单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 639 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-21 |
Integration of single-cell and spatial transcriptomics reveals fibroblast subtypes in hepatocellular carcinoma: spatial distribution, differentiation trajectories, and therapeutic potential
2025-02-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06192-0
PMID:39966876
|
研究论文 | 该研究通过整合单细胞、批量及空间转录组数据，揭示了肝细胞癌中三种成纤维细胞亚群的 spatial distribution，并发现 VEGFA+ CAF 由缺氧微环境诱导，通过促进血管生成导致不良预后。 | 首次在肝细胞癌中鉴定出三种具有不同空间分布的成纤维细胞亚群（HLA-DRB1+ CAF、MMP11+ CAF、VEGFA+ CAF），并揭示 VEGFA+ CAF 处于分化终末阶段且为肿瘤特异性；同时构建了基于 VEGFA+ CAF 高表达基因的机器学习模型，可准确预测预后和索拉非尼响应。 | 摘要中未明确提及研究局限性。 | 深入理解肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞的多样性，以预测患者预后并指导治疗策略。 | 肝细胞癌患者样本中的成纤维细胞亚群及肿瘤微环境。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序， 批量转录组测序， 空间转录组学 | 机器学习模型 | 图像， 文本 | 训练队列88个肝细胞癌单细胞RNA测序样本，验证队列94个样本，总计超过120万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序， 批量RNA测序， 空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2026-09-21 |
Integrated analysis reveals that EGR1 promotes epithelial IL33 production in T2 asthma
2025-02-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06116-y
PMID:39966984
|
研究论文 | 通过整合生物信息学分析和实验验证，揭示转录因子EGR1直接调控T2型哮喘中气道上皮细胞IL33的产生 | 首次通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据分析，发现EGR1是气道上皮细胞来源的基因，并通过ChIP-PCR和双荧光素酶报告基因实验证实EGR1作为转录因子直接调控IL33 mRNA的转录 | 研究主要基于BEAS-2B细胞系和HDM诱导的小鼠哮喘模型，缺乏人体气道样本的直接验证；EGR1调控IL33的具体上下游信号通路尚未完全阐明 | 探究过敏原暴露触发气道上皮细胞释放IL33的分子机制，特别是EGR1在T2型哮喘中对IL33产生的调控作用 | BEAS-2B人气道上皮细胞系、HDM诱导的小鼠哮喘模型、bulk RNA-seq和scRNA-seq数据集 | 机器学习, 数字病理学 | 哮喘 | bulk RNA-seq, single cell RNA-seq, ChIP-PCR, 双荧光素酶报告基因实验, siRNA敲低, 过表达质粒 | NA | 文本, 图像 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-09-21 |
Identification of pro-fibrotic cellular subpopulations in fascia of gluteal muscle contracture using single-cell RNA sequencing
2025-02-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05889-y
PMID:39962491
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对臀肌挛缩症患者的纤维化深筋膜与非纤维化对照筋膜进行对比分析，揭示了成纤维细胞和巨噬细胞亚群在深筋膜纤维化中的关键作用 | 首次将单细胞RNA测序应用于纤维化深筋膜的研究，识别出促纤维化成纤维细胞亚群和两种促纤维化巨噬细胞亚群（SPP1 MP和ECM-like MP），并揭示了SPP1 MP与成纤维细胞之间的信号互作作为潜在治疗靶点 | 摘要中未提及具体样本量信息，且研究仅聚焦于臀肌挛缩症相关的深筋膜纤维化，样本来源和数量可能有限 | 探究臀肌挛缩症纤维化深筋膜中的细胞异质性，鉴定参与深筋膜纤维化的关键细胞亚群及其分子机制 | 臀肌挛缩症患者的纤维化深筋膜组织及非纤维化对照筋膜组织 | 数字病理学 | 臀肌挛缩症 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-09-21 |
Role of CD4+ T cells in cancer immunity: a single-cell sequencing exploration of tumor microenvironment
2025-02-14, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06167-1
PMID:39953548
