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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomic analysis reveals significant differences in tumor microenvironment in HPV-dependent and HPV-independent vulvar squamous cell carcinoma
2025-Feb, Gynecologic oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.ygyno.2025.01.002
PMID:39787746
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析HPV依赖型和HPV非依赖型外阴鳞状细胞癌肿瘤微环境的差异 | 首次在外阴鳞状细胞癌中应用空间转录组学技术,揭示了HPV依赖型和HPV非依赖型肿瘤在免疫细胞组成和基因表达谱上的显著差异 | 样本量较小(仅4例早期VSCC病例),需要更大规模研究验证发现 | 探索HPV依赖型和HPV非依赖型外阴鳞状细胞癌肿瘤微环境的差异 | 外阴鳞状细胞癌患者组织样本 | 空间转录组学 | 外阴鳞状细胞癌 | 空间转录组测序,CIBERSORTx细胞类型推断 | NA | 空间基因表达数据 | 4例早期外阴鳞状细胞癌病例(2例HPV依赖型,2例HPV非依赖型),28,183个Visium检测点 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium空间转录组平台 |
| 222 | 2025-10-07 |
Multi-omics-based mapping of decidualization resistance in patients with a history of severe preeclampsia
2025-Feb, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03407-7
PMID:39775038
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研究论文 | 通过多组学策略解析严重先兆子痫患者子宫内膜蜕膜化抵抗的细胞和分子特征 | 首次采用多组学方法系统揭示严重先兆子痫患者子宫内膜蜕膜化抵抗的细胞组成变化和细胞间通讯异常 | 样本量相对有限(sPE组11例,对照组12例),需要进一步验证 | 探究严重先兆子痫患者子宫内膜蜕膜化抵抗的分子机制 | 严重先兆子痫患者和对照组的子宫内膜样本 | 数字病理学 | 先兆子痫 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,激光捕获显微切割/质谱分析 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,质谱数据,组织图像数据 | sPE患者11例,对照组12例 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,质谱分析 | NA | NA |
| 223 | 2025-10-07 |
The epitranscriptional factor PCIF1 orchestrates CD8+ T cell ferroptosis and activation to control antitumor immunity
2025-Feb, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-02047-w
PMID:39762445
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研究论文 | 本研究揭示RNA甲基转移酶PCIF1通过调控CD8+ T细胞的铁死亡和活化来抑制抗肿瘤免疫 | 首次发现PCIF1通过m6A修饰调控铁死亡抑制基因和T细胞活化基因,影响CD8+ T细胞的抗肿瘤功能 | 研究主要基于小鼠模型,临床相关性仍需进一步验证 | 探究PCIF1在CD8+ T细胞抗肿瘤免疫中的调控机制 | CD8+ T细胞、肿瘤浸润淋巴细胞 | 免疫学、肿瘤学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、m6A测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质组数据、表观转录组数据 | 小鼠模型及临床患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 224 | 2025-10-07 |
Immunophenotyping of Synovial Tissue in Adolescents Undergoing ACL Reconstruction: What Is the Role of Synovial Inflammation in Arthrofibrosis?
2025-Feb, The American journal of sports medicine
DOI:10.1177/03635465241305411
PMID:39772756
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研究论文 | 通过滑膜组织免疫表型分析探讨青少年前交叉韧带重建术后关节纤维化的机制 | 首次在青少年ACLR患者中通过单细胞RNA测序识别出三种不同的滑膜免疫表型,并发现T细胞浸润与术后关节活动度呈负相关 | 样本量较小(n=17),证据等级为4级,需要更大规模研究验证 | 探究滑膜炎症在ACL重建术后关节纤维化中的作用 | 10-18岁接受初次ACL重建的青少年患者 | 数字病理学 | 骨科疾病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | 主成分分析, 聚类分析 | 基因表达数据, 临床数据 | 17例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 225 | 2025-10-07 |
Multimodal transcriptomics reveal neurogenic aging trajectories and age-related regional inflammation in the dentate gyrus
2025-Feb, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01848-4
PMID:39762661
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了齿状回神经源性衰老轨迹及与年龄相关的区域炎症 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,首次系统揭示了神经干细胞从静息激活到命运决定后代的终生分子动态变化及早期神经炎症对神经源性活动的影响 | 研究主要关注齿状回区域,未全面评估整个海马体的年龄相关变化 | 探究齿状回神经源性细胞的衰老轨迹及年龄相关的分子变化 | 哺乳动物齿状回的神经干细胞及其周围微环境细胞 | 单细胞生物学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 226 | 2025-10-07 |
Development of a ferroptosis-related gene prognostic model and molecular subgroups characterization in sepsis
2025-Feb, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.12.008
PMID:39764891
|
研究论文 | 开发基于铁死亡相关基因的脓毒症预后模型并鉴定分子亚型 | 首次构建基于铁死亡相关基因的脓毒症预后模型,发现TFRC是抑制铁死亡的关键调控因子 | 研究样本量有限,需要进一步临床验证 | 建立脓毒症预后预测模型并探索铁死亡相关基因的分子机制 | 脓毒症患者基因表达数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞测序, siRNA转染, MDA测定, Western blot, ROS测定 | Cox回归, LASSO回归 | 基因表达数据 | GSE65682数据集样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 227 | 2025-10-07 |
Neural pathways of nausea and roles in energy balance
2025-Feb, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2024.102963
PMID:39765206
|
综述 | 本文总结恶心神经通路及其在能量平衡调节作用的最新研究进展 | 通过单细胞测序和功能图谱技术阐明脑干最后区参与的恶心神经通路,并发现新的恶心感觉信号 | NA | 探讨恶心感觉的神经基础及其在能量平衡调节中的作用 | 胃肠道相关感觉的神经编码机制 | 神经科学 | 代谢疾病 | 单细胞测序,功能图谱 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 228 | 2025-10-07 |
A Universal Strategy of Anti-Tumor mRNA Vaccine by Harnessing "Off-the-Shelf" Immunity
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202401287
PMID:39761175
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研究论文 | 本研究开发了一种利用现成免疫的通用抗肿瘤mRNA疫苗策略 | 通过利用已知抗原的现成免疫,克服了个性化新抗原疫苗识别困难的限制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 开发通用型抗肿瘤mRNA疫苗策略 | 肿瘤细胞、细胞毒性T淋巴细胞、肿瘤微环境 | 生物医学工程 | 肿瘤 | 单细胞测序、mRNA疫苗技术 | NA | 测序数据、实验观察数据 | 三种小鼠皮下实体瘤模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 229 | 2025-10-07 |
Posttranscriptional Control of Neural Progenitors Temporal Dynamics During Neocortical Development by Syncrip
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411732
PMID:39776340
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研究论文 | 本研究揭示了Syncrip通过转录后调控机制调控大脑皮层神经发生过程中放射状胶质细胞命运进展的作用 | 首次发现Syncrip通过相分离机制调控Notch信号通路,控制大脑皮层神经发生的时间动态 | 研究主要基于小鼠模型,人类突变的功能验证仍需进一步研究 | 探究大脑皮层发育过程中神经前体细胞时间动态的转录后调控机制 | 小鼠大脑皮层放射状胶质细胞和神经发生过程 | 发育神经生物学 | 神经系统发育疾病 | 单细胞RNA测序,基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 230 | 2025-10-07 |
SEE: A Method for Predicting the Dynamics of Chromatin Conformation Based on Single-Cell Gene Expression
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202406413
PMID:39778075
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研究论文 | 提出了一种基于单细胞基因表达预测染色质构象动态的人工智能方法SEE | 结合自编码器和transformer技术,利用单细胞RNA测序数据和少量单细胞Hi-C图谱分析染色质动态 | 仅使用有限数量的单细胞Hi-C图谱 | 开发预测染色质构象动态的计算方法 | 染色质构象动态 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞Hi-C | 自编码器, transformer | 基因表达数据, 染色质构象数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞Hi-C | NA | NA |
| 231 | 2025-10-07 |
Identifying Reproducible Transcription Regulator Coexpression Patterns with Single Cell Transcriptomics
2025-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.15.580581
PMID:38559016
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研究论文 | 利用大规模单细胞转录组数据识别跨细胞类型可重复的转录调控因子共表达模式 | 整合了223个单细胞RNA-seq数据集(超过2800万个细胞),构建跨物种共表达网络,优先考虑跨细胞类型的可重复模式 | 未深入分析特定背景下的信号保存,主要关注跨生物背景的一致性 | 识别人类和小鼠转录调控因子最协调的基因伙伴,理解跨生物背景的共表达谱一致性 | 人类和小鼠转录调控因子及其共表达基因 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 223个数据集,超过2800万个细胞(120个人类数据集,103个小鼠数据集) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 232 | 2025-10-07 |
Human Pancreatic Cancer Single-Cell Atlas Reveals Association of CXCL10+ Fibroblasts and Basal Subtype Tumor Cells
2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2183
PMID:39636224
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研究论文 | 通过构建人类胰腺癌单细胞图谱,揭示了CXCL10+成纤维细胞与基底亚型肿瘤细胞之间的空间关联 | 发现了CXCL10+癌症相关成纤维细胞与基底肿瘤细胞的新型富集和空间关联,并证实导管细胞也表达CXCL10受体CXCR3 | 研究主要基于公共数据的整合分析,需要进一步实验验证 | 开发胰腺导管腺癌的基因组资源,识别新的治疗靶点 | 人类胰腺癌组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 免疫染色图像 | 229例患者样本的单细胞数据, 744例批量RNA-seq, 22例空间转录组 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 233 | 2025-10-07 |
NLRP3 inflammasome mediates pyroptosis of alveolar macrophages to induce radiation lung injury
2025-Feb-15, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136740
PMID:39642726
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研究论文 | 本研究揭示NLRP3炎症小体通过介导肺泡巨噬细胞焦亡诱导放射性肺损伤的机制 | 首次阐明肺泡巨噬细胞是放射性肺损伤中最早发生焦亡的细胞类型,并证实NLRP3炎症小体在其中起核心作用 | NA | 探究放射性肺损伤中肺泡巨噬细胞焦亡和炎症小体激活的分子机制 | 肺泡巨噬细胞、免疫细胞、肺组织微环境 | 生物医学研究 | 放射性肺损伤 | 多色流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、免疫共沉淀、Duolink邻近连接技术 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质相互作用数据、细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 234 | 2025-10-07 |
Diffusion-based generation of gene regulatory networks from scRNA-seq data with DigNet
2025-Feb-14, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279551.124
PMID:39694856
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研究论文 | 提出了一种名为DigNet的离散扩散生成模型,能够从单细胞RNA测序数据生成基因调控网络 | 采用多步恢复过程的离散扩散生成模型,通过iMetacell整合和非欧几里得离散空间建模,确保全局网络结构与调控模块的兼容性 | NA | 从单细胞RNA测序数据逆向工程构建细胞特异性基因调控网络 | 基因调控网络和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 扩散模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 235 | 2025-10-07 |
Cardiac Reprogramming and Gata4 Overexpression Reduce Fibrosis and Improve Diastolic Dysfunction in Heart Failure With Preserved Ejection Fraction
2025-Feb-11, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究探讨心脏重编程和Gata4过表达对HFpEF小鼠模型中心脏纤维化和舒张功能障碍的改善作用 | 首次证明Gata4单独过表达足以抑制心脏成纤维细胞活化并改善HFpEF,无需生成新的心肌细胞 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果需进一步验证 | 探索心脏重编程对HFpEF的治疗潜力 | Tcf21iCre/Tomato/MGTH2A转基因小鼠和人类心脏成纤维细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | RNA测序,单细胞RNA测序,空间转录组学 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 转基因小鼠模型和人类心脏成纤维细胞 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 236 | 2025-10-07 |
Highly efficient combination of multiple single cells using a deterministic single-cell combinatorial reactor
2025-Feb-11, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d4lc00951g
PMID:39679936
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研究论文 | 介绍一种新型微流控设备DSCR,用于高效组合多个单细胞 | 开发了结合多层互连Si/SiO控制电路的微流控设备,实现多细胞群体的确定性组合 | 仅使用PC3细胞系进行验证,未在其他细胞类型中测试 | 实现多个单细胞的高效配对和组合 | PC3前列腺癌细胞 | 单细胞技术 | 前列腺癌 | 微流控技术,荧光染色 | NA | 荧光成像数据 | 三组不同荧光染色的PC3细胞 | NA | 单细胞组合分析 | DSCR设备 | 确定性单细胞组合反应器,包含SiO钝化层蚀刻的细胞尺寸陷阱孔和多层电极互连系统 |
| 237 | 2025-10-07 |
The retinoic acid family-like nuclear receptor SmRAR identified by single-cell transcriptomics of ovarian cells controls oocyte differentiation in Schistosoma mansoni
2025-Feb-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1228
PMID:39676663
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研究论文 | 通过曼氏血吸虫卵巢细胞的单细胞转录组学鉴定出视黄酸家族样核受体SmRAR,并发现其控制卵母细胞分化 | 首次在寄生虫扁形动物中应用单细胞转录组学技术研究生殖发育,鉴定出新的转录因子SmRAR及其在卵母细胞分化中的关键作用 | 研究仅针对曼氏血吸虫,对其他扁形动物的适用性有待验证;样本来源仅限于配对雌虫的卵巢 | 探索曼氏血吸虫卵巢发育和卵母细胞分化的分子机制 | 曼氏血吸虫的卵巢细胞和卵母细胞 | 单细胞转录组学 | 血吸虫病 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 1967个卵母细胞,表达7872个基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 238 | 2025-10-07 |
Advancing our understanding of root development: Technologies and insights from diverse studies
2025-Feb-07, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiae605
PMID:39688896
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综述 | 本文综述了根系发育研究中的关键技术进展,重点介绍了单细胞基因表达分析技术的变革性影响 | 强调单细胞RNA测序技术如何革新根系生物学研究,实现细胞特异性基因表达分析,构建根系图谱和基因调控网络 | NA | 探讨根系发育研究的技术进展及其在植物生物学中的应用 | 植物根系发育过程及相关技术方法 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多模态分析、生物信息学、成像技术、建模、CRISPR基因编辑、生物传感器、微流控设备 | NA | 基因表达数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 239 | 2025-10-07 |
Exosomal miRNA reprogramming in pyroptotic macrophage drives silica-induced fibroblast-to-myofibroblast transition and pulmonary fibrosis
2025-Feb-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136629
PMID:39603130
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研究论文 | 本研究揭示二氧化硅纳米颗粒通过诱导巨噬细胞焦亡释放外泌体miRNA,驱动成纤维细胞向肌成纤维细胞转化并促进肺纤维化的机制 | 首次发现焦亡巨噬细胞来源的外泌体miRNA重编程在硅肺纤维化中的关键作用,并采用单细胞测序和高通量miRNA测序技术系统解析其分子机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未在人体中验证相关机制 | 阐明二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制 | 巨噬细胞、成纤维细胞、肺组织 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, miRNA测序, 高光谱成像 | 人工智能病理识别 | 基因表达数据, 图像数据 | 硅肺小鼠模型及体外细胞模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 240 | 2025-10-07 |
Single-cell data-driven design of armed oncolytic virus to boost cooperative innate-adaptive immunity against cancer
2025-Feb-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.12.017
PMID:39674886
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析设计了一种表达五个非冗余功能基因的武装溶瘤病毒OV-5A,用于增强抗肿瘤免疫反应 | 采用单细胞数据驱动方法设计多基因武装溶瘤病毒,激活协同先天-适应性免疫反应对抗肿瘤 | NA | 开发更有效的溶瘤病毒疗法以克服患者对癌病毒治疗的异质性反应 | 肿瘤免疫微环境、溶瘤病毒疗法、小鼠模型、人源化异种移植模型、类器官-免疫细胞共培养系统、患者组织切片 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |