单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 658 篇文献，本页显示第 541 - 560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2025-02-21 |
Single-cell transcriptomics reveals the multidimensional dynamic heterogeneity from primary to metastatic gastric cancer
2025-Feb-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.111843
PMID:39967875
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了从原发性到转移性胃癌的多维动态异质性 | 首次全面描述了胃癌从原发到转移阶段的动态异质性，并识别了卵巢和腹膜转移中的免疫细胞变化 | 研究未涉及所有可能的转移部位，且样本量可能不足以代表所有胃癌亚型 | 探索胃癌从原发到转移阶段的肿瘤微环境动态变化 | 胃癌的原发肿瘤和器官特异性转移 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及多个胃癌队列 |
| 542 | 2025-02-21 |
Molecular subtyping combined with multiomics analysis to study correlation between TACE refractoriness and tumor stemness in hepatocellular carcinoma
2025-Feb-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01955-z
PMID:39961903
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研究论文 | 本研究通过分子亚型分析与多组学数据结合，探讨了肝细胞癌（HCC）中TACE耐药性与肿瘤干性之间的潜在关联 | 首次将TACE耐药性与肿瘤干性联系起来，并提出了一种新的亚型分类方法以指导个性化治疗 | 研究主要基于已有数据集，缺乏前瞻性临床验证 | 探索TACE耐药性与HCC肿瘤干性之间的相关性及其临床意义 | 肝细胞癌（HCC）患者 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序、微阵列、单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | RNA测序数据、微阵列数据、单细胞RNA测序数据、临床数据 | 多个HCC数据集，包括RNA测序、微阵列、单细胞RNA测序和临床队列 |
| 543 | 2025-02-21 |
Analysis of fatty acid metabolism in prostate cancer and discovery of a new programmed cell death-associated luminal cell subpopulation
2025-Feb-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01982-w
PMID:39961915
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研究论文 | 本研究聚焦于脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用，特别是在代谢重编程影响下与程序性细胞死亡相关的致癌性腔细胞 | 发现了与程序性细胞死亡密切相关的腔细胞亚群，并提出了新的治疗靶点 | NA | 探讨脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用及其与肿瘤侵袭性和转移能力的关系 | 前列腺癌中的腔细胞及其亚群 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、NMF、去卷积方法 | NA | 转录组数据 | NA |
| 544 | 2025-02-21 |
ERK plays a conserved dominant role in pancreas cancer cell EMT heterogeneity driven by diverse growth factors and chemotherapies
2025-Feb-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.08.637251
PMID:39975093
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研究论文 | 本文通过结合迭代间接免疫荧光成像和互信息建模，研究了胰腺癌细胞中EMT异质性的信号蛋白水平 | 使用互信息建模预测了ERK在胰腺癌细胞EMT异质性中的主导作用，并发现JNK在MEK抑制时的补偿作用 | 单细胞转录组学仅限于基于本体的间接推断，细胞群体水平的研究存在固有困难 | 研究胰腺癌细胞中EMT异质性的信号通路，以促进化疗反应 | 胰腺癌细胞和肿瘤 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 迭代间接免疫荧光成像，互信息建模 | 互信息模型 | 蛋白质测量数据 | NA |
| 545 | 2025-02-21 |
NEAT1-mediated regulation of proteostasis and mRNA localization impacts autophagy dysregulation in Rett syndrome
2025-Feb-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf074
PMID:39970285
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研究论文 | 本文研究了长链非编码RNA NEAT1在MeCP2缺陷背景下对Rett综合征（RTT）中蛋白质稳态和mRNA定位的调控作用及其对自噬失调的影响 | 揭示了NEAT1在MeCP2功能中的关键作用，特别是通过RNA-RNA相互作用调控自噬基因的表达和亚细胞定位，从而影响自噬复合物的生物发生 | 研究主要基于人类神经细胞和RTT患者样本，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探讨NEAT1在MeCP2缺陷导致的Rett综合征中的作用机制 | 人类神经细胞和RTT患者样本 | 神经科学 | Rett综合征 | 单细胞RNA测序和分子分析 | NA | RNA测序数据 | 人类神经细胞和RTT患者样本 |
| 546 | 2025-02-21 |
Hepatic Arterial Flow-Induced Portal Tract Fibrosis in Portal Hypertension: The Role of VCAM-1 and Osteopontin-Expressing Macrophages
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.31.634947
PMID:39975181
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研究论文 | 本研究探讨了门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制，特别是VCAM-1和表达骨桥蛋白的巨噬细胞的作用 | 揭示了肝动脉血流增加通过VCAM-1和Spp1+巨噬细胞介导的门管区纤维化的新机制 | 研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 研究门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制 | Sprague-Dawley大鼠 | 病理生理学 | 门静脉高压症 | microCT、单细胞RNA测序、RNA-FISH | NA | 图像、转录组数据 | Sprague-Dawley大鼠 |
| 547 | 2025-02-21 |
Model Architecture Analysis and Implementation of TENET for Cell-Cell Interaction Network Reconstruction Using Spatial Transcriptomics Data
2025-Feb-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5205
PMID:39968356
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研究论文 | 本文提出了一种基于三重增强的图神经网络（TENET）方法，用于从空间转录组学（ST）数据中重建细胞-细胞相互作用（CCI）网络 | 提出了一种新的三重增强图神经网络（TENET）方法，结合了多种CCI模式和下游基因调控网络（GRN）作为输入，考虑了全局和局部的细胞及遗传特征 | 未明确提及具体局限性 | 实现更全面和精确的细胞-细胞相互作用网络重建 | 细胞-细胞相互作用网络 | 机器学习 | NA | 空间转录组学（ST） | 图神经网络（GNN） | 空间转录组学数据 | 真实和合成的ST数据集 |
| 548 | 2025-02-21 |
Hypoxia-induced histone methylation and NF-κB activation in pancreas cancer fibroblasts promote EMT-supportive growth factor secretion
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635486
PMID:39974981
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研究论文 | 本文研究了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中缺氧诱导的组蛋白甲基化和NF-κB激活如何促进癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌支持上皮-间质转化（EMT）的生长因子 | 揭示了缺氧条件下CAFs通过IGF-2和HGF促进PDAC癌细胞EMT的机制，并发现活性氧激活的NF-κB与缺氧依赖性组蛋白甲基化共同作用促进这些生长因子的表达 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证 | 探讨缺氧条件下CAFs如何通过生长因子介导的细胞间通讯促进PDAC癌细胞的EMT | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和癌细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组分析、抑制剂筛选 | NA | 转录组数据、小鼠模型数据 | 患者肿瘤样本和小鼠模型 |
| 549 | 2025-02-21 |
Identification of High-Risk Cells in Single-Cell Spatially Resolved Transcriptomics Data Using Deep Transfer Learning
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635803
PMID:39975321
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DEGAS的深度迁移学习算法，用于在单细胞空间分辨转录组数据中识别高风险细胞和区域 | DEGAS算法通过基因表达数据的潜在表示和领域适应，将疾病属性从患者转移到单个细胞，解决了现有方法无法将单个细胞与疾病属性关联的问题 | NA | 识别单细胞空间分辨转录组数据中的高风险细胞和区域，以深入了解特定疾病过程 | 肿瘤样本中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 深度迁移学习 | 单细胞空间分辨转录组数据 | 包括10X Genomics Xenium和Nanostring CosMx平台的数据，以及新生成的T2D Xenium数据集和公开的黑色素瘤Xenium数据集 |
| 550 | 2025-02-21 |
Nicotinamide N-methyltransferase negatively regulates metastasis-promoting property of cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma
2025-Feb, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.12633
PMID:39623600
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研究论文 | 本研究探讨了烟酰胺N-甲基转移酶（NNMT）在肺腺癌（LUAD）中的代谢和表观遗传调控作用 | 揭示了NNMT在癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的代谢和表观遗传调控功能，扩展了对LUAD转移调控的理解 | 研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大 | 探索NNMT在LUAD中的代谢和表观遗传调控机制 | 肺腺癌（LUAD）及其癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 癌症研究 | 肺癌 | 非靶向代谢组学分析、单细胞RNA测序（RNA-seq）、多重免疫荧光分析、染色质免疫共沉淀-PCR | NA | 代谢组数据、RNA-seq数据、免疫组化数据 | NA |
| 551 | 2025-02-21 |
Mouse gut blueprint: regionality and resilience
2025-Feb, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2025.01.004
PMID:39880712
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研究论文 | Mayassi及其同事利用空间转录组学创建了小鼠肠道的全面蓝图，探索其在扰动条件下的适应性和恢复力 | 首次利用空间转录组学技术详细描绘了小鼠肠道的区域化结构及其在外部挑战下的适应性反应 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物的肠道研究 | 探索小鼠肠道的区域化结构及其在扰动条件下的适应性和恢复力 | 小鼠肠道 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确提及样本数量 |
| 552 | 2025-02-20 |
scatterbar: an R package for visualizing proportional data across spatially resolved coordinates
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf047
PMID:39888860
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scatterbar的开源R包，用于在空间解析坐标上可视化比例数据 | scatterbar通过散点堆叠条形图增强了比例数据的视觉显著性，相比传统的散点饼图更易于区分和比较空间位置上的比例差异 | NA | 开发一个工具以更有效地可视化空间解析的比例数据，特别是空间转录组数据 | 空间转录组数据中的细胞类型比例 | 数据可视化 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间解析的转录组数据 | 成年小鼠大脑的空间转录组数据集 |
| 553 | 2025-02-20 |
Tracking adipose-derived stem cell exosomes applied in a mouse crush injury model: insights from fluorescent labeling and spatial transcriptomics - an experimental study
2025-Feb-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002166
PMID:39705130
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研究论文 | 本研究通过荧光标记和空间转录组学技术，追踪了脂肪来源干细胞外泌体（ADSC-exos）在小鼠坐骨神经挤压伤模型中的应用效果 | 结合荧光标记和空间转录组学技术，揭示了ADSC-exos在神经再生中的复杂细胞类型和信号通路相互作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证 | 探讨ADSC-exos在神经再生中的具体机制 | 小鼠坐骨神经挤压伤模型 | 再生医学 | 神经损伤 | 荧光标记, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 荧光成像数据 | 小鼠模型 |
| 554 | 2025-02-20 |
FGF19-Activated Hepatic Stellate Cells Release ANGPTL4 that Promotes Colorectal Cancer Liver Metastasis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413525
PMID:39716892
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和临床样本，揭示了FGF19激活的肝星状细胞释放ANGPTL4促进结直肠癌肝转移的机制 | 首次证明了FGF19/ANGPTL4轴对结直肠癌肝转移的影响，并提供了新的治疗策略 | 研究主要依赖于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 探讨结直肠癌肝转移的分子机制及潜在治疗策略 | 结直肠癌细胞、肝星状细胞、癌症相关成纤维细胞 | 癌症研究 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 小鼠模型 | RNA测序数据 | 临床样本及多种结直肠癌转移小鼠模型 |
| 555 | 2025-02-20 |
Senescent Fibroblasts Drive FAP/OLN Imbalance Through mTOR Signaling to Exacerbate Inflammation and Bone Resorption in Periodontitis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409398
PMID:39716898
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研究论文 | 本研究探讨了成纤维细胞激活蛋白（FAP）在牙周炎中的作用，揭示了衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路驱动FAP/OLN失衡，加剧炎症和骨吸收的机制 | 首次通过孟德尔随机化分析确定了FAP水平与牙周炎易感性之间的正相关关系，并揭示了衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路驱动FAP/OLN失衡的新机制 | 研究主要基于实验性牙周炎模型，临床样本的验证仍需进一步研究 | 探讨FAP在牙周炎中的作用及其机制 | 人类和小鼠的牙周炎组织、牙龈成纤维细胞（GFs） | 生物医学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据、组织样本 | 人类和小鼠的牙周炎组织 |
| 556 | 2025-02-20 |
CXCL16/CXCR6/TGF-β Feedback Loop Between M-MDSCs and Treg Inhibits Anti-Bacterial Immunity During Biofilm Infection
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409537
PMID:39716908
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研究论文 | 本研究探讨了金黄色葡萄球菌（S. aureus）引起的假体周围感染（PJI）中免疫抑制生物膜环境与感染结果之间的关系 | 揭示了M-MDSCs和Treg细胞通过CXCL16-CXCR6相互作用增强免疫抑制的机制，并提出了通过干扰这一相互作用来减轻细菌负担的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本，可能无法完全反映人类PJI的复杂性 | 研究金黄色葡萄球菌引起的假体周围感染（PJI）中免疫抑制生物膜环境与感染结果之间的关系 | 假体周围感染（PJI）患者的滑膜组织和PJI小鼠模型 | 免疫学 | 假体周围感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Treg特异性CXCR6敲除小鼠模型 | RNA测序数据、免疫组化数据 | PJI患者的滑膜组织和PJI小鼠模型 |
| 557 | 2025-02-20 |
Aneurysm Is Restricted by CD34+ Cell-Formed Fibrous Collars Through the PDGFRb-PI3K Axis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202408996
PMID:39731355
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研究论文 | 本研究探讨了CD34+细胞通过PDGFRb-PI3K轴在腹主动脉瘤（AAA）中形成纤维环的作用 | 揭示了非骨髓来源的CD34+细胞在AAA发展中转分化为Periostin肌成纤维细胞，并参与纤维环形成的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究仍需进一步验证 | 探讨CD34+细胞在腹主动脉瘤（AAA）中的作用及其机制 | 腹主动脉瘤（AAA）患者和小鼠模型 | 生物医学 | 心血管疾病 | Cd34-CreER;Rosa26-tdTomato;(Apoe)谱系追踪、骨髓移植、单细胞测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 患者和小鼠模型的主动脉组织 |
| 558 | 2025-02-20 |
Spatial single-cell maps reveal ST6GAL1 promoting ovarian cancer metastasis
2025-Feb, Glycoconjugate journal
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s10719-025-10177-y
PMID:39883364
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研究论文 | 本研究利用空间和单细胞转录组技术探讨了ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的作用 | 首次整合空间和单细胞转录组数据，揭示了ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的关键作用及其与代谢活性的关联 | 研究主要基于已有数据集，缺乏实验验证 | 探讨ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的作用及其临床意义 | 卵巢癌上皮细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组技术、空间转录组技术、RNA测序 | RCTD（稳健细胞类型分解） | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、RNA测序数据 | GSE130000（单细胞转录组数据集）、GSE211956（空间转录组数据集）、The Cancer Genome Atlas（RNA测序数据） |
| 559 | 2025-02-18 |
Spatial transcriptomics reveals regional characteristics of lupus nephritis in murine kidneys and immune response to prednisolone or Gancao Nourishing-Yin decoction therapies
2025-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70236
PMID:39956926
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 560 | 2025-02-19 |
Landscape of four different stages of human gastric cancer revealed by single-cell sequencing
2025-Feb-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i2.97125
PMID:39958562
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类胃癌四个不同阶段的细胞分布和动态变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术全面分析胃癌不同阶段的肿瘤微环境中的细胞分布和相互作用 | 样本量较小，仅涉及四名患者的八个组织样本 | 探索胃癌肿瘤微环境中细胞群体的分布和动态变化 | 胃癌患者的癌组织和癌旁组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR），流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 四名患者的八个组织样本，共73645个单细胞 |