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当前共找到 639 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-09-13 |
scatterbar: an R package for visualizing proportional data across spatially resolved coordinates
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf047
PMID:39888860
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研究论文 | 开发了一个用于在空间坐标上可视化比例数据的R包scatterbar，通过散点堆叠条形图增强比例分布的可区分性 | 提出了散点堆叠条形图作为散点饼图的替代方案，提高了比例趋势识别和空间位置比例差异比较的准确性 | 未明确提及 | 解决在空间解析坐标上显示比例数据的可视化难题，提高数据可视化的视觉显著性和解释准确性 | 空间转录组学数据中的比例数据，特别是成年小鼠大脑的细胞类型比例数据 | 空间转录组学数据可视化 | NA | NA | NA | 图像、比例数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 22 | 2026-09-13 |
Trajectory Inference with Cell-Cell Interactions (TICCI): intercellular communication improves the accuracy of trajectory inference methods
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf027
PMID:39898810
|
研究论文 | 本文提出了一种名为TICCI的新方法，通过整合细胞间通讯信息来改进单细胞转录组数据的细胞分化轨迹推断 | 首次将细胞间通讯信息整合到轨迹推断中，在单细胞分辨率下提出细胞间相互作用（CCI）概念，假设基因表达相似性更高的细胞更可能通过生物分子介质交换信息，并结合Louvain分区、单细胞熵（scEntropy）、Chu-Liu算法和改进的扩散拟合时间算法构建轨迹 | 未明确提及局限性，仅支持MS Windows平台，需要在R和Python环境下运行 | 解决现有细胞分化轨迹推断算法面临的高维度、噪声以及需要用户具备一定生物学先验知识等挑战 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集中的细胞分化轨迹 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Louvain分区、Chu-Liu算法、改进的扩散拟合时间算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-09-13 |
ELLIPSIS: robust quantification of splicing in scRNA-seq
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf028
PMID:39936571
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研究论文 | 该文章开发了ELLIPSIS工具，用于在scRNA-seq数据中稳健地量化可变剪接，并应用于胶质母细胞瘤数据以识别肿瘤核心与浸润性癌细胞之间的差异剪接基因 | 利用局部观察到的读段覆盖度，结合流量守恒和细胞类型内相似性属性，实现scRNA-seq中稳健的剪接量化，并能量化新发剪接事件 | 摘要中未明确说明该方法的局限性 | 开发一种能够在scRNA-seq数据中稳健量化可变剪接的工具，以解决低且不均匀覆盖度带来的挑战 | 模拟数据和胶质母细胞瘤scRNA-seq数据 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | scRNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2026-09-13 |
SCEMENT: scalable and memory efficient integration of large-scale single-cell RNA-sequencing data
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf057
PMID:39985442
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研究论文 | 该文章提出了一种名为SCEMENT的可扩展且内存高效的单细胞RNA测序数据整合方法，通过扩展ComBat中的线性回归模型至无监督稀疏矩阵设置，实现对大规模单细胞数据的准确整合 | 将ComBat中的线性回归模型扩展至无监督稀疏矩阵设置，并开发了并行算法，实现了对大规模单细胞RNA测序数据的高效整合，运行速度最高提升214倍，内存使用降低最多17.5倍 | 文章未明确提及局限性 | 解决现有单细胞RNA测序数据整合算法在处理大规模数据集和数百万细胞时面临的扩展性和内存效率问题 | 大规模单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性回归模型 | 文本 | 数十至数百个真实单细胞RNA测序数据集，涉及数百万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2026-09-10 |
Anti-inflammatory actions of ripasudil ameliorate experimental autoimmune uveoretinitis in the acute phase
2025-02-27, BMJ open ophthalmology
IF:2.0Q2
DOI:10.1136/bmjophth-2024-001981
PMID:40021201
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研究论文 | 本研究评估了Rho激酶抑制剂利帕舒地尔在实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎发病初期给药的抗炎作用，并探讨其抑制机制。 | 首次在EAU模型中评估利帕舒地尔从疾病发作期开始给药的治疗效果，并利用单细胞RNA测序分析其靶向的T细胞亚群。 | 尚未明确利帕舒地尔对其他免疫细胞的影响及长期治疗的安全性。 | 评估利帕舒地尔在EAU发作期给药对眼部炎症的抑制作用，并阐明其机制。 | 野生型C57BL/6小鼠的实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎模型。 | 免疫学 | 葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达谱 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 26 | 2026-09-10 |
Targeting RECQL4 in hepatocellular carcinoma: from prognosis to therapeutic potential
2025-02-25, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02107-6
PMID:40001159
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研究论文 | 本研究评估了RECQL4在肝细胞癌中的预后价值，并探讨其与生物学过程、血管生成、免疫浸润、免疫检查点及药物敏感性的关联 | 首次综合评估RECQL4在肝细胞癌中的临床预后价值，并利用多组学数据分析其与血管生成、免疫浸润和药物敏感性的关联 | 基于数据库的分析存在局限性，且实验验证仅限于细胞系，缺乏体内实验 | 评估RECQL4作为肝细胞癌预后标志物的临床价值，并探讨其与多种生物学过程、血管生成、免疫浸润及药物敏感性的关联 | 肝细胞癌肿瘤组织样本及Hep3B、Huh7肝癌细胞系和MHA正常肝细胞系 | 癌症基因组学，数字病理学 | 肝细胞癌 | TCGA数据分析，qPCR，Western blotting，CCK-8检测，EdU检测，克隆形成实验，伤口愈合实验，Transwell实验 | NA | 基因表达数据，单细胞RNA-seq数据，细胞实验数据 | TCGA数据库中的肝细胞癌样本及细胞系样本 | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2026-09-10 |
Analysis of ferroptosis-related genes in cerebral ischemic stroke via immune infiltration and single-cell RNA-sequencing
2025-02-11, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02098-4
PMID:39934808
|
研究论文 | 通过免疫浸润分析和单细胞RNA测序，研究脑缺血性卒中中的铁死亡相关基因，寻找潜在的早期诊断生物标志物。 | 首次将铁死亡相关基因与免疫浸润分析及单细胞RNA测序结合，发现Nfe2l2为潜在生物标志物，并揭示铁死亡可能通过Nfe2l2/HO-1通路被抑制。 | 摘要中未提及具体局限性。 | 探讨脑缺血性卒中中铁死亡相关生物标志物及其对免疫浸润的影响，为IS早期诊断和治疗提供新思路。 | 脑缺血性卒中相关铁死亡基因及免疫细胞浸润、单细胞RNA-seq数据、小鼠模型。 | 生物信息学、单细胞测序 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA测序、western blot、HE染色、Nissl染色、ROS荧光染色、免疫组化、qRT-PCR | NA | 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、图像、蛋白质表达数据 | 未明确提及，涉及小鼠模型和数据库数据。 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2026-09-09 |
Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics
2025-02, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029
PMID:39919554
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研究论文 | 利用单细胞转录组学技术解析小鼠肝脏中药物代谢酶、转运蛋白和转录因子的细胞类型特异性和分区分布 | 首次系统性地描述了药物加工基因在小鼠肝脏不同细胞类型和不同分区中的基线mRNA富集情况，特别是在非实质细胞和肝细胞区1中的分布 | 信息未提供 | 利用已发表的单细胞和细胞核转录组数据集，表征小鼠肝脏中药物加工基因的分布特征 | 小鼠肝脏细胞，包括实质细胞和非实质细胞，如肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、库普弗细胞、星状细胞、肌成纤维细胞及免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 药物性肝损伤 | 单细胞RNA测序 | Seurat V5聚类分析 | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 未明确说明，使用已发表的单细胞和核转录组数据集 | 未明确说明 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 未明确说明 | 使用了已发表的单细胞和核转录组数据集，具体平台未在摘要中提及 |
| 29 | 2026-09-07 |
Deep learning-based cell-specific gene regulatory networks inferred from single-cell multiome data
2025-Feb-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf138
PMID:40037709
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研究论文 | 开发了深度学习框架scMultiomeGRN，整合单细胞多组学数据推断细胞类型特异的基因调控网络 | 通过模态特异性邻居聚合器和跨模态注意力模块，创新性地整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据以学习转录因子的潜在表示 | 由于摘要未提及研究限制，此处不适用 | 从单细胞多组学数据中推断细胞类型特异的转录因子调控网络 | 转录因子及其调控网络，涉及健康和疾病状态下的多种基准数据集 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序 | 深度学习 | 单细胞多组学数据 | 多个涉及健康和疾病的基准数据集 | 不适用 | 单细胞ATAC测序, 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 30 | 2026-09-05 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
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研究论文 | 介绍了一种名为SpaceBar的细胞条形码策略，用于在空间转录组数据中同时进行克隆追踪和空间基因表达分析 | 开发了由96种合成条形码序列组成的文库，可被成像型空间转录组学（seqFISH）稳健检测，并结合基因评分指标区分内在细胞信号与外在环境信号驱动的转录调控 | 未明确提及 | 实现空间转录组数据中的克隆追踪及其与基因表达分析的联合应用，并区分克隆动态与环境驱动的转录调控 | 肿瘤异种移植模型中的黑色素瘤细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | seqFISH空间转录组学、细胞条形码 | NA | 空间基因表达数据 | NA（未明确样本数量） | NA | 空间转录组学 | seqFISH | 成像型空间转录组学（seqFISH） |
| 31 | 2026-09-04 |
Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model
2025-02-19, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387
PMID:39970235
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研究论文 | 本研究通过抑制机械转导（YAP）在猪伤口模型中预防瘢痕形成并促进再生，验证了创伤后立即使用维替泊芬的有效性，并通过单细胞RNA测序和空间蛋白组学揭示了成纤维细胞和髓系细胞的变化 | 在大型哺乳动物（猪）模型中首次证明单次YAP抑制足以预防瘢痕并驱动再生，并利用空间蛋白组学和单细胞测序揭示了促再生/促纤维化成纤维细胞亚群及IL-33信号轴 | 研究未完全阐明YAP抑制的长期安全性，且人源异种移植模型可能不完全代表人类创伤愈合过程 | 评估YAP抑制在猪伤口模型中的抗瘢痕和促再生作用，并探索潜在机制以支持临床转化 | 红色杜洛克猪伤口、人类新生儿包皮异种移植模型中的伤口细胞 | 数字病理学 | 疤痕（瘢痕） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间蛋白组学 | NA | 基因表达数据、空间蛋白组数据 | 使用猪伤口样本及人类新生儿包皮异种移植模型，具体数量未提供 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 32 | 2026-09-04 |
Single-cell analysis of neoplastic plasma cells identifies myeloma pathobiology mediators and potential targets
2025-Feb-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101925
PMID:39855192
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞B细胞受体测序，区分多发性骨髓瘤中的单克隆/肿瘤性浆细胞与多克隆/正常浆细胞，识别出更多失调基因，并验证了多个潜在治疗靶点 | 结合scRNA-seq与scBCR-seq区分肿瘤性与正常浆细胞，发现比批量分析更多的失调基因，特别是在前驱症状患者中，并验证了MAD2L1、MAT2A和LAMP5作为新靶点，以及基于LAMP5的靶向治疗策略 | 未在摘要中明确提及局限性 | 识别多发性骨髓瘤病理生物学介导因子和潜在治疗靶点 | 多发性骨髓瘤患者的前驱细胞和肿瘤性浆细胞 | 单细胞分析 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, 单细胞B细胞受体测序, 抗体药物偶联物, 嵌合抗原受体T细胞技术 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞B细胞受体序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞B细胞受体测序 | NA | NA |
| 33 | 2026-09-03 |
Batch correcting single-cell spatial transcriptomics count data with Crescendo improves visualization and detection of spatial gene patterns
2025-Feb-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03479-9
PMID:40001084
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研究论文 | 提出Crescendo算法，用于校正空间转录组学数据的批次效应，提升基因空间模式的可视化和检测 | 首次在单细胞空间转录组数据中应用基因表达水平的批次校正，并展示其跨数据规模和技术的可扩展性 | 未提及 | 开发Crescendo算法以校正空间转录组学数据中的批次效应，从而改善基因空间模式的可视化和检测 | 来自三个数据集、涵盖170,000至700万个单细胞的空间及单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | Crescendo算法 | 基因表达数据 | 三个数据集，涵盖17万至700万个单细胞 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2026-09-03 |
Dysfunction of Endothelial Cell-Mediated Intercellular Communication and Metabolic Pathways in Age-Related Macular Degeneration
2025-02, Current eye research
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/02713683.2024.2407361
PMID:39329213
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据，综合分析年龄相关性黄斑变性（AMD）中视网膜和视网膜色素上皮/脉络膜组织的细胞类型、基因表达及信号通路变化 | 首次整合多个scRNA-seq项目对AMD样本进行全面分析，揭示黄斑区与周边区内皮细胞介导的细胞通讯受损及不同AMD亚型中代谢通路差异 | 未发现疾病特异性细胞类型或细胞比例差异，可能受样本量及分析方法的局限 | 通过高通量测序分析发现AMD的特异性特征，探索其机制和潜在治疗靶点 | AMD患者的视网膜及视网膜色素上皮/脉络膜组织样本，特别是黄斑区和周边区 | 数字病理学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | CellChat | 单细胞转录组数据 | 整合六个包含AMD样本的scRNA-seq项目（未具体说明样本数） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2026-09-03 |
CD137 Protein Expression Pattern Determines the Functional Role of Galectin-9 in Colorectal Cancer
2025-02, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.23838
PMID:39503215
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研究论文 | 本研究通过分析结直肠癌单细胞测序数据，开发基于13个关键基因的预后评分系统，并探讨LGALS9基因在CD137表达变化下的功能角色 | 利用Scissor算法构建结直肠癌预后评分系统，并首次揭示LGALS9的作用依赖于CD137表达状态，提出CD137作为预测治疗效果的潜在指标 | 研究基于小鼠模型和单细胞数据，需进一步在临床样本中验证，且CD137表达异质性对结果的影响需深入探究 | 开发结直肠癌临床预后工具并探索LGALS9作为治疗靶点的潜力 | 结直肠癌患者样本、小鼠结直肠癌模型，表达CD137不同水平 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 数据来自结直肠癌单细胞测序和动物模型，具体数量未提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2026-09-02 |
O-GlcNAcylation attenuates ischemia-reperfusion-induced pulmonary epithelial cell ferroptosis via the Nrf2/G6PDH pathway
2025-02-04, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02126-w
PMID:39901237
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研究论文 | 本研究探讨了O-GlcNAc修饰通过Nrf2/G6PDH通路减轻缺血再灌注引起的肺上皮细胞铁死亡的作用机制 | 首次揭示O-GlcNAc修饰通过O-GlcNAc转移酶1调控Nrf2/G6PDH通路，增强肺上皮细胞对铁死亡的抵抗，为肺缺血再灌注损伤的治疗提供新靶点 | 研究主要基于细胞和小鼠模型，临床样本数据有限，且未深入探讨其他潜在机制 | 探究O-GlcNAc修饰对肺缺血再灌注损伤中铁死亡的影响及其分子机制 | 肺上皮细胞和小鼠肺组织 | 分子生物学 | 肺缺血再灌注损伤 | 单细胞测序、蛋白质组学、染色质免疫沉淀、双荧光素酶报告基因实验 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞测序数据、蛋白质组学数据 | 未提供具体样本量 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 37 | 2026-09-01 |
