单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 658 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-09-13 |
Single Cell Spatial Transcriptomics of the Murine Embryonic Palate Links Pax9 to Patterning and Organization of Extracellular Matrix Components
2025-Feb-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5969552/v1
PMID:40034445
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研究论文 | 利用单细胞空间转录组技术研究小鼠胚胎腭发育，揭示Pax9基因与细胞外基质成分模式化和组织的关联 | 首次在腭裂模型中实施单细胞空间RNA测序研究，采用Visium HD平台实现2×2 μm分辨率的空间基因表达分析 | 研究基于小鼠模型，结果向人类腭裂的转化需要进一步验证 | 探索腭裂形成的基因组学基础，识别关键分子靶点用于治疗开发 | 小鼠胚胎腭组织（多个发育时间点） | 空间转录组学 | 腭裂 | 单细胞空间RNA测序（Visium HD），Xenium In Situ mRNA空间分析，RNAscope Multiplex检测 | NA | 空间基因表达数据 | 多个发育时间点的小鼠胚胎腭组织样本 |
| 2 | 2025-09-10 |
mTOR signaling regulates multiple metabolic pathways in human lung fibroblasts after TGF-β and in pulmonary fibrosis
2025-Feb-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00189.2024
PMID:39745695
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研究论文 | 本研究探讨mTOR和ATF4在TGF-β处理后的人肺成纤维细胞中调控多种代谢通路的机制及其在肺纤维化中的作用 | 首次全面揭示mTOR和ATF4不仅调控氨基酸稳态，还影响糖酵解和线粒体电子传递链等代谢途径，并通过单细胞RNA-seq数据验证其在患者肺中的病理相关性 | 研究主要基于体外细胞模型和公共数据集分析，缺乏直接体内功能验证 | 阐明mTOR信号通路在肺成纤维细胞代谢重编程中的作用机制 | 人肺成纤维细胞和特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织 | 分子生物学 | 肺纤维化 | RNA测序(RNA-seq)、代谢组学分析、单细胞RNA-seq数据分析 | NA | 转录组数据、代谢物数据、单细胞测序数据 | 人肺成纤维细胞系及公共IPF患者单细胞RNA-seq数据集 |
| 3 | 2025-09-06 |
Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers
2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.05.592608
PMID:38766132
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研究论文 | 提出基于Transformer的自监督工作流CellTransformer，用于小鼠大脑空间转录组数据的细粒度区域发现 | 开发新型编码器-解码器架构CellTransformer，能够分层学习组织特征并发现数百个未标注脑区 | NA | 解决器官级空间转录组数据分析中的关键瓶颈，实现可扩展的自我监督空间域检测 | 小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | MERFISH, Slide-seqV2, 空间转录组学 | Transformer, 编码器-解码器架构 | 空间转录组数据 | 四个个体小鼠的900万个细胞，跨越200多个组织切片 |
| 4 | 2025-09-06 |
Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells
2025-02-26, Neuromolecular medicine
IF:3.3Q2
DOI:10.1007/s12017-024-08827-9
PMID:40011350
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据，全面评估ANXA2和ANXA4在泛癌及胶质瘤中的表达模式、功能影响及与免疫细胞的关联 | 首次通过单细胞测序分析揭示ANXA2和ANXA4在GBM中主要由M2巨噬细胞表达，并发现其表达水平与巨噬细胞和CD4+静止记忆T细胞存在强相关性 | 分析工具之间存在不一致性，凸显了需要采用多种方法准确识别差异表达基因的必要性 | 探究Annexin A家族在癌症特别是胶质瘤免疫细胞中的预后意义和功能作用 | 多种癌症类型，特别关注胶质母细胞瘤(GBM)和低级别胶质瘤 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 多组学数据分析、单细胞测序分析、差异表达基因鉴定、生存分析、共表达研究 | NA | 基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据 | 基于TCGA数据库的泛癌样本和胶质瘤样本 |
| 5 | 2025-09-05 |
Transcriptomic responses of lung mesenchymal cells during pneumonia
2025-Feb-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177084
PMID:39998887
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肺炎期间小鼠肺间充质细胞的转录组响应 | 首次系统揭示肺炎期间不同类型肺间充质细胞的共同核心响应和细胞类型特异性响应模式 | 研究仅基于小鼠模型，人类临床相关性尚需验证 | 阐明呼吸系统感染期间间充质细胞的免疫应答机制 | 小鼠肺组织中的间充质细胞 | 单细胞转录组学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 三组小鼠（初始状态、肺炎期、恢复期）的肺单细胞悬液 |
| 6 | 2025-08-29 |
A transcriptome-wide association study integrating multi-omics bioinformatics and Mendelian randomization reveals the prognostic value of ADAMDEC1 in colon cancer
2025-02, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-024-03910-3
PMID:39680087
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法，鉴定ADAMDEC1作为结肠癌预后保护因子 | 首次结合单细胞测序数据、批量转录组数据和孟德尔随机化分析，系统识别与结肠癌预后因果关联的基因 | NA | 识别与结肠癌预后有因果关联的基因，改善患者生存率 | 结肠癌患者及其相关基因与细胞类型 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞测序, 批量转录组分析, 孟德尔随机化(SMR), GWAS, 免疫组化(IHC) | scissor算法, 两样本孟德尔随机化 | 基因表达数据, 基因型数据, 临床预后数据, 图像数据 | 多个数据集（包括GSE17536和GSE39582）及真实世界组织样本 |
| 7 | 2025-08-10 |
Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.13.638196
PMID:40027653
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研究论文 | 研究探讨了Yap和Taz缺失对Schwann细胞和嗅觉鞘细胞（OECs）发育的不同影响，以及对GnRH-1神经元迁移的影响 | 揭示了Yap和Taz在OEC和Schwann细胞发育中的不同作用，以及Hippo通路在OEC发育中的重要性 | 研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物 | 探究Yap和Taz在神经嵴衍生细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响 | 小鼠胚胎鼻组织中的OECs、Schwann细胞、GnRH-1神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 小鼠胚胎鼻组织 |
| 8 | 2025-08-10 |
Comparison of CD30L and OX40L Reveals CD30L as a Promising Therapeutic Target in Atopic Dermatitis
2025-Feb, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16412
PMID:39589186
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研究论文 | 比较CD30L和OX40L在特应性皮炎治疗中的潜力，发现CD30L是一个有前景的治疗靶点 | 首次提出CD30-CD30L轴作为特应性皮炎的治疗靶点，并与已知的OX40-OX40L轴进行比较 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床效果尚需进一步验证 | 探索CD30L作为特应性皮炎新治疗靶点的潜力 | 特应性皮炎患者和小鼠模型 | 免疫学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 多个特应性皮炎患者皮肤病变的scRNA-seq数据集和小鼠模型 |
| 9 | 2025-08-09 |
STANCE: a unified statistical model to detect cell-type-specific spatially variable genes in spatial transcriptomics
2025-Feb-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57117-w
PMID:39979358
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研究论文 | 提出了一种名为STANCE的统一统计模型，用于检测空间转录组学中的细胞类型特异性空间变异基因 | STANCE模型在线性混合效应模型框架下整合基因表达、空间位置和细胞类型组成信息，确保组织旋转不变的结果，并采用两阶段方法进行检测 | 未提及具体局限性 | 检测空间转录组学中的细胞类型特异性空间变异基因 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 线性混合效应模型 | 基因表达数据 | 公共数据集 |
| 10 | 2025-08-09 |
The use of deidentified organ donor testes for research
2025-Feb-06, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.70008
PMID:39912553
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综述 | 本文讨论了使用去标识化的人类睾丸捐赠组织进行基础科学研究的重要性和应用 | 强调了使用人类睾丸组织而非小鼠模型进行研究的必要性，以更准确地理解人类睾丸发育和功能 | 活检材料通常体积过小，不适合进行全面研究 | 增进对人类睾丸发育和功能的理解，改进不育症的治疗和诊断方法 | 人类睾丸组织，特别是来自去标识化捐赠者的完整睾丸 | 生殖医学 | 不育症 | 单细胞转录组和表观基因组分析 | NA | 组织样本 | NA |
| 11 | 2025-08-08 |
