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当前共找到 646 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-03-25 |
Loss of mucin 2 and MHC II molecules causes rare resistance to murine RV infection
2025-02-25, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01507-24
PMID:39727412
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研究论文 | 本文通过条件性敲除小鼠模型，揭示了分泌细胞（特别是杯状细胞）及其产物MUC2和MHC II分子在轮状病毒感染中的关键作用，发现其缺失导致罕见的抗感染表型 | 首次发现MUC2和MHC II分子的缺失与轮状病毒感染的罕见抗性相关，揭示了分泌细胞产物与免疫分子在肠道病毒感染中的新联系 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；单细胞RNA测序样本的具体技术细节未详细说明 | 探究分泌细胞在轮状病毒感染发病机制中的作用 | Atoh1条件性敲除小鼠、MHC II缺陷小鼠及肠道上皮细胞 | 单细胞组学 | 肠道病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量，涉及基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-03-20 |
A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics
2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638726
PMID:40027680
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研究论文 | 本文比较了空间转录组学中识别差异表达基因的统计方法，并提出了一种基于广义估计方程框架的广义得分检验作为稳健解决方案 | 提出了一种新的广义得分检验方法，有效整合空间相关性，以克服现有方法如Wilcoxon秩和检验在空间转录组数据分析中的局限性 | 研究主要基于模拟数据和特定癌症数据集，可能未涵盖所有空间转录组学应用场景或组织类型 | 比较并改进空间转录组学中差异表达基因识别的统计方法，以提高分析准确性 | 空间转录组学数据，特别是来自乳腺癌和前列腺癌的数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 前列腺癌 | 空间转录组学 | 广义估计方程, Wilcoxon秩和检验, 稳健Wald检验 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3 | 2026-03-20 |
Seq-Scope-eXpanded: Spatial Omics Beyond Optical Resolution
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.04.636355
PMID:39975076
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研究论文 | 本文介绍了Seq-Scope-X技术，一种结合组织膨胀的测序空间转录组学方法，实现了亚微米级分辨率，超越传统光学限制 | 通过物理组织膨胀技术，Seq-Scope-X将空间特征密度提升一个数量级，首次在肝脏组织中实现单细胞核质区室分辨，并揭示代谢角色动态转换 | 未明确说明技术在不同组织类型中的普适性验证范围及样本量细节 | 开发超高分率空间组学技术以突破测序空间转录组学的分辨率限制 | 小鼠肝脏、脑组织、结肠、脾脏及人类扁桃体组织 | 空间转录组学 | NA | 测序空间转录组学、组织膨胀技术、空间蛋白质组分析 | NA | 空间转录组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学、空间蛋白质组学 | Seq-Scope-X | 基于Seq-Scope的亚微米级分辨率组织膨胀改良系统 |
| 4 | 2026-03-18 |
Eliminating the persistent HIV reservoir based on biomarker expression - How do we get there?
2025-02, Virology
IF:2.8Q3
DOI:10.1016/j.virol.2024.110368
PMID:39721194
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综述 | 本文讨论了基于生物标志物表达来消除持久性HIV病毒库的挑战与前景 | 系统分析了导致HIV潜伏感染细胞生物标志物异质性的因素，并提出了通过识别共表达蛋白的最小组合来定义所有病毒库亚群的新策略 | 目前缺乏能够定义所有HIV潜伏感染细胞的单一特异性分子标志物，且对组织微环境和髓系细胞中潜伏感染细胞的表征仍不充分 | 探讨如何识别和利用生物标志物来靶向消除持久性HIV病毒库，以实现HIV治愈 | HIV潜伏感染细胞及其相关的生物标志物 | NA | HIV感染 | 空间转录组学、蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-03-16 |
PLXNB1 and other signaling drives a pathologic astrocyte state contributing to cognitive decline in Alzheimer's Disease
2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639868
PMID:40060644
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研究论文 | 本文通过单核转录组学数据分析，揭示了阿尔茨海默病中Ast10星形胶质细胞亚群在认知衰退中的关键作用及其信号驱动机制 | 首次通过大规模单核转录组学元分析（869个大脑样本）识别出Ast10星形胶质细胞亚群，并利用空间转录组学验证其与配体的共定位，结合遗传学实验证实PLXNB1等信号通路的调控作用 | 研究主要基于转录组数据，功能机制验证仍需进一步实验；样本虽多样但可能存在批次效应；动物模型与人类疾病的直接对应性有限 | 探究阿尔茨海默病中病理性星形胶质细胞状态的信号驱动机制及其对认知衰退的贡献 | 阿尔茨海默病患者及衰老相关的大脑组织样本（人类和小鼠模型），重点关注星形胶质细胞和小胶质细胞亚群 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单核转录组测序（snRNAseq），空间转录组学，遗传学敲除实验 | NA | 转录组数据，空间基因表达数据 | 869个大脑样本（来自多样化捐赠者），涵盖人类和小鼠iPSC衍生细胞 | NA | 单核RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2026-03-16 |
mTOR signaling regulates multiple metabolic pathways in human lung fibroblasts after TGF-β and in pulmonary fibrosis
2025-Feb-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00189.2024
PMID:39745695
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研究论文 | 本研究探讨了mTOR和ATF4在TGF-β诱导的人肺成纤维细胞代谢重编程中的作用 | 首次系统揭示了mTOR和ATF4在调控肺成纤维细胞氨基酸稳态、糖酵解和TCA循环代谢途径中的关键作用，并通过单细胞RNA-seq数据验证了这些通路在IPF患者病理成纤维细胞中的激活 | 研究主要基于体外细胞模型，体内验证不足；代谢组学分析可能未覆盖所有相关代谢物 | 阐明mTOR信号通路在肺纤维化中调控成纤维细胞代谢重编程的分子机制 | 人肺成纤维细胞和IPF患者肺组织样本 | 分子生物学与代谢研究 | 肺纤维化 | RNA测序、代谢组学分析、单细胞RNA-seq数据分析 | NA | 转录组数据、代谢组数据、单细胞RNA-seq数据 | 未明确样本数量，但使用了人肺成纤维细胞和公开的单细胞RNA-seq数据集 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 7 | 2026-03-13 |
[Research progress on the mechanistic role and constituents of hepatic macrophages during the occurrence and development of hepatic fibrosis]
2025-Feb-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology
|
综述 | 本文综述了肝纤维化发生发展中肝巨噬细胞的机制作用、构成及其亚型，并探讨了单细胞测序技术揭示的新发现以及靶向巨噬细胞治疗的优势 | 总结了单细胞测序技术揭示的肝纤维化过程中巨噬细胞的新亚型和作用模式，并分析了靶向巨噬细胞治疗相较于传统抗纤维化疗法的优势 | NA | 阐明肝巨噬细胞在肝纤维化发生发展中的机制作用和构成，并探讨新的治疗方向 | 肝巨噬细胞 | NA | 肝纤维化 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8 | 2026-03-11 |
Renal Cell Type and State Estimation in Brightfield Histology Images: A Pilot Study on Diabetic Nephropathy
2025-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering
DOI:10.1117/12.3047996
PMID:41799653
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研究论文 | 本研究探索了基于机器学习的方法，利用深度学习模型从亮场组织学图像中预测细胞类型和状态，以提升糖尿病肾病的临床诊断和预后评估 | 提出了一种两阶段管道，结合图像到文本检索网络和视觉语言模型，利用CONCH模型从亮场图像中生成组织病理学文本提示，并预测细胞类型/状态比例，相比仅使用图像输入的模型有显著性能提升 | 研究为试点性质，样本量有限，仅基于印第安纳大学收集的糖尿病肾病样本，且依赖于10X Visium空间转录组学数据作为参考，可能限制了模型的泛化能力 | 开发一种从亮场组织学图像中预测细胞类型和状态的机器学习管道，以弥补传统组织病理学与分子诊断之间的差距 | 糖尿病肾病患者的肾组织样本，包括肾小球、肾小管、血管和间质等结构 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 空间转录组学，深度学习 | CONCH, ViT, ResNet | 图像，文本 | 来自印第安纳大学的糖尿病肾病样本的10X Visium FFPE全玻片图像 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Visium formalin-fixed paraffin-embedded whole slides images |
| 9 | 2026-03-10 |
TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes
2025-02-28, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baaf012
PMID:40036846
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研究论文 | 本研究构建了TcEVdb数据库，通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中探索T细胞来源的小细胞外囊泡的表达和聚类 | 首次创建了专门针对T细胞来源小细胞外囊泡的综合性数据库，整合了多项目、多组织来源的单细胞转录组数据，揭示了TcEV的异质性 | 数据库依赖于现有单细胞RNA测序数据的质量和覆盖范围，可能无法完全捕捉所有TcEV亚群 | 探索T细胞来源细胞外囊泡的转录组特征和异质性，以促进基于EV的疾病诊断和治疗研究 | T细胞来源的小细胞外囊泡 | 生物信息学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | SEVtras方法 | 单细胞转录组数据 | 277,265个EV液滴，来自21个项目中的221个样本，涵盖51种T细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-03-06 |
Transcriptomic responses of lung mesenchymal cells during pneumonia
2025-Feb-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177084
PMID:39998887
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠肺炎期间肺间充质细胞的转录组响应，揭示了其多样化和特异性的免疫活动 | 首次系统性地鉴定了肺炎期间肺间充质细胞的五种亚型及其转录组动态变化，并发现了跨细胞类型的核心响应和亚型特异性响应 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证，且时间点有限（仅24小时和6周），可能未覆盖所有疾病阶段 | 探究肺间充质细胞在肺炎期间的转录组响应及其免疫功能 | 小鼠肺组织中的间充质细胞 | 单细胞转录组学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自小鼠肺单细胞悬液的间充质细胞，包括初始组、肺炎组和感染恢复组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-03-06 |
