单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 658 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-03-04 |
IL-1β and associated molecules as prognostic biomarkers linked with immune cell infiltration in colorectal cancer: an integrated statistical and machine learning approach
2025-Feb-28, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01989-3
PMID:40019680
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研究论文 | 本研究提出了一种结合生物信息学和机器学习的框架，用于增强结直肠癌（CRC）的诊断和预后生物标志物的识别 | 通过整合统计和机器学习方法，识别出27个枢纽基因，并验证了IL-1β作为预后和诊断生物标志物的潜力 | 研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制 | 增强结直肠癌的诊断和预后生物标志物的识别 | 结直肠癌（CRC） | 生物信息学 | 结直肠癌 | 甲基化差异表达基因（MeDEGs）分析、scRNA-seq分析、启动子甲基化分析 | K-最近邻（KNN）、人工神经网络（ANN）、随机森林（RF） | 基因表达数据、甲基化数据 | 使用TCGA数据集，具体样本量未明确说明 |
| 502 | 2025-03-04 |
Decoding melanoma's cellular mosaic to unlock immunotherapy potential
2025-Feb-28, Trends in cell biology
IF:13.0Q1
DOI:10.1016/j.tcb.2025.01.009
PMID:40023663
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review | 本文综述了单细胞多组学技术在揭示皮肤黑色素瘤生物学特性及免疫治疗耐药机制中的关键作用 | 利用单细胞测序和空间多组学技术，深入解析了肿瘤内异质性及其对癌症进展的影响 | NA | 探讨单细胞多组学技术如何揭示皮肤黑色素瘤的生物学特性及免疫治疗耐药机制 | 皮肤黑色素瘤 | digital pathology | melanoma | 单细胞测序, 空间多组学技术 | NA | 单细胞数据, 多组学数据 | NA |
| 503 | 2025-03-04 |
Dual function of MrgprB2 receptor-dependent neural immune axis in chronic pain
2025-Feb-28, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.02.037
PMID:40024332
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研究论文 | 本文研究了MrgprB2受体依赖的神经免疫轴在化疗药物诱导的神经性疼痛（CINP）中的双向调节作用 | 揭示了MrgprB2/Tryptase/PAR2轴在CINP疼痛发展和缓解中的双向作用，强调了MrgprB2作为早期干预CINP的关键靶点 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨MrgprB2介导的神经免疫相互作用在CINP中的双向调节作用 | 野生型小鼠、MrgprD敲除小鼠、肥大细胞缺陷小鼠、MrgprB2敲除小鼠和MrgprB2-Cre tdTomato小鼠 | 神经免疫学 | 神经性疼痛 | 钙成像、细胞因子抗体阵列、单细胞测序数据库挖掘、免疫荧光、Western blotting、共免疫沉淀（Co-IP） | NA | 实验数据 | 多种基因修饰小鼠模型 |
| 504 | 2025-03-04 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaceBar的细胞条形码策略，能够同时进行克隆追踪和空间转录组分析 | 创新点在于使用96个合成条形码序列，通过成像空间转录组学（seqFISH）进行检测，每个细胞被标记为条形码的组合，从而在复杂组织环境中区分克隆动态和环境驱动的转录调控 | NA | 研究目的是开发一种能够同时进行克隆追踪和空间转录组分析的方法 | 研究对象是黑色素瘤细胞在肿瘤异种移植模型中的克隆身份和空间基因表达 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | seqFISH | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 505 | 2025-03-04 |
Spatially distinct cellular and molecular landscapes define prognosis in triple negative breast cancer
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637503
PMID:39990419
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，深入探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中不同预后群体的细胞和分子异质性 | 首次利用空间转录组学技术，详细描绘了TNBC中不同预后群体的细胞和分子基础，揭示了上皮细胞及其微环境在转录水平上的显著差异 | 样本量相对较小，仅包括32名女性患者，且为回顾性研究，可能影响结果的普遍性 | 探讨TNBC中不同预后群体的细胞和分子异质性，以揭示预后差异的分子驱动因素 | 32名未经治疗的三阴性乳腺癌女性患者，分为良好预后组（GPx）和不良预后组（PPx） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，GeoMX® Digital Spatial Profiler，卷积神经网络（CNN） | 卷积神经网络（CNN） | 空间转录组数据 | 32名女性患者（17名良好预后，15名不良预后） |
| 506 | 2025-03-04 |
Single-cell transcriptomics of X-ray irradiated Drosophila wing discs reveals heterogeneity related to cell-cycle status and cell location
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.10.627868
PMID:39990483
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了X射线辐射对果蝇翅膀原基的影响，揭示了细胞周期状态和细胞位置相关的异质性 | 首次在果蝇翅膀原基中应用单细胞RNA测序技术，揭示了X射线辐射后细胞间的异质性，并引入了赫芬达尔-赫希曼指数来量化基因表达的异质性 | 研究仅限于果蝇翅膀原基，未涉及其他组织或生物体 | 研究X射线辐射对果蝇翅膀原基细胞的影响，特别是细胞异质性 | 果蝇翅膀原基细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确提及样本数量，但涉及果蝇翅膀原基的多个细胞 |
| 507 | 2025-03-04 |
Molecularly-guided spatial proteomics captures single-cell identity and heterogeneity of the nervous system
2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637505
PMID:39990460
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研究论文 | 本文介绍了利用空间单细胞蛋白质组学技术研究神经系统异质性的方法 | 通过免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS）技术，首次在异质性中枢神经系统中应用空间单细胞蛋白质组学 | 研究主要集中在中枢神经系统和周围神经系统的特定区域，未涵盖所有神经系统区域 | 研究神经系统中的单细胞异质性及其在神经疾病中的作用 | 大脑皮层、黑质、肠肌层神经节和神经束 | 蛋白质组学 | 神经疾病 | 免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS） | NA | 蛋白质组数据 | 多个大脑区域和神经组织的单细胞样本 |
| 508 | 2025-03-04 |
A Benchmarking Study of Random Projections and Principal Components for Dimensionality Reduction Strategies in Single Cell Analysis
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.04.636499
PMID:39974925
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研究论文 | 本研究系统评估了主成分分析（PCA）和随机投影（RP）方法在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降维中的性能，重点关注计算效率和下游分析效果 | 首次全面比较PCA和RP方法在scRNA-seq数据中的应用，特别是RP在计算速度和数据变异性保持方面的优势 | 研究主要基于公开数据集，可能无法完全代表所有单细胞数据的特性 | 评估和比较不同降维策略在单细胞分析中的效果 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | PCA, RP, SVD, 随机SVD, 稀疏随机投影, 高斯随机投影 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公开的标记和未标记scRNA-seq数据集 |
| 509 | 2025-03-04 |
Seq-Scope-eXpanded: Spatial Omics Beyond Optical Resolution
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.04.636355
PMID:39975076
|
研究论文 | 本文介绍了Seq-Scope-X，一种通过组织扩展实现亚微米分辨率的空间转录组学技术，突破了传统测序方法的限制 | Seq-Scope-X通过物理放大组织，减少了转录扩散效应，并将空间特征密度提高了一个数量级，实现了亚微米分辨率 | NA | 开发一种超越光学分辨率的空间转录组学技术，以更精确地解析细胞结构和功能 | 肝脏组织、脑组织、结肠组织、小鼠脾脏和人类扁桃体 | 空间组学 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | NA |
| 510 | 2025-03-04 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data
2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636138
PMID:39974940
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为scBSP的开源工具，用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征 | scBSP利用稀疏矩阵操作显著提高了计算效率，能够在短时间内处理包含数百万细胞的高分辨率空间组学数据，并保持高准确性 | 未明确提及具体局限性 | 开发一个高效且准确的工具，用于识别高分辨率空间组学数据中的空间可变特征 | 高分辨率空间组学数据 | 空间组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间组学数据 | 19,950个基因和181,367个点 |
| 511 | 2025-03-04 |
The profiles of immunosuppressive microenvironment in the Lauren intestinal-type gastric adenocarcinoma
2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03938-5
PMID:39891785
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术，深入探讨了Lauren肠型胃腺癌（IGAC）中免疫抑制微环境的细胞亚群及其机制 | 首次详细描绘了IGAC中免疫抑制细胞亚群的组成及其功能，特别是HAVCR2+VCAM1+ Texs和LAYN+TNFRSF4+ Tregs的作用 | 样本量相对较小，仅包括15名中国患者，可能限制了结果的普遍性 | 研究IGAC中免疫抑制的机制，以发现增强免疫治疗效果的新靶点 | 15名诊断为IGAC的中国患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间分辨转录组学（SRT）、免疫荧光（IF）、流式细胞术（FCM） | NA | RNA测序数据、图像数据 | 15名中国IGAC患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜 |
| 512 | 2025-03-03 |
Applications of Single-Cell Omics Technologies for Induced Pluripotent Stem Cell-Based Cardiovascular Research
2025-Feb-28, International journal of stem cells
IF:2.5Q3
DOI:10.15283/ijsc23183
PMID:39129179
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review | 本文综述了单细胞组学技术与诱导多能干细胞（iPSCs）在心血管研究中的应用，旨在深化对心脏生物学的理解 | 整合单细胞组学与iPSCs技术，探索其在心血管研究中的协同潜力，并展望单细胞/空间组学等新兴范式的前景 | NA | 通过单细胞组学技术揭示心脏健康和疾病的分子复杂性，推动心血管研究的发展 | 心脏细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，单细胞/空间组学 | NA | 基因组、转录组、蛋白质组数据 | NA |
| 513 | 2025-03-03 |
A novel telomere-associated genes signature for the prediction of prognosis and treatment responsiveness of hepatocellular carcinoma
2025-Feb-27, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-025-00271-8
PMID:40016654
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研究论文 | 本研究开发了一种基于18个端粒相关基因（TRGs）的肝细胞癌（HCC）预后风险模型，并通过多种实验验证了其预测准确性 | 首次通过孟德尔随机化（MR）分析确认了ASF1A与酒精性HCC之间的因果关系，为酒精性HCC的管理提供了新的理论基础 | 研究样本量相对较小，且主要依赖于TCGA数据库的数据，可能限制了模型的泛化能力 | 开发一种新的HCC预后模型，并探索端粒相关基因在HCC中的作用 | 肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、Western blotting、Transwell迁移实验、伤口愈合实验、克隆形成实验 | Cox回归模型、LASSO回归模型 | 基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 374例HCC样本和50例正常肝组织样本 |
| 514 | 2025-03-01 |
Pde4b-regulated cAMP signaling pathway in the AUDGABA-S1TrSst circuit underlies acute-stress-induced anxiety-like behavior
2025-Feb-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115253
PMID:39891910
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研究论文 | 本文研究了急性应激诱导的焦虑样行为的神经和分子机制，发现S1Tr区域的GABA能生长抑素神经元在这一过程中起关键作用 | 揭示了急性应激通过AUD-S1Tr投射中的Pde4b调控的cAMP信号通路影响S1Tr神经元活动，从而调控焦虑行为的分子机制 | 研究主要聚焦于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探索急性应激诱导焦虑行为的神经和分子机制 | 小鼠的S1Tr区域GABA能生长抑素神经元 | 神经科学 | 焦虑症 | 单细胞测序、空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 515 | 2025-03-01 |
Single-cell multi-omics analysis identifies SPP1+ macrophages as key drivers of ferroptosis-mediated fibrosis in ligamentum flavum hypertrophy
2025-Feb-25, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-025-00746-6
PMID:40001138
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了SPP1+巨噬细胞在铁死亡介导的黄韧带肥厚纤维化中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序和多组学整合分析，揭示了SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴调控高铁死亡评分成纤维细胞的铁死亡，从而促进黄韧带肥厚纤维化的机制 | 研究主要基于单细胞测序和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大 | 探讨黄韧带肥厚纤维化的细胞和分子机制 | 人类黄韧带样本和小鼠模型 | 数字病理 | 腰椎管狭窄症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、孟德尔随机化（MR） | NA | 单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据 | 人类黄韧带样本和小鼠模型 |
| 516 | 2025-03-01 |
Molecular profiling of skin cells identifies distinct cellular signatures in radiation-induced skin injury across various stages in the murine dataset
2025-Feb-25, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-025-00596-w
PMID:40001256
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，详细分析了辐射诱导皮肤损伤（RISI）在不同阶段的分子特征，揭示了细胞亚群和分子机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术全面解析辐射诱导皮肤损伤的细胞亚群和分子机制，揭示了循环角质形成细胞、分泌乳头状成纤维细胞和淋巴内皮细胞在RISI中的关键作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 增强对辐射诱导皮肤损伤的分子机制的理解，为治疗提供新的靶点 | C57BL/6小鼠的皮肤细胞 | 数字病理学 | 皮肤损伤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR、多重免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 71,412个细胞，来自C57BL/6小鼠的皮肤样本 |
| 517 | 2025-03-01 |
Advances and Challenges in Modeling Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease: A Focus on Kidney Organoids
2025-Feb-19, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13020523
PMID:40002937
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综述 | 本文综述了常染色体显性多囊肾病（ADPKD）模型的最新进展，特别是肾脏类器官构建技术的创新，以及这些技术在疾病机制研究和药物发现中的应用 | 利用iPSC衍生的ADPKD类器官模型，结合微流体生物反应器培养系统和单细胞转录组学等新兴技术，提供了更直接的病理表型观察和疾病机制探索 | 当前技术存在血管化和成熟度不足的问题，限制了模型的准确性 | 总结ADPKD类器官构建的最新进展，探讨当前技术的局限性，并提出未来突破的关键问题 | 常染色体显性多囊肾病（ADPKD） | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 微流体生物反应器培养系统, 单细胞转录组学 | iPSC衍生的ADPKD类器官模型 | NA | NA |
| 518 | 2025-03-01 |
The Endothelial Cell-Related Genes EIF1 and HSPA1B Contribute to the Pathogenesis of Alzheimer's Disease by Modulating Peripheral Immunoinflammatory Responses
2025-Feb-16, Brain sciences
IF:2.7Q3
DOI:10.3390/brainsci15020205
PMID:40002537
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研究论文 | 本文通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了内皮细胞相关基因EIF1和HSPA1B在阿尔茨海默病（AD）发病机制中的作用，特别是通过调节外周免疫炎症反应 | 首次识别出内皮细胞相关基因EIF1和HSPA1B与AD进展相关，并揭示了它们通过调节外周免疫炎症反应参与AD发病机制的潜在分子机制 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证这些基因在AD中的具体作用机制 | 探讨内皮细胞相关基因在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 内皮细胞相关基因EIF1和HSPA1B | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归和随机森林算法 | RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据集GSE157827及队列外周血RNA测序数据 |
| 519 | 2025-03-01 |
EGFR-Mutant Lung Adenocarcinoma Cell-Derived Exosomal miR-651-5p Induces CD8+ T Cell Apoptosis via Downregulating BCL2 Expression
2025-Feb-15, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13020482
PMID:40002895
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研究论文 | 本文研究了EGFR突变型肺腺癌细胞通过外泌体miR-651-5p诱导CD8+ T细胞凋亡的机制，并探讨了miR-651-5p拮抗剂在增强PD-1抑制剂疗效中的作用 | 揭示了EGFR突变型肺腺癌细胞通过外泌体miR-651-5p诱导CD8+ T细胞凋亡的新机制，并提出了miR-651-5p拮抗剂与PD-1抑制剂联合治疗的新策略 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证其效果 | 探讨EGFR突变型非小细胞肺癌（NSCLC）患者对PD-1或PD-L1抑制剂疗效不佳的机制，并寻找新的治疗策略 | EGFR突变型肺腺癌细胞、CD8+ T细胞、外泌体miR-651-5p | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 小RNA测序、单细胞测序、流式细胞术、小鼠模型 | 小鼠模型 | RNA测序数据、流式细胞数据 | 临床标本、小鼠模型 |
| 520 | 2025-03-01 |
Assessing the Causal Relationship Between Plasma Proteins and Pulmonary Fibrosis: A Systematic Analysis Based on Mendelian Randomization
2025-Feb-14, Biology
DOI:10.3390/biology14020200
PMID:40001968
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研究论文 | 本研究利用孟德尔随机化方法评估血浆蛋白与肺纤维化之间的因果关系，并识别潜在药物靶点 | 首次系统性地通过孟德尔随机化方法分析血浆蛋白与肺纤维化的因果关系，并结合多种生物信息学方法评估靶点的生物学功能和药理潜力 | 研究依赖于已有的GWAS和pQTL数据，可能受限于数据的质量和样本量 | 探索血浆蛋白与肺纤维化之间的因果关系，识别潜在药物靶点 | 血浆蛋白和肺纤维化 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 孟德尔随机化、富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络、药物预测、分子对接、单细胞测序 | NA | 基因组数据、蛋白质数据 | 血浆蛋白数据样本量35,559，肺纤维化相关GWAS数据样本量469,126 |