单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-02-12	CDK16+ Luminal Progenitor Cell-Like Tumor Cells Interacted with POSTN+ Cancer-Associated Fibroblasts Associate with Chemo-Resistance In Breast Cancer 2025-Feb-10, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401192 PMID:39930931	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，揭示了乳腺癌中CDK16+肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用与化疗耐药性的关联	首次系统性地整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和公共基因表达数据，揭示了CDK16+肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用网络，为化疗耐药性提供了新的治疗靶点	研究主要基于单细胞转录组学数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	揭示乳腺癌中肿瘤异质性和肿瘤微环境相互作用在化疗耐药性中的作用	乳腺癌患者和鼠模型中的肿瘤细胞和癌症相关成纤维细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、公共基因表达数据	175,825个单细胞转录组数据，来自接受新辅助化疗的乳腺癌患者的活检样本
562	2025-02-12	NEAT1-mediated regulation of proteostasis and mRNA localization impacts autophagy dysregulation in Rett syndrome 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf074 PMID:39921568	研究论文	本研究探讨了长链非编码RNA NEAT1在MeCP2缺陷背景下对Rett综合征（RTT）中自噬失调的影响	揭示了NEAT1在MeCP2功能中的关键作用，通过调节蛋白质代谢、自噬和神经元形态等途径，阐明了其在RTT中的新机制	研究主要基于人类神经细胞和RTT患者样本，可能无法完全反映体内复杂环境	研究NEAT1在MeCP2缺陷背景下的作用及其对RTT病理机制的影响	人类神经细胞和RTT患者样本	神经科学	Rett综合征	单细胞RNA测序和分子分析	NA	RNA测序数据	人类神经细胞和RTT患者样本
563	2025-02-12	Single-cell sequencing reveals that AK5 inhibits apoptosis in AD oligodendrocytes by regulating the AMPK signaling pathway 2025-Feb-08, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10311-x PMID:39921763	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了AK5通过调节AMPK信号通路抑制阿尔茨海默病（AD）少突胶质细胞凋亡的机制	首次揭示了AK5在AD少突胶质细胞中的抗凋亡作用及其通过AMPK信号通路的调控机制	研究主要基于生物信息学分析和细胞实验，缺乏体内实验验证	探讨AK5在AD中的能量代谢和神经炎症中的作用及其机制	AD患者和正常人的嗅觉叶组织及少突胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自GEO公共数据库的AD数据集
564	2025-02-12	Single cell transcriptome profiling reveals pathogenesis of bullous pemphigoid 2025-Feb-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07629-4 PMID:39922909	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了天疱疮（BP）在皮肤和循环系统中的免疫和非免疫细胞的功能变化及其潜在机制	首次通过单细胞转录组分析揭示了天疱疮患者病变和非病变皮肤以及血液样本中的细胞功能变化，并提出了潜在的治疗靶点	研究样本量未明确说明，且未涉及长期随访数据	揭示天疱疮的发病机制及其在细胞水平上的功能变化	天疱疮患者的病变和非病变皮肤以及血液样本	数字病理学	天疱疮	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
565	2025-02-12	ANO7 expression in the prostate modulates mitochondrial function and lipid metabolism 2025-Feb-08, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02081-7 PMID:39923095	研究论文	本研究探讨了ANO7在前列腺中的表达如何影响线粒体功能和脂质代谢	揭示了ANO7在前列腺细胞中调节代谢途径，特别是氧化磷酸化和脂质代谢的新功能	ANO7在前列腺中的具体作用机制仍需进一步研究	探索ANO7在前列腺癌中的作用及其对代谢途径的影响	ANO7表达的前列腺细胞和前列腺组织	生物医学研究	前列腺癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、代谢组学、脂质组学	NA	RNA测序数据、代谢组学数据、脂质组学数据	RWPE1细胞、前列腺组织样本
566	2025-02-12	uN2CpolyG-mediated p65 nuclear sequestration suppresses the NF-κB-NLRP3 pathway in neuronal intranuclear inclusion disease 2025-Feb-07, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02079-1 PMID:39920690	研究论文	本研究揭示了uN2CpolyG通过与p65直接相互作用并隔离p65，抑制NF-κB-NLRP3通路并损害自噬的分子机制	首次揭示了uN2CpolyG通过隔离p65抑制NF-κB-NLRP3通路的分子机制，为NIID提供了新的治疗靶点	研究主要基于细胞模型和果蝇模型，尚未在人体中进行验证	阐明uN2CpolyG与NF-κB-NLRP3通路之间的分子相互作用	NIID患者的皮肤组织、HEK-293T和U87-MG细胞模型、果蝇模型	分子生物学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	细胞模型、果蝇模型	基因表达数据	NIID患者的皮肤组织、HEK-293T和U87-MG细胞、果蝇模型
567	2025-02-12	The Role of Jianpi Jiedu Recipe in Modulating the CRC Microenvironment 2025-Feb-07, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073339913241214051331 PMID:39931853	研究论文	本研究探讨了健脾解毒方（JPJDR）在调节结直肠癌（CRC）微环境中的作用及其机制	首次系统性地研究了JPJDR在CRC微环境中的调节作用，并发现其通过下调HMGB1和MT2A基因表达来调节CRC微环境	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨JPJDR在CRC治疗中的抗肿瘤机制	结直肠癌（CRC）微环境中的细胞类型，包括恶性CRC细胞、免疫细胞和基质细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR	NA	RNA测序数据	多个已发表研究中的单细胞RNA测序数据（PMID: 32451460, 32103181, 32561858）
568	2025-02-12	Gene Expression Variations Induced by Sevoflurane in Glia and Glioma Cells and the Role of EPHA3 in Sevoflurane's Anti-Glioma Effect 2025-Feb-07, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673342409241230113947 PMID:39931981	研究论文	本研究通过分析七氟醚处理的单细胞转录组数据，揭示了七氟醚通过免疫炎症反应、神经元分化和血脑屏障维持等信号通路产生麻醉效应，并发现EPHA3基因在七氟醚抗胶质瘤效应中的关键作用	首次揭示了七氟醚通过影响DAAM2和EPHA3等基因表达来影响胶质瘤患者生存率，并发现EPHA3在七氟醚抑制胶质瘤细胞侵袭和迁移中的关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏临床验证	探讨七氟醚对神经系统疾病（如胶质瘤）影响的分子机制	胶质细胞和胶质瘤细胞	生物信息学	胶质瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	NA
569	2025-02-12	APMAT analysis reveals the association between CD8 T cell receptors, cognate antigen, and T cell phenotype and persistence 2025-Feb-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56659-3 PMID:39915487	研究论文	本文介绍了一种名为APMAT的实验-计算框架，用于高通量捕获和分析CD8 T细胞，结合抗原、TCR序列和单细胞转录组数据，揭示了抗原-TCR对的物理化学特征与T细胞表型和持久性之间的关联	提出了APMAT框架，首次将抗原-TCR配对与单细胞多组学分析相结合，揭示了抗原-TCR对的物理化学特征与T细胞表型和持久性之间的确定性关系	研究样本仅来自HLA A*02:01型的COVID-19患者，可能限制了结果的普适性	阐明I类肽抗原、特异性CD8 T细胞受体（TCR）及抗原刺激后T细胞表型之间的关系	CD8 T细胞	生物信息学	COVID-19	单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	62名HLA A*02:01型的COVID-19患者
570	2025-02-12	Development of a ferroptosis-related gene prognostic model and molecular subgroups characterization in sepsis 2025-Feb, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2024.12.008 PMID:39764891	研究论文	本研究开发了一种基于铁死亡相关基因（FRGs）的脓毒症预后模型，并鉴定了脓毒症的分子亚型	首次构建了基于铁死亡相关基因的脓毒症预后模型，并揭示了TFRC在脓毒症中抑制铁死亡的关键作用	研究依赖于特定数据库和数据集，可能需要进一步的外部验证	开发脓毒症的预后模型并研究铁死亡相关基因的作用	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	单细胞测序、siRNA转染、MDA测定、Western blot、ROS测定	Cox回归模型、LASSO分析	基因表达数据	GSE65682数据集中的脓毒症样本
571	2025-02-11	Mesenchymal retinoic acid signaling is required for normal diaphragm development in mice 2025-Feb-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402182R PMID:39921473	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析发育中的膈肌，并生成条件性视黄酸受体显性负性敲入以抑制发育中膈肌间充质中的视黄酸信号传导，揭示了视黄酸信号在膈肌间充质中的正常发育是必需的	首次通过单细胞RNA测序分析发育中的膈肌，并生成条件性视黄酸受体显性负性敲入模型，直接证明视黄酸信号在膈肌间充质中的重要性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	更好地理解膈肌发育和先天性膈疝（CDH）的病因	小鼠发育中的膈肌	发育生物学	先天性膈疝	单细胞RNA测序	条件性视黄酸受体显性负性敲入模型	RNA测序数据	小鼠胚胎
572	2025-02-11	Exploring Origin-Dependent Susceptibility of Smooth Muscle Cells to Aortic Diseases Through Intersectional Genetics 2025-Feb-10, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070782 PMID:39925267	研究论文	本文通过开发一种先进的双重组酶介导的交集遗传系统，研究不同发育起源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性	开发了一种新的双重组酶介导的交集遗传系统，能够精确靶向不同发育起源的平滑肌细胞，并结合单细胞RNA测序技术研究TGF-β信号在不同主动脉段的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索不同发育起源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性，并研究其机制	小鼠的平滑肌细胞	遗传学	主动脉疾病	双重组酶介导的交集遗传系统，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
573	2025-02-11	Key Considerations on CITE-Seq for Single-Cell Multiomics 2025-Feb-09, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.202400011 PMID:39924789	综述	本文综述了CITE-Seq技术，一种同时分析单个细胞中基因表达和蛋白质丰度的先进单细胞测序方法	本文详细介绍了CITE-Seq的工作流程，并提供了使用抗体衍生标签（ADTs）染色细胞的关键考虑因素	本文主要基于微孔单细胞分析系统，可能不涵盖所有CITE-Seq应用场景	探讨CITE-Seq技术在单细胞多组学分析中的应用	单个细胞中的基因表达和蛋白质丰度	单细胞测序	NA	CITE-Seq, 单细胞mRNA测序, 抗体衍生标签（ADTs）	NA	基因表达数据, 蛋白质丰度数据	NA
574	2025-02-11	Glioblastoma Cortical Organoids Recapitulate Cell-State Heterogeneity and Intercellular Transfer 2025-Feb-07, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1336 PMID:39373549	研究论文	本研究通过将胶质母细胞瘤（GBM）培养成长期培养的人皮质类器官，模拟了GBM的生态系统，并揭示了恶性细胞与非恶性细胞之间的广泛转录本和GFP转移	相比匹配的胶质瘤球模型，GBM皮质类器官更忠实地再现了患者肿瘤中恶性细胞状态的多样性和表达程序，并揭示了细胞外囊泡介导的广泛细胞间转移	研究结果可能受到类器官模型的局限，且未完全验证细胞间转移对微环境重编程的具体机制	模拟GBM的生态系统并研究恶性细胞与非恶性细胞之间的相互作用	胶质母细胞瘤（GBM）皮质类器官	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	皮质类器官模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
575	2025-02-11	Retrotrans-genomics identifies aberrant THE1B endogenous retrovirus fusion transcripts in the pathogenesis of sarcoidosis 2025-Feb-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56567-6 PMID:39920152	研究论文	本文通过短读和长读RNA-seq分析，识别了19种THE1B融合转录本，其中15种是之前未映射的，并在16名患有结节病性肌病（SM）的个体中显示出较高的表达	首次通过retrotrans-genomics方法识别了THE1B融合转录本在结节病发病机制中的作用，并揭示了新的读穿转录本SIRPB1-SIRPD和TREM2.1	研究样本量相对较小，且主要集中于结节病性肌病，可能限制了结果的普遍性	探索THE1B融合转录本在结节病发病机制中的作用	结节病性肌病（SM）患者和对照组	基因组学	结节病	短读和长读RNA-seq分析，单细胞或单核RNA-seq分析	NA	RNA-seq数据	16名SM患者和400名其他肌肉疾病患者
576	2025-02-11	Mechanistic elucidation of human pancreatic acinar development using single-cell transcriptome analysis on a human iPSC differentiation model 2025-Feb-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88690-1 PMID:39920294	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了人类胰腺腺泡细胞的发育机制，并建立了一种从人类诱导多能干细胞（hiPSCs）定向分化为胰腺腺泡细胞的方法	利用hiPSCs分化的胰腺腺泡细胞作为疾病模型，通过单细胞RNA-seq分析鉴定了胰腺腺泡祖细胞的候选标记物REG4，并发现cAMP相关信号通路在分化过程中上调	研究依赖于小鼠模型进行体内实验，可能不完全反映人类体内的真实情况	阐明胰腺外分泌腺泡谱系的发育机制，建立从hiPSCs定向分化为胰腺腺泡细胞的方法	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）分化的胰腺腺泡细胞	细胞生物学	胰腺外分泌疾病	单细胞RNA-seq分析	NA	RNA-seq数据	NA
577	2025-02-11	Multiomics identify the gene expression signature of the spinal cord during aging process 2025-Feb-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07475-4 PMID:39920442	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了脊髓在衰老过程中的基因表达特征	结合bulk RNA测序和空间转录组学技术，首次全面描绘了衰老脊髓的转录组特征，并发现Fth1基因在衰老混合胶质细胞中介导铁死亡抗性的作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究衰老过程中脊髓的分子变化特征及其机制	年轻和衰老的脊髓组织	生物信息学	老年疾病	bulk RNA测序，空间转录组学，流式细胞术，CCK-8实验，siRNA和慢病毒实验	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	年轻和衰老的脊髓组织样本
578	2025-02-11	Transcriptomic profiles of single-cell autophagy-related genes (ATGs) in lung diseases 2025-Feb-07, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-09990-w PMID:39920481	研究论文	本研究利用单细胞测序技术，揭示了自噬相关基因（ATGs）在肺部疾病中的转录组图谱，重点关注肺上皮细胞和淋巴细胞	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）全面研究了健康人和不同肺部疾病患者肺组织中ATGs的RNA表达谱，揭示了ATGs在不同肺上皮细胞亚群中的显著表达差异	研究主要基于转录组数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	阐明ATGs在肺部疾病中的表达变化及其在疾病进展和预后中的潜在作用	健康人和患有不同肺部疾病（如COVID-19相关急性肺损伤、特发性肺纤维化、慢性阻塞性肺病、系统性硬化症和肺腺癌）的患者的肺组织	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	健康人和患有不同肺部疾病的患者的肺组织样本
579	2025-02-11	Integration of single-cell and bulk RNA-sequencing data to construct and validate a signature based on NK cell marker genes to predict immunotherapy response and prognosis in colorectal cancer 2025-Feb-07, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01842-7 PMID:39920524	研究论文	本研究旨在构建基于NK细胞标记基因的签名，以预测结直肠癌患者的免疫治疗反应和预后	通过整合单细胞RNA测序数据和TCGA结直肠癌样本的WGCNA分析，识别出NK细胞相关的核心基因和特征基因，并构建了一个新的预后签名	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	预测结直肠癌患者的免疫治疗反应和预后	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	LASSO回归分析	RNA测序数据	587个TCGA结直肠癌样本，124和201个GEO验证样本
580	2025-02-11	Mural cell dysfunction contributes to diastolic heart failure by promoting endothelial dysfunction and vessel remodelling 2025-Feb-07, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-025-02623-w PMID:39920783	研究论文	本文探讨了壁细胞功能障碍如何通过促进内皮功能障碍和血管重塑导致舒张性心力衰竭	首次探索了壁细胞在HFpEF中的作用，并揭示了壁细胞通过TNFα依赖性旁分泌信号传导诱导内皮细胞生长停滞的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	研究壁细胞功能障碍在HFpEF中的作用及其机制	糖尿病db/db小鼠和PDGFRβtg/tg-CreERT2-EYFPtg/tg小鼠	心血管疾病	心力衰竭	单细胞RNA测序、NicheNet分析、组织学分析	小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据	糖尿病db/db小鼠和PDGFRβtg/tg-CreERT2-EYFPtg/tg小鼠