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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1821 | 2025-11-24 |
Oncolytic virus-induced IL-1β+ monocyte-IL-6+ CAF axis suppresses dendritic cell-mediated antitumor immunity in pancreatic cancer
2025-Nov-18, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013175
PMID:41253490
|
研究论文 | 本研究揭示了胰腺癌中溶瘤病毒诱导的单核细胞-CAF-DC免疫抑制轴机制 | 首次发现溶瘤病毒通过诱导单核细胞产生IL-1β进而激活CAF产生IL-6,从而抑制树突状细胞功能的免疫抑制新通路 | 研究主要基于小鼠和患者来源的肿瘤模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究胰腺癌微环境中基质成分如何调节溶瘤病毒疗效的机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)的肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,基因工程病毒构建 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 小鼠模型和患者来源肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1822 | 2025-11-24 |
scMFF: a machine learning framework with multiple feature fusion strategies for cell type identification
2025-Nov-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06309-8
PMID:41254497
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研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据细胞类型识别的多特征融合机器学习框架 | 整合四种特征表示并探索六种融合策略,克服单一特征局限性,提升细胞分类性能 | NA | 开发更准确稳定的单细胞RNA测序细胞类型分类方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 机器学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 42个疾病相关数据集和1个外部COVID-19数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1823 | 2025-11-24 |
ELF3-regulated PES1 targets VEGFR2 to mediate angiogenesis and retinal inner barrier injury in diabetic retinopathy
2025-Nov-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07334-0
PMID:41254671
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析,揭示了ELF3/PES1/VEGFR2信号通路在糖尿病视网膜病变中调控血管生成和血视网膜屏障功能的关键作用 | 首次发现PES1在糖尿病视网膜病变中的关键作用,并阐明ELF3通过结合PES1启动子调控其表达,进而影响VEGFR2介导的血管生成和屏障功能损伤的新机制 | 研究主要基于体外实验和动物模型,临床验证仍需进一步开展 | 探讨PES1在糖尿病视网膜病变血管生成和血视网膜屏障功能中的作用及调控机制 | 糖尿病视网膜病变中的血管内皮细胞 | 生物医学研究 | 糖尿病视网膜病变 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ChIP-seq, Western blot, 划痕实验, 管形成实验, Transwell, EdU增殖实验, 免疫荧光, Evans Blue实验, PAS染色, H&E染色 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞功能数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1824 | 2025-11-24 |
HLA-A drives diabetic retinopathy pathogenesis: multi-omics integration reveals resveratrol's therapeutic potential via immunomodulation
2025-Nov-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07117-7
PMID:41254735
|
研究论文 | 本研究通过多组学整合分析发现HLA-A是糖尿病视网膜病变的致病因子,并揭示白藜芦醇通过免疫调节具有治疗潜力 | 首次通过双向孟德尔随机化和单细胞RNA测序确定HLA-A在糖尿病视网膜病变中的因果作用,并发现白藜芦醇可调节HLA-A表达 | 样本量相对有限(n=81),且主要基于中国人群队列 | 识别糖尿病视网膜病变的新型生物标志物和治疗靶点 | 糖尿病视网膜病变患者外周血样本和THP-1细胞系 | 生物信息学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序, 双向孟德尔随机化, 分子对接, 细胞实验 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 临床数据 | 81例中国人群外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1825 | 2025-11-24 |
Intercellular signaling and synaptic deconstruction uncovered by single-cell and spatial transcriptomics in an AD tauopathy model
2025-Nov-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08959-z
PMID:41249845
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研究论文 | 通过单细胞多组学和空间转录组学技术研究AD tau蛋白病变模型中的细胞间信号传导和突触解构 | 首次在人类样tau蛋白病变转基因大鼠模型中结合单细胞多组学和空间转录组学分析,揭示了tau过度磷酸化和衰老对细胞通讯的影响 | 研究基于转基因动物模型,可能与人类AD病理存在差异 | 探索阿尔茨海默病发病机制中tau蛋白病变对细胞通讯和突触功能的影响 | 转基因tau蛋白病变大鼠模型的大脑组织 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞多组学测序, 空间转录组学 | 转基因动物模型 | 单细胞转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1826 | 2025-11-24 |
Protocol for decoding immune predictors of response to immunotherapy through pan-cancer multiomics analysis
2025-Nov-03, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104183
PMID:41187056
|
研究论文 | 本文提出了一种通过单细胞多组学分析解码免疫检查点阻断治疗反应预测因子的实验方案 | 整合单细胞RNA测序、单细胞免疫分析和质谱流式技术,结合基因调控网络和细胞间相互作用分析,实现跨癌种的免疫预测因子识别 | NA | 开发识别免疫检查点阻断治疗反应相关T细胞亚群和预测性生物标志物的分析方法 | 多种癌症类型中的T细胞动态 | 生物信息学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞免疫分析, 质谱流式技术 | NA | 单细胞转录组数据, 免疫表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1827 | 2025-11-24 |
FatePredictor: Cell fate decision-making prediction with an ensemble deep learning model
2025-Nov-03, Innovation (Cambridge (Mass.))
DOI:10.1016/j.xinn.2025.101010
PMID:41268507
|
研究论文 | 开发了一种基于集成深度学习模型的细胞命运决策预测计算框架FatePredictor | 结合分岔理论和最优输运理论,利用动态非平衡最优输运方法重建细胞轨迹,并采用集成深度学习模型预测细胞命运分岔类型 | NA | 预测细胞命运决策过程中的分岔现象和揭示复杂细胞轨迹 | 细胞分化过程中的命运决策机制 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成深度学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1828 | 2025-11-24 |
Molecular and cellular morphology of placenta unveils new mechanisms of reproductive immunology
2025-Nov, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.01.025
PMID:39842636
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和多色免疫组化等技术,揭示了胎盘分子细胞形态特征及其在生殖免疫中的新机制 | 发现胚胎滋养层细胞在植入前就表达免疫检查点蛋白,揭示了母胎界面免疫平衡的胎儿驱动机制 | 研究样本包含正常和异位妊娠及动物模型,但具体样本数量未明确说明 | 探究人类生殖过程中胎盘在早期和晚期的细胞分子特征及免疫调节机制 | 正常妊娠、异位妊娠胎盘组织及动物模型 | 生殖免疫学 | 妊娠相关疾病 | 空间转录组学,多重免疫组织化学,免疫组化-荧光原位杂交双标记 | NA | 空间转录组数据,组织图像,蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1829 | 2025-11-24 |
NF-κB p65 mediated lnc-Traf3ip2 exacerbates renal fibrosis in diabetic kidney disease
2025-Nov, Acta diabetologica
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s00592-025-02515-1
PMID:40471299
|
研究论文 | 本研究探讨了NF-κB p65介导的长链非编码RNA lnc-Traf3ip2在糖尿病肾病肾纤维化中的作用机制 | 首次发现lnc-Traf3ip2在肾小球系膜细胞中高表达并通过NF-κB p65转录调控参与糖尿病肾病纤维化过程 | 样本量相对有限(小鼠n=35,患者n=40),且主要聚焦于系膜细胞的纤维化机制 | 探究lnc-Traf3ip2在糖尿病肾病肾纤维化中的作用及分子机制 | 糖尿病肾病小鼠模型、db/db小鼠、人血浆样本、肾小球系膜细胞 | 分子生物学 | 糖尿病肾病 | scRNA-seq, RNA-seq, qRT-PCR, western blot, 免疫荧光, 双荧光素酶报告基因检测, ChIP | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 影像数据 | 小鼠共38只(db/db 3只+对照3只+DKD小鼠35只),DKD患者40例 | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |
| 1830 | 2025-11-24 |
SemiLT: A Multianchor Transfer Learning Method for Cross-Modality Cell Label Annotation from scRNA-seq to scATAC-seq
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507846
PMID:40898317
|
研究论文 | 提出一种多锚点迁移学习方法SemiLT,用于从scRNA-seq到scATAC-seq的跨模态细胞标签注释 | 首次考虑scRNA-seq和scATAC-seq之间的时序差异,通过多锚点迁移学习方法解决模态间批次效应问题 | NA | 提高从scRNA-seq到scATAC-seq的细胞类型注释准确性 | 单细胞测序数据,包括人类骨髓造血数据集和外周血单个核细胞(PBMC)数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞ATAC测序(scATAC-seq) | 迁移学习, 多锚点学习 | 单细胞测序数据 | 多个数据集(包括人类骨髓造血数据集和PBMC数据集) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1831 | 2025-11-24 |
Tracking clonal evolution during treatment in ovarian cancer using cell-free DNA
2025-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09580-0
PMID:41034582
|
研究论文 | 本研究开发了CloneSeq-SV方法,通过追踪克隆特异性基因组结构变异监测卵巢癌治疗过程中的克隆演化 | 结合单细胞全基因组测序和时间序列cfDNA靶向测序,利用肿瘤克隆特异性结构变异作为高灵敏度内源性标志物 | 样本量相对有限(18例患者),需要进一步验证 | 研究高级别浆液性卵巢癌治疗过程中药物耐药性的克隆演化机制 | 18例高级别浆液性卵巢癌患者从诊断到复发的多年期样本 | 癌症基因组学 | 卵巢癌 | 单细胞全基因组测序,靶向深度测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组测序数据,转录组数据,细胞游离DNA | 18例HGSOC患者 | NA | 单细胞全基因组测序,靶向测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1832 | 2025-11-19 |
Single-cell transcriptomics reveal circulating skin-homing CLA+ CTSW+ cytotoxic CD4+ T cells contribute to relapse of psoriasis
2025-Nov, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70518
PMID:41249858
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1833 | 2025-11-24 |
Spatiotemporal mapping reveals Ccl8hi macrophages as key drivers of testicular inflammaging
2025-Nov, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70527
PMID:41251087
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研究论文 | 本研究通过时空多组学方法揭示了Ccl8hi巨噬细胞是睾丸炎性衰老的关键驱动因子 | 首次通过空间转录组学和FACS富集的单细胞RNA测序系统解析睾丸巨噬细胞在衰老过程中的异质性,并鉴定出CCL8作为保守的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究睾丸巨噬细胞在睾丸衰老过程中的异质性及其在炎性衰老中的作用机制 | 小鼠和人类睾丸组织中的巨噬细胞 | 空间转录组学 | 男性生殖系统衰老 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫荧光分析,器官型培养 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,图像数据 | 3月龄小鼠及老年小鼠睾丸组织,包含人类睾丸样本验证 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1834 | 2025-11-24 |
A parabrachial hub for need-state control of enduring pain
2025-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09602-x
PMID:41062698
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学等技术发现臂旁核Y1R神经元群是控制持续性疼痛的内源性镇痛枢纽 | 首次揭示臂旁核中表达神经肽Y受体的Y1R神经元群作为疼痛调控枢纽,并发现饥饿、口渴等生理需求状态可通过NPY抑制这些神经元来缓解持续性疼痛 | NA | 探索持续性疼痛的中枢调控机制 | 臂旁核Y1R神经元 | 神经科学 | 慢性疼痛 | 空间转录组学, 神经操作, 活动记录, 计算建模 | NA | 基因表达数据, 神经活动数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1835 | 2025-11-24 |
NK Cell-Derived Small Extracellular Vesicles Armed With CLDN4-Targeting Peptides Potentiate Radiotherapy in Gastric Cancer
2025-Nov, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70200
PMID:41252335
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研究论文 | 本研究开发了一种靶向CLDN4的NK细胞来源小细胞外囊泡纳米治疗平台,可增强胃癌放疗效果 | 首次将NK细胞来源的小细胞外囊泡与CLDN4靶向肽结合,创建具有放射增敏作用的新型纳米治疗平台 | 研究主要基于患者来源类器官模型,尚未进行大规模临床验证 | 开发针对胃癌的靶向治疗系统以增强放疗效果 | 胃癌细胞、患者来源类器官模型和类器官来源异种移植模型 | 癌症治疗 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学分析、多模态成像 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据、影像数据 | 多个单细胞RNA测序数据集和患者来源类器官模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1836 | 2025-11-24 |
SURF: A Self-Supervised Deep Learning Method for Reference-Free Deconvolution in Spatial Transcriptomics
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202505456
PMID:40859416
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研究论文 | 提出一种名为SURF的无参考解卷积工具,通过自监督深度学习整合高维基因数据分析,用于空间转录组学的细胞类型解析 | 首次将自监督深度学习与高维基因数据分析相结合,无需匹配单细胞参考数据即可有效建模非线性基因相互作用和利用spot关系 | 未明确说明计算资源需求和运行时间,也未讨论对极稀疏数据的处理能力 | 开发无需参考数据的空间转录组解卷积方法,实现细胞水平的组织微环境分析 | 空间转录组数据,包括合成数据集、真实数据集以及人类结直肠肝转移瘤数据 | 空间转录组学 | 结直肠癌肝转移 | 空间转录组学,自监督深度学习 | 深度学习 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1837 | 2025-11-24 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals That Hmga2 Regulates Neuroinflammation and Retinal Function by Modulating Müller Cell Autophagy Through PI3K/AKT Signaling Following MCAO-Induced Retinal Ischemia
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202502534
PMID:40884260
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了Hmga2通过PI3K/AKT信号通路调节Müller细胞自噬在视网膜缺血中的神经炎症和视网膜功能调控机制 | 发现了一个新的表达Hmga2的Müller细胞亚群,并开发了基于Müller细胞膜和脂质体的混合纳米颗粒递送系统siRNA-Hmga2@LMM | MCAO诱导的视网膜缺血模型中Müller细胞的具体作用机制仍不完全清楚 | 探究视网膜缺血中Müller细胞的作用机制及治疗靶点 | 视网膜细胞,特别是Müller细胞 | 单细胞组学 | 视网膜缺血 | 单细胞核RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1838 | 2025-11-24 |
BACE2-Induced Aberrant Lymphatic Network Aggravates the Local Inflammation in Arteriovenous Fistulas With Hyperphosphatemia
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509632
PMID:40884245
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了高磷血症通过BACE2介导的VEGFR3裂解破坏动静脉瘘淋巴网络,从而加剧局部炎症的机制 | 首次发现动静脉瘘中存在由Pi16Vegfc纤维祖细胞促进的淋巴网络作为炎症外排通道,并阐明高磷血症通过SP1/BACE2/VEGFR3裂解途径破坏该网络的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,在人类患者中的验证仍需进一步研究 | 探究慢性肾脏病条件下动静脉瘘局部炎症加剧的机制 | 人类和小鼠的动静脉瘘组织 | 空间转录组学 | 慢性肾脏病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5/6肾切除C57BL/6小鼠模型 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1839 | 2025-11-24 |
Succinic Acid-Induced Macrophage Endocytosis Promotes Extracellular Vesicle-Based Integrin Beta1 Transfer Accelerating Fibroblast Activation and Sepsis-Associated Pulmonary Fibrosis
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507411
PMID:40898357
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研究论文 | 本研究揭示了琥珀酸通过促进巨噬细胞内吞作用释放促纤维化细胞外囊泡,并通过转移整合素β1激活成纤维细胞,从而加速脓毒症相关肺纤维化的新机制 | 首次发现琥珀酸诱导的巨噬细胞内吞作用促进细胞外囊泡介导的整合素β1转移,揭示了巨噬细胞-成纤维细胞通讯的新机制 | NA | 探究脓毒症相关肺纤维化的发病机制 | 巨噬细胞和成纤维细胞 | 细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫荧光, 电子显微镜 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1840 | 2025-11-24 |
SciSt: single-cell reference-informed spatial gene expression prediction from pathological images
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf613
PMID:41263940
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研究论文 | 开发了一种从病理图像预测空间基因表达的深度学习框架SciSt | 通过整合病理特征与生物学信息初始基因表达,采用结合细胞分割和单细胞参考数据的加权策略 | NA | 从组织病理图像预测空间基因表达,实现形态学与基因表达的跨模态转换 | 临床H&E染色图像和空间转录组数据 | 数字病理学 | 乳腺癌,肝癌 | 深度学习 | 深度学习框架 | 图像,基因表达数据 | 三个基准数据集和TCGA-BRCA、TCGA-LIHC队列 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |