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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1921 | 2025-12-09 |
MicroRNA-mediated neuronal detargeting alters astrocyte cell fate conversion trajectories in vivo
2025-Dec-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09169-3
PMID:41350397
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研究论文 | 本研究通过在GFAP微型启动子驱动的转录盒中引入microRNA-124靶序列,优化了体内星形胶质细胞向神经元重编程的特异性,并揭示了不同转录因子组合对细胞命运转换轨迹的调控作用 | 首次将microRNA-124靶序列整合到星形胶质细胞重编程系统中,有效避免了内源性神经元的脱靶转染,并通过单细胞转录组学揭示了重编程过程中细胞命运分叉的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类细胞或临床环境中验证;对长期重编程细胞的稳定性和功能整合评估有限 | 优化体内星形胶质细胞向神经元重编程的特异性,并探究细胞命运转换的分子机制 | 小鼠星形胶质细胞 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞转录组学、谱系追踪、假时间轨迹分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及谱系追踪和单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1922 | 2025-12-09 |
Genetic insights into drug targets for alzheimer's disease: integrative multi-omics analysis
2025-Dec-05, Alzheimer's research & therapy
DOI:10.1186/s13195-025-01901-9
PMID:41350740
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研究论文 | 本研究通过整合多组学孟德尔随机化分析,识别阿尔茨海默病的潜在药物靶点 | 克服了先前研究表型覆盖窄、多组学验证不足和机制探索不充分的限制,通过全面MR分析识别稳健治疗靶点 | NA | 识别阿尔茨海默病的遗传药物靶点 | 阿尔茨海默病及相关生物标志物、神经影像内表型、认知特征和风险因素 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化, 全基因组关联研究, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组, 蛋白质组, 转录组 | 超过50个GWAS数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 1923 | 2025-12-09 |
Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification
2025-Dec-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.108331
PMID:41342897
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研究论文 | 本研究通过条件性敲除小鼠视网膜前体细胞中的Ptbp1基因,评估其在发育性神经发生中的作用,发现Ptbp1对视网膜细胞命运决定并非必需 | 首次在体内条件下系统评估Ptbp1在视网膜神经发生中的功能,挑战了Ptbp1作为神经发生核心抑制因子的传统观点 | 研究仅聚焦于视网膜发育,未在其他神经系统或成年神经发生中验证Ptbp1的功能 | 探究RNA结合蛋白Ptbp1在发育性神经发生中的具体作用机制 | 小鼠视网膜前体细胞和Müller胶质细胞 | 发育神经生物学 | NA | 条件性基因敲除、免疫染色、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、剪接模式数据 | 突变型小鼠视网膜组织(具体数量未明确说明) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1924 | 2025-12-09 |
Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Molecular Mechanisms of Neutrophil Dysfunction in Chronic Bone Infection
2025-Dec-04, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了慢性骨感染中中性粒细胞功能障碍的分子机制 | 首次在MRSA诱导的慢性骨感染大鼠模型中,通过单细胞RNA测序识别出7个中性粒细胞亚群,并发现NeuP2ry10亚群变化最显著,揭示了中性粒细胞向N2抗炎表型极化的分子特征 | 研究基于大鼠模型,结果向人类临床转化的有效性有待验证;单细胞测序样本量可能有限 | 探究慢性骨感染中中性粒细胞功能异常的分子机制 | MRSA诱导的慢性骨感染大鼠模型中的骨髓细胞 | 单细胞组学 | 骨感染 | 单细胞RNA测序,基因本体论分析,通路富集分析,免疫荧光染色,活性氧定量 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | MRSA诱导的慢性骨感染大鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1925 | 2025-12-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals a putative lncRNA-associated ceRNA network in high-grade serous ovarian cancer
2025-Dec, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01691-2
PMID:41099994
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了高级别浆液性卵巢癌中一个由长链非编码RNA MIR100HG、微小RNA mir-224-5p和EYA4基因组成的竞争性内源RNA网络,该网络可能通过调控Wnt信号通路促进肿瘤进展 | 首次在高级别浆液性卵巢癌中结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,识别出癌细胞特异性的竞争性内源RNA网络,并揭示了MIR100HG可能作为mir-224-5p的分子海绵调控EYA4表达的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析和公共数据库验证,缺乏直接的实验功能验证来证实ceRNA网络的具体调控机制 | 识别高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中活跃的长链非编码RNA相关竞争性内源RNA网络 | 高级别浆液性卵巢癌的癌细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量,但使用了单细胞RNA测序和批量RNA测序数据集,并利用癌症基因组图谱数据进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1926 | 2025-12-09 |
Spatial Transcriptomics of Patients With Kaposi Sarcoma Identifies Mechanisms of Immune Evasion
2025-Dec, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70728
PMID:41342328
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析卡波西肉瘤(KS)皮肤病变,以识别KSHV感染的细胞类型和免疫相互作用 | 首次将空间转录组学与单细胞RNA测序参考数据集结合,对KS病变进行空间解析的细胞类型反卷积分析,并同时检测人类和KSHV基因表达 | 样本量较小(7个KS肿瘤和6个正常皮肤样本),且仅针对皮肤病变进行分析 | 阐明KSHV感染如何重塑皮肤组织、抑制免疫反应并导致抗癌治疗耐药的潜在机制 | 卡波西肉瘤(KS)患者的皮肤肿瘤组织 | 空间转录组学 | 卡波西肉瘤 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 空间解析的细胞类型反卷积方法 | 空间基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | 7个KS皮肤肿瘤样本,6个正常皮肤样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1927 | 2025-12-09 |
Adaptive resampling for improved machine learning in imbalanced single-cell datasets
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.04.686583
PMID:41279118
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研究论文 | 本文提出了一种自适应的重采样方法,用于改善不平衡单细胞数据集中的机器学习性能 | 提出了一种通用的自适应重采样方法,能够基于学习到的潜在结构在线、自适应地重采样数据,以增强单细胞表示学习 | 未明确提及具体限制,可能包括方法在特定数据集或任务中的泛化能力需要进一步验证 | 旨在提高单细胞转录组学数据中机器学习模型的表示学习和预测性能 | 单细胞转录组学数据,特别是基因表达重建、细胞类型分类和扰动响应预测任务 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1928 | 2025-12-09 |
Pan-cancer multi-omics profiling of MS4A2 unveils its functional landscape in lung adenocarcinoma
2025-Nov-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002903
PMID:40607924
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了MS4A2在肺腺癌中的功能景观及其预后价值 | 首次在四种生存指标(OS、DSS、PFI、DFI)上系统评估MS4A2在肺腺癌中的预后分层,并发现其通过双向趋化因子调控塑造免疫抑制微环境 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证和前瞻性临床队列 | 阐明MS4A2在肺腺癌中的表达模式、预后意义及功能机制 | 肺腺癌患者及多种癌症类型的肿瘤样本 | 生物信息学 | 肺腺癌 | RNA-seq, 单细胞转录组学, 甲基化分析, 药物敏感性分析 | Cox回归模型, Kaplan-Meier模型 | 基因表达数据, 生存数据, 甲基化数据, 药物反应数据 | TCGA/GTEx数据库中的33种癌症类型及NSCLC单细胞队列 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 1929 | 2025-12-09 |
Multi-omic profiling reveals age-specific blood biomarkers and aging-driven B cell remodeling in osteoarthritis
2025-Nov-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003076
PMID:40696927
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研究论文 | 本研究通过多组学分析,揭示了骨关节炎中年龄特异性的血液生物标志物以及衰老驱动的B细胞重塑 | 首次整合了四种OA受累关节组织的转录组分析,并利用机器学习识别出五个外周血生物标志物,同时通过单细胞RNA测序揭示了老年OA患者中B细胞分化轨迹和功能状态的年龄特异性改变 | 研究样本量相对有限,且主要关注膝关节OA,其他关节类型的OA可能具有不同的特征 | 开发骨关节炎的非侵入性诊断工具并阐明其与年龄相关的免疫失调机制 | 骨关节炎患者(包括年轻和老年患者)的关节组织(软骨、滑膜等)和外周血样本 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 转录组分析,单细胞RNA测序,流式细胞术 | 机器学习 | 基因表达数据,单细胞数据 | 217,983个关节细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1930 | 2025-12-09 |
Unraveling molecular characteristics and functional exploration of panoptosis for prognosis stratification in lung adenocarcinoma: a tumor marker prognostic study
2025-Nov-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002968
PMID:40844260
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,开发了一个基于PANoptosis的预后评分模型(PAN Score),用于预测肺腺癌患者的预后和治疗反应,并探索了YWHAG基因在其中的关键作用 | 首次将PANoptosis这一新型细胞死亡模式与肺腺癌预后关联,结合10种机器学习方法构建了101种算法组合的预后模型,并发现了YWHAG-血管加压素-PANoptosis轴作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于回顾性队列数据,需要前瞻性临床验证;体外和体内实验仅验证了YWHAG基因的部分机制 | 探索PANoptosis在肺腺癌中的分子特征和预后价值,开发预后分层模型 | 肺腺癌患者活检样本(超过1500例)及其他癌症样本 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、机器学习算法 | 多种机器学习算法组合(10种方法形成101种组合) | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 超过1500例肺腺癌活检样本及其他癌症样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1931 | 2025-12-09 |
ResNet50 and Single-Cell Multi-Omics analysis identify key cellular and molecular features in pediatric acute lymphoblastic leukemia
2025-Nov, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06675-6
PMID:41125957
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研究论文 | 本研究通过整合基于深度学习的图像分析与单细胞转录组学和T细胞受体测序,揭示了儿童急性淋巴细胞白血病的细胞和分子特征 | 首次将ResNet50深度学习模型用于白血病单细胞图像分类,并与单细胞多组学数据整合,以阐明疾病机制并发现潜在的复发生物标志物 | 未明确说明样本的具体数量或来源,可能限制了结果的普遍适用性 | 解决儿童急性淋巴细胞白血病早期诊断、复发预测和个体化治疗的挑战 | 儿童急性淋巴细胞白血病(ALL) | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞转录组测序, T细胞受体测序 | ResNet50, Grad-CAM | 图像, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1932 | 2025-12-09 |
A Single-Cell Atlas of Transcriptional and Immunoglobulin Repertoire Evolution in Early B Cell Development
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681095
PMID:41278878
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,深入分析了早期B细胞发育过程中的转录组和免疫球蛋白库演化,揭示了重组事件后的增殖爆发和库特征变化 | 首次在单细胞水平上对早期B细胞发育进行深度转录组和免疫球蛋白库分析,发现了前B细胞阶段BCR重组后未描述的增殖爆发现象 | 研究仅基于六名健康供体,样本量相对有限,且未涵盖疾病状态或更广泛的个体差异 | 探究早期B细胞发育中转录组和免疫球蛋白库的演化规律,理解成熟免疫库多样性的形成基础 | 人类骨髓中的B细胞,包括从祖细胞到成熟B细胞的不同发育亚群 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 65,110个B细胞,来自六名健康供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1933 | 2025-12-09 |
Spatiotemporal dynamics of neuron differentiation and migration in the developing human spinal cord
2025-Oct, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.08.004
PMID:40825501
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和原位测序技术,揭示了人类和小鼠脊髓发育过程中神经元分化和迁移的时空动态与调控机制 | 首次在人类脊髓发育的早期阶段(Carnegie Stages 16-21)系统描绘了神经元分化和迁移的时空动态,并识别了跨物种保守的关键转录因子 | 研究主要聚焦于胚胎发育的特定阶段(CS16-21/E8.0-11.5),未涵盖更晚期的发育或成熟过程 | 探究人类脊髓发育过程中神经元亚型特化和迁移的分子机制 | 人类和小鼠胚胎脊髓组织 | 单细胞组学 | 神经系统发育 | 单细胞转录组测序, 原位测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据, 空间转录组数据 | 人类脊髓样本(CS16-21阶段)和小鼠脊髓样本(E8.0-11.5阶段) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1934 | 2025-12-09 |
Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.02.662808
PMID:40631124
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研究论文 | 本研究通过条件性敲除Ptbp1基因,评估其在视网膜发育过程中的作用,发现Ptbp1对神经发生和细胞命运决定并非必需 | 使用遗传学方法直接验证Ptbp1在视网膜发育中的功能,挑战了先前基于RNA干扰研究提出的Ptbp1作为神经发生主要抑制因子的观点 | 研究仅聚焦于视网膜发育,未评估Ptbp1在其他神经系统区域的作用;scRNA-Seq显示转录变化较温和,可能未完全捕捉所有分子效应 | 评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用,特别是其在视网膜细胞命运决定中的功能 | 小鼠视网膜祖细胞和Müller胶质细胞 | 发育生物学 | NA | 条件性基因敲除、免疫染色、bulk RNA-Seq、scRNA-Seq | NA | RNA测序数据、免疫染色图像 | 突变型动物(具体数量未明确说明) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1935 | 2025-12-09 |
Metabolic reprogramming of arachidonic acid in clear cell renal carcinoma promotes an immunosuppressive microenvironment by activating MDK signaling pathway
2025-Aug-13, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01807-8
PMID:40802073
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序,探讨了透明细胞肾细胞癌中代谢重编程与免疫耗竭的关系,并揭示了花生四烯酸代谢异常通过激活MDK信号通路促进免疫抑制微环境的机制 | 首次结合单细胞和批量RNA测序技术,构建了ccRCC的代谢亚型,并发现花生四烯酸代谢异常通过MDK信号通路驱动免疫抑制,为免疫治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点 | 研究主要基于测序数据和体外实验,缺乏大规模临床队列验证,且免疫治疗模型的体内效果需进一步确认 | 探究透明细胞肾细胞癌中代谢重编程与免疫耗竭的关联机制 | 透明细胞肾细胞癌患者样本及肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组化, Western blotting, ELISA, 细胞共培养 | Scissor算法, 细胞间通讯分析 | RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 未明确样本数量,但涉及ccRCC患者分组及细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1936 | 2025-12-09 |
Single-cell transcriptomics unravels the early immune landscape of renal allograft rejection and nominates Ccl3-Ccr5 as a therapeutic target
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1663251
PMID:41200203
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了肾移植早期急性排斥反应的免疫景观,并识别出Ccl3-Ccr5轴作为治疗靶点 | 首次在单细胞分辨率下描绘了肾移植早期急性排斥反应的免疫细胞动态和细胞间通讯网络,并验证了Ccl3-Ccr5轴作为治疗靶点的潜力 | 研究基于大鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;样本时间点有限,可能未覆盖所有动态变化 | 阐明肾移植早期急性排斥反应的免疫细胞动态和局部细胞间通讯机制,并探索潜在治疗靶点 | 大鼠肾移植模型中的CD45+免疫细胞 | 数字病理学 | 肾移植排斥反应 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),多重免疫荧光,治疗干预实验 | 无监督聚类,细胞轨迹推断,细胞间通讯网络分析 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 大鼠肾移植模型在移植后第0、1、3、7天采集的CD45+免疫细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1937 | 2025-12-09 |
Identification of novel lipid metabolism-related biomarkers of aortic dissection by integrating single-cell RNA sequencing analysis and machine learning algorithms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1681989
PMID:41246346
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序分析和机器学习算法,识别了主动脉夹层中与脂质代谢相关的新型生物标志物PLIN2和PLIN3 | 采用多模态策略结合单细胞RNA测序和机器学习,首次将PLIN2和PLIN3确定为主动脉夹层中脂质代谢的关键调节因子,并探索其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力 | 研究主要基于计算分析和动物模型验证,缺乏大规模临床样本的直接验证,且分子机制需进一步实验探究 | 识别主动脉夹层中与脂质代谢失调相关的新型生物标志物,以阐明其病理机制并探索潜在治疗靶点 | 主动脉夹层患者样本和Ang II诱导的主动脉夹层小鼠模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习算法, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 细胞间通讯分析, 伪时间轨迹重建, 分子对接 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 主动脉夹层和对照样本的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1938 | 2025-12-09 |
Correction: Single-cell transcriptomics unravels the early immune landscape of renal allograft rejection and nominates Ccl3-Ccr5 as a therapeutic target
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1740964
PMID:41357176
|
correction | 本文是对先前发表文章的更正,涉及肾脏移植排斥早期免疫景观的单细胞转录组学研究 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1939 | 2025-12-09 |
Correction: Identification of novel lipid metabolism-related biomarkers of aortic dissection by integrating single-cell RNA sequencing analysis and machine learning algorithms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1742065
PMID:41357238
|
correction | 本文是对先前一篇关于整合单细胞RNA测序分析和机器学习算法识别主动脉夹层新型脂质代谢相关生物标志物文章的更正 | NA | NA | NA | NA | NA | 主动脉夹层 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1940 | 2025-12-08 |
Regenerative teeth induced by in vitro mesenchymal cells in mice via repressing BMP4 and activating retinoic acid/osteopontin
2025-Dec-05, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-025-00271-9
PMID:41345270
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研究论文 | 本研究开发了一种优化的N2B27培养基,成功在小鼠中通过抑制BMP4和激活视黄酸/骨桥蛋白,诱导了体外培养的牙间充质细胞再生牙齿 | 开发了能维持牙间充质细胞成牙潜能长达14天的优化培养基,显著优于传统方法(≤24小时),并揭示了BMP4抑制和骨桥蛋白/视黄酸激活在牙齿再生中的关键机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类细胞或临床环境中验证,且培养基的长期效果和安全性需进一步评估 | 研究牙齿再生中牙间充质细胞的体外培养和功能维持,以推进组织工程应用 | 小鼠牙间充质细胞(mDMCs) | 组织工程与再生医学 | 牙齿疾病或缺失 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |