单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 649 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2025-10-07 |
CD4+ T cell-innate immune crosstalk is critical during Staphylococcus aureus craniotomy infection
2025-Feb-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.183327
PMID:39989461
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了CD4+ T细胞在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的关键作用及其与先天免疫细胞的相互作用机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统揭示开颅手术感染中CD4+ T细胞的转录异质性及其与单核/巨噬细胞的广泛相互作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究CD4+ T细胞在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的免疫功能和作用机制 | 小鼠模型和人类开颅手术感染样本 | 免疫学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 细胞过继转移, 抗体中和实验 | 动物模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 342 | 2025-10-07 |
Effect of aging on pulmonary cellular responses during mechanical ventilation
2025-Feb-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.185834
PMID:39946196
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研究论文 | 本研究探讨衰老对机械通气期间肺细胞反应的影响 | 首次通过单细胞RNA测序揭示衰老小鼠在机械通气下肺泡巨噬细胞炎症反应减弱和内皮细胞细胞连接形成改变的分子机制 | 研究仅使用雄性小鼠模型，未考虑性别差异；体外实验未能完全模拟体内复杂微环境 | 探究衰老如何影响机械通气过程中的肺细胞反应和损伤易感性 | 年轻和老年雄性小鼠的肺组织细胞 | 单细胞生物学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序，体外功能分析 | NA | 基因表达数据，功能实验数据 | 年轻和老年雄性小鼠群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 343 | 2025-10-07 |
Inhibition of histone methyltransferase EZH2 for immune interception of colorectal cancer in Lynch syndrome
2025-Feb-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177545
PMID:39946195
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研究论文 | 本研究通过EZH2抑制剂GSK503干预林奇综合征小鼠模型和结肠类器官，探索表观遗传调控在结直肠癌免疫预防中的作用机制 | 首次揭示EZH2抑制剂通过表观遗传重编程增强免疫反应，为林奇综合征携带者提供癌症预防新策略 | 研究基于小鼠模型和类器官，临床转化效果需进一步验证 | 开发针对林奇综合征的免疫干预策略以预防结直肠癌发生 | 林奇综合征小鼠模型和体外培养的结肠类器官 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, ChIP测序, 表观遗传分析 | 动物模型, 类器官模型 | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 344 | 2025-10-07 |
Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER
2025-Feb-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100766
PMID:39914388
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研究论文 | 开发了一种名为CLEANSER的混合模型，用于过滤单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA噪声 | 利用CRISPR混合实验表征环境gRNA，开发了包含gRNA和细胞特异性归一化参数的混合模型 | NA | 提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA-细胞分配准确性 | 单细胞CRISPR筛选中的环境gRNA污染 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序CRISPR筛选 | 混合模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 345 | 2025-10-07 |
Regulation of lung progenitor plasticity and repair by fatty acid oxidation
2025-Feb-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.165837
PMID:39927460
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研究论文 | 本研究揭示了脂肪酸氧化代谢通路在调控肺祖细胞修复和肺纤维化发展中的关键作用 | 首次发现脂肪酸氧化基因在IPF肺脏肺泡上皮细胞中表达显著降低，并证明CPT1a缺失导致肺祖细胞获得异常中间状态 | 研究主要基于小鼠模型，在人类疾病中的直接适用性需要进一步验证 | 探究代谢通路在肺泡再生和肺纤维化发展中的作用机制 | 肺祖细胞、肺泡上皮细胞、小鼠模型 | 细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、组织染色、基因抑制、药物抑制 | NA | 基因表达数据、组织图像数据 | IPF患者肺组织、基因工程小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 346 | 2025-10-07 |
Targeting fibroblast-endothelial cell interactions in LAM pathogenesis using 3D spheroid models and spatial transcriptomics
2025-Feb-04, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.187899
PMID:39903528
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研究论文 | 本研究通过3D球体模型和空间转录组学探索淋巴管平滑肌瘤病中成纤维细胞-内皮细胞相互作用的机制 | 首次结合空间转录组学和3D共培养球体模型揭示LAM发病机制中PDGFR/FGFR信号通路的关键作用，并发现索拉非尼比雷帕霉素更有效抑制细胞侵袭 | 研究主要基于体外模型，需要进一步体内验证；样本量有限 | 探索淋巴管平滑肌瘤病的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 淋巴管平滑肌瘤病患者肺组织、原代LAM成纤维细胞、淋巴管内皮细胞和TSC2缺失型肾血管平滑肌脂肪瘤细胞 | 空间转录组学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 空间转录组学, 激酶阵列, 3D球体共培养 | 3D球体模型 | 基因表达数据, 细胞侵袭数据 | 未明确样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 347 | 2025-10-07 |
Identification and Validation of Key Biomarkers in the Proximal Aqueous Humor Outflow Pathway
2025-Feb-25, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47030147
PMID:40136401
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研究论文 | 通过转录组分析识别并验证了房水流出通路中关键细胞的生物标志物 | 首次通过微阵列与单细胞RNA测序数据交叉验证，发现了TM细胞标志物CTTNBP2和MGARP，以及SCE细胞新标志物JAM2、PODXL和IFI27 | 研究仅使用体外培养细胞，未进行体内功能验证 | 识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物 | 人源小梁网细胞和Schlemm管内皮细胞 | 生物信息学 | 青光眼 | 微阵列, 单细胞RNA测序, qPCR | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
| 348 | 2025-10-07 |
Esr1-Dependent Signaling and Transcriptional Maturation in the Medial Preoptic Area of the Hypothalamus Shapes the Development of Mating Behavior during Adolescence
2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.640339
PMID:40060480
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探索了下丘脑内侧视前区在青春期发育过程中对交配行为形成的分子机制 | 首次揭示Esr1在MPOA区GABA能神经元转录成熟过程中的关键作用，并发现其调控性别特异性基因调控网络 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种验证 | 探究青春期神经系统发育过程中激素信号调控交配行为形成的分子机制 | 青春期发育过程中的雄性和雌性小鼠 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,原位杂交 | NA | 基因表达数据,行为数据 | 青春期发育不同阶段的雄性和雌性小鼠 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 349 | 2025-10-07 |
CD271 regulates osteogenic differentiation of ectomesenchymal stem cells via the RhoA/ROCK signaling pathway
2025-Feb-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114068
PMID:39826451
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研究论文 | 本研究探讨了CD271通过RhoA/ROCK信号通路调控外间充质干细胞成骨分化的机制 | 首次揭示CD271通过调控RhoA/ROCK信号通路影响外间充质干细胞的成骨分化过程 | NA | 研究CD271对外间充质干细胞成骨分化的影响及其分子机制 | 外间充质干细胞(EMSCs)和CD271缺陷小鼠 | 干细胞生物学 | 颌骨发育异常 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | CD271缺陷小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 350 | 2025-10-07 |
CITEgeist: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes for Guided Exploration of Intrinsic Spatial Trends
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.15.638331
PMID:40027773
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研究论文 | 开发了一种名为CITEgeist的新型空间转录组学反卷积工具，利用来自同一组织切片的抗体捕获数据作为参考 | 首次提出使用同一组织切片上的抗体捕获数据作为参考进行空间转录组学反卷积，避免了传统scRNA-seq参考的依赖 | 需要抗体捕获数据作为参考，可能受限于抗体可用性和质量 | 开发无需scRNA-seq参考的空间转录组学反卷积方法 | ER+乳腺癌肿瘤组织样本 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，抗体捕获技术 | 数学优化模型 | 空间转录组数据，蛋白质表达数据 | 临床试验中的治疗前后ER+乳腺癌肿瘤样本 | NA | 空间转录组学，单细胞多组学 | NA | NA |
| 351 | 2025-10-07 |
Role of cancer stem cell heterogeneity in intrahepatic cholangiocarcinoma
2025-Feb-28, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-1286
PMID:40104739
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肝内胆管癌中癌症干细胞异质性及其对预后的影响 | 首次在单细胞水平系统揭示肝内胆管癌中不同癌症干细胞亚群的异质性特征及其与预后的关联 | 样本量有限，主要依赖公共数据库数据，需要更大规模临床验证 | 研究癌症干细胞异质性对肝内胆管癌预后的影响 | 肝内胆管癌患者样本和公共数据库中的单细胞RNA测序数据 | 单细胞组学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，生物信息学分析 | AUCell, CellChat, SCENIC, CIBERSORT | 单细胞RNA测序数据，批量RNA测序数据，临床数据 | GSE142784数据集和TCGA数据库中的肝内胆管癌样本 | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | NA |
| 352 | 2025-10-07 |
Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr
2025-Feb-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5921338/v1
PMID:40060050
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研究论文 | 开发了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析单细胞技术产生的细胞组成差异数据 | 采用精度加权线性混合模型处理计数比率数据，并能在细胞谱系层次结构的多个水平上进行统计检验，通过多元方法提高检测效力 | NA | 开发统计分析方法以识别细胞类型频率的变化 | 单细胞RNA测序数据集（涉及衰老、结核感染T细胞、前列腺癌骨转移和SARS-CoV-2感染） | 生物信息学 | 前列腺癌, 结核病, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 线性混合模型 | 单细胞计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 353 | 2025-10-07 |
Cluster replicability in single-cell and single-nucleus atlases of the mouse brain
2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639959
PMID:40060489
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研究论文 | 评估小鼠大脑单细胞和单核RNA测序图谱中细胞簇的可重复性 | 使用全转录组邻域投票方法识别了2009对相互匹配的细胞簇对，并发现这些簇在多个物种数据集中具有一致的空间定位和协调的基因表达 | 下丘脑的高度异质性限制了细胞簇的可重复性，区分相近细胞簇比区分大多数其他簇更具挑战性 | 评估单细胞和单核RNA测序研究中细胞簇的生物学稳健性和可重复性 | 小鼠大脑细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | 邻域投票算法 | 基因表达数据 | 超过400万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 354 | 2025-10-07 |
Cell Type-Agnostic Transcriptomic Signatures Enable Uniform Comparisons of Neurodevelopment
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639936
PMID:40060479
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研究论文 | 通过单细胞转录组元分析开发细胞类型无关的转录组特征，实现神经发育的跨数据集统一比较 | 开发了细胞类型无关的发育年龄预测模型，在人类和小鼠大脑中均表现出良好泛化能力 | NA | 建立统一的神经发育比较框架，预测细胞发育状态 | 人类和小鼠大脑发育细胞、人类神经类器官 | 生物信息学 | 神经发育疾病 | 单细胞转录组测序 | 正则化回归模型 | 单细胞转录组数据 | 超过280万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 355 | 2025-10-07 |
Novel therapeutic strategy: Nrf2 activation in targeting senescence-related changes in chronic obstructive pulmonary disease
2025-Feb-28, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-24-710
PMID:40083491
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研究论文 | 本研究探讨通过激活Nrf2靶向衰老相关变化以缓解慢性阻塞性肺疾病进展的治疗潜力 | 首次在单细胞水平揭示Nrf2激活对衰老纤毛上皮细胞及相关分泌表型的调控作用 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行人体临床试验 | 探索Nrf2激活作为治疗慢性阻塞性肺疾病的新策略 | 衰老支气管上皮细胞、COPD小鼠模型 | 生物医学研究 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞转录组分析、体外细胞模型、动物模型 | COPD小鼠模型 | 基因表达数据、病理学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 356 | 2025-10-07 |
RNase L represses hair follicle regeneration through altered innate immune signaling
2025-Feb-04, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI172595
PMID:39903537
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研究论文 | 本研究揭示RNase L通过改变先天免疫信号通路抑制毛囊再生的机制 | 首次发现RNase L作为再生抑制基因，通过负反馈调节机制限制dsRNA-TLR3信号级联 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚不充分 | 探索哺乳动物再生能力的分子调控机制 | 人类参与者和小鼠模型（Rnasel-/-小鼠） | 分子生物学 | 组织再生障碍 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 基因敲除小鼠模型 | 转录组数据, 空间转录组数据 | 人类激光嫩肤治疗参与者和WIHN小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 357 | 2025-10-07 |
Recurrent ERBB2 alterations are associated with esophageal adenocarcinoma brain metastases
2025-Feb-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.02.19.25322558
PMID:40061311
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研究论文 | 通过多组学分析揭示食管腺癌脑转移中ERBB2基因的复发性改变及其临床意义 | 首次在食管腺癌脑转移中发现ERBB2基因的复发性扩增，并证明其与单克隆播散相关 | 样本量较小（10例），需要更大规模研究验证 | 探究食管腺癌脑转移的分子特征和临床治疗策略 | 食管腺癌脑转移患者及其匹配的原发肿瘤 | 数字病理学 | 食管癌 | 全基因组测序, 单细胞空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 10例食管腺癌脑转移患者 | NA | 全基因组测序, 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 358 | 2025-10-07 |
MolGene-E: Inverse Molecular Design to Modulate Single Cell Transcriptomics
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.638723
PMID:40060426
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研究论文 | 开发了一种名为MolGene-E的深度生成框架，用于基于单细胞转录组数据设计新药物分子 | 首个能够利用单细胞组学数据设计新药物分子的机器学习方法，结合了跨模态数据协调和对比学习生成模型 | 单细胞组学数据存在噪声、异质性、稀缺性和高维度等挑战 | 开发能够调节单细胞转录组学的逆向分子设计方法 | 疾病细胞与健康细胞的转录组状态 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | 深度生成框架,跨模态模型,对比学习生成模型 | 单细胞转录组数据,化学扰动的大量转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 359 | 2025-10-07 |
Single cell analysis identifies distinct CD4 + T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity related asthma
2025-Feb-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-88423-4
PMID:40000680
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研究论文 | 通过单细胞转录组学识别与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+T细胞亚型 | 首次在儿童肥胖相关哮喘中鉴定出具有CDC42上调的特定CD4+T细胞亚群，并揭示其与糖皮质激素抵抗的关联机制 | 研究样本量有限，未涉及其他免疫细胞类型的分析 | 探究儿童肥胖相关哮喘中CD4+T细胞亚型的特征及其在疾病发生中的作用 | 儿童肥胖相关哮喘患者的CD4+T细胞 | 单细胞生物学 | 哮喘 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 涉及肥胖哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 360 | 2025-10-07 |
Cancer-Associated Fibroblasts Genes and Transforming Growth Factor Beta Pathway in Gastric Cancer for Novel Therapeutic Strategy
2025-Feb-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17050795
PMID:40075643
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综述 | 本文综述了胃癌中癌症相关成纤维细胞基因及其与TGF-β通路的相互作用，为开发新治疗策略提供见解 | 整合单细胞RNA测序数据揭示CAFGs在广义CAFs（包括周细胞）中的表达模式，并系统评估其预后价值 | 与结直肠癌相比，胃癌中CAFGs功能机制研究不足，且缺乏足够的显微切割数据验证表达模式 | 总结CAFGs在胃癌中的分子特征、预后意义和功能机制，探索其治疗潜力 | 癌症相关成纤维细胞基因(CAFGs)和TGF-β信号通路 | 肿瘤微环境研究 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 临床病理学研究 | NA | 基因表达数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |