单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-03-27	Esr1-Dependent Signaling and Transcriptional Maturation in the Medial Preoptic Area of the Hypothalamus Shapes the Development of Mating Behavior during Adolescence 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.640339 PMID:40060480	research paper	本研究探讨了青春期期间内侧视前区（MPOA）的转录动态及其对交配行为发展的影响	揭示了雌激素受体1（Esr1）在青春期MPOA GABA能神经元转录成熟中的关键作用，并发现了性别特异的基因调控网络	研究仅在小鼠中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究青春期期间MPOA的转录动态及其对交配行为发展的影响	青春期发育期间的雄性和雌性小鼠	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和杂交技术	NA	RNA测序数据	雄性和雌性小鼠
22	2025-03-27	CD271 regulates osteogenic differentiation of ectomesenchymal stem cells via the RhoA/ROCK signaling pathway 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114068 PMID:39826451	research paper	本研究探讨了CD271通过RhoA/ROCK信号通路调控外间充质干细胞（EMSCs）成骨分化的机制	揭示了CD271通过RhoA/ROCK信号通路调控EMSCs成骨分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中进行验证	探究CD271对EMSCs成骨分化的影响及其分子机制	外间充质干细胞（EMSCs）和小鼠下颌骨发育	干细胞生物学	颌骨发育异常	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	CD271缺陷小鼠
23	2025-03-27	mitoXplorer 3.0, A Web Tool for Exploring Mitochondrial Dynamics in Single-cell RNA-seq Data 2025-Feb-12, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169004 PMID:40133780	研究论文	介绍了一个名为mitoXplorer 3.0的网络工具，用于探索单细胞RNA测序数据中的线粒体动态	mitoXplorer 3.0新增了适应单细胞测序数据分析的功能，包括生成仅包含线粒体相关基因的单细胞表达矩阵，并提供交互式界面用于分析细胞间的变异性	NA	研究线粒体在不同细胞类型和单细胞分辨率下的功能和动态	线粒体在单细胞RNA测序数据中的动态	生物信息学	脊髓小脑共济失调1型	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
24	2025-03-26	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-02-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40036846	research paper	该研究构建了一个名为TcEVdb的数据库，用于探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类，基于单细胞RNA测序数据	开发了首个全面分析T细胞来源细胞外囊泡（TcEVs）转录组的数据库，整合了多种T细胞类型和疾病条件下的数据	数据库依赖于SEVtras方法的分析结果，可能存在技术局限性	构建一个全面探索T细胞来源细胞外囊泡（TcEVs）转录组的数据库，以促进基于EV的诊断和治疗研究	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	多种疾病（包括弥漫性大B细胞淋巴瘤等23种疾病）	单细胞RNA测序, SEVtras方法	NA	单细胞RNA测序数据	277,265个EV液滴，来自21个项目中的221个样本，涵盖51种T细胞类型
25	2025-03-26	Programs, origins and immunomodulatory functions of myeloid cells in glioma 2025-Feb-26, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08633-8 PMID:40011771	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序、染色质可及性、空间转录组学和胶质瘤类器官外植系统，系统地研究了胶质瘤中髓系细胞的免疫调节表型	发现了四种免疫调节表达程序，揭示了这些程序由微环境信号驱动，而非髓系细胞类型、发育起源或肿瘤突变状态，并预测了免疫治疗反应和总体生存率	研究结果主要基于实验室模型和生物信息学分析，临床转化仍需进一步验证	理解胶质瘤中髓系细胞的免疫调节机制，为开发更有效的免疫治疗提供基础	胶质瘤中的髓系细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序、染色质可及性分析、空间转录组学、类器官外植系统	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	NA
26	2025-03-25	CITEgeist: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes for Guided Exploration of Intrinsic Spatial Trends 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.15.638331 PMID:40027773	研究论文	介绍了一种名为CITEgeist的新工具，该工具利用抗体捕获技术从同一组织切片中解卷积空间转录组数据	CITEgeist通过直接利用同一组织切片的细胞表面蛋白测量，避免了依赖scRNA-seq参考的限制，提供了一种经济高效且生物学基础坚实的替代方案	未明确提及具体限制，但可能依赖于抗体捕获技术的可用性和质量	开发一种无需scRNA-seq参考的空间转录组数据解卷积方法	空间转录组数据，特别是密集肿瘤微环境中的细胞类型解析	数字病理学	乳腺癌	抗体捕获技术，空间转录组学	数学优化模型	空间转录组数据	模拟数据和来自正在进行临床试验的ER+乳腺癌肿瘤的临床样本
27	2025-03-25	Integrative analysis of single-cell transcriptomics and genetic associations identify cell states associated with vascular disease 2025-Feb-03, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2025.119108 PMID:40120433	research paper	通过整合单细胞转录组学和遗传关联分析，识别与血管疾病相关的细胞状态	开发新的计算方法整合GWAS数据和单核RNA测序数据，识别血管疾病相关的细胞状态和亚群	样本量较小，特别是动脉粥样硬化样本仅2例	研究血管疾病发病机制中的细胞状态变化	人类升主动脉组织（正常、动脉瘤和动脉粥样硬化）	digital pathology	cardiovascular disease	snRNA-seq, GWAS	NA	RNA-seq数据	18例（7例正常，9例动脉瘤，2例动脉粥样硬化）
28	2025-03-23	Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal transcriptional cell lineage heterogeneity in extracranial arteriovenous malformation 2025-Feb-24, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.02.005 PMID:40118698	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组分析，揭示了颅外动静脉畸形（eAVMs）中细胞谱系的转录异质性	首次在单细胞水平上揭示了eAVMs中内皮细胞、血管周围细胞和免疫细胞的不同状态及其相互作用	样本量较小，仅包括9个eAVMs样本和2个非病变组织样本	生成eAVMs在单细胞水平上的分子信息概览	颅外动静脉畸形（eAVMs）	数字病理学	血管畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq），10x Visium空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	9个eAVMs样本和2个非病变组织样本
29	2025-03-23	Altered immune landscape of cervical lymph nodes reveals Epstein-Barr virus signature in multiple sclerosis 2025-02-21, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adl3604 PMID:39982975	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和细胞转录组及表位测序技术，揭示了多发性硬化症（MS）患者深颈淋巴结（dcLNs）的免疫景观变化，特别是EB病毒（EBV）感染在MS发病机制中的关键作用	首次结合单细胞RNA测序和细胞转录组及表位测序技术，详细描述了MS患者dcLNs的免疫景观，并发现EBV驱动的B细胞失调是MS发病的关键机制	研究样本仅限于新诊断未治疗的MS患者，未涵盖其他阶段或治疗中的患者	探讨多发性硬化症（MS）的发病机制，特别是EB病毒（EBV）感染在其中的作用	新诊断未治疗的多发性硬化症（MS）患者	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序，细胞转录组及表位测序	NA	RNA测序数据，唾液样本	新诊断未治疗的MS患者的深颈淋巴结（dcLNs）样本
30	2025-03-23	IL-4 induces CD22 expression to restrain the effector program of virtual memory T cells 2025-02-07, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk4841 PMID:39919198	研究论文	本文研究了IL-4如何通过诱导CD22表达来限制虚拟记忆T细胞的效应程序	首次发现CD22作为IL-4诱导的T细胞的选择性表面标记，并揭示了CD22在调节IL-4诱导的CD8 T细胞效应程序中的内在作用	IL-4依赖的T细胞激活和扩展的具体机制仍未完全明确	探讨IL-4依赖的T细胞激活和扩展的调控机制	虚拟记忆CD8 T细胞	免疫学	寄生虫感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
31	2025-03-23	Starfysh integrates spatial transcriptomic and histologic data to reveal heterogeneous tumor-immune hubs 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02173-8 PMID:38514799	研究论文	本文介绍了一种名为Starfysh的计算工具箱，它利用深度生成模型整合空间转录组学和组织学数据，以揭示肿瘤-免疫异质性中心	Starfysh无需单细胞RNA测序数据作为参考，能够利用已知细胞类型标记物和组织学图像，表征已知或新的组织特异性细胞状态，并比较不同组织间的空间中心	NA	研究目的是通过整合空间转录组学和组织学数据，揭示肿瘤-免疫异质性中心	研究对象包括原发性雌激素受体阳性乳腺癌、三阴性乳腺癌和化生性乳腺癌组织	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	深度生成模型	图像、基因表达数据	NA
32	2025-03-23	Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02186-3 PMID:38580861	研究论文	本文提出了一种名为GeneTrajectory的方法，通过最优传输距离在细胞-细胞图上计算基因分布之间的距离，以提取基因程序并定义其基因伪时间顺序	GeneTrajectory方法通过识别基因轨迹而非细胞轨迹，解决了现有方法在存在并发基因过程和技术噪声时难以准确推断基因动态的问题	未明确提及具体局限性	研究单细胞RNA测序数据中的基因动态和细胞状态转换	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	最优传输距离	单细胞RNA测序数据	未明确提及样本数量
33	2025-03-23	The covariance environment defines cellular niches for spatial inference 2025-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02193-4 PMID:38565973	研究论文	本文介绍了一种名为COVET的表示方法，利用细胞邻域内基因-基因协变结构来捕捉细胞间相互作用的多变量性质，并开发了ENVI模型，用于联合嵌入空间和单细胞RNA测序数据	提出了COVET表示方法和基于最优传输的距离度量，开发了ENVI模型，能够将空间信息投射到单细胞数据上，并在多种空间数据集上优于其他基因表达推断方法	未明确提及具体局限性	解决高分辨率空间分析技术中细胞邻域或生态位特征的表示问题	细胞邻域或生态位	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序	条件变分自编码器（ENVI）	空间和单细胞RNA测序数据	数百万细胞
34	2025-03-22	A platform for multimodal in vivo pooled genetic screens reveals regulators of liver function 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.624217 PMID:39605605	研究论文	本文开发了一种结合成像和测序的方法，用于构建大规模、多模态的基因型-表型图谱，以研究组织中的基因扰动	通过结合成像和单细胞测序技术，同时测量基因扰动对细胞基因表达和亚细胞形态的影响，揭示了肝细胞分区和肝脏未折叠蛋白反应的调控因子	研究主要局限于小鼠肝脏，尚未在其他组织或生物体中验证	研究基因扰动对细胞和组织表型的遗传控制，以理解组织功能的遗传基础	小鼠肝脏中的数百种基因扰动	生物信息学	NA	成像技术、单细胞测序	NA	图像、基因表达数据	数百种基因扰动的小鼠肝脏样本
35	2025-03-22	High CD44 expression and enhanced E-selectin binding identified as biomarkers of chemoresistant leukemic cells in human T-ALL 2025-Feb, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02473-7 PMID:39580584	研究论文	本文研究了T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）中化疗耐药细胞的生物标志物，特别是高CD44表达和增强的E-selectin结合能力	通过单细胞RNA测序技术，识别出了一种具有静止状态和高CD44表达的化疗耐药白血病细胞（CLCs），并揭示了其与E-selectin结合的关联	研究样本量较小（39个T-ALL样本），且未涉及长期临床疗效的验证	探索T-ALL中化疗耐药细胞的生物标志物及其机制，以改善患者预后	人类T-ALL细胞，特别是化疗耐药的白血病细胞（CLCs）	癌症研究	T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	39个T-ALL样本
36	2025-03-21	Role of cancer stem cell heterogeneity in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Feb-28, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1286 PMID:40104739	研究论文	本研究探讨了癌症干细胞异质性在肝内胆管癌（ICC）中的作用，通过单细胞RNA测序技术分析了不同细胞亚群的信号通路活动和细胞间通讯	利用单细胞RNA测序技术深入探索了ICC中癌症干细胞的异质性，揭示了不同亚群对肿瘤进展和患者预后的影响	研究依赖于公开的数据库数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究ICC中癌症干细胞异质性对预后的影响	肝内胆管癌（ICC）患者	数字病理学	胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的scRNA-seq数据集GSE142784和TCGA数据库的Bulk RNA-seq数据
37	2025-03-21	Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr 2025-Feb-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5921338/v1 PMID:40060050	研究论文	本文介绍了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析细胞类型组成的变化	crumblr方法在细胞谱系层次结构的多个级别上进行统计测试，采用多变量方法提高检测能力	NA	开发一种统计方法来识别细胞类型频率的变化	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序	线性混合模型	RNA测序数据	NA
38	2025-03-21	Cluster replicability in single-cell and single-nucleus atlases of the mouse brain 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639959 PMID:40060489	研究论文	本文评估了小鼠大脑图谱中通过单细胞RNA测序和单核测序识别的细胞簇的可重复性	通过转录组范围的邻居投票方法，识别了2009对具有一致空间定位和协调基因表达的互配簇，这些簇在多个物种的数据集中也被观察到	下丘脑的异质性限制了簇的一致性，且使用标记基因区分紧密簇比区分大多数其他簇更具挑战性	评估小鼠大脑图谱中细胞簇的可重复性，以确定其生物学稳健性	小鼠大脑中的细胞簇	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序, 单核测序	NA	RNA测序数据	超过400万个细胞，分为5000多个簇
39	2025-03-21	Cell Type-Agnostic Transcriptomic Signatures Enable Uniform Comparisons of Neurodevelopment 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639936 PMID:40060479	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，开发了一种细胞类型无关的转录组特征模型，用于比较不同背景、模型系统和物种间的神经发育	提出了一种细胞类型无关的模型，能够准确预测细胞自主成熟度，并在不同细胞类型和数据集中捕捉发育动态	尽管模型在人类神经类器官和小鼠大脑中表现出良好的泛化能力，但其在其他物种或更广泛的应用场景中的有效性仍需进一步验证	开发一种统一的框架，用于比较不同背景、模型系统和物种间的神经发育	人类大脑发育数据集和小鼠大脑发育数据	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	正则化回归模型	单细胞转录组数据	超过280万个细胞
40	2025-03-21	Human Pancreatic Cancer Single-Cell Atlas Reveals Association of CXCL10+ Fibroblasts and Basal Subtype Tumor Cells 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2183 PMID:39636224	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）构建了人类胰腺癌的单细胞图谱，揭示了CXCL10+成纤维细胞与基底亚型肿瘤细胞之间的关联	发现了CXCL10+癌症相关成纤维细胞与基底肿瘤细胞之间的新型富集和空间关联，并揭示了这些细胞类型在PDAC肿瘤微环境中的关系	研究主要依赖于公开的原始数据，可能受到数据质量和一致性的限制	开发基因组资源，以统计学严谨的方式识别新的潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST），多重免疫染色	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	229例患者样本，744例bulk RNA-seq样本，22例空间转录组样本，总计70万个细胞