单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2025-03-04	Single-cell transcriptomics of X-ray irradiated Drosophila wing discs reveals heterogeneity related to cell-cycle status and cell location 2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627868 PMID:39990483	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了X射线辐射对果蝇翅膀原基的影响，揭示了细胞周期状态和细胞位置相关的异质性	首次在果蝇翅膀原基中应用单细胞RNA测序技术，揭示了X射线辐射后细胞间的异质性，并引入了赫芬达尔-赫希曼指数来量化基因表达的异质性	研究仅限于果蝇翅膀原基，未涉及其他组织或生物体	研究X射线辐射对果蝇翅膀原基细胞的影响，特别是细胞异质性	果蝇翅膀原基细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量，但涉及果蝇翅膀原基的多个细胞
502	2025-03-04	Molecularly-guided spatial proteomics captures single-cell identity and heterogeneity of the nervous system 2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637505 PMID:39990460	研究论文	本文介绍了利用空间单细胞蛋白质组学技术研究神经系统异质性的方法	通过免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS）技术，首次在异质性中枢神经系统中应用空间单细胞蛋白质组学	研究主要集中在中枢神经系统和周围神经系统的特定区域，未涵盖所有神经系统区域	研究神经系统中的单细胞异质性及其在神经疾病中的作用	大脑皮层、黑质、肠肌层神经节和神经束	蛋白质组学	神经疾病	免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS）	NA	蛋白质组数据	多个大脑区域和神经组织的单细胞样本
503	2025-03-04	A Benchmarking Study of Random Projections and Principal Components for Dimensionality Reduction Strategies in Single Cell Analysis 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.04.636499 PMID:39974925	研究论文	本研究系统评估了主成分分析（PCA）和随机投影（RP）方法在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降维中的性能，重点关注计算效率和下游分析效果	首次全面比较PCA和RP方法在scRNA-seq数据中的应用，特别是RP在计算速度和数据变异性保持方面的优势	研究主要基于公开数据集，可能无法完全代表所有单细胞数据的特性	评估和比较不同降维策略在单细胞分析中的效果	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	PCA, RP, SVD, 随机SVD, 稀疏随机投影, 高斯随机投影	单细胞RNA测序数据	多个公开的标记和未标记scRNA-seq数据集
504	2025-03-04	Seq-Scope-eXpanded: Spatial Omics Beyond Optical Resolution 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.04.636355 PMID:39975076	研究论文	本文介绍了Seq-Scope-X，一种通过组织扩展实现亚微米分辨率的空间转录组学技术，突破了传统测序方法的限制	Seq-Scope-X通过物理放大组织，减少了转录扩散效应，并将空间特征密度提高了一个数量级，实现了亚微米分辨率	NA	开发一种超越光学分辨率的空间转录组学技术，以更精确地解析细胞结构和功能	肝脏组织、脑组织、结肠组织、小鼠脾脏和人类扁桃体	空间组学	NA	空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
505	2025-03-04	scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data 2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.02.636138 PMID:39974940	研究论文	本文介绍了一个名为scBSP的开源工具，用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征	scBSP利用稀疏矩阵操作显著提高了计算效率，能够在短时间内处理包含数百万细胞的高分辨率空间组学数据，并保持高准确性	未明确提及具体局限性	开发一个高效且准确的工具，用于识别高分辨率空间组学数据中的空间可变特征	高分辨率空间组学数据	空间组学	肾脏疾病	空间转录组学	NA	空间组学数据	19,950个基因和181,367个点
506	2025-03-04	The profiles of immunosuppressive microenvironment in the Lauren intestinal-type gastric adenocarcinoma 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03938-5 PMID:39891785	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，深入探讨了Lauren肠型胃腺癌（IGAC）中免疫抑制微环境的细胞亚群及其机制	首次详细描绘了IGAC中免疫抑制细胞亚群的组成及其功能，特别是HAVCR2+VCAM1+ Texs和LAYN+TNFRSF4+ Tregs的作用	样本量相对较小，仅包括15名中国患者，可能限制了结果的普遍性	研究IGAC中免疫抑制的机制，以发现增强免疫治疗效果的新靶点	15名诊断为IGAC的中国患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间分辨转录组学（SRT）、免疫荧光（IF）、流式细胞术（FCM）	NA	RNA测序数据、图像数据	15名中国IGAC患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜
507	2025-03-03	Applications of Single-Cell Omics Technologies for Induced Pluripotent Stem Cell-Based Cardiovascular Research 2025-Feb-28, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc23183 PMID:39129179	review	本文综述了单细胞组学技术与诱导多能干细胞（iPSCs）在心血管研究中的应用，旨在深化对心脏生物学的理解	整合单细胞组学与iPSCs技术，探索其在心血管研究中的协同潜力，并展望单细胞/空间组学等新兴范式的前景	NA	通过单细胞组学技术揭示心脏健康和疾病的分子复杂性，推动心血管研究的发展	心脏细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序，单细胞/空间组学	NA	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
508	2025-03-03	A novel telomere-associated genes signature for the prediction of prognosis and treatment responsiveness of hepatocellular carcinoma 2025-Feb-27, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00271-8 PMID:40016654	研究论文	本研究开发了一种基于18个端粒相关基因（TRGs）的肝细胞癌（HCC）预后风险模型，并通过多种实验验证了其预测准确性	首次通过孟德尔随机化（MR）分析确认了ASF1A与酒精性HCC之间的因果关系，为酒精性HCC的管理提供了新的理论基础	研究样本量相对较小，且主要依赖于TCGA数据库的数据，可能限制了模型的泛化能力	开发一种新的HCC预后模型，并探索端粒相关基因在HCC中的作用	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、Western blotting、Transwell迁移实验、伤口愈合实验、克隆形成实验	Cox回归模型、LASSO回归模型	基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据	374例HCC样本和50例正常肝组织样本
509	2025-03-02	Multiple Myeloma Insights from Single-Cell Analysis: Clonal Evolution, the Microenvironment, Therapy Evasion, and Clinical Implications 2025-Feb-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17040653 PMID:40002248	综述	本文综述了多发性骨髓瘤（MM）的复杂性，包括克隆进化、遗传不稳定性、肿瘤微环境的作用以及治疗抵抗的机制	强调了单细胞技术（如单细胞转录组学、基因组学和多组学）在理解MM异质性和耐药机制中的关键作用	尽管技术先进，MM仍是一种无法治愈的疾病，临床应用面临高成本、数据复杂性和标准化生物信息学需求的挑战	旨在通过深入研究MM的进展机制，提高个性化治疗策略并改善患者预后	多发性骨髓瘤（MM）	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学、基因组学、多组学	NA	单细胞数据	NA
510	2025-03-01	Exploration of heterogeneity and recurrence signatures in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-28, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70012 PMID:40018995	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据的整合分析，探索了肝细胞癌（HCC）的异质性和复发特征，揭示了复发HCC中恶性细胞和免疫细胞的变化，并提出了MIF-(CD74+CXCR4)信号通路作为关键机制	开发了一个复发肿瘤细胞相关风险评分（RTRS），能够独立预测总体生存时间和无复发生存时间，且比传统临床变量具有更高的准确性	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索肝细胞癌的异质性和复发特征，识别关键治疗靶点，设计有效的抗癌疗法	肝细胞癌（HCC）的原发和早期复发样本	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，RT-qPCR	机器学习	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
511	2025-03-01	Elucidating prognostic significance of purine metabolism in colorectal cancer through integrating data from transcriptomic, immunohistochemical, and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Feb-27, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70010 PMID:40017120	研究论文	本研究通过整合转录组、免疫组化和单细胞RNA测序数据，探讨了嘌呤代谢在结直肠癌中的预后意义	首次通过免疫组化验证嘌呤代谢作为结直肠癌预后标志物的临床相关性，并发现五个嘌呤代谢相关基因的低表达与不良预后相关	嘌呤代谢反应的可逆性可能影响研究结果的稳定性	评估嘌呤代谢在结直肠癌中的临床相关性及其作为预后标志物的潜力	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	转录组分析、免疫组化(IHC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、免疫组化数据、单细胞RNA测序数据	结直肠癌患者亚组（包括野生型TP53、突变型TP53和微卫星稳定表型）
512	2025-03-01	Pde4b-regulated cAMP signaling pathway in the AUDGABA-S1TrSst circuit underlies acute-stress-induced anxiety-like behavior 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115253 PMID:39891910	研究论文	本文研究了急性应激诱导的焦虑样行为的神经和分子机制，发现S1Tr区域的GABA能生长抑素神经元在这一过程中起关键作用	揭示了急性应激通过AUD-S1Tr投射中的Pde4b调控的cAMP信号通路影响S1Tr神经元活动，从而调控焦虑行为的分子机制	研究主要聚焦于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索急性应激诱导焦虑行为的神经和分子机制	小鼠的S1Tr区域GABA能生长抑素神经元	神经科学	焦虑症	单细胞测序、空间转录组测序	NA	基因表达数据	NA
513	2025-03-01	Single-cell multi-omics analysis identifies SPP1+ macrophages as key drivers of ferroptosis-mediated fibrosis in ligamentum flavum hypertrophy 2025-Feb-25, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00746-6 PMID:40001138	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析揭示了SPP1+巨噬细胞在铁死亡介导的黄韧带肥厚纤维化中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序和多组学整合分析，揭示了SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴调控高铁死亡评分成纤维细胞的铁死亡，从而促进黄韧带肥厚纤维化的机制	研究主要基于单细胞测序和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探讨黄韧带肥厚纤维化的细胞和分子机制	人类黄韧带样本和小鼠模型	数字病理	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、孟德尔随机化（MR）	NA	单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据	人类黄韧带样本和小鼠模型
514	2025-03-01	Molecular profiling of skin cells identifies distinct cellular signatures in radiation-induced skin injury across various stages in the murine dataset 2025-Feb-25, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00596-w PMID:40001256	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，详细分析了辐射诱导皮肤损伤（RISI）在不同阶段的分子特征，揭示了细胞亚群和分子机制	首次使用单细胞RNA测序技术全面解析辐射诱导皮肤损伤的细胞亚群和分子机制，揭示了循环角质形成细胞、分泌乳头状成纤维细胞和淋巴内皮细胞在RISI中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	增强对辐射诱导皮肤损伤的分子机制的理解，为治疗提供新的靶点	C57BL/6小鼠的皮肤细胞	数字病理学	皮肤损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR、多重免疫荧光染色	NA	单细胞RNA测序数据	71,412个细胞，来自C57BL/6小鼠的皮肤样本
515	2025-03-01	Advances and Challenges in Modeling Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease: A Focus on Kidney Organoids 2025-Feb-19, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13020523 PMID:40002937	综述	本文综述了常染色体显性多囊肾病（ADPKD）模型的最新进展，特别是肾脏类器官构建技术的创新，以及这些技术在疾病机制研究和药物发现中的应用	利用iPSC衍生的ADPKD类器官模型，结合微流体生物反应器培养系统和单细胞转录组学等新兴技术，提供了更直接的病理表型观察和疾病机制探索	当前技术存在血管化和成熟度不足的问题，限制了模型的准确性	总结ADPKD类器官构建的最新进展，探讨当前技术的局限性，并提出未来突破的关键问题	常染色体显性多囊肾病（ADPKD）	数字病理学	肾脏疾病	微流体生物反应器培养系统, 单细胞转录组学	iPSC衍生的ADPKD类器官模型	NA	NA
516	2025-03-01	The Endothelial Cell-Related Genes EIF1 and HSPA1B Contribute to the Pathogenesis of Alzheimer's Disease by Modulating Peripheral Immunoinflammatory Responses 2025-Feb-16, Brain sciences IF:2.7Q3 DOI:10.3390/brainsci15020205 PMID:40002537	研究论文	本文通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了内皮细胞相关基因EIF1和HSPA1B在阿尔茨海默病（AD）发病机制中的作用，特别是通过调节外周免疫炎症反应	首次识别出内皮细胞相关基因EIF1和HSPA1B与AD进展相关，并揭示了它们通过调节外周免疫炎症反应参与AD发病机制的潜在分子机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证这些基因在AD中的具体作用机制	探讨内皮细胞相关基因在阿尔茨海默病发病机制中的作用	内皮细胞相关基因EIF1和HSPA1B	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	LASSO回归和随机森林算法	RNA测序数据	单细胞RNA测序数据集GSE157827及队列外周血RNA测序数据
517	2025-03-01	EGFR-Mutant Lung Adenocarcinoma Cell-Derived Exosomal miR-651-5p Induces CD8+ T Cell Apoptosis via Downregulating BCL2 Expression 2025-Feb-15, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13020482 PMID:40002895	研究论文	本文研究了EGFR突变型肺腺癌细胞通过外泌体miR-651-5p诱导CD8+ T细胞凋亡的机制，并探讨了miR-651-5p拮抗剂在增强PD-1抑制剂疗效中的作用	揭示了EGFR突变型肺腺癌细胞通过外泌体miR-651-5p诱导CD8+ T细胞凋亡的新机制，并提出了miR-651-5p拮抗剂与PD-1抑制剂联合治疗的新策略	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证其效果	探讨EGFR突变型非小细胞肺癌（NSCLC）患者对PD-1或PD-L1抑制剂疗效不佳的机制，并寻找新的治疗策略	EGFR突变型肺腺癌细胞、CD8+ T细胞、外泌体miR-651-5p	肿瘤免疫学	肺癌	小RNA测序、单细胞测序、流式细胞术、小鼠模型	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	临床标本、小鼠模型
518	2025-03-01	Assessing the Causal Relationship Between Plasma Proteins and Pulmonary Fibrosis: A Systematic Analysis Based on Mendelian Randomization 2025-Feb-14, Biology DOI:10.3390/biology14020200 PMID:40001968	研究论文	本研究利用孟德尔随机化方法评估血浆蛋白与肺纤维化之间的因果关系，并识别潜在药物靶点	首次系统性地通过孟德尔随机化方法分析血浆蛋白与肺纤维化的因果关系，并结合多种生物信息学方法评估靶点的生物学功能和药理潜力	研究依赖于已有的GWAS和pQTL数据，可能受限于数据的质量和样本量	探索血浆蛋白与肺纤维化之间的因果关系，识别潜在药物靶点	血浆蛋白和肺纤维化	生物信息学	肺纤维化	孟德尔随机化、富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络、药物预测、分子对接、单细胞测序	NA	基因组数据、蛋白质数据	血浆蛋白数据样本量35,559，肺纤维化相关GWAS数据样本量469,126
519	2025-03-01	Towards the Prediction of Responses to Cancer Immunotherapy: A Multi-Omics Review 2025-Feb-12, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life15020283 PMID:40003691	综述	本文综述了利用多组学特征预测肿瘤免疫治疗反应的最新进展	强调了TMB、新抗原、MSI和突变特征在预测ICI反应中的重要性，整合了bulk和单细胞RNA测序以增强对肿瘤免疫微环境的理解	需要大规模和多样化的临床数据集，多组学数据的标准化，以及模型的可解释性	预测肿瘤免疫治疗反应	肿瘤患者	机器学习	癌症	高通量技术，如肿瘤突变负荷（TMB）、基因表达谱和DNA甲基化谱	传统机器学习和深度学习框架	多组学数据	NA
520	2025-03-01	Single-cell data-driven design of armed oncolytic virus to boost cooperative innate-adaptive immunity against cancer 2025-Feb-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.12.017 PMID:39674886	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，设计并构建了一种表达五个非冗余功能基因的武装溶瘤病毒OV-5A，以增强对癌症的先天-适应性免疫反应	利用单细胞RNA测序数据驱动的设计方法，开发了一种新型武装溶瘤病毒OV-5A，并展示了其在多种模型中的有效免疫反应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在大量患者中进行临床试验	开发更有效的溶瘤病毒疗法，以增强对癌症的免疫反应	癌症患者和多种小鼠模型	癌症免疫治疗	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多种小鼠模型、外周血单核细胞-患者来源的异种移植模型、类器官-免疫细胞共培养系统和患者组织切片