LMNA R482L mutation causes impairments in C2C12 myoblasts subpopulations, alterations in metabolic reprogramming during differentiation, and oxidative stress
2025-02-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-88219-6
PMID:39948343
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研究论文 | 本研究探讨了LMNA R482L突变对C2C12成肌细胞亚群的影响，以及分化过程中的代谢重编程改变和氧化应激 | 首次通过单细胞RNA测序研究LMNA-R482L突变对C2C12肌母细胞转录多样性和亚群组成的影响，揭示了突变引起的群体特异性基因表达变化及其与代谢和氧化应激的关联 | 研究主要基于体外培养的转基因小鼠C2C12细胞系，未涉及体内模型；R482L突变的影响可能在其他细胞类型或体内环境中有所不同 | 探究LMNA-R482L突变如何影响骨骼肌细胞的功能特性，特别是转录多样性、代谢重编程和氧化应激机制 | 转基因小鼠C2C12成肌细胞系中的LMNA-R482L突变细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | 转录组数据，基因表达数据 | 体外培养的C2C12细胞系（对照组和突变组） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 38 | 2026-08-30 |
Spatiotemporal transcriptomics elucidates the pathogenesis of fulminant viral myocarditis
2025-02-10, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02143-9
PMID:39924580
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研究论文 | 通过单核和空间转录组学分析柯萨奇病毒B3诱导的暴发性心肌炎小鼠模型，揭示发病机制及治疗靶点 | 首次利用单核和空间转录组学对暴发性心肌炎进行时间序列的全景分析，发现间皮细胞作为病毒初始靶点及IFN-γ/Spi1轴在心肌损伤中的作用 | 研究基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 阐明暴发性心肌炎的发病机制并探索治疗靶点 | 柯萨奇病毒B3诱导的暴发性心肌炎A/J小鼠 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 7个时间点的小鼠心脏样本 | 10x Genomics | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单核3'、10x Visium空间转录组（FFPE） |
| 39 | 2026-08-30 |
Single-cell transcriptomics reveals novel chondrocyte and osteoblast subtypes and their role in knee osteoarthritis pathogenesis
2025-02-05, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02136-8
PMID:39904988
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学构建双足绝经后膝骨关节炎小鼠模型，鉴定软骨细胞和成骨细胞的新型亚型及其在膝骨关节炎发病机制中的作用 | 首次在膝骨关节炎小鼠模型中识别出三种新型软骨细胞亚型（Smoc2、Angptl7和Col1a1）及Sparc成骨细胞亚型，并揭示Angptl7软骨细胞通过FGF2-FGFR2信号通路促进血管生成和H型血管形成，以及Sparc成骨细胞负调控骨矿化 | 未提及具体局限性 | 探讨膝骨关节炎中亚chondral骨重塑与软骨退变之间的相互作用，为治疗提供新靶点 | 双足绝经后膝骨关节炎小鼠模型的骨软骨复合组织 | 单细胞转录组学 | 膝骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2026-08-29 |
paraCell: a novel software tool for the interactive analysis and visualization of standard and dual host-parasite single-cell RNA-seq data
2025-Feb-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf091
PMID:39988320
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研究论文 | 介绍了一种名为paraCell的新型软件工具，用于交互式分析和可视化标准及双宿主-寄生虫单细胞RNA-seq数据 | paraCell无需编程能力即可可视化和分析预加载的单细胞数据，并支持宿主-寄生虫相互作用的双RNA-seq数据分析 | 文中未提及明确的局限性 | 为寄生虫学领域提供无需编程技能的单细胞数据分析工具，促进数据整合和可视化 | 疟原虫、锥虫、弓形虫-小鼠和泰勒虫-牛的单细胞RNA-seq数据集 | 生物信息学 | 寄生虫病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包含疟原虫和锥虫的公开数据集，以及弓形虫-小鼠和泰勒虫-牛的新生成数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |