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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2025-10-07 |
Inferring cell trajectories of spatial transcriptomics via optimal transport analysis
2025-Feb-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101194
PMID:39904341
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研究论文 | 本研究开发了SpaTrack方法,通过最优传输分析整合空间转录组数据中的基因表达和空间位置信息来推断细胞分化轨迹 | 首次将最优传输理论应用于空间转录组数据分析,能够同时整合基因表达和空间位置信息来重建细胞分化轨迹 | NA | 开发能够从空间转录组数据中推断细胞分化轨迹的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 最优传输模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 502 | 2025-10-07 |
Dynamic transcriptomic and regulatory networks underpinning the transition from fetal primordial germ cells to spermatogonia in mice
2025-Feb, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13755
PMID:39329203
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了小鼠雄性生殖细胞从原始生殖细胞向精原细胞转变过程中的转录动态和调控网络 | 首次系统揭示了PGC向SPG转变过程中的全局超转录特征,鉴定出315个高活性调控因子,并验证了非转录因子TAGLN2在精原干细胞维持和分化中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类生殖细胞发育中的适用性需要进一步验证 | 阐明雄性生殖细胞发育过程中从原始生殖细胞向精原细胞转变的分子机制 | 小鼠雄性生殖细胞和性腺细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠雄性生殖细胞发育图谱数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 503 | 2025-10-07 |
Applications and emerging challenges of single-cell RNA sequencing technology in tumor drug discovery
2025-Feb, Drug discovery today
IF:6.5Q1
DOI:10.1016/j.drudis.2025.104290
PMID:39828052
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综述 | 概述单细胞RNA测序技术在肿瘤药物发现中的应用及面临的挑战 | 系统总结scRNA-seq技术在肿瘤药物研发各阶段(机制阐明、靶点识别、药物筛选、药效与耐药性研究)的创新应用 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述 | 探讨scRNA-seq技术在肿瘤药物开发中的应用前景与挑战 | 肿瘤药物研发过程 | 单细胞组学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 504 | 2025-10-07 |
Exosome-based targeted delivery of NF-κB ameliorates age-related neuroinflammation in the aged mouse brain
2025-Feb, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01388-8
PMID:39833561
|
研究论文 | 本研究评估了装载不可降解IκB的外泌体通过抑制NF-κB核转位来改善老年小鼠脑部神经炎症的治疗效果 | 首次利用外泌体递送不可降解IκB特异性靶向巨噬细胞和小胶质细胞,并揭示其通过调节免疫细胞互作缓解年龄相关神经炎症的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床应用中验证 | 开发针对年龄相关神经炎症的新型治疗方法 | 老年小鼠脑部组织及免疫细胞(巨噬细胞、小胶质细胞、T细胞、B细胞) | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 老年小鼠脑部样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 505 | 2025-10-07 |
[Chitinase-like protein Ym2 regulates olfactory epithelium homeostasis and olfactory behavior in mice]
2025-Feb-21, Zhonghua er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Chinese journal of otorhinolaryngology head and neck surgery
|
研究论文 | 本研究探讨了Ym2蛋白在小鼠嗅觉上皮稳态和嗅觉行为中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了Ym2在老年小鼠嗅觉上皮中的高表达模式及其对嗅觉功能的调控机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 研究Ym2在嗅觉上皮稳态和嗅觉行为中的功能 | 年轻和老年小鼠的嗅觉上皮组织 | 分子生物学 | 嗅觉功能障碍 | 单细胞RNA测序,免疫染色,RNAscope原位杂交,埋藏食物颗粒测试 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,行为学数据,组织学数据 | 年轻和老年小鼠嗅觉上皮样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 506 | 2025-10-07 |
Impaired inflammatory resolution with severe SARS-CoV-2 infection in leptin knock out obese hamster
2025-Feb-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.111837
PMID:39981511
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研究论文 | 本研究利用基因编辑的瘦素敲除肥胖仓鼠建立严重SARS-CoV-2感染模型,通过单细胞转录组学揭示肥胖相关重症COVID-19的机制 | 首次建立瘦素敲除肥胖仓鼠的严重感染模型,发现单核细胞源性肺泡巨噬细胞在肺过度炎症中的关键作用及两个独特细胞命运分支 | 动物模型与人类疾病存在物种差异,样本规模有限 | 探究肥胖个体罹患重症COVID-19的分子机制 | 基因编辑瘦素敲除肥胖仓鼠及肺组织样本 | 单细胞转录组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,基因编辑 | 动物疾病模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 507 | 2025-02-21 |
ERK plays a conserved dominant role in pancreas cancer cell EMT heterogeneity driven by diverse growth factors and chemotherapies
2025-Feb-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.08.637251
PMID:39975093
|
