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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1881 | 2025-12-11 |
TLR4 Induces PANoptosis in Annulus Fibrosus Cells by Activating NLRP12 in Intervertebral Disc Degeneration
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S556950
PMID:41357845
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研究论文 | 本研究揭示了TLR4通过激活NLRP12诱导纤维环细胞发生PANoptosis,从而推动椎间盘退变进程 | 首次在纤维环细胞中鉴定出PANoptosis的发生,并阐明了TLR4-NLRP12轴在这一过程中的调控作用 | 研究主要基于细胞和动物模型,其结论在人体中的普适性有待进一步验证 | 探究TLR4-NLRP12轴如何调控纤维环细胞的PANoptosis并影响椎间盘退变进展 | 纤维环细胞、大鼠椎间盘退变模型 | 单细胞组学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序、Western blot、TUNEL染色、流式细胞术、X射线成像、组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质印迹数据、成像数据、流式数据 | 健康与退变的纤维环组织(用于scRNA-seq)、体外培养的纤维环细胞、大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1882 | 2025-12-11 |
Acetylcholine in the gingival epithelium drives the pathogenesis of periodontitis
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1701252
PMID:41358003
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研究论文 | 本研究揭示了乙酰胆碱在牙周炎发病机制中的复杂作用,并提出了一个新的“神经-上皮-免疫轴”概念 | 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了牙龈上皮在牙周炎状态下神经信号通路的功能重编程,并明确了乙酰胆碱在牙周炎中兼具保护上皮屏障和驱动炎症破坏的双重作用 | 研究主要基于体外细胞实验和动物模型,其在人体内的直接作用和临床转化效果仍需进一步验证 | 探究神经递质乙酰胆碱在牙周炎发病机制中的作用 | 人类牙龈样本、人类口腔角质形成细胞(HOKs)、小鼠牙周炎模型 | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 205,334个细胞(来自40个人类牙龈样本),46,230个25 μm²空间转录组点 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1883 | 2025-12-11 |
Multi-omics integration analysis based on plasma circulating proteins reveals potential therapeutic targets for ulcerative colitis
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1686282
PMID:41358199
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据,识别了溃疡性结肠炎的潜在诊断和治疗生物标志物 | 结合孟德尔随机化、差异表达分析和多种机器学习算法,系统筛选核心枢纽基因,并构建了诊断模型和调控网络 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证核心基因的生物学功能 | 识别溃疡性结肠炎的诊断和治疗生物标志物 | 溃疡性结肠炎患者数据和小鼠模型 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 孟德尔随机化、差异表达分析、机器学习算法、单细胞RNA测序、RT-qPCR | 机器学习算法(未指定具体类型)、列线图模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、单细胞测序数据 | 未明确指定样本数量,涉及公共数据库数据和DSS诱导的UC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1884 | 2025-12-11 |
Prognostic model for lung adenocarcinoma based on experimental drug-resistant cell lines and clinical patients
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1654426
PMID:41358202
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研究论文 | 本研究通过整合体外耐药细胞系数据和临床患者信息,构建了一个基于免疫微环境特征和体外耐药机制的肺腺癌预后模型 | 首次将体外实验建立的EGFR-TKIs耐药细胞系(厄洛替尼、吉非替尼、奥希替尼耐药)的RNA测序数据与TCGA-LUAD临床数据相结合,构建了一个3基因(PPP1R3G, CREG2, LYPD3)风险评分模型,并利用单细胞RNA-seq数据解析了EGFR突变型与野生型肿瘤的表达模式 | 模型仅在公开数据集(TCGA)和体外细胞系中进行验证,缺乏大规模前瞻性临床队列的独立验证 | 开发一个整合免疫微环境特征和体外耐药机制的预后模型,以预测肺腺癌患者对EGFR-TKIs的治疗反应和生存结局,并指导个体化治疗策略 | 肺腺癌(LUAD)患者、HCC827肺腺癌细胞系及其EGFR-TKIs(厄洛替尼、吉非替尼、奥希替尼)耐药衍生株 | 生物信息学与计算生物学 | 肺癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、RT-PCR、LASSO-COX回归分析、基因集变异分析(GSVA) | LASSO-COX比例风险模型、列线图(Nomogram) | 基因表达数据、临床数据 | TCGA-LUAD数据集中的肺腺癌患者样本、HCC827细胞系及其耐药衍生株(厄洛替尼耐药、吉非替尼耐药、奥希替尼耐药)、单细胞RNA-seq数据集GSE241934 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1885 | 2025-12-10 |
MyD88 Deficiency Protects Mice From Experimental Autoimmune Encephalomyelitis by Influencing Both Dendritic Cells and T Cells
2025-Dec-09, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.70079
PMID:41363121
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研究论文 | 本研究探讨了MyD88信号通路在实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)发病机制中的作用,特别是其对树突状细胞和T细胞功能及相互作用的影响 | 通过重新分析多发性硬化症(MS)患者的单细胞RNA测序数据,揭示了MyD88在DC和CD4 T细胞中的显著上调,并首次在EAE模型中系统阐明了MyD88缺陷如何通过影响DC成熟和促炎细胞因子产生来损害Th1/Th17细胞分化和T细胞激活 | 研究主要基于小鼠EAE模型,其结果向人类MS疾病的直接转化仍需进一步验证;机制研究尚未完全阐明MyD88下游的具体信号通路 | 阐明MyD88信号在实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)发病机制中,特别是在树突状细胞与T细胞相互作用方面的具体作用 | 多发性硬化症(MS)患者外周血单个核细胞、实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)小鼠模型 | NA | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1886 | 2025-12-10 |
Expanded but dysfunctional regulatory T cells in treatment-naïve autoimmune hepatitis
2025-Dec-09, Hepatology international
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12072-025-10986-1
PMID:41364306
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、流式细胞术和免疫组化等方法,评估了自身免疫性肝炎(AIH)患者中调节性T细胞(Tregs)的表型、功能和分布,发现尽管Tregs在肝脏组织中扩增,但其抑制功能受损,表明功能不稳定是AIH免疫失调的关键因素 | 首次结合单细胞RNA测序和功能实验,揭示了AIH患者Tregs在扩增的同时存在功能缺陷,特别是IL-7R上调提示的功能不稳定性 | 单细胞RNA测序样本量较小(每组仅一人),且未详细探讨Tregs功能受损的具体分子机制 | 评估AIH患者中Tregs的表型、功能和分布,并探讨其与免疫失调的潜在关联 | 57例经活检确诊的AIH患者的外周血和肝脏样本 | 免疫学 | 自身免疫性肝炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组化、共培养实验 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、免疫组化图像 | 57例AIH患者(外周血单核细胞45例,肝脏组织37例,免疫组化33例,共培养实验25例) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1887 | 2025-12-10 |
Multi-omics reveals that genes linked to succinylation regulate the onset of epilepsy through metabolic reprogramming
2025-Dec-08, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10180-6
PMID:41361022
|
研究论文 | 本研究结合孟德尔随机化和单细胞转录组技术,揭示了琥珀酰化相关基因CTBP1通过代谢重编程和神经元异质性调控促进癫痫发生的新机制 | 首次整合多组学证据,将琥珀酰化修饰基因CTBP1、血浆代谢物失调与癫痫风险联系起来,并利用单细胞转录组学在细胞类型特异性层面解析了其调控网络 | 研究主要基于观察性数据和遗传工具变量分析,因果关系的确立仍需后续实验验证;单细胞数据仅来源于颞叶,可能无法完全代表其他脑区 | 探究琥珀酰化修饰相关基因、血浆代谢物与癫痫之间的因果关系及潜在代谢介导通路 | 癫痫患者(具体样本数未明确提及)的遗传数据、血浆代谢物数据及颞叶单细胞转录组数据 | 生物信息学,多组学整合分析 | 癫痫 | 孟德尔随机化分析,单细胞RNA测序 | NA | 遗传数据(eQTL),血浆代谢物数据,单细胞转录组数据 | NA(使用了公开数据库eQTLGen和血浆代谢物数据库,以及癫痫患者颞叶单细胞数据,但具体样本数未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1888 | 2025-12-10 |
CXCL12 deficiency promotes colorectal cancer progression and reduces anti-PD-L1 immunotherapy efficacy through MDSC regulation
2025-Dec-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07309-1
PMID:41351014
|
研究论文 | 本研究探讨了CXCL12缺乏如何通过调控髓源性抑制细胞(MDSC)促进结直肠癌进展并降低抗PD-L1免疫疗法的疗效 | 首次将CXCL12缺乏与MDSC调控及抗PD-L1耐药性联系起来,并识别了CPEB3、DDX39B和SIDT2作为结直肠癌的新型生物标志物 | 研究机制仍需进一步深入探索,且临床转化策略有待优化 | 阐明CXCL12缺乏在结直肠癌进展及抗PD-L1免疫疗法耐药性中的作用机制 | 结直肠癌细胞、动物模型以及单细胞转录组数据 | 生物信息学与肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序、体外细胞实验、体内动物实验 | 机器学习方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1889 | 2025-12-10 |
Single cell and spatial transcriptomic profiling of the type 2 diabetic coronary microcirculation and myocardium
2025-Dec, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-025-01144-7
PMID:41203872
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,探究了2型糖尿病小鼠冠状动脉微循环和心肌的转录组差异,揭示了与脂肪生成、脂肪酸代谢和氧化磷酸化相关的基因上调 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,全面解析2型糖尿病中冠状动脉微血管疾病的转录组特征,并识别出关键调控基因如Angplt4、Ephx2、Hmgcs2、Acot2、Pdk4和Ech1 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本,且样本规模有限,可能无法完全反映人类疾病的复杂性 | 探究2型糖尿病中冠状动脉微血管疾病的转录组差异,识别新的治疗靶点通路 | 2型糖尿病小鼠的冠状动脉微循环和周围心肌组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1890 | 2025-12-10 |
distQTL: distribution quantitative trait loci identification by population-scale single-cell data
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf155
PMID:41323105
|
研究论文 | 本文提出了一种名为distQTL的新方法,利用Fréchet回归和群体规模单细胞RNA测序数据来识别分布定量性状位点 | 该方法首次将Fréchet回归应用于单细胞eQTL分析,使用完整的经验分布作为响应对象,而非简单的汇总统计量如均值,从而能更精细地解析转录调控异质性 | NA | 研究遗传变异如何影响基因表达,特别是通过识别分布定量性状位点来揭示细胞类型特异性调控 | 来自982名供者的外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | Fréchet回归 | 单细胞RNA测序数据 | 982名供者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1891 | 2025-12-10 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013692
PMID:41325434
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研究论文 | 本文介绍了lr-kallisto,一种用于长读长测序数据的转录本定量方法,旨在解决转录异构体准确量化的问题 | 开发了lr-kallisto,将kallisto方法适配于长读长技术,并证明外显子捕获能提高定量准确性 | 未明确提及具体样本量或实验验证范围,可能受限于长读长数据特性和遗传变异复杂性 | 实现长读长测序数据中转录异构体的快速准确定量 | RNA转录本,特别是全长转录异构体 | 自然语言处理 | NA | ONT长读长测序,外显子捕获 | kallisto适配模型 | 长读长RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 长读长RNA测序 | ONT平台 | Oxford Nanopore长读长测序技术,结合外显子捕获 |
| 1892 | 2025-11-16 |
Spatial Transcriptomics and Proteomics of Mycosis Fungoides Biopsies from Skin of Color Patients Reveal Biomarkers and Potential Treatment Targets
2025-Nov-17, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.10.608
PMID:41237899
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1893 | 2025-12-10 |
Four Decades of Inquiry Into the Genetic Bases of Specific Reading Disability
2025-Nov-11, Journal of speech, language, and hearing research : JSLHR
DOI:10.1044/2025_JSLHR-25-00050
PMID:41091061
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研究论文 | 本研究通过系统梳理过去四十年与特定阅读障碍相关的候选基因,并分析其进化保守性、发育表达模式和功能网络,以探究阅读障碍的遗传基础 | 挑战了存在阅读特异性基因的观念,提出特定阅读障碍反映了在人类特有大脑结构中运作的古老进化神经机制被破坏,并识别了发育表达转换和功能网络 | 研究基于文献综述和生物信息学分析,缺乏直接的实验验证,且候选基因列表可能不完全 | 探究特定阅读障碍的遗传基础,填补对阅读能力遗传结构理解的知识空白 | 175个与特定阅读障碍及阅读相关过程相关的候选基因 | 自然语言处理 | 特定阅读障碍 | 文献综述、生物信息学分析、发育转录组分析、单细胞转录组分析、功能通路分析 | NA | 基因序列数据、转录组数据、单细胞转录组数据 | NA | Allen Institute for Brain Science | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | Allen Brain Atlas | Allen Brain Atlas 发育和单细胞转录组数据集 |
| 1894 | 2025-12-10 |
GPC3-based circular RNA vaccine suppresses hepatocellular carcinoma progression by activating adaptive immune responses
2025-Nov-07, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001605
PMID:41201153
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研究论文 | 本研究开发了一种基于环状RNA(circRNA)的靶向GPC3的肝癌疫苗,并通过结合TLR4激动剂佐剂,在小鼠模型中验证了其抑制肿瘤进展、激活适应性免疫应答的疗效和机制 | 首次开发了靶向GPC3的circRNA癌症疫苗,克服了传统mRNA疫苗的不稳定性和递送效率问题,并通过结合TLR4佐剂增强了抗肿瘤免疫应答 | 研究主要基于小鼠模型,其疗效和安全性在人体中尚未验证;机制研究虽深入,但临床转化路径仍需探索 | 开发一种更稳定、高效的circRNA癌症疫苗,用于治疗肝细胞癌(HCC) | 肝细胞癌(HCC)及其肿瘤微环境(TME) | 免疫治疗,癌症疫苗 | 肝细胞癌 | 环状RNA疫苗设计,TLR4激动剂佐剂,多重免疫荧光,单细胞测序,空间转录组学,质谱流式细胞术 | NA | 测序数据,成像数据,流式细胞数据 | 小鼠模型(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1895 | 2025-12-10 |
Atomistic TCR-ligand interactions instruct memory T-cell differentiation
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686789
PMID:41279151
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组测序、TCR-pMHC相互作用的生物物理测量和结构分析,揭示了T细胞受体(TCR)与配体之间的原子水平相互作用如何指导记忆T细胞的分化命运 | 首次在分子水平上系统地将TCR的机械转导特性(如力依赖性结合)与记忆T细胞亚群(TCM与TEM)的分化联系起来,并提出了“双极性”克隆型的概念 | 研究基于小鼠模型和单一的流感病毒表位(NP),其在人类其他病原体或癌症抗原中的普适性仍需验证 | 阐明初始CD8 T细胞在抗原刺激后分化为不同记忆T细胞亚群(中央记忆TCM与效应记忆TEM)的分子机制 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型,这些克隆特异性识别由H-2D呈递的流感A病毒(IAV)免疫显性表位NP | 免疫学 | 传染病(流感病毒感染) | 单细胞转录组测序、TCR测序、生物物理测量(力依赖性相互作用)、结构分析 | NA | 转录组数据、序列数据、生物物理测量数据、结构数据 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1896 | 2025-12-10 |
scFPC-DE: Robust Differential Expression Analysis Along Single Cell Trajectories via Functional Principal Component Analysis
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.686374
PMID:41279951
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研究论文 | 本文提出了一种基于功能数据分析的单细胞轨迹差异表达分析方法scFPC-DE,用于识别沿伪时间轨迹的时间差异表达基因 | 通过功能主成分分析建模基因表达作为伪时间函数,有效捕捉共享的基因表达变异和伪时间结构,同时缓解零膨胀问题 | 未明确说明方法在复杂轨迹或多分支轨迹中的适用性,以及计算效率方面的潜在限制 | 开发一种稳健的单细胞轨迹差异表达分析方法,以更准确地识别时间差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达沿伪时间轨迹的变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 功能主成分分析 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1897 | 2025-12-10 |
Atacformer: A transformer-based foundation model for analysis and interpretation of ATAC-seq data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.685753
PMID:41279458
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研究论文 | 本文介绍了Atacformer,一种基于Transformer的基础模型,用于分析和解释ATAC-seq数据 | Atacformer是首个为scATAC-seq数据设计的基于Transformer的基础模型,能够生成单个顺式调控元件的嵌入表示,并支持跨模态对齐和RNA数据推算 | 模型在scATAC-seq数据上的迁移学习潜力尚未充分探索,且现有工具在处理大规模复杂数据集时存在限制 | 开发一个基础模型以解决scATAC-seq数据统一分析和下游任务(如聚类、细胞类型注释和参考映射)的挑战 | scATAC-seq实验数据,包括公共存储库中的近10,000个实验 | 机器学习 | NA | ATAC-seq, scATAC-seq, RNA-seq | Transformer | 基因组数据(原始片段文件、BED文件) | 近10,000个scATAC-seq实验 | NA | single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1898 | 2025-12-10 |
CeDNe: A multi-scale computational framework for modeling structure-function relationships in the C. elegans nervous system
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683805
PMID:41279576
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CeDNe的开源计算框架,用于整合秀丽隐杆线虫神经系统的多尺度数据并建模其结构-功能关系 | 开发了首个统一的开源计算框架,能够将解剖学、分子和成像数据集整合到基于图的表示中,并在单一计算环境中实现跨组学层的多模态数据分析 | 框架目前主要针对秀丽隐杆线虫开发,在其他生物神经网络中的通用性需要进一步验证 | 建立神经回路结构与功能之间的联系,实现多尺度神经回路分析 | 秀丽隐杆线虫的神经系统 | 计算神经科学 | NA | 计算建模、网络分析、神经动力学模拟 | 图神经网络、动力学网络模型 | 连接组数据、单细胞转录组数据、神经肽-受体分布数据、全脑神经活动成像数据、行为数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1899 | 2025-12-10 |
The evolving nosology of myeloid neoplasms: the semi-centennial of the 1976 French-American-British classification
2025-Nov, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02746-9
PMID:40858808
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综述 | 本文回顾了髓系肿瘤分类系统自1976年FAB分类以来的50年演变历程,重点探讨了二代测序技术对分类的影响以及未来单细胞测序和多组学技术的整合前景 | 从历史视角系统分析髓系肿瘤分类学的演变,并首次提出基于克隆造血不确定潜能(CHIP)的细胞水平达尔文主义概念框架 | 作为历史回顾性分析,缺乏原始实验数据支持;未涉及具体临床验证研究 | 追溯髓系肿瘤分类系统的发展历史,探讨新技术对疾病定义和治疗策略的影响 | 髓系肿瘤分类系统(特别是FAB分类及其后续演进) | 血液病理学 | 髓系肿瘤 | 二代测序技术,单细胞测序,多组学技术 | NA | 文献与分类标准文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1900 | 2025-12-10 |
Decoding heart failure subtypes with neural networks via differential explanation analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf581
PMID:41222558
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研究论文 | 本文介绍了一种基于神经网络和可解释AI的新方法,用于识别心力衰竭亚型特异性基因,以解码心力衰竭亚型 | 提出了一种基于自定义神经网络重要性评分的新方法,用于识别差异解释基因,优于传统方法,能更有效地揭示心力衰竭亚型特异性通路 | 方法可能依赖于神经网络模型的特定架构和参数,且在实际应用中需验证其泛化能力 | 解码心力衰竭亚型,通过识别差异基因签名来理解分子机制 | 单细胞转录组数据中的细胞,特别是与心力衰竭相关的细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq | 深度神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |