单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-02	Immune-responsive gene-1: The mitochondrial Key to Th17 Cell Pathogenicity in CNS Autoimmunity 2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.24.573264 PMID:38234838	research paper	该研究揭示了免疫响应基因1（IRG1）在中枢神经系统自身免疫性疾病中对致病性Th17细胞的调控作用	首次发现IRG1通过NLRP3/IL-1β轴调控巨噬细胞促进致病性Th17细胞极化，并证实其在多发性硬化症中的保护作用	研究主要基于EAE动物模型，尚未在人类多发性硬化症患者中验证	探究内源性机制对致病性Th17细胞的调控及其在中枢神经系统自身免疫性疾病中的作用	免疫响应基因1（IRG1）、致病性Th17细胞、实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型	免疫学	多发性硬化症	RNA-seq、单细胞RNA测序、骨髓嵌合体实验	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）动物模型
2	2025-04-02	Single-cell RNA sequencing of the spleen reveals differences in Salmonella typhimurium infection mechanisms between different chicken breeds 2025-Feb, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104669 PMID:39793244	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究不同鸡品种脾脏在沙门氏菌感染中的免疫反应差异	首次对鸡脾脏进行单细胞转录组分析，比较了北京油鸡和科宝肉鸡在细菌感染后的免疫反应差异	仅研究了两种鸡品种，结果可能不适用于其他品种	探究不同鸡品种对沙门氏菌感染的免疫反应机制差异	北京油鸡和科宝肉鸡的脾脏CD45+免疫细胞	单细胞转录组学	细菌感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	54,487个细胞
3	2025-04-01	CellGAT: A GAT-Based Method for Constructing a Cell Communication Network Integrating Multiomics Information 2025-Feb-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030342 PMID:40149878	研究论文	提出了一种基于GAT的方法CellGAT，用于构建整合多组学信息的细胞通讯网络	整合了配体-受体对基因表达数据、蛋白质相互作用信息、蛋白质复合物数据和实验验证的通路信息，使用图注意力网络构建细胞通讯网络	未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制	提高细胞间通讯预测的准确性	细胞间通讯网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	GAT	基因表达数据	NA
4	2025-02-28	Publisher Correction: Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90745-2 PMID:40011623	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5	2025-04-01	VPS25 Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Feb-22, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030323 PMID:40149859	研究论文	本文研究了VPS25在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中促进免疫抑制微环境的作用及其临床意义	揭示了VPS25通过上调PVR表达激活PVR-TIGIT信号轴促进免疫逃逸的新机制，并首次提出VPS25作为免疫治疗反应的预测生物标志物	研究主要基于TCGA数据集和体外实验，需要更多临床样本验证	探究ESCRT机器成员VPS25在HNSCC肿瘤进展和免疫微环境调控中的作用	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)组织和CAL27细胞系	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	RNA-seq、单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学	NA	基因表达数据、组织微阵列、单细胞数据	TCGA数据集和HNSCC组织微阵列(具体数量未明确说明)
6	2025-04-01	A Complete Spatial Map of Mouse Retinal Ganglion Cells Reveals Density and Gene Expression Specializations 2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637538 PMID:39990332	research paper	研究通过空间转录组学和机器学习技术，全面绘制了小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）亚型的空间分布图	首次全面揭示了小鼠视网膜神经节细胞亚型的空间分布及其基因表达的空间变异，特别是与天空视觉和ART区域相关的特异性分布	研究结果与灵长类动物黄斑区的基因表达相关性有限，提示小鼠与灵长类中央视觉的特化可能存在差异	探索小鼠视网膜神经节细胞亚型的空间分布及其基因表达的空间变异	小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）	空间转录组学	NA	en-face cryosectioning, 空间转录组学, 机器学习	NA	基因表达数据	NA
7	2025-03-30	Comprehensive analysis and experimental validation of disulfidptosis-associated prognostic signature and immune microenvironment characterization of gastric cancer 2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03883-3 PMID:39998563	research paper	该研究通过综合分析胃癌中与双硫死亡相关的基因表达，建立了一个预后模型，并通过实验验证了APC11基因在胃癌中的作用	首次将双硫死亡相关基因（DPAGs）与胃癌预后模型结合，并通过单细胞测序和体外实验验证了APC11的功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	探索双硫死亡在胃癌发生发展中的作用，并建立基于DPAGs的预后模型	胃癌组织和细胞	digital pathology	gastric cancer	单细胞测序、siRNA、qRT-PCR、Western blot、CCK-8、Transwell实验	LASSO回归和Cox回归模型	基因表达数据、单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括正常和胃癌组织及细胞
8	2025-03-30	Spatial transcriptomics reveals prognostically LYZ+ fibroblasts and colocalization with FN1+ macrophages in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03968-7 PMID:39998673	研究论文	本研究通过空间转录组学等多组学方法，识别并表征了弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）肿瘤微环境中的成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞亚型，揭示了LYZ+成纤维细胞和FN1+巨噬细胞的预后相关性	首次通过空间转录组学等多组学整合分析，识别了DLBCL中具有预后意义的LYZ+成纤维细胞亚型及其与FN1+巨噬细胞的共定位关系	样本量相对有限（空间转录组学n=11），且部分验证在非小细胞肺癌患者中进行，可能影响DLBCL特异性结论的普适性	探究DLBCL肿瘤微环境中成纤维细胞和巨噬细胞亚型的预后价值及其分子特征	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者和非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	空间转录组学、bulk转录组学、免疫组化（IHC）、多重免疫荧光（mIF）	随机森林分析、单变量Cox回归	转录组数据、蛋白质表达数据、自身抗体数据	空间转录组学11例，bulk转录组学2499例，IHC37例，mIF56例，血浆样本240例
9	2025-03-30	NKG2D blockade impairs tissue-resident memory T cell accumulation and reduces chronic lung allograft dysfunction 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184048 PMID:39989456	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序，发现NKG2D阻断可以影响细胞毒性CD8+组织驻留记忆T细胞的积累，从而减少慢性肺移植功能障碍	首次揭示了NKG2D在慢性肺移植功能障碍中的作用，并提出了NKG2D作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索慢性肺移植功能障碍（CLAD）的潜在治疗靶点	肺移植后的T细胞，特别是CD8+组织驻留记忆T细胞（TRMs）	免疫学	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序，TCR测序	小鼠原位肺移植模型	RNA测序数据	来自CLAD肺、肺引流淋巴结以及疾病和非疾病对照的T细胞
10	2025-03-30	CD4+ T cell-innate immune crosstalk is critical during Staphylococcus aureus craniotomy infection 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183327 PMID:39989461	research paper	该研究探讨了CD4+ T细胞与先天免疫系统在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的关键交互作用	揭示了Th1和Th17样CD4+ T细胞在控制金黄色葡萄球菌感染中的协同作用，以及它们与单核细胞/巨噬细胞的广泛交互	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探究CD4+ T细胞在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的功能重要性	小鼠模型中的CD4+ T细胞和先天免疫细胞	免疫学	细菌感染	scRNA-Seq	小鼠感染模型	基因表达数据	WT动物和Rag1-/-小鼠
11	2025-03-30	Effect of aging on pulmonary cellular responses during mechanical ventilation 2025-Feb-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185834 PMID:39946196	研究论文	研究老龄化对机械通气期间肺部细胞反应的影响	揭示了老龄化导致机械通气期间肺部表面活性物质功能、炎症信号和微血管通透性的改变，并通过单细胞RNA-Seq分析了细胞特异性转录变化	研究仅使用雄性小鼠，未考虑性别差异；未涉及人类样本	探讨老龄化对机械通气期间肺部细胞反应的影响	年轻和老龄雄性小鼠	呼吸系统疾病研究	急性呼吸窘迫综合征(ARDS)	单细胞RNA-Seq	NA	基因表达数据	年轻和老龄雄性小鼠
12	2025-03-30	Inhibition of histone methyltransferase EZH2 for immune interception of colorectal cancer in Lynch syndrome 2025-Feb-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177545 PMID:39946195	research paper	该研究探讨了EZH2抑制剂GSK503在林奇综合征（LS）小鼠模型和离体结肠类器官中对免疫调节途径、肿瘤发生和表观遗传重编程的影响	首次揭示了EZH2抑制剂通过表观遗传重编程增强LS小鼠免疫反应的机制，并展示了其作为癌症预防策略的潜力	研究仅在小鼠模型和离体类器官中进行，尚未进行人体临床试验	开发针对林奇综合征患者的免疫拦截策略以预防结直肠癌发生	林奇综合征小鼠模型和离体结肠类器官	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）	小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量，但使用了小鼠模型和离体结肠类器官
13	2025-03-30	Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100766 PMID:39914388	研究论文	本文提出了一种名为CLEANSER的混合模型，用于过滤单细胞CRISPR筛选中的环境gRNAs，以提高gRNA细胞分配的准确性	开发了CLEANSER模型，结合gRNA和细胞特异性归一化参数，有效过滤环境gRNAs并提高单细胞RNA测序CRISPR筛选的准确性	NA	提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA细胞分配的准确性，减少环境gRNAs带来的噪声	单细胞RNA测序CRISPR筛选中的环境gRNAs	基因组学	NA	单细胞RNA测序CRISPR筛选（perturb-seq）	混合模型（CLEANSER）	单细胞RNA测序数据	NA
14	2025-03-30	Regulation of lung progenitor plasticity and repair by fatty acid oxidation 2025-Feb-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.165837 PMID:39927460	研究论文	本文探讨了脂肪酸氧化（FAO）在调节肺祖细胞可塑性和修复中的作用，特别是在特发性肺纤维化（IPF）中的影响	揭示了FAO基因在IPF肺肺泡上皮细胞中表达显著减少，以及CPT1a抑制导致线粒体功能障碍和异常中间状态细胞的产生	研究主要基于小鼠模型，人类IPF患者中的直接证据仍需进一步验证	研究FAO代谢途径在肺祖细胞修复反应和肺纤维化发展中的作用	肺泡上皮细胞、肺祖细胞、特发性肺纤维化（IPF）	分子生物学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、组织染色	小鼠模型	基因表达数据、组织染色图像	未明确提及具体样本数量
15	2025-03-30	Targeting fibroblast-endothelial cell interactions in LAM pathogenesis using 3D spheroid models and spatial transcriptomics 2025-Feb-04, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187899 PMID:39903528	research paper	本研究探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞的相互作用，并提出了潜在的治疗策略	使用3D球体模型和空间转录组学技术揭示了LAM中成纤维细胞与内皮细胞相互作用的新机制，并验证了多激酶抑制剂索拉非尼的治疗潜力	研究主要基于体外模型，需要进一步在体内验证这些发现	探索LAM发病机制并寻找新的治疗靶点	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴内皮细胞（LECs）	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, 3D coculture spheroid model, kinase arrays	3D spheroid model	transcriptomic data, protein expression data	原发性LAMFs和LECs，TSC2缺失型肾血管平滑肌脂肪瘤（TSC2-null AML）细胞
16	2025-03-29	Identification and Validation of Key Biomarkers in the Proximal Aqueous Humor Outflow Pathway 2025-Feb-25, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47030147 PMID:40136401	研究论文	本研究旨在识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物，以深入了解青光眼的病理生理学	通过微阵列和单细胞RNA测序技术，首次鉴定出CTTNBP2和MGARP作为小梁网细胞的标志物，以及JAM2、PODXL和IFI27作为Schlemm管内皮细胞的新生物标志物	研究仅基于体外细胞实验，未进行体内验证，且样本来源和数量未明确说明	识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物，为青光眼的靶向治疗奠定基础	人类小梁网细胞和Schlemm管内皮细胞	生物医学研究	青光眼	微阵列、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、qPCR	NA	基因表达数据	NA
17	2025-03-29	Multiomic analysis uncovers a continuous spectrum of differentiation and Wnt-MDK-driven immune evasion in hepatoblastoma 2025-Feb-01, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.01.031 PMID:39900120	研究论文	通过多组学分析揭示肝母细胞瘤中连续的分化谱和Wnt-MDK驱动的免疫逃逸机制	首次在肝母细胞瘤中发现了肿瘤细胞的分化连续谱，并揭示了Wnt信号通过上调midkine表达来改变巨噬细胞表型，从而驱动免疫逃逸的新机制	需要进一步的机制和实际验证以实现临床转化	全面分析肝母细胞瘤的肿瘤微环境，揭示其空间结构和关键信号机制	肝母细胞瘤肿瘤微环境	肿瘤微环境	肝母细胞瘤	单细胞/核RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光染色、Western blotting	NA	RNA-seq数据、免疫荧光图像	15例单细胞/核RNA测序样本、22例空间转录组样本、7例多重免疫荧光染色样本、110例RNA-seq验证队列（包括肝母细胞瘤、非肿瘤和胎儿肝脏样本）
18	2025-03-28	Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung 2025-Feb-27, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027884 PMID:40014797	research paper	该研究揭示了成人肺中存在功能性造血祖细胞，其频率与骨髓相似，并能在小鼠中增殖和移植	首次在成人肺中发现功能性造血祖细胞，并证明其具有增殖和移植能力，且基因特征显示肺造血祖细胞在免疫、巨核细胞/血小板和红细胞相关通路中具有更高的基线激活	研究主要基于小鼠模型，人类肺中造血祖细胞的具体功能和机制仍需进一步验证	探索成人肺中是否存在功能性造血祖细胞及其潜在功能	成人肺中的造血祖细胞	NA	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	人类肺组织和血液样本
19	2025-03-28	Transcriptomic responses of lung mesenchymal cells during pneumonia 2025-Feb-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177084 PMID:39998887	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了肺炎期间肺间充质细胞的转录组反应	首次全面描述了肺炎期间不同类型肺间充质细胞的转录组变化，揭示了细胞类型特异性和共同的免疫反应	研究仅基于小鼠模型，人类肺间充质细胞的反应可能有所不同	阐明肺炎期间肺间充质细胞的免疫反应机制	小鼠肺间充质细胞	单细胞转录组学	肺炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自不同处理组（初始组、肺炎组和恢复组）的小鼠肺间充质细胞
20	2025-03-27	Esr1-Dependent Signaling and Transcriptional Maturation in the Medial Preoptic Area of the Hypothalamus Shapes the Development of Mating Behavior during Adolescence 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.640339 PMID:40060480	research paper	本研究探讨了青春期期间内侧视前区（MPOA）的转录动态及其对交配行为发展的影响	揭示了雌激素受体1（Esr1）在青春期MPOA GABA能神经元转录成熟中的关键作用，并发现了性别特异的基因调控网络	研究仅在小鼠中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究青春期期间MPOA的转录动态及其对交配行为发展的影响	青春期发育期间的雄性和雌性小鼠	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和杂交技术	NA	RNA测序数据	雄性和雌性小鼠