单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-02-23	Impaired inflammatory resolution with severe SARS-CoV-2 infection in leptin knock out obese hamster 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111837 PMID:39981511	研究论文	本研究通过基因编辑的瘦素敲除肥胖仓鼠模型，探讨了肥胖与严重COVID-19之间的机制	首次使用瘦素敲除肥胖仓鼠模型模拟肥胖患者的严重COVID-19，并通过单细胞转录组学揭示了单核细胞来源的肺泡巨噬细胞在肺部过度炎症中的关键作用	研究主要依赖于动物模型，可能无法完全反映人类肥胖患者的复杂情况	探讨肥胖与严重COVID-19之间的机制，并建立可靠的临床前动物模型	瘦素敲除肥胖仓鼠	生物医学	COVID-19	单细胞转录组学	瘦素敲除肥胖仓鼠模型	基因表达数据	NA
542	2025-02-23	Microglial Regulation of Neural Networks in Neuropsychiatric Disorders 2025-Feb-11, The Neuroscientist : a review journal bringing neurobiology, neurology and psychiatry DOI:10.1177/10738584251316558 PMID:39932233	研究论文	本文探讨了小胶质细胞在中枢神经系统中的重要作用及其与神经网络的复杂相互作用，特别是在神经精神疾病和神经退行性疾病中的影响	利用单细胞测序技术揭示了小胶质细胞亚型的多样性，并深入探讨了其在神经精神疾病中的功能	未具体提及研究的局限性	研究小胶质细胞在神经精神疾病和神经退行性疾病中的作用，以探索新的治疗策略	小胶质细胞及其与神经网络的相互作用	神经科学	阿尔茨海默病、抑郁症、癫痫	单细胞测序技术	NA	NA	NA
543	2025-02-22	scRDiT: Generating Single-cell RNA-seq Data by Diffusion Transformers and Accelerating Sampling 2025-Feb-21, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00688-5 PMID:39982678	研究论文	本文介绍了一种名为scRDiT的生成方法，通过扩散变换器生成单细胞RNA测序数据，并加速采样过程	提出了一种基于去噪扩散概率模型（DDPMs）和扩散变换器（DiTs）的神经网络方法，能够从真实数据集中学习特征并生成虚拟单细胞RNA测序数据	未提及具体局限性	开发一种能够生成高质量虚拟单细胞RNA测序数据的方法，并加速采样过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	扩散变换器（DiTs）和去噪扩散概率模型（DDPMs）	单细胞RNA测序数据	两个不同的单细胞RNA测序数据集
544	2025-02-21	Single-cell transcriptomics reveals the multidimensional dynamic heterogeneity from primary to metastatic gastric cancer 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111843 PMID:39967875	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了从原发性到转移性胃癌的多维动态异质性	首次全面描述了胃癌从原发到转移阶段的动态异质性，并识别了卵巢和腹膜转移中的免疫细胞变化	研究未涉及所有可能的转移部位，且样本量可能不足以代表所有胃癌亚型	探索胃癌从原发到转移阶段的肿瘤微环境动态变化	胃癌的原发肿瘤和器官特异性转移	数字病理学	胃癌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多个胃癌队列
545	2025-02-21	Exploring the Immune-Related Molecular Mechanisms Underlying the Comorbidity of Temporal Lobe Epilepsy and Major Depressive Disorder through Integrated Data Set Analysis 2025-Feb-19, Current molecular pharmacology IF:2.4Q3 DOI:10.2174/0118761429380394250217093030 PMID:39976098	研究论文	本研究通过整合数据集分析，探索了颞叶癫痫（TLE）和重度抑郁症（MDD）共病的免疫相关分子机制	首次通过系统分析基因表达谱，识别了TLE和MDD共有的关键基因，并阐明了其潜在的分子病理机制	研究依赖于公开的基因表达数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索TLE和MDD共病的分子机制，并评估这些基因在诊断和治疗中的潜在应用	颞叶癫痫（TLE）和重度抑郁症（MDD）患者	生物信息学	神经系统疾病	基因表达谱分析、WGCNA、PPI网络构建、LASSO、随机森林模型、ROC曲线分析、免疫浸润分析、单细胞测序	LASSO、随机森林（RF）	基因表达数据	NA
546	2025-02-21	Molecular subtyping combined with multiomics analysis to study correlation between TACE refractoriness and tumor stemness in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01955-z PMID:39961903	研究论文	本研究通过分子亚型分析与多组学数据结合，探讨了肝细胞癌（HCC）中TACE耐药性与肿瘤干性之间的潜在关联	首次将TACE耐药性与肿瘤干性联系起来，并提出了一种新的亚型分类方法以指导个性化治疗	研究主要基于已有数据集，缺乏前瞻性临床验证	探索TACE耐药性与HCC肿瘤干性之间的相关性及其临床意义	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	RNA测序、微阵列、单细胞RNA测序	无监督聚类	RNA测序数据、微阵列数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	多个HCC数据集，包括RNA测序、微阵列、单细胞RNA测序和临床队列
547	2025-02-21	Analysis of fatty acid metabolism in prostate cancer and discovery of a new programmed cell death-associated luminal cell subpopulation 2025-Feb-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01982-w PMID:39961915	研究论文	本研究聚焦于脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用，特别是在代谢重编程影响下与程序性细胞死亡相关的致癌性腔细胞	发现了与程序性细胞死亡密切相关的腔细胞亚群，并提出了新的治疗靶点	NA	探讨脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用及其与肿瘤侵袭性和转移能力的关系	前列腺癌中的腔细胞及其亚群	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、NMF、去卷积方法	NA	转录组数据	NA
548	2025-02-21	ERK plays a conserved dominant role in pancreas cancer cell EMT heterogeneity driven by diverse growth factors and chemotherapies 2025-Feb-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.08.637251 PMID:39975093	研究论文	本文通过结合迭代间接免疫荧光成像和互信息建模，研究了胰腺癌细胞中EMT异质性的信号蛋白水平	使用互信息建模预测了ERK在胰腺癌细胞EMT异质性中的主导作用，并发现JNK在MEK抑制时的补偿作用	单细胞转录组学仅限于基于本体的间接推断，细胞群体水平的研究存在固有困难	研究胰腺癌细胞中EMT异质性的信号通路，以促进化疗反应	胰腺癌细胞和肿瘤	生物信息学	胰腺癌	迭代间接免疫荧光成像，互信息建模	互信息模型	蛋白质测量数据	NA
549	2025-02-21	NEAT1-mediated regulation of proteostasis and mRNA localization impacts autophagy dysregulation in Rett syndrome 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf074 PMID:39970285	研究论文	本文研究了长链非编码RNA NEAT1在MeCP2缺陷背景下对Rett综合征（RTT）中蛋白质稳态和mRNA定位的调控作用及其对自噬失调的影响	揭示了NEAT1在MeCP2功能中的关键作用，特别是通过RNA-RNA相互作用调控自噬基因的表达和亚细胞定位，从而影响自噬复合物的生物发生	研究主要基于人类神经细胞和RTT患者样本，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨NEAT1在MeCP2缺陷导致的Rett综合征中的作用机制	人类神经细胞和RTT患者样本	神经科学	Rett综合征	单细胞RNA测序和分子分析	NA	RNA测序数据	人类神经细胞和RTT患者样本
550	2025-02-21	Targeting FGFR4 Abrogates HNF1A-driven Metastasis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.06.636643 PMID:39974881	研究论文	本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的机制，并验证了FGFR4抑制剂在减少HNF1A驱动的转移中的有效性	首次发现HNF1A通过上调FGFR4驱动PDAC转移，并验证了FGFR4抑制剂在减少转移中的潜在治疗作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证FGFR4抑制剂的效果	探索HNF1A在PDAC转移中的作用，并寻找针对HNF1A依赖性表型的靶向治疗方法	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞和小鼠模型	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序、组织微阵列（TMA）分析、UMAP空间分析、RNA干扰、FGFR4抑制剂（H3B-6527和U3-1784）	小鼠异种移植模型	RNA测序数据、组织微阵列数据	ATCC和患者来源的PDAC细胞、小鼠模型
551	2025-02-21	Hepatic Arterial Flow-Induced Portal Tract Fibrosis in Portal Hypertension: The Role of VCAM-1 and Osteopontin-Expressing Macrophages 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.31.634947 PMID:39975181	研究论文	本研究探讨了门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制，特别是VCAM-1和表达骨桥蛋白的巨噬细胞的作用	揭示了肝动脉血流增加通过VCAM-1和Spp1+巨噬细胞介导的门管区纤维化的新机制	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制	Sprague-Dawley大鼠	病理生理学	门静脉高压症	microCT、单细胞RNA测序、RNA-FISH	NA	图像、转录组数据	Sprague-Dawley大鼠
552	2025-02-21	Single-cell Transcriptomics Unravel Stereocilia Degeneration as a Key Contributor to Age-related Vestibular Dysfunction in Mice and Humans 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.02.636113 PMID:39975332	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了年龄相关前庭功能障碍（ARVD）中毛细胞（HCs）老化的分子机制，并指出毛束退化是ARVD的关键因素	首次在单细胞水平上揭示了小鼠和人类前庭毛细胞老化的分子特征，并发现毛束退化在HCs丢失之前发生，强调了机械转导退化在ARVD中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尽管在人类样本中也观察到类似特征，但仍需进一步验证	探究年龄相关前庭功能障碍（ARVD）的分子机制，特别是毛细胞老化的影响	小鼠和人类的前庭毛细胞（HCs）	单细胞转录组学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	年轻和年老小鼠的前庭毛细胞，以及老年人类前庭毛细胞
553	2025-02-21	Model Architecture Analysis and Implementation of TENET for Cell-Cell Interaction Network Reconstruction Using Spatial Transcriptomics Data 2025-Feb-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5205 PMID:39968356	研究论文	本文提出了一种基于三重增强的图神经网络（TENET）方法，用于从空间转录组学（ST）数据中重建细胞-细胞相互作用（CCI）网络	提出了一种新的三重增强图神经网络（TENET）方法，结合了多种CCI模式和下游基因调控网络（GRN）作为输入，考虑了全局和局部的细胞及遗传特征	未明确提及具体局限性	实现更全面和精确的细胞-细胞相互作用网络重建	细胞-细胞相互作用网络	机器学习	NA	空间转录组学（ST）	图神经网络（GNN）	空间转录组学数据	真实和合成的ST数据集
554	2025-02-21	Hypoxia-induced histone methylation and NF-κB activation in pancreas cancer fibroblasts promote EMT-supportive growth factor secretion 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.635486 PMID:39974981	研究论文	本文研究了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中缺氧诱导的组蛋白甲基化和NF-κB激活如何促进癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌支持上皮-间质转化（EMT）的生长因子	揭示了缺氧条件下CAFs通过IGF-2和HGF促进PDAC癌细胞EMT的机制，并发现活性氧激活的NF-κB与缺氧依赖性组蛋白甲基化共同作用促进这些生长因子的表达	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨缺氧条件下CAFs如何通过生长因子介导的细胞间通讯促进PDAC癌细胞的EMT	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和癌细胞	癌症生物学	胰腺癌	单细胞转录组分析、抑制剂筛选	NA	转录组数据、小鼠模型数据	患者肿瘤样本和小鼠模型
555	2025-02-21	Identification of High-Risk Cells in Single-Cell Spatially Resolved Transcriptomics Data Using Deep Transfer Learning 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.635803 PMID:39975321	研究论文	本文介绍了一种名为DEGAS的深度迁移学习算法，用于在单细胞空间分辨转录组数据中识别高风险细胞和区域	DEGAS算法通过基因表达数据的潜在表示和领域适应，将疾病属性从患者转移到单个细胞，解决了现有方法无法将单个细胞与疾病属性关联的问题	NA	识别单细胞空间分辨转录组数据中的高风险细胞和区域，以深入了解特定疾病过程	肿瘤样本中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	深度迁移学习	单细胞空间分辨转录组数据	包括10X Genomics Xenium和Nanostring CosMx平台的数据，以及新生成的T2D Xenium数据集和公开的黑色素瘤Xenium数据集
556	2025-02-21	Nicotinamide N-methyltransferase negatively regulates metastasis-promoting property of cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma 2025-Feb, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12633 PMID:39623600	研究论文	本研究探讨了烟酰胺N-甲基转移酶（NNMT）在肺腺癌（LUAD）中的代谢和表观遗传调控作用	揭示了NNMT在癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的代谢和表观遗传调控功能，扩展了对LUAD转移调控的理解	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探索NNMT在LUAD中的代谢和表观遗传调控机制	肺腺癌（LUAD）及其癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症研究	肺癌	非靶向代谢组学分析、单细胞RNA测序（RNA-seq）、多重免疫荧光分析、染色质免疫共沉淀-PCR	NA	代谢组数据、RNA-seq数据、免疫组化数据	NA
557	2025-02-21	Mouse gut blueprint: regionality and resilience 2025-Feb, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2025.01.004 PMID:39880712	研究论文	Mayassi及其同事利用空间转录组学创建了小鼠肠道的全面蓝图，探索其在扰动条件下的适应性和恢复力	首次利用空间转录组学技术详细描绘了小鼠肠道的区域化结构及其在外部挑战下的适应性反应	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物的肠道研究	探索小鼠肠道的区域化结构及其在扰动条件下的适应性和恢复力	小鼠肠道	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	未明确提及样本数量
558	2025-02-20	scatterbar: an R package for visualizing proportional data across spatially resolved coordinates 2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf047 PMID:39888860	研究论文	本文介绍了一个名为scatterbar的开源R包，用于在空间解析坐标上可视化比例数据	scatterbar通过散点堆叠条形图增强了比例数据的视觉显著性，相比传统的散点饼图更易于区分和比较空间位置上的比例差异	NA	开发一个工具以更有效地可视化空间解析的比例数据，特别是空间转录组数据	空间转录组数据中的细胞类型比例	数据可视化	NA	空间转录组学	NA	空间解析的转录组数据	成年小鼠大脑的空间转录组数据集
559	2025-02-20	Tracking adipose-derived stem cell exosomes applied in a mouse crush injury model: insights from fluorescent labeling and spatial transcriptomics - an experimental study 2025-Feb-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002166 PMID:39705130	研究论文	本研究通过荧光标记和空间转录组学技术，追踪了脂肪来源干细胞外泌体（ADSC-exos）在小鼠坐骨神经挤压伤模型中的应用效果	结合荧光标记和空间转录组学技术，揭示了ADSC-exos在神经再生中的复杂细胞类型和信号通路相互作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨ADSC-exos在神经再生中的具体机制	小鼠坐骨神经挤压伤模型	再生医学	神经损伤	荧光标记, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 荧光成像数据	小鼠模型
560	2025-02-20	FGF19-Activated Hepatic Stellate Cells Release ANGPTL4 that Promotes Colorectal Cancer Liver Metastasis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413525 PMID:39716892	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和临床样本，揭示了FGF19激活的肝星状细胞释放ANGPTL4促进结直肠癌肝转移的机制	首次证明了FGF19/ANGPTL4轴对结直肠癌肝转移的影响，并提供了新的治疗策略	研究主要依赖于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨结直肠癌肝转移的分子机制及潜在治疗策略	结直肠癌细胞、肝星状细胞、癌症相关成纤维细胞	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠模型	RNA测序数据	临床样本及多种结直肠癌转移小鼠模型