单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-05-07	SELP+ TEC:CD8+ T cell crosstalk associates with improved radiotherapy efficacy in cervical cancer 2025-Feb-03, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02244-7 PMID:39901166	研究论文	本研究探讨了宫颈癌中SELP表达在内皮细胞亚群中的作用及其与放疗效果的关系	首次揭示了SELP+ TEC与CD8+ T细胞通过ACKR1-CCL5轴的互作机制及其对放疗效果的积极影响	研究样本量有限，机制研究仍需进一步验证	探究SELP在宫颈癌中对抗癌免疫和放疗反应的影响机制	宫颈癌患者肿瘤组织样本和单细胞RNA测序数据	肿瘤免疫学	宫颈癌	scRNA-seq, bulk RNA测序	NA	基因表达数据	205例放疗患者组织样本，42,159个细胞(来自8例患者)，187例放疗患者bulk RNA测序数据
282	2025-05-07	IL-23 Promotes γδT Cell Activity in Dry Eye Disease Progression 2025-Feb-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.2.10 PMID:39903182	研究论文	本研究探讨了IL-23在干眼病（DED）进展中促进γδT细胞活性的作用	揭示了IL-23通过与其受体IL-23R在γδT细胞上的相互作用促进DED炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要更大规模的临床验证	阐明IL-23在调节γδT细胞生成和促进干眼炎症反应中的作用	小鼠和人类γδT细胞	免疫学	干眼病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、转录组测序	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	野生型和γδT细胞缺陷型小鼠模型及视觉显示终端综合征患者的眼表细胞样本
283	2025-05-07	Expression of Osteopontin in M2 and M4 Intrinsically Photosensitive Retinal Ganglion Cells in the Mouse Retina 2025-Feb-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.2.14 PMID:39908128	research paper	本研究旨在表征小鼠视网膜中骨桥蛋白（osteopontin）在M2和M4型内在光敏视网膜神经节细胞（ipRGCs）中的表达模式	发现骨桥蛋白不仅在M4-ipRGCs中表达，也在M2-ipRGCs中表达，挑战了骨桥蛋白仅作为αRGCs标记物的观点	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	研究骨桥蛋白在不同ipRGC亚型中的表达模式	小鼠视网膜中的M2和M4型内在光敏视网膜神经节细胞（ipRGCs）	神经科学	视神经损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学（IHC）、神经突追踪	NA	RNA测序数据、图像数据	C57BL/6J小鼠的视网膜切片和扁平标本
284	2025-05-07	Transcriptome size matters for single-cell RNA-seq normalization and bulk deconvolution 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56623-1 PMID:39893178	research paper	本文介绍了一种名为ReDeconv的计算算法，该算法将转录组大小纳入单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据归一化和批量RNA测序细胞去卷积中	提出了ReDeconv算法，引入基于线性化转录组大小的计数（CLTS）归一化方法，纠正了标准每10K计数归一化中通常误识别的差异表达基因	NA	改进单细胞RNA测序数据归一化和批量RNA测序细胞去卷积的准确性	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, bulk RNA-seq	ReDeconv, CLTS	RNA测序数据	合成数据集和真实数据集
285	2025-05-07	Vaccine-induced T cell receptor T cell therapy targeting a glioblastoma stemness antigen 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56547-w PMID:39893177	研究论文	本研究开发了一种针对胶质母细胞瘤干性抗原的疫苗诱导T细胞受体T细胞疗法	首次从接种疫苗的胶质母细胞瘤患者中鉴定出HLA-A*02限制性PTPRZ1反应性TCR，并证明其治疗效果	研究仅限于HLA-A*02阳性患者，且临床前模型结果需要进一步人体试验验证	开发针对胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法	蛋白酪氨酸磷酸酶受体Z1型(PTPRZ1)抗原和胶质母细胞瘤干细胞(GSCs)	免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞测序、TCR-T细胞疗法	NA	基因表达数据、细胞实验数据	未明确说明样本数量，但包括原代脑肿瘤样本和胶质母细胞瘤细胞系
286	2025-05-07	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data: unveiling RNA methylation and autophagy-related signatures in chronic obstructive pulmonary disease patients 2025-Feb-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87437-2 PMID:39893187	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者中RNA甲基化和自噬相关特征	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了RNA甲基化与自噬在COPD发病机制中的关键作用，并鉴定了FTO和IGF2BP2等关键RNA甲基化调控基因	研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于小鼠模型	探究RNA甲基化调控因子及其与自噬在COPD发病机制中的作用	COPD和非COPD患者的RNA测序数据及COPD小鼠模型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	批量RNA测序，单细胞RNA测序(scRNA-seq)，RT-qPCR，流式细胞术	WGCNA	RNA测序数据	来自GEO数据库的COPD和非COPD患者样本及COPD小鼠模型
287	2025-05-07	Spatial integration of multi-omics single-cell data with SIMO 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56523-4 PMID:39893194	research paper	开发了一种名为SIMO的计算方法，用于通过概率对齐实现多组学数据集的空间整合	SIMO不仅能整合空间转录组与单细胞RNA测序数据，还能扩展到整合多种单细胞模态数据，如染色质可及性和DNA甲基化，这些数据之前未在空间尺度上共同分析	NA	解决空间和单细胞组学测序中的技术限制，以在空间尺度上捕获和描述多模态信息	多组学单细胞数据	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序、染色质可及性分析、DNA甲基化测序	概率对齐模型	多组学单细胞数据	NA
288	2025-05-07	Comprehensive analysis reveals the tumor suppressor role of macrophage signature gene FCER1G in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88071-8 PMID:39893200	研究论文	通过单细胞RNA测序和基因组分析，探索肝细胞癌中巨噬细胞特征基因FCER1G的肿瘤抑制作用及其对患者预后的影响	利用单细胞测序数据构建LASSO回归模型预测HCC患者预后，并发现FCER1G基因在HCC中的肿瘤抑制作用	样本量较小（仅7个HCC样本），且未在MSI和TMB评分中观察到显著差异	探索肝细胞癌中巨噬细胞特征基因及其对患者预后的影响	肝细胞癌（HCC）患者和巨噬细胞特征基因FCER1G	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、基因组分析、LASSO回归模型	LASSO回归	单细胞RNA测序数据、基因组数据	7个HCC样本（来自GEO数据库）和TCGA-LIHC队列验证
289	2025-05-07	MSC-EVs and UCB-EVs promote skin wound healing and spatial transcriptome analysis 2025-Feb-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87592-6 PMID:39893214	研究论文	研究探讨了间充质干细胞来源的细胞外囊泡（MSC-EVs）和脐带血浆来源的细胞外囊泡（UCB-EVs）对皮肤伤口愈合和疤痕减少的影响	首次使用空间转录组学（ST）分析MSC-EVs和UCB-EVs对小鼠皮肤组织中主要细胞类型异质性和伤口愈合途径的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究MSC-EVs和UCB-EVs对皮肤伤口愈合和疤痕形成的促进作用及其机制	小鼠皮肤伤口模型和人皮肤成纤维细胞（HDF-a）	再生医学	皮肤创伤	超速离心、透射电子显微镜、纳米颗粒跟踪分析、Western blot、细胞划痕实验、细胞迁移实验、细胞增殖实验、空间转录组学（ST）	NA	细胞实验数据、小鼠皮肤组织样本	小鼠皮肤组织样本（未明确数量）和人皮肤成纤维细胞（HDF-a）
290	2025-05-07	Oocyte transcriptomes and follicular fluid proteomics of ovine atretic follicles reveal the underlying mechanisms of oocyte degeneration 2025-Feb-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11291-9 PMID:39893388	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和串联质谱标签蛋白质组学技术，探究了绵羊闭锁卵泡中卵母细胞和卵泡液的转录调控机制及蛋白质谱	鉴定了175个闭锁特异性基因和8个候选卵母细胞分泌因子，揭示了卵母细胞铁死亡调控的新机制，并发现了与卵泡闭锁相关的两个卵母细胞分泌生物标志物PGK1和ANGPT2	研究结果主要基于绵羊模型，在人类或其他哺乳动物中的适用性需要进一步验证	阐明卵泡闭锁过程中卵母细胞退化的分子机制	绵羊闭锁卵泡中的卵母细胞和卵泡液	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 串联质谱标签(TMT)蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	NA
291	2025-05-07	Monocyte-macrophage dynamics as key in disparate lung and peripheral immune responses in severe anti-melanoma differentiation-associated gene 5-positive dermatomyositis-related interstitial lung disease 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70226 PMID:39902678	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探索了抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中单核-巨噬细胞动态在免疫失调中的关键作用	揭示了外周与肺部免疫景观的显著对比，以及单核-巨噬细胞系在免疫失调中的核心作用	样本量较小，仅涉及五名患者	深入了解严重抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中外周和肺部免疫失调的机制，并探索潜在的治疗靶点	抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病患者的外周血单核细胞和支气管肺泡灌洗液	免疫学	间质性肺病	单细胞RNA测序、Luminex检测、流式细胞术	NA	RNA序列数据	5名患者的支气管肺泡灌洗液和配对的外周血单核细胞
292	2025-05-07	Single-Cell Sequencing Reveals Heterogeneity and Interactions Between Epithelial Cells and Fibroblasts in Post-ESD Oesophageal Stricture 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70411 PMID:39910700	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究食管狭窄组织中上皮细胞和成纤维细胞的异质性及其相互作用	首次在单细胞水平揭示了食管狭窄组织中上皮细胞和成纤维细胞的异质性及其相互作用，并识别了关键的配体-受体对	样本量有限，未进行功能验证实验	阐明食管狭窄形成的分子机制并寻找潜在治疗靶点	食管狭窄组织和正常对照组织	单细胞测序	食管狭窄	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	食管狭窄样本和正常对照样本（具体数量未说明）
293	2025-05-07	IgG Signalling Involves in Skin Inflammation of Atopic Dermatitis 2025-Feb, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70058 PMID:39912287	研究论文	本研究探讨了IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型（特别是IgG）在特应性皮炎（AD）皮肤病变中的作用	揭示了IgG在AD皮肤炎症中的潜在作用及其通过巨噬细胞促进Th2炎症的机制	未明确IgG具体通过何种机制激活巨噬细胞及促进炎症	研究IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型在AD皮肤病变中的作用	特应性皮炎患者及非过敏性健康受试者的皮肤病变和PBMCs	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序、BCR库分析	NA	mRNA数据、单细胞RNA测序数据	AD患者及健康受试者的皮肤病变和PBMCs样本
294	2025-05-04	NFE2-driven neutrophil polarization promotes pancreatic cancer liver metastasis progression 2025-02-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115226 PMID:39827463	研究论文	该研究揭示了NFE2驱动的中性粒细胞极化在胰腺癌肝转移进展中的关键作用	首次发现NFE2是调节中性粒细胞表型极化的关键转录因子，并阐明了其在转移性肿瘤微环境中的作用机制	研究主要基于单细胞测序和空间转录组学结果，需要进一步的体内外实验验证	探究胰腺癌肝转移过程中适应性免疫重塑的机制，特别是中性粒细胞的作用	胰腺癌肝转移患者样本中的中性粒细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
295	2025-05-04	Single-cell analysis of neoplastic plasma cells identifies myeloma pathobiology mediators and potential targets 2025-Feb-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101925 PMID:39855192	研究论文	通过单细胞RNA测序和B细胞受体测序技术，研究多发性骨髓瘤的病理生物学介质和潜在治疗靶点	首次结合scRNA-seq和scBCR-seq技术区分单克隆/肿瘤性浆细胞与多克隆/正常浆细胞，并发现更多失调基因，特别是在前体患者中	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	探索多发性骨髓瘤的病理生物学机制并识别潜在治疗靶点	多发性骨髓瘤患者的浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	scRNA-seq, scBCR-seq	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量
296	2025-05-04	Engineered Extracellular Vesicles Modified by Angiopep-2 Peptide Promote Targeted Repair of Spinal Cord Injury and Brain Inflammation 2025-Feb-04, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c14675 PMID:39853366	research paper	研究通过生物修饰M2小胶质细胞，制备Ang2-EVs和M-Ang2-EVs，以促进脊髓损伤和脑炎症的靶向修复	应用Angiopep-2肽增强脊髓损伤细胞的靶向性，成功构建能靶向脊髓损伤部位和大脑的工程化细胞外囊泡	NA	开发更有效的工程化细胞外囊泡以治疗脊髓损伤和脑炎症	脊髓损伤和脑炎症	生物医学工程	脊髓损伤	单细胞测序、免疫荧光实验、单核测序	NA	测序数据、免疫荧光图像	小鼠脊髓
297	2025-05-04	Single-cell and Spatial Transcriptomics Illuminate Bat Immunity and Barrier Tissue Evolution 2025-Feb-03, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf017 PMID:39836373	研究论文	通过单细胞和空间转录组学技术，研究埃及果蝠的免疫系统及屏障组织进化，揭示其补体系统基因的独特表达模式	首次在埃及果蝠中通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了补体系统基因在肺和肠道上皮关键区域的高表达及其与抗病性的潜在关联	研究仅聚焦于埃及果蝠，未涵盖其他蝙蝠物种，且机制性实验验证不足	探究埃及果蝠免疫系统的转录特征及其与抗病性的关系	埃及果蝠的肠道、肺和血细胞，并与小鼠和人类进行比较	比较免疫学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	埃及果蝠、小鼠和人类的组织样本（具体数量未明确说明）
298	2025-05-04	Cotton2035: From genomics research to optimized breeding 2025-Feb-03, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2025.01.010 PMID:39844464	research paper	本文探讨了棉花基因组学研究及其在优化育种中的应用	提出了棉花ENCODE项目，以系统解码棉花基因组中的功能元件和调控网络，并强调了单细胞测序和高分辨率时空组学技术的重要性	未提及具体的技术实施细节或实验验证结果	实现从棉花基因组学到育种（G2B）的目标，推动棉花育种策略的发展	棉花（Gossypium）的野生和栽培品种	植物基因组学	NA	单细胞测序、高分辨率时空组学、基因组编辑、人工智能	NA	基因组数据、多组学数据	多种野生和栽培棉花种群的重测序数据
299	2025-05-04	Development of BACE2-IN-1/tranylcypromine-based compounds to induce steroidogenesis-dependent neuroprotection 2025-Feb, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.117851 PMID:39837213	研究论文	开发基于BACE2-IN-1/tranylcypromine的化合物以诱导类固醇生成依赖性神经保护	通过将tranylcypromine（LSD1抑制剂）插入BACE2抑制模板（BACE2-IN-1）并进行结构修饰，开发出新型神经保护剂，有效缓解氧化应激后的线粒体损伤并恢复胆固醇生物合成途径	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发新型神经保护剂以治疗创伤性脑损伤（TBI）	创伤性脑损伤（TBI）患者及小鼠模型	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Neuro-2a细胞和小鼠模型	基因表达数据和行为学数据	未明确提及具体样本数量
300	2025-05-04	Attractor Landscape Analysis Reveals a Reversion Switch in the Transition of Colorectal Tumorigenesis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412503 PMID:39840939	研究论文	本文介绍了一个名为REVERT的系统框架，用于重建核心分子调控网络模型，并基于单细胞转录组数据在肿瘤发生过程中识别逆转开关	提出了REVERT系统框架，能够重建核心分子调控网络模型并识别肿瘤发生过程中的逆转开关	未明确提及具体局限性	研究肿瘤发生过程中的细胞命运转变机制，并寻找逆转这种转变的分子开关	结肠癌患者来源的匹配类器官和正常结肠的单细胞转录组数据	系统生物学	结肠癌	单细胞转录组测序	核心分子调控网络模型	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量