单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-03-02	Multiple Myeloma Insights from Single-Cell Analysis: Clonal Evolution, the Microenvironment, Therapy Evasion, and Clinical Implications 2025-Feb-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17040653 PMID:40002248	综述	本文综述了多发性骨髓瘤（MM）的复杂性，包括克隆进化、遗传不稳定性、肿瘤微环境的作用以及治疗抵抗的机制	强调了单细胞技术（如单细胞转录组学、基因组学和多组学）在理解MM异质性和耐药机制中的关键作用	尽管技术先进，MM仍是一种无法治愈的疾病，临床应用面临高成本、数据复杂性和标准化生物信息学需求的挑战	旨在通过深入研究MM的进展机制，提高个性化治疗策略并改善患者预后	多发性骨髓瘤（MM）	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学、基因组学、多组学	NA	单细胞数据	NA
222	2025-03-02	A unified framework for cell-type-specific eQTL prioritization by integrating bulk and scRNA-seq data 2025-Feb-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2024.12.018 PMID:39824189	研究论文	本文提出了一种统计框架IBSEP，通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，增强细胞类型特异性eQTL的优先级排序	IBSEP框架通过层次线性模型整合bulk RNA-seq和scRNA-seq的汇总统计数据，克服了单一技术的局限性，提升了细胞类型特异性eQTL的识别能力	尽管IBSEP在识别细胞类型特异性eQTL方面表现出色，但其性能仍受限于scRNA-seq数据的小样本量和技术限制	研究目的是通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，提高细胞类型特异性eQTL的优先级排序，以更深入地理解复杂疾病的遗传基础	研究对象包括外周血单核细胞和大脑皮层数据集	基因组学	复杂疾病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	层次线性模型	RNA-seq数据	包括外周血单核细胞和大脑皮层数据集
223	2025-03-01	Automated Laser-Assisted Single-Cell Sorting for Cell Functional and RNA Sequencing 2025-Feb-28, ACS sensors IF:8.2Q1 DOI:10.1021/acssensors.4c02417 PMID:39843241	研究论文	本文介绍了一种自动化、高效的激光辅助单细胞分选技术，用于细胞功能和RNA测序分析	结合激光诱导前向转移（LIFT）和高通量皮升微孔阵列，实现了自动化、高效率（>80%）的单细胞分离	NA	开发一种自动化、高效的单细胞分选技术，以支持下游的单细胞分析，如RNA测序	单细胞	生物医学工程	NA	激光诱导前向转移（LIFT）、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
224	2025-03-01	Exploration of heterogeneity and recurrence signatures in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-28, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70012 PMID:40018995	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据的整合分析，探索了肝细胞癌（HCC）的异质性和复发特征，揭示了复发HCC中恶性细胞和免疫细胞的变化，并提出了MIF-(CD74+CXCR4)信号通路作为关键机制	开发了一个复发肿瘤细胞相关风险评分（RTRS），能够独立预测总体生存时间和无复发生存时间，且比传统临床变量具有更高的准确性	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索肝细胞癌的异质性和复发特征，识别关键治疗靶点，设计有效的抗癌疗法	肝细胞癌（HCC）的原发和早期复发样本	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，RT-qPCR	机器学习	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
225	2025-03-01	Transcriptome Landscape of Cancer-Associated Fibroblasts in Human PDAC 2025-Feb-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415196 PMID:40019403	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序分析，全面描绘了人类胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）的转录组景观	识别了包括新发现的CAF亚型在内的九种不同的CAF亚型，并揭示了CAF亚型之间的分化可塑性及其与临床不良结果的关联	NA	研究胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的转录组特征及其动态转换	人类胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
226	2025-03-01	The bone marrow NK cell profile predicts MRD negativity in patients with multiple myeloma treated with daratumumab-based therapy 2025-Feb-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026455 PMID:40019438	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、流式细胞术和功能实验，探讨了多发性骨髓瘤（MM）患者诊断时和治疗期间骨髓中自然杀伤（NK）细胞的变化	揭示了诊断时CD16+细胞毒性NK细胞比例降低与达雷妥尤单抗治疗下细胞因子产生减少和NK细胞脱颗粒能力下降的相关性，并发现CD16+骨髓NK细胞比例低的患者在接受达雷妥尤单抗治疗后达到MRD阴性的可能性降低	研究结果主要基于CASSIOPEIA试验的数据，可能不适用于其他治疗方案或患者群体	探讨骨髓NK细胞在多发性骨髓瘤患者接受达雷妥尤单抗治疗中的预测作用	多发性骨髓瘤患者	免疫治疗	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学、流式细胞术、功能实验	NA	细胞数据	CASSIOPEIA试验中的多发性骨髓瘤患者
227	2025-03-01	Immunomodulatory effects of traditional chinese medicine on cancer: insights from network pharmacology and single-cell RNA sequencing data on the treatment of lung adenocarcinoma with shenling baizhu powder 2025-Feb-28, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01550-z PMID:40019596	研究论文	本研究通过网络药理学和单细胞RNA测序数据探讨了参苓白术散对肺腺癌的免疫治疗作用	结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，揭示了参苓白术散通过调节巨噬细胞相关基因增强免疫功能的机制	研究机制尚不完全明确，需进一步临床研究验证	探讨参苓白术散对肺腺癌的免疫调节作用及其机制	肺腺癌患者及其免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	RNA测序数据	未明确提及样本数量
228	2025-03-01	Metabolic reprogramming in astrocytes prevents neuronal death through a UCHL1/PFKFB3/H4K8la positive feedback loop 2025-Feb-27, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01467-x PMID:40016338	研究论文	本文探讨了星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤（SCI）后通过UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路防止神经元死亡的作用	揭示了UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路在星形胶质细胞代谢重编程中的关键作用，并提出了SCI治疗的潜在靶点	研究主要基于体外和体内实验，尚未进行临床试验验证	研究脊髓损伤后星形胶质细胞代谢重编程的作用及其机制	星形胶质细胞和神经元	生物医学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
229	2025-03-01	Elucidating prognostic significance of purine metabolism in colorectal cancer through integrating data from transcriptomic, immunohistochemical, and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Feb-27, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70010 PMID:40017120	研究论文	本研究通过整合转录组、免疫组化和单细胞RNA测序数据，探讨了嘌呤代谢在结直肠癌中的预后意义	首次通过免疫组化验证嘌呤代谢作为结直肠癌预后标志物的临床相关性，并发现五个嘌呤代谢相关基因的低表达与不良预后相关	嘌呤代谢反应的可逆性可能影响研究结果的稳定性	评估嘌呤代谢在结直肠癌中的临床相关性及其作为预后标志物的潜力	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	转录组分析、免疫组化(IHC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、免疫组化数据、单细胞RNA测序数据	结直肠癌患者亚组（包括野生型TP53、突变型TP53和微卫星稳定表型）
230	2025-03-01	Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos 2025-Feb-26, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100705 PMID:40009070	研究论文	本研究通过多组学分析和机器学习预测，探讨了小鼠输卵管在配子和胚胎存在下的适应性反应	首次结合bulk RNA-seq、scRNA-seq和蛋白质组学数据，利用基于transformer的机器学习模型预测转录因子对蛋白质丰度的影响	研究主要基于小鼠模型，与人类输卵管炎症反应的差异需要进一步验证	阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用	小鼠输卵管组织	机器学习	NA	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学	transformer	RNA-seq, 蛋白质组学数据	小鼠输卵管组织在不同交配后时间点的样本
231	2025-03-01	NFE2-driven neutrophil polarization promotes pancreatic cancer liver metastasis progression 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115226 PMID:39827463	研究论文	本文探讨了胰腺癌肝转移中中性粒细胞的极化作用及其在转移进展中的关键角色	揭示了NFE2驱动的中性粒细胞极化在胰腺癌肝转移中的关键作用，并提出了其作为抗转移治疗潜在靶点的可能性	研究主要基于单细胞测序和空间转录组学数据，仍需进一步实验验证其机制	研究胰腺癌肝转移中中性粒细胞的极化机制及其对转移进展的影响	胰腺癌肝转移中的中性粒细胞	癌症研究	胰腺癌	单细胞测序, 空间转录组学	NA	单细胞测序数据, 空间转录组学数据	NA
232	2025-03-01	Chronic intermittent fasting impairs β cell maturation and function in adolescent mice 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115225 PMID:39827461	研究论文	本文研究了间歇性禁食（IF）对不同年龄小鼠的系统代谢和β细胞功能的影响	揭示了慢性间歇性禁食对年轻小鼠β细胞成熟和功能的负面影响，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行了详细分析	研究主要基于小鼠模型，人类胰岛的研究结果仅部分支持，需要进一步验证	探讨间歇性禁食对不同年龄个体代谢和β细胞功能的影响	老年、中年和年轻小鼠，以及人类胰岛	代谢研究	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	不同年龄的小鼠和人类胰岛样本
233	2025-03-01	Early precursor-derived pituitary gland tissue-resident macrophages play a pivotal role in modulating hormonal balance 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115227 PMID:39841599	研究论文	本文通过单细胞转录组学、命运图谱和成像技术，揭示了垂体驻留巨噬细胞的异质性和空间特异性，并探讨了它们在调节垂体激素平衡中的作用	首次详细描述了垂体驻留巨噬细胞的异质性和空间特异性，并揭示了它们通过细胞外ATP介导的细胞间信号调节垂体激素平衡的机制	研究主要基于小鼠模型，人类垂体驻留巨噬细胞的特性和功能可能有所不同	探讨垂体驻留巨噬细胞在调节垂体激素平衡中的作用	垂体驻留巨噬细胞	免疫学	NA	单细胞转录组学、命运图谱、成像技术	NA	单细胞转录组数据、成像数据	NA
234	2025-03-01	The spatial landscape of cancer hallmarks reveals patterns of tumor ecological dynamics and drug sensitivity 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115229 PMID:39864059	研究论文	本文通过空间转录组学技术，探索了10种癌症类型中63个未经治疗的原发性肿瘤的癌症标志物空间分布，揭示了肿瘤生态动力学模式和药物敏感性	首次展示了癌症标志物在肿瘤空间中的组织化分布，并发现肿瘤亚克隆之间的基因组距离与标志物活性差异相关，甚至导致克隆-标志物特化	研究样本量相对较小，仅涉及63个肿瘤样本和33名膀胱癌患者，可能限制了结果的普遍性	探索肿瘤生态动力学和药物敏感性，以改善对肿瘤生态的理解并帮助识别新的药物生物标志物	10种癌症类型中63个未经治疗的原发性肿瘤和33名膀胱癌患者	数字病理学	癌症	空间转录组学	NA	空间转录组数据	63个原发性肿瘤样本和33名膀胱癌患者
235	2025-03-01	Pde4b-regulated cAMP signaling pathway in the AUDGABA-S1TrSst circuit underlies acute-stress-induced anxiety-like behavior 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115253 PMID:39891910	研究论文	本文研究了急性应激诱导的焦虑样行为的神经和分子机制，发现S1Tr区域的GABA能生长抑素神经元在这一过程中起关键作用	揭示了急性应激通过AUD-S1Tr投射中的Pde4b调控的cAMP信号通路影响S1Tr神经元活动，从而调控焦虑行为的分子机制	研究主要聚焦于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索急性应激诱导焦虑行为的神经和分子机制	小鼠的S1Tr区域GABA能生长抑素神经元	神经科学	焦虑症	单细胞测序、空间转录组测序	NA	基因表达数据	NA
236	2025-03-01	A single-cell and spatial wheat root atlas with cross-species annotations delineates conserved tissue-specific marker genes and regulators 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115240 PMID:39893633	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，构建了小麦根尖分生组织的单细胞和空间转录组图谱，并利用跨物种注释预测了保守的组织特异性标记基因和调控网络	利用跨物种注释方法解决了小麦等非模式植物中单细胞RNA测序数据的准确注释问题，并预测了进化上保守的组织特异性标记基因	研究主要依赖于跨物种注释，可能忽略了物种特异性基因的功能	构建小麦根尖分生组织的单细胞和空间转录组图谱，并预测保守的组织特异性标记基因和调控网络	小麦根尖分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	NA
237	2025-03-01	MAIT cells protect against sterile lung injury 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275 PMID:39918959	研究论文	本文探讨了黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）在无菌性肺损伤中的保护作用	首次揭示了MAIT细胞通过促进cDC1驱动的抗纤维化途径增强对无菌性肺损伤的防御	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自特发性肺纤维化患者，样本量和多样性有限	研究MAIT细胞在无菌性肺损伤中的角色及其保护机制	小鼠和人类的MAIT细胞	免疫学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、光谱分析、适应性转移	NA	RNA测序数据	小鼠模型和特发性肺纤维化患者的样本
238	2025-03-01	Th1-poised naive CD4 T cell subpopulation reflects anti-tumor immunity and autoimmune disease 2025-Feb-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57237-3 PMID:40000667	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术识别了小鼠和人类幼稚CD4 T细胞中的不同亚群，特别关注了一个表达超高水平IL-7R的亚群，并探讨了其在抗肿瘤免疫和自身免疫疾病中的作用	揭示了幼稚CD4 T细胞的异质性，并识别了一个具有Th1倾向的亚群，该亚群在抗肿瘤免疫和自身免疫疾病中发挥重要作用	研究主要基于小鼠模型和人类样本的相关性分析，需要进一步的功能性实验验证	探讨幼稚CD4 T细胞的异质性及其在疾病中的作用	小鼠和人类的幼稚CD4 T细胞	免疫学	癌症, 多发性硬化症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	小鼠和人类样本
239	2025-03-01	Batch correcting single-cell spatial transcriptomics count data with Crescendo improves visualization and detection of spatial gene patterns 2025-Feb-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03479-9 PMID:40001084	研究论文	本文介绍了Crescendo算法，用于校正单细胞空间转录组数据中的批次效应，以改善基因表达模式的可视化和检测	Crescendo算法能够在基因表达水平上校正批次效应，从而在多样本中准确可视化基因表达模式，并增强空间转录组分析以检测基因共定位和配体-受体相互作用	NA	校正单细胞空间转录组数据中的批次效应，以改善基因表达模式的可视化和检测	单细胞空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术、单细胞RNA测序技术	Crescendo算法	单细胞空间转录组数据	三个数据集，涵盖170,000到700万个单细胞
240	2025-03-01	Single-cell multi-omics analysis identifies SPP1+ macrophages as key drivers of ferroptosis-mediated fibrosis in ligamentum flavum hypertrophy 2025-Feb-25, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00746-6 PMID:40001138	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析揭示了SPP1+巨噬细胞在铁死亡介导的黄韧带肥厚纤维化中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序和多组学整合分析，揭示了SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴调控高铁死亡评分成纤维细胞的铁死亡，从而促进黄韧带肥厚纤维化的机制	研究主要基于单细胞测序和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探讨黄韧带肥厚纤维化的细胞和分子机制	人类黄韧带样本和小鼠模型	数字病理	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、孟德尔随机化（MR）	NA	单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据	人类黄韧带样本和小鼠模型