Ag-driven CD8 + T cell clonal expansion is a prominent feature of MASH in humans and mice
2025-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000971
PMID:39047085
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和流式细胞术，揭示了MASH（代谢功能障碍相关脂肪性肝炎）中肝脏T细胞的表型、T细胞受体多样性及抗原驱动的克隆扩增现象 | 首次在人类和小鼠模型中证实MASH诱导的肝硬化导致肝脏中T细胞发生抗原依赖性克隆扩增和功能分化，并识别了PD1、TIGIT和TOX等慢性抗原刺激标志物 | 研究未明确驱动T细胞激活的具体抗原靶点，且样本来源限于人类肝硬化和小鼠饮食诱导MASH模型，可能无法完全代表所有MASH亚型 | 旨在解析MASH进展中T细胞在肝脏积累的表型、T细胞受体多样性及其功能作用 | 人类肝硬化患者和小鼠饮食诱导MASH模型的肝脏驻留T细胞 | 免疫学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 5'单细胞测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | 人类肝硬化患者和小鼠MASH模型的肝脏T细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-03-02 |
Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model
2025-Feb-19, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387
PMID:39970235
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研究论文 | 本研究通过抑制YAP蛋白在红杜洛克猪伤口模型中实现无疤痕再生，揭示了YAP/IL-33信号轴在大型动物伤口愈合中的作用 | 首次在大型动物（猪）模型中验证YAP抑制剂维替泊芬能实现无疤痕伤口再生，并利用单细胞RNA测序结合空间蛋白质组学解析细胞动态 | 研究主要基于动物模型，人类临床转化效果需进一步验证；未涉及慢性伤口或老年个体等复杂情况 | 探究机械转导抑制剂在大型动物伤口愈合中预防疤痕形成并促进再生的机制 | 红杜洛克猪伤口模型、移植人类新生儿包皮的裸鼠异种移植模型 | 数字病理学 | 皮肤疤痕 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 红杜洛克猪伤口样本、人类新生儿包皮移植样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2026-03-02 |
HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200
PMID:39680021
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研究论文 | 本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌基底样疾病的标志物，并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的应用 | 首次将HMGA2蛋白表达与基底样PDAC细胞关联，并通过多路免疫组化结合单细胞RNA测序数据，证明HMGA2与GATA6联合状态能预测生存期、化疗反应和肿瘤微环境特征 | 研究基于回顾性队列，样本量虽大但可能存在选择偏差，且未进行前瞻性验证 | 探索HMGA2在胰腺导管腺癌中的表达模式及其作为预后和治疗反应生物标志物的价值 | 胰腺导管腺癌患者样本，包括单细胞RNA测序数据和免疫组化分析的组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，多路免疫组化 | NA | RNA测序数据，图像数据 | 172例单细胞RNA测序样本，580例多路免疫组化样本，外加30例多样化患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-03-02 |
Single-Cell Transcriptome Decoding Umbilical Cord-Derived Mesenchymal Stem Cell Heterogeneity Reveals a Unique IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC With Osteogenesis and Chondrogenesis Signatures
2025-02, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70004
PMID:39956958
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了人脐带间充质干细胞在不同培养系统中的异质性，并鉴定出一个具有高成骨和软骨生成潜能的IL1R1HighPDGFRAHigh Ultroser-G-MSC亚群 | 首次创建了hUC-MSC在不同培养系统中的单细胞转录组图谱，鉴定出具有独特IL1R1和PDGFRA高表达的Ultroser-G-MSC亚群，并发现其在骨关节炎模型治疗中的优势 | 研究主要基于体外培养系统，临床转化效果需进一步验证 | 阐明hUC-MSC在不同培养系统中的异质性来源，以指导其精准临床应用 | 人脐带间充质干细胞 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2026-02-22 |
MAP3K4 signaling regulates HDAC6 and TRAF4 coexpression and stabilization in trophoblast stem cells
2025-02, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.108116
PMID:39710325
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研究论文 | 本研究揭示了MAP3K4信号通过调控HDAC6和TRAF4的共表达与稳定性，在滋养层干细胞中影响胎盘发育的机制 | 首次发现MAP3K4、TRAF4和HDAC6在滋养层干细胞中的共调控机制，以及它们在胎盘迷路分化过程中的表达转换 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类胎盘中的具体机制尚需进一步验证 | 探究MAP3K4信号在胎盘发育中的作用及其与TRAF4和HDAC6的调控关系 | 小鼠滋养层干细胞和胎盘组织 | 发育生物学 | 胎盘功能不全 | 单细胞RNA测序，shRNA敲低，蛋白质复合物分析 | NA | RNA测序数据，蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-02-22 |
Laser-capture microdissection for spatial transcriptomics of immunohistochemically detected neurons
2025-02, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.108150
PMID:39736395
|
研究论文 | 本文开发了一种名为IHC/LCM-Seq的空间转录组学方法，用于对免疫组化检测的神经元进行转录组分析 | 开发了一种创新的IHC/LCM-Seq方法，结合了免疫组化、激光捕获显微切割和RNA测序技术，首次实现了对免疫组化检测的神经元进行高灵敏度空间转录组分析 | 方法基于4%甲醛固定脑组织的游离切片，可能不适用于其他固定条件或组织类型 | 开发并验证一种用于免疫组化检测神经元空间转录组分析的新方法 | 纹状体胆碱能中间神经元和促性腺激素释放激素（GnRH）神经元 | 空间转录组学 | 不孕症 | 激光捕获显微切割，RNA测序，免疫组化 | NA | RNA测序数据 | 成年雄性大鼠和小鼠的GnRH神经元 | Illumina | bulk RNA-seq | NextSeq | Illumina NextSeq平台进行批量测序 |
| 17 | 2026-02-17 |
Dissection of Gαs and Hedgehog signaling crosstalk reveals therapeutic opportunities to target adenosine receptor 2b in Hedgehog-dependent tumors
2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.21.639530
PMID:40060632
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研究论文 | 本研究通过组织学、bulk RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了Gαs信号通路失活驱动的基底细胞癌（BCC）与经典Hedgehog SMO驱动肿瘤的相似性，并提出了靶向腺苷2B受体作为潜在治疗策略 | 首次发现Gαs通路失活可导致SMO独立的致癌Hedgehog信号，并证明激活Gαs偶联的腺苷2B受体能抑制Hedgehog信号和肿瘤形成 | 研究主要基于小鼠模型和人类BCC突变分析，临床转化潜力需进一步验证 | 探索Gαs与Hedgehog信号串扰在基底细胞癌中的作用，寻找新的治疗靶点 | 小鼠BCC样肿瘤和人类基底细胞癌 | 肿瘤生物学 | 基底细胞癌 | 组织学分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、组织学图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-02-15 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaceBar的细胞条形码策略，能够在空间转录组学数据中同时进行克隆追踪和空间基因表达分析 | 开发了一种结合96个合成条形码序列的成像空间转录组学方法，首次实现了在复杂组织环境中同时追踪克隆身份和空间基因表达 | NA | 在复杂组织环境中区分克隆动态与环境驱动的转录调控 | 黑色素瘤细胞在肿瘤异种移植模型中的克隆 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 成像空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | seqFISH | seqFISH成像空间转录组学 |
| 19 | 2026-02-11 |
Sex-dependent molecular landscape of Alzheimer's disease revealed by large-scale single-cell transcriptomics
2025-Feb, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.14476
PMID:39737748
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研究论文 | 本研究利用大规模单细胞转录组图谱揭示了阿尔茨海默病中显著的性别依赖性分子特征 | 首次通过大规模单细胞转录组学系统揭示阿尔茨海默病的性别依赖性分子景观，识别了性别特异性的基因表达模式、通路改变和细胞间通讯变化 | 研究仅基于人类前额叶皮层样本，可能无法完全反映其他脑区或疾病阶段的性别差异 | 探究阿尔茨海默病中性别差异的分子机制 | 人类前额叶皮层的单细胞转录组数据 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 大规模样本（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2026-02-10 |
Hepatic Arterial Flow-Induced Portal Tract Fibrosis in Portal Hypertension: The Role of VCAM-1 and Osteopontin-Expressing Macrophages
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.31.634947
PMID:39975181
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研究论文 | 本研究探讨了门脉高压中肝动脉血流增加通过VCAM-1和表达骨桥蛋白的巨噬细胞驱动门管区纤维化的分子机制 | 揭示了肝动脉缓冲反应诱导的动脉血流增加通过VCAM-1介导的巨噬细胞招募和Spp1+巨噬细胞驱动纤维化的新机制 | 研究基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需进一步验证；未涉及长期疾病进展或治疗干预的评估 | 探究门脉高压中肝动脉血流增加导致门管区纤维化的分子机制 | Sprague-Dawley大鼠门脉高压模型中的肝脏组织、巨噬细胞和门脉成纤维细胞 | NA | 门脉高压 | 单细胞RNA测序、RNA-FISH、微CT、免疫细胞分析、转录组分析 | NA | 图像数据、转录组数据、血流动力学数据 | Sprague-Dawley大鼠门脉高压模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |