单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-04	Adverse prognosis gene expression patterns in metastatic castration-resistant prostate cancer 2025-Feb-22, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70001 PMID:39985777	研究论文	该研究通过分析1012个mCRPC组织样本，识别了与临床结果相关的五种基因表达通路簇，并探讨了其预后意义	首次全面分析了mCRPC中预后相关基因表达通路，并揭示了AR信号丢失、高增殖和糖酵解表型作为不良预后通路	仅272例患者有生存数据，样本量相对有限	探究mCRPC中基因表达通路与临床预后的关联	转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)患者	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, 基因集变异分析	NA	基因表达数据	1012个mCRPC组织样本(来自769名患者)
2	2025-04-04	Discovering genetically-supported drug targets for multisite chronic pain through multi-omics Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing 2025-Feb-22, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.02.038 PMID:39993665	研究论文	通过多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序，发现多部位慢性疼痛的基因支持药物靶点	结合多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，识别并验证了KLC1和LANCL1作为多部位慢性疼痛的潜在药物靶点	研究依赖于UK Biobank的总结数据，可能受到样本来源和数量的限制	识别多部位慢性疼痛的潜在治疗靶点	多部位慢性疼痛（MCP）患者	生物信息学	慢性疼痛	多组学孟德尔随机化、单细胞RNA测序、转录组关联研究（TWAS）、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析	孟德尔随机化、贝叶斯共定位	基因表达数据、蛋白质丰度数据、单细胞测序数据	UK Biobank的总结数据
3	2025-04-04	Macrophage polarization-mediated PKM2/mTORC1/YME1L signaling pathway activation in fibrosis associated with Cardiorenal syndrome 2025-Feb-16, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111664 PMID:39961408	research paper	本研究探讨了巨噬细胞极化介导的PKM2/mTORC1/YME1L信号通路在心肾综合征相关纤维化中的作用	发现了PKM2/mTORC1/YME1L信号轴在肾纤维化中的关键作用，并通过HIF-1α介导的M1巨噬细胞极化揭示了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究心肾综合征中肾纤维化的分子机制	心肾综合征相关肾纤维化	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq, CRISPR/Cas9, 免疫浸润分析	CRS小鼠模型	RNA序列数据, 组织学图像	NA
4	2025-04-04	Autosomal dominant SLURP1 variants cause palmoplantar keratoderma and progressive symmetric erythrokeratoderma 2025-Feb-06, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf049 PMID:39913669	研究论文	该研究通过全外显子测序发现了导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症的新型SLURP1基因变异	首次报道了常染色体显性遗传的SLURP1变异导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症的新机制	研究样本量较小（仅三个无亲缘关系的家系）	鉴定导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症的新型遗传变异	表皮分化障碍患者（包括掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症表型）	遗传学	皮肤疾病	全外显子测序、计算机模拟预测、患者角质形成细胞实验、高分辨率空间转录组学、定量细胞因子分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	三个无亲缘关系的家系
5	2025-04-03	Immune-responsive gene-1: The mitochondrial Key to Th17 Cell Pathogenicity in CNS Autoimmunity 2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.24.573264 PMID:38234838	研究论文	研究免疫应答基因1（IRG1）在中枢神经系统自身免疫性疾病中对致病性Th17细胞的调控作用	首次发现IRG1通过NLRP3/IL-1β轴调控致病性Th17细胞的分化，揭示了其在多发性硬化症中的保护作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类多发性硬化症患者中验证	探究IRG1在中枢神经系统自身免疫性疾病中的作用机制	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型小鼠的免疫细胞	免疫学	多发性硬化症	RNA-seq、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	EAE模型小鼠及IRG1敲除小鼠
6	2025-04-03	Cross-cellular analysis of chromatin accessibility markers H3K4me3 and DNase in the context of detecting cell-identity genes: An "all-or-nothing" approach 2025-Feb, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S0219720025400025 PMID:40169369	研究论文	本研究探讨了染色质可及性标记H3K4me3和DNase在不同细胞系中与细胞特异性基因状态关联的可能性，并提出了一种称为跨细胞染色质开放性（CCO）水平的测量方法	提出了一种新的测量方法CCO水平，用于预测基因的必要性状态，并与现有的scRNA-Seq和bulk RNA-Seq方法进行了比较	数据可能难以获取，特别是对于全新的生物样本	研究染色质可及性标记与细胞特异性基因状态之间的关联	染色质可及性标记H3K4me3和DNase，以及细胞特异性基因	生物信息学	NA	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
7	2025-04-02	Single-cell RNA sequencing of the spleen reveals differences in Salmonella typhimurium infection mechanisms between different chicken breeds 2025-Feb, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104669 PMID:39793244	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究不同鸡品种脾脏在沙门氏菌感染中的免疫反应差异	首次对鸡脾脏进行单细胞转录组分析，比较了北京油鸡和科宝肉鸡在细菌感染后的免疫反应差异	仅研究了两种鸡品种，结果可能不适用于其他品种	探究不同鸡品种对沙门氏菌感染的免疫反应机制差异	北京油鸡和科宝肉鸡的脾脏CD45+免疫细胞	单细胞转录组学	细菌感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	54,487个细胞
8	2025-04-01	CellGAT: A GAT-Based Method for Constructing a Cell Communication Network Integrating Multiomics Information 2025-Feb-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030342 PMID:40149878	研究论文	提出了一种基于GAT的方法CellGAT，用于构建整合多组学信息的细胞通讯网络	整合了配体-受体对基因表达数据、蛋白质相互作用信息、蛋白质复合物数据和实验验证的通路信息，使用图注意力网络构建细胞通讯网络	未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制	提高细胞间通讯预测的准确性	细胞间通讯网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	GAT	基因表达数据	NA
9	2025-02-28	Publisher Correction: Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90745-2 PMID:40011623	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
10	2025-04-01	VPS25 Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Feb-22, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030323 PMID:40149859	研究论文	本文研究了VPS25在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中促进免疫抑制微环境的作用及其临床意义	揭示了VPS25通过上调PVR表达激活PVR-TIGIT信号轴促进免疫逃逸的新机制，并首次提出VPS25作为免疫治疗反应的预测生物标志物	研究主要基于TCGA数据集和体外实验，需要更多临床样本验证	探究ESCRT机器成员VPS25在HNSCC肿瘤进展和免疫微环境调控中的作用	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)组织和CAL27细胞系	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	RNA-seq、单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学	NA	基因表达数据、组织微阵列、单细胞数据	TCGA数据集和HNSCC组织微阵列(具体数量未明确说明)
11	2025-04-01	A Complete Spatial Map of Mouse Retinal Ganglion Cells Reveals Density and Gene Expression Specializations 2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637538 PMID:39990332	research paper	研究通过空间转录组学和机器学习技术，全面绘制了小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）亚型的空间分布图	首次全面揭示了小鼠视网膜神经节细胞亚型的空间分布及其基因表达的空间变异，特别是与天空视觉和ART区域相关的特异性分布	研究结果与灵长类动物黄斑区的基因表达相关性有限，提示小鼠与灵长类中央视觉的特化可能存在差异	探索小鼠视网膜神经节细胞亚型的空间分布及其基因表达的空间变异	小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）	空间转录组学	NA	en-face cryosectioning, 空间转录组学, 机器学习	NA	基因表达数据	NA
12	2025-03-30	Comprehensive analysis and experimental validation of disulfidptosis-associated prognostic signature and immune microenvironment characterization of gastric cancer 2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03883-3 PMID:39998563	research paper	该研究通过综合分析胃癌中与双硫死亡相关的基因表达，建立了一个预后模型，并通过实验验证了APC11基因在胃癌中的作用	首次将双硫死亡相关基因（DPAGs）与胃癌预后模型结合，并通过单细胞测序和体外实验验证了APC11的功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	探索双硫死亡在胃癌发生发展中的作用，并建立基于DPAGs的预后模型	胃癌组织和细胞	digital pathology	gastric cancer	单细胞测序、siRNA、qRT-PCR、Western blot、CCK-8、Transwell实验	LASSO回归和Cox回归模型	基因表达数据、单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括正常和胃癌组织及细胞
13	2025-03-30	Spatial transcriptomics reveals prognostically LYZ+ fibroblasts and colocalization with FN1+ macrophages in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03968-7 PMID:39998673	研究论文	本研究通过空间转录组学等多组学方法，识别并表征了弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）肿瘤微环境中的成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞亚型，揭示了LYZ+成纤维细胞和FN1+巨噬细胞的预后相关性	首次通过空间转录组学等多组学整合分析，识别了DLBCL中具有预后意义的LYZ+成纤维细胞亚型及其与FN1+巨噬细胞的共定位关系	样本量相对有限（空间转录组学n=11），且部分验证在非小细胞肺癌患者中进行，可能影响DLBCL特异性结论的普适性	探究DLBCL肿瘤微环境中成纤维细胞和巨噬细胞亚型的预后价值及其分子特征	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者和非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	空间转录组学、bulk转录组学、免疫组化（IHC）、多重免疫荧光（mIF）	随机森林分析、单变量Cox回归	转录组数据、蛋白质表达数据、自身抗体数据	空间转录组学11例，bulk转录组学2499例，IHC37例，mIF56例，血浆样本240例
14	2025-03-30	NKG2D blockade impairs tissue-resident memory T cell accumulation and reduces chronic lung allograft dysfunction 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184048 PMID:39989456	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序，发现NKG2D阻断可以影响细胞毒性CD8+组织驻留记忆T细胞的积累，从而减少慢性肺移植功能障碍	首次揭示了NKG2D在慢性肺移植功能障碍中的作用，并提出了NKG2D作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索慢性肺移植功能障碍（CLAD）的潜在治疗靶点	肺移植后的T细胞，特别是CD8+组织驻留记忆T细胞（TRMs）	免疫学	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序，TCR测序	小鼠原位肺移植模型	RNA测序数据	来自CLAD肺、肺引流淋巴结以及疾病和非疾病对照的T细胞
15	2025-03-30	CD4+ T cell-innate immune crosstalk is critical during Staphylococcus aureus craniotomy infection 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183327 PMID:39989461	research paper	该研究探讨了CD4+ T细胞与先天免疫系统在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的关键交互作用	揭示了Th1和Th17样CD4+ T细胞在控制金黄色葡萄球菌感染中的协同作用，以及它们与单核细胞/巨噬细胞的广泛交互	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探究CD4+ T细胞在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的功能重要性	小鼠模型中的CD4+ T细胞和先天免疫细胞	免疫学	细菌感染	scRNA-Seq	小鼠感染模型	基因表达数据	WT动物和Rag1-/-小鼠
16	2025-03-30	Effect of aging on pulmonary cellular responses during mechanical ventilation 2025-Feb-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185834 PMID:39946196	研究论文	研究老龄化对机械通气期间肺部细胞反应的影响	揭示了老龄化导致机械通气期间肺部表面活性物质功能、炎症信号和微血管通透性的改变，并通过单细胞RNA-Seq分析了细胞特异性转录变化	研究仅使用雄性小鼠，未考虑性别差异；未涉及人类样本	探讨老龄化对机械通气期间肺部细胞反应的影响	年轻和老龄雄性小鼠	呼吸系统疾病研究	急性呼吸窘迫综合征(ARDS)	单细胞RNA-Seq	NA	基因表达数据	年轻和老龄雄性小鼠
17	2025-03-30	Inhibition of histone methyltransferase EZH2 for immune interception of colorectal cancer in Lynch syndrome 2025-Feb-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177545 PMID:39946195	research paper	该研究探讨了EZH2抑制剂GSK503在林奇综合征（LS）小鼠模型和离体结肠类器官中对免疫调节途径、肿瘤发生和表观遗传重编程的影响	首次揭示了EZH2抑制剂通过表观遗传重编程增强LS小鼠免疫反应的机制，并展示了其作为癌症预防策略的潜力	研究仅在小鼠模型和离体类器官中进行，尚未进行人体临床试验	开发针对林奇综合征患者的免疫拦截策略以预防结直肠癌发生	林奇综合征小鼠模型和离体结肠类器官	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）	小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量，但使用了小鼠模型和离体结肠类器官
18	2025-03-30	Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100766 PMID:39914388	研究论文	本文提出了一种名为CLEANSER的混合模型，用于过滤单细胞CRISPR筛选中的环境gRNAs，以提高gRNA细胞分配的准确性	开发了CLEANSER模型，结合gRNA和细胞特异性归一化参数，有效过滤环境gRNAs并提高单细胞RNA测序CRISPR筛选的准确性	NA	提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA细胞分配的准确性，减少环境gRNAs带来的噪声	单细胞RNA测序CRISPR筛选中的环境gRNAs	基因组学	NA	单细胞RNA测序CRISPR筛选（perturb-seq）	混合模型（CLEANSER）	单细胞RNA测序数据	NA
19	2025-03-30	Regulation of lung progenitor plasticity and repair by fatty acid oxidation 2025-Feb-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.165837 PMID:39927460	研究论文	本文探讨了脂肪酸氧化（FAO）在调节肺祖细胞可塑性和修复中的作用，特别是在特发性肺纤维化（IPF）中的影响	揭示了FAO基因在IPF肺肺泡上皮细胞中表达显著减少，以及CPT1a抑制导致线粒体功能障碍和异常中间状态细胞的产生	研究主要基于小鼠模型，人类IPF患者中的直接证据仍需进一步验证	研究FAO代谢途径在肺祖细胞修复反应和肺纤维化发展中的作用	肺泡上皮细胞、肺祖细胞、特发性肺纤维化（IPF）	分子生物学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、组织染色	小鼠模型	基因表达数据、组织染色图像	未明确提及具体样本数量
20	2025-03-30	Targeting fibroblast-endothelial cell interactions in LAM pathogenesis using 3D spheroid models and spatial transcriptomics 2025-Feb-04, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187899 PMID:39903528	research paper	本研究探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞的相互作用，并提出了潜在的治疗策略	使用3D球体模型和空间转录组学技术揭示了LAM中成纤维细胞与内皮细胞相互作用的新机制，并验证了多激酶抑制剂索拉非尼的治疗潜力	研究主要基于体外模型，需要进一步在体内验证这些发现	探索LAM发病机制并寻找新的治疗靶点	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴内皮细胞（LECs）	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, 3D coculture spheroid model, kinase arrays	3D spheroid model	transcriptomic data, protein expression data	原发性LAMFs和LECs，TSC2缺失型肾血管平滑肌脂肪瘤（TSC2-null AML）细胞