单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-23	Batch correcting single-cell spatial transcriptomics count data with Crescendo improves visualization and detection of spatial gene patterns 2025-Feb-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03479-9 PMID:40001084	研究论文	本文提出了一种名为Crescendo的算法，用于校正单细胞空间转录组数据中的批次效应，以提高基因表达模式的可视化和检测	Crescendo算法能够在基因表达水平上校正批次效应，支持跨多个样本的基因表达模式准确可视化，并增强了基因共定位和配体-受体相互作用的检测能力	NA	改进单细胞空间转录组数据的批次效应校正方法，以提升基因表达模式的可视化和检测	单细胞空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序技术	Crescendo算法	基因表达数据	三个数据集，涵盖17万至700万个单细胞
22	2025-07-23	NKG2D blockade impairs tissue-resident memory T cell accumulation and reduces chronic lung allograft dysfunction 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184048 PMID:39989456	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序，发现NKG2D阻断可减少慢性肺移植功能障碍（CLAD）中的组织驻留记忆T细胞积累	首次揭示了NKG2D在CLAD中作为治疗靶点的潜力，并证实了其对CD8+ TRM积累的调控作用	研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	探索CLAD的潜在治疗靶点	肺移植后的慢性肺功能障碍（CLAD）患者和小鼠模型	免疫学	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序, TCR测序	小鼠原位肺移植模型	基因表达数据	来自CLAD肺、肺引流淋巴结以及疾病和非疾病对照的T细胞
23	2025-07-23	Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model 2025-Feb-19, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387 PMID:39970235	研究论文	通过抑制YAP蛋白调节机械转导，在大型动物模型中实现无疤痕伤口再生	首次在大型动物（红杜洛克猪）模型中验证YAP抑制对伤口再生的效果，并揭示了YAP/IL-33信号轴在再生中的作用	研究虽在猪模型中进行，但人类皮肤疤痕的复杂性可能需要更多验证	探索机械转导抑制在预防皮肤疤痕和促进伤口再生中的潜力	红杜洛克猪伤口模型和人新生儿包皮异种移植模型	再生医学	皮肤创伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间蛋白质组分析	动物模型（猪、小鼠）	基因表达数据、蛋白质数据	红杜洛克猪伤口模型和人新生儿包皮异种移植模型
24	2025-07-23	Defining the regulatory logic of breast cancer using single-cell epigenetic and transcriptome profiling 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100765 PMID:39914387	研究论文	通过单细胞表观遗传和转录组分析揭示乳腺癌的调控逻辑	结合单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和转录组（scRNA-seq）数据，识别乳腺癌亚型特异性肿瘤的起源细胞，并量化恶性与正常细胞中调控元件与基因表达的关联	研究样本仅包括手术后立即处理的人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织，可能无法涵盖所有乳腺癌亚型或阶段	理解乳腺癌细胞中导致转录失调的顺式调控元件及其在肿瘤生物学中的作用	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织，以及乳腺癌细胞系	表观遗传学	乳腺癌	scATAC-seq, scRNA-seq	线性混合效应模型	单细胞表观遗传和转录组数据	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织样本，以及乳腺癌细胞系
25	2025-07-23	Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02186-3 PMID:38580861	研究论文	本文提出了一种名为GeneTrajectory的新方法，通过最优传输距离计算基因在细胞间的分布差异，以推断基因轨迹而非细胞轨迹	提出了一种基于最优传输距离的基因轨迹推断方法GeneTrajectory，能够解析细胞群中并行的基因过程，克服了传统细胞轨迹推断方法的局限性	未明确说明方法在复杂生物系统或大规模数据集上的适用性和计算效率	开发一种新的基因轨迹推断方法，以更准确地解析生物过程中的基因动态变化	单细胞RNA测序数据中的基因表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	最优传输模型	基因表达数据	未明确说明具体样本量，但涉及骨髓系成熟和小鼠皮肤毛囊真皮凝聚分化过程
26	2025-07-22	Myelin-reactive CD8+ T cells influence conventional dendritic cell subsets towards a mature and regulatory phenotype in experimental autoimmune encephalomyelitis 2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03377-8 PMID:40022134	研究论文	本研究探讨了髓鞘反应性CD8+ T细胞在实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)中对常规树突状细胞亚群(cDC1和CD11b cDC)的调节作用	揭示了髓鞘反应性CD8+ T细胞通过直接与cDC1相互作用和旁分泌机制调节CD11b cDC的新机制，从而诱导成熟、调节性树突状细胞，抑制CD4 T细胞反应并减轻EAE发病	研究主要基于小鼠模型，结果在人类多发性硬化症中的适用性需要进一步验证	阐明髓鞘反应性CD8+ T细胞在EAE中的免疫调节机制	髓鞘反应性CD8+ T细胞(PLP-CD8)和常规树突状细胞亚群(cDC1和CD11b cDC)	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	EAE小鼠模型	基因表达数据	NA
27	2025-07-22	Estimating the cis -heritability of gene expression using single cell expression profiles controls false positive rate of eGene detection 2025-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639892 PMID:40060452	研究论文	本文提出了一种名为scGeneHE的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计基因表达的顺式遗传力，解决了传统方法在伪批量数据上高估遗传力和增加假阳性率的问题	开发了scGeneHE方法，一种泊松混合效应模型，能够利用单个细胞表达谱量化基因表达的遗传成分，避免了传统方法在伪批量数据上的偏差	方法的应用依赖于单细胞RNA测序数据的质量和样本量，可能在某些低表达基因或稀有细胞类型中表现不佳	估计基因表达的顺式遗传力，揭示疾病变异和基因的细胞类型特异性	单细胞RNA测序数据中的基因表达	生物信息学	免疫介导疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	泊松混合效应模型	基因表达数据	969个个体，11种免疫细胞类型，822,552个细胞
28	2025-07-22	MAIT cells protect against sterile lung injury 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275 PMID:39918959	研究论文	本文探讨了黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）在无菌性肺损伤中的保护作用	首次发现MAIT细胞通过促进cDC1驱动的抗纤维化途径增强对无菌性肺损伤的防御	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自特发性肺纤维化患者的scRNA-seq分析	阐明MAIT细胞在无菌性肺损伤中的功能机制	小鼠肺部和人类特发性肺纤维化患者的MAIT细胞	免疫学	肺纤维化	scRNA-seq, 光谱分析, 过继转移	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类特发性肺纤维化患者的scRNA-seq数据
29	2025-07-22	Unveiling the cell-type-specific landscape of cellular senescence through single-cell transcriptomics using SenePy 2025-Feb-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57047-7 PMID:39987255	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术SenePy揭示了细胞衰老的细胞类型特异性景观	开发了SenePy评分平台，定义了跨多种细胞类型和组织的细胞类型特异性及通用的细胞衰老特征	NA	识别和表征不同细胞类型和组织中的细胞衰老特征	小鼠和人类的细胞衰老特征	单细胞转录组学	肿瘤发生、炎症、心肌梗死	单细胞转录组学	SenePy算法	转录组数据	72只小鼠和64个人类的单细胞转录组特征
30	2025-07-22	Emergence of inflammatory fibroblasts with aging in Hermansky-Pudlak syndrome associated pulmonary fibrosis 2025-Feb-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07589-9 PMID:39987372	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探索了与Hermansky-Pudlak综合征（HPS）相关的肺纤维化中炎症性成纤维细胞的年龄依赖性增加	发现了HPS小鼠中SAA3炎症性肺成纤维细胞的年龄依赖性增加，并揭示了HPS1和HPS2小鼠中不同类型的细胞相互作用	研究样本数量有限，仅包括小鼠模型和三名HPS1患者的肺组织	研究肺纤维化的发病机制和进展过程	年轻和老年HPS小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织	digital pathology	pulmonary fibrosis	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	多个HPS亚型的小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织
31	2025-07-22	HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200 PMID:39680021	研究论文	本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌(PDAC)基底样疾病的标志物，并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的用途	发现HMGA2表达可预测PDAC亚型、生存率和治疗结果，且与GATA6状态结合可识别疾病亚型	研究样本量虽大但来自多个数据库，可能存在异质性	探索HMGA2在PDAC中的标志物作用及其对预后和治疗的影响	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(RNA-seq)、多重免疫组化(IHC)	NA	RNA-seq数据、免疫组化数据	初始队列580例PDAC样本，补充30例多样化样本，多个独立单细胞RNA-seq数据库
32	2025-07-22	Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice 2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637521 PMID:39990382	research paper	该研究探讨了棘鼠复杂组织再生过程中特定细胞状态的作用	揭示了棘鼠再生过程中基质细胞的细胞周期动态和特定细胞类型（如CRABP1+和αSMA+）的作用，以及这些细胞状态与再生或纤维化愈合的关联	研究主要关注棘鼠的耳朵组织，可能无法完全推广到其他组织或物种	研究哺乳动物复杂组织再生的细胞机制	棘鼠（Acomys spp.）和实验室小鼠（Mus musculus）的耳朵组织	再生医学	组织损伤与再生	免疫染色和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及棘鼠和实验室小鼠的耳朵组织
33	2025-07-22	Single-Cell Omics for Transcriptome CHaracterization (SCOTCH): isoform-level characterization of gene expression through long-read single-cell RNA sequencing 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.590597 PMID:38746128	研究论文	介绍了一种名为SCOTCH的计算方法套件，用于通过长读长单细胞RNA测序在异构体水平上表征基因表达	SCOTCH利用长读长的独特优势，采用亚外显子识别策略和动态阈值技术，精确比对已知异构体并发现新异构体，解决了长读长单细胞数据中常见的模糊比对问题	未明确提及具体限制	开发计算方法来分析单细胞水平上的转录组复杂性	单细胞转录组数据	单细胞基因组学	NA	长读长单细胞RNA测序(lr-scRNA-Seq)	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
34	2025-07-22	Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states 2025-Feb-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002 PMID:39818203	研究论文	通过单细胞转录组学和增殖祖细胞的谱系追踪，研究了流感损伤后小鼠肺再生的细胞行为	揭示了损伤后不同细胞区室的异步阶段性响应，并发现了一种损伤诱导的毛细血管内皮细胞（iCAP）状态	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证	理解肺损伤后气体交换表面功能再生的细胞和分子机制	小鼠肺再生过程中的细胞状态变化	单细胞转录组学	流感	单细胞转录组学、谱系追踪	NA	转录组数据	小鼠肺组织样本
35	2025-07-22	Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility 2025-02-03, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.021 PMID:39579769	研究论文	本文阐明了Frizzled5（Fzd5）在小鼠肠道上皮细胞命运决定中的关键作用，揭示了其通过调控染色质可及性来影响肠道上皮细胞的塑性	首次揭示了Fzd5通过调控染色质可及性来影响肠道上皮细胞的塑性，特别是在肠道干细胞（ISCs）和祖细胞中调控干性和谱系相关基因的表达	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类细胞或临床样本中验证	探究Fzd5在肠道上皮细胞塑性调控中的作用机制	小鼠肠道上皮细胞，特别是Lgr5标记的肠道干细胞（ISCs）和Krt19标记的细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据和染色质可及性数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠肠道上皮细胞进行实验
36	2025-07-22	Ag-driven CD8 + T cell clonal expansion is a prominent feature of MASH in humans and mice 2025-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000971 PMID:39047085	研究论文	本研究探讨了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)中T细胞的表型和T细胞受体多样性	首次证实T细胞在MASH进展过程中经历抗原依赖性克隆扩增和功能分化	研究未明确驱动T细胞活化的具体抗原靶点	阐明MASH中肝脏T细胞积累的原因和后果	人类肝硬化肝脏和MASH动物模型中的T细胞	免疫学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	5'单细胞测序和流式细胞术	NA	单细胞测序数据和流式细胞数据	人类肝硬化肝脏和饮食诱导MASH小鼠的肝脏驻留T细胞
37	2025-07-22	Single-cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation 2025-Feb, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-024-02651-0 PMID:39103533	研究论文	本研究通过单细胞空间转录组学技术MERFISH，揭示了Trem2R47H阿尔茨海默病风险基因突变对非神经元和神经元细胞的不同影响	首次利用MERFISH空间转录组学技术，系统地分析了Trem2突变在不同脑区细胞类型中的影响，并揭示了其独立于淀粉样蛋白病理的神经元转录组变化	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	探究Trem2R47H突变对阿尔茨海默病相关细胞类型转录组的影响	野生型、Trem2突变、5xFAD及Trem2;5xFAD小鼠的大脑切片	数字病理	阿尔茨海默病	MERFISH空间转录组学	小鼠模型	空间转录组数据	19个小鼠大脑切片
38	2025-07-22	Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing 2025-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08334-8 PMID:39695234	研究论文	本研究通过构建空间分辨的单细胞转录组图谱，揭示了大脑衰老过程中细胞邻近效应的影响	开发了空间衰老时钟模型，首次系统性地研究了衰老细胞对邻近细胞的影响及其在组织衰退中的作用	研究仅基于小鼠模型，人类大脑中的类似效应尚待验证	探究大脑衰老过程中细胞间相互作用机制及其对组织功能的影响	成年小鼠大脑中的420万个细胞	空间转录组学	神经退行性疾病	单细胞转录组测序	机器学习模型（空间衰老时钟）、深度学习	空间转录组数据	20个不同年龄段的420万个细胞
39	2025-07-22	Mapping the topography of spatial gene expression with interpretable deep learning 2025-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02503-3 PMID:39849132	研究论文	本文提出了一种名为GASTON的无监督深度学习算法，用于解析空间转录组数据中的基因表达模式	引入了isodepth概念，通过深度学习同时学习空间梯度和分段线性表达函数，有效识别空间域和标记基因	未提及具体的数据稀疏性处理限制或算法适用范围限制	开发能够解析空间转录组数据中基因表达模式的深度学习算法	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	深度学习神经网络	基因表达数据	多个组织样本（具体数量未提及）
40	2025-07-22	Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics 2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029 PMID:39919554	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，系统地表征了小鼠肝脏中药物处理基因（DPGs）在不同细胞类型和区域的分布	首次系统地描述了药物处理基因在肝脏不同细胞类型和区域中的基线mRNA富集情况，揭示了非实质细胞和区域1肝细胞在异生物质生物转化中的潜在作用	研究仅基于小鼠肝脏数据，未涉及人类肝脏或其他物种的验证	阐明肝脏中药物代谢酶、转运体和转录因子的细胞类型特异性和区域分布	小鼠肝脏中的不同细胞类型（肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、Kupffer细胞、星状细胞、肌成纤维细胞等）和三个区域（门静脉周围区、中间区和中央静脉周围区）	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	转录组数据	已发表的小鼠单细胞和核转录组数据集