单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1861	2025-06-18	Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Analysis Reveals ECM-remodeling Cancer-associated Fibroblast-Derived POSTN as a Key Mediator in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Progression 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.108618 PMID:40520021	研究论文	通过整合单细胞转录组学和空间转录组学分析，揭示了ECM重塑的癌症相关成纤维细胞衍生的POSTN在胰腺导管腺癌进展中的关键作用	首次整合大规模单细胞转录组学和空间转录组学数据，鉴定了8种不同的成纤维细胞亚群，并发现ECM重塑成纤维细胞通过POSTN-ITGAV/ITGB5配体-受体轴促进肿瘤进展	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证，且药物抑制实验仅部分逆转了恶性表型	解析胰腺导管腺癌中成纤维细胞的异质性及其与上皮细胞的相互作用	胰腺导管腺癌(PDAC)中的成纤维细胞和上皮细胞	数字病理	胰腺癌	单细胞转录组学, 空间转录组学(ST)	NA	转录组数据	NA
1862	2025-06-18	ITLN1 exacerbates Crohn's colitis by driving ZBP1-dependent PANoptosis in intestinal epithelial cells through antagonizing TRIM8-mediated CAPN2 ubiquitination 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105550 PMID:40520022	research paper	本研究探讨了肠道上皮细胞（IECs）的PANoptosis如何促进克罗恩病（CD）进展的机制	发现了ITLN1-TRIM8-CAPN2轴在驱动IEC PANoptosis中的作用，并提出了ITLN1靶向治疗作为CD治疗的潜在策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的验证可能有限	探究克罗恩病（CD）进展中肠道上皮细胞PANoptosis的机制	克罗恩病患者的结肠组织和IL-10 KO小鼠模型	生物医学	克罗恩病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫共沉淀（Co-IP）、质谱分析（MS）、RNA-seq	IL-10 KO小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	克罗恩病患者的结肠组织和IL-10 KO小鼠
1863	2025-06-18	Enhanced resistance to Listeria infection in mice surviving sepsis: the role of lipid metabolism and myeloid cell reprogramming 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1588987 PMID:40520167	研究论文	本研究探讨了败血症存活小鼠对李斯特菌感染的增强抵抗力，揭示了脂质代谢和髓系细胞重编程的作用	发现败血症存活诱导的髓系细胞脂质代谢重编程增强了对细胞内病原体的免疫力	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究败血症存活后免疫系统如何增强对二次感染的抵抗力	败血症存活小鼠及其对李斯特菌感染的免疫反应	免疫学	败血症	单细胞RNA测序、定量RT-PCR、免疫组织化学、血清细胞因子检测、血浆脂质组学	小鼠盲肠结扎穿刺(CLP)模型	基因表达数据、脂质代谢数据、细胞表型数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
1864	2025-06-18	Research progress of colorectal cancer in genomic and transcriptomic at multi-level 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1533817 PMID:40520235	综述	本文综述了结直肠癌在基因组和转录组多层次的研究进展	从单基因、批量测序到单细胞测序三个阶段探讨结直肠癌的发生发展机制，强调了肿瘤内细胞间异质性和肿瘤微环境相互作用的重要性	未提及具体临床应用案例或治疗效果数据	探讨结直肠癌的发生、发展和转移机制	结直肠癌	基因组学与转录组学	结直肠癌	批量测序技术、单细胞测序技术	NA	基因组数据、转录组数据	NA
1865	2025-06-18	Identification of biomarkers for the diagnosis of chronic kidney disease (CKD) with dilated cardiomyopathy (DCM) by bioinformatics analysis and machine learning 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1562891 PMID:40520229	research paper	通过生物信息学分析和机器学习识别慢性肾病（CKD）伴扩张型心肌病（DCM）的诊断生物标志物	鉴定了MNS1和HERC6作为生物标志物，并开发了新的诊断列线图，为CKD伴DCM的早期诊断提供了新方法	研究依赖于公开数据集，未进行独立实验验证	开发CKD伴DCM的早期诊断方法和潜在治疗策略	慢性肾病（CKD）和扩张型心肌病（DCM）患者	生物信息学	慢性肾病和心血管疾病	生物信息学分析、机器学习（LASSO、SVM-RFE、RF）、单细胞RNA测序	LASSO、SVM-RFE、RF	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE57338、GSE29819、GSE104954、GSE145154）
1866	2025-06-18	Integrative transcriptomics and single-cell transcriptomics analyses reveal potential biomarkers and mechanisms of action in papillary thyroid carcinoma 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1536198 PMID:40520228	研究论文	通过整合转录组学和单细胞转录组学分析，揭示甲状腺乳头状癌的潜在生物标志物及其作用机制	结合RNA-seq和scRNA-seq技术，首次鉴定出ENTPD1、SERPINA1和TACSTD2作为PTC的潜在转录组水平生物标志物，并揭示了组织干细胞、上皮细胞和平滑肌细胞在PTC中的关键作用	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证	鉴定PTC的可靠诊断生物标志物并阐明其发病机制	甲状腺乳头状癌(PTC)	生物信息学	甲状腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, 生物信息学分析（差异基因表达分析、GO和KEGG富集分析、WGCNA、机器学习、ROC分析、列线图分析、GSEA）	机器学习	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE3467、GSE3678、GSE33630、GSE65144、GSE82208和GSE191288）
1867	2025-06-18	Integrative single-cell and cell-free plasma RNA transcriptomics identifies biomarkers for early non-invasive AD screening 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1571783 PMID:40520536	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和血浆游离RNA测序数据，识别出用于阿尔茨海默病早期非侵入性筛查的生物标志物	首次整合血浆游离RNA和脑单细胞RNA测序数据，识别出34个与AD病理相关的基因，并开发了基于机器学习的预测模型	血浆游离RNA的稳定性可能影响临床转化应用	开发一种非侵入性工具来检测阿尔茨海默病脑部变化	阿尔茨海默病患者和年龄匹配的对照组	digital pathology	geriatric disease	RNA-seq, scRNA-seq	support vector machine, random forest, logistic regression	RNA sequencing data	337份血浆样本(172名AD患者和165名对照)和88份脑组织样本(46名AD患者和42名对照)
1868	2025-06-18	scFocus: Detecting branching probabilities in single-cell data with SAC 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.036 PMID:40520594	研究论文	本文提出了一种名为scFocus的分析算法，用于在单细胞数据的低维潜在空间中基于强化学习和无监督分支划分细胞亚群	结合分支概率和无监督聚类，有效表征基因表达强度的变化，无需依赖先验信息	NA	提高单细胞转录组数据中细胞分化轨迹的检测精度	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	强化学习	单细胞转录组数据	十个单细胞数据集，包括小规模数据集、常见规模数据集和多批次数据集
1869	2025-06-18	The complex interplay of TROP2 and PD-L1 in immune regulation and drug resistance in lung cancer 2025, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/NHFJ1535 PMID:40520853	研究论文	本研究探讨了TROP2和PD-L1在肺腺癌中的复杂相互作用及其对药物抵抗和免疫治疗疗效的影响	揭示了TROP2和PD-L1在肺腺癌中的相互作用机制，并提出了新的诊断标志物和治疗策略	研究主要集中在肺腺癌，未涵盖其他类型的肺癌	研究TROP2和PD-L1在肺腺癌中的相互作用及其对药物抵抗和免疫治疗的影响	肺癌细胞系、肿瘤组织和免疫细胞	数字病理学	肺癌	转录组分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、免疫组织化学数据、单细胞RNA测序数据	肺癌细胞系、肿瘤组织和免疫细胞样本
1870	2025-06-18	Notable influences of estrogen and sex-specific microenvironment in colorectal cancer revealed by single-cell transcriptome analysis 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.106133 PMID:40520886	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了雌激素和性别特异性微环境在结直肠癌中的显著影响	揭示了结直肠癌中性别差异的细胞组成、功能及细胞间相互作用，并验证了雌激素信号通路激活与凋亡活性的正相关性	样本量较小（32例），且未涉及其他激素或环境因素的潜在影响	探究结直肠癌中性别特异性预后差异的生物学机制	结直肠癌患者样本及细胞系	数字病理	结直肠癌	单细胞测序、多重免疫组化、Western blot、TUNEL检测	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	32例结直肠癌样本，共167,437个细胞
1871	2025-06-18	PDGF-BB/EGR1 Axis Drives Fibroblast Activation Protein Expression to Promote Abdominal Aortic Aneurysm 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.114429 PMID:40520892	research paper	本研究探讨了成纤维细胞激活蛋白（FAP）在腹主动脉瘤（AAA）发展过程中血管平滑肌细胞（VSMCs）中的分子机制	揭示了PDGF-BB通过转录因子EGR1上调VSMCs中FAP表达的分子机制，并验证了FAP抑制剂在AAA模型中的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化需要更多验证	阐明FAP在AAA发病机制中的作用并探索其治疗潜力	血管平滑肌细胞（VSMCs）和腹主动脉瘤（AAA）	分子生物学	心血管疾病	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、PET/CT成像	小鼠AAA模型（PPE诱导）	RNA测序数据、影像数据	小鼠模型和1例人类AAA患者
1872	2025-06-18	FOS as a biomarker for myocardial infarction treatment with Deng's Yangxin Decoction: a systems biology-based analysis 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1488684 PMID:40520937	研究论文	本研究通过系统生物学方法探讨了邓氏养心汤治疗心肌梗死的潜在生物标志物及其作用机制	首次将FOS确定为邓氏养心汤治疗心肌梗死的核心生物标志物，并揭示了其与免疫浸润调控的潜在关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索邓氏养心汤治疗心肌梗死的生物标志物和作用机制	心肌梗死患者和邓氏养心汤	系统生物学	心血管疾病	加权基因共表达网络分析(WGCNA)、分子对接、CIBERSORT免疫浸润分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	基于公开数据集的心肌梗死患者和对照样本
1873	2025-06-18	Extrachromosomal circular DNA drives dynamic genome plasticity: emerging roles in disease progression and clinical potential 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.111765 PMID:40521196	综述	本文综述了染色体外环状DNA（eccDNA）的分类、生物发生、检测方法、生物学功能及其临床意义	提出了压力选择理论，认为eccDNA是细胞适应环境和治疗压力的适应性储备	在理解组织特异性作用、实现临床转化和方法标准化方面仍存在挑战	探讨eccDNA在生理调控和疾病病理中的关键作用及其临床潜力	染色体外环状DNA（eccDNA）及其在多种疾病中的作用	基因组学	癌症、心血管疾病、神经系统疾病、自身免疫性疾病和代谢性疾病	长读长测序、单细胞测序、CRISPR合成和计算工具	NA	基因组数据	NA
1874	2025-06-17	Astrocytic AEG-1 drives neuroinflammation and enhances seizure susceptibility 2025-Aug, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106957 PMID:40383165	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞中AEG-1基因在神经炎症和癫痫易感性中的作用	首次揭示了AEG-1通过NF-κB信号通路介导神经炎症和癫痫易感性的机制	研究主要基于小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞，人类临床相关性尚待验证	探究AEG-1在神经炎症和癫痫发病机制中的作用	小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞	神经科学	癫痫	单细胞RNA测序	小鼠炎症模型	基因表达数据	NA
1875	2025-06-17	Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury 2025-Aug, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982 PMID:40467009	研究论文	本研究通过多组学方法描述了脊髓损伤后细胞肿胀性坏死的特征	首次绘制了脊髓损伤后肿胀性坏死相关基因的时空表达图谱	研究主要基于动物模型，人类样本验证不足	阐明肿胀性坏死在脊髓损伤中的作用机制	脊髓损伤后的细胞死亡过程	生物医学研究	脊髓损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, TEM	NA	基因表达数据, 图像数据	大鼠脊髓损伤模型和LPS处理的PC12细胞系
1876	2025-06-17	Single-cell sequencing and machine learning reveal the role of dioxin-interacting genes in HCC prognosis and immune microenvironment 2025-Jul-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118484 PMID:40483782	研究论文	通过单细胞测序和机器学习揭示了二恶英相互作用基因在肝细胞癌预后和免疫微环境中的作用	结合单细胞和批量转录组分析及机器学习，识别了与免疫逃逸、代谢重编程和细胞周期调控相关的二恶英相互作用差异表达基因（DI-DEGs），并构建了预后模型	分子机制仍需进一步研究，实验验证仅限于体外	探究二恶英在肝细胞癌（HCC）发展中的分子机制及其对预后和免疫微环境的影响	肝细胞癌（HCC）患者和二恶英相互作用基因	数字病理学	肝癌	单细胞测序、批量转录组分析、机器学习、分子对接	机器学习模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量
1877	2025-06-17	Plaque erosion risk and JAK2 V617F variant 2025-Jun-16, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf114 PMID:40053703	research paper	该研究探讨了JAK2 V617F变异与心肌梗塞（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	首次明确了JAK2 V617F变异与斑块侵蚀风险之间的显著关联，并通过单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞激活的潜在机制	研究样本主要来自单一中心，可能限制结果的普遍性	探究JAK2 V617F变异与心肌梗塞不同机制之间的关联	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体	心血管疾病研究	心血管疾病	数字滴PCR、单细胞RNA测序	逻辑回归分析	基因测序数据、临床数据	728例侵蚀病例、919例破裂病例和804例对照
1878	2025-06-17	Decoding meningioma prognosis with multi-omics: macrophage diversity, immune-CNV interplay, and novel SPP1-targeted strategies 2025-Jun-16, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-025-05116-8 PMID:40522564	研究论文	通过多组学方法解码脑膜瘤预后，探索巨噬细胞多样性、免疫-CNV相互作用及新型SPP1靶向策略	首次结合DNA甲基化和单细胞转录组学对脑膜瘤进行分子分型，揭示了SPP1在巨噬细胞功能和预后中的关键调控作用	样本量相对有限（302对样本），且需要进一步实验验证SPP1靶向治疗的效果	探索脑膜瘤的分子分型及其与预后的关系，寻找潜在治疗靶点	302对脑膜瘤样本	数字病理	脑膜瘤	DNA甲基化测序、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq(scRNA-seq)	SCISSOR、scRank	基因组数据、转录组数据	302对脑膜瘤样本
1879	2025-06-17	Identification of potential drug targets for erectile dysfunction with single-cell RNA sequencing: A Mendelian randomization study 2025-Jun-15, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70082 PMID:40518741	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，识别了勃起功能障碍（ED）的潜在药物靶点	结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，发现了两个新的ED药物靶点，并验证了它们在特定细胞类型中的表达	研究依赖于现有的eQTL数据和ED统计摘要，可能受到样本来源和数量的限制	识别勃起功能障碍的新药物靶点，以改善当前治疗效果不佳的问题	勃起功能障碍患者	生物医学研究	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、分子对接	NA	基因表达数据、SNP数据	eQTLGen Consortium的31,684个体；两个ED队列共325,158个体（7,329 ED病例，317,829对照）
1880	2025-06-17	Advances in single-cell omics: Transformative applications in basic and clinical research 2025-Jun-14, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2025.102548 PMID:40517461	综述	本文综述了单细胞组学技术在基础和临床研究中的变革性应用	展示了单细胞组学技术在揭示细胞互作、疾病机制和治疗反应中的新见解，特别是在癌症和神经发育障碍等异质性疾病中	NA	探讨单细胞组学技术在生物学和临床应用中的关键作用	单细胞RNA测序、空间转录组学和多组学整合技术在复杂组织解析中的应用	生物信息学	癌症、神经发育障碍	单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学整合	NA	单细胞组学数据	NA