单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 652 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2025-10-07 |
Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr
2025-Feb-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5921338/v1
PMID:40060050
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研究论文 | 开发了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析单细胞技术产生的细胞组成差异数据 | 采用精度加权线性混合模型处理计数比率数据，并能在细胞谱系层次结构的多个水平上进行统计检验，通过多元方法提高检测效力 | NA | 开发统计分析方法以识别细胞类型频率的变化 | 单细胞RNA测序数据集（涉及衰老、结核感染T细胞、前列腺癌骨转移和SARS-CoV-2感染） | 生物信息学 | 前列腺癌, 结核病, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 线性混合模型 | 单细胞计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 342 | 2025-10-07 |
Cluster replicability in single-cell and single-nucleus atlases of the mouse brain
2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639959
PMID:40060489
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研究论文 | 评估小鼠大脑单细胞和单核RNA测序图谱中细胞簇的可重复性 | 使用全转录组邻域投票方法识别了2009对相互匹配的细胞簇对，并发现这些簇在多个物种数据集中具有一致的空间定位和协调的基因表达 | 下丘脑的高度异质性限制了细胞簇的可重复性，区分相近细胞簇比区分大多数其他簇更具挑战性 | 评估单细胞和单核RNA测序研究中细胞簇的生物学稳健性和可重复性 | 小鼠大脑细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | 邻域投票算法 | 基因表达数据 | 超过400万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 343 | 2025-10-07 |
Cell Type-Agnostic Transcriptomic Signatures Enable Uniform Comparisons of Neurodevelopment
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639936
PMID:40060479
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研究论文 | 通过单细胞转录组元分析开发细胞类型无关的转录组特征，实现神经发育的跨数据集统一比较 | 开发了细胞类型无关的发育年龄预测模型，在人类和小鼠大脑中均表现出良好泛化能力 | NA | 建立统一的神经发育比较框架，预测细胞发育状态 | 人类和小鼠大脑发育细胞、人类神经类器官 | 生物信息学 | 神经发育疾病 | 单细胞转录组测序 | 正则化回归模型 | 单细胞转录组数据 | 超过280万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 344 | 2025-10-07 |
Novel therapeutic strategy: Nrf2 activation in targeting senescence-related changes in chronic obstructive pulmonary disease
2025-Feb-28, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-24-710
PMID:40083491
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研究论文 | 本研究探讨通过激活Nrf2靶向衰老相关变化以缓解慢性阻塞性肺疾病进展的治疗潜力 | 首次在单细胞水平揭示Nrf2激活对衰老纤毛上皮细胞及相关分泌表型的调控作用 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行人体临床试验 | 探索Nrf2激活作为治疗慢性阻塞性肺疾病的新策略 | 衰老支气管上皮细胞、COPD小鼠模型 | 生物医学研究 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞转录组分析、体外细胞模型、动物模型 | COPD小鼠模型 | 基因表达数据、病理学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 345 | 2025-10-07 |
RNase L represses hair follicle regeneration through altered innate immune signaling
2025-Feb-04, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI172595
PMID:39903537
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研究论文 | 本研究揭示RNase L通过改变先天免疫信号通路抑制毛囊再生的机制 | 首次发现RNase L作为再生抑制基因，通过负反馈调节机制限制dsRNA-TLR3信号级联 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚不充分 | 探索哺乳动物再生能力的分子调控机制 | 人类参与者和小鼠模型（Rnasel-/-小鼠） | 分子生物学 | 组织再生障碍 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 基因敲除小鼠模型 | 转录组数据, 空间转录组数据 | 人类激光嫩肤治疗参与者和WIHN小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 346 | 2025-10-07 |
Recurrent ERBB2 alterations are associated with esophageal adenocarcinoma brain metastases
2025-Feb-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.02.19.25322558
PMID:40061311
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研究论文 | 通过多组学分析揭示食管腺癌脑转移中ERBB2基因的复发性改变及其临床意义 | 首次在食管腺癌脑转移中发现ERBB2基因的复发性扩增，并证明其与单克隆播散相关 | 样本量较小（10例），需要更大规模研究验证 | 探究食管腺癌脑转移的分子特征和临床治疗策略 | 食管腺癌脑转移患者及其匹配的原发肿瘤 | 数字病理学 | 食管癌 | 全基因组测序, 单细胞空间转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 10例食管腺癌脑转移患者 | NA | 全基因组测序, 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 347 | 2025-10-07 |
Consequences of training data composition for deep learning models in single-cell biology
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639127
PMID:40060416
|
研究论文 | 系统研究训练数据组成对单细胞转录组深度学习模型性能的影响 | 首次系统探讨单细胞基础模型中训练数据组成对模型行为的影响，揭示了数据多样性对模型泛化能力的重要性 | 研究主要聚焦于人类造血系统，可能在其他生物系统或疾病类型中的普适性有待验证 | 探索训练数据组成如何影响单细胞转录组深度学习模型的性能和泛化能力 | 人类造血系统的单细胞转录组数据，包括成体和发育组织、疾病状态和扰动图谱的细胞 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞转录组测序 | 深度学习模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 348 | 2025-10-07 |
MolGene-E: Inverse Molecular Design to Modulate Single Cell Transcriptomics
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.638723
PMID:40060426
|
研究论文 | 开发了一种名为MolGene-E的深度生成框架，用于基于单细胞转录组数据设计新药物分子 | 首个能够利用单细胞组学数据设计新药物分子的机器学习方法，结合了跨模态数据协调和对比学习生成模型 | 单细胞组学数据存在噪声、异质性、稀缺性和高维度等挑战 | 开发能够调节单细胞转录组学的逆向分子设计方法 | 疾病细胞与健康细胞的转录组状态 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | 深度生成框架,跨模态模型,对比学习生成模型 | 单细胞转录组数据,化学扰动的大量转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 349 | 2025-10-07 |
Single cell analysis identifies distinct CD4 + T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity related asthma
2025-Feb-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-88423-4
PMID:40000680
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学识别与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+T细胞亚型 | 首次在儿童肥胖相关哮喘中鉴定出具有CDC42上调的特定CD4+T细胞亚群，并揭示其与糖皮质激素抵抗的关联机制 | 研究样本量有限，未涉及其他免疫细胞类型的分析 | 探究儿童肥胖相关哮喘中CD4+T细胞亚型的特征及其在疾病发生中的作用 | 儿童肥胖相关哮喘患者的CD4+T细胞 | 单细胞生物学 | 哮喘 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 涉及肥胖哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 350 | 2025-10-07 |
Cancer-Associated Fibroblasts Genes and Transforming Growth Factor Beta Pathway in Gastric Cancer for Novel Therapeutic Strategy
2025-Feb-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17050795
PMID:40075643
|
综述 | 本文综述了胃癌中癌症相关成纤维细胞基因及其与TGF-β通路的相互作用，为开发新治疗策略提供见解 | 整合单细胞RNA测序数据揭示CAFGs在广义CAFs（包括周细胞）中的表达模式，并系统评估其预后价值 | 与结直肠癌相比，胃癌中CAFGs功能机制研究不足，且缺乏足够的显微切割数据验证表达模式 | 总结CAFGs在胃癌中的分子特征、预后意义和功能机制，探索其治疗潜力 | 癌症相关成纤维细胞基因(CAFGs)和TGF-β信号通路 | 肿瘤微环境研究 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 临床病理学研究 | NA | 基因表达数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 351 | 2025-10-07 |
Uncovering the Signatures of Cellular Senescence in the Human Dorsolateral Prefrontal Cortex
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639091
PMID:40027780
|
研究论文 | 通过空间转录组学和单核RNA测序技术构建人类背外侧前额叶皮层衰老和细胞衰老的转录组图谱 | 首次结合Visium空间转录组学和单核RNA测序技术，在非病理性人类脑组织中系统揭示细胞衰老的异质性特征 | 研究基于非病理性组织，样本数量未明确说明 | 探索人类背外侧前额叶皮层中细胞衰老的转录组特征 | 人类背外侧前额叶皮层组织 | 空间生物学 | 衰老相关疾病 | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单核RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学,单核RNA测序 | 10x Visium,10x Chromium | Visium空间转录组技术,snRNA-seq单核RNA测序技术 |
| 352 | 2025-10-07 |
Deciphering the generation of heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma metastasis via single-cell multiomics analysis
2025-Feb-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06154-6
PMID:39905485
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示食管鳞状细胞癌转移过程中异质性的产生机制 | 首次在单细胞水平整合scATAC-seq、scRNA-seq、ChIP-seq/CUT&Tag、Hi-C和bulk测序数据，系统解析ESCC转移中的染色质可及性调控网络 | 样本量较小（仅4例患者），且患者病理分期不同可能影响结果一致性 | 探究染色质可及性在食管鳞状细胞癌转移和异质性形成中的作用机制 | 食管鳞状细胞癌患者的癌组织和癌旁组织 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, CUT&Tag, Hi-C, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq | 多组学整合分析 | 单细胞测序数据、表观基因组数据、转录组数据 | 4例ESCC患者（T1a、T2b、T3b、T4a分期）的癌和癌旁组织 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量ATAC-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 353 | 2025-10-07 |
Differences in immune cells and gene expression in human milk by parity on integrated scRNA sequencing
2025-Feb, Clinical and experimental pediatrics
IF:3.2Q1
DOI:10.3345/cep.2024.01585
PMID:39810510
|
研究论文 | 通过整合分析单细胞RNA测序数据，研究胎次对人类母乳中免疫细胞组成和基因表达的影响 | 首次利用公开scRNA-seq数据集系统分析胎次对人类母乳免疫细胞异质性的影响 | 使用公开数据集，样本量有限，需要进一步实验验证 | 阐明胎次对人类母乳免疫细胞异质性和基因表达的影响 | 人类母乳样本 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 公开数据集中的母乳样本（初产妇vs经产妇） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 354 | 2025-10-07 |
Mitochondrial Regulator CRIF1 Plays a Critical Role in the Development and Homeostasis of Alveolar Macrophages via Maintaining Metabolic Fitness
2025-Feb, Immune network
IF:4.3Q2
DOI:10.4110/in.2025.25.e9
PMID:40078782
|
研究论文 | 本研究揭示线粒体调节因子CRIF1通过维持代谢适应性在肺泡巨噬细胞发育和稳态中的关键作用 | 首次发现CRIF1作为特异性调节肺泡巨噬细胞代谢适应性的关键因子，区别于其他广泛作用的线粒体调节因子 | 研究主要关注CRIF1在肺泡巨噬细胞中的作用，对其他组织驻留巨噬细胞的影响尚未深入探讨 | 探究CRIF1在肺泡巨噬细胞代谢调节和稳态维持中的具体作用机制 | 肺泡巨噬细胞和小鼠模型 | 细胞生物学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | 基因敲除模型 | 基因表达数据,代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 355 | 2025-10-07 |
The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638733
PMID:40027766
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研究论文 | 研究发现FKH-7/FOXP转录因子在化学感应神经元中调控发育决策过程 | 首次揭示FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能，建立了连接两个进化保守自闭症相关基因的新框架 | 研究在特定发育决策范式背景下进行，结果可能不适用于其他神经发育环境 | 探究FOXP1转录因子在神经发育中的具体分子机制 | 化学感应神经元、幼虫发育决策过程 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 356 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis of the early immune response in the lymph nodes of Borrelia burgdorferi-infected mice
2025-Feb, Microbes and infection
IF:2.6Q3
DOI:10.1016/j.micinf.2024.105424
PMID:39306236
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析伯氏疏螺旋体感染小鼠淋巴结早期免疫反应的特征 | 首次在单细胞水平揭示伯氏疏螺旋体感染早期淋巴结的免疫景观，发现滤泡外免疫反应的关键特征 | 仅关注早期感染阶段（感染后四天），未研究长期感染动态 | 阐明伯氏疏螺旋体感染早期淋巴结免疫反应的细胞和分子机制 | 伯氏疏螺旋体感染小鼠模型的淋巴结淋巴细胞 | 单细胞组学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 感染伯氏疏螺旋体的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 357 | 2025-10-07 |
Opportunities and challenges in the application of single-cell transcriptomics in plant tissue research
2025-Feb, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s12298-025-01558-6
PMID:40070535
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在植物组织研究中的应用价值、整合方法及其发展前景 | 系统总结了多源单细胞转录组数据与单细胞多模态数据的整合方法及其在构建综合细胞图谱中的创新应用 | 单细胞RNA测序无法全面捕获所有细胞和基因，单模态数据难以完全解释细胞状态和系统变化 | 探讨单细胞转录组学在植物组织研究中的机遇与挑战 | 植物组织单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据，多模态数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞多组学 | NA | NA |
| 358 | 2025-10-07 |
A novel signature predicts prognosis in pancreatic cancer based on tumor membrane-associated genes
2025-Feb-28, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42791
PMID:40066030
|
研究论文 | 基于肿瘤膜相关基因构建胰腺癌预后预测模型MaGPS | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质表达数据，识别肿瘤上皮细胞特异性膜相关基因构建预后模型 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发胰腺癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点 | 胰腺癌患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, 空间转录组学, LASSO回归, Cox回归 | 预后风险预测模型 | 基因表达数据, 生存数据, 蛋白质表达数据 | 来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多个患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 359 | 2025-10-07 |
High expression of stearoyl-coenzyme A desaturase in colorectal cancer oncogenic functions and its potential as a therapeutic target
2025-Feb-27, World journal of gastrointestinal surgery
IF:1.8Q2
DOI:10.4240/wjgs.v17.i2.100237
PMID:40061980
|
研究论文 | 本研究探讨硬脂酰辅酶A去饱和酶在结直肠癌中的致癌功能及其作为治疗靶点的潜力 | 首次通过多中心高通量数据整合分析SCD在结直肠癌中的表达意义，并验证氯化两面针碱与SCD的靶向亲和性 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探索SCD在结直肠癌中的临床病理学意义及其作为治疗靶点的潜力 | 结直肠癌组织和细胞系 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 免疫组化染色、CRISPR基因敲除筛选、单细胞测序、分子对接 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据 | 2482例结直肠癌样本和1334例非癌结直肠组织对照 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 360 | 2025-10-07 |
Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles
2025-Feb-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03493-x
PMID:40012008
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研究论文 | 开发了跨物种单细胞转录组数据插补与比较的神经网络框架Icebear | 首次实现跨物种单细胞基因表达谱的准确预测，并揭示哺乳动物X染色体上调的进化适应机制 | 未明确说明模型验证的具体样本规模和应用场景限制 | 解决跨物种单细胞转录组比较的挑战，促进从模式生物到人类的知识迁移 | 真兽类哺乳动物和鸡的单细胞转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |