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当前共找到 644 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-15 |
Transcriptional regulatory network analysis identifies GRN as a key regulator bridging chemotherapy and immunotherapy response in small cell lung cancer
2025-02-05, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01667-5
PMID:39910394
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研究论文 | 通过构建转录调控网络，确定GRN为连接小细胞肺癌化疗和免疫治疗反应的关键调节因子 | 首次揭示GRN作为小细胞肺癌化疗和免疫治疗反应之间的桥梁调控因子，并提出基于GRN表达水平的患者分层策略 | 未明确提及局限性，但缺乏对GRN调控机制的深入验证，且样本量信息未在摘要中提供 | 探究小细胞肺癌对EP化疗和免疫治疗产生耐药的分子机制，并识别潜在的生物标志物 | 小细胞肺癌细胞系和肿瘤相关巨噬细胞 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-05-15 |
Single-cell landscape of dynamic changes in CD8+ T cells, CD4+ T cells and exhausted T cells in hepatocellular carcinoma
2025-02-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-88377-7
PMID:39900964
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研究论文 | 利用单细胞测序数据研究肝细胞癌中CD8+ T细胞、CD4+ T细胞和耗竭T细胞的动态变化景观及T细胞相关基因的预后价值 | 通过hdWGCNA算法识别与CD4 T细胞、CD8 T细胞和耗竭T细胞相关的基因模块，并利用AUCell算法揭示耗竭T细胞中信号通路活性的变化，构建基于七基因的预后模型 | 未提及具体的局限性，但样本量仅为12例肝细胞癌单细胞测序病例 | 探究T细胞相关基因在肝细胞癌预后中的价值 | 肝细胞癌患者的CD8+ T细胞、CD4+ T细胞和耗竭T细胞 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞测序、hdWGCNA、AUCell、免疫组化、实时PCR | NA | 单细胞转录组数据 | 12例肝细胞癌单细胞测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-05-15 |
Exploring biomarkers and molecular mechanisms of Type 2 diabetes mellitus promotes colorectal cancer progression based on transcriptomics
2025-02-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-88520-4
PMID:39901036
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研究论文 | 基于转录组学探索2型糖尿病促进结直肠癌进展的生物标志物和分子机制 | 首次通过转录组学分析揭示O-连接糖基化在T2DM促进CRC进展中的关键作用，并构建了T2DM-CRC共病的诊断模型，鉴定COX11为潜在的免疫相关分子标志物 | NA | 探索2型糖尿病促进结直肠癌进展的潜在生物标志物和分子机制 | 结直肠癌患者肿瘤组织，伴或不伴2型糖尿病 | NA | 2型糖尿病，结直肠癌 | 转录组学，单细胞转录组分析，分子对接 | 逻辑回归，Lasso正则化 | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | NA | NA | 转录组测序，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-12 |
Cotton2035: From genomics research to optimized breeding
2025-02-03, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.01.010
PMID:39844464
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综述 | 本文回顾了棉花基因组研究在过去十年中的进展，提出通过基因组到育种策略优化棉花育种，并倡议启动棉花ENCODE项目以系统解码基因组功能元件和调控网络 | 提出棉花ENCODE项目以系统解码功能元件和调控网络，强调单细胞测序和高分辨率时空组学技术结合多组学数据、基因编辑及人工智能推动基因组驱动育种 | 未具体讨论现有技术整合的挑战或潜在应用障碍 | 通过从基因组研究到育种的转变，优化棉花关键农艺性状的遗传改良 | 棉花（包括野生和栽培棉属物种） | 基因组学 | NA | 单细胞测序, 高分辨率时空组学, 基因组编辑, 人工智能 | NA | 基因组序列, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 5 | 2026-05-10 |
B-cell interleukin 1 receptor 1 modulates the female adipose tissue immune microenvironment during aging
2025-Feb-13, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae219
PMID:39378334
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研究论文 | 该论文研究了B细胞白细胞介素1受体1（Il1r1）在衰老过程中调节雌性脂肪组织免疫微环境的作用 | 首次通过B细胞特异性敲除Il1r1小鼠模型，揭示了IL-1β-B细胞信号在衰老脂肪组织炎症反应中的性别特异性作用 | 研究仅关注了小鼠模型，未在人类样本中验证；且主要分析了雌性脂肪组织，对雄性机制探讨不足 | 探究IL-1β信号如何通过B细胞影响衰老相关脂肪组织炎症和代谢功能 | 小鼠内脏白色脂肪组织（vWAT）中的免疫细胞 | 免疫学 | 衰老相关代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | B细胞特异性Ilr1敲除小鼠（BKO）及对照小鼠的脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-05-08 |
Diffusion-based generation of gene regulatory networks from scRNA-seq data with DigNet
2025-02-14, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279551.124
PMID:39694856
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研究论文 | 提出一种名为DigNet的离散扩散生成模型，用于从单细胞RNA测序数据中生成基因调控网络 | 利用多步马尔可夫扩散过程重建细胞特异性基因调控网络，结合iMetacell整合和非欧几里得离散空间建模，对数据噪声和网络稀疏性具有鲁棒性 | 未明确提及局限性，但可能受限于scRNA-seq数据的稀疏性和基因调控网络的复杂性 | 开发一种从scRNA-seq数据生成细胞特异性基因调控网络的有效方法 | 来自scRNA-seq数据的基因调控网络，以及乳腺癌免疫反应中的T细胞差异基因调控 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 离散扩散生成模型 | 基因表达数据 | 未明确提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-05-08 |
Kernel-bounded clustering for spatial transcriptomics enables scalable discovery of complex spatial domains
2025-02-14, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278983.124
PMID:39909714
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研究论文 | 提出一种名为核边界聚类（KBC）的新算法，用于空间转录组数据中复杂空间区域的可扩展发现 | 首次在聚类算法中采用分布核来招募聚类成员，能够发现不同密度、大小和形状的聚类，并且是线性时间复杂度算法 | 当前结果仅基于Weisfeiler-Lehman方案，可能在其他数据变换下的表现未验证 | 开发一种高效且适应性强的聚类算法，解决空间转录组数据中复杂空间区域的识别问题 | 空间转录组数据中的组织基因表达和空间信息 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 核边界聚类（KBC） | 基因表达数据、空间坐标 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2026-05-08 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
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研究论文 | 提出SpaceBar细胞条形码策略，实现在空间转录组数据中同时追踪克隆和进行空间转录组分析 | 首次实现将克隆追踪与成像型空间转录组技术（seqFISH）相结合，开发了基因评分指标区分内在细胞信号与外在环境信号对基因表达的影响 | NA | 开发一种能够在空间转录组数据中进行克隆追踪的方法 | 黑色素瘤异种移植模型中的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 成像型空间转录组学（seqFISH） | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | seqFISH | 成像型空间转录组学（seqFISH）结合96种合成条形码文库 |
| 9 | 2026-05-07 |
Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637114
PMID:39975212
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研究论文 | 通过对人类皮肤中单个黑素细胞的全基因组测序和表型分析，揭示了低突变负担的黑素细胞亚群存在于日光损伤皮肤中，并发现这些细胞具有干细胞样特性和独特的空间分布 | 首次结合单细胞突变景观和空间转录组学（10X Xenium）揭示黑素细胞亚群在皮肤中的异质性和动态再生机制，提出毛囊是黑素细胞的保护性生态位 | 样本量相对有限（297个细胞来自31位供体），且未对不同光损伤程度的皮肤进行纵向追踪以验证迁移假说 | 探究人类皮肤中黑素细胞稳态维持机制及亚群差异 | 人类皮肤中297个单个黑素细胞及其基因表达、突变负担和空间分布 | 数字病理学 | 皮肤癌（黑素细胞相关） | 单细胞全基因组测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组图像、突变数据 | 来自31位供体的297个黑素细胞 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium空间转录组学平台实现单细胞分辨率下基因表达与空间位置的整合分析 |
| 10 | 2026-05-04 |
Loss of mucin 2 and MHC II molecules causes rare resistance to murine RV infection
2025-02-25, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01507-24
PMID:39727412
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研究论文 | 该研究通过条件性敲除小鼠的分泌细胞（潘氏细胞、杯状细胞和肠内分泌细胞），发现黏蛋白2（MUC2）和MHC II分子的缺失导致小鼠对轮状病毒感染产生罕见的抵抗力 | 首次揭示杯状细胞产物MUC2与MHC II分子在轮状病毒易感性中的未知关联，并发现分泌细胞缺失可赋予小鼠罕见的抗感染能力 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全代表人类轮状病毒感染的机制；未明确MUC2和MHC II在抗病毒中的协同作用细节 | 探究肠道分泌细胞（尤其是杯状细胞）在轮状病毒感染发病机制中的作用 | Atoh1条件性敲除小鼠（缺乏潘氏细胞、杯状细胞和肠内分泌细胞）及MUC2或MHC II缺陷小鼠 | 分子生物学 | 轮状病毒感染 | 单细胞RNA测序、条件性基因敲除 | Atoh1条件性敲除小鼠模型、MUC2敲除小鼠模型、MHC II敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 多种基因修饰小鼠品系，具体样本数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2026-05-03 |
Molecular heterogeneity and development of the ventral tegmental area
2025-Feb, Current opinion in behavioral sciences
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cobeha.2024.101478
PMID:41908169
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研究论文 | 使用单细胞测序技术研究腹侧被盖区的分子异质性和发育过程 | 通过单细胞测序技术揭示多巴胺能神经元在发育过程中的高异质性和分子复杂性 | NA | 研究多巴胺能中脑（包括腹侧被盖区和黑质）在胚胎发育和成年期的转录特征 | 多巴胺能神经元 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 12 | 2026-05-02 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data
2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636138
PMID:39974940
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研究论文 | scBSP是一个快速准确的开源工具，用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征 | 利用稀疏矩阵运算显著提升计算效率和内存使用，能在桌面电脑上10秒内处理超过18万个点的高清空间转录组数据，是当前处理此类数据最快的工具 | 未在文中明确说明局限性 | 开发一种高效计算工具，用于识别高分辨率空间组学数据中的空间可变生物学特征 | 空间组学数据中的空间可变基因和空间可变峰 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 空间转录组学，10x Xenium | NA | 空间组学数据（二维和三维） | 高分辨率空间转录组数据包含19950个基因和181367个点 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium空间原位分析平台 |
| 13 | 2026-05-01 |
Inorganic pyrophosphatase 1: a key player in immune and metabolic reprogramming in ankylosing spondylitis
2025-02, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00308-0
PMID:39511317
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞测序分析，发现无机焦磷酸酶1在强直性脊柱炎的免疫和代谢重编程中起关键作用 | 首次结合孟德尔随机化、表达量性状位点分析和单细胞代谢分析，鉴定出PPA1作为强直性脊柱炎中CD8+记忆T细胞代谢和免疫应答的关键基因 | 样本量较小（仅3例患者），且未涉及功能验证实验 | 探究免疫细胞和代谢物在强直性脊柱炎中的作用机制 | 强直性脊柱炎患者与非患者的椎骨骨髓血样本中的免疫细胞和代谢物 | 自然语言处理， 机器学习 | 强直性脊柱炎 | 单细胞测序， 孟德尔随机化， 表达量性状位点分析 | NA | 基因表达数据， 代谢数据 | 3例强直性脊柱炎患者和3例非患者的椎骨骨髓血样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10×单细胞测序 |
| 14 | 2026-04-29 |
Resident synovial macrophages in synovial fluid: Implications for immunoregulation
2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2024.110422
PMID:39701169
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研究论文 | 研究滑液中常驻滑膜巨噬细胞在免疫调节中的作用及其与滑膜屏障完整性的关系 | 首次在人类滑液中发现常驻滑膜巨噬细胞，并建立新的外植体模型，揭示其在炎性关节炎中上调促纤维化和促破骨信号通路 | 未提及具体局限性 | 探究滑液中常驻滑膜巨噬细胞与滑膜屏障完整性的关联及其在关节炎免疫病理中的作用 | 人类滑液中的常驻滑膜巨噬细胞 | 数字病理学 | 关节炎 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-04-28 |
Uncovering endothelial to mesenchymal transition drivers in atherosclerosis via multi-omics analysis
2025-02-17, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-025-04571-5
PMID:39956907
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研究论文 | 通过整合多组学数据，揭示了动脉粥样硬化中调控内皮-间充质转化的新候选因子 | 首次通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和微阵列数据，系统鉴定出七个新的内皮-间充质转化候选基因（PTGS2、TPM1、SERPINE1、FN1、RASD1、SEMA3C和ESM1） | 研究主要依赖公开数据库和生物信息学分析，验证仅通过qPCR和western blotting进行，尚未在体内模型或临床样本中进行功能验证 | 识别动脉粥样硬化中调控内皮-间充质转化的新候选分子 | 动脉粥样硬化斑块中的内皮细胞及体外内皮-间充质转化模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列分析、qPCR、western blotting | NA | 基因表达数据 | 三个数据集：GSE159677（scRNA-seq）、GSE118446（bulk RNA-seq）和GSE56309（微阵列） | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-04-25 |
Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model
2025-Feb-19, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387
PMID:39970235
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研究论文 | 通过抑制机械传导（YAP）防止大型动物模型瘢痕形成并促进伤口再生 | 首次在红杜洛克猪（最接近人类瘢痕模型）中证明单次使用YAP抑制剂维替泊芬即可防止瘢痕形成并驱动伤口再生，并结合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学分析揭示了成纤维细胞动态变化及YAP/IL-33信号轴的作用 | 未提及具体局限性 | 阐明YAP抑制在大型动物伤口再生中的作用机制，为临床转化预防人类皮肤瘢痕提供依据 | 红杜洛克猪伤口模型及人类新生儿包皮异种移植伤口模型 | 数字病理学 | 皮肤瘢痕 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质空间分布数据 | 未具体说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间蛋白质组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 17 | 2026-04-24 |
Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics
2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029
PMID:39919554
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研究论文 | 利用单细胞转录组学解析小鼠肝脏中药物代谢酶、转运蛋白及转录因子的细胞类型特异性和区域分布 | 首次系统表征小鼠肝脏中药物加工基因在不同细胞类型和肝小叶区域的基线mRNA富集情况，结合单细胞和空间转录组数据实现分区解析 | NA | 表征小鼠肝脏中药物加工基因的细胞类型特异性和区域分布 | 小鼠肝脏细胞类型包括肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、库普弗细胞、星状细胞、肌成纤维细胞及免疫细胞 | 机器学习 | 药物性肝损伤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 来自已发表数据集的单细胞和单核转录组样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | Seurat V5（分析软件） | 使用Seurat V5在R中进行过滤、标准化、聚类和差异表达分析，并基于已知区域标记物及空间转录组数据验证肝细胞分区 |
| 18 | 2026-04-23 |
Cell Type-Agnostic Transcriptomic Signatures Enable Uniform Comparisons of Neurodevelopment
2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639936
PMID:40060479
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学元分析，开发了一种细胞类型无关的转录组特征模型，用于统一比较神经发育过程 | 提出了一种细胞类型无关的模型，能够跨细胞类型、数据集和物种（如人类和小鼠）准确预测发育年龄，并成功应用于神经类器官和疾病模型 | 模型主要基于转录组数据，可能未涵盖其他生物学层面（如表观遗传或蛋白质组）的发育信息，且样本来源和预处理差异可能影响泛化能力 | 开发一个统一框架，以比较不同背景、模型系统和物种中的神经发育过程 | 人类和小鼠的发育中大脑细胞，以及人类神经类器官 | 单细胞转录组学 | 神经发育疾病 | 单细胞RNA-seq | 正则化回归模型 | 单细胞转录组数据 | 超过280万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-04-22 |
The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making
2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638733
PMID:40027766
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研究论文 | 本研究揭示了叉头转录因子FKH-7/FOXP在化学感应神经元中调控发育决策的功能，并建立了连接自闭症相关基因的分子病理研究框架 | 首次发现FKH-7/FOXP在化学感应神经元中调控幼虫进入发育停滞期（dauer阶段）的决策功能，并证明人类FOXP1可在该功能上替代FKH-7 | 研究基于线虫模型，在哺乳动物系统中的直接适用性需要进一步验证 | 探究自闭症相关转录因子FOXP1及其同源物在发育决策中的分子机制 | 线虫（C. elegans）的化学感应神经元及发育决策过程 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2026-04-20 |
NLRP3 inflammasome mediates pyroptosis of alveolar macrophages to induce radiation lung injury
2025-02-15, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136740
PMID:39642726
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研究论文 | 本研究探讨了肺泡巨噬细胞焦亡在辐射性肺损伤中的作用，发现NLRP3炎症小体是介导此过程的核心机制 | 首次结合多色流式细胞术、单细胞RNA测序及质谱分析，揭示了辐射性肺损伤中肺泡巨噬细胞焦亡的早期启动作用及其作为细胞通讯关键调节者的角色 | 研究主要聚焦于肺泡巨噬细胞，其他免疫细胞类型在辐射性肺损伤中的具体作用机制尚未完全阐明 | 阐明辐射性肺损伤中肺泡巨噬细胞焦亡的分子机制及NLRP3炎症小体的激活途径 | 辐射诱导的肺损伤模型中的肺泡巨噬细胞及其他免疫细胞 | 数字病理学 | 肺损伤 | 多色流式细胞术, 单细胞RNA测序, 质谱分析, 免疫共沉淀, Duolink邻近连接技术 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质互作数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |