单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2025-05-08	ELLIPSIS: robust quantification of splicing in scRNA-seq 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf028 PMID:39936571	research paper	介绍了一种名为ELLIPSIS的工具，用于在单细胞RNA测序中稳健地量化剪接事件	利用局部观察到的读取覆盖率和细胞类型内相似性特性，能够量化新型剪接事件，特别适用于癌症细胞	未明确提及具体限制	开发一种工具以在单细胞RNA测序中稳健地量化剪接事件，并检测细胞类型间的差异剪接	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟数据和胶质母细胞瘤scRNA-seq数据
262	2025-05-08	Human Single-Cell RNA-Sequencing Data Supports the Hypothesis of X Chromosome Insensitivity but Is Ineffective in Testing the Dosage Compensation Model 2025-Feb-03, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf004 PMID:39932018	研究论文	本研究利用人类单细胞RNA测序数据评估了X染色体与常染色体基因剂量补偿模型的假设，并探讨了scRNA-seq数据在此类分析中的潜在偏差	揭示了scRNA-seq数据在计算X:AA表达比时的固有偏差，并首次利用该数据检测到X染色体与常染色体间表达噪声的微小差异（10%-15%）	研究仅基于Smart-seq2平台数据，未涵盖其他单细胞测序技术；模拟数据集可能无法完全反映真实生物复杂性	验证基因剂量补偿模型的适用性并评估scRNA-seq数据在此类分析中的可靠性	人类X染色体与常染色体的基因表达模式	基因组学	NA	scRNA-seq（Smart-seq2平台）和bulk RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	模拟数据集和人类Smart-seq2实证数据（具体样本量未明确说明）
263	2025-05-08	Single-cell sequencing reveals the mechanisms of multiple myeloma progression: clarity or confusion? 2025-Feb, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06241-0 PMID:39918600	review	本文总结了单细胞测序在多发性骨髓瘤（MM）进展研究中的新见解，包括克隆进化、微环境转变、表观遗传变化及新的预后和治疗策略	利用单细胞测序技术解析MM的克隆进化、微环境转变和表观遗传变化，为MM的预后和治疗策略提供新方向	研究范围和技术的持续扩展与优化仍需进一步探索	探讨单细胞测序在解析多发性骨髓瘤进展机制中的应用	多发性骨髓瘤（MM）及其微环境	digital pathology	multiple myeloma	single-cell sequencing	NA	genomic data	NA
264	2025-05-08	Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA 2025-Feb, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012747 PMID:39919147	research paper	本文提出了一种名为广义对比主成分分析（gcPCA）的新方法，用于比较高维数据集中的低维模式	gcPCA是一种无需超参数调整的灵活方法，解决了传统对比主成分分析（cPCA）的局限性，能够对称比较两个实验条件	虽然gcPCA在多种高维生物数据中展示了实用性，但未提及其在其他领域或更大规模数据集上的表现	开发一种能够有效比较高维数据集中低维模式的通用方法	高维生物数据集，包括神经生理学记录和单细胞RNA测序数据	machine learning	type II diabetes	single-cell RNA sequencing	gcPCA	high-dimensional biological data	NA
265	2025-05-08	ITGA5+ synovial fibroblasts orchestrate proinflammatory niche formation by remodelling the local immune microenvironment in rheumatoid arthritis 2025-Feb, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225778 PMID:39919897	research paper	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了ITGA5+滑膜成纤维细胞在类风湿性关节炎（RA）炎症反应中的关键作用	发现了一种新型的ITGA5+滑膜成纤维细胞亚群，该亚群通过分泌TGF-β1诱导CXCL13hiPD-1hi外周辅助T细胞（TPHs）的分化，重塑促炎微环境	研究结果主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更大规模的临床样本中进一步验证	探究滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在RA炎症反应中的作用	滑膜成纤维细胞、CXCL13hiPD-1hi外周辅助T细胞（TPHs）	digital pathology	rheumatoid arthritis	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics, immunohistology, multiplex immunofluorescence, flow cytometry, bulk RNA sequencing	NA	transcriptomics data, imaging data	来自骨关节炎、持续缓解期和活动期RA患者的滑膜组织样本，以及胶原诱导性关节炎（CIA）小鼠模型
