胶质母细胞瘤	转录组测序, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), WGCNA, 单变量Cox回归	风险模型, 列线图	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的胶质母细胞瘤样本