单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1921	2025-03-05	Enhanced single-cell RNA-seq embedding through gene expression and data-driven gene-gene interaction integration 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109880 PMID:39999494	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序嵌入方法，整合了基因表达谱和数据驱动的基因-基因相互作用	通过结合基因表达水平和基因-基因相互作用，提供更全面的细胞状态表示	NA	提高单细胞RNA测序数据的分析效果，增强对稀有细胞群体的检测	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据	多个数据集
1922	2025-03-05	X-scPAE: An explainable deep learning model for embryonic lineage allocation prediction based on single-cell transcriptomics revealing key genes in embryonic cell development 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109787 PMID:39946788	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞转录组学的可解释深度学习模型X-scPAE，用于预测胚胎细胞谱系分配并揭示胚胎细胞发育中的关键基因	提出了基于PCA和注意力机制的可解释深度学习模型X-scPAE，结合Counterfactual Gradient Attribution算法，能够预测细胞谱系分配并解释基因表达差异	未明确提及模型的局限性	准确预测细胞谱系分配并识别谱系间的基因表达差异，以理解细胞分化过程并减少早期妊娠流产	人类和小鼠的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学	PCA-based deep learning attention autoencoder (X-scPAE)	单细胞转录组数据	未明确提及样本数量
1923	2025-03-05	Profiling Multiple CD8+ T-cell Functional Dimensions Enhances Breast Cancer Immune Assessment 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0235 PMID:39715293	研究论文	本研究开发了基于bulk RNA测序的FuncDimen模型，用于评估CD8+ T细胞在五个功能维度上的表现，以增强乳腺癌的免疫评估	通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，开发了FuncDimen模型，能够从多个功能维度评估CD8+ T细胞的功能，从而更准确地预测乳腺癌的预后和免疫治疗反应	尽管FuncDimen模型在乳腺癌中表现出优越的预测性能，但其临床应用仍需进一步验证	提高乳腺癌免疫评估的准确性，特别是通过CD8+ T细胞的功能维度来预测预后和免疫治疗反应	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，bulk RNA测序	FuncDimen模型	RNA测序数据	乳腺癌队列及外部数据库中的样本
1924	2025-03-05	Spatial Organization of Macrophages in CTL-Rich Hepatocellular Carcinoma Influences CTL Antitumor Activity 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0589 PMID:39745778	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌（HCC）中CTL丰富区域的巨噬细胞空间组织对CTL抗肿瘤活性的影响	通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了巨噬细胞空间聚集在HCC中的免疫抑制微环境形成和预后不良中的作用	研究样本量相对较小，且主要基于HCC患者，可能不适用于其他类型的癌症	研究CTL丰富的HCC患者中巨噬细胞空间组织对CTL抗肿瘤活性的影响	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、多重原位染色	随机森林、Cox回归模型	单细胞数据、空间数据	20例CTL丰富的HCC患者，验证队列386例患者
1925	2025-03-05	Single-cell eQTL mapping reveals cell subtype-specific genetic control and mechanism in malignant transformation of colorectal cancer 2025-Mar-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1561 PMID:40029140	研究论文	本研究通过单细胞转录组、空间转录组和单核多组学技术，揭示了结直肠癌（CRC）发展过程中的细胞和分子变化及动态细胞间相互作用	创建了CRC单细胞eQTL图谱，识别了16,833对显著关联，其中76%为细胞类型特异性，且多基因风险评分显著提高了CRC风险预测	NA	揭示结直肠癌恶性转化的细胞亚型特异性遗传控制和机制	142个多阶段样本的751,531个单细胞转录组、空间转录组和单核多组学数据	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组、空间转录组、单核多组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、单核多组学数据	142个多阶段样本
1926	2025-03-05	Plasma Exosomes Derived from Patients with Primary Immune Thrombocytopenia Attenuate TBX21+ Regulatory T Cell-Mediated Immune Suppression via MiR-363-3p 2025-Mar-04, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02275-8 PMID:40032779	研究论文	本研究探讨了原发性免疫性血小板减少症（ITP）患者血浆外泌体通过miR-363-3p减弱TBX21+调节性T细胞介导的免疫抑制的机制	揭示了ITP患者外泌体通过miR-363-3p调控ARID3A/SPI1/TBX21轴，从而减弱调节性T细胞功能的机制	研究中未明确外泌体中miR-363-3p的具体来源及其在其他免疫细胞中的作用	探究ITP患者调节性T细胞功能减弱的分子机制	原发性免疫性血小板减少症（ITP）患者	免疫学	原发性免疫性血小板减少症	Treg功能检测、细胞因子分析、单细胞测序	NA	单细胞测序数据、血浆外泌体数据	ITP患者样本
1927	2025-03-05	Multimodal single-cell analyses reveal molecular markers of neuronal senescence in human drug-resistant epilepsy 2025-Mar-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI188942 PMID:40026248	研究论文	本文通过整合全细胞膜片钳记录和单细胞RNA测序技术，揭示了人类耐药性癫痫中神经元衰老的分子标志物	首次在耐药性癫痫患者的脑组织中识别出具有转录特征差异的皮质锥体神经元亚群，并发现这些神经元高表达与mTOR通路、炎症反应和细胞衰老相关的基因	研究主要基于特定类型的神经元和有限的样本，可能无法全面反映所有耐药性癫痫患者的病理变化	探索耐药性癫痫患者脑组织中神经元的基因表达变化及其与疾病机制的关系	耐药性癫痫患者的脑组织样本及小鼠模型	数字病理学	癫痫	全细胞膜片钳记录、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、组织病理学数据	耐药性癫痫患者脑组织样本及小鼠模型
1928	2025-03-05	Blood TCTP as a potential biomarker associated with immunosuppressive features and poor clinical outcomes in metastatic gastric cancer 2025-Mar-03, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010455 PMID:40032602	研究论文	本研究探讨了血浆翻译控制肿瘤蛋白（TCTP）在晚期胃癌患者中的预后和免疫学相关性	首次将血浆TCTP作为与免疫抑制特征和不良临床结果相关的潜在生物标志物进行研究	研究样本量有限，且仅针对特定治疗方案的胃癌患者	探索血浆TCTP在晚期胃癌患者中的预后和免疫学相关性	接受一线氟嘧啶加铂化疗（n=143）和三线纳武利尤单抗治疗（n=165）的胃癌患者	数字病理学	胃癌	ELISA、多重蛋白质组学分析（Olink）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	血浆样本、蛋白质表达数据、RNA测序数据	308名胃癌患者（143名接受一线化疗，165名接受三线纳武利尤单抗治疗）
1929	2025-03-05	The role of senescence-related genes in major depressive disorder: insights from machine learning and single cell analysis 2025-Mar-03, BMC psychiatry IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12888-025-06542-8 PMID:40033248	研究论文	本研究通过机器学习和单细胞分析探讨了衰老相关基因在重度抑郁症中的作用	首次结合随机森林和支持向量机递归特征消除方法识别出五个关键衰老相关基因，并通过单细胞RNA测序揭示了这些基因在MDD中的具体功能	样本量相对较小，且仅基于GEO数据库的数据进行分析	探讨衰老相关基因与重度抑郁症之间的关系	重度抑郁症患者和健康对照者	机器学习	重度抑郁症	单细胞RNA测序	随机森林（RF）、支持向量机递归特征消除（SVM-RFE）	基因表达数据	144个MDD样本和72个健康对照样本
1930	2024-09-13	From genes to geography: Mapping allergic disease landscapes with spatial transcriptomics 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.08.025 PMID:39260791	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1931	2025-03-05	Bioengineered Extracellular Vesicles Delivering siMDM2 Sensitize Oxaliplatin Therapy Efficacy in Colorectal Cancer 2025-Mar, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202403531 PMID:39440640	研究论文	本研究通过结合单细胞转录组测序和动态网络生物标志物技术，揭示了结直肠癌对奥沙利铂耐药性的早期机制，并开发了携带siMDM2的生物工程化外泌体，以提高奥沙利铂化疗的疗效	首次结合单细胞转录组测序和动态网络生物标志物技术，揭示了结直肠癌对奥沙利铂耐药性的早期机制，并开发了携带siMDM2的生物工程化外泌体	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	研究结直肠癌对奥沙利铂耐药性的机制，并开发新的治疗方法以提高化疗效果	结直肠癌细胞和小鼠模型	生物医学工程	结直肠癌	单细胞转录组测序，动态网络生物标志物（DNB），电穿孔技术	小鼠模型	转录组数据	患者来源的异种移植（PDX）模型和肝肺转移小鼠模型
1932	2025-03-05	Profiling immune cell tissue niches in the spatial -omics era 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.001 PMID:39522655	综述	本文综述了高通量空间组学技术，特别是空间转录组学，在免疫细胞组织微环境研究中的应用及其在转化免疫学中的新见解	提出了一个三步框架来定义和表征免疫微环境，并总结了空间解析方式分析适应性免疫库和淋巴细胞克隆扩增的当前方法	免疫微环境的定义标准不一致	研究免疫细胞在组织中的空间分布及其功能意义	免疫细胞及其组织环境	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间组学数据	NA
1933	2025-03-05	Single-cell RNA sequencing of chronic idiopathic erythroderma defines disease-specific markers 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.037 PMID:39694280	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，研究了慢性特发性红皮病（CIE）的分子疾病图谱，并与红皮病性皮肤T细胞淋巴瘤（eCTCL）、中重度特应性皮炎、银屑病及健康对照组进行了比较	首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了CIE患者血液和皮肤中CD8A+KLRK1+ T细胞克隆的低水平但一致的扩增模式，并发现了CIE特有的致病特征	样本量较小，仅包括5名CIE患者，可能影响结果的普遍性	建立慢性特发性红皮病（CIE）的分子疾病图谱，以改善对其致病机制的理解并发现未来的治疗靶点	慢性特发性红皮病（CIE）患者、红皮病性皮肤T细胞淋巴瘤（eCTCL）患者、中重度特应性皮炎患者、银屑病患者及健康对照个体	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	RNA测序数据	5名CIE患者、8名eCTCL患者、15名中重度特应性皮炎患者、10名银屑病患者及20名健康对照个体
1934	2025-03-05	Melatonin treatment increases skin microbiota-derived propionic acid to alleviate atopic dermatitis 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.019 PMID:39579877	研究论文	本研究探讨了褪黑激素通过调节皮肤微生物群组成，增加丙酸产生，从而缓解特应性皮炎的机制	揭示了褪黑激素通过皮肤微生物群/丙酸/GPR43/FABP5轴缓解特应性皮炎的新机制	研究主要基于小鼠模型和HaCaT细胞，人体实验数据尚不充分	探究褪黑激素治疗通过改变皮肤微生物群组成缓解特应性皮炎的机制	特应性皮炎小鼠模型和HaCaT细胞	NA	特应性皮炎	16S-rRNA测序、皮肤微生物群移植、短链脂肪酸定量检测、转录组和单细胞测序分析、定量RT-PCR、Western blotting、Cell Counting Kit-8检测	NA	NA	NA
1935	2025-03-05	CD271high cancer stem cells regulate macrophage polarization in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Mar, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107181 PMID:39854870	研究论文	本文研究了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中CD271高表达的癌症干细胞（CSCs）对肿瘤免疫微环境中巨噬细胞极化的调控作用	首次揭示了CD271在HNSCC癌症干细胞中的高表达及其对巨噬细胞极化的调控作用，为HNSCC的治疗提供了新的靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证CD271靶向治疗的有效性和安全性	探讨CD271高表达的HNSCC癌症干细胞的特性及其与肿瘤免疫微环境的相互作用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的癌症干细胞（CSCs）和巨噬细胞	癌症研究	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、qPCR	C57BL/6小鼠模型	RNA测序数据、免疫组化数据	HPSCC组织样本和小鼠模型
1936	2025-03-05	A single-cell sequencing-based analysis of a 13-year-old with maxillary sinus NUT carcinoma 2025-Mar, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107185 PMID:39862476	研究论文	本研究通过对一名13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织进行单细胞RNA测序，揭示了肿瘤微环境中上皮细胞的显著异质性	首次在NUT癌中应用单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤微环境中上皮细胞的异质性及免疫细胞浸润低的特征	样本量有限，仅针对一名患者进行研究，结果可能不具有普遍性	研究NUT癌的生物学特性、生长机制及潜在治疗靶点	13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织	数字病理学	NUT癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1名患者的肿瘤组织
1937	2025-03-05	An international perspective on the future of systemic sclerosis research 2025-Mar, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-024-01217-2 PMID:39953141	综述	本文探讨了系统性硬化症（SSc）研究的未来方向，强调了该疾病的复杂性、缺乏有效治疗方法以及新兴技术在研究中的应用	提出了利用单细胞RNA测序、下一代测序、空间生物学、转录组学、基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组分析和人工智能等新兴技术来识别早期致病事件的新途径	疾病分类、临床异质性以及建立可靠的生物标志物用于疾病活动和进展的挑战仍然存在	推动系统性硬化症（SSc）的研究，改善患者的诊断、治疗和护理	系统性硬化症（SSc）患者	医学研究	系统性硬化症	单细胞RNA测序、下一代测序、空间生物学、转录组学、基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组分析、人工智能	NA	NA	NA
1938	2025-03-05	The Exploration of Disturbance of Capillary and Photoreceptor Communication Networks in Diabetic Retinopathy Through Single-Cell RNA-Seq 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70442 PMID:40032635	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索了糖尿病视网膜病变中血管内皮细胞与感光细胞之间配体-受体相互作用的变化	首次在糖尿病视网膜病变中揭示了血管内皮细胞与感光细胞之间配体-受体相互作用的显著变化，并验证了ANGPTL4作为潜在治疗靶点的有效性	研究样本量较小，仅使用了5只Sprague-Dawley大鼠的视网膜样本	探索糖尿病视网膜病变中血管内皮细胞与感光细胞之间通信网络的扰动机制	糖尿病视网膜病变中的血管内皮细胞和感光细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序，免疫荧光染色，qPCR，免疫组化	NA	RNA测序数据，图像数据	5只Sprague-Dawley大鼠的视网膜样本
1939	2025-03-05	Cell autonomous TLR4 signaling modulates TGF-β induced activation of human cardiac fibroblasts 2025-Feb-28, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42452 PMID:40028530	研究论文	本文研究了心脏成纤维细胞中TLR4信号在TGF-β诱导的纤维化过程中的作用	揭示了TLR4作为心脏成纤维细胞中的主要免疫传感器，并展示了抑制TLR4信号如何减少TGF-β诱导的纤维化变化	研究主要基于体外实验，未涉及体内模型的验证	探讨心脏成纤维细胞中TLR4信号在纤维化过程中的调控机制	成年人类心脏成纤维细胞	细胞生物学	心血管疾病	FACS, 单细胞测序	NA	基因表达数据	来自Collagen1-α1GFP小鼠和人类心力衰竭患者的心脏成纤维细胞
1940	2025-03-05	Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (class Heterotrichea) using single-cell transcriptomes 2025-Feb-27, BMC ecology and evolution IF:2.3Q3 DOI:10.1186/s12862-025-02353-3 PMID:40011795	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据，探讨了Spirostomum属纤毛虫的系统发育和物种界定	首次利用单细胞转录组数据对Spirostomum属进行系统发育分析，揭示了隐存物种的多样性	样本量相对较小，仅包括25个新生成的转录组和12个来自GenBank的数据	通过单细胞转录组数据界定Spirostomum属的物种边界并阐明其系统发育关系	Spirostomum属的纤毛虫	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多物种溯祖模型（MSC）	转录组数据	25个新生成的Spirostomum标本转录组和12个来自GenBank的转录组