266	2025-05-08	Cell and transcriptomic diversity of infrapatellar fat pad during knee osteoarthritis 2025-Feb, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225928 PMID:39919907	研究论文	本研究采用多组学方法，揭示了膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性，并探讨了IFP在KOA、性别和肥胖状态中的差异	首次全面绘制了人类IFP的细胞和转录组多样性图谱，并确定了IFP成纤维细胞作为与KOA疾病、性别或肥胖相关的转录组和代谢差异的关键细胞	样本量相对较小（21个IFP），且未探讨不同治疗干预对IFP细胞和转录组的影响	探究膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性及其与KOA、性别和肥胖状态的关系	21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA供体）	生物信息学	膝骨关节炎	单核RNA测序、空间转录组学、代谢组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、代谢组数据	82,924个核（来自21个IFP样本）
267	2025-05-08	Revealing the core suppression effects of various Di (2-ethylhexyl) phthalate exposure on early meiosis progression in postnatal male mice via single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117866 PMID:39923572	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了DEHP暴露对雄性小鼠早期减数分裂进程的核心抑制作用	首次全面证明DEHP通过Trp53介导的p38-MAPK通路抑制雄性生殖细胞的早期减数分裂进程	研究仅针对小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究DEHP暴露对雄性生殖系统早期减数分裂进程的影响机制	出生后雄性小鼠的睾丸细胞	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（10X Genomics）	NA	RNA测序数据	42,000个细胞
268	2025-05-08	Single Cell RNA-Seq Identifies Cell Subpopulations Contributing to Idiopathic Pulmonary Fibrosis in Humans 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70402 PMID:39928535	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序技术，识别了特发性肺纤维化（IPF）患者肺部细胞亚群的变化	首次通过单细胞RNA测序全面揭示了IPF患者肺部多种细胞亚群的比例变化及其相互作用	未深入探讨细胞亚群比例变化的具体分子机制	探究特发性肺纤维化的发病机制	IPF患者肺部的细胞亚群	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	IPF患者肺部组织样本
269	2025-05-08	Dynamic Activation of NADPH Oxidases in Immune Responses Modulates Differentiation, Function, and Lifespan of Plasma Cells 2025-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350975 PMID:39931760	研究论文	本研究探讨了NADPH氧化酶（NOX）在B细胞免疫应答中的动态激活及其对浆细胞分化、功能和寿命的影响	首次结合单细胞转录组学和单细胞NOX活性检测，揭示了NOX1和NOX2在B细胞亚群中的动态表达及其与代谢途径、乳酸产生、IgG分泌率和细胞寿命的关系	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类B细胞中进行验证	探究NOX活性及ROS产生在B细胞活化过程中的作用机制	小鼠B细胞在二次免疫后的反应	免疫学	NA	单细胞转录组学、单细胞NOX活性检测	NA	单细胞转录组数据、NOX活性数据	NA
