单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1821	2025-03-08	Analysis of human neutrophils from nasal polyps by single-cell RNA sequencing reveals roles of neutrophils in chronic rhinosinusitis 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.032 PMID:39522652	研究论文	通过单细胞RNA测序分析鼻息肉中的人类中性粒细胞，揭示了中性粒细胞在慢性鼻窦炎中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术分析鼻息肉组织中的中性粒细胞，揭示了其在慢性鼻窦炎中的异质性和潜在致病作用	样本量较小，仅包括5个对照鼻窦组织、5个鼻息肉组织和匹配的外周血样本	揭示中性粒细胞在鼻息肉组织中的作用和异质性	鼻息肉组织中的中性粒细胞	单细胞RNA测序	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	5个对照鼻窦组织、5个鼻息肉组织和匹配的外周血样本
1822	2025-03-08	Fuzzy-Based Identification of Transition Cells to Infer Cell Trajectory for Single-Cell Transcriptomics 2025-Mar, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2023.0432 PMID:39670822	研究论文	本文提出了一种基于模糊聚类的新型单细胞轨迹推断方法scFCTI，用于识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并重构包含过渡路径的单细胞轨迹	引入模糊聚类和量化细胞不确定性，能够识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并获得更精确的单细胞轨迹重构	未提及具体局限性	开发一种新的单细胞轨迹推断方法，以更准确地识别细胞发育过程中的过渡细胞并重构细胞轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	模糊聚类	单细胞RNA测序数据	五个真实数据集和四个不同结构的模拟数据集
1823	2025-03-08	A creatine efflux transporter in oligodendrocytes 2025-Mar, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.17382 PMID:39792585	研究论文	本文研究了转运蛋白SLC22A15在少突胶质细胞中控制肌酸释放的功能	首次确定SLC22A15为少突胶质细胞中控制肌酸释放的关键转运蛋白，填补了脑内肌酸代谢理解的关键空白	研究主要基于体外实验，尚未在体内验证SLC22A15的功能	探索肌酸从产生细胞释放的机制	少突胶质细胞和SLC22A15转运蛋白	生物医学	NA	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、质谱数据	293细胞、人类和小鼠的mRNA数据
1824	2025-03-08	Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009 PMID:39837466	综述	本文综述了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用，重点介绍了数据处理和分析方法	通过保留细胞的空间定位信息，空间转录组学技术提供了传统转录组学方法无法获得的组织结构和细胞相互作用的关键见解	NA	总结空间转录组学领域的最新发展及其在过敏和炎症研究中的应用	过敏和炎症相关疾病	数字病理学	过敏和炎症	空间转录组学	NA	单细胞基因表达数据	NA
1825	2025-03-08	Modeling GATA2 deficiency in mice: the R396Q mutation disrupts normal hematopoiesis 2025-Mar, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02508-z PMID:39774796	研究论文	本文描述了一种模拟GATA2缺陷的小鼠模型，特别是R396Q突变对正常造血功能的影响	本研究首次创建了一种模拟GATA2缺陷中与白血病进展相关的R396Q突变的小鼠模型，揭示了该突变对造血干细胞功能和特定干细胞亚群的内在偏好的影响	尽管该模型揭示了GATA2缺陷的一些关键机制，但仍需进一步研究以验证这些发现是否适用于人类患者	研究GATA2缺陷中R396Q突变对造血功能的影响及其与白血病进展的关联	GATA2缺陷小鼠模型	生物医学研究	白血病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
1826	2025-03-08	Topical TYK2 inhibitor ameliorates psoriasis-like dermatitis via the AKT-SP1-NGFR-AP1 pathway in keratinocytes 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70256 PMID:40038877	研究论文	本研究探讨了局部应用TYK2抑制剂对银屑病的疗效及其作用机制	揭示了TYK2抑制剂通过AKT-SP1-NGFR-AP1通路调节角质形成细胞炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	研究局部应用TYK2抑制剂对银屑病的治疗效果及其作用机制	银屑病小鼠模型和人类角质形成细胞	皮肤病学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、RNA测序、双荧光素酶报告基因检测、ChIP-qPCR	NA	基因表达数据、细胞表型数据	银屑病小鼠模型和人类角质形成细胞
1827	2025-03-08	Deep learning-based cell-specific gene regulatory networks inferred from single-cell multiome data 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf138 PMID:40037709	研究论文	本文介绍了一种名为scMultiomeGRN的深度学习框架，用于从单细胞多组学数据中推断细胞特异性基因调控网络	scMultiomeGRN通过独特整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，构建了转录因子网络图结构，并利用模态特定的邻居聚合器和跨模态注意力模块学习转录因子的潜在表示	单细胞测序数据的高丢失率可能影响基因调控网络的推断	开发一种深度学习框架，以从单细胞多组学数据中推断细胞特异性基因调控网络	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序	深度学习框架	单细胞多组学数据	多个基准数据集
1828	2025-03-08	Increased ocular plasma cells induce damaging α-synuclein+ microglia in autoimmune uveitis 2025-Feb-25, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.007 PMID:40015479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，揭示了自身免疫性葡萄膜炎（AIU）中α-突触核蛋白阳性小胶质细胞的主要损伤作用，并发现眼内浸润的浆细胞通过表达炎症因子促进这些细胞的产生	首次识别出MUC1浆细胞作为主要致病亚型，并揭示了Rab1A小G蛋白在浆细胞生存和炎症反应中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究较少，可能限制了结果的普适性	探索自身免疫性葡萄膜炎中免疫细胞亚群及其对视网膜损伤的贡献，以开发有效治疗方法	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型和Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）患者的浆细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序，免疫荧光	NA	RNA测序数据，免疫荧光图像	EAU小鼠模型和VKH患者的浆细胞样本
1829	2025-03-08	Pluripotency factor Tex10 finetunes Wnt signaling for spermatogenesis and primordial germ cell development 2025-Feb-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57165-2 PMID:39988597	研究论文	本文研究了睾丸特异性转录因子Tex10在精子发生和原始生殖细胞发育中的作用	揭示了Tex10通过调控Wnt信号通路在精子发生和原始生殖细胞发育中的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨Tex10在精子发生和原始生殖细胞发育中的分子机制	小鼠模型和胚胎干细胞	生殖生物学	男性不育	条件性基因敲除、dTAG-degron技术、RNA测序、单细胞RNA测序、染色质占据研究	NA	基因表达数据、染色质数据	Tex10敲除小鼠模型和dTAG-degron胚胎干细胞
1830	2025-03-08	Single-cell transcriptomic analysis reveals distinct plasma cell populations in chronic thromboembolic pulmonary hypertension 2025-Feb-16, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH IF:5.5Q1 DOI:10.1016/j.jtha.2025.02.010 PMID:39965671	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）中浆细胞的不同群体	新发现了AHNAK和IGLC3浆细胞亚群，并揭示了它们在CTEPH中的独特分化和功能特征	样本量相对较小，仅包括5名CTEPH患者和6名正常肺动脉样本	识别CTEPH中浆细胞的表型和分化模式的变化	CTEPH患者的肺动脉内膜切除术组织和正常肺动脉组织	单细胞转录组学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	5名CTEPH患者和6名正常肺动脉样本，以及273名CTEPH患者、259名IPAH患者和251名健康对照的血清免疫球蛋白数据
1831	2025-03-08	The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments 2025-Feb-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5977005/v1 PMID:39989953	研究论文	本文研究了环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并开发了一种新的模拟器ambisim来评估这些方法	开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成现实的联合snRNA/snATAC数据，用于评估解复用方法	研究主要基于模拟数据，实际应用中的效果可能需要进一步验证	评估环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并提高解复用算法的灵敏度和特异性	单核多组学实验中的解复用方法	生物信息学	NA	单核多组学测序	NA	测序数据	两个联合snRNA/snATAC数据集
1832	2025-03-08	Single-Cell Transcriptomics Identifies Selective Lineage-Specific Regulation of Genes in Aortic Smooth Muscle Cells in Mice 2025-Feb, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321482 PMID:39744838	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，识别了小鼠主动脉平滑肌细胞中特定谱系基因的选择性调控	首次揭示了在正常近端胸主动脉中，心脏神经嵴（CNC）和第二心区（SHF）来源的平滑肌细胞之间存在有限的但独特的转录组差异	研究仅限于小鼠模型，未在人类或其他动物模型中验证	探索近端胸主动脉平滑肌细胞中不同谱系来源的细胞在转录组水平上的差异	14周龄的SHF追踪（Mef2c-Cre+/0-Yfp+/0）和CNC追踪（Wnt1-Cre+/0-Yfp+/0）雄性小鼠的主动脉根部和升主动脉细胞	单细胞转录组学	胸主动脉疾病	单细胞RNA测序、单核转座酶可及染色质测序、RNA原位杂交	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据	14周龄的SHF追踪和CNC追踪雄性小鼠的主动脉细胞
1833	2025-03-08	Specialized pericyte subtypes in the pulmonary capillaries 2025-Feb, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00349-1 PMID:39806101	研究论文	本文通过生物信息学分析和RNAscope技术，鉴定了Higd1b作为周细胞的独特基因标记，并生成了Higd1b-CreERT2敲入小鼠系，揭示了肺部和心脏中周细胞的两种亚型及其在缺氧条件下的功能差异	首次鉴定出Higd1b作为周细胞的独特基因标记，并揭示了两种不同的Higd1b+周细胞亚型及其在缺氧条件下的功能差异	研究主要依赖于小鼠模型，人类样本的研究相对较少	研究周细胞在肺部和心脏中的生物学特性及其在缺氧诱导的肺动脉高压中的作用	小鼠和人类肺部的周细胞	生物信息学	肺动脉高压	生物信息学分析, RNAscope, 单细胞RNA测序	Higd1b-CreERT2敲入小鼠	基因表达数据	小鼠和人类肺部的周细胞样本
1834	2025-03-08	Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria 2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adr0932 PMID:39847624	研究论文	本文介绍了一种结合1000倍体积扩展与多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）的新方法——细菌-MERFISH，用于高分辨率、高通量地分析细菌中的数千个操纵子	开发了细菌-MERFISH方法，克服了细菌信使RNA高密度带来的挑战，实现了对单个细菌内数千个操纵子的高分辨率空间分析	NA	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌	数字病理学	NA	多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH）	NA	图像	NA
1835	2025-03-08	iDog: a multi-omics resource for canids study 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1031 PMID:39526388	研究论文	iDog是一个为家犬和野生犬科动物研究设计的综合公共资源，整合了多组学数据，为全球犬类研究社区提供数据服务	iDog 2.0显著增加了基因组样本数量，包括来自1929个现代样本的29.55百万个单核苷酸多态性（SNPs）和16.54百万个插入/缺失（InDels），以及来自111个古代犬科样本的29.09百万个SNPs，并新增了13个分析工具	NA	为全球犬类研究社区提供综合的多组学数据资源	家犬（Canis lupus familiaris）和野生犬科动物	生物信息学	NA	多组学数据分析	NA	基因组数据、基因表达数据、单细胞转录组数据、DNA甲基化数据、染色质可及性数据	1929个现代样本、111个古代样本、105057个Beagle海马细胞、547个DNA甲基化样本、87个染色质可及性样本
1836	2025-03-08	Unveiling macrophage dynamics and efferocytosis-related targets in diabetic kidney disease: insights from single-cell and bulk RNA-sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521554 PMID:40046045	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序揭示了糖尿病肾病中巨噬细胞的动态变化和凋亡细胞清除相关靶点	首次阐明了糖尿病肾病中巨噬细胞亚型的动态转变，并识别出三个关键的巨噬细胞凋亡细胞清除调控基因	研究主要基于早期糖尿病肾病患者的测序数据，可能无法完全反映疾病晚期的变化	阐明糖尿病肾病中巨噬细胞的异质性和表型动态，并确定凋亡细胞清除中的关键靶点	糖尿病肾病患者的巨噬细胞	生物信息学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	早期糖尿病肾病患者的测序数据
1837	2025-03-08	The role of tenascin-C in tumor microenvironments and its potential as a therapeutic target 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1554312 PMID:40046232	综述	本文综述了Tenascin-C（TNC）在肿瘤微环境（TME）中的多方面作用及其作为治疗靶点的潜力	整合了单细胞测序和空间组学的最新进展，提出了利用TNC进行个性化癌症治疗的创新策略	未提及具体的研究样本量或实验数据	探讨TNC在不同肿瘤微环境中的作用及其作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	Tenascin-C（TNC）及其在肿瘤微环境中的相互作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序，空间组学	NA	NA	NA
1838	2025-03-08	Integrating genome-wide association studies and transcriptomics prioritizes drug targets for meningioma 2025, Brain communications IF:4.1Q2 DOI:10.1093/braincomms/fcaf053 PMID:40046334	研究论文	本研究通过整合全基因组关联研究（GWAS）和转录组学分析，揭示了脑膜瘤的病理基础并发现了新的药物靶点	利用总结数据为基础的孟德尔随机化（SMR）、共定位分析和孟德尔随机化方法，确定了四个关键治疗靶点，并通过分子对接识别了潜在调节剂	NA	揭示脑膜瘤的分子基础并发现新的药物靶点	脑膜瘤	精准肿瘤学	脑膜瘤	GWAS, 转录组分析, SMR, 共定位分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 分子对接	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
1839	2025-03-07	The Hypoxia-Associated High-Risk Cell Subpopulation Distinctly Enhances the Progression of Glioma 2025-Mar-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416231 PMID:40047299	研究论文	本研究通过单细胞测序技术识别出一种与胶质瘤进展相关的独特细胞亚群，并探讨其在胶质瘤从低级别向高级别转化中的关键作用	首次聚焦于低级别胶质瘤（LGG）起源的高风险细胞亚群，并发现其与胶质瘤进展的密切关联	研究主要基于实验室和动物模型，临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	探讨低级别胶质瘤向胶质母细胞瘤（GBM）转化的机制，并寻找潜在的治疗靶点	低级别胶质瘤（LGG）样本	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像	多个队列的低级别胶质瘤样本
1840	2025-03-07	Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Mar-06, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-025-04205-y PMID:40048012	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用共识非负矩阵分解方法揭示了甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并识别出ELF3基因在淋巴结转移中的关键作用	首次使用共识非负矩阵分解方法识别甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并发现ELF3基因在肿瘤侵袭和血管生成中的核心作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探索甲状腺乳头状癌的转录异质性及其与淋巴结转移的关系	甲状腺乳头状癌（PTC）	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	共识非负矩阵分解（cNMF）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量