单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-03-06	Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.07.637114 PMID:39975212	研究论文	本文通过深度表型分析，研究了人类皮肤中单个黑色素细胞的克隆扩展，揭示了不同突变负担的黑色素细胞亚群的基因表达谱和形态特征	发现了在阳光损伤皮肤中保持低突变负担的黑色素细胞亚群，并揭示了这些细胞的空间分布和迁移模式	样本量相对较小，仅涉及31名捐赠者的297个黑色素细胞	了解黑色素细胞的稳态机制	人类皮肤中的黑色素细胞	数字病理学	NA	单细胞空间转录组学（10X Xenium）	NA	基因表达谱、形态特征	31名捐赠者的297个黑色素细胞
482	2025-03-06	scHNTL: single-cell RNA-seq data clustering augmented by high-order neighbors and triplet loss 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf044 PMID:39878904	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据聚类算法scHNTL，通过高阶邻居和三重损失增强聚类效果	scHNTL算法通过构建辅助相似图、使用图注意力自编码器学习细胞初始嵌入，并通过探索相似图的高阶结构和利用对比学习的三重损失来改进嵌入，从而在保持结构信息的同时分离不相似对，提高了聚类的性能	现有方法通常只关注最小化重构损失和保持直接相关细胞的嵌入相似性，而忽略了不相似性，导致聚类性能受限	改进单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图注意力自编码器	单细胞RNA测序数据	16个真实世界数据集
483	2025-03-06	ANKRD22 participates in the proinflammatory activities of macrophages in the colon cancer tumor microenvironment 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03930-z PMID:39891675	研究论文	本文研究了ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞的促炎活动中的作用	揭示了ANKRD22在调节巨噬细胞功能状态转变中的关键作用，并发现了一种小分子ANKRD22上调剂，可能有助于开发针对TAM重塑的新疗法	ANKRD22在结肠TAMs中的具体作用及其对肿瘤增殖的影响仍需进一步研究	研究ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞功能状态转变中的作用	结肠癌肿瘤微环境中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学研究、小鼠皮下异种移植实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	结肠癌患者的巨噬细胞样本
484	2025-03-06	Elevated SAMD3 expression in T cells predicts improved survival in pancreatic ductal adenocarcinoma patients 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03948-x PMID:39891760	研究论文	本研究探讨了SAMD3在胰腺导管腺癌（PDAC）患者T细胞中的表达及其与生存率的关系	首次发现SAMD3在T细胞中的高表达与PDAC患者的生存率改善相关，并揭示了其在T细胞功能中的重要作用	研究样本量有限，且需要进一步验证SAMD3作为生物标志物的临床实用性	探讨SAMD3在PDAC患者T细胞中的表达及其与生存率的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）、免疫组织化学（IHC）分析	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	人类PDAC样本和OT-I/卵白蛋白（OVA）小鼠模型
485	2025-03-06	Pre-immunotherapy alters stereotactic ablative radiotherapy-induced systemic T cell responses in early-stage NSCLC 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03935-8 PMID:39891774	研究论文	本文通过单细胞RNA和T细胞受体（TCR）测序，研究了早期非小细胞肺癌（NSCLC）患者在立体定向消融放疗（SABR）前后，有或没有预先免疫治疗/化疗的情况下，系统性T细胞反应的高分辨率转录组分析	揭示了SABR和免疫治疗之间复杂的相互作用，为NSCLC患者的治疗策略提供了新的见解	样本量较小，仅涉及7名患者	研究SABR和免疫治疗/化疗对NSCLC患者系统性T细胞反应的影响	早期非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，T细胞受体（TCR）测序	NA	RNA-seq数据	7名早期NSCLC患者
486	2025-03-06	Jellyfish stings-induced cardiac failure was ameliorated through AAG-mediated glycogen-driven ATP production 2025-Feb, Exploration (Beijing, China) DOI:10.1002/EXP.20230089 PMID:40040825	研究论文	本文研究了水母蜇伤引起的心脏衰竭，并探讨了通过AAG介导的糖原驱动的ATP生产来改善心脏功能	首次揭示了AAG通过糖原驱动的ATP生产改善水母蜇伤引起的心脏衰竭的机制，并提出了CCR5和PGC-1α在这一过程中的作用	研究机制尚未完全阐明，需要进一步的实验验证	探讨水母蜇伤引起的心脏衰竭的改善机制	水母蜇伤引起的心脏衰竭患者	生物医学	心脏衰竭	单细胞测序、空间转录技术	NA	RNA测序数据	NA
487	2025-03-06	Overexpression of ornithine decarboxylase 1 mediates the immune-deserted microenvironment and poor prognosis in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Feb, Journal of the National Cancer Center IF:7.6Q1 DOI:10.1016/j.jncc.2024.10.001 PMID:40040873	研究论文	本研究通过大规模数据和机器学习算法识别出具有干细胞样特征的高风险弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）亚组，并探讨了其潜在机制	首次识别出具有干细胞样特征的高风险DLBCL亚组，并揭示了ODC1过表达与免疫荒漠微环境共同塑造这一亚组的机制	研究主要基于数据分析和体外实验，缺乏体内实验验证	推进DLBCL的精确风险分层，揭示ODC1和免疫荒漠微环境在DLBCL中的作用	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	机器学习	淋巴瘤	转录组分析、基因组分析、单细胞RNA-seq、体外实验	机器学习算法	转录组数据、基因组数据、单细胞RNA-seq数据	2133例DLBCL患者
488	2025-03-05	Cell autonomous TLR4 signaling modulates TGF-β induced activation of human cardiac fibroblasts 2025-Feb-28, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42452 PMID:40028530	研究论文	本文研究了心脏成纤维细胞中TLR4信号在TGF-β诱导的纤维化过程中的作用	揭示了TLR4作为心脏成纤维细胞中的主要免疫传感器，并展示了抑制TLR4信号如何减少TGF-β诱导的纤维化变化	研究主要基于体外实验，未涉及体内模型的验证	探讨心脏成纤维细胞中TLR4信号在纤维化过程中的调控机制	成年人类心脏成纤维细胞	细胞生物学	心血管疾病	FACS, 单细胞测序	NA	基因表达数据	来自Collagen1-α1GFP小鼠和人类心力衰竭患者的心脏成纤维细胞
489	2025-03-05	Global landscape of hepatic organoid research: A bibliometric and visual study 2025-Feb-27, World journal of hepatology IF:2.5Q2 DOI:10.4254/wjh.v17.i2.95624 PMID:40027550	研究论文	本文通过文献计量分析，研究了全球肝脏类器官研究的科学产出，评估了当前成就和未来趋势	利用CiteSpace 6.3.R1进行文献计量分析，揭示了肝脏类器官研究的关键领域和未来趋势	研究仅限于Web of Science Core Collection中的文献，可能未涵盖所有相关研究	分析全球肝脏类器官研究的科学产出，评估当前成就和未来趋势	肝脏类器官研究	生物医学研究	肝病	文献计量分析	NA	文献数据	991篇文章
490	2025-03-05	Uncovering immune cell heterogeneity in hepatocellular carcinoma by combining single-cell RNA sequencing with T-cell receptor sequencing 2025-Feb-27, World journal of hepatology IF:2.5Q2 DOI:10.4254/wjh.v17.i2.99046 PMID:40027555	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了肝细胞癌中免疫细胞的异质性	首次结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，分析肝细胞癌中免疫细胞亚群的异质性及其功能，并发现新的T细胞簇和潜在生物标志物基因	研究样本量未明确提及，可能限制了结果的普遍性	研究肝细胞癌中免疫细胞亚群的异质性及其在肿瘤发展中的作用	肝细胞癌组织和癌旁正常组织中的免疫细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, T细胞受体测序	NA	RNA测序数据	NA
491	2025-03-05	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase provides protection from experimental acute kidney injury 2025-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639065 PMID:40027701	研究论文	本研究探讨了甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）抑制作为急性肾损伤（AKI）新型肾保护策略的潜力	首次提出MTAP抑制作为AKI的潜在治疗策略，并通过RNA测序揭示了其对炎症、氧化磷酸化和细胞存活相关通路的调节作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证尚不充分	探索MTAP抑制在AKI中的肾保护作用及其机制	AKI小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据	代谢组学	急性肾损伤	RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据
492	2025-03-05	Single-cell transcriptomics identifies a dampened neutrophil function and accentuated T-cell cytotoxicity in tobacco flavored e-cigarette exposed mouse lungs 2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638715 PMID:40027777	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了烟草味电子烟暴露对小鼠肺部免疫细胞功能的影响	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了烟草味电子烟暴露后小鼠肺部免疫细胞的功能变化，特别是Ly6G-中性粒细胞功能的减弱和T细胞细胞毒性的增强	研究样本量较小（每组每性别仅2只小鼠），且为初步研究，需要进一步验证和扩展	探讨烟草味电子烟暴露对小鼠肺部免疫细胞功能的影响	C57BL/6J小鼠	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA seq）	NA	RNA测序数据	71,725个细胞，每组每性别2只小鼠
493	2025-03-05	The endothelial growth factor Angiopoietin-2 is an accurate prognostic biomarker in patients with acetaminophen-induced acute liver failure 2025-Feb-21, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.02.19.25322567 PMID:40034764	研究论文	本研究评估了血管生成素-2（ANGPT2）作为对乙酰氨基酚（APAP）诱导的急性肝衰竭（ALF）患者不良预后的生物标志物的有效性	首次发现ANGPT2在APAP诱导的ALF患者中作为预后生物标志物的有效性，尤其是在早期表现的患者中具有更高的预测价值	研究样本量相对较小，且仅针对APAP诱导的ALF患者，未涵盖其他原因引起的ALF	评估ANGPT2作为APAP诱导的ALF患者不良预后的生物标志物的有效性	APAP诱导的急性肝衰竭患者	生物医学	急性肝衰竭	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据、血浆样本数据	两个独立队列：Phoenix队列（n=43）和ALF研究组队列（n=80），合并后总样本量为110
494	2025-03-05	Powerful and accurate case-control analysis of spatial molecular data with deep learning-defined tissue microniches 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.07.637149 PMID:39975274	研究论文	本文介绍了一种结合深度学习和统计原理的方法VIMA，用于发现与疾病相关的空间特征	VIMA方法通过变分自编码器提取组织小块的生物内容，定义大量微环境，并使用严格的统计学方法识别与病例对照状态相关的微环境	NA	识别与疾病相关的关键空间结构	空间分子数据	数字病理学	阿尔茨海默病、溃疡性结肠炎、类风湿性关节炎	空间转录组学、CODEX、免疫组织化学	变分自编码器	空间分子数据	140基因空间转录组数据集、54标记CODEX数据集、7标记免疫组织化学数据集
495	2025-03-05	Cross-tissue multi-omics analyses reveal the gut microbiota's absence impacts organ morphology, immune homeostasis, bile acid and lipid metabolism 2025-Feb, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.272 PMID:40027481	研究论文	本文通过比较无菌小鼠和特定病原体自由小鼠，利用空间转录组学、单细胞RNA测序和靶向胆汁酸代谢组学，系统地评估了肠道微生物群缺失对器官形态、免疫稳态、胆汁酸和脂质代谢的影响	揭示了肠道微生物群缺失对多个器官的形态、免疫细胞、胆汁酸和脂质代谢的显著影响，特别是发现了无菌小鼠中自噬驱动的脂滴分解和ZBTB20-LPL轴在血浆脂质稳态中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨肠道微生物群缺失对宿主器官形态、免疫稳态和代谢的影响	无菌小鼠和特定病原体自由小鼠	代谢组学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序、靶向胆汁酸代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	无菌小鼠和特定病原体自由小鼠
496	2025-03-04	IL-1β and associated molecules as prognostic biomarkers linked with immune cell infiltration in colorectal cancer: an integrated statistical and machine learning approach 2025-Feb-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01989-3 PMID:40019680	研究论文	本研究提出了一种结合生物信息学和机器学习的框架，用于增强结直肠癌（CRC）的诊断和预后生物标志物的识别	通过整合统计和机器学习方法，识别出27个枢纽基因，并验证了IL-1β作为预后和诊断生物标志物的潜力	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	增强结直肠癌的诊断和预后生物标志物的识别	结直肠癌（CRC）	生物信息学	结直肠癌	甲基化差异表达基因（MeDEGs）分析、scRNA-seq分析、启动子甲基化分析	K-最近邻（KNN）、人工神经网络（ANN）、随机森林（RF）	基因表达数据、甲基化数据	使用TCGA数据集，具体样本量未明确说明
497	2025-03-04	Decoding melanoma's cellular mosaic to unlock immunotherapy potential 2025-Feb-28, Trends in cell biology IF:13.0Q1 DOI:10.1016/j.tcb.2025.01.009 PMID:40023663	review	本文综述了单细胞多组学技术在揭示皮肤黑色素瘤生物学特性及免疫治疗耐药机制中的关键作用	利用单细胞测序和空间多组学技术，深入解析了肿瘤内异质性及其对癌症进展的影响	NA	探讨单细胞多组学技术如何揭示皮肤黑色素瘤的生物学特性及免疫治疗耐药机制	皮肤黑色素瘤	digital pathology	melanoma	单细胞测序, 空间多组学技术	NA	单细胞数据, 多组学数据	NA
498	2025-03-04	Dual function of MrgprB2 receptor-dependent neural immune axis in chronic pain 2025-Feb-28, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.037 PMID:40024332	研究论文	本文研究了MrgprB2受体依赖的神经免疫轴在化疗药物诱导的神经性疼痛（CINP）中的双向调节作用	揭示了MrgprB2/Tryptase/PAR2轴在CINP疼痛发展和缓解中的双向作用，强调了MrgprB2作为早期干预CINP的关键靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨MrgprB2介导的神经免疫相互作用在CINP中的双向调节作用	野生型小鼠、MrgprD敲除小鼠、肥大细胞缺陷小鼠、MrgprB2敲除小鼠和MrgprB2-Cre tdTomato小鼠	神经免疫学	神经性疼痛	钙成像、细胞因子抗体阵列、单细胞测序数据库挖掘、免疫荧光、Western blotting、共免疫沉淀（Co-IP）	NA	实验数据	多种基因修饰小鼠模型
499	2025-03-04	SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data 2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637514 PMID:39990434	研究论文	本文介绍了一种名为SpaceBar的细胞条形码策略，能够同时进行克隆追踪和空间转录组分析	创新点在于使用96个合成条形码序列，通过成像空间转录组学（seqFISH）进行检测，每个细胞被标记为条形码的组合，从而在复杂组织环境中区分克隆动态和环境驱动的转录调控	NA	研究目的是开发一种能够同时进行克隆追踪和空间转录组分析的方法	研究对象是黑色素瘤细胞在肿瘤异种移植模型中的克隆身份和空间基因表达	空间转录组学	黑色素瘤	seqFISH	NA	空间转录组数据	NA
500	2025-03-04	Spatially distinct cellular and molecular landscapes define prognosis in triple negative breast cancer 2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637503 PMID:39990419	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，深入探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中不同预后群体的细胞和分子异质性	首次利用空间转录组学技术，详细描绘了TNBC中不同预后群体的细胞和分子基础，揭示了上皮细胞及其微环境在转录水平上的显著差异	样本量相对较小，仅包括32名女性患者，且为回顾性研究，可能影响结果的普遍性	探讨TNBC中不同预后群体的细胞和分子异质性，以揭示预后差异的分子驱动因素	32名未经治疗的三阴性乳腺癌女性患者，分为良好预后组（GPx）和不良预后组（PPx）	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学，GeoMX® Digital Spatial Profiler，卷积神经网络（CNN）	卷积神经网络（CNN）	空间转录组数据	32名女性患者（17名良好预后，15名不良预后）