单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
401	2025-04-25	Progress in toxicogenomics to protect human health 2025-Feb, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-024-00767-1 PMID:39223311	review	本文回顾了毒理基因组学在保护人类健康方面的进展，特别是转录组学在毒理学研究和风险评估中的应用	介绍了转录组学生物标志物、网络推断分析、模式匹配方法和人工智能在预测毒理学危害中的创新应用，以及单细胞转录组学和多组学在毒理学机制研究中的新兴方法	NA	探讨毒理基因组学在理解和预测环境和药物暴露的毒理学效应中的应用	分子特征（如转录本、蛋白质、代谢物和表观基因组修饰）	毒理学	NA	转录组学、单细胞转录组学、多组学	人工智能	分子数据	NA
402	2025-04-25	Single-cell sequencing delineates T-cell clonality and pathogenesis of the parapsoriasis disease group 2025-Feb, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.09.004 PMID:39278361	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究副银屑病疾病谱中T细胞克隆性及其发病机制	首次描述了副银屑病病变中一种未被报道的先天淋巴细胞群，并提出了新的疾病分类术语	样本量较小（8个大斑块和7个小斑块病变），可能影响结果的普遍性	表征副银屑病疾病谱的细胞和分子特征	副银屑病至早期蕈样肉芽肿谱系患者的皮肤活检组织	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	15例皮肤活检（8个大斑块和7个小斑块病变）
403	2025-04-25	Single-cell transcriptome analysis of the early immune response in the lymph nodes of Borrelia burgdorferi-infected mice 2025-Feb, Microbes and infection IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.micinf.2024.105424 PMID:39306236	研究论文	通过单细胞RNA测序分析Borrelia burgdorferi感染小鼠淋巴结早期免疫反应的转录组特征	揭示了Borrelia burgdorferi感染早期淋巴结淋巴细胞免疫景观的关键特征，包括B细胞增殖、免疫球蛋白类别转换至IgG3和IgG2b亚型、浆母细胞分化以及通过免疫组织化学鉴定的滤泡外B细胞的存在	研究仅关注感染后四天的早期免疫反应，未涵盖感染全过程	探究Borrelia burgdorferi感染早期淋巴结免疫反应的特征和机制	Borrelia burgdorferi感染的小鼠淋巴结淋巴细胞	免疫学	莱姆病	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	转录组数据	Borrelia burgdorferi感染的小鼠模型
404	2025-04-25	Breaking new ground: Unraveling the USP1/ID3/E12/P21 axis in vascular calcification 2025-Feb, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.09.002 PMID:39326697	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了血管钙化过程中的细胞动态变化，并发现USP1/ID3/E12/P21轴在其中的关键调控作用	首次揭示了ID3基因在血管平滑肌细胞功能调控中的关键作用，并发现了USP1/ID3/E12/P21这一新的调控轴	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中得到验证	探究血管钙化的分子机制并寻找潜在治疗靶点	血管平滑肌细胞(VSMCs)和血管钙化过程	分子生物学	心血管疾病	单细胞转录组测序	动物模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及体外培养细胞和动物模型
405	2025-04-25	Dynamic transcriptomic and regulatory networks underpinning the transition from fetal primordial germ cells to spermatogonia in mice 2025-Feb, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13755 PMID:39329203	研究论文	本研究通过分析小鼠雄性生殖细胞和性腺细胞发育的转录组图谱数据集，揭示了从胎儿原始生殖细胞（PGCs）到精原细胞（SPG）转变过程中的转录组动态和调控网络	首次全面解析了PGCs到SPG转变过程中的转录组动态，并鉴定出315个高度活跃的调控因子，其中非转录因子TAGLN2被验证对精原干细胞（SSCs）的维持和分化至关重要	研究仅基于小鼠模型，结果在人类或其他物种中的适用性尚需验证	阐明雄性生殖细胞发育过程中从PGCs到SPG转变的分子机制	小鼠雄性生殖细胞和性腺细胞	生殖生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
406	2025-04-25	Dysfunction of Endothelial Cell-Mediated Intercellular Communication and Metabolic Pathways in Age-Related Macular Degeneration 2025-Feb, Current eye research IF:1.7Q3 DOI:10.1080/02713683.2024.2407361 PMID:39329213	research paper	通过整合单细胞RNA测序数据，研究年龄相关性黄斑变性(AMD)中内皮细胞介导的细胞间通讯和代谢通路的异常	首次在AMD中揭示了内皮细胞介导的细胞间通讯网络的严重损伤，并发现了萎缩性和新生血管性AMD中不同的信号通路和代谢状态	未发现疾病特异性细胞类型或差异细胞比例	探索AMD的发病机制和潜在治疗靶点	视网膜和视网膜色素上皮/脉络膜组织中的细胞	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq, CellChat, GSVA	NA	RNA sequencing data	整合了6个项目的scRNA-seq数据
407	2025-04-25	Evidence of Alveolar Macrophage Metabolic Shift Following Stereotactic Body Radiation Therapy -Induced Lung Fibrosis in Mice 2025-Feb-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2024.09.018 PMID:39278419	研究论文	研究通过精确的立体定向体放射治疗模型，探讨了肺泡巨噬细胞在辐射诱导肺纤维化中的代谢变化及其作用	揭示了肺泡巨噬细胞从脂肪酸代谢向胆固醇生物合成的代谢转变，及其可能的促纤维化表型	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且样本量有限	探讨巨噬细胞在辐射诱导肺损伤中的作用及其代谢变化	小鼠模型中的肺泡巨噬细胞	放射生物学	肺纤维化	组织学、流式细胞术、单细胞RNA测序	CCR2 KO小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	野生型和CCR2 KO小鼠，具体数量未明确说明
408	2025-04-25	Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals Cancer-associated Fibroblast Signature for Prediction of Clinical Outcomes and Immunotherapy in Gastric Cancer 2025 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000539 PMID:39206772	研究论文	通过单细胞RNA测序分析胃癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs），建立CAF评分（CAFS）以预测患者预后和免疫治疗效果	首次利用单细胞RNA测序技术对胃癌中的CAFs进行分型，并开发CAFS评分系统预测免疫治疗效果	研究样本量未明确说明，且未提及外部验证队列的结果	发现能够预测胃癌免疫治疗效果的生物标志物	胃癌患者肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
409	2025-04-24	Instrumental variable estimation for compositional treatments 2025-02-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89204-9 PMID:39934389	研究论文	本文提出了一种在工具变量设置下处理成分数据的因果估计方法	首次在工具变量框架下考虑成分数据的因果解释，并开发了考虑成分样本空间特殊结构的多元方法	在合成和真实微生物组数据上的比较分析显示了该方法的优势和局限性	为成分数据提供有效的因果效应估计框架	成分数据(如生态学中的物种丰度、单细胞测序数据中的细胞类型组成、微生物组研究中的扩增子丰度数据)	统计学	NA	统计数据分析与回归技术	NA	成分数据	合成数据和真实微生物组数据
410	2025-04-24	Ag-driven CD8 + T cell clonal expansion is a prominent feature of MASH in humans and mice 2025-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000971 PMID:39047085	research paper	本研究探讨了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）中T细胞的表型和T细胞受体多样性	首次证实T细胞在MASH进展过程中经历抗原依赖性克隆扩增和功能分化	未明确驱动T细胞激活和克隆扩增的具体抗原靶点	解析MASH中T细胞在肝脏积累的原因及其在疾病中的功能	人类肝硬化患者和饮食诱导MASH小鼠模型中的肝脏驻留T细胞	免疫学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	5'单细胞测序和流式细胞术	NA	单细胞测序数据和流式细胞数据	人类肝硬化患者和饮食诱导MASH小鼠的肝脏T细胞样本
411	2025-04-24	Gene Regulation of Neutrophils Mediated Liver and Lung Injury through NETosis in Acute Pancreatitis 2025-Feb, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02071-w PMID:38884700	研究论文	本研究通过挖掘公共数据库中的SAP数据并结合实验验证，揭示了SAP介导的多器官损伤的关键分子机制	鉴定了参与SAP多器官损伤的关键基因FPR1、ITGAM和C5AR1，并证明抑制NETs形成可减轻SAP的严重程度及肝肺组织炎症水平	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明重症急性胰腺炎(SAP)介导多器官损伤的分子机制	小鼠胰腺组织（AP）、肝肺组织（SAP）及外周血样本	生物信息学与分子生物学	急性胰腺炎	转录组测序、RT-PCR、免疫组化、ELISA、免疫荧光	小鼠疾病模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量（来自GEO数据库的小鼠和人类数据集）
412	2025-04-24	Starfysh integrates spatial transcriptomic and histologic data to reveal heterogeneous tumor-immune hubs 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02173-8 PMID:38514799	research paper	介绍了一种名为Starfysh的计算工具箱，用于整合空间转录组学和组织学数据，以揭示肿瘤-免疫异质性中心	Starfysh无需单细胞RNA测序数据作为参考，利用深度生成模型和原型分析，结合已知细胞类型标记，表征已知或新的组织特异性细胞状态	未明确提及具体局限性	开发一种能够整合空间转录组学和组织学数据的计算工具，以更好地理解复杂组织中的空间动态和细胞间相互作用	原发性雌激素受体阳性乳腺癌、三阴性乳腺癌和化生性乳腺癌组织	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics (ST), single-cell RNA sequencing	deep generative model	spatial transcriptomic data, histology images	未明确提及具体样本数量
413	2025-04-24	Meteorin-like protein/METRNL/Interleukin-41 ameliorates atopic dermatitis-like inflammation 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16150 PMID:38727640	研究论文	本研究探讨了Meteorin样蛋白（METRNL）/白细胞介素-41（IL-41）在特应性皮炎（AD）中的功能和调控机制	首次揭示了METRNL通过结合KIT受体并调节WNT通路分子β-Catenin的活性来缓解AD炎症的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明METRNL在特应性皮炎中的功能和调控机制	特应性皮炎患者和小鼠模型	免疫学	特应性皮炎	多重免疫染色、单细胞RNA-seq、RNA-seq	小鼠AD模型	血清和皮肤样本	AD患者和小鼠模型
414	2025-04-24	The analysis of transcriptomic signature of TNBC-searching for the potential RNA-based predictive biomarkers to determine the chemotherapy sensitivity 2025-Feb, Journal of applied genetics IF:2.0Q3 DOI:10.1007/s13353-024-00876-x PMID:38722458	research paper	该研究通过RNA-seq分析三阴性乳腺癌（TNBC）患者的转录组特征，寻找预测化疗敏感性的RNA生物标志物	首次鉴定出24个在TNBC恶性细胞中特异性表达的基因，这些基因可能作为预测新辅助化疗反应的转录组特征	样本量较小（46例FFPE样本），需要在更大样本中验证这些标志物的预测价值	寻找能够预测TNBC患者新辅助化疗疗效的RNA生物标志物	三阴性乳腺癌（TNBC）患者和乳腺癌细胞系	digital pathology	breast cancer	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	PLSR	转录组数据	46例FFPE TNBC样本（26例pCR，20例pPR）和63个乳腺癌细胞系
415	2025-04-24	The potential molecular markers of inflammatory response in KOA with AD based on single-cell transcriptome sequencing analysis and identification of ligands by virtual screening 2025-Feb, Molecular diversity IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11030-024-10854-4 PMID:38622351	research paper	本研究通过单细胞转录组测序分析和虚拟筛选技术，探索了KOA患者中慢性无菌性炎症可能导致AD的分子机制，并筛选了潜在的分子标志物和药物	首次结合单细胞转录组测序和虚拟筛选技术，识别了KOA与AD关联的潜在分子标志物TXNIP、MMP3和MMP13，并发现了针对这些标志物的潜在药物	研究尚未通过实验验证筛选出的药物在实际治疗中的效果	探索KOA影响AD发展的分子机制，并筛选预测、诊断和预后AD的分子标志物和药物	KOA患者与AD之间的分子关联	digital pathology	geriatric disease	single-cell transcriptome sequencing, virtual screening, molecular dynamics simulation	NA	transcriptome data	NA
416	2025-04-24	Unraveling the metastatic niche in breast cancer bone metastasis through single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03594-2 PMID:39066875	研究论文	通过单细胞RNA测序和TCGA数据分析，研究乳腺癌骨转移中的转移微环境	识别了乳腺癌骨转移中的转移微环境特征，包括癌症相关成纤维细胞的增加和免疫细胞的减少，并发现了一种与不良预后相关的特定亚型（State 1）	未提及样本量的具体限制，可能需要在更大样本中验证结果	研究乳腺癌骨转移的转移微环境，为靶向治疗提供新视角	乳腺癌原发肿瘤、淋巴结转移和骨转移样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、TCGA数据分析	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本量
417	2025-04-24	Ferroptosis-Related Gene Signatures in Epilepsy: Diagnostic and Immune Insights 2025-Feb, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04385-0 PMID:39052183	研究论文	该研究探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在癫痫中的作用及其与免疫反应的关联	首次揭示了7个关键基因（TFRC、POR、PTGS2、RELA、PGD、TRIM21和QSOX1）在癫痫样本中的重要作用，并构建了具有高诊断效能的模型	研究样本量相对较小（91例患者），且机制研究仍需进一步深入	探究铁死亡相关基因在癫痫发病机制中的作用及其诊断潜力	癫痫患者和小鼠癫痫脑组织	生物医学	癫痫	qRT-PCR、CIBERSORT、MCP-counter、WGCNA、scRNA-seq	诊断模型	基因表达数据	91例癫痫患者和小鼠癫痫脑组织
418	2025-04-24	Distinct immunometabolic signatures in circulating immune cells define disease outcome in acute-on-chronic liver failure 2025-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000907 PMID:38761406	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了急性慢性肝衰竭（ACLF）患者循环免疫细胞的免疫代谢特征及其与疾病结果的关系	首次在ACLF患者中识别出两种不同的经典单核细胞状态，并发现这些状态与疾病恢复或非恢复相关	研究样本量有限，且未探讨这些免疫代谢特征是否在其他肝病中普遍存在	探究ACLF患者循环免疫细胞的免疫代谢特征与疾病结果的关系	ACLF患者、急性失代偿性肝硬化患者和健康个体的循环免疫细胞	免疫代谢	肝衰竭	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	ACLF患者、急性失代偿性肝硬化患者和健康个体的循环免疫细胞样本
419	2025-04-24	Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02186-3 PMID:38580861	research paper	该论文提出了一种名为GeneTrajectory的新方法，通过最优传输度量从单细胞RNA测序数据中推断基因轨迹而非细胞轨迹	创新性地提出了基于基因分布而非细胞轨迹的基因动态推断方法，解决了现有细胞伪时序方法在并发基因过程分析中的局限性	未明确说明方法在复杂生物系统或大规模数据集中的计算效率问题	开发新的计算方法以更准确地解析生物过程中基因的动态变化规律	单细胞RNA测序数据中的基因表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	最优传输(optimal transport)模型	基因表达数据	涉及小鼠皮肤毛囊真皮凝聚细胞分化等生物过程的单细胞数据
420	2025-04-24	The covariance environment defines cellular niches for spatial inference 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02193-4 PMID:38565973	研究论文	本文提出了一种名为COVET的表示方法，用于捕捉细胞邻域或生态位中的多变量相互作用，并开发了ENVI模型，用于联合嵌入空间和单细胞RNA测序数据	引入了COVET表示方法，利用基因-基因协变结构捕捉细胞生态位的多变量相互作用，并开发了ENVI模型，能够将空间和单细胞RNA测序数据联合嵌入潜在空间	未明确提及具体限制，可能需要进一步验证在大规模数据集上的性能	解决高分辨率空间分析技术中细胞邻域特征的表示问题	细胞邻域或生态位	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序	条件变分自编码器（ENVI）	空间和单细胞RNA测序数据	数百万细胞