270	2025-05-08	Construction of the Single-Cell Landscape of Hashimoto's Thyroiditis Tissue and Peripheral Blood by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Feb, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70153 PMID:39931830	研究论文	通过单细胞RNA测序构建桥本甲状腺炎组织和外周血的单细胞图谱	构建了桥本甲状腺炎的单细胞图谱，发现了新的细胞亚群B_MEF2B_BCL6和TFC_PAX8_NKX2-1	样本量较小，仅包括6名HT患者的甲状腺组织和4名HT患者的外周血单个核细胞	探索桥本甲状腺炎的发病机制	桥本甲状腺炎患者的甲状腺组织和外周血单个核细胞	单细胞转录组学	桥本甲状腺炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	6名HT患者的甲状腺组织、4名HT患者的外周血单个核细胞和1名健康对照的甲状腺组织
271	2025-05-08	Analysis of toxicity and mechanisms of busulfan in non-obstructive azoospermia: A genomic and toxicological approach integrating molecular docking, single-cell sequencing, and experimentation in vivo 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117878 PMID:39933234	研究论文	本研究通过整合分子对接、单细胞RNA测序和体内实验，揭示了白消安在非梗阻性无精子症中的毒性机制及关键分子靶点	首次发现POLE和LRAT作为白消安的关键作用蛋白，揭示了其导致基因组不稳定和生殖细胞凋亡的机制，并分析了NOA睾丸中免疫细胞浸润的变化	研究主要聚焦于白消安的毒性机制，对其他化疗药物的生殖毒性未进行比较研究	阐明白消安导致非梗阻性无精子症的分子机制并寻找潜在治疗靶点	白消安对精原干细胞的影响及睾丸微环境变化	生殖毒理学	非梗阻性无精子症	分子对接、单细胞RNA测序、体内实验	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，使用体内实验模型
272	2025-05-08	Immune profiling of the macroenvironment in colorectal cancer unveils systemic dysfunction and plasticity of immune cells 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70175 PMID:39934971	研究论文	该研究通过多组学技术揭示了结直肠癌宏观免疫环境中免疫细胞的系统功能障碍和可塑性	首次系统描绘了CRC宏观免疫环境中的免疫分型，发现了三级淋巴结构(TLS)对免疫治疗的预测价值，并鉴定了血液中PD-1和CD69作为预测标志物	研究样本量有限，需要更大队列验证标志物的临床适用性	解析结直肠癌宏观免疫环境特征及其对免疫治疗反应的预测价值	结直肠癌患者的肿瘤组织、血液和肠道不同解剖结构的免疫细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	CyTOF、RNA-seq、单细胞RNA测序、空间转录组、多重免疫荧光染色	NA	单细胞多组学数据、空间转录组数据、流式细胞数据	包含发现队列和验证队列的结直肠癌患者样本
273	2025-05-08	Hunger Games: A Modern Battle Between Stress and Appetite 2025-Feb, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.70006 PMID:39936619	review	探讨压力与食欲之间的相互作用及其对饮食失调（EDs）发展的影响	强调了肠道微生物组在饮食失调研究中的新兴作用，以及单细胞测序和先进人类成像技术在揭示ED患者大脑相关区域变化中的应用	未解决的问题包括为什么某些个体对压力具有抵抗力而其他个体则容易发展为饮食失调	研究压力如何影响食欲和饮食失调的神经机制	压力、食欲、饮食失调（EDs）的神经机制	神经科学	饮食失调	单细胞测序、先进人类成像	NA	NA	NA
274	2025-05-07	scRecover: Discriminating True and False Zeros in Single-Cell RNA-Seq Data for Imputation 2025-Feb-28, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.10334 PMID:39912305	研究论文	介绍了一种名为scRecover的新工具，用于区分单细胞RNA-seq数据中的真实零值和假零值，并进行有效的插补	提出了一种统计框架，能有效区分真实零值（基因未表达）和假零值（信号丢失），并开发了新的插补工具scRecover	需要与其他插补方法（如scImpute、SAVER和MAGIC）结合使用	提高单细胞RNA-seq数据中零值插补的准确性	单细胞RNA-seq数据中的零值	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	零膨胀负二项模型，Good和Toulmin模型的改进版	单细胞RNA-seq数据	NA
275	2025-05-07	Spatial transcriptomics-aided localization for single-cell transcriptomics with STALocator 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101195 PMID:39904340	研究论文	开发了一种名为STALocator的工具，用于将单细胞转录组数据定位到空间转录组数据中	STALocator能够将单细胞转录组数据与空间转录组数据结合，提高基因表达模式的空间分辨率，并预测全基因组基因表达数据	未明确提及具体限制	提高单细胞转录组数据的空间分辨率	人类大脑和鳞状细胞癌数据	生物信息学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、Slide-seqV2、FISH、Xenium	STALocator	基因表达数据、空间数据	模拟数据、人类大脑和鳞状细胞癌数据
276	2025-05-07	Inferring cell trajectories of spatial transcriptomics via optimal transport analysis 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101194 PMID:39904341	研究论文	介绍了一种名为SpaTrack的方法，通过最优传输分析整合细胞转录组和空间位置信息，重构细胞分化轨迹	利用最优传输方法将基因表达和空间位置信息整合到过渡成本中，从而重建细胞分化轨迹	NA	解决细胞转录组和空间位置信息整合以组织分化轨迹的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	最优传输分析	SpaTrack	空间转录组数据	涉及蝾螈端脑再生和小鼠中脑发育的多个样本
277	2025-05-07	In Vivo Time-Resolved Single-Cell RNA-Seq Reveals Chemotherapy-Induced Transcriptional Dynamics in Tumor Infiltrating Lymphocytes 2025-Feb-18, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c05648 PMID:39908452	research paper	该研究开发了一种名为scDyna-seq的时间分辨单细胞RNA测序方法，用于在体内应用中追踪基因表达的动态变化	开发了scDyna-seq方法，能够在体内环境中高效捕获新生RNA，并精确追踪基因表达动态，突破了传统方法仅限于体外研究的限制	研究主要基于小鼠膀胱癌模型，尚未在人类临床样本中验证	探索化疗药物在肿瘤浸润淋巴细胞中诱导的转录动态变化	肿瘤浸润淋巴细胞	单细胞测序技术	膀胱癌	scRNA-seq, 4-thiouridine (4sU)标记, scTCR-seq	小鼠膀胱癌模型	单细胞RNA测序数据	小鼠模型中的肿瘤浸润淋巴细胞
278	2025-05-07	Kernel-bounded clustering for spatial transcriptomics enables scalable discovery of complex spatial domains 2025-Feb-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278983.124 PMID:39909714	research paper	提出了一种名为核边界聚类（KBC）的新算法，用于处理空间转录组数据，以发现复杂的空间域	KBC是首个使用分布核来招募聚类成员的算法，能够发现不同密度、大小和形状的聚类，并且是一种线性时间聚类算法，显著提高了聚类分析的速度	未明确提及具体局限性	开发一种新的聚类算法，以更有效地处理大规模空间转录组数据集	空间转录组数据	machine learning	NA	Weisfeiler-Lehman scheme	KBC	spatial transcriptomics data	NA
279	2025-05-07	Hypoxia-Mimicking Microenvironment Scaffold for Enhanced Tendon Regeneration 2025-Feb-12, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c18082 PMID:39901352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索肌腱愈合中的细胞群体和信号通路，并开发了一种模拟缺氧环境的PCL-DFOA支架以增强肌腱组织再生	利用单细胞RNA测序揭示缺氧在肌腱愈合中的关键作用，并开发了能模拟缺氧环境的PCL-DFOA支架	NA	探索肌腱损伤修复的新治疗策略	肌腱组织	组织工程	肌腱损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
280	2025-05-07	Single-cell delineation of the microbiota-gut-brain axis: Probiotic intervention in Chd8 haploinsufficient mice 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100768 PMID:39914389	研究论文	通过构建野生型和突变型小鼠在三个发育阶段的大脑和肠道组织的单细胞转录组图谱，探索了宿主-肠道微生物群的相互作用，并研究了益生菌干预对CHD8单倍不足小鼠社交缺陷的潜在治疗效果	首次在CHD8单倍不足的ASD模型中，利用单细胞转录组学技术详细描绘了微生物群-肠-脑轴的相互作用，并发现特定益生菌干预可选择性挽救社交缺陷	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类ASD患者中验证益生菌干预的效果	探索微生物群-肠-脑轴在自闭症谱系障碍(ASD)中的作用，并寻找潜在的治疗策略	野生型和CHD8单倍不足突变型小鼠的大脑和肠道组织	神经科学	自闭症谱系障碍(ASD)	单细胞转录组测序	CHD8单倍不足小鼠模型	单细胞转录组数据	野生型和突变型小鼠在三个发育阶段的大脑和肠道组织样本