研究论文 | 本文通过结合迭代间接免疫荧光成像和互信息建模,研究了胰腺癌细胞中EMT异质性的信号蛋白水平 | 使用互信息建模预测了ERK在胰腺癌细胞EMT异质性中的主导作用,并发现JNK在MEK抑制时的补偿作用 | 单细胞转录组学仅限于基于本体的间接推断,细胞群体水平的研究存在固有困难 | 研究胰腺癌细胞中EMT异质性的信号通路,以促进化疗反应 | 胰腺癌细胞和肿瘤 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 迭代间接免疫荧光成像,互信息建模 | 互信息模型 | 蛋白质测量数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 508 | 2025-02-21 |
NEAT1-mediated regulation of proteostasis and mRNA localization impacts autophagy dysregulation in Rett syndrome
2025-Feb-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf074
PMID:39970285
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研究论文 | 本文研究了长链非编码RNA NEAT1在MeCP2缺陷背景下对Rett综合征(RTT)中蛋白质稳态和mRNA定位的调控作用及其对自噬失调的影响 | 揭示了NEAT1在MeCP2功能中的关键作用,特别是通过RNA-RNA相互作用调控自噬基因的表达和亚细胞定位,从而影响自噬复合物的生物发生 | 研究主要基于人类神经细胞和RTT患者样本,可能无法完全反映体内复杂环境 | 探讨NEAT1在MeCP2缺陷导致的Rett综合征中的作用机制 | 人类神经细胞和RTT患者样本 | 神经科学 | Rett综合征 | 单细胞RNA测序和分子分析 | NA | RNA测序数据 | 人类神经细胞和RTT患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 509 | 2025-02-21 |
Hypoxia-induced histone methylation and NF-κB activation in pancreas cancer fibroblasts promote EMT-supportive growth factor secretion
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635486
PMID:39974981
|
研究论文 | 本文研究了胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤微环境中缺氧诱导的组蛋白甲基化和NF-κB激活如何促进癌症相关成纤维细胞(CAFs)分泌支持上皮-间质转化(EMT)的生长因子 | 揭示了缺氧条件下CAFs通过IGF-2和HGF促进PDAC癌细胞EMT的机制,并发现活性氧激活的NF-κB与缺氧依赖性组蛋白甲基化共同作用促进这些生长因子的表达 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人体中进行验证 | 探讨缺氧条件下CAFs如何通过生长因子介导的细胞间通讯促进PDAC癌细胞的EMT | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和癌细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组分析、抑制剂筛选 | NA | 转录组数据、小鼠模型数据 | 患者肿瘤样本和小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 510 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveals the multidimensional dynamic heterogeneity from primary to metastatic gastric cancer
2025-Feb-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.111843
PMID:39967875
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了胃癌从原发到转移过程中的多维动态异质性 | 首次系统描绘了胃癌从原发灶到器官特异性转移灶的多维特征动态变化,鉴定了卵巢转移的30基因标志物和关键配体-受体相互作用 | 未明确说明样本规模和具体技术平台细节 | 探究胃癌从原发到转移过程中肿瘤微环境的动态异质性特征 | 胃癌原发肿瘤和器官特异性转移灶 | 单细胞转录组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 511 | 2025-02-20 |
Publisher Correction: Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data
2025-Feb-18, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02152-8
PMID:39966937
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 512 | 2025-10-07 |
Age-Associated B Cells in Autoimmune Diseases: Pathogenesis and Clinical Implications
2025-Feb-17, Clinical reviews in allergy & immunology
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s12016-025-09021-w
PMID:39960645
|
综述 | 本文综述了年龄相关B细胞在自身免疫性疾病中的致病机制和临床意义 | 系统总结了ABCs的异质性特征、分化调控机制及其在多种自身免疫病中的诊断和治疗潜力 | 需要进一步探索和验证针对ABCs的靶向治疗策略 | 探讨年龄相关B细胞在自身免疫性疾病中的致病作用和临床应用价值 | 年龄相关B细胞及其在自身免疫疾病中的作用机制 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 513 | 2025-10-07 |
Molecular subtyping combined with multiomics analysis to study correlation between TACE refractoriness and tumor stemness in hepatocellular carcinoma
2025-Feb-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01955-z
PMID:39961903
|
研究论文 | 本研究通过分子分型与多组学分析探讨肝细胞癌中TACE抵抗性与肿瘤干性之间的相关性 | 首次系统性地将TACE抵抗性与肿瘤干性联系起来,并建立了基于肿瘤干性基因的新型分子分型系统 | 研究基于回顾性数据集分析,需要进一步实验验证 | 探索肝细胞癌中TACE抵抗性与肿瘤干性之间的相关性及其临床意义 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA测序,微阵列,单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 基因表达数据,临床数据 | 多个HCC数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 514 | 2025-10-07 |
Analysis of fatty acid metabolism in prostate cancer and discovery of a new programmed cell death-associated luminal cell subpopulation
2025-Feb-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01982-w
PMID:39961915
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析前列腺癌中脂肪酸代谢的作用,发现与程序性细胞死亡相关的管腔细胞亚群 | 发现前列腺癌中脂肪酸代谢活性显著升高的管腔细胞亚群,并揭示其与程序性细胞死亡和肿瘤侵袭性的关联 | NA | 研究脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用机制 | 前列腺癌组织中的细胞亚群,特别是管腔细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, NMF, 反卷积分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 515 | 2025-10-07 |
A method for the identification of lactate metabolism-related prognostic biomarkers and its validations in non-small cell lung cancer
2025-Feb-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85620-z
PMID:39962075
|
研究论文 | 本研究开发了一种识别乳酸代谢相关预后生物标志物的新方法,并在非小细胞肺癌中进行了验证 | 提出结合遗传算法的Cox弹性网络回归(GA-EnCox)方法构建预后预测模型,相比传统单一模型具有更好的预测性能 | NA | 开发非小细胞肺癌乳酸代谢相关预后生物标志物的识别方法和预后预测模型 | 非小细胞肺癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Cox弹性网络回归, 遗传算法 | 基因表达数据 | 多个LUAD队列数据集和内部NSCLC队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 516 | 2025-10-07 |
Cooperative Hedgehog/GLI and JAK/STAT signaling drives immunosuppressive tryptophan/kynurenine metabolism via synergistic induction of IDO1 in skin cancer
2025-Feb-17, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02101-6
PMID:39962447
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研究论文 | 本研究揭示了Hedgehog/GLI与JAK/STAT信号通路通过协同诱导IDO1驱动皮肤癌中免疫抑制性色氨酸/犬尿氨酸代谢的新机制 | 首次发现HH/GLI与JAK/STAT信号通路的协同作用通过表观遗传调控诱导IDO1表达,并证实IDO1-犬尿氨酸通路是皮肤癌免疫逃逸的关键机制 | 研究主要基于体外模型和已有数据库分析,需要更多体内实验验证临床转化潜力 | 探究HH-IL6协同信号是否通过激活免疫逃逸机制促进皮肤癌发展 | 基底细胞癌和黑色素瘤 | 癌症生物学 | 皮肤癌 | qPCR, Western blot, ChIP, 焦磷酸测序, HPLC-MS, 流式细胞术, RNA-seq分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 表观遗传数据, 代谢物数据 | 人类BCC和黑色素瘤患者样本及细胞模型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 517 | 2025-10-07 |
Identification and characterization of cell niches in tissue from spatial omics data at single-cell resolution
2025-Feb-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57029-9
PMID:39956823
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研究论文 | 本文提出了scNiche计算框架,用于从单细胞分辨率的空间组学数据中识别和表征组织中的细胞生态位 | 开发了首个能够从单细胞分辨率空间组学数据中有效识别细胞生态位的计算框架,并在性能和鲁棒性上优于现有方法 | NA | 解码组织中细胞微环境的特征、结构和功能 | 人类三阴性乳腺癌组织和小鼠肝脏组织 | 空间组学数据分析 | 乳腺癌, 肝衰竭 | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | 计算框架 | 空间组学数据 | NA | NA | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 518 | 2025-10-07 |
Model Architecture Analysis and Implementation of TENET for Cell-Cell Interaction Network Reconstruction Using Spatial Transcriptomics Data
2025-Feb-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5205
PMID:39968356
|
研究论文 | 提出一种基于三重增强图神经网络(TENET)的新方法,用于从空间转录组数据重建细胞-细胞相互作用网络 | 提出TENET框架,整合多种CCI模式和下游基因调控网络作为输入,同时考虑全局和局部细胞与遗传特征 | NA | 实现更全面和精确的细胞-细胞相互作用网络重建 | 真实和合成的空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络(GNN), 三重增强图神经网络(TENET) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 519 | 2025-10-07 |
FGF19-Activated Hepatic Stellate Cells Release ANGPTL4 that Promotes Colorectal Cancer Liver Metastasis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413525
PMID:39716892
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研究论文 | 本研究揭示了FGF19激活的肝星状细胞通过释放ANGPTL4促进结直肠癌肝转移的分子机制 | 首次证明FGF19/ANGPTL4轴在结直肠癌肝转移中的关键作用,并提供新的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,临床样本验证仍需进一步扩展 | 探究结直肠癌肝转移的分子机制和治疗靶点 | 结直肠癌细胞、肝星状细胞、癌症相关成纤维细胞 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | 基因表达数据, 临床样本数据 | 多种结直肠癌转移小鼠模型和临床患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 520 | 2025-10-07 |
Senescent Fibroblasts Drive FAP/OLN Imbalance Through mTOR Signaling to Exacerbate Inflammation and Bone Resorption in Periodontitis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409398
PMID:39716898
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研究论文 | 本研究揭示了衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路驱动FAP/OLN失衡,从而加剧牙周炎炎症和骨吸收的机制 | 首次发现牙周炎中FAP/OLN失衡现象,并阐明衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路调控该过程的分子机制 | 研究主要基于实验性牙周炎模型,在人类临床样本中的验证仍需进一步深入 | 探究FAP/OLN失衡在牙周炎发病机制中的作用及潜在治疗靶点 | 人及小鼠牙周组织、牙龈成纤维细胞、巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序,孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 人及小鼠牙周炎组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |