单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 671 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2025-03-29 |
Identification and Validation of Key Biomarkers in the Proximal Aqueous Humor Outflow Pathway
2025-Feb-25, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47030147
PMID:40136401
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研究论文 | 本研究旨在识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物，以深入了解青光眼的病理生理学 | 通过微阵列和单细胞RNA测序技术，首次鉴定出CTTNBP2和MGARP作为小梁网细胞的标志物，以及JAM2、PODXL和IFI27作为Schlemm管内皮细胞的新生物标志物 | 研究仅基于体外细胞实验，未进行体内验证，且样本来源和数量未明确说明 | 识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物，为青光眼的靶向治疗奠定基础 | 人类小梁网细胞和Schlemm管内皮细胞 | 生物医学研究 | 青光眼 | 微阵列、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、qPCR | NA | 基因表达数据 | NA |
| 442 | 2025-03-29 |
Multiomic analysis uncovers a continuous spectrum of differentiation and Wnt-MDK-driven immune evasion in hepatoblastoma
2025-Feb-01, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.01.031
PMID:39900120
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研究论文 | 通过多组学分析揭示肝母细胞瘤中连续的分化谱和Wnt-MDK驱动的免疫逃逸机制 | 首次在肝母细胞瘤中发现了肿瘤细胞的分化连续谱，并揭示了Wnt信号通过上调midkine表达来改变巨噬细胞表型，从而驱动免疫逃逸的新机制 | 需要进一步的机制和实际验证以实现临床转化 | 全面分析肝母细胞瘤的肿瘤微环境，揭示其空间结构和关键信号机制 | 肝母细胞瘤肿瘤微环境 | 肿瘤微环境 | 肝母细胞瘤 | 单细胞/核RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光染色、Western blotting | NA | RNA-seq数据、免疫荧光图像 | 15例单细胞/核RNA测序样本、22例空间转录组样本、7例多重免疫荧光染色样本、110例RNA-seq验证队列（包括肝母细胞瘤、非肿瘤和胎儿肝脏样本） |
| 443 | 2025-03-27 |
Esr1-Dependent Signaling and Transcriptional Maturation in the Medial Preoptic Area of the Hypothalamus Shapes the Development of Mating Behavior during Adolescence
2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.640339
PMID:40060480
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research paper | 本研究探讨了青春期期间内侧视前区（MPOA）的转录动态及其对交配行为发展的影响 | 揭示了雌激素受体1（Esr1）在青春期MPOA GABA能神经元转录成熟中的关键作用，并发现了性别特异的基因调控网络 | 研究仅在小鼠中进行，未涉及人类或其他哺乳动物 | 探究青春期期间MPOA的转录动态及其对交配行为发展的影响 | 青春期发育期间的雄性和雌性小鼠 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）和杂交技术 | NA | RNA测序数据 | 雄性和雌性小鼠 |
| 444 | 2025-03-27 |
CD271 regulates osteogenic differentiation of ectomesenchymal stem cells via the RhoA/ROCK signaling pathway
2025-Feb-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114068
PMID:39826451
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research paper | 本研究探讨了CD271通过RhoA/ROCK信号通路调控外间充质干细胞（EMSCs）成骨分化的机制 | 揭示了CD271通过RhoA/ROCK信号通路调控EMSCs成骨分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中进行验证 | 探究CD271对EMSCs成骨分化的影响及其分子机制 | 外间充质干细胞（EMSCs）和小鼠下颌骨发育 | 干细胞生物学 | 颌骨发育异常 | 单细胞测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | CD271缺陷小鼠 |
| 445 | 2025-03-25 |
CITEgeist: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes for Guided Exploration of Intrinsic Spatial Trends
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.15.638331
PMID:40027773
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研究论文 | 介绍了一种名为CITEgeist的新工具，该工具利用抗体捕获技术从同一组织切片中解卷积空间转录组数据 | CITEgeist通过直接利用同一组织切片的细胞表面蛋白测量，避免了依赖scRNA-seq参考的限制，提供了一种经济高效且生物学基础坚实的替代方案 | 未明确提及具体限制，但可能依赖于抗体捕获技术的可用性和质量 | 开发一种无需scRNA-seq参考的空间转录组数据解卷积方法 | 空间转录组数据，特别是密集肿瘤微环境中的细胞类型解析 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 抗体捕获技术，空间转录组学 | 数学优化模型 | 空间转录组数据 | 模拟数据和来自正在进行临床试验的ER+乳腺癌肿瘤的临床样本 |
| 446 | 2025-03-21 |
Role of cancer stem cell heterogeneity in intrahepatic cholangiocarcinoma
2025-Feb-28, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-1286
PMID:40104739
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研究论文 | 本研究探讨了癌症干细胞异质性在肝内胆管癌（ICC）中的作用，通过单细胞RNA测序技术分析了不同细胞亚群的信号通路活动和细胞间通讯 | 利用单细胞RNA测序技术深入探索了ICC中癌症干细胞的异质性，揭示了不同亚群对肿瘤进展和患者预后的影响 | 研究依赖于公开的数据库数据，可能受到数据质量和样本量的限制 | 研究ICC中癌症干细胞异质性对预后的影响 | 肝内胆管癌（ICC）患者 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 来自GEO数据库的scRNA-seq数据集GSE142784和TCGA数据库的Bulk RNA-seq数据 |
| 447 | 2025-03-21 |
Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr
2025-Feb-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5921338/v1
PMID:40060050
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研究论文 | 本文介绍了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析细胞类型组成的变化 | crumblr方法在细胞谱系层次结构的多个级别上进行统计测试，采用多变量方法提高检测能力 | NA | 开发一种统计方法来识别细胞类型频率的变化 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 线性混合模型 | RNA测序数据 | NA |
| 448 | 2025-03-21 |
Cluster replicability in single-cell and single-nucleus atlases of the mouse brain
2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639959
PMID:40060489
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研究论文 | 本文评估了小鼠大脑图谱中通过单细胞RNA测序和单核测序识别的细胞簇的可重复性 | 通过转录组范围的邻居投票方法，识别了2009对具有一致空间定位和协调基因表达的互配簇，这些簇在多个物种的数据集中也被观察到 | 下丘脑的异质性限制了簇的一致性，且使用标记基因区分紧密簇比区分大多数其他簇更具挑战性 | 评估小鼠大脑图谱中细胞簇的可重复性，以确定其生物学稳健性 | 小鼠大脑中的细胞簇 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序, 单核测序 | NA | RNA测序数据 | 超过400万个细胞，分为5000多个簇 |
| 449 | 2025-03-21 |
Cell Type-Agnostic Transcriptomic Signatures Enable Uniform Comparisons of Neurodevelopment
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639936
PMID:40060479
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析，开发了一种细胞类型无关的转录组特征模型，用于比较不同背景、模型系统和物种间的神经发育 | 提出了一种细胞类型无关的模型，能够准确预测细胞自主成熟度，并在不同细胞类型和数据集中捕捉发育动态 | 尽管模型在人类神经类器官和小鼠大脑中表现出良好的泛化能力，但其在其他物种或更广泛的应用场景中的有效性仍需进一步验证 | 开发一种统一的框架，用于比较不同背景、模型系统和物种间的神经发育 | 人类大脑发育数据集和小鼠大脑发育数据 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | 正则化回归模型 | 单细胞转录组数据 | 超过280万个细胞 |
| 450 | 2025-03-21 |
Human Pancreatic Cancer Single-Cell Atlas Reveals Association of CXCL10+ Fibroblasts and Basal Subtype Tumor Cells
2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2183
PMID:39636224
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）构建了人类胰腺癌的单细胞图谱，揭示了CXCL10+成纤维细胞与基底亚型肿瘤细胞之间的关联 | 发现了CXCL10+癌症相关成纤维细胞与基底肿瘤细胞之间的新型富集和空间关联，并揭示了这些细胞类型在PDAC肿瘤微环境中的关系 | 研究主要依赖于公开的原始数据，可能受到数据质量和一致性的限制 | 开发基因组资源，以统计学严谨的方式识别新的潜在治疗靶点 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST），多重免疫染色 | NA | RNA测序数据，空间转录组数据 | 229例患者样本，744例bulk RNA-seq样本，22例空间转录组样本，总计70万个细胞 |
| 451 | 2025-03-20 |
Human memory CD4+ T-cells recognize Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages amid broader pathogen-specific responses
2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.23.639515
PMID:40060660
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研究论文 | 本文研究了人类记忆CD4+ T细胞如何识别被结核分枝杆菌（Mtb）感染的巨噬细胞，并探讨了这些T细胞在结核病（TB）预防中的作用 | 研究发现，在稳定的潜伏性结核感染（LTBI）中，超过70%的独特和90%的总Mtb特异性TCR克隆型与识别感染巨噬细胞相关，同时揭示了Mtb特异性T细胞的效应功能特征 | 研究中发现部分T细胞需要外源性抗原暴露才能识别感染巨噬细胞，表明识别过程不完全 | 研究目的是了解CD4+ T细胞如何识别被Mtb感染的巨噬细胞，并探讨这些T细胞在结核病预防中的作用 | 研究对象为潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞 | 免疫学 | 结核病 | T细胞抗原受体（TCR）测序、单细胞转录组学 | NA | 基因序列数据、单细胞转录组数据 | 潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞 |
| 452 | 2025-03-20 |
MIG-21 is a novel regulator of Wnt and Netrin signaling in gonad migration identified from published scRNA-seq data and functionally validated in C. elegans
2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639896
PMID:40060509
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研究论文 | 本文利用已发表的单细胞RNA测序数据，发现了一个新的调节Wnt和Netrin信号通路的基因MIG-21，并在秀丽隐杆线虫中进行了功能验证 | 首次发现MIG-21基因在生殖干细胞微环境中的调节作用，并揭示其在Wnt和Netrin信号通路中的整合功能 | 研究仅限于秀丽隐杆线虫模型，尚未在更复杂的生物系统中验证 | 揭示生殖干细胞微环境中新的遗传网络调节机制 | 秀丽隐杆线虫的远端尖端细胞（DTC） | 遗传学 | NA | scRNA-seq, RNAi knockdown, 活细胞成像 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 453 | 2025-03-19 |
Novel therapeutic strategy: Nrf2 activation in targeting senescence-related changes in chronic obstructive pulmonary disease
2025-Feb-28, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-24-710
PMID:40083491
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研究论文 | 本研究探讨了核因子红细胞2相关因子2（Nrf2）激活在靶向衰老相关变化以缓解慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的治疗潜力 | 首次提出Nrf2激活作为靶向衰老相关分泌表型（SASP）以缓解COPD进展的治疗策略 | 研究主要基于体外细胞模型和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 探讨Nrf2激活在缓解COPD进展中的治疗潜力 | COPD患者的衰老纤毛上皮细胞及COPD小鼠模型 | NA | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | COPD患者样本及COPD小鼠模型 |
| 454 | 2025-03-18 |
Recurrent ERBB2 alterations are associated with esophageal adenocarcinoma brain metastases
2025-Feb-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.02.19.25322558
PMID:40061311
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研究论文 | 本文通过多组学分析研究了食管腺癌脑转移的分子特征及其临床意义 | 首次发现ERBB2在食管腺癌脑转移中的反复改变，并揭示了其在疾病进展早期的作用 | 样本量较小（10例），且仅针对脑转移病例进行研究 | 探索食管腺癌脑转移的分子机制及其治疗策略 | 食管腺癌脑转移患者及其匹配的原发肿瘤 | 数字病理学 | 食管腺癌 | 全基因组测序、单细胞空间转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 10例食管腺癌脑转移患者 |
| 455 | 2025-03-18 |
MolGene-E: Inverse Molecular Design to Modulate Single Cell Transcriptomics
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.638723
PMID:40060426
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MolGene-E的深度生成框架，用于利用单细胞转录组数据设计新药物分子 | MolGene-E结合了两种新模型：一种能够协调和去噪化学扰动的批量和单细胞转录组数据的跨模态模型，以及一种基于对比学习的生成模型，能够根据转录组数据生成新分子 | 单细胞组学数据具有噪声、异质性、稀缺性和高维性，这为机器学习方法的应用带来了挑战 | 开发一种能够利用单细胞转录组数据设计新药物分子的机器学习方法 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | 深度生成模型 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 456 | 2025-03-18 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Feb-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6050441/v1
PMID:40034439
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研究论文 | 本文提出了一种名为随机空间主成分分析（RASP）的新方法，用于高效降维高分辨率空间转录组数据 | RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到包含10万多个位置的数据集，并支持非转录组协变量的灵活整合 | NA | 开发一种计算效率高的降维方法，以更好地理解组织结构和疾病进展的机制 | 人类和小鼠组织的高分辨率空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 随机空间主成分分析（RASP） | PCA | 空间转录组数据 | 多种空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium） |
| 457 | 2025-03-18 |
EpiFoundation: A Foundation Model for Single-Cell ATAC-seq via Peak-to-Gene Alignment
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636688
PMID:39975086
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研究论文 | 本文介绍了一种名为EpiFoundation的基础模型，用于从单细胞ATAC-seq数据中学习细胞表示，通过创新的跨模态预训练过程解决数据稀疏性问题 | EpiFoundation通过处理非零峰值集和利用密集基因表达信息监督预训练过程，创新性地解决了scATAC-seq数据的高维稀疏性问题 | NA | 开发专门针对单细胞ATAC-seq数据的基础模型，以解决数据稀疏性和峰值间相关性建模的挑战 | 单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | 基础模型 | 单细胞ATAC-seq数据 | 100,000+单细胞 |
| 458 | 2025-03-16 |
Cancer-Associated Fibroblasts Genes and Transforming Growth Factor Beta Pathway in Gastric Cancer for Novel Therapeutic Strategy
2025-Feb-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17050795
PMID:40075643
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综述 | 本文综述了胃癌中癌症相关成纤维细胞基因（CAFGs）的分子特征及其在肿瘤进展和预后中的作用，探讨了其与TGFB通路的相互作用，以开发新的治疗策略 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析揭示了CAFGs不仅在CAFs中表达，还可能反映周围细胞的激活状态，并验证了多个CAFGs在胃癌中的预后相关性 | 与其他癌症相比，CAFGs在胃癌中的功能机制尚不明确，且由于现有微解剖数据的限制，CAFGs在胃癌中的表达模式尚未得到确认 | 探讨CAFGs在胃癌中的分子特征及其与TGFB通路的相互作用，以开发新的治疗策略 | 胃癌中的癌症相关成纤维细胞基因（CAFGs） | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 459 | 2025-03-16 |
Uncovering the Signatures of Cellular Senescence in the Human Dorsolateral Prefrontal Cortex
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639091
PMID:40027780
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研究论文 | 本文通过Visium空间转录组学和单核RNA测序技术，构建了人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）衰老和细胞衰老的转录组图谱 | 结合空间转录组学和单核RNA测序技术，首次在非病理人类组织中揭示了dlPFC衰老和细胞衰老的异质性特征 | 研究局限于非病理组织，未涉及疾病状态下的细胞衰老特征 | 探索人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）衰老和细胞衰老的转录组特征 | 人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）的非病理组织 | 生物信息学 | NA | Visium空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 460 | 2025-03-16 |
Differences in immune cells and gene expression in human milk by parity on integrated scRNA sequencing
2025-Feb, Clinical and experimental pediatrics
IF:3.2Q1
DOI:10.3345/cep.2024.01585
PMID:39810510
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研究论文 | 本研究通过整合和分析公开的单细胞RNA测序数据集，探讨了胎次对人类母乳中免疫细胞异质性和基因表达的影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统地分析了胎次对人类母乳中免疫细胞组成和基因表达的影响 | 研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的多样性和样本量 | 阐明胎次对人类母乳中免疫细胞异质性和基因表达的影响 | 人类母乳中的免疫细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，但使用了公开的单细胞RNA测序数据集 |