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在肿瘤免疫微环境中CD4+ T细胞研究中的应用，探讨了CD4+ T细胞亚群的异质性、功能及其在肿瘤免疫中的意义 | 从单细胞测序角度系统总结CD4+ T细胞在肿瘤免疫微环境中的表型多样性和功能特异性，并综述调控CD4+ T细胞活性的关键信号通路和分子网络，为癌症治疗和预后提供新视角 | 作为综述，未提供原始实验数据，且可能受限于已发表研究的异质性和单细胞测序技术的现有局限 | 探讨CD4+ T细胞在肿瘤免疫中的作用，特别是通过单细胞测序技术揭示其在肿瘤微环境中的异质性和功能，并总结相关信号通路以提出新的治疗靶点和策略 | 肿瘤免疫微环境中的CD4+ T淋巴细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-09-21 |
Single-cell and spatial-resolved profiling reveals cancer-associated fibroblast heterogeneity in colorectal cancer metabolic subtypes
2025-02-11, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06103-3
PMID:39934919
|
研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，通过层次聚类确定结直肠癌代谢亚型，并探索SFRP2+癌症相关成纤维细胞（CAF）簇的特征及其与代谢亚型的关联 | 结合单细胞和空间转录组技术揭示了结直肠癌代谢亚型中CAF的异质性，特别是发现了SFRP2+ CAF与代谢活性的相关性，以及AGMAT低表达的癌细胞能够招募SFRP2+ CAF | 未明确提及 | 探索结直肠癌代谢亚型及其肿瘤特异性簇之间的相互作用，以促进个性化治疗策略的开发 | 结直肠癌（CRC）样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、空间转录组学、多重免疫组化 | 层次聚类 | 图像、文本 | 未明确提及 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 6 | 2026-09-21 |
Single-cell profiling reveals a reduced epithelial defense system, decreased immune responses and the immune regulatory roles of different fibroblast subpopulations in chronic atrophic gastritis
2025-02-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06150-w
PMID:39905493
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了慢性萎缩性胃炎（CAG）病变的单细胞转录组图谱，揭示了上皮防御系统减弱、免疫反应下降以及不同成纤维细胞亚群的免疫调节作用 | 首次在单细胞水平上系统描绘了CAG病变中上皮细胞状态和组织微环境的变化，发现了C1Q+巨噬细胞免疫功能下降、T细胞耗竭增加，以及APSN+CXCL11+APOE+成纤维细胞亚群与胃癌发展的关联 | 样本量较小，仅纳入3例CAG活检样本及其配对正常组织，可能影响结论的普遍性 | 阐明驱动慢性萎缩性胃炎发生的分子机制，识别萎缩黏膜中的关键细胞变化和分子事件 | 慢性萎缩性胃炎患者的胃黏膜活检样本及配对正常组织 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例CAG活检样本及配对正常组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-09-21 |
Renal Cell Type and State Estimation in Brightfield Histology Images: A Pilot Study on Diabetic Nephropathy
2025-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering
DOI:10.1117/12.3047996
PMID:41799653
|
研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习的图像到文本检索网络和视觉语言模型的两阶段流程，用于从明场组织学图像中预测糖尿病肾病中的肾细胞类型和状态 | 提出了一种结合CONCH对比学习模型的两阶段流程：第一阶段通过图像到文本检索网络将明场组织学图像分类为四种结构类型并生成组织病理学文本提示，第二阶段利用视觉语言模型结合配对图像和文本输入预测细胞类型和状态比例 | 本研究为初步研究，样本量有限，仅基于糖尿病肾病样本，尚未在更大规模和更多疾病类型的数据集上验证 | 利用机器学习流程从明场组织学图像中预测细胞类型和状态，以增强临床医学中的诊断和预后 | 糖尿病肾病样本的10X Visium FFPE全切片图像 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 空间转录组学 | CNN, ViT, 视觉语言模型, 对比学习模型 | 图像, 文本 | 10张10X Visium FFPE全切片图像（糖尿病肾病样本） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Visium 福尔马林固定石蜡包埋全切片图像 |
| 8 | 2026-09-21 |
Molecular heterogeneity and development of the ventral tegmental area
2025-Feb, Current opinion in behavioral sciences
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cobeha.2024.101478
PMID:41908169
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在解析腹侧被盖区分子异质性及发育方面的研究进展 | 系统总结了单细胞测序技术揭示的腹侧被盖区多巴胺能神经元细胞异质性和发育分子复杂性 | 未提及具体的技术局限性或研究不足 | 总结腹侧被盖区多巴胺能神经元的分子异质性及其发育过程 | 腹侧被盖区和黑质的多巴胺能神经元 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-09-20 |
Deciphering the generation of heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma metastasis via single-cell multiomics analysis
2025-02-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06154-6
PMID:39905485
|
研究论文 | 通过对食管鳞状细胞癌患者的癌与癌旁组织进行单细胞ATAC测序，并结合多种组学数据，揭示了染色质可及性在ESCC转移过程中驱动细胞异质性的分子机制 | 首次在单细胞水平上对四个不同病理分期（T1a、T2b、T3b、T4a）的ESCC患者进行scATAC-seq分析，并结合55个scRNA-seq数据集及ChIP-seq、CUT&Tag、Hi-C、bulk RNA-seq和bulk ATAC-seq等多组学数据进行整合分析，揭示了染色质三维结构调控SERPINH1转录从而促进EMT和转移的新机制，以及染色质元件激活在CD8+耗竭T细胞、Tregs、TAMs和CAFs中的作用 | 样本量较小，仅包含四个ESCC患者 | 探究染色质可及性在ESCC转移过程中如何驱动细胞异质性，以及调控元件在ESCC转移中的作用机制 | 四个病理分期为T1a、T2b、T3b或T4a的食管鳞状细胞癌患者的癌组织与癌旁非癌组织 | 单细胞多组学 | 食管鳞状细胞癌 | scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, CUT&Tag, Hi-C, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq | NA | 单细胞ATAC数据, 单细胞RNA数据, 表观基因组数据, 转录组数据, 染色质构象数据 | 4例ESCC患者的癌与癌旁组织（scATAC-seq），整合55个scRNA-seq数据集及其他多种测序数据 | NA | single-cell ATAC-seq, single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-09-20 |
The critical role of endoplasmic reticulum stress and the stimulator of interferon genes (STING) pathway in kidney fibrosis
2025-02, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2024.10.021
PMID:39566842
|
研究论文 | 本研究通过转录组学分析、小鼠模型和空间转录组学，揭示了内质网应激和STING通路在肾脏纤维化中的关键作用 | 首次发现STING是肾小管细胞中PERK和ER应激的重要上游调节因子，并证明STING与PERK存在物理相互作用 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，具体分子机制和临床转化潜力仍需进一步验证 | 探讨内质网应激在肾脏疾病中的精确激活机制和作用 | 慢性肾脏病患者肾脏、急性及慢性肾损伤小鼠模型（顺铂和单侧输尿管梗阻）、叶酸及TFAM敲除小鼠数据、人类肾脏空间转录组数据 | 空间转录组学, 分子病理学 | 肾脏疾病, 肾纤维化 | 转录组学分析, 空间转录组学, 基因敲除小鼠模型 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据, 图像 | NA | NA | 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-09-20 |
TRAIL induces podocyte PANoptosis via death receptor 5 in diabetic kidney disease
2025-02, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2024.10.026
PMID:39571905
|
研究论文 | 该文通过单细胞RNA测序比较正常与糖尿病肾病（DKD）患者肾脏样本，发现TRAIL及其受体DR5在足细胞中表达上调，并介导足细胞PANoptosis，从而促进DKD进展 | 首次揭示TRAIL/DR5轴通过诱导足细胞PANoptosis（凋亡、焦亡和坏死性凋亡）在糖尿病肾病中发挥关键自分泌作用，并验证了可溶性DR5-Fc的治疗潜力 | 未明确说明样本量有限、单细胞测序深度可能不足，以及动物模型与人类DKD的差异等局限性 | 探究TRAIL/DR5在糖尿病肾病足细胞损伤中的作用及其与PANoptosis的关系 | 人DKD肾脏样本、培养的人足细胞、高脂饮食联合链脲佐菌素诱导的肥胖糖尿病小鼠、BTBR ob/ob小鼠 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本 | 3例正常和3例DKD人类肾脏样本，以及多个小鼠模型和体外培养细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 12 | 2026-09-20 |
Hunger Games: A Modern Battle Between Stress and Appetite
2025-02, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.70006
PMID:39936619
|
综述 | 本文综述了压力与进食信号在大脑中的相互作用机制，重点讨论了进食障碍的神经生物学基础、动物模型、肠道微生物组的作用以及未来研究方向 | 强调了下丘脑-外侧隔核-海马轴在整合压力和进食信号中的新机制，提出了肠道微生物组在进食障碍中的新兴作用，并指出单细胞测序和先进人类影像学等新兴工具可用于揭示进食障碍患者大脑的细胞和环路水平变化 | 文章为综述性质，未提供原始实验数据；许多问题仍未解决，如为何某些个体对压力具有韧性而另一些个体易患进食障碍；特定压力源对神经环路的影响尚未明确；海马-隔核-下丘脑连接的功能相关性尚不清楚 | 探讨压力与食欲之间的相互作用机制，阐明进食障碍的神经生物学基础，并展望未来研究方向 | 进食障碍相关的神经环路、动物模型及人类患者 | 神经科学 | 进食障碍 | 单细胞测序，人类影像学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 13 | 2026-09-18 |
Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637521
PMID:39990382
|
研究论文 | 本文通过时间脉冲追踪实验、免疫染色和单细胞RNA测序，揭示了刺鼠（spiny mice）复杂组织再生过程中特定细胞类型和状态的作用 | 首次通过时间脉冲追踪实验揭示了刺鼠再生过程中基质细胞的细胞周期动态，并利用单细胞RNA测序鉴定了与再生或纤维化愈合相关的特异性细胞状态，发现CRABP1+成纤维细胞在再生耳朵中富集，但在年轻出生后小鼠耳朵中无法促进再生 | 研究主要基于刺鼠耳朵再生模型，结论是否适用于其他组织和器官的再生尚不明确；单细胞测序的样本量和时间点可能有限，未能完全解析所有细胞状态和动态变化 | 探究刺鼠复杂组织再生过程中细胞增殖动态、特定细胞类型和状态的作用，以及再生与纤维化修复的细胞学差异 | 刺鼠（spiny mice, spp.）和实验室小鼠（laboratory mouse strains）的耳朵组织 | 单细胞生物学、再生医学 | NA | 时间脉冲追踪实验、免疫染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 图像、文本（基因表达数据） | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2026-09-18 |
Sources of non-uniform coverage in short-read RNA-Seq data
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.634337
PMID:39975309
|
研究论文 | 本文系统探究了短读长RNA-Seq数据中覆盖度非均匀性的多种来源，通过靶向实验和现有数据集评估，否定了若干此前被广泛接受的原因 | 系统性地探索了八种潜在的非均匀性来源，证明单一因素无法解释该现象，并通过靶向实验推翻了此前关于逆转录二级结构干扰、rRNA pull-down方法、PCR升降温速率以及短片段等因素导致非均匀性的观点 | 摘要中未明确说明研究的局限性 | 探究短读长RNA-Seq数据中转录本覆盖度非均匀性的来源，以改进实验方案和分析方法 | 短读长RNA-Seq数据中的覆盖度非均匀性现象，包括bulk和单细胞RNA-Seq数据 | 机器学习 | NA | 短读长RNA-Seq | NA | 文本 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2026-09-16 |
Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA
2025-02, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012747
PMID:39919147
|
研究论文 | 本文提出广义对比主成分分析（gcPCA），一种无需超参数的方法，用于比较两个高维数据集以提取条件富集的低维模式，并在神经生理记录和单细胞RNA测序数据中验证了其效用。 | gcPCA无需调整超参数，避免了cPCA需要手动选择参数的问题；同时对称地处理两个实验条件，使其更适合比较两个条件。 | 摘要中未明确提及研究的局限性。 | 开发一种灵活、无需超参数的方法来比较两个高维数据集，以提取在不同实验条件下富集的低维模式。 | 高维生物数据集，包括神经生理记录和单细胞RNA测序数据。 | 机器学习 | 2型糖尿病 | NA | 主成分分析 | 高维数据、神经生理记录、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2026-09-16 |
Integrating multiscale mathematical modeling and multidimensional data reveals the effects of epigenetic instability on acquired drug resistance in cancer
2025-02, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012815
PMID:39951474
|
研究论文 | 该研究整合多维数据与多尺度数学模型，揭示表观遗传不稳定性在癌症获得性耐药中的作用，并优化间歇性治疗策略 | 从进化视角构建了涵盖表观遗传与细胞群体动态的新型多尺度数学模型，结合随机模拟与定量分析，首次将表观遗传不稳定性确定为与DTP细胞亚群出现及间歇治疗有效性最相关的动力学特征，并揭示了DTP细胞的细胞自噬和迁移等此前未被认识的生物学特征及新的治疗耐受生物标志物基因 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 阐明耐药持留（DTP）细胞导致获得性耐药的生物学与动态机制，并优化间歇性治疗策略 | 经药物处理的PC9肺癌细胞及肺癌单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 多尺度数学模型 | 文本, 数值 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 17 | 2026-09-14 |
scRecover: Discriminating True and False Zeros in Single-Cell RNA-Seq Data for Imputation
2025-02-28, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.10334
PMID:39912305
|
研究论文 | 提出统计框架区分单细胞RNA测序数据中的真零值和假零值，并开发了插补工具scRecover | 首次有效区分真零值（无表达）和假零值（ dropout），仅对dropout零值进行插补，避免过度插补真零值 | 摘要中未明确提及 | 解决单细胞RNA测序数据中零值过多的问题，提高插补准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达值 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项模型、Good和Toulmin模型 | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2026-09-14 |
transCAE: Enhancing Cell Type Annotation in Single-cell RNA-seq Data with Transfer Learning and Convolutional Autoencoder
2025-02-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.168936
PMID:39798891
|
研究论文 | 该文章提出了一种基于迁移学习和卷积自编码器的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法transCAE，通过结合无监督降维和有监督分类，提高注释准确性并缓解批次效应 | 将迁移学习与卷积自编码器结合，同时利用参考数据集和查询数据集的信息，实现无监督降维与有监督细胞类型分类的集成，有效缓解不同平台产生的批次效应 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性，并解决多参考或查询数据集带来的批次效应问题 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 卷积自编码器，迁移学习 | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-09-13 |
Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq data to explore diverse cell death patterns and develop a programmed cell death-related relapse prediction model in pediatric B-ALL
2025-02-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86148-y
PMID:39955305
|
研究论文 | 该研究整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，探索儿童B-ALL中多种程序性细胞死亡模式，并构建了一个包含七个关键基因的复发预测模型 | 首次在儿童B-ALL中系统分析16种程序性细胞死亡模式的活性，并构建了基于七个PCD相关基因（BIK、TSPO、BCL2L2、PIP4K2C、MLKL、STAT2、WWOX）的细胞死亡指数（CDI）复发预测模型 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 识别与程序性细胞死亡相关的生物标志物，并开发儿童B-ALL患者复发预测模型 | 儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者 | 机器学习 | 白血病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | Cox回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-09-13 |
scHNTL: single-cell RNA-seq data clustering augmented by high-order neighbors and triplet loss
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf044
PMID:39878904
|
研究论文 | 提出了一种名为scHNTL的单细胞RNA测序数据聚类算法，通过高阶邻居和三重损失增强聚类性能 | 首次将三重损失对比学习引入单细胞聚类，通过探索相似图的高阶结构识别相似和不相似细胞，在保留结构信息的同时分离不相似对，并将嵌入改进与聚类目标融合在自优化聚类框架中 | 未明确说明算法的计算复杂度、可扩展性以及在超大规模数据集上的表现 | 解决单细胞RNA测序数据聚类中面临的数据稀疏性、高维度和基因表达变异等挑战，提高聚类性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图注意力自编码器 | 基因表达矩阵 | 16个真实世界数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |