单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 652 篇文献，本页显示第 481 - 500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2025-10-07 |
scRDiT: Generating Single-cell RNA-seq Data by Diffusion Transformers and Accelerating Sampling
2025-Feb-21, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00688-5
PMID:39982678
|
研究论文 | 提出一种基于扩散变换器的单细胞RNA测序数据生成方法scRDiT | 结合去噪扩散概率模型和扩散变换器，首次将扩散变换器应用于单细胞RNA测序数据生成，并采用去噪扩散隐式模型加速采样过程 | 仅在两个单细胞RNA测序数据集上进行了实验验证，需要更多数据集验证通用性 | 开发能够生成具有相似统计特性的虚拟单细胞RNA测序数据的生成方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | DDPM, DiT, DDIM | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 482 | 2025-10-07 |
Harnessing omics data for drug discovery and development in ovarian aging
2025-Feb-20, Human reproduction update
IF:14.8Q1
DOI:10.1093/humupd/dmaf002
PMID:39977580
|
综述 | 本综述系统整合卵巢衰老相关的多组学数据，探讨如何利用这些数据发现药物靶点并指导治疗策略 | 首次从组织和单细胞双重视角系统整合基因组、转录组、蛋白组、代谢组和微生物组等多组学数据，结合人工智能模型预测药物靶点 | 文献检索仅限于PubMed数据库和英文文献，可能遗漏其他语言或数据库的相关研究 | 探索利用多组学数据发现卵巢衰老药物靶点和开发治疗策略 | 卵巢衰老相关的分子机制和药物靶点 | 生物信息学 | 卵巢衰老相关疾病 | 基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组学、单细胞技术、空间转录组学 | 机器学习、人工智能、深度学习 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 483 | 2025-02-21 |
ERK plays a conserved dominant role in pancreas cancer cell EMT heterogeneity driven by diverse growth factors and chemotherapies
2025-Feb-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.08.637251
PMID:39975093
|
研究论文 | 本文通过结合迭代间接免疫荧光成像和互信息建模，研究了胰腺癌细胞中EMT异质性的信号蛋白水平 | 使用互信息建模预测了ERK在胰腺癌细胞EMT异质性中的主导作用，并发现JNK在MEK抑制时的补偿作用 | 单细胞转录组学仅限于基于本体的间接推断，细胞群体水平的研究存在固有困难 | 研究胰腺癌细胞中EMT异质性的信号通路，以促进化疗反应 | 胰腺癌细胞和肿瘤 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 迭代间接免疫荧光成像，互信息建模 | 互信息模型 | 蛋白质测量数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 484 | 2025-02-21 |
NEAT1-mediated regulation of proteostasis and mRNA localization impacts autophagy dysregulation in Rett syndrome
2025-Feb-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf074
PMID:39970285
|
研究论文 | 本文研究了长链非编码RNA NEAT1在MeCP2缺陷背景下对Rett综合征（RTT）中蛋白质稳态和mRNA定位的调控作用及其对自噬失调的影响 | 揭示了NEAT1在MeCP2功能中的关键作用，特别是通过RNA-RNA相互作用调控自噬基因的表达和亚细胞定位，从而影响自噬复合物的生物发生 | 研究主要基于人类神经细胞和RTT患者样本，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探讨NEAT1在MeCP2缺陷导致的Rett综合征中的作用机制 | 人类神经细胞和RTT患者样本 | 神经科学 | Rett综合征 | 单细胞RNA测序和分子分析 | NA | RNA测序数据 | 人类神经细胞和RTT患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 485 | 2025-02-21 |
Hepatic Arterial Flow-Induced Portal Tract Fibrosis in Portal Hypertension: The Role of VCAM-1 and Osteopontin-Expressing Macrophages
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.31.634947
PMID:39975181
|
研究论文 | 本研究探讨了门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制，特别是VCAM-1和表达骨桥蛋白的巨噬细胞的作用 | 揭示了肝动脉血流增加通过VCAM-1和Spp1+巨噬细胞介导的门管区纤维化的新机制 | 研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 研究门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制 | Sprague-Dawley大鼠 | 病理生理学 | 门静脉高压症 | microCT、单细胞RNA测序、RNA-FISH | NA | 图像、转录组数据 | Sprague-Dawley大鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 486 | 2025-02-21 |
Hypoxia-induced histone methylation and NF-κB activation in pancreas cancer fibroblasts promote EMT-supportive growth factor secretion
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635486
PMID:39974981
|
研究论文 | 本文研究了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中缺氧诱导的组蛋白甲基化和NF-κB激活如何促进癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌支持上皮-间质转化（EMT）的生长因子 | 揭示了缺氧条件下CAFs通过IGF-2和HGF促进PDAC癌细胞EMT的机制，并发现活性氧激活的NF-κB与缺氧依赖性组蛋白甲基化共同作用促进这些生长因子的表达 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证 | 探讨缺氧条件下CAFs如何通过生长因子介导的细胞间通讯促进PDAC癌细胞的EMT | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和癌细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组分析、抑制剂筛选 | NA | 转录组数据、小鼠模型数据 | 患者肿瘤样本和小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 487 | 2025-02-21 |
Identification of High-Risk Cells in Single-Cell Spatially Resolved Transcriptomics Data Using Deep Transfer Learning
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635803
PMID:39975321
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DEGAS的深度迁移学习算法，用于在单细胞空间分辨转录组数据中识别高风险细胞和区域 | DEGAS算法通过基因表达数据的潜在表示和领域适应，将疾病属性从患者转移到单个细胞，解决了现有方法无法将单个细胞与疾病属性关联的问题 | NA | 识别单细胞空间分辨转录组数据中的高风险细胞和区域，以深入了解特定疾病过程 | 肿瘤样本中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 深度迁移学习 | 单细胞空间分辨转录组数据 | 包括10X Genomics Xenium和Nanostring CosMx平台的数据，以及新生成的T2D Xenium数据集和公开的黑色素瘤Xenium数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 488 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveals the multidimensional dynamic heterogeneity from primary to metastatic gastric cancer
2025-Feb-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.111843
PMID:39967875
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了胃癌从原发到转移过程中的多维动态异质性 | 首次系统描绘了胃癌从原发灶到器官特异性转移灶的多维特征动态变化，鉴定了卵巢转移的30基因标志物和关键配体-受体相互作用 | 未明确说明样本规模和具体技术平台细节 | 探究胃癌从原发到转移过程中肿瘤微环境的动态异质性特征 | 胃癌原发肿瘤和器官特异性转移灶 | 单细胞转录组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 489 | 2025-10-07 |
Integration of single-cell and spatial transcriptomics reveals fibroblast subtypes in hepatocellular carcinoma: spatial distribution, differentiation trajectories, and therapeutic potential
2025-Feb-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06192-0
PMID:39966876
|
研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了肝细胞癌中三种癌症相关成纤维细胞亚型的空间分布、分化轨迹及其治疗潜力 | 首次系统鉴定肝细胞癌中三种成纤维细胞亚群的空间分布特征，发现VEGFA+CAF在缺氧微环境诱导下通过促进肿瘤血管生成影响预后 | 研究样本量相对有限，需要更大规模队列验证；机制研究主要基于转录组数据，缺乏功能性实验验证 | 解析肝细胞癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性及其临床意义 | 肝细胞癌患者肿瘤组织中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据 | 训练队列88例HCC样本，验证队列94例HCC样本，总计超过120万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 490 | 2025-02-20 |
Publisher Correction: Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data
2025-Feb-18, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02152-8
PMID:39966937
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 491 | 2025-10-07 |
Integrated analysis reveals that EGR1 promotes epithelial IL33 production in T2 asthma
2025-Feb-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06116-y
PMID:39966984
|
研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，揭示了转录因子EGR1在T2型哮喘中直接调控上皮细胞IL33产生的机制 | 首次发现EGR1作为上皮细胞源基因直接调控IL33表达，为T2型哮喘的分子机制提供了新见解 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型，需要在人类临床样本中进一步验证 | 探究过敏原暴露触发气道上皮细胞释放IL33的分子机制 | BEAS-2B细胞系和HDM诱导的小鼠哮喘模型 | 生物信息学 | 哮喘 | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-PCR, 双荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 492 | 2025-10-07 |
Uncovering endothelial to mesenchymal transition drivers in atherosclerosis via multi-omics analysis
2025-Feb-17, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-025-04571-5
PMID:39956907
|
研究论文 | 通过整合多组学数据识别动脉粥样硬化中内皮间质转化的新型调控因子 | 首次通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和微阵列数据，系统识别动脉粥样硬化中内皮间质转化的七个新型候选基因 | 研究主要依赖生物信息学分析，实验验证仅限于qPCR和western blotting，缺乏更深入的功能验证 | 识别动脉粥样硬化中内皮间质转化的调控因子 | 人类动脉粥样硬化斑块中的内皮细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 微阵列, qPCR, western blotting | UMAP, limma包 | 基因表达数据 | 三个GEO数据集(GSE159677, GSE118446, GSE56309) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
| 493 | 2025-10-07 |
Age-Associated B Cells in Autoimmune Diseases: Pathogenesis and Clinical Implications
2025-Feb-17, Clinical reviews in allergy & immunology
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s12016-025-09021-w
PMID:39960645
|
综述 | 本文综述了年龄相关B细胞在自身免疫性疾病中的致病机制和临床意义 | 系统总结了ABCs的异质性特征、分化调控机制及其在多种自身免疫病中的诊断和治疗潜力 | 需要进一步探索和验证针对ABCs的靶向治疗策略 | 探讨年龄相关B细胞在自身免疫性疾病中的致病作用和临床应用价值 | 年龄相关B细胞及其在自身免疫疾病中的作用机制 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 494 | 2025-10-07 |
Molecular subtyping combined with multiomics analysis to study correlation between TACE refractoriness and tumor stemness in hepatocellular carcinoma
2025-Feb-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01955-z
PMID:39961903
|
研究论文 | 本研究通过分子分型与多组学分析探讨肝细胞癌中TACE抵抗性与肿瘤干性之间的相关性 | 首次系统性地将TACE抵抗性与肿瘤干性联系起来，并建立了基于肿瘤干性基因的新型分子分型系统 | 研究基于回顾性数据集分析，需要进一步实验验证 | 探索肝细胞癌中TACE抵抗性与肿瘤干性之间的相关性及其临床意义 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA测序，微阵列，单细胞RNA测序 | 无监督聚类 | 基因表达数据，临床数据 | 多个HCC数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 495 | 2025-10-07 |
Analysis of fatty acid metabolism in prostate cancer and discovery of a new programmed cell death-associated luminal cell subpopulation
2025-Feb-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01982-w
PMID:39961915
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析前列腺癌中脂肪酸代谢的作用，发现与程序性细胞死亡相关的管腔细胞亚群 | 发现前列腺癌中脂肪酸代谢活性显著升高的管腔细胞亚群，并揭示其与程序性细胞死亡和肿瘤侵袭性的关联 | NA | 研究脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用机制 | 前列腺癌组织中的细胞亚群，特别是管腔细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, NMF, 反卷积分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 496 | 2025-10-07 |
A method for the identification of lactate metabolism-related prognostic biomarkers and its validations in non-small cell lung cancer
2025-Feb-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85620-z
PMID:39962075
|
研究论文 | 本研究开发了一种识别乳酸代谢相关预后生物标志物的新方法，并在非小细胞肺癌中进行了验证 | 提出结合遗传算法的Cox弹性网络回归(GA-EnCox)方法构建预后预测模型，相比传统单一模型具有更好的预测性能 | NA | 开发非小细胞肺癌乳酸代谢相关预后生物标志物的识别方法和预后预测模型 | 非小细胞肺癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Cox弹性网络回归, 遗传算法 | 基因表达数据 | 多个LUAD队列数据集和内部NSCLC队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 497 | 2025-10-07 |
Cooperative Hedgehog/GLI and JAK/STAT signaling drives immunosuppressive tryptophan/kynurenine metabolism via synergistic induction of IDO1 in skin cancer
2025-Feb-17, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02101-6
PMID:39962447
|
研究论文 | 本研究揭示了Hedgehog/GLI与JAK/STAT信号通路通过协同诱导IDO1驱动皮肤癌中免疫抑制性色氨酸/犬尿氨酸代谢的新机制 | 首次发现HH/GLI与JAK/STAT信号通路的协同作用通过表观遗传调控诱导IDO1表达，并证实IDO1-犬尿氨酸通路是皮肤癌免疫逃逸的关键机制 | 研究主要基于体外模型和已有数据库分析，需要更多体内实验验证临床转化潜力 | 探究HH-IL6协同信号是否通过激活免疫逃逸机制促进皮肤癌发展 | 基底细胞癌和黑色素瘤 | 癌症生物学 | 皮肤癌 | qPCR, Western blot, ChIP, 焦磷酸测序, HPLC-MS, 流式细胞术, RNA-seq分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 表观遗传数据, 代谢物数据 | 人类BCC和黑色素瘤患者样本及细胞模型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 498 | 2025-10-07 |
Identification of pro-fibrotic cellular subpopulations in fascia of gluteal muscle contracture using single-cell RNA sequencing
2025-Feb-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05889-y
PMID:39962491
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了臀肌挛缩症筋膜组织中促进纤维化的细胞亚群 | 首次应用单细胞RNA测序技术专门研究纤维化深筋膜组织的细胞异质性，识别了两种促纤维化巨噬细胞亚群SPP1 MP和ECM-like MP | 样本量相对有限，仅比较了臀肌挛缩症纤维化筋膜与非纤维化对照筋膜 | 探索深筋膜纤维化的细胞机制和潜在治疗靶点 | 臀肌挛缩症患者的纤维化筋膜组织和非纤维化对照筋膜组织 | 单细胞组学 | 肌肉骨骼疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 臀肌挛缩症纤维化筋膜样本和对照筋膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 499 | 2025-10-07 |
Identification and characterization of cell niches in tissue from spatial omics data at single-cell resolution
2025-Feb-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57029-9
PMID:39956823
|
研究论文 | 本文提出了scNiche计算框架，用于从单细胞分辨率的空间组学数据中识别和表征组织中的细胞生态位 | 开发了首个能够从单细胞分辨率空间组学数据中有效识别细胞生态位的计算框架，并在性能和鲁棒性上优于现有方法 | NA | 解码组织中细胞微环境的特征、结构和功能 | 人类三阴性乳腺癌组织和小鼠肝脏组织 | 空间组学数据分析 | 乳腺癌, 肝衰竭 | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | 计算框架 | 空间组学数据 | NA | NA | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 500 | 2025-10-07 |
Model Architecture Analysis and Implementation of TENET for Cell-Cell Interaction Network Reconstruction Using Spatial Transcriptomics Data
2025-Feb-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5205
PMID:39968356
|
研究论文 | 提出一种基于三重增强图神经网络(TENET)的新方法，用于从空间转录组数据重建细胞-细胞相互作用网络 | 提出TENET框架，整合多种CCI模式和下游基因调控网络作为输入，同时考虑全局和局部细胞与遗传特征 | NA | 实现更全面和精确的细胞-细胞相互作用网络重建 | 真实和合成的空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络(GNN), 三重增强图神经网络(TENET) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |