单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 672 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-07-15 |
A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.636192
PMID:40027755
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，构建了一个包含超过51,000个SST+神经元的小鼠转录组数据资源Dev-SST-Atlas，揭示了抑制性神经元在发育过程中的三种多样化模式 | 开发了一种计算流程来富集和整合多个数据集中的稀有细胞类型，并首次描述了SST+抑制性神经元的三种多样化轨迹 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及胎儿期，可能无法完全代表人类发育过程 | 探索大脑皮层抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制 | 小鼠和人类胎儿中的SST+抑制性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | 计算分析流程 | 转录组数据 | 超过51,000个小鼠SST+神经元 |
| 2 | 2025-07-14 |
Tissue extracellular vesicles suppress neonatal cardiac regeneration: a Pak2-Erk1/2-mediated macrophage paracrine signaling
2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2024193
PMID:39949198
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研究论文 | 研究发现小鼠出生后第8天心肌组织来源的细胞外囊泡（P8-EVs）通过Pak2-Erk1/2信号轴调控巨噬细胞的旁分泌活动，从而影响心肌细胞增殖 | 首次揭示P8-EVs通过Pak2-Erk1/2信号轴调控巨噬细胞功能进而抑制心肌细胞增殖的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类心肌再生机制是否相同尚需验证 | 探究心肌细胞增殖能力随发育下降的分子机制 | 小鼠心肌细胞和巨噬细胞 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 生物信息学分析、高通量组学、单细胞测序 | 小鼠心肌梗死模型 | 单细胞转录组数据、蛋白组数据 | 未明确说明具体样本数量，使用P1/P8不同发育阶段小鼠心肌组织 |
| 3 | 2025-07-14 |
Similarities and differences in the response and molecular characteristics of peripheral sensory neurons associated with pain and itch
2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2024202
PMID:39953797
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研究论文 | 本研究探讨了背根神经节（DRG）神经元对疼痛和瘙痒的不同反应及其分子特征 | 使用双光子钙成像和单细胞RNA测序技术揭示了多感觉神经元和单感觉神经元对疼痛和瘙痒的不同反应强度及转录组变化 | 研究未涉及DRG神经元在疼痛和瘙痒传导中的具体机制 | 探究DRG神经元对疼痛和瘙痒的不同反应及其分子基础 | 背根神经节（DRG）神经元 | 神经科学 | 慢性疼痛和瘙痒 | 双光子钙成像, 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 钙成像数据, 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 4 | 2025-07-06 |
The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments
2025-Feb-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5977005/v1
PMID:39989953
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research paper | 该研究评估了基因型分型去复用方法在单核多组学测序实验中的表现，特别是在存在环境RNA/DNA污染的情况下 | 开发了ambisim，一种能够灵活控制环境分子比例并生成真实联合snRNA/snATAC数据的基因型感知读取水平模拟器 | 研究主要基于模拟数据，虽然也应用于两个真实数据集，但样本量可能有限 | 评估和改进单核多组学测序实验中的样本去复用方法 | 单核RNA测序(snRNA-seq)和单核ATAC测序(snATAC-seq)数据 | 生物信息学 | NA | 单核多组学测序(snRNA/snATAC assays) | NA | 基因组测序数据 | 两个真实的联合snRNA/snATAC数据集 |
| 5 | 2025-07-06 |
The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.06.636969
PMID:39975005
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research paper | 本文评估了在单核多组学测序实验中环境污染物对基于基因型的去复用方法的影响，并开发了一个新的模拟器ambisim来模拟环境分子比例 | 开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成真实的联合snRNA/snATAC数据 | 研究主要基于模拟数据，实际数据验证有限 | 评估环境污染物对单核多组学测序实验中去复用方法的影响 | 单核多组学测序数据，特别是snATAC-seq和联合snRNA/snATAC实验 | 生物信息学 | NA | 单核多组学测序，snATAC-seq，snRNA-seq | NA | 测序数据 | 两个联合snRNA/snATAC数据集 |
| 6 | 2025-07-02 |
Altered immune landscape of cervical lymph nodes reveals Epstein-Barr virus signature in multiple sclerosis
2025-02-21, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adl3604
PMID:39982975
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序和转录组与表位测序的细胞索引技术，分析了多发性硬化症(MS)患者深颈淋巴结(dcLNs)的免疫景观，揭示了EB病毒(EBV)在MS发病机制中的关键作用 | 首次在MS患者的dcLNs中观察到EBV驱动的B细胞失调，并检测到EBV DNA和病毒载量的增加 | 研究样本量有限，且仅针对新诊断未治疗的MS患者 | 探究EBV感染与多发性硬化症发病机制之间的关系 | 新诊断未治疗的多发性硬化症患者 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序, 转录组与表位测序的细胞索引 | NA | RNA测序数据, 唾液样本 | 新诊断未治疗的MS患者样本 |
| 7 | 2025-07-02 |
IL-4 induces CD22 expression to restrain the effector program of virtual memory T cells
2025-02-07, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adk4841
PMID:39919198
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research paper | 本文研究了IL-4如何通过诱导CD22表达来调控虚拟记忆T细胞的效应程序 | 首次发现CD22作为IL-4诱导T细胞的选择性表面标记物，并揭示了CD22在调控IL-4依赖性T细胞效应程序中的内在作用 | 研究主要聚焦于CD8 T细胞，未涉及其他免疫细胞类型的潜在作用 | 阐明IL-4依赖性T细胞激活和扩增的调控机制 | 虚拟记忆CD8 T细胞 | 免疫学 | 寄生虫感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量 |
| 8 | 2025-07-01 |
Fucosylated haptoglobin promotes inflammation via Mincle in sepsis: an observational study
2025-Feb-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56524-3
PMID:39904983
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研究论文 | 本研究揭示了脓毒症患者血浆中Hp的末端岩藻糖基化水平升高及其通过Mincle受体促进炎症反应的机制 | 首次发现脓毒症患者Hp的特定岩藻糖基化修饰（Asn207和Asn211）与炎症反应增强相关，并阐明Fu-Hp通过Mincle受体激活炎症信号通路的分子机制 | 观察性研究设计无法确定因果关系，样本量未明确说明 | 探究岩藻糖基化Hp在脓毒症炎症反应中的作用机制 | 脓毒症患者血浆样本和小鼠模型 | 分子病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序、蛋白质纯化 | NA | 血浆蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | 脓毒症患者与健康对照（具体数量未说明） |
| 9 | 2025-06-29 |
mTOR signaling regulates multiple metabolic pathways in human lung fibroblasts after TGF-β and in pulmonary fibrosis
2025-Feb-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00189.2024
PMID:39745695
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研究论文 | 本文探讨了mTOR信号在TGF-β处理后的人类肺成纤维细胞及肺纤维化中调节多种代谢途径的作用 | 揭示了mTOR和ATF4在肺成纤维细胞中调节氨基酸稳态、糖酵解酶和线粒体电子传递链亚基的新代谢途径 | 研究主要基于体外实验和公共单细胞RNA-seq数据集，缺乏体内实验验证 | 研究mTOR和ATF4在肺成纤维细胞代谢重编程中的作用及其在肺纤维化中的潜在治疗靶点 | 人类肺成纤维细胞及肺纤维化患者的肺组织 | 细胞生物学 | 肺纤维化 | RNA测序、代谢组学分析、单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据、代谢组数据 | NA |
| 10 | 2025-06-27 |
Spatial transcriptomics defines the cell-specific RNA landscape of equine dorsal root ganglia
2025-Feb-06, Veterinary pathology
IF:2.3Q1
DOI:10.1177/03009858241312623
PMID:39916473
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research paper | 本研究利用空间转录组学技术定义了健康成年马背根神经节（DRG）中细胞特异性的RNA景观 | 首次将人类细胞标记物应用于马DRG的空间转录组学研究，并成功识别了不同区域的基因表达差异 | 研究仅针对健康成年马，未涉及疾病状态下的转录变化 | 进一步定义马背根神经节的空间转录组学景观 | 健康成年马的背根神经节（DRG） | 空间转录组学 | NA | GeoMx Digital Spatial Profiling from NanoString | NA | RNA表达数据 | 未明确提及样本数量，研究对象为健康成年马的DRG |
| 11 | 2025-06-27 |
Current molecular understanding of central nervous system schwannomas
2025-02-05, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-01937-w
PMID:39910685
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综述 | 本文综述了中枢神经系统神经鞘瘤的分子生物学研究现状，包括基因突变、表观遗传调控及肿瘤微环境的最新发现 | 揭示了新型遗传变异如SH3PXD2A::HTRA1融合基因、VGLL融合及SOX10突变，并探讨了单细胞测序和多组学分析在肿瘤异质性研究中的应用 | 对神经鞘瘤分子生物学的理解仍不完整，部分机制尚存争议 | 阐明中枢神经系统神经鞘瘤的肿瘤发生和进展机制，为开发新治疗靶点提供依据 | 中枢神经系统神经鞘瘤 | 分子生物学 | 神经鞘瘤 | 单细胞测序、多组学分析 | NA | 基因组数据、表观遗传数据 | NA |
| 12 | 2025-06-27 |
CRISPR-Cas9 screening identifies the role of FER as a tumor suppressor
2025-02, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6374
PMID:39648412
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研究论文 | 通过CRISPR-Cas9筛选发现FER作为肿瘤抑制基因的作用 | 首次通过体内全基因组CRISPR-Cas9筛选鉴定FER为肿瘤抑制基因，并揭示了其在肿瘤起始和进展中的关键作用 | 研究未涉及FER在特定肿瘤类型中的具体作用机制，且临床应用的潜力尚未验证 | 系统识别肿瘤抑制基因以增进对肿瘤发生的理解并开发早期诊断和疾病缓解策略 | FER基因及其在肿瘤发生中的作用 | 肿瘤生物学 | 肿瘤 | CRISPR-Cas9筛选, 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及体内和体外实验 |
| 13 | 2025-06-24 |
Recent advancement in the spatial immuno-oncology
2025-02, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2024.12.003
PMID:39705969
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综述 | 本文总结了空间转录组学和空间蛋白质组学的最新进展及其在肿瘤微环境研究中的应用 | 强调了空间组学数据的概念框架及其在免疫肿瘤学领域的更新知识 | NA | 总结空间组学技术在免疫肿瘤学领域的应用和进展 | 肿瘤微环境中的细胞类型和细胞状态 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | 空间组学数据 | NA |
| 14 | 2025-06-24 |
Single-cell and spatial characterization of plasmablast-like lymphoma cells in primary central nervous system lymphoma
2025-Feb, Blood neoplasia
DOI:10.1016/j.bneo.2024.100058
PMID:40454408
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研究论文 | 通过单细胞和空间多组学分析，研究原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中浆母细胞样淋巴瘤细胞的细胞和空间异质性及其微环境 | 首次在PCNSL中发现具有浆母细胞（PBL）特征的淋巴瘤亚群，并揭示了其与微环境的独特分子和空间相互作用 | 样本量相对较小，且研究结果需要进一步验证 | 探究PCNSL中肿瘤细胞的异质性及其与微环境的关系 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）患者 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞测序、空间多组学分析、B细胞受体（BCR）分析、CD138免疫组织化学染色 | NA | 单细胞数据、空间数据 | 约40%的PCNSL患者 |
| 15 | 2025-06-21 |
Spatially resolved transcriptomics reveal the determinants of primary resistance to immunotherapy in NSCLC with mature tertiary lymphoid structures
2025-Feb-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101934
PMID:39909044
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研究论文 | 该研究通过空间转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了非小细胞肺癌(NSCLC)中成熟三级淋巴结构(mTLSs)阳性患者对免疫检查点抑制剂(ICIs)原发性耐药的决定因素 | 发现了两种特定的癌症相关成纤维细胞(CAFs)亚群在mTLS阳性NSCLC中对ICIs原发性耐药的关键作用，并揭示了这些CAFs与免疫排斥、CD8 T细胞耗竭和调节性CD4 T细胞浸润增加的关联 | 研究样本量虽然较大(n=509)，但可能仍不足以覆盖所有NSCLC亚型 | 揭示mTLS阳性NSCLC患者对ICIs原发性耐药的决定因素，以提高免疫治疗效果 | 非小细胞肺癌(NSCLC)患者，特别是mTLS阳性且接受ICI治疗的患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学、多重免疫荧光(mIF) | NA | 转录组数据、免疫荧光图像 | 509名来自BIP研究(NCT02534649)的NSCLC患者 |
| 16 | 2025-06-20 |
scFTAT: a novel cell annotation method integrating FFT and transformer
2025-Feb-25, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06061-z
PMID:39994539
|
研究论文 | 提出了一种名为scFTAT的新型细胞注释方法，该方法整合了FFT和Transformer技术，用于单细胞RNA测序数据的自动注释 | 整合FFT和增强型Transformer进行自动特征学习，解决了单细胞数据高稀疏性和大规模数据手动注释繁琐的挑战 | NA | 开发一种高效、准确的单细胞RNA测序数据自动注释方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Transformer | 基因表达数据 | 六个典型数据集（包括人类和小鼠组织） |
| 17 | 2025-06-18 |
An abnormal increase in CD26(-)CD28(-) cytotoxic effector CD4 and CD8 T cell populations in patients with systemic lupus erythematosus
2025-02-04, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxae062
PMID:39383111
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research paper | 该研究探讨了系统性红斑狼疮(SLE)患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性效应CD4和CD8 T细胞群体的异常增加 | 揭示了SLE患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性T细胞亚群的异常扩增及其与自然杀伤T细胞的相似性 | 样本量相对较小(57名SLE患者和31名健康志愿者)，且糖皮质激素治疗效果存在个体差异 | 阐明CD26 T细胞表面表达减少在SLE病理中的作用 | 系统性红斑狼疮(SLE)患者和健康成人的外周血单个核细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序分析 | NA | 细胞数据 | 57名SLE患者和31名健康成人志愿者 |
| 18 | 2025-06-16 |
A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics
2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638726
PMID:40027680
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研究论文 | 本研究比较了空间转录组学中识别差异表达基因的统计方法，提出了一种新的广义评分检验（GST）方法 | 提出了一种在广义估计方程（GEEs）框架下的广义评分检验（GST）方法，有效整合空间相关性，提高了差异基因表达的准确性 | 研究主要针对空间转录组数据，可能不适用于其他类型的转录组数据 | 开发一种更稳健的统计方法，用于空间转录组数据中的差异基因表达分析 | 空间转录组数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | 乳腺癌, 前列腺癌 | 空间转录组学（ST） | 广义估计方程（GEEs）, 广义评分检验（GST） | 基因表达数据 | NA |
| 19 | 2025-06-14 |
The Society for Immunotherapy of Cancer Perspective on Tissue-Based Technologies for Immuno-Oncology Biomarker Discovery and Application
2025-Feb-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2469
PMID:39625818
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综述 | 本文总结了免疫疗法在癌症治疗中的应用及生物标志物技术的最新进展 | 评估了多参数、多组学和计算平台在生物标志物发现中的应用，并提出了改进方向 | 技术依赖性强，数据碎片化问题尚未完全解决 | 提高免疫疗法在癌症治疗中的精准性和个性化 | 癌症患者 | 数字病理学 | 癌症 | 多重免疫组化、免疫荧光、单细胞转录组学、质谱定量和空间分辨蛋白质组学成像技术 | NA | 多组学数据 | NA |
| 20 | 2025-06-13 |
Unraveling the tumor microenvironment of esophageal squamous cell carcinoma through single-cell sequencing: A comprehensive review
2025-02, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189264
PMID:39805342
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在食管鳞状细胞癌(ESCC)肿瘤微环境(TME)研究中的最新进展 | 总结了单细胞多组学技术特别是单细胞转录组测序在揭示ESCC肿瘤微环境异质性和细胞互作方面的创新应用 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据和研究方法的具体限制 | 阐明ESCC肿瘤微环境的细胞组成和分子特征以改善诊断和治疗策略 | 食管鳞状细胞癌(ESCC)的肿瘤微环境中的各类细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞测序，单细胞转录组测序 | NA | 单细胞组学数据 | NA |