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当前共找到 652 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-17 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Feb-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6050441/v1
PMID:40034439
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研究论文 | 本文提出了一种名为随机空间主成分分析（RASP）的计算高效方法，用于高分辨率空间转录组数据的降维处理 | RASP采用随机化两阶段PCA框架，结合稀疏矩阵运算和可配置的空间平滑，相比现有方法计算速度提升数个数量级，可处理超过10万个空间位置的数据，并支持非转录组协变量的灵活整合 | NA | 开发一种计算高效的空间感知降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析 | 人类和小鼠组织的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 随机化主成分分析（PCA） | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, 以及Stereo-Seq和MERFISH技术 |
| 2 | 2025-12-12 |
Heterogeneity of tertiary lymphoid structures predicts the response to neoadjuvant therapy and immune microenvironment characteristics in triple-negative breast cancer
2025-Feb, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02917-y
PMID:39658606
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色和影像组学技术，评估了三阴性乳腺癌患者新辅助治疗前后三级淋巴结构的异质性及其与肿瘤微环境和治疗反应的关系 | 首次系统评估了三阴性乳腺癌中三级淋巴结构的异质性，并开发了基于影像的生物标志物评分系统来预测其状态和新辅助治疗效果 | 未明确说明样本量大小，且研究可能受限于单中心数据 | 探究三级淋巴结构在三阴性乳腺癌新辅助治疗中的免疫调节作用及其预测价值 | 三阴性乳腺癌患者样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光染色, 影像组学 | NA | RNA序列数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-12-11 |
The tree labeling polytope: a unified approach to ancestral reconstruction problems
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.14.638328
PMID:40027631
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研究论文 | 本文提出了一种基于树标记多面体的统一方法，用于解决系统发育树中的祖先状态重建问题，特别是针对包含额外全局约束的现代应用 | 引入了树标记多面体这一几何对象，将祖先重建问题转化为线性规划问题，并能够高效处理传统动态规划算法无法解决的额外全局约束 | NA | 开发一种统一的多面体方法，以解决系统发育树中祖先状态重建问题，特别是在癌症转移、病毒传播等应用中需要处理额外约束的场景 | 系统发育树及其祖先状态标记 | 计算生物学 | 肺癌 | 线性规划、混合整数规划 | NA | 系统发育树数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-12-11 |
Mechanisms and strategies of immunosenescence effects on non-small cell lung cancer (NSCLC) treatment: A comprehensive analysis and future directions
2025-Feb, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2025.01.001
PMID:39793777
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综述 | 本文全面分析了免疫衰老对非小细胞肺癌（NSCLC）治疗的影响机制及策略，并探讨了未来研究方向 | 系统整合了免疫衰老的分子、细胞和遗传机制，并探讨了其在NSCLC肿瘤微环境中的作用，以及如何利用新兴技术（如单细胞测序和CRISPR-Cas9）作为治疗靶点 | 作为一篇综述文章，未涉及原始实验数据，主要基于现有文献进行分析，可能缺乏对最新临床数据的即时覆盖 | 分析免疫衰老对NSCLC治疗的影响，并探索优化老年患者免疫治疗的策略 | 非小细胞肺癌（NSCLC）及其与免疫衰老相关的免疫细胞（如T细胞、B细胞、NK细胞和巨噬细胞） | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞测序、CRISPR-Cas9 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5 | 2025-12-05 |
Joint imputation and deconvolution of gene expression across spatial transcriptomics platforms
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638195
PMID:40027720
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研究论文 | 本文提出了一种名为SIID的算法，用于整合不同空间转录组学平台的数据，通过联合非负矩阵分解模型实现基因表达的插补和细胞类型特异性表达的解卷积 | 首次提出能够同时处理空间转录组数据插补和解卷积的联合模型，通过空间对齐和联合非负矩阵分解，有效整合不同分辨率和技术特点的平台数据 | 算法性能依赖于配对数据集的质量和空间对齐的准确性，在技术平台差异过大时可能效果受限 | 开发能够整合不同空间转录组学平台数据的算法，实现基因表达插补和细胞类型解卷积 | 空间转录组学数据，特别是来自不同技术平台（如10x Genomics Visium和Xenium）的配对数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 结肠癌 | 空间转录组学技术 | 联合非负矩阵分解模型 | 空间基因表达数据 | 人类乳腺癌和结肠癌组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium（全转录组，多细胞分辨率）, 10x Xenium（靶向数百个基因，亚细胞分辨率） |
| 6 | 2025-11-30 |
Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637114
PMID:39975212
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研究论文 | 通过深度表型分析揭示人类皮肤中黑色素细胞亚群的体细胞突变特征及其空间分布 | 首次发现低突变负荷黑色素细胞亚群在日光损伤皮肤中的持续存在，并揭示其干细胞特性及毛囊保护性微环境 | 样本量相对有限（31名供体），主要关注体细胞突变而未深入探讨其他分子机制 | 探究人类皮肤黑色素细胞的稳态调控机制和亚群异质性 | 人类皮肤黑色素细胞 | 单细胞生物学 | 皮肤疾病 | 单细胞空间转录组测序 | NA | 基因表达数据、突变数据、形态学数据 | 31名供体的297个黑色素细胞 | 10x Genomics | 单细胞空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium单细胞空间转录组平台 |
| 7 | 2025-11-29 |
A CRISPR view on genetic screens in Toxoplasma gondii
2025-02, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2024.102577
PMID:39778479
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综述 | 本文综述了CRISPR-Cas9基因组编辑技术在弓形虫基因筛选研究中的应用现状与发展前景 | 重点介绍了将CRISPR-Cas9筛选技术应用于非生存相关表型研究的最新进展，包括条件系统与成像、单细胞RNA测序等创新方法 | 存在当前技术局限性，需要进一步开发完善 | 探讨CRISPR-Cas9筛选技术在顶复门寄生虫弓形虫研究中的应用 | 弓形虫及其与宿主的相互作用 | 基因组编辑 | 寄生虫感染 | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 成像技术 | NA | 基因组数据, 表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-11-27 |
The endothelial growth factor Angiopoietin-2 is an accurate prognostic biomarker in patients with acetaminophen-induced acute liver failure
2025-Feb-21, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.02.19.25322567
PMID:40034764
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研究论文 | 本研究评估血管生成素-2作为对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭预后生物标志物的价值 | 首次发现血管生成素-2在急性肝衰竭患者中具有优越的预后预测价值，特别是在早期就诊患者中优于MELD评分 | 样本量相对有限（总样本量110例），需要在更大规模研究中进一步验证 | 评估血管生成素-2作为对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭预后生物标志物的有效性 | 对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭患者 | 生物标志物研究 | 急性肝衰竭 | 单细胞RNA测序, ELISA | NA | 基因表达数据, 临床数据 | 两个独立队列共123例患者（凤凰队列43例，ALFSG队列80例），合并分析110例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2025-11-05 |
STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.636505
PMID:40027655
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研究论文 | 提出了一种用于评估空间转录组学数据聚类性能的计算框架STEAM | 开发了首个专门针对空间转录组学数据聚类性能评估的计算流程，结合机器学习分类和预测方法，支持多样本训练和跨重复样本的聚类一致性评估 | NA | 解决空间转录组学数据聚类结果验证困难的问题，提供标准化评估框架 | 空间转录组学数据的聚类算法性能 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学，机器学习分类 | 机器学习分类算法 | 空间转录组学数据，空间蛋白质组学数据 | 多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-31 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data
2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636138
PMID:39974940
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研究论文 | 介绍了一个用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征的快速准确工具scBSP | 利用稀疏矩阵运算显著提高计算效率，能够处理数百万细胞级别的二维和三维数据，是目前处理此类数据最快的工具 | NA | 开发高效识别空间组学数据中空间可变特征的计算工具 | 空间组学数据中的空间可变基因和空间可变峰 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间组学测序 | 稀疏矩阵运算 | 空间组学数据 | 181,367个位点，19,950个基因 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium空间转录组平台 |
| 11 | 2025-10-29 |
Altered immune landscape of cervical lymph nodes reveals Epstein-Barr virus signature in multiple sclerosis
2025-02-21, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adl3604
PMID:39982975
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研究论文 | 通过单细胞测序分析多发性硬化症患者颈深淋巴结的免疫景观，揭示EB病毒在疾病发病机制中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和细胞转录组与表位索引技术，发现多发性硬化症患者颈深淋巴结中EB病毒特征性B细胞异常 | 样本量有限，仅针对新诊断未治疗患者，需要更大规模研究验证 | 探究EB病毒感染与多发性硬化症发病机制的关联 | 多发性硬化症患者的颈深淋巴结组织和唾液样本 | 单细胞测序分析 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序, 细胞转录组与表位索引测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表位数据, DNA数据 | 新诊断未治疗的多发性硬化症患者（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 12 | 2025-10-28 |
Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637521
PMID:39990382
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研究论文 | 本研究通过细胞增殖动力学分析揭示多刺小鼠复杂组织再生的特定细胞状态机制 | 首次发现基质细胞在损伤后快速重新进入细胞周期并维持严格的时空控制，识别出CRABP1+和αSMA+等与再生特异性相关的关键细胞类型 | 未明确说明样本规模，且对年轻小鼠中类似成纤维细胞无法促进再生的机制解释有限 | 探索哺乳动物复杂组织再生过程中的细胞增殖动力学和特定细胞状态 | 多刺小鼠(Acomys spp.)和实验室小鼠的耳组织再生过程 | 发育生物学 | 组织损伤修复 | 时间脉冲追踪实验、免疫染色、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据、免疫染色图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2025-10-15 |
Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers
2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.05.592608
PMID:38766132
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研究论文 | 提出一种基于Transformer的自监督空间域检测工作流程CellTransformer，用于小鼠大脑精细区域发现 | 开发了新颖的编码器-解码器架构CellTransformer，能够分层学习组织特征，并实现多百万细胞数据集的扩展分析 | NA | 解决器官尺度空间转录组数据分析中的关键瓶颈，实现精细组织空间域的检测 | 小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，自监督学习 | Transformer，编码器-解码器架构 | 空间转录组数据 | 900万细胞，200多个组织切片，4只小鼠 | NA | 空间转录组学，MERFISH，Slide-seqV2 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-15 |
Resident synovial macrophages in synovial fluid: Implications for immunoregulation
2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2024.110422
PMID:39701169
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术鉴定滑液中的常驻滑膜巨噬细胞，探讨其在滑膜屏障完整性评估和炎症性关节炎中的作用 | 首次在人类滑液中鉴定常驻滑膜巨噬细胞，并建立新型体外组织块模型验证发现 | 研究未明确这些细胞在滑膜屏障破坏后是否持续或引发慢性炎症 | 研究常驻滑膜巨噬细胞在滑液中的存在及其与滑膜屏障完整性的关联 | 人类滑液样本和滑膜组织 | 免疫学 | 关节炎 | 单细胞RNA测序 | 体外组织块模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-08 |
Causal differential expression analysis under unmeasured confounders with causarray
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635593
PMID:39975097
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研究论文 | 提出causarray框架，用于在存在未测量混杂因素的情况下进行因果差异表达分析 | 开发了双重稳健的因果推断框架，整合广义混杂调整方法和半参数推断，能有效分离处理效应与混杂因素 | NA | 解决观察性基因组数据中因果关系识别的挑战 | 阵列基因组数据，包括批量细胞和单细胞水平的数据 | 生物信息学 | 自闭症, 阿尔茨海默病 | 单细胞测序, CRISPR技术, Perturb-seq | 机器学习, 半参数推断 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-05 |
A platform for multimodal in vivo pooled genetic screens reveals regulators of liver function
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.18.624217
PMID:39605605
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研究论文 | 开发了一种结合成像和测序的多模态平台，用于在组织中构建大规模基因型-表型图谱 | 首次将成像与测序方法配对，能够在单个细胞中识别遗传扰动的同时测量其基因表达和亚细胞形态 | NA | 解析细胞和组织表型的遗传调控基础 | 小鼠肝脏 | 机器学习和计算生物学 | 肝脏疾病 | 单细胞测序、成像技术、遗传扰动 | 机器学习模型 | 图像、基因表达数据 | 数百个遗传扰动 | NA | 单细胞RNA测序、多模态分析 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies molecular biomarkers predicting late progression to CDK4/6 inhibition in patients with HR+/HER2- metastatic breast cancer
2025-Feb-15, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02226-9
PMID:39955556
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂晚期进展的分子生物标志物 | 首次在单细胞水平分析CDK4/6抑制剂治疗前后肿瘤微环境变化，识别出预测晚期进展的分子特征和免疫细胞动态 | 样本量相对有限，需要更多独立队列验证生物标志物的临床适用性 | 开发预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂治疗反应的生物标志物 | HR+/HER2-转移性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自肝转移、胸腔积液、腹水和骨转移等多个转移部位的肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-05 |
Chronic inflammation deters natural killer cell fitness and cytotoxicity in myeloid leukemia
2025-Feb-25, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024014592
PMID:39571169
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研究论文 | 本研究探讨慢性炎症如何通过TNFα信号通路损害自然杀伤细胞功能，从而影响慢性髓系白血病的免疫监视 | 首次在CML模型中系统揭示TNFα诱导的炎症信号通过上调Cish等检查点基因抑制NK细胞功能的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限，需要进一步临床研究确认治疗潜力 | 阐明慢性髓系白血病微环境中NK细胞功能受损的分子机制 | 慢性髓系白血病小鼠模型、健康供体NK细胞、CML患者样本 | 免疫学 | 慢性髓系白血病 | 单细胞RNA测序、体外功能实验 | 嵌合BCR::ABL1+ CML小鼠模型 | 基因表达数据、功能实验数据 | CML小鼠模型、健康供体NK细胞、未治疗CML患者血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-05 |
Identifying differentiation markers between dermal fibroblasts and adipose-derived mesenchymal stromal cells (AD-MSCs) in human visceral and subcutaneous tissues using single-cell transcriptomics
2025-Feb-11, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04185-w
PMID:39934849
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研究论文 | 通过单细胞转录组学鉴定人内脏和皮下组织中真皮成纤维细胞与脂肪来源间充质基质细胞的区分标志物 | 首次使用单细胞RNA测序技术在同一供体的不同组织中系统比较AD-MSCs和成纤维细胞的转录组差异 | 样本来源相对有限，所有组织样本来自同一批供体 | 鉴定能够区分脂肪来源间充质基质细胞和成纤维细胞的分子标志物 | 人皮下和内脏脂肪组织中的AD-MSCs以及皮肤成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 定量PCR | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据, qPCR数据 | 来自同一供体的皮下脂肪组织、内脏脂肪组织和皮肤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-05 |
Human memory CD4+ T-cells recognize Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages amid broader pathogen-specific responses
2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.23.639515
PMID:40060660
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研究论文 | 本研究揭示了人类记忆CD4+T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞的机制及其在结核病免疫中的作用 | 首次在潜伏性结核感染者中量化T细胞对感染巨噬细胞的识别，并通过TCR测序和单细胞转录组学揭示了特异性T细胞克隆的特征 | 研究仅针对潜伏性结核感染者，未涉及活动性结核病患者；使用单核细胞来源的巨噬细胞模型可能不完全反映体内情况 | 探究记忆CD4+T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞的机制及其在结核病免疫保护中的作用 | 潜伏性结核感染者的单核细胞来源巨噬细胞和自体记忆CD4+T细胞 | 免疫学 | 结核病 | T细胞受体测序，单细胞转录组学 | NA | 基因组测序数据，转录组数据 | 潜伏性结核感染者的免疫细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |