单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 672 篇文献，本页显示第 521 - 540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2025-03-01 |
Single-cell data-driven design of armed oncolytic virus to boost cooperative innate-adaptive immunity against cancer
2025-Feb-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.12.017
PMID:39674886
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，设计并构建了一种表达五个非冗余功能基因的武装溶瘤病毒OV-5A，以增强对癌症的先天-适应性免疫反应 | 利用单细胞RNA测序数据驱动的设计方法，开发了一种新型武装溶瘤病毒OV-5A，并展示了其在多种模型中的有效免疫反应 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在大量患者中进行临床试验 | 开发更有效的溶瘤病毒疗法，以增强对癌症的免疫反应 | 癌症患者和多种小鼠模型 | 癌症免疫治疗 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多种小鼠模型、外周血单核细胞-患者来源的异种移植模型、类器官-免疫细胞共培养系统和患者组织切片 |
| 522 | 2025-02-28 |
Identification of Mitochondrial-related Characteristic Biomarkers in Osteosarcoma using Bioinformatics and Machine Learning
2025-Feb-25, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
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研究论文 | 本研究通过生物信息学和机器学习方法，识别了与骨肉瘤（OS）相关的线粒体特征生物标志物 | 首次结合生物信息学分析和机器学习算法（LASSO回归和SVM-RFE）识别了骨肉瘤中线粒体相关差异表达基因（MitoDEGs），并验证了其在免疫细胞浸润和微环境中的作用 | 研究主要依赖于公共数据库的mRNA表达数据，实验验证仅限于体外RT-PCR，缺乏体内实验验证 | 探索骨肉瘤中线粒体相关基因的诊断标志物及其在免疫调节中的作用 | 骨肉瘤（OS）患者 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | RNA-seq, scRNA-seq, RT-PCR | LASSO回归, SVM-RFE | mRNA表达数据 | 来自GSE16088和GSE19276数据库的骨肉瘤样本 |
| 523 | 2025-02-28 |
Comprehensive Analysis of TCR and BCR Repertoires: Insights into Methodologies, Challenges, and Applications
2025-Feb-24, Genomics & informatics
DOI:10.1186/s44342-024-00034-z
PMID:39994831
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review | 本文综述了T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）多样性分析的关键方法、挑战和应用 | 整合了免疫学、生物信息学和临床研究，提供了对免疫功能、治疗反应和精准医学方法的深入见解 | NA | 探讨TCR和BCR序列分析的方法和应用 | T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR） | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | 序列数据 | NA |
| 524 | 2025-02-28 |
A Temporal and Spatial Atlas of Adaptive Immune Responses in the Lymph Node Following Viral Infection
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.31.635509
PMID:39975238
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研究论文 | 本文介绍了一种名为AIR-SPACE的整合方法，结合高分辨率空间转录组学和高保真长读长测序技术，用于分析病毒感染后淋巴结中适应性免疫细胞的空间组织 | AIR-SPACE方法首次实现了在原生空间背景下同时分析细胞转录组和适应性免疫受体（AIR）库 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型 | 研究目的是理解病毒感染后淋巴结中适应性免疫反应的空间和时间动态 | 研究对象为小鼠腘淋巴结在痘苗病毒感染后的适应性免疫反应 | 免疫学 | 病毒感染 | 高分辨率空间转录组学，高保真长读长测序 | NA | 空间转录组数据，长读长测序数据 | 五个不同时间点的小鼠腘淋巴结样本 |
| 525 | 2025-02-28 |
Causal differential expression analysis under unmeasured confounders with causarray
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635593
PMID:39975097
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研究论文 | 本文介绍了一种名为causarray的双重稳健因果推断框架，用于分析基于阵列的基因组数据，旨在解决观察性基因组数据中未测量混杂因素的问题 | causarray框架结合了广义混杂因素调整方法和灵活的机器学习技术，能够在多种设置下稳健地分离处理效应和混杂因素，并保留生物信号 | NA | 解决观察性基因组数据中未测量混杂因素的问题，揭示因果关系 | 基于阵列的基因组数据，包括批量细胞和单细胞水平的数据 | 基因组学 | 自闭症, 阿尔茨海默病 | 单细胞测序, CRISPR技术 | NA | 基因组数据 | 两个单细胞基因组研究：一个涉及发育中的小鼠大脑的自闭症风险基因的体内Perturb-seq研究，另一个涉及使用三个人类大脑转录组数据集的阿尔茨海默病病例对照研究 |
| 526 | 2025-02-28 |
MAP3K4 signaling regulates HDAC6 and TRAF4 coexpression and stabilization in trophoblast stem cells
2025-Feb, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.108116
PMID:39710325
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研究论文 | 本文研究了MAP3K4信号在滋养层干细胞中调控HDAC6和TRAF4共表达和稳定的机制 | 揭示了MAP3K4、HDAC6和TRAF4在胎盘发育中的新关联，并发现了Traf4与Map3k4或Hdac6在胎盘迷路分化过程中的共表达转换 | 研究主要基于小鼠模型，人类胎盘中的相关机制尚需进一步验证 | 探讨MAP3K4信号在胎盘发育中的作用及其与HDAC6和TRAF4的关系 | 小鼠滋养层干细胞和胎盘组织 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠滋养层干细胞和胎盘组织样本 |
| 527 | 2025-02-27 |
Toll-Like Receptor 7 Promotes Periodontal Inflammation and Alveolar Bone Resorption Through the NF-κB Signaling Pathway
2025-Feb-25, Journal of periodontal research
IF:3.4Q1
DOI:10.1111/jre.13394
PMID:40007244
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研究论文 | 本文研究了Toll样受体7（TLR7）在牙周炎中的作用及其潜在机制 | 揭示了TLR7在牙周炎中的新角色，并强调了TLR7-NF-κB轴在疾病发病机制中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中进行验证 | 探讨TLR7在牙周炎中的作用及其机制 | 牙周炎患者和健康个体的牙龈组织，小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞 | 生物医学 | 牙周炎 | 单细胞测序，TLR7抑制剂M5049，NF-κB抑制剂PDTC | 小鼠牙周炎模型 | 基因表达数据，炎症反应数据 | 健康个体和牙周炎患者的牙龈组织样本，小鼠模型 |
| 528 | 2025-02-27 |
SREBF1-based metabolic reprogramming in prostate cancer promotes tumor ferroptosis resistance
2025-Feb-23, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02354-7
PMID:39988626
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研究论文 | 本研究探讨了前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力 | 通过单细胞测序和转录因子调控网络分析，首次揭示了SREBF1在前列腺癌代谢重编程和铁死亡抵抗中的关键作用，并验证了SREBF1抑制剂的治疗效果 | 研究主要基于实验室数据，尚未进行大规模临床试验验证 | 探讨前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力 | 正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞测序, hdWGCNA, bulk RNA分析 | NA | RNA测序数据 | 正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织样本 |
| 529 | 2025-02-27 |
Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636743
PMID:39975302
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研究论文 | 本文研究了长期饮酒（CAC）如何增强造血干细胞和祖细胞（HSPCs）向破骨细胞前体的分化能力 | 首次揭示了CAC通过改变HSPCs的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力 | 研究主要基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 探讨长期饮酒对造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化能力的影响 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体 | 生物医学 | 骨质疏松 | 光谱流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据、基因表达数据 | 恒河猴模型 |
| 530 | 2025-02-27 |
Sources of non-uniform coverage in short-read RNA-Seq data
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.634337
PMID:39975309
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研究论文 | 本文探讨了短读RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，并进行了针对性实验以研究片段长度、PCR升温速率和核糖体耗竭的影响 | 本文通过实验和数据分析，挑战了先前关于RNA-Seq非均匀性来源的假设，提供了新的见解 | 研究结果与先前出版物或建议相矛盾，可能需要进一步验证 | 研究RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，以改进实验协议和分析方法 | RNA-Seq数据中的非均匀覆盖现象 | 生物信息学 | NA | RNA-Seq | NA | RNA-Seq数据 | 使用了不同样本质量、PCR循环数、逆转录酶和技术或生物学重复的现有数据集 |
| 531 | 2025-02-26 |
Emergence of inflammatory fibroblasts with aging in Hermansky-Pudlak syndrome associated pulmonary fibrosis
2025-Feb-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07589-9
PMID:39987372
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研究论文 | 本文研究了与肺纤维化发病和进展相关的细胞相互作用，通过单细胞RNA测序技术构建了年轻和老年Hermansky-Pudlak综合征（HPS）小鼠模型的肺细胞图谱 | 发现了HPS小鼠中SAA3炎症性肺成纤维细胞的年龄依赖性增加，并揭示了HPS1和HPS2小鼠中不同类型的细胞相互作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本数量较少，可能限制了结果的普适性 | 探究肺纤维化的发病机制及进展过程中的细胞相互作用 | Hermansky-Pudlak综合征（HPS）小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 年轻和老年HPS小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织 |
| 532 | 2025-02-26 |
Advancing our understanding of root development: Technologies and insights from diverse studies
2025-Feb-07, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiae605
PMID:39688896
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综述 | 本文综述了根发育研究中的技术进展，特别是单细胞基因表达分析的变革性影响 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的应用，使得根生物学研究能够进行详细的细胞特异性基因表达分析，创建全面的根图谱，预测细胞发育，并以前所未有的精度绘制基因调控网络（GRNs） | NA | 增强对根发育的理解，以促进植物生长和健康 | 根发育 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多模态分析、生物信息学、CRISPR、生物传感器、微流控设备 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 533 | 2025-02-25 |
Presence of tertiary lymphoid structures and exhausted tissue-resident T cells determines clinical response to PD-1 blockade in renal cell carcinoma
2025-Feb-24, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0991
PMID:39992403
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研究论文 | 本文通过转录组分析研究了肾细胞癌（RCC）患者对PD-1单药治疗的响应机制，发现三级淋巴结构（TLS）和耗竭的组织驻留T细胞在临床响应中的关键作用 | 首次通过单细胞转录组学和外部队列验证，识别出与不良临床结果相关的耗竭CD8+ T细胞群体，并整合这些发现提出新的治疗靶点 | 研究样本量相对较小（102例患者），且仅针对肾细胞癌，可能限制了结果的普适性 | 探讨肾细胞癌患者对PD-1单药治疗的响应机制，寻找克服抗PD-1单药治疗耐药性的潜在治疗靶点 | 102例肾细胞癌患者的生物样本 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 转录组分析、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 102例肾细胞癌患者 |
| 534 | 2025-02-25 |
Clonal Heterogeneity in Human Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and Its Impact on Tumor Progression
2025-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.11.637729
PMID:39990481
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法，分析了人类胰腺导管腺癌（PDAC）的克隆异质性及其对肿瘤进展的影响 | 揭示了PDAC肿瘤内显著的克隆异质性，挑战了传统的基底型和经典型二元分类，支持了由克隆进化和空间组织影响的转录连续体 | 研究样本量相对有限（n = 62），且主要关注原发性PDAC，未涉及转移性PDAC | 探讨PDAC的克隆异质性及其对肿瘤生物学的影响 | 人类胰腺导管腺癌（PDAC）样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | 62个原发性PDAC样本，443,451个单细胞，53,236个空间转录组点 |
| 535 | 2025-02-25 |
Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637521
PMID:39990382
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研究论文 | 本文研究了刺鼠复杂组织再生过程中特定细胞状态的作用 | 揭示了刺鼠在损伤后基质细胞如何重新进入细胞周期并维持细胞周期进程的时空控制，以及通过单细胞RNA测序鉴定了与再生和瘢痕组织相关的关键细胞类型 | 研究主要集中于刺鼠的耳部再生，未涉及其他组织或物种的广泛验证 | 探讨哺乳动物复杂组织再生过程中细胞增殖动态和特定细胞类型的作用 | 刺鼠的耳部组织 | 细胞生物学 | NA | 免疫染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 刺鼠耳部组织样本 |
| 536 | 2025-02-25 |
CausalGeD: Blending Causality and Diffusion for Spatial Gene Expression Generation
2025-Feb-11, ArXiv
PMID:39990788
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研究论文 | 本文提出了一种结合因果关系和扩散过程的方法CausalGeD，用于生成空间基因表达数据 | CausalGeD首次将扩散和自回归过程结合，利用基因间的因果关系，无需预定义关系即可捕捉调控机制 | 现有方法的性能有限，结构相似性通常低于60% | 提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据整合的性能 | 基因表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST） | Causal Attention Transformer | 基因表达数据 | 10个组织数据集 |
| 537 | 2025-02-25 |
Identifying Reproducible Transcription Regulator Coexpression Patterns with Single Cell Transcriptomics
2025-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.15.580581
PMID:38559016
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，识别与人类和小鼠转录调控因子（TR）表达最协调的基因伙伴，构建单细胞共表达网络，并评估跨物种和细胞类型的TR共表达模式的一致性 | 通过整合120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集（超过2800万个细胞），构建跨物种和细胞类型的TR共表达网络，并结合ChIP-seq数据识别跨方法和物种支持的候选调控相互作用 | 研究主要关注跨细胞类型的可重复性，可能忽略了特定生物背景下的信号 | 识别跨物种和细胞类型的转录调控因子共表达模式，并评估其一致性 | 人类和小鼠的转录调控因子（TR）及其共表达基因伙伴 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集（超过2800万个细胞） |
| 538 | 2025-02-24 |
Spatial transcriptomics in autoimmune rheumatic disease: potential clinical applications and perspectives
2025-Feb-20, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-025-00369-2
PMID:39980019
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术的发展及其在自身免疫性风湿病中的潜在临床应用 | 空间转录组学技术结合高plex RNA测序与空间数据，提供了单细胞水平的精确空间评估，增强了对疾病过程中细胞相互作用的理解 | NA | 探讨空间转录组学在自身免疫性风湿病中的临床应用潜力 | 自身免疫性风湿病，如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮和干燥综合征 | 数字病理学 | 风湿病 | 空间转录组学，原位杂交，原位测序，原位空间条形码，显微切割方法 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 539 | 2025-02-20 |
Publisher Correction: Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data
2025-Feb-18, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02152-8
PMID:39966937
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 540 | 2025-02-24 |
Efficient Identification of Monoclonal Antibodies Against Rift Valley Fever Virus Using High-Throughput Single Lymphocyte Transcriptomics of Immunized Mice
2025-Feb-04, Antibodies (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antib14010012
PMID:39982227
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研究论文 | 本文报告了使用10x Genomics技术进行高通量单细胞分析，以识别针对裂谷热病毒（RVFV）的稀有且强效的抗体 | 采用高通量单细胞转录组学技术，结合生物信息学分析，从免疫小鼠中筛选出针对RVFV表面糖蛋白Gc和Gn的单克隆抗体 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体试验 | 开发针对RVFV的高效治疗性抗体 | 裂谷热病毒（RVFV）及其表面糖蛋白Gc和Gn | 生物信息学 | 裂谷热 | 10x Genomics高通量单细胞转录组学技术 | NA | 单细胞转录组数据 | 从小鼠脾脏中分选的记忆B细胞群体 |