单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-03-03	Bioinformatics analysis of shared biomarkers and immune pathways of preeclampsia and periodontitis 2025-Feb-27, BMC pregnancy and childbirth IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s12884-025-07277-w PMID:40016711	研究论文	本研究通过生物信息学分析，探讨了先兆子痫（PE）和牙周炎（PD）共有的生物标志物和免疫通路	首次系统地识别了PE和PD共有的关键交叉基因，并通过单细胞RNA测序验证了这些基因的生物学相关性	研究依赖于公开的转录组数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	揭示PE和PD共有的病理机制，为疾病的诊断和治疗提供新的策略	先兆子痫和牙周炎患者	生物信息学	先兆子痫和牙周炎	转录组分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、机器学习、单细胞RNA测序	XG-Boost算法	转录组数据	NA
202	2025-03-03	Integration and functionality of human iPSC-derived microglia in a chimeric mouse retinal model 2025-Feb-27, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03393-8 PMID:40016767	研究论文	本文介绍了一种新型的体外嵌合模型，用于研究人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞在视网膜环境中的功能	通过移植人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞到小鼠视网膜外植体中，创建了一种包含异种移植小胶质细胞的体外嵌合模型	模型的长期稳定性和功能维持需要进一步验证	研究人类小胶质细胞在视网膜环境中的功能和整合情况	人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞和小鼠视网膜	数字病理学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	嵌合模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
203	2025-03-03	A novel stemness-related lncRNA signature predicts prognosis, immune infiltration and drug sensitivity of clear cell renal cell carcinoma 2025-Feb-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06251-6 PMID:40016772	研究论文	本研究探讨了与干细胞特性相关的长链非编码RNA（SRlncRNAs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后、免疫浸润和药物敏感性预测中的作用	开发了一种新的SRlncRNA相关签名，并构建了一个用户友好的网络计算器，用于ccRCC患者的风险分层和个性化治疗策略指导	研究主要依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨SRlncRNAs在ccRCC中的预后、免疫浸润和药物敏感性预测中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	生物信息学	肾癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR	LASSO回归结合多变量Cox回归	基因表达数据和临床数据	TCGA-KIRC和GSE29609队列中的样本
204	2025-03-03	Integrative single-cell RNA sequencing and mendelian randomization analysis reveal the potential role of synaptic vesicle cycling-related genes in Alzheimer's disease 2025-Feb-27, The journal of prevention of Alzheimer's disease DOI:10.1016/j.tjpad.2025.100097 PMID:40021385	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，揭示了突触小泡循环相关基因在阿尔茨海默病中的潜在作用	首次通过孟德尔随机化方法识别出四个突触小泡循环相关基因为阿尔茨海默病的保护因素，并揭示了这些基因在疾病相关细胞环境中的细胞类型特异性表达	研究数据完全来源于公共数据库，缺乏实验验证	探讨突触小泡循环相关基因在阿尔茨海默病中的潜在作用，以识别影响疾病进展和治疗反应的关键生物标志物	阿尔茨海默病患者和健康个体的基因表达数据	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 孟德尔随机化 (MR)	NA	基因表达数据	NA
205	2025-03-03	Chronic inflammation deters natural killer cell fitness and cytotoxicity in myeloid leukemia 2025-Feb-25, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014592 PMID:39571169	研究论文	本文研究了慢性炎症对自然杀伤细胞（NK细胞）在髓性白血病中的适应性和细胞毒性的影响	揭示了慢性髓性白血病（CML）微环境中炎症信号对NK细胞功能的抑制作用，并提出了通过靶向Cish或TNFα来恢复NK细胞功能的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行大规模临床试验验证	探讨慢性髓性白血病微环境对NK细胞功能的影响及其潜在治疗策略	慢性髓性白血病（CML）小鼠模型和健康供体的NK细胞	免疫学	髓性白血病	单细胞RNA测序	嵌合BCR::ABL1+ CML小鼠模型	基因表达数据	CML小鼠模型和健康供体的NK细胞
206	2025-03-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Extensive Heterogeneity and Unique Gene Trajectories in Non-Transformed and Transformed Human Lung Epithelial Cells: Insights into the Role of LncRNAs in Tumor Heterogeneity 2025-Feb-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041690 PMID:40004153	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非转化和转化的人类肺上皮细胞的转录组异质性，揭示了长链非编码RNA在肿瘤异质性中的作用	使用单细胞RNA测序技术揭示非转化和转化肺上皮细胞的转录组异质性，并特别关注长链非编码RNA的作用	研究仅限于两种肺上皮细胞系，未涉及更多类型的细胞或体内环境	探索肺上皮细胞在非转化和转化状态下的转录组异质性，特别是长链非编码RNA的作用	非转化（BEAS2B）和转化（H460）的人类肺上皮细胞系	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两种肺上皮细胞系（BEAS2B和H460）
207	2025-03-03	Spatial transcriptomic analysis reveals significant differences in tumor microenvironment in HPV-dependent and HPV-independent vulvar squamous cell carcinoma 2025-Feb, Gynecologic oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.ygyno.2025.01.002 PMID:39787746	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了HPV依赖性和HPV非依赖性外阴鳞状细胞癌（VSCC）肿瘤微环境的基因表达差异	首次在VSCC中应用空间转录组学技术，揭示了HPV依赖性和HPV非依赖性VSCC在肿瘤微环境中的显著差异	样本量较小，仅包括四例早期VSCC病例	探索HPV依赖性和HPV非依赖性VSCC的肿瘤微环境差异	HPV依赖性和HPV非依赖性外阴鳞状细胞癌（VSCC）患者	数字病理学	外阴鳞状细胞癌	空间转录组学，10× Genomics Visium平台，CIBERSORTx	NA	基因表达数据	四例早期VSCC病例（两例HPV依赖性，两例HPV非依赖性）
208	2025-03-03	Revealing the core suppression effects of various Di (2-ethylhexyl) phthalate exposure on early meiosis progression in postnatal male mice via single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117866 PMID:39923572	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了DEHP暴露对雄性小鼠早期减数分裂进程的核心抑制效应	首次提供了DEHP通过Trp53介导的p38-MAPK通路抑制雄性生殖细胞早期减数分裂进程的综合证据	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	探讨DEHP暴露对雄性生殖系统早期减数分裂进程的影响及其分子机制	雄性小鼠的睾丸细胞	生物信息学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	42,000个细胞
209	2025-03-03	Analysis of toxicity and mechanisms of busulfan in non-obstructive azoospermia: A genomic and toxicological approach integrating molecular docking, single-cell sequencing, and experimentation in vivo 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117878 PMID:39933234	研究论文	本研究通过整合分子对接、单细胞RNA测序和体内实验，揭示了白消安在非梗阻性无精子症中的毒性机制和关键分子靶点	首次结合分子对接、单细胞RNA测序和体内实验，识别出POLE和LRAT作为白消安诱导非梗阻性无精子症的关键蛋白质，并揭示了免疫细胞浸润的显著变化	研究主要聚焦于白消安的毒性机制，未涉及其他化疗药物的影响，且样本来源和数量未明确说明	揭示白消安在非梗阻性无精子症中的毒性机制，并寻找潜在的治疗靶点	白消安对睾丸环境的影响，特别是对精原干细胞的影响	基因组学与毒理学	男性不育症	分子对接、单细胞RNA测序、体内实验	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	NA
210	2025-03-02	Atlas of expression of acyl CoA binding protein/diazepam binding inhibitor (ACBP/DBI) in human and mouse 2025-Feb-26, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07447-w PMID:40011442	研究论文	本研究通过蛋白质表达谱分析，揭示了酰基辅酶A结合蛋白/地西泮结合抑制剂（ACBP/DBI）在人类和小鼠组织中的表达图谱，并探讨了其与衰老及年龄相关疾病的关系	首次系统地描绘了ACBP/DBI在人类和小鼠组织中的表达图谱，并发现其与特定细胞类型中的保守表达机制	研究主要基于转录组和蛋白质组数据，缺乏直接的实验验证	探讨ACBP/DBI在人类和小鼠组织中的表达模式及其与衰老和年龄相关疾病的关系	人类和小鼠的组织样本	生物信息学	衰老相关疾病	RNA-seq, 蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	人类和小鼠的多种组织样本
211	2025-03-02	KRT7 promotes pancreatic cancer metastasis by remodeling the extracellular matrix niche through FGF2-fibroblast crosstalk 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84129-1 PMID:40011455	研究论文	本文研究了KRT7在胰腺导管腺癌（PDAC）肝转移中的作用及其机制	揭示了KRT7通过FGF2-成纤维细胞相互作用重塑细胞外基质微环境，促进PDAC肝转移的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本数量有限	探讨KRT7在PDAC肝转移中的作用及其分子机制	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和小鼠模型	癌症研究	胰腺癌	RNA测序、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据、蛋白质组学数据、单细胞RNA测序数据	24个PDAC样本
212	2025-03-02	Immunological profile of lactate metabolism-related genes in Psoriasis a comprehensive analysis based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91237-z PMID:40011693	研究论文	本文通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，全面分析了银屑病中乳酸代谢相关基因的免疫学特征	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了乳酸代谢相关基因在银屑病中的核心作用及其与免疫细胞浸润的关联	研究主要依赖于公开数据集，缺乏实验验证	探讨乳酸代谢在银屑病发病机制中的作用，并识别潜在的治疗靶点	银屑病患者和健康对照的皮肤样本	数字病理学	银屑病	RNA测序	NA	RNA测序数据	两个数据集（GSE13355, GSE109248）的合并样本
213	2025-03-02	Immune dysregulation in COVID-19 induced ARDS in kidney transplant recipients revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91439-5 PMID:40011702	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了COVID-19诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）在肾移植受者中的免疫失调现象	首次使用单细胞RNA测序技术构建了COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者和非肾移植受者中的全局单细胞图谱，并揭示了关键的免疫细胞亚群及其在病理过程中的作用	研究样本量有限，且仅关注了外周血样本，未涉及其他组织或器官的免疫反应	探索肾移植受者和非肾移植受者在COVID-19诱导的ARDS中的免疫反应差异，以确定潜在的治疗靶点	肾移植受者和非肾移植受者的外周血样本	数字病理	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	108,320个细胞
214	2025-03-02	Combining single-cell ATAC and RNA sequencing for supervised cell annotation 2025-Feb-26, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06084-6 PMID:40011801	研究论文	本文探讨了结合单细胞ATAC和RNA测序数据进行监督细胞注释的方法	首次探索了在监督注释方法中结合单细胞ATAC和RNA测序数据的改进效果	在神经元细胞的注释中未观察到改进	提高单细胞分析中的细胞类型注释准确性	人类外周血单核细胞（PBMC）和阿尔茨海默病神经元细胞	单细胞分析	阿尔茨海默病	单细胞ATAC测序和RNA测序	随机森林、支持向量机、逻辑回归	单细胞测序数据	人类外周血单核细胞和阿尔茨海默病神经元细胞样本
215	2025-03-02	Pathological and molecular insights into intravenous leiomyomatosis: an integrative multi-omics study 2025-Feb-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05919-9 PMID:40011937	研究论文	本文通过多组学方法研究静脉内平滑肌瘤病（IVL），揭示了其病理和分子变化	首次对IVL进行了全面的单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了其与子宫肌瘤的细胞组成差异及染色体10q缺失的重要性	由于IVL较为罕见，样本量有限，可能影响结果的普适性	研究IVL的病理和分子机制，以改善其诊断和治疗	IVL、子宫肌瘤和正常子宫肌层的组织样本	数字病理学	静脉内平滑肌瘤病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析、H&E染色	NA	组织样本、RNA测序数据、蛋白质组数据	8对IVL和正常子宫肌层的新鲜冷冻组织样本
216	2025-03-02	Exploring the hepatic-ophthalmic axis through immune modulation and cellular dynamics in diabetic retinopathy and non-alcoholic fatty liver disease 2025-Feb-26, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00730-z PMID:40011971	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探索了糖尿病视网膜病变（DR）和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的免疫调节和细胞动态变化	揭示了T细胞、巨噬细胞和内皮细胞在DR和NAFLD中的关键作用，特别是CD45信号通路的重要性，为这两种疾病的治疗提供了新的视角	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能受到数据质量和样本来源的限制	阐明DR和NAFLD中不同细胞群体之间的复杂相互作用和通讯途径	糖尿病视网膜病变（DR）和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）	生物信息学	糖尿病视网膜病变, 非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序, 基因表达差异分析, 伪时间分析, CellChat, GSEA, GSVA	NA	单细胞RNA测序数据	从GEO数据库中获取的PDR和NAFLD单细胞RNA测序数据
217	2025-03-02	Association of 5α-reductase inhibitor prescription with immunotherapy efficacy in metastatic renal cell carcinoma: a multicenter retrospective analysis 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011154 PMID:40010773	研究论文	本研究探讨了5α-还原酶抑制剂（5-ARIs）使用史对转移性肾细胞癌（mRCC）患者免疫检查点抑制剂（ICIs）疗效的影响	首次通过多中心回顾性分析，揭示了5-ARIs使用史与ICIs疗效的关联，并通过单细胞RNA测序提供了免疫学机制上的新见解	研究为回顾性分析，可能存在选择偏倚，且样本量相对较小	评估5-ARIs使用史对mRCC患者ICIs疗效的影响	185名接受ICIs治疗的mRCC患者	肿瘤免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序	Cox比例风险模型	临床数据和RNA测序数据	185名mRCC患者
218	2025-03-02	Single-cell analysis of neoplastic plasma cells identifies myeloma pathobiology mediators and potential targets 2025-Feb-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101925 PMID:39855192	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞B细胞受体测序（scBCR-seq）技术，区分了单克隆/肿瘤性浆细胞与多克隆/正常浆细胞，并发现了更多在前期患者中失调的基因	结合scRNA-seq和scBCR-seq技术，首次在单细胞水平上区分了肿瘤性和正常浆细胞，并验证了MAD2L1和MAT2A作为潜在治疗靶点的有效性	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证其疗效	探索多发性骨髓瘤的病理生物学机制并识别潜在的治疗靶点	多发性骨髓瘤患者的浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞B细胞受体测序（scBCR-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
219	2025-03-02	Spatially resolved transcriptomics reveal the determinants of primary resistance to immunotherapy in NSCLC with mature tertiary lymphoid structures 2025-Feb-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101934 PMID:39909044	研究论文	本文通过空间转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了非小细胞肺癌（NSCLC）中成熟三级淋巴结构（mTLSs）与免疫检查点抑制剂（ICIs）原发性耐药的决定因素	研究发现两种不同的癌症相关成纤维细胞（CAFs）亚群在mTLSs阳性的NSCLC中介导了ICIs的原发性耐药，并提出了新的治疗靶点	研究样本量较大（n=509），但未提及是否涵盖不同亚型的NSCLC或不同阶段的疾病	揭示NSCLC中mTLSs与ICIs疗效的决定因素，并探索新的治疗靶点	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	空间转录组学，多重免疫荧光（mIF）	NA	转录组数据，免疫荧光图像	509名NSCLC患者
220	2025-03-02	Enhanced conversion of T cells into CAR T cells by modulation of the MAPK/ERK pathway 2025-Feb-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101970 PMID:39938523	研究论文	本文通过单细胞多组学分析，研究了T细胞在嵌合抗原受体（CAR）T细胞生成过程中的分子事件，揭示了MAPK/ERK通路在CAR T细胞生成中的作用	通过单细胞多组学分析揭示了CAR T细胞生成过程中的分子机制，特别是MAPK/ERK通路的作用	研究中使用的化学抑制剂可能对细胞有其他未知的影响，且样本来源仅限于健康供体和患者	研究CAR T细胞生成过程中的分子机制，以提高CAR T细胞的生成效率	T细胞	生物医学工程	NA	单细胞多组学分析	NA	单细胞转录组数据	健康供体和患者的T细胞