单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-02-19	Single-cell transcriptomes reveal cell-type-specific and sample-specific gene function in human cancer 2025-Feb-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42218 PMID:39959484	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了一个基于共表达网络和邻居投票方法的评估框架，以探索其在癌症基因功能理解中的作用	揭示了scRNA-seq在细胞类型特异性和样本特异性基因功能发现中的独特作用，尤其是在免疫细胞中发现了癌症细胞中未发现的免疫相关功能	研究中使用的细胞数量较多（116,814个），但未详细讨论样本来源的多样性或潜在的批次效应问题	探索单细胞RNA测序在癌症基因功能注释中的作用	人类癌症中的细胞类型和样本	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	共表达网络和邻居投票方法	单细胞RNA测序数据	116,814个细胞
562	2025-02-19	One-carbon metabolism is distinct metabolic signature for proliferative intermediate exhausted T cells of ICB-resistant cancer patients 2025-Feb-14, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02332-z PMID:39952933	研究论文	本研究探讨了一碳代谢（1CM）在肿瘤免疫微环境（TIME）中的功能作用，特别是在免疫检查点阻断（ICB）耐药癌症患者的增殖性中间耗竭T细胞（Tex）中的作用	首次将1CM与增殖性中间耗竭T细胞（Tex）联系起来，并发现1CM在免疫治疗耐药患者中显著扩增，提出1CM作为增强免疫治疗疗效的新治疗靶点	研究主要基于RNA测序数据，缺乏直接的实验验证，且样本类型和数量有限	阐明1CM在肿瘤免疫微环境中的功能作用，特别是其在免疫治疗耐药中的作用	肺癌、胶质母细胞瘤、肾细胞癌、结直肠癌和三阴性乳腺癌患者的T细胞	肿瘤免疫学	肺癌、胶质母细胞瘤、肾细胞癌、结直肠癌、三阴性乳腺癌	bulk-RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	多种癌症患者的RNA测序数据，具体样本数量未明确
563	2025-02-19	CCR7 in esophageal squamous cell carcinoma: an identification from single-cell and bulk transcriptome sequencing 2025-Feb-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01927-3 PMID:39953263	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组测序揭示了CCR7在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的具体机制	首次结合单细胞RNA测序和TCGA-ESCA数据，系统分析了CCR7在ESCC中的表达及其与KRAS信号通路的关联	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	揭示CCR7在食管鳞状细胞癌中的具体机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序，批量转录组测序	NA	RNA测序数据	28,281个细胞
564	2025-02-19	A morphological cell atlas of the freshwater sponge Ephydatia muelleri with key insights from targeted single-cell transcriptomes 2025-Feb-14, EvoDevo IF:4.1Q1 DOI:10.1186/s13227-025-00237-7 PMID:39953556	研究论文	本文通过研究淡水海绵Ephydatia muelleri的形态、行为和转录组学，填补了非双侧对称动物细胞和组织形态学理解的空白	描述了新的细胞特征，如极化的外上皮、新的收缩筛细胞、在choanocyte室出口处的运动纤毛以及在excurrent canal和oscula细胞上的非运动纤毛	研究主要集中在一种淡水海绵物种，可能无法完全代表所有海绵的细胞和组织特征	理解动物细胞类型、组织和区域体型的起源，特别是非双侧对称动物与双侧对称动物之间的过渡	淡水海绵Ephydatia muelleri的细胞和组织	进化发育生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	三种细胞类型（cystencytes, choanocytes, archaeocytes）的活体样本
565	2025-02-19	Activation of STAT6 in Intestinal Epithelial Cells Predisposes to Gut Inflammation 2025-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202451394 PMID:39670708	研究论文	本文研究了STAT6在肠道上皮细胞中的激活如何导致肠道炎症	首次揭示了STAT6在肠道上皮细胞中的激活与肠道炎症的关联	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨STAT6在肠道上皮细胞中的激活对肠道炎症的影响	小鼠模型（VillinCre_STAT6vt小鼠）和人类IBD患者单细胞RNA测序数据	生物医学	炎症性肠病（IBD）	RNA测序，单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和人类IBD患者单细胞RNA测序数据集
566	2025-02-19	Single-Cell Transcriptome Decoding Umbilical Cord-Derived Mesenchymal Stem Cell Heterogeneity Reveals a Unique IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC With Osteogenesis and Chondrogenesis Signatures 2025-Feb, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.70004 PMID:39956958	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了人脐带间充质干细胞（hUC-MSCs）在不同培养系统中的异质性，并鉴定出一组具有高成骨和软骨生成潜能的Ultroser-G-MSCs亚群	首次创建了hUC-MSCs在不同培养系统中的单细胞转录组图谱，并鉴定出具有高成骨和软骨生成潜能的IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSCs亚群	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证这些发现的临床适用性	揭示hUC-MSCs在不同培养系统中的异质性，并鉴定出具有特定功能的亚群以实现精准临床应用	人脐带间充质干细胞（hUC-MSCs）	单细胞转录组学	骨关节炎	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
567	2025-02-18	Spatial transcriptomic analysis identifies epithelium-macrophage crosstalk in endometriotic lesions 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111790 PMID:39935459	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，识别了子宫内膜异位症病变中上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用	揭示了子宫内膜异位症病变中上皮细胞在驱动炎症信号和促进巨噬细胞修复表型中的新作用，并提出了补体3在病变病理生物学中的新角色	研究主要关注浅表腹膜子宫内膜异位症病变，可能不适用于其他类型的子宫内膜异位症	识别子宫内膜异位症病变中细胞类型特异性基因表达变化，并阐明基质、上皮细胞和巨噬细胞之间的相互作用	浅表腹膜子宫内膜异位症病变和患者匹配的子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
568	2025-02-18	Peptide amphiphiles alleviate myocardial endoplasmic reticulum stress to enhance cardiomyocyte-macrophage communication and promote macrophage M2 polarization 2025-Feb-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2024.12.042 PMID:39710208	研究论文	本研究开发了一种级联响应药物递送系统CT-PA@Sal，用于靶向受损心肌细胞并控制ER应激抑制剂Salubrinal的释放，以改善心肌缺血再灌注损伤	开发了一种新型级联响应药物递送系统CT-PA@Sal，具有优越的靶向效率和增强的药物生物利用度，能够在受损心肌细胞内实现响应性释放	缺乏针对受损心肌细胞的有效ER应激抑制剂是机制理解转化为治疗实施的主要障碍	开发一种靶向药物递送系统，以治疗心肌缺血再灌注损伤	心肌细胞和巨噬细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序和生物信息学分析	NA	NA	NA
569	2025-02-18	Prevention of Intrauterine Adhesion with Platelet-Rich Plasma Double-Network Hydrogel 2025-Feb, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400336 PMID:39673358	研究论文	本研究探讨了血小板富集血浆双网络水凝胶（DN凝胶）在预防宫腔粘连（IUA）中的应用及其效果	创新性地开发了一种基于海藻酸钠的血小板富集血浆双网络水凝胶，通过单细胞测序分析其促进子宫内膜再生和增强子宫内膜接受性的机制	研究未提及DN凝胶的长期效果和潜在副作用	研究目的是评估DN凝胶在预防和治疗宫腔粘连中的效果	研究对象为宫腔粘连患者	生物医学工程	妇科疾病	单细胞测序	NA	生物样本数据	未明确提及样本数量
570	2025-02-17	PD-L1 Promotes Immunological Tolerance and Enhances Visual Protection of hESC-RPE Grafts in Retinal Degeneration 2025-Feb-14, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70007 PMID:39953740	研究论文	本研究探讨了PD-L1过表达在人类胚胎干细胞衍生的视网膜色素上皮（hESC-RPE）移植中对免疫排斥的抑制作用及其对视网膜退行性疾病的视觉保护效果	提出了一种无需删除MHC基因的PD-L1过表达策略，保留了hESC-RPE对NK细胞的免疫抑制功能，并显著提高了移植物的存活率和视觉保护效果	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	提高hESC-RPE移植治疗年龄相关性黄斑变性（AMD）的效率	人类胚胎干细胞衍生的视网膜色素上皮（hESC-RPE）	生物医学工程	年龄相关性黄斑变性（AMD）	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	视网膜退行性模型中的hESC-RPE移植物
571	2025-02-17	Analysis of microarray and single-cell RNA-seq identifies gene co-expression, cell-cell communication, and tumor environment associated with metabolite interconversion enzyme in prostate cancer 2025-Feb-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01926-4 PMID:39946051	研究论文	本研究通过基因表达微阵列数据、单细胞RNA测序、癌基因和肿瘤抑制基因，利用生物信息学技术分析了前列腺癌中与代谢物互变酶相关的差异表达基因的相互作用网络	这种分析在之前的研究中尚未有记录	NA	提供关于前列腺癌中差异表达基因的分子特性和通路的新视角，并揭示在前列腺癌发生和进展中起关键作用的潜在生物标志物	前列腺癌	生物信息学	前列腺癌	基因表达微阵列、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
572	2025-02-17	Integrative machine learning model of RNA modifications predict prognosis and treatment response in patients with breast cancer 2025-Feb-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03651-y PMID:39948551	研究论文	本研究通过整合多种RNA修饰，开发了一个基于机器学习的RNA修饰特征模型（CMRS），用于预测乳腺癌患者的预后和治疗反应	首次整合九种RNA修饰，开发了CMRS模型，并揭示了RNA修饰在乳腺癌预后和治疗中的重要作用	研究为回顾性分析，需要前瞻性研究进一步验证CMRS模型的临床适用性	探索RNA修饰在乳腺癌预后和治疗中的作用，并开发预测模型	乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序，免疫浸润分析，免疫组化	CMRS模型	RNA测序数据，单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	15个独立的乳腺癌队列
573	2025-02-16	Cannabidiol restores hematopoietic stem cell stemness in mouse through Atf2-Lrp6 axis after acute irradiation 2025-Feb, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70092 PMID:39949985	研究论文	本研究探讨了大麻二酚（CBD）在急性辐射后通过Atf2-Lrp6轴恢复小鼠造血干细胞干性的作用	发现CBD通过上调Atf2转录因子恢复造血干细胞的干性，并揭示了Atf2-Lrp6轴在辐射损伤修复中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索CBD在急性辐射后对造血干细胞的保护作用及其分子机制	小鼠造血干细胞	生物医学	辐射损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
574	2025-02-15	Screening Co-Diagnostic Genes for Lung Adenocarcinoma and Myocardial Infarction and Analysis of the Molecular Functions and Drug Value of the Genes 2025-Feb-11, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303374928250130113050 PMID:39950480	研究论文	本研究通过生物信息学分析发现肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，并分析其分子功能和潜在药物价值	首次发现MMP9作为肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，并揭示其在炎症和免疫调节中的作用	研究主要依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	发现肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，分析其分子功能和潜在药物价值	肺腺癌和心肌梗死的基因表达数据	生物信息学	肺癌, 心血管疾病	生物信息学分析, WGCNA, PPI网络, LASSO, SVM-RFE, 单细胞测序	LASSO, SVM-RFE	基因表达数据	从TCGA和GEO数据库中获取的肺腺癌和心肌梗死数据集
575	2025-02-14	A novel gene signature for predicting outcome in colorectal cancer patients based on tumor cell-endothelial cell interaction via single-cell sequencing and machine learning 2025-Feb-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42237 PMID:39944338	研究论文	本文通过单细胞测序和机器学习技术，开发了一种基于肿瘤细胞与内皮细胞相互作用的新基因特征，用于预测结直肠癌患者的预后	创新点在于结合单细胞RNA测序和机器学习算法，识别了与结直肠癌预后相关的肿瘤细胞与内皮细胞相互作用的分子特征，并开发了新的预后标志物	研究主要基于计算分析，缺乏实验验证，且样本来源和数据集的多样性可能影响结果的普适性	研究目的是通过分析肿瘤细胞与内皮细胞的相互作用，开发一种新的基因特征，以提高结直肠癌患者的预后预测精度	研究对象为结直肠癌患者的肿瘤细胞和内皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序, 机器学习	机器学习算法	RNA测序数据, 转录组数据	多个数据库中的结直肠癌患者样本
576	2025-02-14	Characterization of ferroptosis-related genes in aplastic anaemia: an integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data 2025-Feb-12, Acta haematologica IF:1.7Q3 DOI:10.1159/000543656 PMID:39938486	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探讨了与再生障碍性贫血（AA）相关的铁死亡关键基因	首次在AA中整合使用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铁死亡相关基因在AA中的作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于数据的质量和样本量	探索再生障碍性贫血中铁死亡相关基因的作用	再生障碍性贫血患者和对照组的RNA测序数据	生物信息学	再生障碍性贫血	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
577	2025-02-14	Analyzing and Validating the Role of Genes Related to Glucagon-like Peptide-1 Signaling in the Prognosis of Pancreatic Cancer 2025-Feb-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673367232250102015441 PMID:39945264	研究论文	本研究旨在开发与胰高血糖素样肽-1（GLP-1）信号相关的可靠预后工具，以指导胰腺癌（PC）的治疗	开发了一个基于GLP-1信号的RiskScore模型，用于评估胰腺癌的预后，并通过单细胞RNA-seq和免疫浸润分析验证了其有效性	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据偏差，且样本量有限	开发一个可靠的预后评估模型，以改善胰腺癌的诊断和治疗	胰腺癌患者	生物信息学	胰腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), CIBERSORT算法, ssGSEA方法, GSEA	RiskScore模型, nomogram模型	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	来自UCSCXena和GEO数据库的胰腺癌患者数据，GSE156405队列用于单细胞RNA-seq分析
578	2025-02-14	Single Cell RNA Sequencing in Colorectal Cancer Immunology: Recent Updates, Application, and Emerging Challenges 2025-Feb-12, Current molecular medicine IF:2.2Q3 DOI:10.2174/0115665240355043250130110501 PMID:39945269	综述	本文综述了单细胞RNA测序在结直肠癌免疫学中的最新进展、应用及面临的挑战	单细胞RNA测序技术的引入，使得研究者能够分析单个免疫细胞，克服了传统批量RNA测序的局限性，为癌症免疫反应和免疫治疗靶点的研究提供了新的视角	尽管单细胞RNA测序技术在癌症研究中展现出巨大潜力，但其在临床应用中仍面临技术和数据分析的挑战	探讨单细胞RNA测序技术在结直肠癌免疫学中的应用及其在推动个性化免疫治疗发展中的潜力	结直肠癌及其免疫反应	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
579	2025-02-14	Carboxylesterase 1-mediated endocannabinoid metabolism in skin: role in melanoma progression in BRafV600E/Pten-/- mice 2025-Feb-11, Cancer & metabolism IF:6.0Q1 DOI:10.1186/s40170-025-00378-2 PMID:39934865	研究论文	本研究探讨了羧酸酯酶1（CES1）在皮肤中通过代谢内源性大麻素2-AG影响黑色素瘤进展的机制	首次证明了CES1在皮肤中的表达及其在黑色素瘤进展中的作用，提出CES1可能成为治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类黑色素瘤亚型的CES1表达模式仍需进一步验证	探讨CES1介导的2-AG代谢在黑色素瘤进展中的作用	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠模型中的黑色素瘤组织	肿瘤生物学	黑色素瘤	靶向代谢组学、化学蛋白质组学、活性蛋白质分析（ABPP）、靶向脂质组学、放射性示踪实验	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠模型	代谢物数据、蛋白质活性数据、单细胞RNA测序数据	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠的黑色素瘤组织及正常皮肤组织
580	2025-02-14	Contrasting cytotoxic and regulatory T cell responses underlying distinct clinical outcomes to anti-PD-1 plus lenvatinib therapy in cancer 2025-Feb-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.001 PMID:39889705	研究论文	本文通过单细胞转录组学和T细胞受体克隆型分析，比较了肝细胞癌（HCC）患者在抗PD-1联合lenvatinib治疗前后的T细胞反应，揭示了与临床疗效和耐药性相关的T细胞亚群	发现了肿瘤浸润的GZMK CD8效应/效应记忆T细胞（Teff/Tem）在联合治疗中的积极作用，以及未充分研究的KIR CD8 T细胞亚群和FOXP3 CD4调节性T细胞在非响应者中的富集	研究样本仅限于肝细胞癌患者，未涵盖其他类型的癌症	探索抗PD-1联合lenvatinib治疗在癌症中的免疫学机制	肝细胞癌（HCC）患者	免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学，T细胞受体克隆型分析	NA	单细胞RNA测序数据	肝细胞癌患者治疗前后的T细胞样本