单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 649 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-12-29 |
Single-cell sequencing reveals that AK5 inhibits apoptosis in AD oligodendrocytes by regulating the AMPK signaling pathway
2025-Feb-08, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-025-10311-x
PMID:39921763
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示AK5通过调节AMPK信号通路抑制阿尔茨海默病少突胶质细胞凋亡 | 首次在单细胞水平揭示AK5在AD少突胶质细胞中的抗凋亡作用及其通过AMPK信号通路的调控机制 | 研究主要基于生物信息学分析和细胞实验，缺乏动物模型验证和临床样本的直接功能验证 | 探究AK5在阿尔茨海默病能量代谢和神经炎症中的作用机制 | 阿尔茨海默病患者样本和少突胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序, RNA-seq | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 来自GEO公共数据库的AD和正常样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2025-12-29 |
Single-cell RNA sequencing of neonatal cortical astrocytes reveals versatile cell clusters during astrocyte-neuron conversion
2025-Feb-03, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-025-10309-5
PMID:39899158
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了新生小鼠皮层星形胶质细胞在体外向神经元转化过程中的异质性，并识别出具有更高转化潜能的星形胶质细胞亚群 | 首次在星形胶质细胞向神经元转化的关键时间点进行单细胞RNA测序分析，识别出三个基于基因表达模式的星形胶质细胞亚群，并发现Astrocyte 3亚群具有更高的神经元转化倾向，为转化效率提升提供了新见解 | 研究基于体外培养系统，可能无法完全反映体内环境的复杂性；样本来源仅限于新生小鼠皮层，限制了结果在其他年龄或脑区的普适性 | 探究星形胶质细胞异质性对其向神经元转化潜能的影响 | 新生小鼠皮层星形胶质细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 在体外转化过程中的关键时间点（第1天和第9天）采集的细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2025-12-24 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaceBar的细胞条形码策略，能够同时实现克隆追踪和空间转录组学分析 | 开发了一种使用96个合成条形码序列的细胞条形码策略，通过成像空间转录组学（seqFISH）检测，实现克隆追踪与空间基因表达分析的结合 | NA | 在复杂组织环境中区分克隆动态与环境驱动的转录调控 | 黑色素瘤细胞在肿瘤异种移植模型中的应用 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 成像空间转录组学（seqFISH），细胞条形码技术 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 24 | 2025-12-20 |
The tree labeling polytope: a unified approach to ancestral reconstruction problems
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.14.638328
PMID:40027631
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研究论文 | 本文提出了一种基于树标记多面体的统一方法，用于解决系统发育树中的祖先状态重建问题，并展示了其在多种现代应用中的有效性 | 引入了树标记多面体这一几何框架，将祖先重建问题转化为线性规划问题，并支持额外全局约束的整合，相比传统动态规划方法更具灵活性和扩展性 | NA | 开发一种统一的多面体方法，以高效解决系统发育树中的祖先状态重建问题，特别是在存在额外全局约束的情况下 | 系统发育树及其祖先状态标记 | 计算生物学 | 肺癌 | 线性规划、混合整数规划 | NA | 系统发育树数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 25 | 2025-12-18 |
Spatial Transcriptomics of the Respiratory System
2025-02, Annual review of physiology
IF:15.7Q1
|
综述 | 本文综述了呼吸系统中空间转录组学技术的应用，包括常用工作流程、优势与局限，以及机器学习和人工智能在空间数据分析中的最新进展 | 整合了空间转录组学技术与计算工具（如机器学习和深度学习），以解决肺部细胞类型在三维空间中相互作用的理解挑战，并展示了在肺发育、COVID-19、肺癌和纤维化等疾病中的新见解 | NA | 理解呼吸系统中细胞类型在三维空间中的相互作用，以促进对肺部功能（如气流、气体交换和屏障功能）在健康和疾病状态下的认识 | 呼吸系统，包括肺部和气道 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | 机器学习，深度学习 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 26 | 2025-12-17 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Feb-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6050441/v1
PMID:40034439
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研究论文 | 本文提出了一种名为随机空间主成分分析（RASP）的计算高效方法，用于高分辨率空间转录组数据的降维处理 | RASP采用随机化两阶段PCA框架，结合稀疏矩阵运算和可配置的空间平滑，相比现有方法计算速度提升数个数量级，可处理超过10万个空间位置的数据，并支持非转录组协变量的灵活整合 | NA | 开发一种计算高效的空间感知降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析 | 人类和小鼠组织的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 随机化主成分分析（PCA） | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, 以及Stereo-Seq和MERFISH技术 |
| 27 | 2025-12-12 |
Heterogeneity of tertiary lymphoid structures predicts the response to neoadjuvant therapy and immune microenvironment characteristics in triple-negative breast cancer
2025-Feb, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02917-y
PMID:39658606
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色和影像组学技术，评估了三阴性乳腺癌患者新辅助治疗前后三级淋巴结构的异质性及其与肿瘤微环境和治疗反应的关系 | 首次系统评估了三阴性乳腺癌中三级淋巴结构的异质性，并开发了基于影像的生物标志物评分系统来预测其状态和新辅助治疗效果 | 未明确说明样本量大小，且研究可能受限于单中心数据 | 探究三级淋巴结构在三阴性乳腺癌新辅助治疗中的免疫调节作用及其预测价值 | 三阴性乳腺癌患者样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光染色, 影像组学 | NA | RNA序列数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2025-12-11 |
Mechanisms and strategies of immunosenescence effects on non-small cell lung cancer (NSCLC) treatment: A comprehensive analysis and future directions
2025-Feb, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2025.01.001
PMID:39793777
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综述 | 本文全面分析了免疫衰老对非小细胞肺癌（NSCLC）治疗的影响机制及策略，并探讨了未来研究方向 | 系统整合了免疫衰老的分子、细胞和遗传机制，并探讨了其在NSCLC肿瘤微环境中的作用，以及如何利用新兴技术（如单细胞测序和CRISPR-Cas9）作为治疗靶点 | 作为一篇综述文章，未涉及原始实验数据，主要基于现有文献进行分析，可能缺乏对最新临床数据的即时覆盖 | 分析免疫衰老对NSCLC治疗的影响，并探索优化老年患者免疫治疗的策略 | 非小细胞肺癌（NSCLC）及其与免疫衰老相关的免疫细胞（如T细胞、B细胞、NK细胞和巨噬细胞） | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞测序、CRISPR-Cas9 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2025-12-05 |
Joint imputation and deconvolution of gene expression across spatial transcriptomics platforms
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638195
PMID:40027720
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研究论文 | 本文提出了一种名为SIID的算法，用于整合不同空间转录组学平台的数据，通过联合非负矩阵分解模型实现基因表达的插补和细胞类型特异性表达的解卷积 | 首次提出能够同时处理空间转录组数据插补和解卷积的联合模型，通过空间对齐和联合非负矩阵分解，有效整合不同分辨率和技术特点的平台数据 | 算法性能依赖于配对数据集的质量和空间对齐的准确性，在技术平台差异过大时可能效果受限 | 开发能够整合不同空间转录组学平台数据的算法，实现基因表达插补和细胞类型解卷积 | 空间转录组学数据，特别是来自不同技术平台（如10x Genomics Visium和Xenium）的配对数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 结肠癌 | 空间转录组学技术 | 联合非负矩阵分解模型 | 空间基因表达数据 | 人类乳腺癌和结肠癌组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium（全转录组，多细胞分辨率）, 10x Xenium（靶向数百个基因，亚细胞分辨率） |
| 30 | 2025-11-30 |
Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637114
PMID:39975212
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研究论文 | 通过深度表型分析揭示人类皮肤中黑色素细胞亚群的体细胞突变特征及其空间分布 | 首次发现低突变负荷黑色素细胞亚群在日光损伤皮肤中的持续存在，并揭示其干细胞特性及毛囊保护性微环境 | 样本量相对有限（31名供体），主要关注体细胞突变而未深入探讨其他分子机制 | 探究人类皮肤黑色素细胞的稳态调控机制和亚群异质性 | 人类皮肤黑色素细胞 | 单细胞生物学 | 皮肤疾病 | 单细胞空间转录组测序 | NA | 基因表达数据、突变数据、形态学数据 | 31名供体的297个黑色素细胞 | 10x Genomics | 单细胞空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium单细胞空间转录组平台 |
| 31 | 2025-11-29 |
A CRISPR view on genetic screens in Toxoplasma gondii
2025-02, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2024.102577
PMID:39778479
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综述 | 本文综述了CRISPR-Cas9基因组编辑技术在弓形虫基因筛选研究中的应用现状与发展前景 | 重点介绍了将CRISPR-Cas9筛选技术应用于非生存相关表型研究的最新进展，包括条件系统与成像、单细胞RNA测序等创新方法 | 存在当前技术局限性，需要进一步开发完善 | 探讨CRISPR-Cas9筛选技术在顶复门寄生虫弓形虫研究中的应用 | 弓形虫及其与宿主的相互作用 | 基因组编辑 | 寄生虫感染 | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 成像技术 | NA | 基因组数据, 表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2025-11-27 |
The endothelial growth factor Angiopoietin-2 is an accurate prognostic biomarker in patients with acetaminophen-induced acute liver failure
2025-Feb-21, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.02.19.25322567
PMID:40034764
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研究论文 | 本研究评估血管生成素-2作为对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭预后生物标志物的价值 | 首次发现血管生成素-2在急性肝衰竭患者中具有优越的预后预测价值，特别是在早期就诊患者中优于MELD评分 | 样本量相对有限（总样本量110例），需要在更大规模研究中进一步验证 | 评估血管生成素-2作为对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭预后生物标志物的有效性 | 对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭患者 | 生物标志物研究 | 急性肝衰竭 | 单细胞RNA测序, ELISA | NA | 基因表达数据, 临床数据 | 两个独立队列共123例患者（凤凰队列43例，ALFSG队列80例），合并分析110例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 33 | 2025-11-05 |
STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.636505
PMID:40027655
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研究论文 | 提出了一种用于评估空间转录组学数据聚类性能的计算框架STEAM | 开发了首个专门针对空间转录组学数据聚类性能评估的计算流程，结合机器学习分类和预测方法，支持多样本训练和跨重复样本的聚类一致性评估 | NA | 解决空间转录组学数据聚类结果验证困难的问题，提供标准化评估框架 | 空间转录组学数据的聚类算法性能 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学，机器学习分类 | 机器学习分类算法 | 空间转录组学数据，空间蛋白质组学数据 | 多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 34 | 2025-10-31 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data
2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636138
PMID:39974940
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研究论文 | 介绍了一个用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征的快速准确工具scBSP | 利用稀疏矩阵运算显著提高计算效率，能够处理数百万细胞级别的二维和三维数据，是目前处理此类数据最快的工具 | NA | 开发高效识别空间组学数据中空间可变特征的计算工具 | 空间组学数据中的空间可变基因和空间可变峰 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间组学测序 | 稀疏矩阵运算 | 空间组学数据 | 181,367个位点，19,950个基因 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium空间转录组平台 |
| 35 | 2025-10-29 |
Altered immune landscape of cervical lymph nodes reveals Epstein-Barr virus signature in multiple sclerosis
2025-02-21, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adl3604
PMID:39982975
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研究论文 | 通过单细胞测序分析多发性硬化症患者颈深淋巴结的免疫景观，揭示EB病毒在疾病发病机制中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和细胞转录组与表位索引技术，发现多发性硬化症患者颈深淋巴结中EB病毒特征性B细胞异常 | 样本量有限，仅针对新诊断未治疗患者，需要更大规模研究验证 | 探究EB病毒感染与多发性硬化症发病机制的关联 | 多发性硬化症患者的颈深淋巴结组织和唾液样本 | 单细胞测序分析 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序, 细胞转录组与表位索引测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表位数据, DNA数据 | 新诊断未治疗的多发性硬化症患者（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 36 | 2025-10-28 |
Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637521
PMID:39990382
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研究论文 | 本研究通过细胞增殖动力学分析揭示多刺小鼠复杂组织再生的特定细胞状态机制 | 首次发现基质细胞在损伤后快速重新进入细胞周期并维持严格的时空控制，识别出CRABP1+和αSMA+等与再生特异性相关的关键细胞类型 | 未明确说明样本规模，且对年轻小鼠中类似成纤维细胞无法促进再生的机制解释有限 | 探索哺乳动物复杂组织再生过程中的细胞增殖动力学和特定细胞状态 | 多刺小鼠(Acomys spp.)和实验室小鼠的耳组织再生过程 | 发育生物学 | 组织损伤修复 | 时间脉冲追踪实验、免疫染色、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据、免疫染色图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 37 | 2025-10-15 |
Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers
2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.05.592608
PMID:38766132
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研究论文 | 提出一种基于Transformer的自监督空间域检测工作流程CellTransformer，用于小鼠大脑精细区域发现 | 开发了新颖的编码器-解码器架构CellTransformer，能够分层学习组织特征，并实现多百万细胞数据集的扩展分析 | NA | 解决器官尺度空间转录组数据分析中的关键瓶颈，实现精细组织空间域的检测 | 小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，自监督学习 | Transformer，编码器-解码器架构 | 空间转录组数据 | 900万细胞，200多个组织切片，4只小鼠 | NA | 空间转录组学，MERFISH，Slide-seqV2 | NA | NA |
| 38 | 2025-10-15 |
Resident synovial macrophages in synovial fluid: Implications for immunoregulation
2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2024.110422
PMID:39701169
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术鉴定滑液中的常驻滑膜巨噬细胞，探讨其在滑膜屏障完整性评估和炎症性关节炎中的作用 | 首次在人类滑液中鉴定常驻滑膜巨噬细胞，并建立新型体外组织块模型验证发现 | 研究未明确这些细胞在滑膜屏障破坏后是否持续或引发慢性炎症 | 研究常驻滑膜巨噬细胞在滑液中的存在及其与滑膜屏障完整性的关联 | 人类滑液样本和滑膜组织 | 免疫学 | 关节炎 | 单细胞RNA测序 | 体外组织块模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2025-10-08 |
Causal differential expression analysis under unmeasured confounders with causarray
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635593
PMID:39975097
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研究论文 | 提出causarray框架，用于在存在未测量混杂因素的情况下进行因果差异表达分析 | 开发了双重稳健的因果推断框架，整合广义混杂调整方法和半参数推断，能有效分离处理效应与混杂因素 | NA | 解决观察性基因组数据中因果关系识别的挑战 | 阵列基因组数据，包括批量细胞和单细胞水平的数据 | 生物信息学 | 自闭症, 阿尔茨海默病 | 单细胞测序, CRISPR技术, Perturb-seq | 机器学习, 半参数推断 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 40 | 2025-10-05 |
A platform for multimodal in vivo pooled genetic screens reveals regulators of liver function
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.18.624217
PMID:39605605
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研究论文 | 开发了一种结合成像和测序的多模态平台，用于在组织中构建大规模基因型-表型图谱 | 首次将成像与测序方法配对，能够在单个细胞中识别遗传扰动的同时测量其基因表达和亚细胞形态 | NA | 解析细胞和组织表型的遗传调控基础 | 小鼠肝脏 | 机器学习和计算生物学 | 肝脏疾病 | 单细胞测序、成像技术、遗传扰动 | 机器学习模型 | 图像、基因表达数据 | 数百个遗传扰动 | NA | 单细胞RNA测序、多模态分析 | NA | NA |