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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-10-07 |
scatterbar: an R package for visualizing proportional data across spatially resolved coordinates
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf047
PMID:39888860
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研究论文 | 开发了一个用于在空间坐标上可视化比例数据的R包scatterbar | 提出了散点堆叠条形图作为散点饼图的替代方案,增强了比例数据的视觉显著性和可区分性 | NA | 改进空间分辨数据的比例可视化方法 | 空间转录组学数据 | 数据可视化 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 成年小鼠大脑数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 502 | 2025-10-07 |
FGF19-Activated Hepatic Stellate Cells Release ANGPTL4 that Promotes Colorectal Cancer Liver Metastasis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413525
PMID:39716892
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研究论文 | 本研究揭示了FGF19激活的肝星状细胞通过释放ANGPTL4促进结直肠癌肝转移的分子机制 | 首次证明FGF19/ANGPTL4轴在结直肠癌肝转移中的关键作用,并提供新的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,临床样本验证仍需进一步扩展 | 探究结直肠癌肝转移的分子机制和治疗靶点 | 结直肠癌细胞、肝星状细胞、癌症相关成纤维细胞 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | 基因表达数据, 临床样本数据 | 多种结直肠癌转移小鼠模型和临床患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 503 | 2025-10-07 |
Senescent Fibroblasts Drive FAP/OLN Imbalance Through mTOR Signaling to Exacerbate Inflammation and Bone Resorption in Periodontitis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409398
PMID:39716898
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研究论文 | 本研究揭示了衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路驱动FAP/OLN失衡,从而加剧牙周炎炎症和骨吸收的机制 | 首次发现牙周炎中FAP/OLN失衡现象,并阐明衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路调控该过程的分子机制 | 研究主要基于实验性牙周炎模型,在人类临床样本中的验证仍需进一步深入 | 探究FAP/OLN失衡在牙周炎发病机制中的作用及潜在治疗靶点 | 人及小鼠牙周组织、牙龈成纤维细胞、巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序,孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 人及小鼠牙周炎组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 504 | 2025-10-07 |
CXCL16/CXCR6/TGF-β Feedback Loop Between M-MDSCs and Treg Inhibits Anti-Bacterial Immunity During Biofilm Infection
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409537
PMID:39716908
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了M-MDSCs和Treg细胞通过CXCL16/CXCR6/TGF-β反馈环路在人工关节感染中形成免疫抑制微环境的机制 | 首次发现M-MDSCs和Treg细胞通过CXCL16-CXCR6-TGF-β反馈环路相互增强,共同促进人工关节感染中的免疫抑制和生物膜持续存在 | 研究样本量有限,需要更大规模的临床验证 | 探究人工关节感染中免疫抑制微环境的形成机制及其对感染慢性化的影响 | 人工关节感染患者的滑膜组织、PJI小鼠模型 | 免疫学 | 人工关节感染 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | CXCR6基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据,组织切片图像 | 发现队列和验证队列的PJI患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 505 | 2025-10-07 |
Aneurysm Is Restricted by CD34+ Cell-Formed Fibrous Collars Through the PDGFRb-PI3K Axis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202408996
PMID:39731355
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研究论文 | 本研究揭示了CD34+细胞通过分化为骨膜素肌成纤维细胞形成纤维环来限制腹主动脉瘤发展的机制 | 首次发现非骨髓来源CD34+细胞通过PDGFRb-PI3K轴分化为骨膜素肌成纤维细胞形成纤维环的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步开展 | 探究CD34+细胞在腹主动脉瘤发展过程中的作用机制 | 腹主动脉瘤患者样本和AAA小鼠模型 | 病理学研究 | 腹主动脉瘤 | 谱系追踪、骨髓移植、单细胞测序、白喉毒素选择性清除 | Cd34-CreER;Rosa26-tdTomato;Apoe基因工程小鼠模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据、病理学数据 | 患者和AAA小鼠模型的主动脉组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 506 | 2025-10-07 |
Spatial single-cell maps reveal ST6GAL1 promoting ovarian cancer metastasis
2025-Feb, Glycoconjugate journal
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s10719-025-10177-y
PMID:39883364
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研究论文 | 本研究通过空间和单细胞转录组技术揭示了ST6GAL1在促进卵巢癌腹膜转移中的作用 | 首次整合空间和单细胞转录组数据揭示ST6GAL1在卵巢癌转移中的空间分布特征和代谢活性变化 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证功能机制 | 探究ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的作用机制 | 卵巢癌上皮细胞,特别是腹膜转移灶 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组,RNA测序 | RCTD(稳健细胞类型分解),伪时间轨迹分析 | 转录组数据,空间定位数据 | GSE130000和GSE211956数据集,TCGA RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 507 | 2025-10-07 |
Decidual stromal cells: fibroblasts specialized in immunoregulation during pregnancy
2025-Feb, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2024.12.007
PMID:39947975
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综述 | 本文探讨蜕膜基质细胞作为妊娠期间具有免疫调节功能的特化成纤维细胞的作用 | 提出蜕膜基质细胞是组织特化型成纤维细胞的新观点,并系统比较两者在免疫调节功能的相似性 | 主要基于已有研究进行理论分析,缺乏直接实验证据验证 | 阐明蜕膜基质细胞在妊娠免疫调节中的功能机制 | 人类和小鼠的蜕膜基质细胞 | 生殖医学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 508 | 2025-10-07 |
Integrating multiscale mathematical modeling and multidimensional data reveals the effects of epigenetic instability on acquired drug resistance in cancer
2025-Feb, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012815
PMID:39951474
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研究论文 | 通过整合多尺度数学模型与多维数据,揭示表观遗传不稳定性对癌症获得性耐药的影响 | 从进化角度开发了包含表观遗传和细胞群体动力学的多尺度数学模型,首次识别表观遗传不稳定性作为药物耐受持久细胞亚群出现的关键动力学特征 | 模型主要基于PC9细胞系数据,需要在更广泛的癌症类型中验证 | 阐明药物耐受持久细胞促进获得性耐药形成的生物学和动力学机制 | PC9肺癌细胞系及药物耐受持久细胞 | 计算生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,随机模拟,定量分析 | 多尺度数学模型 | 单细胞RNA测序数据,多维实验数据 | PC9细胞系药物处理数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 509 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic atlas of different endometriosis indicating that an interaction between endometriosis-associated mesothelial cells (EAMCs) and ectopic stromal cells may influence progesterone resistance
2025-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70216
PMID:39968688
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序建立了不同类型子宫内膜异位症的单细胞转录组图谱,揭示了间皮细胞与异位基质细胞通过FN1-AKT通路相互作用影响孕酮抵抗的机制 | 首次在卵巢子宫内膜异位症中发现间皮细胞,并揭示不同类型子宫内膜异位症中间皮细胞经历不同程度的上皮-间质转化过程 | 样本量较小(仅6例患者),需要更大规模研究验证发现 | 探索不同类型子宫内膜异位症之间的分子特征差异和孕酮抵抗机制 | 子宫内膜异位症患者的腹膜子宫内膜异位症、深部浸润型子宫内膜异位症和卵巢子宫内膜异位症组织样本 | 单细胞转录组学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例患者的手术活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 510 | 2025-10-07 |
In Vivo Time-Resolved Single-Cell RNA-Seq Reveals Chemotherapy-Induced Transcriptional Dynamics in Tumor Infiltrating Lymphocytes
2025-Feb-18, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c05648
PMID:39908452
|
研究论文 | 开发了一种名为scDyna-seq的时间分辨单细胞RNA测序方法,用于在体内追踪基因表达动态 | 首次实现了在体内环境中进行时间分辨的单细胞RNA测序,能够跨越血脑屏障和血胎屏障,并兼容其他单细胞多组学方法 | 研究主要基于小鼠膀胱癌模型,尚未在人类临床样本中验证 | 研究化疗药物对肿瘤浸润淋巴细胞转录动态的影响 | 小鼠膀胱癌模型中的肿瘤浸润淋巴细胞 | 单细胞测序技术 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,代谢RNA标记,4-硫尿苷标记 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠膀胱癌模型 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | scDyna-seq,scTCR-seq | 基于4-硫尿苷标记的时间分辨单细胞RNA测序技术 |
| 511 | 2025-10-07 |
Radiogenomic method combining DNA methylation profiles and magnetic resonance imaging radiomics predicts patient prognosis in skull base chordoma
2025-Feb-17, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-025-01836-w
PMID:39962547
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研究论文 | 本研究开发了一种结合DNA甲基化谱和MRI影像组学的放射基因组学方法,用于预测颅底脊索瘤患者的预后 | 首次将DNA甲基化特征与MRI影像组学特征相结合构建预后预测模型,实现了非侵入性的患者风险分层 | 样本量相对较小(训练集40例,验证集122例),需要更大规模的研究验证 | 开发一种便捷有效的脊索瘤预后分类方法 | 颅底脊索瘤患者 | 医学影像分析 | 脊索瘤 | DNA甲基化分析,单细胞RNA-seq,影像组学 | 放射基因组学模型 | DNA甲基化数据,MRI图像 | 训练集40例,验证集122例,额外验证集14例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 512 | 2025-10-07 |
Autonomous function of Antennapedia in adult muscle precursors directly connects Hox genes to adult muscle development
2025-Feb-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204341
PMID:39918891
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和Hox基因扰动实验揭示了Antennapedia在果蝇成虫飞行肌发育中的直接调控作用 | 首次发现Antp通过调控细胞周期速率和Hedgehog信号通路直接参与成虫飞行肌发育,挑战了T2节段为'Hox-free'区域的传统观点 | 研究主要聚焦于果蝇T2节段,其他节段或物种的适用性需要进一步验证 | 探究Hox基因在果蝇成虫肌肉发育中的直接调控机制 | 果蝇翅膀盘和成虫肌肉前体细胞(AMPs) | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学, CRISPR基因编辑, 功能获得性实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 513 | 2025-10-07 |
Landscape of four different stages of human gastric cancer revealed by single-cell sequencing
2025-Feb-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i2.97125
PMID:39958562
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研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示人类胃癌四个不同阶段的细胞景观和肿瘤微环境动态变化 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘胃癌四个临床分期(I-IV期)的细胞组成和相互作用网络 | 样本量较小(仅4名患者),需要更大队列验证发现 | 探索胃癌肿瘤微环境中细胞群体的分布和动态变化 | 胃癌患者癌组织和癌旁组织 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 4名患者8个组织的73645个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 514 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomes reveal cell-type-specific and sample-specific gene function in human cancer
2025-Feb-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42218
PMID:39959484
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研究论文 | 通过单细胞转录组数据分析揭示人类癌症中细胞类型特异性和样本特异性基因功能 | 构建基于共表达网络和邻近投票方法的评估框架,首次系统比较单细胞与批量转录组在基因功能预测中的性能差异 | 研究仅基于116,814个细胞的数据,可能未涵盖所有癌症类型和细胞类型 | 探索单细胞RNA测序在理解癌症基因功能中的作用 | 人类癌症细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 共表达网络,邻近投票方法 | 单细胞转录组数据 | 116,814个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium, Smart-seq2 | 10x Genomics平台与Smart-seq2平台的比较 |
| 515 | 2025-10-07 |
Matrix mechano-sensing at the invasive front induces a cytoskeletal and transcriptional memory supporting metastasis
2025-Feb-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56299-7
PMID:39952917
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研究论文 | 本研究揭示了细胞外基质在肿瘤侵袭前沿通过机械感知诱导细胞骨架和转录记忆,从而支持转移的机制 | 首次在体内外模型中系统表征肿瘤不同区域的ECM组织特征,发现转移灶能重现原发肿瘤的ECM特征,并识别出与不良预后相关的机械炎症程序 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,在人类肿瘤中的直接验证仍需进一步研究 | 探究细胞外基质组织如何影响肿瘤局部侵袭和远处转移 | 人类和鼠类肿瘤样本,包括原发肿瘤和转移灶 | 癌症生物学 | 肿瘤转移 | 空间转录组学,体外培养模型 | 鼠类肿瘤模型 | 组织样本,转录组数据 | 人类和鼠类肿瘤样本(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 516 | 2025-10-07 |
One-carbon metabolism is distinct metabolic signature for proliferative intermediate exhausted T cells of ICB-resistant cancer patients
2025-Feb-14, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02332-z
PMID:39952933
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据,发现一碳代谢是免疫检查点抑制剂耐药患者中增殖性中间耗竭T细胞的独特代谢特征 | 首次揭示一碳代谢在增殖性中间耗竭T细胞中的特异性表达,并发现其与CD137信号通路的关联 | 研究主要基于转录组数据分析,需要进一步实验验证一碳代谢的功能机制 | 阐明一碳代谢在肿瘤免疫微环境中的功能作用,特别是对免疫治疗耐药性的影响 | 肺癌、胶质母细胞瘤、肾细胞癌、结直肠癌和三阴性乳腺癌患者 | 生物信息学 | 多种癌症 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多种癌症类型的患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 517 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis identifies Ifi27l2a as a gene regulator of microglial inflammation in the context of aging and stroke in mice
2025-Feb-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56847-1
PMID:39953063
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析发现Ifi27l2a是衰老和脑卒中背景下小胶质细胞炎症的关键调控基因 | 首次发现Ifi27l2a在神经退行性疾病中的作用机制,证明其通过促进线粒体ROS产生驱动小胶质细胞炎症反应 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本仅使用尸检脑组织,样本来源有限 | 探索缺血性脑卒中中小胶质细胞炎症的调控机制 | 年轻和老年小鼠脑组织、细胞培养模型、人类尸检脑样本 | 单细胞生物学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠脑组织、人类尸检脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 518 | 2025-10-07 |
An integrated multi-omics analysis identifies protein biomarkers and potential drug targets for psoriatic arthritis
2025-Feb-14, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07698-5
PMID:39953266
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研究论文 | 通过整合多组学分析鉴定银屑病关节炎的蛋白质生物标志物和潜在药物靶点 | 首次采用全蛋白质组孟德尔随机化分析鉴定出7个与银屑病关节炎显著相关的血浆蛋白生物标志物 | NA | 识别银屑病关节炎的生物标志物和治疗靶点 | 银屑病关节炎患者 | 生物信息学 | 银屑病关节炎 | 多组学分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 全表型关联研究 | NA | 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据, 遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 519 | 2025-10-07 |
CCR7 in esophageal squamous cell carcinoma: an identification from single-cell and bulk transcriptome sequencing
2025-Feb-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01927-3
PMID:39953263
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量转录组测序揭示了CCR7在食管鳞状细胞癌中的表达机制及其与KRAS信号通路的关联 | 首次在单细胞水平系统分析CCR7在食管鳞癌中的表达特征,并发现其与KRAS信号通路激活的正相关性 | 研究样本来源有限,主要依赖公共数据库数据,需要更多实验验证 | 揭示CCR7在食管鳞状细胞癌中的具体作用机制 | 食管鳞状细胞癌细胞 | 单细胞转录组学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 细胞功能实验 | Seurat软件分析 | 基因表达数据 | 28,281个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 520 | 2025-10-07 |
Role of CD4+ T cells in cancer immunity: a single-cell sequencing exploration of tumor microenvironment
2025-Feb-14, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06167-1
PMID:39953548
|
综述 | 通过单细胞测序技术探讨CD4+ T细胞在肿瘤免疫微环境中的作用 | 整合单细胞测序数据系统阐述CD4+ T细胞表型异质性及其在肿瘤免疫中的功能特异性 | NA | 探讨CD4+ T细胞在肿瘤免疫微环境中的功能作用及治疗潜力 | CD4+ T淋巴细胞及其在肿瘤微环境中的亚群 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |