单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1961	2025-03-20	Dissection of Gαs and Hedgehog signaling crosstalk reveals therapeutic opportunities to target adenosine receptor 2b in Hedgehog-dependent tumors 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639530 PMID:40060632	研究论文	本文探讨了Gαs和Hedgehog信号通路的交叉作用，揭示了在Hedgehog依赖性肿瘤中靶向腺苷受体2b的治疗机会	研究发现Gαs通路失活导致的肿瘤与经典Hedgehog SMO驱动的肿瘤相似，并提出了通过激活Gαs偶联的腺苷2B受体来抑制肿瘤形成的新治疗策略	NA	研究Gαs和Hedgehog信号通路的相互作用及其在基底细胞癌（BCC）治疗中的应用	小鼠BCC样肿瘤和人类BCC	分子生物学	基底细胞癌	组织学、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1962	2025-03-20	Human memory CD4+ T-cells recognize Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages amid broader pathogen-specific responses 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.23.639515 PMID:40060660	研究论文	本文研究了人类记忆CD4+ T细胞如何识别被结核分枝杆菌（Mtb）感染的巨噬细胞，并探讨了这些T细胞在结核病（TB）预防中的作用	研究发现，在稳定的潜伏性结核感染（LTBI）中，超过70%的独特和90%的总Mtb特异性TCR克隆型与识别感染巨噬细胞相关，同时揭示了Mtb特异性T细胞的效应功能特征	研究中发现部分T细胞需要外源性抗原暴露才能识别感染巨噬细胞，表明识别过程不完全	研究目的是了解CD4+ T细胞如何识别被Mtb感染的巨噬细胞，并探讨这些T细胞在结核病预防中的作用	研究对象为潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞	免疫学	结核病	T细胞抗原受体（TCR）测序、单细胞转录组学	NA	基因序列数据、单细胞转录组数据	潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞
1963	2025-03-20	MIG-21 is a novel regulator of Wnt and Netrin signaling in gonad migration identified from published scRNA-seq data and functionally validated in C. elegans 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639896 PMID:40060509	研究论文	本文利用已发表的单细胞RNA测序数据，发现了一个新的调节Wnt和Netrin信号通路的基因MIG-21，并在秀丽隐杆线虫中进行了功能验证	首次发现MIG-21基因在生殖干细胞微环境中的调节作用，并揭示其在Wnt和Netrin信号通路中的整合功能	研究仅限于秀丽隐杆线虫模型，尚未在更复杂的生物系统中验证	揭示生殖干细胞微环境中新的遗传网络调节机制	秀丽隐杆线虫的远端尖端细胞（DTC）	遗传学	NA	scRNA-seq, RNAi knockdown, 活细胞成像	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1964	2025-03-20	Structure and Function Relationships of Mucociliary Clearance in Human and Rat Airways 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.24.572054 PMID:38187619	研究论文	本文研究了人类和老鼠气道中黏液纤毛清除的结构与功能关系，揭示了物种间在纤毛和分泌细胞分布及纤毛摆动上的差异，并建立了评估人类气道功能的通用基准	通过结合多种实验和基于物理的建模，建立了评估人类气道功能的通用基准，并揭示了实验室培养物与人类气道在清除效果上的结构差异	研究主要依赖于动物实验，限制了创建准确的人类气道疾病模型的能力	研究人类和老鼠气道中黏液纤毛清除的结构与功能关系，以更好地理解疾病特定的黏液纤毛清除障碍	人类和老鼠的气道	生物医学工程	慢性阻塞性肺疾病（COPD）和哮喘	单细胞转录组学	基于物理的建模	实验数据	人类和老鼠的气道样本
1965	2025-03-20	RNase L represses hair follicle regeneration through altered innate immune signaling 2025-Feb-04, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172595 PMID:39903537	研究论文	本文探讨了RNase L在抑制毛囊再生中的作用及其通过改变先天免疫信号传导的机制	揭示了RNase L作为再生抑制基因的功能，并发现其通过调节IL-36α和caspase-1来影响再生能力	研究主要基于小鼠模型，人类数据的适用性尚需进一步验证	揭示哺乳动物再生能力的调控机制	人类参与者和小鼠模型	分子生物学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组分析	NA	RNA-seq数据	人类参与者和小鼠模型
1966	2025-03-20	Circulating monocytes upregulate CD52 and sustain innate immune function in cirrhosis unless acute decompensation emerges 2025-Jan-14, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.031 PMID:39818234	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了肝硬化患者循环单核细胞的异质性及其功能变化，首次发现CD52在单核细胞上的表达变化及其与免疫功能的关系	首次发现CD52在肝硬化患者单核细胞上的表达变化，并揭示了其在免疫功能中的作用	研究主要基于体外实验，未在体内验证CD52稳定化的治疗效果	解析肝硬化患者循环单核细胞的异质性及其功能变化，探索CD52在免疫功能中的作用	肝硬化患者的循环单核细胞	免疫学	肝硬化	单细胞RNA测序、流式细胞术、功能实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	健康个体和肝硬化患者的循环单核细胞
1967	2025-03-20	Targeting the CD74 signaling axis suppresses inflammation and rescues defective hematopoiesis in RUNX1-familial platelet disorder 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn9832 PMID:39772771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和功能分析，揭示了家族性血小板障碍（FPD）中CD74信号轴的激活导致炎症和造血缺陷，并提出了针对CD74及其下游靶点的干预策略	首次揭示了CD74信号轴在FPD中的关键作用，并提出了通过抑制CD74及其下游靶点（JAK1/2和mTOR）来逆转FPD分化缺陷和减少炎症的创新干预策略	研究样本量相对较小（单细胞RNA测序样本=10，FPD患者样本>75），且主要基于体外和体内实验，临床应用的长期效果尚需进一步验证	研究家族性血小板障碍（FPD）的发病机制，并探索预防白血病进展的干预策略	家族性血小板障碍（FPD）患者的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	血液学	家族性血小板障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单细胞RNA测序样本=10，FPD患者样本>75
1968	2025-03-20	Multi-omics analysis of the dynamic role of STAR+ cells in regulating platinum-based chemotherapy responses and tumor microenvironment in serous ovarian carcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1545762 PMID:40098624	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了STAR+细胞在调节浆液性卵巢癌铂类化疗反应和肿瘤微环境中的动态作用	首次识别出STAR+细胞作为一种新型的CAF亚型，其在化疗敏感的浆液性卵巢癌患者中富集，并通过调节关键代谢途径和潜在抑制WNT信号传导来增强化疗敏感性	研究尚未完全阐明STAR+细胞与肿瘤细胞之间具体的相互作用机制，需要进一步的功能验证	探讨CAF亚型与化疗敏感性之间的关系，以改善浆液性卵巢癌的临床治疗效果	浆液性卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、空间转录组学、免疫组织化学（IHC）、免疫荧光（IF）	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组织化学数据、免疫荧光数据	化疗敏感和化疗耐药的浆液性卵巢癌患者
1969	2025-03-20	Integrating machine learning and single-cell sequencing to identify shared biomarkers in type 1 diabetes mellitus and clear cell renal cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1543806 PMID:40098701	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞测序技术，识别了1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同生物标志物	首次结合WGCNA、LASSO和SVM算法，从多组公开数据集中识别出1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同枢纽基因，并通过临床样本和单细胞测序数据验证其表达模式和细胞类型特异性	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	识别1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同生物标志物，以促进高风险人群的预防和早期检测	1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌	生物信息学	1型糖尿病, 透明细胞肾细胞癌	单细胞测序, WGCNA, LASSO, SVM	LASSO, SVM	基因表达数据, 单细胞测序数据	多个公开数据集和临床样本
1970	2025-03-20	STsisal: a reference-free deconvolution pipeline for spatial transcriptomics data 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1512435 PMID:40098978	研究论文	本文介绍了一种名为STsisal的无参考解卷积方法，专门用于处理空间转录组学数据，以揭示复杂组织中的细胞类型组成	STsisal方法创新性地结合了标记基因选择、混合比例分解和细胞类型特征矩阵分析，能够精确高效地识别复杂组织中的不同细胞类型	方法的有效性依赖于空间转录组学数据的质量，且未提及在特定组织类型或疾病中的应用效果	开发一种无参考解卷积方法，用于空间转录组学数据分析，以解决单细胞分辨率不足的问题	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	SISAL算法	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量，但包括模拟数据和真实数据
1971	2025-03-20	Integration of single-nuclei and spatial transcriptomics to decipher tumor phenotype predictive of relapse-free survival in Wilms tumor 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1539897 PMID:40098972	研究论文	本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，识别出与Wilms肿瘤复发相关的肿瘤亚型，并开发了一个预后集成机器学习模型来预测患者的无复发生存期	首次整合单核RNA测序和空间转录组学数据，识别出与Wilms肿瘤复发相关的肿瘤亚型，并开发了一个预后集成机器学习模型	研究依赖于公共数据库中的数据，可能受到数据质量和可用性的限制	识别与Wilms肿瘤复发相关的分子特征，并发现新的治疗靶点	Wilms肿瘤患者	数字病理学	Wilms肿瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST）、bulk RNA-seq、突变/拷贝数数据分析	集成机器学习模型	RNA测序数据、空间转录组数据	公共数据库中的Wilms肿瘤患者数据
1972	2025-03-20	The Role of PLIN3 in Prognosis and Tumor-Associated Macrophage Infiltration: A Pan-Cancer Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S509245 PMID:40098998	研究论文	本文通过多数据库数据分析，探讨了PLIN3在多种癌症中的预后作用及其与肿瘤相关巨噬细胞浸润的关系	首次系统评估了PLIN3在肿瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗反应预后指标的潜力	研究主要基于数据库分析，实验验证部分仅限于肺腺癌细胞，缺乏更广泛的体内实验验证	探讨PLIN3在癌症中的诊断和预后价值及其对免疫细胞浸润的影响	多种正常和癌变组织中的PLIN3 mRNA和蛋白质表达	肿瘤学	多种癌症，特别是肺腺癌	批量转录组学、单细胞转录组学、空间转录组学、多色荧光染色技术、分子对接	NA	mRNA和蛋白质表达数据、转录组数据、荧光染色图像	多种癌症类型的组织和细胞样本
1973	2025-03-19	Insight into perfluorooctanoic acid-induced impairment of mouse embryo implantation via single-cell RNA-seq 2025-May-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137375 PMID:39892134	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了全氟辛酸（PFOA）对小鼠胚胎植入的影响及其机制	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了PFOA通过干扰ANGPTL信号通路影响子宫内膜上皮细胞功能和发育的具体机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨PFOA对子宫内膜接受性和胚胎植入的影响及其分子机制	小鼠子宫内膜	生殖医学	不孕症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
1974	2025-03-19	SPP1 + macrophages in colorectal cancer: Markers of malignancy and promising therapeutic targets 2025-May, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101340 PMID:40092488	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组学以及批量测序技术，探讨了SPP1+巨噬细胞在结直肠癌（CRC）肿瘤微环境中的角色和机制	揭示了SPP1+巨噬细胞在CRC中的显著升高及其作为恶性肿瘤标志物的潜力，提出了这些巨噬细胞作为治疗靶点的可能性	研究中未明确提及样本量，且对于SPP1+巨噬细胞的具体作用机制仍需进一步探索	探讨SPP1+巨噬细胞在结直肠癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌（CRC）肿瘤微环境中的SPP1+巨噬细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学, 空间转录组学, 批量测序	NA	转录组数据	NA
1975	2025-03-19	Comprehensive analysis of immune subtype characterization on identification of potential cells and drugs to predict response to immune checkpoint inhibitors for hepatocellular carcinoma 2025-May, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101471 PMID:40092490	研究论文	本文通过免疫亚型分类，研究了肝细胞癌（HCC）患者对免疫检查点抑制剂（ICIs）反应的预测，并探讨了细胞异质性和候选药物的作用	本研究首次整合了细胞异质性和免疫表型分析，以预测HCC患者对ICIs的反应，并识别了与ICI反应相关的关键细胞和候选药物	研究样本量有限，且未进行大规模临床试验验证	预测肝细胞癌患者对免疫检查点抑制剂的反应，并探索相关细胞和药物	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	151个免疫相关基因集
1976	2025-03-19	The scRNA-sequencing landscape of pancreatic ductal adenocarcinoma revealed distinct cell populations associated with tumor initiation and progression 2025-May, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101323 PMID:40092486	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中与肿瘤起始和进展相关的不同细胞群体	首次在PDAC患者中通过单细胞RNA测序技术识别了与肿瘤起始和淋巴结转移相关的关键细胞群体和基因	样本量较小，仅包括8名PDAC患者，且未涉及其他类型的胰腺癌	探索胰腺导管腺癌（PDAC）的转录组景观，以理解其发展机制并寻找新的治疗策略	8名不同淋巴结转移状态的PDAC患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	8名PDAC患者
1977	2025-03-19	Radiation from frequent whole-body CT scans induces systemic immunosuppression and immune activation of tumor tissue 2025-Apr, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102326 PMID:40014978	研究论文	本研究探讨了重复全身CT扫描对系统性免疫、肿瘤免疫微环境及肿瘤控制的影响	首次揭示了重复全身CT扫描辐射诱导系统性免疫抑制和肿瘤组织免疫激活的现象	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明重复全身CT扫描对免疫系统及肿瘤控制的影响	Lewis肺癌小鼠模型	医学影像学	肺癌	ELISA、流式细胞术、免疫组化、RNA测序、单细胞测序	NA	生物样本数据	两组小鼠（对照组和多次全身CT扫描辐射组）
1978	2025-03-19	IQGAP2 regulates blood-brain barrier immune dynamics 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111994 PMID:40071147	研究论文	本文探讨了IQGAP2蛋白在调节血脑屏障免疫动态中的作用	揭示了IQGAP2在维持血脑屏障免疫特权中的关键作用，并发现其在阿尔茨海默病中的表达减少	研究主要基于小鼠和斑马鱼模型，人类数据较少	研究IQGAP2在血脑屏障免疫细胞渗透中的作用	小鼠、斑马鱼和人类组织	分子生物学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、组织样本	小鼠、斑马鱼模型及人类组织样本
1979	2025-03-19	Mediation of macrophage M1 polarization dynamics change by ubiquitin-autophagy-pathway regulated NLRP3 inflammasomes in PD-1 inhibitor-related myocardial inflammatory injury 2025-Mar-18, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01979-1 PMID:40097836	研究论文	本文探讨了免疫检查点抑制剂（ICIs）引起的心肌炎症损伤的机制，特别是通过单细胞测序和动物模型研究了PD-1抑制剂如何通过STAT1/NF-κB/NLRP3信号通路激活心肌炎症，并探讨了泛素-自噬途径在炎症消退中的作用	首次揭示了PD-1抑制剂通过STAT1/NF-κB/NLRP3信号通路激活心肌炎症的机制，并发现泛素-自噬途径在炎症消退中的关键作用	研究主要基于动物模型和单细胞测序数据，临床样本量有限，需要进一步的大规模临床验证	探讨免疫检查点抑制剂（ICIs）引起的心肌炎症损伤的机制，并寻找潜在的治疗方法	肺癌患者和动物模型	免疫学	肺癌	单细胞测序（scRNA-seq）	动物模型和细胞模型	临床数据和实验数据	肺癌患者和动物模型
1980	2025-03-19	PLXDC1+ Tumor-Associated Pancreatic Stellate Cells Promote Desmoplastic and Immunosuppressive Niche in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Mar-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415756 PMID:40091495	研究论文	本研究通过RNA测序和ATAC-seq技术，结合单细胞和空间转录组学，揭示了胰腺星状细胞（PSCs）在胰腺导管腺癌（PDAC）中的异质性和功能，特别是PLXDC1+肿瘤相关PSCs在肿瘤边界形成促纤维化和免疫抑制微环境的作用	首次通过单细胞和空间转录组学结合ATAC-seq技术，系统性地揭示了PSCs在PDAC中的异质性和功能，并发现了PLXDC1+ TPSCs在免疫治疗中的关键作用	研究主要基于PDAC患者的样本，未涉及其他类型的胰腺癌或其他癌症类型	探究胰腺星状细胞在胰腺导管腺癌中的功能和异质性，及其在免疫治疗中的作用	胰腺星状细胞（PSCs）和胰腺导管腺癌（PDAC）	数字病理学	胰腺癌	RNA测序、ATAC-seq、单细胞转录组学、空间转录组学、原位测序	NA	RNA测序数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	来自PDAC患者和正常组织的胰腺星状细胞样本