单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1901	2025-03-06	Matrix glycosaminoglycans and proteoglycans in human cornea organoids and similarities with fetal corneal stages 2025-Jan, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.11.007 PMID:39615587	研究论文	本研究通过诱导多能干细胞（iPSCs）开发了人类角膜类器官（HCOs），并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析比较了其与人类胎儿角膜的相似性	首次使用单细胞RNA测序技术比较人类角膜类器官与胎儿角膜的发育阶段相似性，并评估了其成熟度	研究结果基于两种iPSC系生成的HCOs，样本量有限，且HCOs的成熟度仍需进一步优化	评估人类角膜类器官（HCOs）的发育成熟度及其与胎儿角膜的相似性	人类角膜类器官（HCOs）和胎儿角膜	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、组织切片图像	两种iPSC系生成的HCOs（IMR90.4和NCRM-1）
1902	2025-03-06	Deciphering novel mitochondrial signatures: multi-omics analysis uncovers cross-disease markers and oligodendrocyte pathways in Alzheimer's disease and glioblastoma 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1536142 PMID:40018519	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中的新型线粒体标志物和少突胶质细胞通路	首次使用10种机器学习算法分析单细胞转录组数据，识别出跨疾病的线粒体相关细胞特异性标志物，并验证了这些标志物在多种细胞类型中的表达和甲基化数据	当前研究缺乏有效代表阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中线粒体动力学的细胞特异性标志物	揭示阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中的分子机制，特别是涉及线粒体功能障碍的机制	阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤患者	生物信息学	阿尔茨海默病, 胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单核RNA测序 (snRNA-seq), DNA甲基化分析	机器学习算法	基因表达数据, 甲基化数据	来自ROSMAP、ADNI、TCGA和CGGA队列的阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤患者的单细胞和单核RNA测序数据
1903	2025-03-06	Cytotoxic KLRG1+ IL-7R- effector CD8+ T cells distinguish kidney transplant recipients controlling cytomegalovirus reactivation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1542531 PMID:40028342	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了肾移植受者中CD8+ T细胞的转录特征和发育谱系，以区分控制巨细胞病毒（CMV）再激活的患者	揭示了CMV血清状态对CD8+记忆T细胞转录变异的影响，并识别了在CMV再激活前存在的CD28lo KLRG1hi IL-7Rlo HLA-DRhi CD8+ T细胞作为区分患者的关键特征	样本量较小，仅包括8名肾移植受者进行单细胞RNA测序，验证队列为62名患者	研究肾移植受者中CD8+ T细胞对CMV的免疫反应，以识别控制CMV再激活的患者	肾移植受者	免疫学	巨细胞病毒感染	单细胞RNA测序，免疫表型分析	NA	RNA测序数据，免疫表型数据	8名肾移植受者进行单细胞RNA测序，62名肾移植受者进行验证
1904	2025-03-06	Single-cell dual-omics reveals translational and transcriptional landscapes and regulations in oocytes from ovarian endometriosis patients 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1534648 PMID:40034233	研究论文	本研究通过单细胞转录组和翻译组测序，揭示了卵巢子宫内膜异位症患者卵母细胞的翻译和转录景观及其调控机制	首次对卵巢子宫内膜异位症患者的GV期卵母细胞进行了翻译和转录组分析，并鉴定了2480个差异表达基因	研究样本量有限，且仅针对GV期卵母细胞，未涵盖其他发育阶段的卵母细胞	探讨卵巢子宫内膜异位症患者卵母细胞质量下降的分子机制	卵巢子宫内膜异位症患者和因输卵管或男性因素导致不孕的对照者的卵母细胞	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞转录组测序、翻译组测序	NA	RNA-seq数据	卵巢子宫内膜异位症患者和对照者的卵母细胞
1905	2025-03-06	An integrated transcriptomic analysis unveils the regulatory roles of RNA binding proteins during human spermatogenesis 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1522394 PMID:40034235	研究论文	本研究通过整合转录组分析揭示了RNA结合蛋白在人类精子发生过程中的调控作用	首次全面解析了RNA结合蛋白在睾丸发育和精子发生中的表达动态，并揭示了其与非梗阻性无精子症（NOA）的关联	研究主要依赖于已发表的单细胞RNA测序数据，可能缺乏实验验证	探讨RNA结合蛋白在睾丸发育和精子发生中的表达动态及其在非梗阻性无精子症中的调控作用	人类睾丸发育和精子发生过程中的RNA结合蛋白	转录组学	非梗阻性无精子症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
1906	2025-03-06	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome analysis in bladder cancer: Current status and future perspectives 2025 Jan-Mar, Bladder cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1177/23523735251322017 PMID:40034247	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在膀胱癌研究中的应用现状及未来展望	整合scRNA-seq和ST技术，深入分析膀胱癌的细胞异质性、基因表达及细胞间相互作用，揭示了肿瘤微环境的作用机制	技术限制和获取难度是未来临床应用需要解决的主要挑战	探讨scRNA-seq和ST在膀胱癌研究中的应用，以揭示肿瘤异质性和微环境的作用机制	膀胱癌	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
1907	2025-03-06	The role of macrophages in liver metastasis: mechanisms and therapeutic prospects 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1542197 PMID:40034694	综述	本文探讨了巨噬细胞在肝转移中的作用机制及其治疗前景	深入分析了巨噬细胞在肿瘤微环境中的多种作用机制，特别是M2型巨噬细胞在促进肿瘤细胞血管生成和免疫抑制中的作用，并探讨了单细胞测序技术在探索新治疗靶点中的应用	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	研究巨噬细胞在肝转移中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	巨噬细胞、肿瘤微环境中的其他免疫细胞、肿瘤细胞	肿瘤学	肝转移	单细胞测序技术	NA	NA	NA
1908	2025-03-06	WCSGNet: a graph neural network approach using weighted cell-specific networks for cell-type annotation in scRNA-seq 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1553352 PMID:40034748	研究论文	本文介绍了一种基于图神经网络的算法WCSGNet，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释，利用加权细胞特异性网络来提高分类准确性	WCSGNet首次利用加权细胞特异性网络（WCSNs）来捕捉单个细胞内的独特基因相互作用模式，从而提高了细胞类型分类的准确性	尽管WCSGNet在多种数据集上表现出色，但其在处理不平衡数据集时的优势仍需进一步验证	开发一种新的算法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据	多种数据集
1909	2025-03-06	Deciphering ovarian cancer heterogeneity through spatial transcriptomics, single-cell profiling, and copy number variations 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317115 PMID:40036264	研究论文	本研究通过空间转录组学、单细胞分析和拷贝数变异，深入解析了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的异质性	结合单细胞转录组和空间转录组数据，揭示了HGSOC肿瘤异质性的多层次机制，并识别了MDK-NCL配体-受体对在肿瘤细胞增殖中的关键作用	样本量较小，仅涉及8名HGSOC患者，可能限制结果的普适性	解析HGSOC肿瘤异质性的机制，探索潜在的治疗靶点	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、拷贝数变异分析	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	8名HGSOC患者的5个单细胞转录组和8个空间转录组样本
1910	2025-03-06	Weighted Gene Coexpression Network Analysis Identifies Neutrophil-Related Molecular Subtypes and Their Clinical Significance in Gastric Cancer 2025, Cancer management and research IF:2.5Q3 DOI:10.2147/CMAR.S500215 PMID:40040634	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析，识别了与中性粒细胞相关的胃癌分子亚型及其临床意义	识别了两种与中性粒细胞相关的胃癌分子亚型，并揭示了三个新的关键基因（VIM、RBMS1和RGS2）与胃癌预后的高度相关性	研究依赖于单细胞RNA测序数据，样本量和数据来源可能限制了结果的普适性	提高胃癌患者的预后，通过更准确的分子分型系统	胃癌患者	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）	随机生存森林分析	RNA测序数据	NA
1911	2025-03-06	New hopes and challenges in targeted therapy and immunotherapy for primary central nervous system lymphoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1438001 PMID:40040699	综述	本文综述了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）在靶向治疗和免疫治疗方面的最新进展，讨论了这些治疗方法的疗效和挑战，并对未来治疗策略的发展进行了展望	本文通过基因测序、转录组测序和单细胞测序等技术揭示了PCNSL的发病机制和耐药性，并提出了新的治疗靶点和药物，如小分子靶向药物、免疫调节药物、免疫检查点抑制剂和CAR-T细胞疗法	尽管新的治疗策略为PCNSL患者带来了希望，但仍需进一步研究以验证其长期疗效和安全性	探讨PCNSL的靶向治疗和免疫治疗的最新进展及其疗效和挑战	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）患者，特别是复发/难治性（R/R）PCNSL患者	数字病理学	淋巴瘤	基因测序、转录组测序、单细胞测序	NA	基因数据、转录组数据、单细胞数据	NA
1912	2025-03-06	Integrative Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Identifies Plasma Cell Related Genes and Constructs a Prognostic Model for Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S509749 PMID:40040881	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）数据，识别了与肝细胞癌（HCC）发展相关的浆细胞相关基因，并构建了一个预后模型	首次通过整合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq数据，识别出浆细胞作为HCC发展的关键细胞群，并构建了一个基于浆细胞相关基因的八基因预后模型	研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验，缺乏体内实验验证	识别与HCC发展相关的关键细胞群及其机制，并构建预后模型以指导临床治疗	肝细胞癌（HCC）的肿瘤免疫微环境（TIME）	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）	预后模型	RNA测序数据	正常组织和肿瘤组织的单细胞RNA测序数据，内部和外部数据集
1913	2025-03-06	Single-cell RNA sequencing reveals the impaired epidermal differentiation and pathological microenvironment in diabetic foot ulcer 2025, Burns & trauma IF:6.3Q1 DOI:10.1093/burnst/tkae065 PMID:40040959	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病足溃疡（DFU）中表皮分化受损和病理微环境的潜在机制	首次在单细胞水平上全面分析了DFU中表皮分化受损的潜在机制，并识别了两种可能在表皮稳态受损中起关键作用的角质形成细胞亚型	研究样本量有限，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	探索糖尿病足溃疡（DFU）中表皮分化受损和病理微环境的潜在机制	人类正常皮肤、急性伤口和DFU组织	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、激光捕获显微镜结合RNA测序（LCM-seq）、多重免疫组化	NA	RNA测序数据、图像数据	人类正常皮肤、急性伤口和DFU组织样本
1914	2025-03-06	Identification of cancer-associated fibroblast signature genes for prognostic prediction in colorectal cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1476092 PMID:40041860	研究论文	本研究旨在鉴定与结直肠癌相关的成纤维细胞特征基因，并建立用于预后预测的CAFs风险模型	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与CAFs相关的差异表达基因，并建立了一个高精度的预后预测模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	鉴定与结直肠癌相关的成纤维细胞特征基因，并建立用于预后预测的CAFs风险模型	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），qRT-PCR	LASSO算法	RNA测序数据	来自GEO和TCGA数据库的结直肠癌样本
1915	2025-03-05	Mitigation of ischemia/reperfusion injury via selenium nanoparticles: Suppression of STAT1 to inhibit cardiomyocyte oxidative stress and inflammation 2025-Jul, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123119 PMID:39879840	研究论文	本文提出了一种通过静脉注射球形硒纳米颗粒（SeNPs）来缓解心肌梗死后缺血/再灌注损伤（I/RI）的策略	使用模板法合成的球形SeNPs具有显著的抗氧化和抗炎特性，能够破坏STAT1-ROS循环，从而保护线粒体呼吸并抑制caspase介导的心肌细胞凋亡	NA	研究目的是通过SeNPs缓解心肌梗死后缺血/再灌注损伤	心肌细胞和巨噬细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
1916	2025-03-05	Detection by Single-Cell RNA Sequencing of Virally Mediated Skin Diseases 2025-May, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2025.100348 PMID:40026481	研究论文	本文描述了一种基于单细胞RNA测序的策略，用于检测人类皮肤活检中的病毒转录本，从而在样本中检测病毒感染、单细胞分辨率下识别病毒感染细胞以及后续的转录组扰动	结合单细胞RNA测序数据和病毒组检测策略，提供了一种强大的方法来研究和阐明病毒介导的基因调控在健康和疾病中的作用	在已确定的非病毒介导的炎症性皮肤疾病中未发现一致的病毒感染证据	研究病毒在皮肤疾病中的作用及其精确机制	人类皮肤活检样本	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个已知病毒阳性的肿瘤样本和已知风疹相关肉芽肿患者的样本
1917	2025-03-05	Gbp2 driving macrophages dynamics in murine heart transplant 2025-Apr, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2024.102695 PMID:39709712	研究论文	本研究通过生物信息学分析，识别了在急性排斥反应中驱动巨噬细胞动态变化的关键基因Gbp2，并验证了其在巨噬细胞极化中的作用	首次发现Gbp2在急性排斥反应中调控巨噬细胞极化的关键作用，并验证其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证Gbp2的作用	识别在急性排斥反应中驱动巨噬细胞动态变化的关键基因，并评估其对巨噬细胞极化的影响	小鼠心脏移植模型中的巨噬细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、伪时间分析、hdWGCNA	NA	单细胞测序数据	小鼠心脏移植模型
1918	2025-03-05	High expression of SERPINE1 and CTSL in keratinocytes in pressure injury caused by ischemia-reperfusion injury 2025-Apr, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2025.102746 PMID:39864211	研究论文	本研究通过转录组测序、单细胞测序数据库和GeneCards数据库分析筛选与缺血再灌注损伤相关的压力性损伤（PI）候选基因，并利用机器学习算法识别关键基因SERPINE1和CTSL，验证其在PI中的预后价值	首次通过整合转录组测序、单细胞测序和机器学习算法，识别出SERPINE1和CTSL作为PI的潜在生物标志物	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类样本中进行验证	探索压力性损伤（PI）的生理机制及相关分子生物标志物，以开发有效的预防和治疗策略	压力性损伤（PI）大鼠模型	生物信息学	压力性损伤	转录组测序、单细胞测序、机器学习算法	机器学习算法（未具体说明）	基因表达数据	大鼠模型样本
1919	2025-03-05	Impaired primitive erythropoiesis and defective vascular development in Trim71-KO embryos 2025-Apr, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402956 PMID:39909558	研究论文	本文研究了RNA结合蛋白Trim71在胚胎发育中的关键作用，特别是其在原代红细胞生成和血管发育中的功能	揭示了Trim71通过NHL结构域直接调控Eomes mRNA的抑制，建立了其在胚胎发育中的基因表达控制框架	条件性敲除实验显示内皮细胞及其直接前体细胞中的Trim71表达对胚胎存活并非必需，这可能限制了其功能的全面理解	探讨Trim71在胚胎发育过程中的基因表达调控机制及其对器官发生的影响	小鼠胚胎	发育生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	E7.5阶段的小鼠胚胎
1920	2025-03-05	A novel coarsened graph learning method for scalable single-cell data analysis 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109873 PMID:39999493	研究论文	本文提出了一种新的基于哈希的特征感知图粗化方法（FACH），用于可扩展的单细胞数据分析	提出了一种新的特征感知图粗化方法（FACH），通过局部敏感哈希实现高效的单细胞数据分析，显著提高了处理速度并保留了关键数据特征	当前方法在处理速度和适应性方面存在局限，FACH方法虽然提高了效率，但可能仍需进一步验证其在不同数据集上的通用性	解决单细胞数据分析中大规模图表示的计算挑战，提高处理效率和准确性	单细胞RNA测序和质谱流式细胞术数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	图神经网络	单细胞数据	NA