单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1881	2025-06-17	Single cell RNA-sequencing reveals BHLHE40 and NDRG1 as key regulatory molecules modulating the trophoblastic senescence in preeclampsia 2025-Jun-11, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.06.009 PMID:40517485	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了BHLHE40和NDRG1在调节子痫前期滋养层细胞衰老中的关键作用	首次发现BHLHE40和NDRG1是调节子痫前期滋养层细胞衰老的关键分子，并验证了其临床预测价值	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要更多体内实验验证	探究子痫前期滋养层细胞衰老的分子机制和关键调控靶点	子痫前期患者的胎盘组织和LPS诱导的子痫前期大鼠模型	生物信息学	子痫前期	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ChIP检测, 批量转录组测序, WGCNA分析	nomogram预测模型	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE173193, GSE24129, GSE75010)和实验验证样本
1882	2025-06-17	Role and Validation of Lactylation-Related Gene Markers in Postmenopausal Osteoporosis 2025-Jun, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-025-05216-1 PMID:40131629	研究论文	本研究探讨了乳酰化相关基因标记在绝经后骨质疏松症中的作用及其验证	首次结合单细胞RNA测序和转录组数据，利用多组学数据和机器学习算法识别与PMOP因果相关的基因及诊断基因	研究样本来源和数量未明确说明，可能影响结果的普适性	探究乳酰化相关基因在绝经后骨质疏松症发展中的具体作用及其作为诊断标志物的潜力	绝经后骨质疏松症患者	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 转录组分析, 孟德尔随机化(MR)分析	多种机器学习算法组合	单细胞RNA测序数据, 转录组数据	NA
1883	2025-06-17	Genetic and genomic insights into male reproductive tract development 2025-Jun, Fertility and sterility IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.fertnstert.2025.03.024 PMID:40174856	综述	本文回顾了男性生殖道（MRT）发育的遗传和基因组分析，强调了单细胞测序在发现细胞类型和细胞过程中的应用	利用单细胞测序技术揭示了MRT发育中的细胞类型和过程，并系统性地整理了与MRT发育相关的表型术语和基因	小鼠数据与人类数据在表型术语和基因关联上存在差异，需要进一步的知识协调	理解男性生殖道发育的遗传基础及其与成年后医疗结果的关系	男性生殖道发育相关的基因和表型	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	涉及269个独特基因和35个表型术语
1884	2025-06-17	Longitudinal single-cell analysis reveals RUNX1T1 as an early driver in treatment-induced neuroendocrine transdifferentiation 2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653660 PMID:40463134	研究论文	通过纵向单细胞分析揭示了RUNX1T1作为治疗诱导神经内分泌转分化的早期驱动因素	首次在患者来源的异种移植模型中识别出一个新的早期中间过渡细胞状态，并发现RUNX1T1作为神经内分泌转分化的关键转录调节因子	研究仅基于单一患者来源的异种移植模型，可能限制了结果的普适性	探索治疗诱导神经内分泌前列腺癌(t-NEPC)发展过程中的时间动态和分子驱动因素	前列腺腺癌向神经内分泌癌转分化过程	癌症生物学	前列腺癌	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	患者来源的异种移植模型(PDX)	单细胞转录组数据	7个时间点的样本(从去势前到复发NEPC)
1885	2025-06-17	Spatial transcriptomics highlights B cells as key contributors to a complete and durable response to chemo-immunotherapy in a patient with resectable NSCLC 2025-May-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011563 PMID:40350207	research paper	该研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示B细胞在可切除非小细胞肺癌患者对化疗免疫疗法产生完全和持久反应中的关键作用	利用空间转录组学结合单细胞RNA测序和血清蛋白质组分析，首次揭示了B细胞在不同成熟状态下的关键作用，并观察到治疗后原发肿瘤中三级淋巴结构的形成	研究仅基于一个病例，样本量有限，需要更大规模的研究验证结果	探索可切除非小细胞肺癌患者对化疗免疫疗法产生完全和持久反应的分子机制	一名可切除非小细胞肺癌伴同步脑转移的患者	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, single-cell RNA-sequencing, serum proteomic profiling	NA	transcriptomic data, proteomic data	1名患者（包括治疗前脑转移灶和治疗后原发肺肿瘤组织）
1886	2025-06-17	Hepatic stellate cell heterogeneity: Functional aspects and therapeutic implications 2025-May-08, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001386 PMID:40338161	综述	本文综述了肝星状细胞（HSCs）在健康和疾病肝脏中的异质性及其功能	整合了单细胞测序、空间转录组学及临床前和临床数据，提供了对HSC异质性的最新理解	NA	探讨HSC异质性在肝脏稳态和疾病中的作用及其治疗潜力	肝星状细胞（HSCs）及其与肝细胞、内皮细胞、巨噬细胞/单核细胞、T细胞和肿瘤细胞的相互作用	NA	肝病	单细胞测序, 空间转录组学	NA	NA	NA
1887	2025-06-17	Revolutionizing cancer treatment: Navigating the intricate landscape of cellular signaling networks 2025-May, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University IF:2.1Q3 DOI:10.17219/acem/205024 PMID:40418208	研究论文	探讨癌症治疗中细胞信号网络的动态重连及其对治疗抵抗的影响	利用单细胞多组学、空间转录组学和AI驱动的网络建模等创新技术解析癌症的适应性机制	未提及具体研究样本大小或数据类型的限制	通过整合系统生物学与计算和实验方法，设计能够克服癌症进化适应性的适应性疗法	肿瘤细胞、非编码基因组和微环境之间的动态交互	系统生物学	癌症	单细胞多组学、空间转录组学、AI驱动的网络建模	AI-powered network modeling	多组学数据	NA
1888	2025-06-17	Single-cell chromatin accessibility landscape profiling reveals the diversity of epigenetic regulation in the rat nervous system 2025-Jan-24, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04432-y PMID:39856121	研究论文	通过单细胞ATAC-seq技术分析大鼠神经系统中的染色质可及性，揭示细胞类型特异性调控元件及其在脑功能中的作用	首次在大鼠神经系统多个脑区生成单细胞染色质可及性图谱，并整合RNA-seq数据构建少突胶质前体细胞中以Jun转录因子为中心的基因调控网络	研究仅针对成年大鼠，未涵盖发育阶段或其他物种	解析哺乳动物神经系统的表观遗传调控多样性	16个大鼠脑区的174,593个高质量细胞核	表观遗传学	神经系统疾病	scATAC-seq, 单核RNA-seq	基因调控网络(GRN)	表观基因组数据	174,593个细胞核(来自16个脑区)
1889	2025-06-16	Mechanism of Dihydroartemisinin in activating macrophages to enhance host resistance to malaria 2025-Jul-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156913 PMID:40450979	research paper	本研究探讨了双氢青蒿素（DHA）在治疗疟疾过程中促进巨噬细胞向M1表型极化的分子机制	首次揭示了DHA通过上调NLRP12表达促进巨噬细胞M1极化的分子机制，并发现NLRP12缺失会抑制炎症相关细胞因子的分泌	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	阐明DHA激活巨噬细胞增强宿主抗疟疾抵抗力的分子机制	巨噬细胞（小鼠RAW 264.7细胞系和小鼠原代巨噬细胞）	免疫学	疟疾	流式细胞术、单细胞RNA测序、无标记定量蛋白质组学分析	小鼠疟疾模型	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠巨噬细胞系和原代巨噬细胞
1890	2025-06-16	Pro-Inflammatory Immune Microenvironment and THBS1-Positive Monocytes as Drivers of Osteoclastogenesis in Postmenopausal Osteoporosis 2025-Jun-14, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf083 PMID:40515615	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了绝经后骨质疏松症(PMOP)患者骨髓微环境的细胞景观，并确定了关键的破骨细胞生成通路	首次提供了PMOP患者骨髓微环境的单细胞转录组数据，并鉴定了具有破骨细胞生成潜力的单细胞亚群(THBS1+)	样本量相对较小(10例PMOP患者和10例对照)	阐明绝经后骨质疏松症的发病机制并寻找潜在治疗靶点	绝经后骨质疏松症患者的骨髓细胞	单细胞转录组学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	20例样本(10例PMOP患者和10例对照)，共93,867个细胞
1891	2025-06-16	CXCL6 Is a Novel Biliary Marker and a Downstream Target of MMP7 in Biliary Atresia 2025-Jun-14, Hepatology research : the official journal of the Japan Society of Hepatology IF:3.9Q1 DOI:10.1111/hepr.14217 PMID:40515742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了CXCL6作为MMP7的下游靶标在胆道闭锁中的新型胆道标志物作用	首次发现CXCL6是MMP7的下游靶标，并确认其作为胆道闭锁的新型胆道标志物	未明确MMP7-CXCL6通路在胆道闭锁发病机制中的具体分子机制	探究MMP7在胆道闭锁发病中的下游信号通路	胆道闭锁患者的肝脏组织和血清样本	分子病理学	胆道闭锁	scRNA-seq, QRT-PCR, 免疫组化, western blot, ELISA, 免疫荧光	NA	RNA测序数据, 蛋白质表达数据	胆道闭锁患者与非胆道闭锁胆汁淤积患者及正常对照的肝脏和血清样本
1892	2025-06-16	Integrated Metabolomics and Spatial Transcriptomics of Cystic Pancreatic Cancer Precursors Reveals Dysregulated Polyamine Metabolism as a Biomarker of Progression 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931 PMID:40184234	研究论文	通过代谢组学和空间细胞转录组学分析囊性胰腺癌前体，揭示多胺代谢失调作为进展的生物标志物	首次整合代谢组学和空间转录组学技术，识别出多胺代谢途径的紊乱与胰腺癌前体恶性风险相关	样本量相对有限（125例患者），且未涉及长期随访数据验证生物标志物的临床效用	鉴定可用于评估胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）恶性风险的代谢标志物	125例低级别（LG）或高级别（HG）异型增生IPMN患者的囊液及组织样本	癌症代谢组学	胰腺癌	非靶向代谢组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	125例患者囊液样本（含LG/HG异型增生及IPMN/PDAC病例）
1893	2025-06-16	Single-Cell Transcriptomic Landscape Deciphers Intratumoral Heterogeneity and Subtypes of Acral and Mucosal Melanomas 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3164 PMID:40192737	研究论文	通过单细胞转录组和基因组分析，揭示了肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的瘤内异质性、微环境特征及亚型特异性治疗策略	首次全面比较了肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的单细胞转录组特征，发现了亚型特异性的基质-免疫互作模式和分子程序，并提出了精准治疗靶点	样本量相对有限（42例），且未涵盖所有黑色素瘤亚型	解析肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的瘤内异质性及微环境特征，探索亚型特异性治疗策略	42例黑色素瘤样本（28例肢端型，11例黏膜型，3例非肢端皮肤型）	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、全外显子组测序、体外功能实验（迁移实验、共培养系统）和体内异种移植模型	NA	单细胞转录组数据、基因组数据	42例黑色素瘤样本（28 AM, 11 MM, 3非肢端皮肤型）
1894	2025-06-16	Using proteomics and single-cell sequencing to analyze the pathogenesis of recurrent implantation failure associated with uterine natural killer cells 2025-Jun-13, Archives of gynecology and obstetrics IF:2.1Q2 DOI:10.1007/s00404-025-08074-8 PMID:40514455	研究论文	通过蛋白质组学和单细胞测序技术分析复发性植入失败（RIF）与子宫自然杀伤细胞（NK细胞）相关的发病机制	首次整合蛋白质组学和单细胞测序数据，鉴定出与RIF相关的三个关键基因（AMPD3、H6PD和PAK2）以及HR转录因子对PAK2的调控作用	样本量较小（6例RIF患者和6例对照），需要更大规模的研究验证结果	探究复发性植入失败的分子机制，特别是NK细胞在其中的作用	复发性植入失败患者的子宫内膜组织和NK细胞	生殖医学	不孕症	蛋白质组学、单细胞测序	NA	蛋白质组数据、单细胞测序数据	6例RIF患者和6例对照的子宫内膜组织
1895	2025-06-16	Exploring the molecular mechanisms of lactylation-related biological functions and immune regulation in sepsis-associated acute kidney injury 2025-Jun-12, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01745-5 PMID:40504273	研究论文	本研究探讨了乳酰化相关基因在脓毒症相关急性肾损伤(SA-AKI)中的表达模式及功能作用	首次系统研究了乳酰化修饰在SA-AKI中的作用机制，鉴定了关键基因PECR和TP53I3及其与免疫调节的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索乳酰化相关基因在SA-AKI中的分子机制	脓毒症相关急性肾损伤患者样本	生物信息学	急性肾损伤	转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、机器学习算法(Lasso回归和随机森林)	Lasso回归、随机森林	转录组数据	GSE232404数据集中的SA-AKI样本
1896	2025-06-16	Comprehensive analysis of SELPLG as a potential immunotherapy target and prognostic biomarker in oncology 2025-Jun-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02934-0 PMID:40504320	研究论文	通过生物信息学分析全面评估SELPLG作为潜在免疫治疗靶点和预后生物标志物在肿瘤学中的作用	首次全面分析SELPLG在不同癌症类型和阶段的表达模式及其与免疫细胞浸润的关系	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	评估SELPLG作为癌症预后和治疗靶点的潜力	多种癌症类型中的SELPLG表达	生物信息学	多种癌症	生物信息学分析、单细胞测序、基因集富集分析(GSEA)	Cox比例风险回归模型	mRNA表达数据、单细胞测序数据、突变数据	多种癌症类型的肿瘤和正常组织样本
1897	2025-06-16	Integrative exome sequencing and machine learning identify MICB and interferon pathway genes as contributors to SSc risk 2025-Jun-12, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.05.009 PMID:40514331	研究论文	通过整合外显子测序和机器学习，识别出MICB和干扰素通路基因作为系统性硬化症(SSc)的风险因素	使用进化行动-机器学习(EAML)框架、单细胞RNA测序(scRNA-seq)和表达数量性状位点(eQTL)分析，识别出新的蛋白质编码变异和致病通路	研究主要基于高加索人和欧洲人后裔的数据，可能不适用于其他人群	识别系统性硬化症(SSc)的新风险位点和机制通路	系统性硬化症(SSc)患者和对照组的遗传数据	机器学习	系统性硬化症	外显子测序(ES)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析	EAML	遗传数据、RNA测序数据	初始GWAS研究包括2,559例SSc患者和893例对照，复制阶段包括9,846例SSc患者和18,333例对照
1898	2025-06-16	Perturb-Multimodal: A platform for pooled genetic screens with imaging and sequencing in intact mammalian tissue 2025-Jun-11, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.022 PMID:40513557	研究论文	介绍了一种名为Perturb-Multi的配对成像和测序方法，用于在组织中构建大规模多模态基因型-表型图谱	开发了Perturb-Multi平台，结合成像和测序技术，能够在完整哺乳动物组织中进行大规模基因筛选	目前仅在小鼠肝脏中进行了应用，尚未扩展到其他组织或物种	解析组织中基因对细胞和组织表型的遗传控制	小鼠肝脏中的细胞	基因组学	NA	成像技术、单细胞测序	NA	图像数据、基因表达数据	数百个基因扰动
1899	2025-06-16	Elucidating Cellular Senescence-related Genes in Benign Prostatic Hyperplasia Through Mendelian Randomization and Single-cell RNA Sequencing 2025-Jun-10, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences DOI:10.1093/gerona/glaf073 PMID:40269514	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，识别与良性前列腺增生（BPH）因果相关的细胞衰老相关基因，并分析它们在不同前列腺细胞中的表达和调控网络	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，系统地识别与BPH因果相关的细胞衰老基因，并揭示其表达模式和调控网络	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源仅限于特定数据库（eQTLGen、FinnGen Consortium和UKB）	阐明细胞衰老相关基因在良性前列腺增生中的作用机制	良性前列腺增生（BPH）患者的前列腺细胞	生物信息学	前列腺增生	孟德尔随机化、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自eQTLGen、FinnGen Consortium和UKB数据库的数据
1900	2025-06-16	Rapid generation of functional vascular organoids via simultaneous transcription factor activation of endothelial and mural lineages 2025-Jun-10, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.05.014 PMID:40516530	研究论文	本文提出了一种通过同时激活内皮和壁细胞谱系的转录因子来快速生成功能性血管类器官的方法	利用正交激活ETV2和NKX3.1转录因子，实现了内皮细胞和壁细胞的高效共分化，5天内即可生成功能性3D血管类器官	NA	开发一种快速生成功能性血管类器官的方法，用于血管建模、疾病研究和再生细胞治疗	诱导多能干细胞(iPSCs)分化的内皮细胞(iECs)和壁细胞(iMCs)	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA