单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 641 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-07-13 |
Single-cell transcriptomic profiling of heart reveals ANGPTL4 linking fibroblasts and angiogenesis in heart failure with preserved ejection fraction
2025-02, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.02.006
PMID:38346487
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示保留射血分数心力衰竭中心脏成纤维细胞与血管生成之间的联系及ANGPTL4的作用 | 首次在单细胞分辨率下系统解析了HFpEF心脏中细胞异质性和血管生成障碍的机制，发现成纤维细胞过度分泌ANGPTL4通过调控血管生成与内皮细胞谱系交叉作用 | 基于小鼠模型，需在人体组织中验证；ANGPTL4作为药物靶点的预测基于计算方法，需进一步功能验证 | 揭示保留射血分数心力衰竭的细胞异质性和潜在病理机制 | HFpEF小鼠模型的心脏组织，重点研究成纤维细胞和内皮细胞谱系 | N/A | 心血管疾病 | 单细胞测序, 批量RNA测序, 免疫组织化学, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 图像 | 小鼠心脏组织样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2026-07-13 |
The role of fibroblast in chronic rhinosinusitis with nasal polyps: a key player in the inflammatory process
2025-02, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2024.2414774
PMID:39378160
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综述 | 综述了成纤维细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉中通过产生细胞外基质、引发和加剧炎症反应的关键作用，并利用单细胞RNA测序数据探讨了其异质性和功能机制 | 强调了鼻息肉源性成纤维细胞在触发和加剧炎症反应中的关键角色，并通过单细胞RNA测序数据深入探索了成纤维细胞的异质性和功能机制，指出其作为治疗靶点的潜力 | 尽管单细胞RNA测序为靶向和清除病理成纤维细胞亚群提供了方向，但成纤维细胞靶向疗法在临床开发中仍面临挑战 | 总结鼻息肉源性成纤维细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉组织重塑和炎症反应中的关键作用，并评估其作为治疗靶点的潜力 | 鼻息肉源性成纤维细胞（NPDFs） | 自然语言处理 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-07-01 |
Cluster replicability in single-cell and single-nucleus atlases of the mouse brain
2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639959
PMID:40060489
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研究论文 | 评估小鼠大脑单细胞和单核图谱中细胞簇的可重复性 | 利用转录组范围邻居投票方法，在两个大型小鼠大脑图谱中识别出2009个相互匹配的细胞簇对，并验证其空间定位和协调基因表达的一致性 | 下丘脑异质性限制了细胞簇的一致性，区分相近细胞簇仍具挑战性 | 确定单细胞RNA测序研究中细胞簇的生物学稳健性与跨研究可重复性 | 两个大型小鼠大脑图谱（单细胞RNA测序和单核RNA测序图谱），涵盖超过400万个细胞和5000多个簇 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过400万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-06-29 |
Highly efficient combination of multiple single cells using a deterministic single-cell combinatorial reactor
2025-02-11, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d4lc00951g
PMID:39679936
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研究论文 | 提出一种新型微流控器件（确定性单细胞组合反应器，DSCR），用于高效组合多个单细胞 | 首次利用多层互连Si/SiO控制电路实现确定性单细胞组合，通过蚀刻SiO钝化层产生高度局部电场，逐个捕获不同细胞群至指定阱内 | 实验仅以PC3细胞系为模型，未在真实复杂样本（如组织来源细胞）中验证；三重组合效率（82±7%）仍有提升空间 | 开发高效组合多个单细胞的技术，以支撑单细胞转录组分析或细胞间相互作用研究 | PC3细胞系（三种荧光标记的细胞群） | 微流控 | NA | 微流控、单细胞捕获 | NA | 荧光图像 | 三种不同荧光染色的PC3细胞群 | NA | 单细胞组合 | DSCR器件 | 多层互连Si/SiO电极控制电路，蚀刻SiO钝化层形成阱阵列 |
| 5 | 2026-06-26 |
Single Cell RNA-Seq Identifies Cell Subpopulations Contributing to Idiopathic Pulmonary Fibrosis in Humans
2025-02, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70402
PMID:39928535
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序鉴定与特发性肺纤维化发病相关的人肺细胞亚群 | 首次系统揭示IPF患者肺内多个细胞亚群（包括成纤维细胞、巨噬细胞和B细胞亚群）比例显著变化，并追踪了成纤维细胞向肌成纤维细胞的分化轨迹以及肺泡巨噬细胞向巨噬细胞SPP1亚群的转化 | 研究样本量有限，未涉及功能验证实验，细胞亚群的具体致病机制有待深入探讨 | 阐明特发性肺纤维化中细胞亚群的变化及其贡献 | 特发性肺纤维化患者和健康对照的肺组织细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 特发性肺纤维化患者及对照者肺组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 6 | 2026-06-20 |
Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637114
PMID:39975212
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研究论文 | 通过对人类皮肤中单个黑色素细胞的克隆扩增进行深度表型分析，揭示了不同突变负荷的黑色素细胞亚群及其空间分布特征 | 首次发现阳光损伤皮肤中存在低突变负荷的黑色素细胞群，这些细胞具有更干细胞样特征，且通过单细胞空间转录组学揭示了其与高突变负荷细胞的不同空间分布——低突变黑色素细胞存在于毛囊和表皮间，而高突变细胞几乎只存在于表皮间 | 未提及具体限制 | 理解调控黑色素细胞内稳态的机制 | 来自31名捐赠者的297个黑色素细胞 | 数字病理学 | 皮肤相关疾病（如黑色素瘤） | 单细胞空间转录组学 | NA | 基因表达谱、突变图谱、形态特征、空间分布数据 | 31名捐赠者、297个黑色素细胞 | 10x Genomics | 单细胞空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium空间转录组学平台 |
| 7 | 2026-06-18 |
Leveraging programmed cell death patterns to predict prognosis and therapeutic sensitivity in OSCC
2025-02, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15139
PMID:39315471
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研究论文 | 整合12种程序性细胞死亡模式构建细胞死亡指数，用于口腔鳞状细胞癌的预后和治疗预测 | 首次整合12种程序性细胞死亡模式构建新型生物标志物细胞死亡指数，用于口腔鳞状细胞癌的预后和治疗反应预测 | 未明确提及局限性 | 构建基于程序性细胞死亡模式的新型生物标志物，预测口腔鳞状细胞癌预后和治疗敏感性 | 口腔鳞状细胞癌患者样本及单细胞RNA测序数据 | 计算机视觉 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA-seq | LASSO回归 | 转录组数据 | 多个独立患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-06-18 |
Development of a ferroptosis-related gene prognostic model and molecular subgroups characterization in sepsis
2025-02, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.12.008
PMID:39764891
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研究论文 | 开发基于铁死亡相关基因的脓毒症预后模型并识别分子亚型 | 首次基于铁死亡相关基因构建脓毒症预后评分模型，并通过单细胞测序揭示该特征在不同细胞亚群中的分布，同时鉴定TFRC为抑制铁死亡的关键调控因子 | 未提及外部验证数据集或更大样本量的多中心验证，潜在偏倚可能影响模型普适性 | 探索铁死亡相关基因在脓毒症预后预测中的作用并构建预后模型 | 脓毒症患者样本及基因表达数据 | 机器学习 | 脓毒症 | RNA-seq, 单细胞测序, siRNA转染, 丙二醛检测, 蛋白质印迹, 活性氧检测 | Cox回归, LASSO分析, 列线图模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | GSE65682数据集（具体样本数未在摘要中说明） | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-06-17 |
Application of scRNA-seq in Dental Research: Seeking Regenerative Clues From the Structure of Tooth and Periodontium in Physical or Pathological States
2025-02-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL26200
PMID:40018926
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综述 | 全面概述了单细胞RNA测序在牙科研究中的应用，揭示了牙齿和牙周组织的复杂细胞组成、新细胞类型及谱系特征，并总结了组织形成、稳态和再生机制 | 系统整合了单细胞数据在牙齿和牙周组织稳态、损伤修复及疾病机制中的新发现，从单细胞视角揭示了细胞组成比例变化和细胞间通讯模式的改变 | 未提及具体局限性 | 综述单细胞RNA测序在牙齿和牙周组织研究中的应用进展 | 牙齿和牙周组织 | 数字病理学 | 口腔疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-06-17 |
Divergence in cellular markers observed in single-cell transcriptomics datasets between cultured primary trabecular meshwork cells and tissues
2025-Feb-14, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-04528-5
PMID:39952952
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研究论文 | 通过单细胞转录组数据集比较原代小梁网细胞培养物与组织之间的细胞标记差异 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统比较原代人小梁网（hTM）细胞培养物与hTM组织在细胞身份和可转化性方面的差异 | 未具体说明 | 揭示原代hTM细胞培养物与组织在单细胞水平上的转录组差异，评估体外研究的可转化性 | 原代人小梁网细胞培养物和小梁网组织 | 单细胞转录组学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14个原代hTM体外样本（包含4名青光眼患者样本），传代1-4代 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2026-06-17 |
Regulation of fibroblast phenotype in osteoarthritis using CDKN1A-loaded copper sulfide nanoparticles delivered by mesenchymal stem cells
2025-02-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00573.2024
PMID:39819042
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研究论文 | 利用间充质干细胞递送载有CDKN1A质粒的硫化铜纳米颗粒调控骨关节炎中成纤维细胞表型并促进软骨修复 | 创新性地构建了MSCs@CuS@CDKN1A纳米工程化间充质干细胞平台，通过靶向成纤维细胞表型调控CDKN1A表达，不仅增强软骨修复，还能有效缓解成纤维细胞驱动的炎症，为骨关节炎治疗提供新的策略 | 研究未提及具体局限性 | 探讨间充质干细胞递送载有CDKN1A质粒的硫化铜纳米颗粒对骨关节炎中成纤维细胞表型的调控作用及软骨修复效果 | 骨关节炎中的成纤维细胞、软骨细胞及小鼠模型 | NA | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、伪时间分析、GO/KEGG富集分析、WGCNA、微CT扫描、组织学染色、免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 骨关节炎小鼠模型 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 12 | 2026-06-17 |
A stroke organoids-multiomics platform to study injury mechanism and drug response
2025-Feb, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.09.038
PMID:41947984
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研究论文 | 建立基于人诱导多能干细胞来源脑类器官的缺氧卒中模型，并结合蛋白质组学、单细胞转录组分析和组织病理学分析，研究卒中损伤机制及药物反应 | 首次将脑类器官与多组学方法结合，模拟缺氧性卒中，并鉴定出三类星形胶质细胞在缺氧环境中的不同反应，以及中药方剂灯盏生脉胶囊在卒中治疗中的可能作用 | NA | 利用脑类器官和多组学平台研究卒中损伤机制和药物筛选 | 人诱导多能干细胞来源的脑类器官 | 数字病理学 | 卒中 | 蛋白质组学, 单细胞转录组分析, 组织病理学分析 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-06-15 |
Peptide amphiphiles alleviate myocardial endoplasmic reticulum stress to enhance cardiomyocyte-macrophage communication and promote macrophage M2 polarization
2025-02-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2024.12.042
PMID:39710208
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研究论文 | 开发了一种级联响应药物递送系统CT-PA@Sal，靶向损伤心肌细胞并缓解内质网应激，促进心肌细胞-巨噬细胞通讯及M2型巨噬细胞极化，减轻心肌缺血再灌注损伤 | 首次利用肽两亲物构建级联响应药物递送系统，特异性靶向受损心肌细胞并控制释放内质网应激抑制剂Salubrinal，改善细胞间通讯并促进抗炎M2型巨噬细胞极化 | 缺乏有效靶向受损心肌细胞的内质网应激抑制剂是该研究面临的主要障碍，且体内外实验仍需进一步验证转化潜力 | 开发靶向心肌内质网应激的肽两亲物药物递送系统，为心肌缺血再灌注损伤提供新的治疗策略 | 心肌缺血再灌注损伤模型中的心肌细胞和巨噬细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 14 | 2026-06-07 |
Everything everywhere all at once: Unraveling the waves of aging
2025-02-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.01.015
PMID:39938481
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研究论文 | 使用单细胞转录组学解码十三个器官中多种细胞群体在衰老过程中的动态变化，并识别出四个不同的动态波 | 首次通过单细胞转录组学揭示跨多个器官的细胞群体衰老过程中的动态变化模式，并识别出四个不同的动态波 | 未提供具体局限性信息 | 解码衰老过程中多个器官细胞群体的动态变化 | 十三个器官中的多种细胞群体 | 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 十三种器官样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-05-30 |
Application of Single-Cell Genomics to Animal Models of Periodontitis and Peri-Implantitis
2025-02, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.14093
PMID:39695834
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综述 | 综述单细胞基因组学在牙周炎和种植体周围炎动物模型中的应用 | 首次系统整合单细胞RNA测序技术与动物模型在牙周炎和种植体周围炎研究中的应用，揭示细胞异质性和特定细胞作用 | 作为叙述性综述，缺乏系统性检索和定量分析方法，且纳入研究数量有限 | 整合当前单细胞基因组学技术与牙周炎和种植体周围炎动物模型的研究知识，促进精准治疗发展 | 牙周炎和种植体周围炎的动物模型 | 生物信息学 | 牙周炎, 种植体周围炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-05-28 |
Mural cell dysfunction contributes to diastolic heart failure by promoting endothelial dysfunction and vessel remodelling
2025-02-07, Cardiovascular diabetology
IF:8.5Q1
DOI:10.1186/s12933-025-02623-w
PMID:39920783
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研究论文 | 发现壁细胞功能障碍通过促进内皮功能障碍和血管重塑导致舒张性心力衰竭 | 首次探究壁细胞在射血分数保留的心力衰竭（HFpEF）中微血管功能障碍的作用，并揭示壁细胞通过TNFα依赖旁分泌信号诱导内皮细胞生长停滞和炎症的新机制 | 未提供明确局限性，但可能包括动物模型的代表性和临床转化潜力未知 | 确定壁细胞功能障碍在HFpEF发展中的作用及其分子机制 | 糖尿病db/db小鼠模型，给予1%盐后诱导舒张功能不全的小鼠心脏组织及壁细胞 | 心血管疾病研究 | 舒张性心力衰竭（HFpEF） | 单细胞RNA测序、NicheNet分析、组织学分析 | NA | 基因表达数据、组织图像 | 小鼠模型实验，具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2026-05-28 |
KLF2-dependent transcriptional regulation safeguards the heart against pathological hypertrophy
2025-02, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.12.010
PMID:39733990
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子KLF2作为心脏肥大的负调控因子，通过直接调节相关基因保护心脏免受病理性肥大的影响 | 首次证明KLF2在心肌细胞中作为心脏肥大的负调控因子，并发现辛伐他汀通过提升KLF2表达缓解心肌细胞肥大 | NA（摘要未明确说明局限性） | 探究转录因子KLF2在心肌细胞生物学中的作用及其对心脏肥大的保护机制 | 成年小鼠心脏、新生大鼠心室肌细胞、人胚胎干细胞来源的心肌细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA-seq, CUT&Tag测序 | NA | RNA序列数据 | 雄性C57BL/6J小鼠（横向主动脉缩窄模型及对照组）与体外细胞模型（新生大鼠心室肌细胞、人胚胎干细胞来源的心肌细胞） | Illumina | bulk RNA-seq | Illumina NovaSeq | NovaSeq 6000平台进行RNA-seq测序 |
| 18 | 2026-05-27 |
Causal differential expression analysis under unmeasured confounders with causarray
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635593
PMID:39975097
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研究论文 | 提出了causarray，一种用于分析基于阵列的基因组数据的双重稳健因果推断框架，能够在单细胞和批量细胞水平上进行因果差异表达分析 | 引入广义混杂因子调整方法以处理未测量的混杂因素，并结合半参数推断与灵活的机器学习技术，提供稳健的治疗效应统计估计 | 未明确说明局限性，但可能依赖数据质量和模型假设 | 解决观测基因组数据中因选择偏差和未测量混杂因素导致的因果推断挑战 | 基于阵列的基因组数据（批量细胞和单细胞水平） | 机器学习 | 自闭症、阿尔茨海默病 | 单细胞测序、CRISPR、批量RNA-seq | 双重稳健因果推断模型、机器学习技术 | 基因表达数据 | 两个单细胞基因组研究：小鼠大脑发育中的自闭症风险基因（体内Perturb-seq）和三个阿尔茨海默病人脑转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-05-27 |
TNBC response to paclitaxel phenocopies interferon response which reveals cell cycle-associated resistance mechanisms
2025-02-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-82218-9
PMID:39905117
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research paper | 本研究通过实验与计算结合的方法，揭示了三阴性乳腺癌对紫杉醇的反应中干扰素应答的模拟现象及细胞周期相关的耐药机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示紫杉醇诱导的先天免疫程序上调与干扰素应答相似，并鉴定出FOSL1、NFE2L2和ELF3等转录因子在细胞周期调控和核结构中的新作用，提出ELF3作为紫杉醇耐药的潜在生物标志物 | 研究主要基于体外TNBC细胞系和水晶成像实验，缺乏体内模型和临床样本验证，且功能验证仅限于siRNA敲降，未探索CRISPR或药物抑制等正交方法 | 探索紫杉醇对三阴性乳腺癌细胞在细胞和分子水平上的影响，并解析其耐药机制 | 三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系及公开乳腺癌患者数据 | machine learning | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）, siRNA敲降, 活细胞成像 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据, 活细胞成像数据 | 体外TNBC细胞系实验，公开数据集包括患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'试剂盒用于单细胞RNA测序 |
| 20 | 2026-05-25 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
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研究论文 | 报道了一种名为SpaceBar的细胞条形码策略，可同时在空间转录组数据中进行克隆追踪和基因表达分析 | 首次将合成条形码库与成像空间转录组技术结合，实现单细胞水平的克隆追踪和空间基因表达同步分析 | 条形码库仅包含96个合成序列，可能限制大规模克隆追踪的分辨率 | 开发一种能够同时追踪克隆动态和空间基因表达的方法 | 黑色素瘤细胞在肿瘤异种移植模型中的克隆和基因表达 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组测序 | NA | 图像和基因表达数据 | 黑色素瘤异种移植模型中的肿瘤样本 | NA | 空间转录组学 | seqFISH | 使用seqFISH技术进行成像空间转录组检测 |