单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-05-04	IFN-γ reprograms cardiac microvascular endothelial cells to mediate doxorubicin transport and influences the sensitivity of mice to doxorubicin-induced cardiotoxicity 2025-Feb, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01389-7 PMID:39843977	研究论文	本研究探讨了IFN-γ通过重编程心脏微血管内皮细胞影响多柔比星（DOX）转运的机制，并揭示了其对小鼠多柔比星诱导心脏毒性（DIC）敏感性的影响	首次揭示了IFN-γ通过上调P-糖蛋白表达增加DOX外排，从而降低DIC敏感性的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究多柔比星诱导心脏毒性（DIC）敏感性差异的分子机制	小鼠心脏微血管内皮细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	表面增强拉曼光谱（SERS）、单细胞RNA测序	小鼠DIC模型	基因表达数据、药物分布数据	未明确说明小鼠数量
302	2025-05-04	Mapping the topography of spatial gene expression with interpretable deep learning 2025-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02503-3 PMID:39849132	研究论文	本文提出了一种名为GASTON的深度学习算法，用于解析空间转录组数据中的基因表达模式	开发了GASTON算法，一种无监督且可解释的深度学习方法，用于学习等深度、空间梯度和分段线性表达函数，以模拟基因表达的连续梯度和不连续变化	未明确提及具体局限性	解决空间转录组数据稀疏性问题，解析基因表达的空间模式	空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组技术	深度学习	基因表达数据	多个组织样本（具体数量未明确提及）
303	2025-05-04	Integrative proteogenomic analysis identifies COL6A3-derived endotrophin as a mediator of the effect of obesity on coronary artery disease 2025-Feb, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02052-7 PMID:39856218	研究论文	通过整合蛋白质组学和基因组学分析，研究肥胖如何通过循环蛋白质影响冠状动脉疾病，并确定COL6A3衍生的内啡肽作为关键介质	首次将两步蛋白质组范围的孟德尔随机化、共定位、表观基因组学和单细胞RNA测序整合，识别出COL6A3衍生的内啡肽作为肥胖影响冠状动脉疾病的关键介质	研究未涉及其他可能影响冠状动脉疾病的肥胖相关因素	探究肥胖如何通过循环蛋白质影响冠状动脉疾病、中风和2型糖尿病	循环蛋白质，特别是COL6A3及其衍生的内啡肽	蛋白质组学与基因组学	冠状动脉疾病	两步蛋白质组范围的孟德尔随机化、共定位、表观基因组学、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、基因组数据、表观基因组数据、单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
304	2025-05-03	Characterizing the diabetes-induced pathological changes of the mouse lung by single-cell RNA sequencing 2025-Feb-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123408 PMID:39832739	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究糖尿病对小鼠肺部病理变化的影响	首次揭示了糖尿病晚期小鼠肺部免疫细胞数量显著增加，且主要为未成熟的多形核髓系来源的抑制细胞（PMN-MDSCs），并发现肺泡细胞在糖尿病早期表现出间质表型及关键细胞因子表达减少	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究糖尿病对肺部病理变化的影响及其机制	糖尿病小鼠的肺部细胞	digital pathology	diabetes	single-cell RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	糖尿病小鼠的肺部细胞样本
305	2025-05-03	A unified framework for cell-type-specific eQTL prioritization by integrating bulk and scRNA-seq data 2025-Feb-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2024.12.018 PMID:39824189	research paper	提出了一种整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据的统计框架IBSEP，用于增强细胞类型特异性eQTL的优先排序	IBSEP框架通过分层线性模型整合两种数据类型的汇总统计，克服了各自技术的局限性并利用了各自的优势	scRNA-seq数据样本量较小且存在技术限制	提高细胞类型特异性eQTL的识别精度，以更深入地理解复杂疾病的遗传基础	外周血单核细胞和大脑皮层数据集	基因组学	复杂疾病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	分层线性模型	RNA-seq数据	未明确说明具体样本数量，但包括外周血单核细胞和大脑皮层数据集
306	2025-05-03	Spatiotemporal and genetic cell lineage tracing of endodermal organogenesis at single-cell resolution 2025-Feb-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.12.012 PMID:39824184	研究论文	本研究通过创新的遗传追踪技术和单细胞RNA测序，详细描绘了内胚层在单细胞分辨率下的时空和遗传谱系分化	引入了创新的遗传追踪代码，揭示了早期内胚层区域的多潜能性，挑战了传统的分化模型	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类发育的复杂性	揭示内胚层器官发生的复杂机制，为发育生物学和再生医学提供新见解	小鼠内胚层发育	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、高级成像技术	NA	单细胞RNA测序数据、成像数据	使用新型小鼠品系对14个不同内胚层区域进行追踪
307	2025-05-03	Regulation of fibroblast phenotype in osteoarthritis using CDKN1A-loaded copper sulfide nanoparticles delivered by mesenchymal stem cells 2025-Feb-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00573.2024 PMID:39819042	research paper	本研究探讨了通过间充质干细胞(MSCs)递送载有CDKN1A质粒的硫化铜(CuS)纳米颗粒(NPs)对骨关节炎(OA)中纤维母细胞表型的调控及其在软骨修复中的作用	引入了MSCs@CuS@CDKN1A这一纳米工程MSC平台，通过调节CDKN1A表达，不仅增强软骨修复，还能有效减轻纤维母细胞驱动的炎症，标志着OA治疗领域的重大进展	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索纳米工程MSC平台在骨关节炎治疗中的应用	纤维母细胞表型、软骨修复	生物医学工程	骨关节炎	单细胞RNA测序、微CT扫描、免疫荧光	小鼠OA模型	转录组数据、影像数据	小鼠OA模型
308	2025-05-03	Applications and emerging challenges of single-cell RNA sequencing technology in tumor drug discovery 2025-Feb, Drug discovery today IF:6.5Q1 DOI:10.1016/j.drudis.2025.104290 PMID:39828052	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在肿瘤药物发现中的应用及其面临的挑战	探讨了scRNA-seq技术在肿瘤药物发现各阶段的应用，包括阐明肿瘤机制、识别靶点、筛选药物及理解药物作用和耐药性	讨论了scRNA-seq在药物开发中的挑战和未来展望	为推进肿瘤治疗提供科学基础	肿瘤药物发现	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	NA
309	2025-05-03	Exosome-based targeted delivery of NF-κB ameliorates age-related neuroinflammation in the aged mouse brain 2025-Feb, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01388-8 PMID:39833561	研究论文	本研究评估了装载不可降解IκB的外泌体（Exo-srIκB）在抑制老年小鼠脑部神经炎症中的治疗效果	首次使用Exo-srIκB外泌体靶向抑制NF-κB核转位，从而缓解老年相关神经炎症	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证在人类中的效果	开发治疗老年相关神经炎症的有效方法	老年小鼠脑部的巨噬细胞和小胶质细胞	神经科学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	老年小鼠脑部样本
310	2025-05-03	Variants and vaccines impact nasal immunity over three waves of SARS-CoV-2 2025-Feb, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02052-z PMID:39833605	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2病毒变种和宿主疫苗接种状态对鼻黏膜细胞反应的影响	首次描述了Delta和Omicron变种在鼻黏膜中的细胞反应差异，并揭示了疫苗接种对鼻巨噬细胞的影响	研究样本可能不足以代表所有人群，且仅分析了特定时间点的急性感染	了解SARS-CoV-2不同变种和疫苗接种状态对鼻黏膜免疫反应的影响	接种和未接种疫苗的成年人感染Delta和Omicron变种的鼻咽拭子样本	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	来自Delta和Omicron感染患者的鼻咽拭子样本，并与祖先病毒株数据整合
311	2025-05-03	Progressive natural killer cell dysfunction in advanced-stage clear-cell renal cell carcinoma and association with clinical outcomes 2025-Feb, ESMO open IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104105 PMID:39813824	研究论文	研究探讨了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中自然杀伤（NK）细胞的功能障碍及其与临床结果的关联	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ccRCC中NK细胞的亚群及其功能障碍特征，并发现这些特征与疾病进展和患者生存率相关	样本量较小（13例患者），且仅针对ccRCC，结果可能不适用于其他癌症类型	探究ccRCC中NK细胞的表型、功能及其与临床结果的关系	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者和正常肾脏组织	肿瘤免疫学	肾细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、流式细胞数据	13例ccRCC患者的肿瘤和正常肾脏组织，共21,139个NK细胞
312	2025-05-02	Metabolic reprogramming in astrocytes prevents neuronal death through a UCHL1/PFKFB3/H4K8la positive feedback loop 2025-Feb-27, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01467-x PMID:40016338	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤(SCI)后通过UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路防止神经元死亡的机制	揭示了UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路在星形胶质细胞代谢重编程中的关键作用及其对神经元存活的保护机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	阐明星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤后神经元保护中的作用机制	星形胶质细胞和神经元	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
313	2025-05-02	Anxiety-like behavior and altered hippocampal activity in a transgenic mouse model of Fabry disease 2025-Feb, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106797 PMID:39788162	research paper	该研究通过转基因法布里病小鼠模型，探讨了法布里病与焦虑样行为及海马功能异常之间的关系	首次结合行为学、转录组学、功能和形态学评估，揭示了法布里病小鼠海马区神经元和非神经元细胞群的转录和功能改变与焦虑样行为的关联	研究仅使用雄性小鼠，未探讨性别差异；结果主要基于小鼠模型，人类患者中的直接应用需进一步验证	探究法布里病神经精神症状的病理机制，特别是焦虑样行为与海马功能异常的关系	转基因法布里病小鼠模型	神经科学	法布里病	行为学测试（开放场地测试、Barnes迷宫）、单细胞测序、电生理记录	转基因小鼠模型	行为数据、转录组数据、电生理数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多组学分析
314	2025-05-02	Single-cell RNA sequencing of the spleen reveals differences in Salmonella typhimurium infection mechanisms between different chicken breeds 2025-Feb, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104669 PMID:39793244	研究论文	通过单细胞RNA测序技术比较了北京油鸡和科宝肉鸡在沙门氏菌感染后脾脏免疫反应的差异	首次对鸡脾脏进行单细胞转录组分析，并比较了不同品种鸡的免疫反应差异	研究仅针对两种鸡品种，结果可能不具有普遍性	探究不同品种鸡对沙门氏菌感染的免疫反应机制差异	北京油鸡和科宝肉鸡的脾脏CD45+免疫细胞	单细胞转录组学	沙门氏菌感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	54,487个细胞，来自两个鸡品种
315	2025-05-02	Mechanisms and strategies of immunosenescence effects on non-small cell lung cancer (NSCLC) treatment: A comprehensive analysis and future directions 2025-Feb, Seminars in cancer biology IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.semcancer.2025.01.001 PMID:39793777	综述	本文全面分析了免疫衰老对非小细胞肺癌（NSCLC）治疗的影响机制及策略，并探讨了未来研究方向	深入探讨了免疫衰老在NSCLC中的作用机制，并提出了针对老年患者的免疫治疗优化策略	主要基于现有文献分析，缺乏实验数据验证	探讨免疫衰老对NSCLC治疗的影响及优化策略	非小细胞肺癌（NSCLC）患者，特别是老年患者	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序、CRISPR-Cas9	NA	文献数据	NA
316	2025-05-02	Combined analysis of bulk, single-cell RNA sequencing, and spatial transcriptomics reveals the expression patterns of lipid metabolism and ferroptosis in the immune microenvironment of metabolic-associated fatty liver disease 2025-Feb-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123377 PMID:39793853	研究论文	通过整合bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学数据，研究脂质代谢和铁死亡在代谢相关脂肪性肝病（MAFLD）免疫微环境中的表达模式及其作用	首次整合多种测序技术揭示脂质代谢和铁死亡相关基因在MAFLD免疫微环境中的作用，并构建风险评估系统和预测模型	研究样本可能有限，且需要进一步实验验证基因功能	识别与铁死亡和脂质代谢相关的关键生物标志物，并探讨它们在MAFLD进展中的作用	代谢相关脂肪性肝病（MAFLD）患者的肝脏样本	数字病理学	代谢相关脂肪性肝病	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、空间转录组学、WGCNA	预测模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
317	2025-05-02	Spatial transcriptomic characterization of a Carnegie stage 7 human embryo 2025-Feb, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01597-3 PMID:39794460	研究论文	利用空间转录组学技术分析了一个完整的人类胚胎在单细胞分辨率下的基因表达模式	首次在Carnegie第7阶段的人类胚胎中应用空间转录组学技术，揭示了中胚层亚型的早期特化和原始生殖细胞的位置	研究样本有限，仅分析了两个胚胎	增进对人类原肠胚形成阶段发育过程的理解	Carnegie第7阶段的人类胚胎	发育生物学	NA	空间转录组学(Stereo-seq), 免疫荧光验证	NA	空间转录组数据, 图像数据	2个人类胚胎(1个用于空间转录组分析,1个用于免疫荧光验证)
318	2025-05-02	Single-cell RNA sequencing reveals intrahepatic signature related to pathobiology of duck hepatitis A virus type 3 (DHAV-3) infection 2025-Feb, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104798 PMID:39799860	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了与鸭甲型肝炎病毒3型（DHAV-3）感染病理生物学相关的肝内特征	首次应用单细胞RNA测序技术分析DHAV-3易感和抗性鸭子的肝脏转录组，揭示了干扰素途径激活、Kupffer细胞的促炎表型及PLAC8等宿主因子在病毒感染中的作用	样本量相对较小（14只感染鸭子和4只健康对照），且仅关注了肝脏组织	解析DHAV-3感染鸭子的分子特征及其病理生物学机制	DHAV-3易感和抗性鸭子的肝脏细胞	基因组学	鸭病毒性肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	14只感染鸭子和4只健康对照鸭子的140万个肝脏细胞
319	2025-05-02	Left superior cervical ganglia lymph node mimicry and its role in rat ventricular arrhythmias following myocardial infarction 2025-Feb, Acta physiologica (Oxford, England) DOI:10.1111/apha.14279 PMID:39803764	research paper	研究探讨了左颈上神经节（LSCG）在心肌梗死（MI）后心室心律失常（VAs）中的作用及其神经-心脏通讯的功能意义	揭示了LSCG在MI后心律失常和心脏炎症/功能中的参与机制，以及神经生长因子（NGF）在神经-免疫串扰中的桥梁作用	研究仅基于大鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究MI后LSCG对神经-心脏通讯的影响及其在心律失常中的作用	MI大鼠模型	心血管疾病	心血管疾病	RNA-seq, 空间转录组学, 定量PCR, 蛋白质印迹	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	NA
320	2025-05-02	Specialized pericyte subtypes in the pulmonary capillaries 2025-Feb, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00349-1 PMID:39806101	research paper	该研究通过生物信息学分析和RNAscope技术，鉴定了Higd1b作为周细胞的独特基因标记，并揭示了肺和心脏中两种不同的Higd1b+周细胞亚型	发现Higd1b作为周细胞的独特基因标记，并生成Higd1b-CreERT2敲入小鼠系，揭示了两种功能不同的周细胞亚型	研究主要基于小鼠模型，人类周细胞的研究数据相对有限	探究周细胞在肺毛细血管中的生物学特性和功能	肺和心脏中的周细胞	细胞生物学	肺动脉高压	生物信息学分析, RNAscope, 单细胞RNA测序	Higd1b-CreERT2敲入小鼠	基因表达数据	小鼠模型和健康人肺周细胞