A unified framework for cell-type-specific eQTL prioritization by integrating bulk and scRNA-seq data
2025-Feb-06, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2024.12.018
PMID:39824189
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研究论文 | 本文提出了一个统计框架IBSEP，通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据来增强细胞类型特异性eQTL的优先级排序 | IBSEP框架通过分层线性模型整合两种数据类型的汇总统计，克服了各自技术的局限性并利用了各自的优势 | scRNA-seq研究受限于较小的样本量和技术限制 | 提高细胞类型特异性eQTL的优先级排序，以更深入地理解复杂疾病的遗传基础 | 外周血单个核细胞和大脑皮层数据集 | 基因组学 | 复杂疾病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | 分层线性模型 | RNA-seq数据 | 未明确说明具体样本量，但包括外周血单个核细胞和大脑皮层数据集 |
| 12 | 2025-08-07 |
Epitope Tagging with Genome Editing in Mice Reveals That the Proton Channel OTOP1 Is Apically Localized and Not Restricted to Type III "Sour" Taste Receptor Cells
2025-Feb-05, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1560-24.2024
PMID:39592233
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研究论文 | 通过在小鼠中进行基因组编辑和表位标记，研究发现质子通道OTOP1位于味觉细胞的顶端，且不仅限于III型'酸'味觉受体细胞 | 揭示了OTOP1在味觉细胞中的精确定位，并发现其不仅存在于III型味觉受体细胞中，还存在于I型味觉受体细胞中 | 研究仅在小鼠中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证 | 探究质子通道OTOP1在味觉系统中的细胞和亚细胞定位 | 小鼠味觉系统中的OTOP1蛋白 | 分子生物学 | NA | 基因组编辑、高分辨率成像、scRNA-seq | NA | 图像数据、基因表达数据 | 雄性和雌性HA-OTOP1小鼠 |
| 13 | 2025-08-06 |
Targeting FGFR4 Abrogates HNF1A-driven Metastasis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.06.636643
PMID:39974881
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研究论文 | 本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的机制，并验证了FGFR4抑制剂在减少转移中的潜在疗效 | 首次发现HNF1A通过上调FGFR4驱动PDAC转移，并证实FGFR4抑制剂可靶向该促转移通路 | 研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证 | 探究HNF1A在PDAC转移中的作用机制并寻找靶向治疗方案 | 胰腺导管腺癌细胞（ATCC和患者来源细胞）及小鼠模型 | 肿瘤学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、组织微阵列分析、UMAP空间分析、RNA干扰、FGFR4抑制剂（H3B-6527和U3-1784） | 小鼠异种移植模型 | 基因表达数据、组织染色数据 | 未明确说明患者样本数量，涉及多种PDAC细胞系和小鼠模型 |
| 14 | 2025-08-06 |
Characteristics of a CCL21 Gene-Modified Dendritic Cell Vaccine Utilized for a Clinical Trial in Non-Small Cell Lung Cancer
2025-Feb-04, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0435
PMID:39559833
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研究论文 | 本文报道了一种CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗在非小细胞肺癌临床试验中的特性研究 | 首次全面表征了CCL21-DC疫苗的细胞组成和制造过程中多种因素的影响 | 研究仅涉及I期临床试验，样本量有限，且存在患者间高度变异性 | 评估CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗在非小细胞肺癌治疗中的潜力 | 非小细胞肺癌患者 | 免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | I期临床试验样本（具体数量未提及） |
| 15 | 2025-08-06 |
Identification of Nfel1a and Nfel3 as novel regulators for zebrafish thrombopoiesis
2025-02, Blood cells, molecules & diseases
DOI:10.1016/j.bcmd.2024.102897
PMID:39413675
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术鉴定了Nfel1a和Nfel3作为斑马鱼血小板生成的新型调控因子 | 首次发现Nfe2I1a和Nfe2l3作为转录因子对斑马鱼血小板生成的调控作用 | 研究仅针对斑马鱼模型，未在哺乳动物中进行验证 | 探索斑马鱼血小板生成的新型调控机制 | 斑马鱼血小板生成相关基因 | 分子生物学 | NA | 单细胞测序、基因敲除 | 斑马鱼模型 | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量 |
| 16 | 2025-08-03 |
Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636743
PMID:39975302
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研究论文 | 该研究探讨了长期酒精摄入如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体的分化能力 | 揭示了长期酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力 | 研究基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究长期酒精摄入对造血干细胞和祖细胞分化能力的影响及其与骨质疏松的关系 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体 | 生物医学 | 骨质疏松 | 光谱流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据、基因表达数据 | 恒河猴模型 |
| 17 | 2025-07-29 |
Transcriptional regulatory network analysis identifies GRN as a key regulator bridging chemotherapy and immunotherapy response in small cell lung cancer
2025-Feb-05, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01667-5
PMID:39910394
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研究论文 | 本研究通过构建小细胞肺癌的调控网络，识别出GRN作为化疗和免疫治疗反应的关键调节因子 | 首次将GRN确定为连接小细胞肺癌化疗和免疫治疗反应的关键调控因子，并揭示了其在治疗抵抗中的机制 | 研究主要基于基因组学和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证 | 探索小细胞肺癌对化疗和免疫治疗抵抗的分子机制 | 小细胞肺癌患者和肿瘤细胞 | 肿瘤基因组学 | 小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，调控网络分析 | NA | 基因组数据，单细胞RNA测序数据 | 未明确说明样本数量，涉及小细胞肺癌患者和肿瘤细胞 |
| 18 | 2025-07-24 |
TAp63γ is the primary isoform of TP63 for tumor suppression but not development
2025-Feb-06, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02326-x
PMID:39915463
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-cas9技术删除p63γ特异性编码外显子10'，生成小鼠模型，探讨了TP63γ在肿瘤抑制和发育中的生物学功能 | 首次明确了TP63γ是TP63在肿瘤抑制中的主要亚型，而非发育过程，揭示了其通过维持正常炎症反应和脂质稳态来发挥肿瘤抑制作用的机制 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究TP63γ亚型的生物学功能及其在肿瘤抑制和发育中的作用 | p63γ缺陷小鼠模型 | 分子生物学 | 肿瘤 | CRISPR-cas9基因编辑技术、单细胞RNA-seq | 小鼠基因敲除模型 | 基因表达数据 | NA |
| 19 | 2025-07-24 |
Transcript-specific enrichment enables profiling of rare cell states via single-cell RNA sequencing
2025-Feb, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-02036-7
PMID:39779958
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研究论文 | 本文开发了一种名为PERFF-seq的可扩展方法，用于通过特定RNA转录本的丰度来定义亚群，从而实现单细胞RNA测序分析 | 开发了PERFF-seq方法，通过RNA流式细胞术的可编程分选逻辑来分离稀有细胞群，克服了传统流式分选需要高保真抗体的限制 | 方法在新鲜冷冻和福尔马林固定、石蜡包埋的脑组织中的应用效果尚未全面验证 | 解决单细胞RNA测序中稀有细胞状态分析的技术限制 | 免疫细胞群和脑组织中的细胞核 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA流式细胞术 | NA | RNA转录本数据 | 免疫细胞群(n=184,126个细胞), 新鲜冷冻和福尔马林固定、石蜡包埋的脑组织(n=33,145个细胞核) |
| 20 | 2025-07-24 |
Development of Monoclonal Antibodies for Identifying Plant-Parasitic Nematodes
2025-Feb, Journal of nematology
IF:1.4Q2
DOI:10.2478/jofnem-2025-0024
PMID:40687771
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研究论文 | 开发用于识别植物寄生线虫的单克隆抗体 | 利用单细胞RNA-seq技术从免疫小鼠的成熟B细胞中生成数万种单克隆抗体的核苷酸序列信息，用于线虫识别，并通过体外合成两种单克隆抗体并利用ELISA验证其特异性 | 目前仅提供了概念验证，尚未大规模应用 | 开发更精确的植物寄生线虫识别技术，以区分病原性或毒力的变异 | 植物寄生线虫 | 分子生物学 | 植物寄生线虫病 | 单细胞RNA-seq, ELISA | NA | 核苷酸序列数据 | NA |