单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-04-18	Spatially resolved transcriptomics and graph-based deep learning improve accuracy of routine CNS tumor diagnostics 2025-02, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00904-z PMID:39880907	研究论文	本文介绍了一种名为NePSTA的空间转录组学分析方法，结合图神经网络，用于中枢神经系统肿瘤的自动组织学和分子评估	开发了NePSTA方法，利用空间转录组学和图神经网络，从单个5微米组织切片中实现全面的形态学和分子神经病理学诊断	需要进一步验证其在更广泛样本和临床环境中的适用性	提高中枢神经系统肿瘤的诊断准确性和效率	中枢神经系统肿瘤患者和健康捐赠者的组织样本	数字病理学	中枢神经系统肿瘤	空间转录组学、NGS、甲基化分析	图神经网络	组织切片图像、分子数据	130名参与者，包括CNS恶性肿瘤患者和健康捐赠者，来自四个医疗中心
442	2025-04-13	Loss of mucin 2 and MHC II molecules causes rare resistance to murine RV infection 2025-Feb-25, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01507-24 PMID:39727412	研究论文	研究发现MUC2和MHC II分子的缺失导致小鼠对轮状病毒感染的罕见抗性	揭示了分泌细胞产物与MHC II表达之间先前未被认识的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究分泌细胞在轮状病毒感染中的作用	Atoh1敲除小鼠和野生型小鼠	病理学	肠道感染	单细胞RNA测序	Atoh1敲除小鼠模型	基因表达数据	Atoh1敲除小鼠和野生型小鼠
443	2025-04-12	Spatial single-cell proteomics landscape decodes the tumor microenvironmental ecosystem of intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Feb-25, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001283 PMID:39999448	研究论文	本研究利用人工智能辅助的空间多组学模式，生成了肝内胆管癌（iCCA）的全面空间图谱，并识别了与预后和免疫治疗相关的空间特征	首次通过空间单细胞蛋白质组学景观解码iCCA肿瘤微环境生态系统的空间特征，并开发了深度学习系统以高精度预测患者预后	样本量在某些组学数据中较小（如空间转录组学仅4例），可能影响结果的普遍性	阐明iCCA肿瘤微环境的空间特征及其与患者预后和免疫治疗的关系	肝内胆管癌（iCCA）患者的肿瘤微环境	数字病理学	肝内胆管癌	成像质谱流式细胞术、空间蛋白质组学、空间转录组学、多重免疫荧光、scRNA-seq、bulk RNA-seq、bulk蛋白质组学	深度学习系统	蛋白质组学数据、转录组学数据、图像数据	共分析超过106万个细胞，包括155例成像质谱流式细胞术、155例空间蛋白质组学、4例空间转录组学、20例多重免疫荧光、43例scRNA-seq（9例内部+34例公共）、244例bulk RNA-seq（公共）、324例bulk蛋白质组学（110例内部+214例公共）
444	2025-04-12	Atypical memory B cells acquire Breg phenotypes in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187025 PMID:39998891	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和B细胞受体测序，分析了肝细胞癌中肿瘤浸润B细胞的功能可塑性及其在肿瘤微环境中的发展	揭示了肝细胞癌中非典型记忆B细胞获得Breg表型的新机制，以及它们在肿瘤微环境和外周血中的潜在调节作用	研究主要集中于肝细胞癌，未涉及其他癌症类型中Bregs的广泛作用	探讨肿瘤微环境如何影响肿瘤浸润B细胞的发育及其在免疫抑制中的作用	肝细胞癌中的肿瘤浸润B细胞和外周血B细胞	免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学、B细胞受体测序	NA	单细胞RNA测序数据、BCR测序数据	未明确提及样本数量，但涉及肝细胞癌患者的肿瘤组织和外周血样本
445	2025-04-12	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Delineate the Microstructure and Immune Landscape of Intrahepatic Cholangiocarcinoma in the Leading-Edge Area 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412740 PMID:39716897	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组分析，描绘了肝内胆管癌前沿区域的微结构和免疫景观	揭示了肝内胆管癌前沿区域肿瘤细胞与免疫微环境的相互作用，特别是发现了由CD8+ T细胞、SPP1+巨噬细胞和POSTN+癌症相关成纤维细胞组成的独特'三联结构'	样本量较小（仅9例患者），且仅关注了肝内胆管癌的前沿区域	探索肝内胆管癌前沿区域的肿瘤细胞特征及其与免疫微环境的相互作用	肝内胆管癌患者的肿瘤核心、邻近非肿瘤组织和前沿区域	数字病理学	肝内胆管癌	scRNA-seq, 空间转录组分析	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	9例肝内胆管癌患者
446	2025-04-09	Streptococcus lutetiensis inhibits CD8+ IL17A+ TRM cells and leads to gastric cancer progression and poor prognosis 2025-Feb-09, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00810-2 PMID:39924593	research paper	研究揭示了胃微生物群中Streptococcus lutetiensis通过抑制IL17信号和减少CD8IL17A组织驻留记忆T细胞的数量，促进胃癌进展的机制	首次发现Streptococcus lutetiensis在胃癌组织中的富集及其通过Nrf2介导的氧化应激反应抑制抗肿瘤免疫的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的临床验证仍需进一步研究	探究胃微生物群对胃癌进展及免疫调控的影响	胃癌患者的肿瘤组织和小鼠模型	肿瘤免疫学	胃癌	16s rRNA测序和单细胞RNA测序	小鼠模型	基因测序数据和流式细胞术数据	胃癌患者的肿瘤组织样本和小鼠模型
447	2025-04-09	Leveraging programmed cell death patterns to predict prognosis and therapeutic sensitivity in OSCC 2025-Feb, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15139 PMID:39315471	研究论文	该研究整合了12种程序性细胞死亡（PCD）模式，构建了一个新的生物标志物——细胞死亡指数（CDI），用于口腔鳞状细胞癌（OSCC）的预后评估和治疗预测	首次整合多种PCD模式构建CDI，并验证其在OSCC预后和治疗预测中的有效性	研究结果需要在更大规模的临床队列中进行验证	开发新的生物标志物以预测OSCC的预后和治疗敏感性	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归分析	基因表达数据	多个独立患者队列
448	2025-04-07	Gene expression patterns of the developing human face at single cell resolution reveal cell type contributions to normal facial variation and disease risk 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.18.633396 PMID:39868299	research paper	该研究通过单核RNA测序技术构建了人类颅面发育的综合图谱，揭示了不同细胞类型在正常面部变异和疾病风险中的作用	首次在单细胞分辨率下解析人类颅面发育的基因表达模式，识别了关键细胞类型及其亚型，并揭示了人类特有的基因表达差异	研究仅涵盖了4-8孕周的胚胎样本，未能覆盖整个颅面发育过程	探索人类颅面发育的细胞和遗传机制，及其与面部形态变异和颅面疾病的关系	24个人类胚胎的颅面组织样本	发育生物学	颅面畸形	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA测序数据	24个胚胎样本，覆盖6个关键时间点(4-8孕周)
449	2025-02-28	Publisher Correction: Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90745-2 PMID:40011623	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
450	2025-04-01	A Complete Spatial Map of Mouse Retinal Ganglion Cells Reveals Density and Gene Expression Specializations 2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637538 PMID:39990332	research paper	研究通过空间转录组学和机器学习技术，全面绘制了小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）亚型的空间分布图	首次全面揭示了小鼠视网膜神经节细胞亚型的空间分布及其基因表达的空间变异，特别是与天空视觉和ART区域相关的特异性分布	研究结果与灵长类动物黄斑区的基因表达相关性有限，提示小鼠与灵长类中央视觉的特化可能存在差异	探索小鼠视网膜神经节细胞亚型的空间分布及其基因表达的空间变异	小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）	空间转录组学	NA	en-face cryosectioning, 空间转录组学, 机器学习	NA	基因表达数据	NA
451	2025-03-29	Identification and Validation of Key Biomarkers in the Proximal Aqueous Humor Outflow Pathway 2025-Feb-25, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47030147 PMID:40136401	研究论文	本研究旨在识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物，以深入了解青光眼的病理生理学	通过微阵列和单细胞RNA测序技术，首次鉴定出CTTNBP2和MGARP作为小梁网细胞的标志物，以及JAM2、PODXL和IFI27作为Schlemm管内皮细胞的新生物标志物	研究仅基于体外细胞实验，未进行体内验证，且样本来源和数量未明确说明	识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物，为青光眼的靶向治疗奠定基础	人类小梁网细胞和Schlemm管内皮细胞	生物医学研究	青光眼	微阵列、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、qPCR	NA	基因表达数据	NA
452	2025-03-27	Esr1-Dependent Signaling and Transcriptional Maturation in the Medial Preoptic Area of the Hypothalamus Shapes the Development of Mating Behavior during Adolescence 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.640339 PMID:40060480	research paper	本研究探讨了青春期期间内侧视前区（MPOA）的转录动态及其对交配行为发展的影响	揭示了雌激素受体1（Esr1）在青春期MPOA GABA能神经元转录成熟中的关键作用，并发现了性别特异的基因调控网络	研究仅在小鼠中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究青春期期间MPOA的转录动态及其对交配行为发展的影响	青春期发育期间的雄性和雌性小鼠	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和杂交技术	NA	RNA测序数据	雄性和雌性小鼠
453	2025-03-27	CD271 regulates osteogenic differentiation of ectomesenchymal stem cells via the RhoA/ROCK signaling pathway 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114068 PMID:39826451	research paper	本研究探讨了CD271通过RhoA/ROCK信号通路调控外间充质干细胞（EMSCs）成骨分化的机制	揭示了CD271通过RhoA/ROCK信号通路调控EMSCs成骨分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中进行验证	探究CD271对EMSCs成骨分化的影响及其分子机制	外间充质干细胞（EMSCs）和小鼠下颌骨发育	干细胞生物学	颌骨发育异常	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	CD271缺陷小鼠
454	2025-03-25	CITEgeist: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes for Guided Exploration of Intrinsic Spatial Trends 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.15.638331 PMID:40027773	研究论文	介绍了一种名为CITEgeist的新工具，该工具利用抗体捕获技术从同一组织切片中解卷积空间转录组数据	CITEgeist通过直接利用同一组织切片的细胞表面蛋白测量，避免了依赖scRNA-seq参考的限制，提供了一种经济高效且生物学基础坚实的替代方案	未明确提及具体限制，但可能依赖于抗体捕获技术的可用性和质量	开发一种无需scRNA-seq参考的空间转录组数据解卷积方法	空间转录组数据，特别是密集肿瘤微环境中的细胞类型解析	数字病理学	乳腺癌	抗体捕获技术，空间转录组学	数学优化模型	空间转录组数据	模拟数据和来自正在进行临床试验的ER+乳腺癌肿瘤的临床样本
455	2025-03-21	Role of cancer stem cell heterogeneity in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Feb-28, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1286 PMID:40104739	研究论文	本研究探讨了癌症干细胞异质性在肝内胆管癌（ICC）中的作用，通过单细胞RNA测序技术分析了不同细胞亚群的信号通路活动和细胞间通讯	利用单细胞RNA测序技术深入探索了ICC中癌症干细胞的异质性，揭示了不同亚群对肿瘤进展和患者预后的影响	研究依赖于公开的数据库数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究ICC中癌症干细胞异质性对预后的影响	肝内胆管癌（ICC）患者	数字病理学	胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的scRNA-seq数据集GSE142784和TCGA数据库的Bulk RNA-seq数据
456	2025-03-21	Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr 2025-Feb-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5921338/v1 PMID:40060050	研究论文	本文介绍了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析细胞类型组成的变化	crumblr方法在细胞谱系层次结构的多个级别上进行统计测试，采用多变量方法提高检测能力	NA	开发一种统计方法来识别细胞类型频率的变化	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序	线性混合模型	RNA测序数据	NA
457	2025-03-21	Cluster replicability in single-cell and single-nucleus atlases of the mouse brain 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639959 PMID:40060489	研究论文	本文评估了小鼠大脑图谱中通过单细胞RNA测序和单核测序识别的细胞簇的可重复性	通过转录组范围的邻居投票方法，识别了2009对具有一致空间定位和协调基因表达的互配簇，这些簇在多个物种的数据集中也被观察到	下丘脑的异质性限制了簇的一致性，且使用标记基因区分紧密簇比区分大多数其他簇更具挑战性	评估小鼠大脑图谱中细胞簇的可重复性，以确定其生物学稳健性	小鼠大脑中的细胞簇	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序, 单核测序	NA	RNA测序数据	超过400万个细胞，分为5000多个簇
458	2025-03-21	Cell Type-Agnostic Transcriptomic Signatures Enable Uniform Comparisons of Neurodevelopment 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639936 PMID:40060479	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，开发了一种细胞类型无关的转录组特征模型，用于比较不同背景、模型系统和物种间的神经发育	提出了一种细胞类型无关的模型，能够准确预测细胞自主成熟度，并在不同细胞类型和数据集中捕捉发育动态	尽管模型在人类神经类器官和小鼠大脑中表现出良好的泛化能力，但其在其他物种或更广泛的应用场景中的有效性仍需进一步验证	开发一种统一的框架，用于比较不同背景、模型系统和物种间的神经发育	人类大脑发育数据集和小鼠大脑发育数据	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	正则化回归模型	单细胞转录组数据	超过280万个细胞
459	2025-03-21	Human Pancreatic Cancer Single-Cell Atlas Reveals Association of CXCL10+ Fibroblasts and Basal Subtype Tumor Cells 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2183 PMID:39636224	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）构建了人类胰腺癌的单细胞图谱，揭示了CXCL10+成纤维细胞与基底亚型肿瘤细胞之间的关联	发现了CXCL10+癌症相关成纤维细胞与基底肿瘤细胞之间的新型富集和空间关联，并揭示了这些细胞类型在PDAC肿瘤微环境中的关系	研究主要依赖于公开的原始数据，可能受到数据质量和一致性的限制	开发基因组资源，以统计学严谨的方式识别新的潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST），多重免疫染色	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	229例患者样本，744例bulk RNA-seq样本，22例空间转录组样本，总计70万个细胞
460	2025-03-20	Human memory CD4+ T-cells recognize Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages amid broader pathogen-specific responses 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.23.639515 PMID:40060660	研究论文	本文研究了人类记忆CD4+ T细胞如何识别被结核分枝杆菌（Mtb）感染的巨噬细胞，并探讨了这些T细胞在结核病（TB）预防中的作用	研究发现，在稳定的潜伏性结核感染（LTBI）中，超过70%的独特和90%的总Mtb特异性TCR克隆型与识别感染巨噬细胞相关，同时揭示了Mtb特异性T细胞的效应功能特征	研究中发现部分T细胞需要外源性抗原暴露才能识别感染巨噬细胞，表明识别过程不完全	研究目的是了解CD4+ T细胞如何识别被Mtb感染的巨噬细胞，并探讨这些T细胞在结核病预防中的作用	研究对象为潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞	免疫学	结核病	T细胞抗原受体（TCR）测序、单细胞转录组学	NA	基因序列数据、单细胞转录组数据	潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