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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1961 | 2026-05-02 |
Simulating paired and longitudinal single-cell RNA sequencing data with rescueSim
2025-Aug-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf442
PMID:40811017
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研究论文 | 介绍一种模拟配对和纵向单细胞RNA测序数据的新方法rescueSim | 首次在gamma-Poisson框架中引入样本间和受试者间变异性,实现对配对/纵向scRNA-seq数据的模拟 | 未提及具体局限性 | 开发一种能够模拟配对/纵向scRNA-seq数据的方法,支持研究规划和功效分析 | 单细胞RNA测序数据中的时间依赖性转录组变化 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq模拟 | gamma-Poisson框架 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1962 | 2026-05-02 |
Integrating scRNA-seq to explore offspring neurodevelopmental toxicity induced by Cyfluthrin exposure during pregnancy: A fate decision for NSCs
2025-07-15, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138205
PMID:40209410
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序探索孕期氟氯氰菊酯暴露对子代神经发育毒性的影响,揭示神经干细胞命运决定的关键作用 | 首次构建了孕期氟氯氰菊酯暴露后子代大脑海马区的单细胞图谱,并通过体内外实验验证了神经干细胞分化方向、增殖和凋亡水平改变是毒性主因 | NA | 阐明孕期氟氯氰菊酯暴露导致子代神经发育毒性的机制 | 不同年龄段的子代大鼠(新生儿、幼年等)及其海马组织 | 机器学习 | 神经发育毒性 | 单细胞RNA测序、差异表达分析、细胞间通讯分析、拟时序分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 新生儿大鼠海马组织样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1963 | 2026-05-02 |
Elucidating brain transport pathways and cell type-dependent gene silencing of a durable lipid-siRNA conjugate administered into cerebrospinal fluid
2025-Jun-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf600
PMID:40598893
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研究论文 | 本研究开发了一种脂质-siRNA偶联物(L2-siRNA),注入脑脊液后可有效运输至大脑,实现区域性和细胞类型依赖的基因沉默 | 首次详细阐述了脂质-siRNA偶联物在脑脊液到大脑转运中的特性,展示了单次注射后长达5个月的持续基因沉默效果,并通过单细胞RNA测序构建了细胞类型特异性敲除图谱 | 未提供 | 阐明脂质-siRNA偶联物通过脑脊液给药后的大脑运输途径和细胞类型依赖性基因沉默机制 | 小鼠和大鼠的大脑组织及细胞 | 机器学习 | 神经疾病 | 单细胞RNA测序 | 未提供 | 测序数据 | 小鼠和大鼠样本 | 未提供 | 单细胞RNA测序 | 未提供 | 未提供 |
| 1964 | 2026-05-02 |
Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary
2025-Jun, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003193
PMID:40554460
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学,构建小鼠卵巢排卵过程中的时空图谱,揭示卵巢细胞类型的时间依赖性转录状态和空间分布 | 首次在单细胞分辨率下详细描述排卵的精确时间窗口,并结合空间转录组学提供细胞类型的空间定位信息,同时发现新的配体-受体互作对 | 该研究仅基于小鼠模型,人类排卵机制可能存在差异,且细胞互作分析需进一步验证 | 揭示小鼠卵巢排卵过程中细胞类型的时空动态变化及其调控机制 | 小鼠卵巢细胞(包括卵母细胞、颗粒细胞、基质细胞等) | 数字病理学 | 生殖疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 多个时间点的小鼠卵巢配对样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 1965 | 2026-05-02 |
scRNA-seq and scATAC-seq reveal that Sertoli cell mediates spermatogenesis disorders through stage-specific communications in non-obstructive azoospermia
2025-05-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97958
PMID:40371706
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序揭示支持细胞通过阶段特异性通讯介导非阻塞性无精子症的生殖障碍 | 首次在非阻塞性无精子症中鉴定出三种新型支持细胞亚型表型(SC4/未成熟、SC7/成熟、SC8/进一步成熟),并发现生殖细胞亚型与支持细胞亚型之间的阶段特异性匹配交互模式,由Notch1/2/3信号通路调控 | NA | 探究非阻塞性无精子症中生殖障碍的细胞类型特异性异常机制 | 阻塞性无精子症和非阻塞性无精子症患者的睾丸组织 | 机器学习 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 1966 | 2026-05-02 |
Lipoxin A4/FPR2 Signaling Mitigates Ferroptosis of Alveolar Epithelial Cells via NRF2-Dependent Pathway During Lung Ischemia-Reperfusion Injury
2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202401475R
PMID:40270323
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研究论文 | 本研究探讨了脂氧素A4/FPR2信号通过NRF2依赖通路减轻肺泡上皮细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的作用 | 首次揭示脂氧素A4通过FPR2/NRF2通路特异性抑制肺泡上皮细胞铁死亡,从而保护肺移植后缺血再灌注损伤的分子机制 | 主要基于小鼠模型和体外细胞实验,临床验证尚有限;未深入探讨FPR2下游其他潜在信号通路 | 阐明脂氧素A4在肺缺血再灌注损伤中通过NRF2依赖途径抑制铁死亡的保护机制 | 肺移植患者术后肺组织、C57BL/6小鼠(野生型、Fpr2敲除、Nrf2敲除)、肺泡II型上皮细胞(ATII) | 分子生物学 | 肺缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、脂质组学数据 | 肺移植患者样本(具体数量未说明)、小鼠(野生型、Fpr2敲除、Nrf2敲除)、体外ATII细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1967 | 2026-05-02 |
Impdh1 was identified as a key protein promotes diabetic vasculopathy by intervention of vascular endothelial cell pyroptosis
2025-03-13, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-025-04604-z
PMID:40082765
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研究论文 | 通过scRNA-seq和bulk RNA-seq分析,鉴定Impdh1为关键蛋白,通过干预血管内皮细胞焦亡促进糖尿病血管病变 | 首次通过单细胞RNA测序和批量RNA测序联合分析,鉴定Impdh1为与糖尿病血管病变相关的焦亡关键分子,并验证其在血管内皮细胞焦亡中的保护作用 | 未明确提及临床验证,且样本来源于小鼠模型和公共数据集,可能不完全代表人体病理过程 | 探索糖尿病血管病变中血管内皮细胞焦亡的分子机制及关键蛋白Impdh1的作用 | 糖尿病小鼠模型及GSE169332数据集中的血管内皮细胞 | 数字病理学 | 糖尿病血管病变 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 实时定量逆转录PCR, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据 | GSE169332数据集(scRNA-seq数据)及糖尿病小鼠主动脉组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1968 | 2026-05-02 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data
2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636138
PMID:39974940
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研究论文 | scBSP是一个快速准确的开源工具,用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征 | 利用稀疏矩阵运算显著提升计算效率和内存使用,能在桌面电脑上10秒内处理超过18万个点的高清空间转录组数据,是当前处理此类数据最快的工具 | 未在文中明确说明局限性 | 开发一种高效计算工具,用于识别高分辨率空间组学数据中的空间可变生物学特征 | 空间组学数据中的空间可变基因和空间可变峰 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 空间转录组学,10x Xenium | NA | 空间组学数据(二维和三维) | 高分辨率空间转录组数据包含19950个基因和181367个点 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium空间原位分析平台 |
| 1969 | 2026-05-02 |
Sleeve gastrectomy reveals the plasticity of the human gastric epithelium
2025-Jan-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56135-y
PMID:39833151
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研究论文 | 通过组织学和单细胞RNA测序,发现袖状胃切除术导致人类胃上皮细胞重塑,包括产酸壁细胞和肠嗜铬样细胞亚群的变化 | 首次在单细胞水平揭示袖状胃切除术后人类胃上皮的重塑机制,并建立胃泌素调控胃酸稳态的数学模型 | 本文未明确提及局限性 | 探究袖状胃切除术后胃上皮细胞的适应性重塑机制 | 12名接受袖状胃切除术的女性患者的胃上皮细胞 | 数字病理学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序 | 非线性比例积分控制模型 | 转录组数据 | 12名女性患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1970 | 2026-05-02 |
Epigenetic control of antigen presentation failure in osteosarcoma: from single-cell chromatin maps to therapeutic strategies
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1728091
PMID:41383594
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迷你综述 | 本文综述了骨肉瘤中抗原呈递失败的表观遗传调控机制,并阐述了单细胞染色质图谱如何指导恢复肿瘤抗原可见性的治疗策略 | 通过整合单细胞ATAC-seq与单细胞和空间转录组学,解析了HLA、NLRC5及抗原加工基因的启动子-增强子可及性,区分可逆性抑制与固定病变,并将微环境应激与干扰素能力联系起来 | 尽管有令人鼓舞的临床前证据,但疗效将取决于克隆选择、保持干扰素信号传导的治疗安排以及与先天激动剂和免疫检查点阻断剂的合理组合 | 阐明骨肉瘤中抗原呈递失败的表观遗传机制,并概述单细胞染色质分析如何指导恢复肿瘤抗原可见性的策略 | 骨肉瘤肿瘤免疫生态系统中的恶性克隆、分化状态、髓系细胞和T细胞微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 染色质可及性数据, 转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1971 | 2026-05-01 |
Single-cell and spatial transcriptome sequencing analysis reveals characteristics of a unique subpopulation in high-grade IDH-mutant astrocytoma
2025-Dec-29, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01139-5
PMID:41460424
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研究论文 | 利用单细胞和空间转录组测序分析揭示高级别IDH突变型星形细胞瘤中一个独特亚群的特征 | 首次通过单细胞和空间转录组测序联合分析,鉴定出高级别IDH突变型星形细胞瘤中一个具有免疫抑制表型、与不良预后相关的独特肿瘤细胞亚群 | NA | 识别高级别IDH突变型星形细胞瘤中独特的肿瘤细胞亚群及其特征 | 高级别(WHO 3-4级)和低级别(WHO 2级)IDH突变型星形细胞瘤样本 | 数字病理学 | 星形细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium |
| 1972 | 2026-05-01 |
Igf2 regulates early postnatal DPP4+ preadipocyte pool expansion
2025-12-01, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.352710.125
PMID:40930990
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序揭示了Igf2调控早期出生后DPP4+前脂肪细胞池扩展的机制 | 首次发现Igf2在早期生命阶段通过促进DPP4+前脂肪细胞增殖而非分化来驱动脂肪组织扩展 | 未提供具体局限性信息 | 阐明早期生命阶段促进脂肪组织快速扩展的分子机制 | 小鼠皮下脂肪组织中的DPP4+前脂肪细胞群体 | 单细胞转录组学 | 代谢健康肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠皮下脂肪组织样本(断奶前和成年小鼠) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 1973 | 2026-05-01 |
αCGRP deficiency aggravates pulmonary fibrosis by promoting senescence in alveolar type 2 cells
2025-12, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00361-3
PMID:41023452
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研究论文 | 本文探讨αCGRP(Calca)缺乏如何通过促进肺泡2型细胞衰老加剧肺纤维化 | 首次揭示αCGRP缺乏通过促进AT2细胞炎症性衰老加剧肺纤维化的机制,并采用单细胞RNA测序和标记自由蛋白质组学等多组学方法分析 | 未明确说明研究的局限性 | 探究αCGRP缺乏是否通过促进AT2细胞衰老加剧肺纤维化 | 肺纤维化患者样本及Calca基因敲除大鼠模型 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 标记自由蛋白质组学, 免疫组化 | NA | 组织切片, RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 15名肺纤维化患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1974 | 2026-05-01 |
Cancer-associated fibroblast miR-148a-5p/CALD1/collagen VI pathway promotes proliferation in Helicobacter pylori-positive gastric cancer
2025-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01116-y
PMID:41171370
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研究论文 | 发现幽门螺杆菌刺激的癌症相关成纤维细胞通过miR-148a-5p/CALD1/VI型胶原通路促进胃癌增殖 | 首次揭示幽门螺杆菌刺激的癌症相关成纤维细胞中TLR/miR-148a-5p/CALD1/VI型胶原信号通路在幽门螺杆菌阳性胃癌中的关键作用,并验证miR-148a-5p agomir作为化疗增敏剂的潜力 | 缺乏关于幽门螺杆菌对癌症相关成纤维细胞影响或治疗干预靶点的研究 | 研究幽门螺杆菌阳性胃癌中癌症相关成纤维细胞促进肿瘤增殖的机制及潜在治疗靶点 | 幽门螺杆菌阳性胃癌患者及小鼠模型 | 机器学习 | 胃癌 | 单细胞测序,转录组测序,微RNA测序 | NA | 测序数据,细胞系,小鼠模型 | 公开微RNA和转录组测序数据,单细胞测序数据,以及体外和体内模型 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 1975 | 2026-05-01 |
High-resolution spatial transcriptomics uncover epidermal-dermal divergences in Merkel cell carcinoma: spatial context reshapes the gene expression landscape
2025-Dec, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03608-5
PMID:41131107
|
研究论文 | 利用高分辨率空间转录组学揭示Merkel细胞癌中表皮与真皮肿瘤细胞的基因表达差异,强调微环境对肿瘤细胞表型可塑性的影响 | 首次通过高分辨率空间转录组学比较Merkel细胞癌中表皮亲嗜性肿瘤细胞与真皮肿瘤细胞的转录组特征,发现微环境可诱导肿瘤细胞向角质细胞分化 | 未提及具体局限性 | 研究微环境对Merkel细胞癌细胞表型可塑性的调节作用 | Merkel细胞癌的表皮亲嗜性肿瘤细胞、肿瘤核心及血管旁肿瘤细胞 | 数字病理学 | Merkel细胞癌 | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间位置数据 | 未明确提及样本数量 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 高分辨率空间转录组学平台及单细胞转录组学平台 |
| 1976 | 2026-05-01 |
Transcriptomic Analysis of Skeletal Muscle Systems Comparing Bovines, Humans, and Mice Using scRNA-Seq
2025-12, Genesis (New York, N.Y. : 2000)
DOI:10.1002/dvg.70035
PMID:41335100
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序对牛、人类和小鼠的骨骼肌系统进行转录组分析,构建了从产前到产后发育的完整单细胞图谱并比较了跨物种的转录组特征 | 首次构建了牛骨骼肌发育的完整单细胞景观,并系统比较了牛、人类和小鼠三物种在细胞类型、基因表达和调控元件上的进化保守性与物种特异性差异 | 部分细胞谱系的功能和发育程序仍不明确,研究仅基于单细胞转录组数据,缺乏对非编码调控元件或表观遗传修饰的深入分析 | 揭示哺乳动物骨骼肌发育过程中保守和分化的分子机制 | 牛、人类和小鼠的骨骼肌组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | 包含牛产前到产后发育阶段的骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1977 | 2025-12-12 |
Fibroblasts in the tumor microenvironment: heterogeneity and dynamic interactions in tumor progression revealed by spatial transcriptomics
2025-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01108-y
PMID:41129052
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1978 | 2026-05-01 |
Single-cell and bulk transcriptome analysis identifies B-cell subpopulations and associated cancer subtypes with distinct clinical and molecular characteristics
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01082-5
PMID:40526246
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析,识别B细胞亚群及相关癌症亚型,揭示其不同的临床和分子特征 | 首次在泛癌层面系统识别八个B细胞亚群,并基于特异性基因签名构建预测癌症预后和免疫治疗反应的模型 | NA | 识别B细胞亚群特异性标志物在泛癌中的临床相关性,并构建预测癌症预后和免疫治疗反应的模型 | B细胞亚群、癌症患者样本(15种癌症类型) | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学 | 无监督聚类模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据、空间转录组数据 | 424名患者,102,504个细胞,涵盖15种癌症类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1979 | 2026-05-01 |
Fibroblast-derived PI16 enhances tumor immune-suppressive microenvironment via inducing Tregs differentiation
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01090-5
PMID:40694273
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研究论文 | 研究了成纤维细胞来源的PI16通过诱导Treg分化增强食管鳞癌肿瘤免疫抑制微环境的作用机制 | 首次揭示PI16+成纤维细胞通过DOCK2依赖性机制促进Treg分化,并提出PI16+成纤维细胞作为克服肿瘤免疫抑制的新型治疗靶点 | 未明确提及研究局限性 | 探讨成纤维细胞来源的PI16在食管鳞癌肿瘤微环境中对免疫抑制的调控作用 | 食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境中的成纤维细胞和调节性T细胞 | 机器学习和单细胞测序分析 | 食管癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫共沉淀、质谱分析、多重荧光免疫组化 | NA | scRNA-seq数据(GSE203115) | 公共scRNA-seq数据集及体外/体内实验样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1980 | 2026-05-01 |
A multi-omics approach reveals dysregulated TNF-related signaling pathways in circulating NK and T cell subsets of young children with autism
2025-10, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00349-z
PMID:40739030
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研究论文 | 采用多组学方法揭示幼儿自闭症谱系障碍循环NK和T细胞亚群中TNF相关信号通路失调 | 首次结合转录组、蛋白质组和单细胞RNA-seq多模态方法,在2-4岁阿拉伯自闭症儿童队列中系统分析免疫失调机制,发现JAK3、CUL2和CARD11基因与症状严重度负相关,并揭示TRAIL、RANKL和TWEAK信号通路在特定免疫细胞亚群中的失调 | 样本量有限且仅针对阿拉伯儿童,未包含其他族群;单细胞RNA-seq分析未深入探讨细胞亚群功能状态;缺乏纵向数据评估免疫变化的动态过程 | 探究幼儿自闭症谱系障碍中外周免疫失调的分子机制 | 2-4岁阿拉伯自闭症儿童及其匹配对照人群 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | NGS, 蛋白质组学, 单细胞RNA-seq, 靶向转录组分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞转录组数据 | 卡塔尔2-4岁阿拉伯自闭症儿童队列及匹配对照(具体数量未在摘要中说明) | Illumina | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 蛋白质组学 | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | NA |