单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-03-04	Seq-Scope-eXpanded: Spatial Omics Beyond Optical Resolution 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.04.636355 PMID:39975076	研究论文	本文介绍了Seq-Scope-X，一种通过组织扩展实现亚微米分辨率的空间转录组学技术，突破了传统测序方法的限制	Seq-Scope-X通过物理放大组织，减少了转录扩散效应，并将空间特征密度提高了一个数量级，实现了亚微米分辨率	NA	开发一种超越光学分辨率的空间转录组学技术，以更精确地解析细胞结构和功能	肝脏组织、脑组织、结肠组织、小鼠脾脏和人类扁桃体	空间组学	NA	空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
182	2025-03-04	scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data 2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.02.636138 PMID:39974940	研究论文	本文介绍了一个名为scBSP的开源工具，用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征	scBSP利用稀疏矩阵操作显著提高了计算效率，能够在短时间内处理包含数百万细胞的高分辨率空间组学数据，并保持高准确性	未明确提及具体局限性	开发一个高效且准确的工具，用于识别高分辨率空间组学数据中的空间可变特征	高分辨率空间组学数据	空间组学	肾脏疾病	空间转录组学	NA	空间组学数据	19,950个基因和181,367个点
183	2025-03-04	The profiles of immunosuppressive microenvironment in the Lauren intestinal-type gastric adenocarcinoma 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03938-5 PMID:39891785	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，深入探讨了Lauren肠型胃腺癌（IGAC）中免疫抑制微环境的细胞亚群及其机制	首次详细描绘了IGAC中免疫抑制细胞亚群的组成及其功能，特别是HAVCR2+VCAM1+ Texs和LAYN+TNFRSF4+ Tregs的作用	样本量相对较小，仅包括15名中国患者，可能限制了结果的普遍性	研究IGAC中免疫抑制的机制，以发现增强免疫治疗效果的新靶点	15名诊断为IGAC的中国患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间分辨转录组学（SRT）、免疫荧光（IF）、流式细胞术（FCM）	NA	RNA测序数据、图像数据	15名中国IGAC患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜
184	2025-03-04	Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics 2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029 PMID:39919554	研究论文	本研究利用单细胞转录组学数据，系统性地描述了小鼠肝脏中药物代谢酶、转运体和转录因子在不同细胞类型和区域中的分布	首次系统性地描述了肝脏中不同细胞类型和区域内药物处理基因的mRNA富集情况，揭示了非实质细胞和区域1肝细胞在异生物质生物转化中的潜在作用	研究依赖于已发表的单细胞和核转录组数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制	表征小鼠肝脏中药物处理基因的分布，以理解化学诱导肝损伤的机制	小鼠肝脏中的细胞类型和区域	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	已发表的单细胞和核转录组数据集
185	2025-03-03	Applications of Single-Cell Omics Technologies for Induced Pluripotent Stem Cell-Based Cardiovascular Research 2025-Feb-28, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc23183 PMID:39129179	review	本文综述了单细胞组学技术与诱导多能干细胞（iPSCs）在心血管研究中的应用，旨在深化对心脏生物学的理解	整合单细胞组学与iPSCs技术，探索其在心血管研究中的协同潜力，并展望单细胞/空间组学等新兴范式的前景	NA	通过单细胞组学技术揭示心脏健康和疾病的分子复杂性，推动心血管研究的发展	心脏细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序，单细胞/空间组学	NA	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
186	2025-03-03	Emerging clinical applications of single-cell RNA sequencing in oncology 2025-Feb-28, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-025-01003-3 PMID:40021788	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肿瘤学中的新兴临床应用	总结了scRNA-seq在癌症患者样本研究中的可用数据，特别关注具有潜在临床相关性的发现	描述了scRNA-seq的局限性以及未来可能进一步推进临床适用性的方法	探讨scRNA-seq在肿瘤学中的临床应用	癌症患者样本	digital pathology	cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	数百项研究中的癌症患者样本
187	2025-03-03	LOX+ iCAFs in HNSCC have the potential to predict prognosis and immunotherapy responses revealed by single cell RNA sequencing analysis 2025-Feb-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91036-6 PMID:40016474	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了LOX+ iCAFs在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的预后和免疫治疗反应预测潜力	首次通过单细胞RNA测序数据集识别并验证了LOX+ iCAF亚型在HNSCC中的预后和免疫治疗反应预测能力，并揭示了LOX基因作为治疗靶点的潜力	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证LOX基因在HNSCC治疗中的具体机制	探索CAFs在HNSCC中的功能角色及其对预后和免疫治疗反应的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	102名HNSCC患者
188	2025-03-03	A novel telomere-associated genes signature for the prediction of prognosis and treatment responsiveness of hepatocellular carcinoma 2025-Feb-27, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00271-8 PMID:40016654	研究论文	本研究开发了一种基于18个端粒相关基因（TRGs）的肝细胞癌（HCC）预后风险模型，并通过多种实验验证了其预测准确性	首次通过孟德尔随机化（MR）分析确认了ASF1A与酒精性HCC之间的因果关系，为酒精性HCC的管理提供了新的理论基础	研究样本量相对较小，且主要依赖于TCGA数据库的数据，可能限制了模型的泛化能力	开发一种新的HCC预后模型，并探索端粒相关基因在HCC中的作用	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、Western blotting、Transwell迁移实验、伤口愈合实验、克隆形成实验	Cox回归模型、LASSO回归模型	基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据	374例HCC样本和50例正常肝组织样本
189	2025-03-03	Bioinformatics analysis of shared biomarkers and immune pathways of preeclampsia and periodontitis 2025-Feb-27, BMC pregnancy and childbirth IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s12884-025-07277-w PMID:40016711	研究论文	本研究通过生物信息学分析，探讨了先兆子痫（PE）和牙周炎（PD）共有的生物标志物和免疫通路	首次系统地识别了PE和PD共有的关键交叉基因，并通过单细胞RNA测序验证了这些基因的生物学相关性	研究依赖于公开的转录组数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	揭示PE和PD共有的病理机制，为疾病的诊断和治疗提供新的策略	先兆子痫和牙周炎患者	生物信息学	先兆子痫和牙周炎	转录组分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、机器学习、单细胞RNA测序	XG-Boost算法	转录组数据	NA
190	2025-03-03	Integration and functionality of human iPSC-derived microglia in a chimeric mouse retinal model 2025-Feb-27, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03393-8 PMID:40016767	研究论文	本文介绍了一种新型的体外嵌合模型，用于研究人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞在视网膜环境中的功能	通过移植人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞到小鼠视网膜外植体中，创建了一种包含异种移植小胶质细胞的体外嵌合模型	模型的长期稳定性和功能维持需要进一步验证	研究人类小胶质细胞在视网膜环境中的功能和整合情况	人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞和小鼠视网膜	数字病理学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	嵌合模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
191	2025-03-03	A novel stemness-related lncRNA signature predicts prognosis, immune infiltration and drug sensitivity of clear cell renal cell carcinoma 2025-Feb-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06251-6 PMID:40016772	研究论文	本研究探讨了与干细胞特性相关的长链非编码RNA（SRlncRNAs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后、免疫浸润和药物敏感性预测中的作用	开发了一种新的SRlncRNA相关签名，并构建了一个用户友好的网络计算器，用于ccRCC患者的风险分层和个性化治疗策略指导	研究主要依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨SRlncRNAs在ccRCC中的预后、免疫浸润和药物敏感性预测中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	生物信息学	肾癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR	LASSO回归结合多变量Cox回归	基因表达数据和临床数据	TCGA-KIRC和GSE29609队列中的样本
192	2025-03-03	Integrative single-cell RNA sequencing and mendelian randomization analysis reveal the potential role of synaptic vesicle cycling-related genes in Alzheimer's disease 2025-Feb-27, The journal of prevention of Alzheimer's disease DOI:10.1016/j.tjpad.2025.100097 PMID:40021385	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，揭示了突触小泡循环相关基因在阿尔茨海默病中的潜在作用	首次通过孟德尔随机化方法识别出四个突触小泡循环相关基因为阿尔茨海默病的保护因素，并揭示了这些基因在疾病相关细胞环境中的细胞类型特异性表达	研究数据完全来源于公共数据库，缺乏实验验证	探讨突触小泡循环相关基因在阿尔茨海默病中的潜在作用，以识别影响疾病进展和治疗反应的关键生物标志物	阿尔茨海默病患者和健康个体的基因表达数据	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 孟德尔随机化 (MR)	NA	基因表达数据	NA
193	2025-03-03	Chronic inflammation deters natural killer cell fitness and cytotoxicity in myeloid leukemia 2025-Feb-25, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014592 PMID:39571169	研究论文	本文研究了慢性炎症对自然杀伤细胞（NK细胞）在髓性白血病中的适应性和细胞毒性的影响	揭示了慢性髓性白血病（CML）微环境中炎症信号对NK细胞功能的抑制作用，并提出了通过靶向Cish或TNFα来恢复NK细胞功能的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行大规模临床试验验证	探讨慢性髓性白血病微环境对NK细胞功能的影响及其潜在治疗策略	慢性髓性白血病（CML）小鼠模型和健康供体的NK细胞	免疫学	髓性白血病	单细胞RNA测序	嵌合BCR::ABL1+ CML小鼠模型	基因表达数据	CML小鼠模型和健康供体的NK细胞
194	2025-03-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Extensive Heterogeneity and Unique Gene Trajectories in Non-Transformed and Transformed Human Lung Epithelial Cells: Insights into the Role of LncRNAs in Tumor Heterogeneity 2025-Feb-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041690 PMID:40004153	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非转化和转化的人类肺上皮细胞的转录组异质性，揭示了长链非编码RNA在肿瘤异质性中的作用	使用单细胞RNA测序技术揭示非转化和转化肺上皮细胞的转录组异质性，并特别关注长链非编码RNA的作用	研究仅限于两种肺上皮细胞系，未涉及更多类型的细胞或体内环境	探索肺上皮细胞在非转化和转化状态下的转录组异质性，特别是长链非编码RNA的作用	非转化（BEAS2B）和转化（H460）的人类肺上皮细胞系	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两种肺上皮细胞系（BEAS2B和H460）
195	2025-03-03	Spatial transcriptomic analysis reveals significant differences in tumor microenvironment in HPV-dependent and HPV-independent vulvar squamous cell carcinoma 2025-Feb, Gynecologic oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.ygyno.2025.01.002 PMID:39787746	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了HPV依赖性和HPV非依赖性外阴鳞状细胞癌（VSCC）肿瘤微环境的基因表达差异	首次在VSCC中应用空间转录组学技术，揭示了HPV依赖性和HPV非依赖性VSCC在肿瘤微环境中的显著差异	样本量较小，仅包括四例早期VSCC病例	探索HPV依赖性和HPV非依赖性VSCC的肿瘤微环境差异	HPV依赖性和HPV非依赖性外阴鳞状细胞癌（VSCC）患者	数字病理学	外阴鳞状细胞癌	空间转录组学，10× Genomics Visium平台，CIBERSORTx	NA	基因表达数据	四例早期VSCC病例（两例HPV依赖性，两例HPV非依赖性）
196	2025-03-03	Revealing the core suppression effects of various Di (2-ethylhexyl) phthalate exposure on early meiosis progression in postnatal male mice via single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117866 PMID:39923572	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了DEHP暴露对雄性小鼠早期减数分裂进程的核心抑制效应	首次提供了DEHP通过Trp53介导的p38-MAPK通路抑制雄性生殖细胞早期减数分裂进程的综合证据	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	探讨DEHP暴露对雄性生殖系统早期减数分裂进程的影响及其分子机制	雄性小鼠的睾丸细胞	生物信息学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	42,000个细胞
197	2025-03-03	Analysis of toxicity and mechanisms of busulfan in non-obstructive azoospermia: A genomic and toxicological approach integrating molecular docking, single-cell sequencing, and experimentation in vivo 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117878 PMID:39933234	研究论文	本研究通过整合分子对接、单细胞RNA测序和体内实验，揭示了白消安在非梗阻性无精子症中的毒性机制和关键分子靶点	首次结合分子对接、单细胞RNA测序和体内实验，识别出POLE和LRAT作为白消安诱导非梗阻性无精子症的关键蛋白质，并揭示了免疫细胞浸润的显著变化	研究主要聚焦于白消安的毒性机制，未涉及其他化疗药物的影响，且样本来源和数量未明确说明	揭示白消安在非梗阻性无精子症中的毒性机制，并寻找潜在的治疗靶点	白消安对睾丸环境的影响，特别是对精原干细胞的影响	基因组学与毒理学	男性不育症	分子对接、单细胞RNA测序、体内实验	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	NA
198	2025-03-02	Atlas of expression of acyl CoA binding protein/diazepam binding inhibitor (ACBP/DBI) in human and mouse 2025-Feb-26, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07447-w PMID:40011442	研究论文	本研究通过蛋白质表达谱分析，揭示了酰基辅酶A结合蛋白/地西泮结合抑制剂（ACBP/DBI）在人类和小鼠组织中的表达图谱，并探讨了其与衰老及年龄相关疾病的关系	首次系统地描绘了ACBP/DBI在人类和小鼠组织中的表达图谱，并发现其与特定细胞类型中的保守表达机制	研究主要基于转录组和蛋白质组数据，缺乏直接的实验验证	探讨ACBP/DBI在人类和小鼠组织中的表达模式及其与衰老和年龄相关疾病的关系	人类和小鼠的组织样本	生物信息学	衰老相关疾病	RNA-seq, 蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	人类和小鼠的多种组织样本
199	2025-03-02	KRT7 promotes pancreatic cancer metastasis by remodeling the extracellular matrix niche through FGF2-fibroblast crosstalk 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84129-1 PMID:40011455	研究论文	本文研究了KRT7在胰腺导管腺癌（PDAC）肝转移中的作用及其机制	揭示了KRT7通过FGF2-成纤维细胞相互作用重塑细胞外基质微环境，促进PDAC肝转移的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本数量有限	探讨KRT7在PDAC肝转移中的作用及其分子机制	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和小鼠模型	癌症研究	胰腺癌	RNA测序、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据、蛋白质组学数据、单细胞RNA测序数据	24个PDAC样本
200	2025-03-02	Immunological profile of lactate metabolism-related genes in Psoriasis a comprehensive analysis based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91237-z PMID:40011693	研究论文	本文通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，全面分析了银屑病中乳酸代谢相关基因的免疫学特征	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了乳酸代谢相关基因在银屑病中的核心作用及其与免疫细胞浸润的关联	研究主要依赖于公开数据集，缺乏实验验证	探讨乳酸代谢在银屑病发病机制中的作用，并识别潜在的治疗靶点	银屑病患者和健康对照的皮肤样本	数字病理学	银屑病	RNA测序	NA	RNA测序数据	两个数据集（GSE13355, GSE109248）的合并样本