单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1821	2025-07-25	Transcriptomic analysis reveals novel targets in benign schwannoma using machine learning 2025-Jun-21, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.06.048 PMID:40550384	研究论文	本研究通过机器学习辅助的转录组和单细胞分析，识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物，并构建疾病评估预测模型	识别了五个新的免疫相关生物标志物，并验证了它们在神经鞘瘤进展中的生物学意义	预测模型的AUC值为0.67，可能还需要进一步优化以提高准确性	识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物并构建预测模型	良性神经鞘瘤的转录组数据和单细胞数据	机器学习	神经鞘瘤	转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、LASSO、SVM、随机森林算法	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据、单细胞数据	GSE108524数据集中的样本，以及NF2敲除小鼠模型
1822	2025-07-25	Integrating Artificial Intelligence in Next-Generation Sequencing: Advances, Challenges, and Future Directions 2025-Jun-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47060470 PMID:40699869	综述	本文探讨了人工智能（AI）与下一代测序（NGS）的协同关系，及其在基因组研究和临床应用中的变革性影响	AI驱动的工具（如机器学习和深度学习）优化了NGS工作流程的各个方面，从实验设计到生物信息学分析，并在变异检测、表观基因组分析等领域超越了传统方法	存在数据异质性、模型可解释性及伦理问题等挑战	探索AI在NGS中的应用及其对基因组学和精准医学的推动作用	基因组数据及其在癌症研究和药物发现中的应用	机器学习	癌症	NGS, TGS	CNN, RNN, 混合架构	基因组数据	NA
1823	2025-07-25	Immune reconstitution following allogeneic hematopoietic cell transplantation and CAR-T therapy: dynamics, determinants, and directions 2025-Jun, Best practice & research. Clinical haematology DOI:10.1016/j.beha.2025.101634 PMID:40701740	review	本文综述了异基因造血细胞移植（allo-HCT）和CAR-T疗法后免疫重建的动态过程、影响因素及优化策略	总结了当前关于免疫重建动力学的知识，并评估了不同移植和CAR-T设置的影响，讨论了优化免疫监测和治疗方法的个性化策略	未提及具体研究样本量或实验设计的局限性	探讨异基因造血细胞移植和CAR-T疗法后的免疫重建过程及其临床意义	接受异基因造血细胞移植和CAR-T疗法的患者	免疫学	白血病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1824	2025-07-25	High-resolution comparative single-cell transcriptomics of doublesex-expressing neurons reveals evolutionary conservation and diversity of sexual circuits in Drosophila 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652433 PMID:40654601	研究论文	通过高分辨率单细胞转录组学比较研究不同果蝇物种中表达doublesex基因的神经元，揭示性行为神经回路在进化中的保守性和多样性	首次系统性比较多个果蝇物种中表达性别决定基因的神经元细胞类型，揭示了细胞类型在进化中的高度独立性以及神经调节信号通路的物种差异	研究仅关注表达doublesex基因的神经元，可能忽略了其他参与性行为调控的神经元群体	探究神经回路在进化过程中细胞和分子组成的变化如何导致行为多样性	多种果蝇物种中表达doublesex基因的神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个果蝇物种的雄性个体（具体数量未明确说明），并包括一个雌性果蝇数据集
1825	2025-07-25	Mapping Small Extracellular Vesicle Secretion Potential in Healthy Human Gingiva Using Spatial Transcriptomics 2025-Apr-07, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47040256 PMID:40699655	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，对健康人类牙龈组织中小细胞外囊泡（sEVs）的分泌潜力进行了定位分析	首次在sEVs生物发生的特定背景下对牙龈转录组数据进行荟萃分析，揭示了牙龈组织中不同结构在sEVs生物发生中的作用	研究仅基于公开可用的转录组数据，未进行实验验证	探索健康人类牙龈组织中sEVs的生物发生机制	健康人类牙龈组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	公开可用的牙龈转录组数据
1826	2025-07-25	Identification of podocyte molecular markers in diabetic kidney disease via single-cell RNA sequencing and machine learning 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328352 PMID:40690456	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习识别糖尿病肾病中的足细胞分子标记	利用单细胞RNA测序数据和多种机器学习算法，揭示了糖尿病肾病中足细胞的异质性和功能差异，并鉴定了ARHGEF26作为潜在的诊断生物标志物	研究主要关注早期糖尿病肾病，可能不适用于晚期病例	阐明糖尿病肾病中足细胞的功能及其分子标记	糖尿病肾病患者的足细胞	数字病理学	糖尿病肾病	scRNA-seq, RT-qPCR, Western blot	机器学习算法	RNA测序数据	早期糖尿病肾病患者的单细胞RNA测序数据
1827	2025-07-25	3D visualization of uterus and ovary: tissue clearing techniques and biomedical applications 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1610539 PMID:40692613	综述	本文综述了组织透明化和三维可视化技术在子宫和卵巢研究中的最新进展及其生物医学应用	整合了组织透明化技术与空间转录组学和AI分析工具，实现了全面的三维分子图谱	未提及具体实验数据或样本量的详细信息	促进对女性生殖系统功能的理解，并探索早期诊断子宫和卵巢病理的潜在策略	子宫和卵巢组织	数字病理学	妇科疾病	组织透明化技术（有机溶剂基、水凝胶基和水凝胶包埋方法）、光片显微镜、多光子显微镜	NA	三维图像数据	NA
1828	2025-07-25	Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1585446 PMID:40692782	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究发现一种与年龄相关的T细胞亚群与症状性良性前列腺增生（BPH）相关	首次将年龄相关的CD8+ T细胞亚群（Taa）与BPH症状联系起来，并揭示了Granzyme K在促进前列腺基质成纤维细胞炎症反应中的作用	研究样本量较小，且主要关注老年男性，可能限制了结果的普遍性	探讨年龄相关免疫细胞变化对BPH症状的贡献	老年男性（>50岁）的前列腺组织及BPH患者来源的成纤维细胞	免疫学	前列腺癌	scRNA-seq, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据	老年男性前列腺组织（小≤40g和大≥90g）及3例年轻器官捐赠者的前列腺组织
1829	2025-07-25	Cross-talk of m6A methylation modification and the tumor microenvironment composition in esophageal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1572810 PMID:40692788	研究论文	本研究探讨了m6A甲基化修饰与食管癌肿瘤微环境组成之间的相互作用，并开发了一个m6A评分系统来预测免疫治疗反应	首次揭示了m6A甲基化在食管癌肿瘤微环境中的关键作用，并开发了新型m6A评分系统作为预测免疫治疗反应的生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明m6A甲基化修饰对食管癌肿瘤微环境的影响并开发预测性生物标志物	食管癌患者样本和肿瘤微环境	生物信息学	食管癌	scRNA-seq, 共识聚类算法, 主成分分析	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的食管癌数据集
1830	2025-07-25	Integrating GEO Database, Mendelian Randomization, and Molecular Docking to Identify HLA-C as a Potential Therapeutic Target for Periodontitis 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/9163431 PMID:40692979	研究论文	本研究通过整合GEO数据库、孟德尔随机化和分子对接技术，识别HLA-C作为牙周炎的潜在治疗靶点	首次结合多种生物信息学方法和分子对接技术，系统性地探索牙周炎的分子机制并验证HLA-C作为治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索牙周炎的分子机制并识别关键治疗靶点	牙周炎相关基因表达数据和HLA-C分子	生物信息学	牙周炎	GEO数据库分析、孟德尔随机化(MR)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接(MD)	NA	基因表达微阵列数据、单细胞RNA测序数据	GSE10334微阵列数据集（具体样本数量未明确说明）
1831	2025-07-25	Tumor-associated bacteria activate PRDX1-driven glycolysis to promote immune evasion and PD-1 antibody resistance in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1599691 PMID:40693141	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关细菌通过激活PRDX1驱动的糖酵解促进肝细胞癌免疫逃逸和PD-1抗体耐药性的机制	首次将肿瘤内细菌与PD-1耐药性通过氧化还原调节代谢联系起来，并提出PRDX1和肠道菌群双重靶向作为一种新型组合免疫治疗策略	研究样本量较小（29例HCC临床样本和8只小鼠每组），需要更大规模的验证	探索细菌感染如何重塑肿瘤代谢从而削弱抗PD-1治疗的疗效	肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的微生物、代谢和免疫相互作用	肿瘤免疫学	肝细胞癌	16S rRNA基因测序、单细胞RNA测序、流式细胞术	原位HCC小鼠模型	基因测序数据、流式细胞数据	29例HCC临床样本和12,487个细胞的单细胞RNA测序数据，每组8只小鼠的动物模型
1832	2025-07-22	Bulk RNA sequencing combined with single-cell RNA sequencing analysis revealed the ferroptosis immune target of osteoarthritis synovial fibroblasts 2025-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101587 PMID:40687616	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1833	2025-07-24	Identification and validation of the pivotal role of MANF gene in pancreatic β-cell aging using bioinformatics 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102106 PMID:40688493	研究论文	通过生物信息学分析鉴定并验证MANF基因在胰腺β细胞衰老中的关键作用	首次确立MANF作为β细胞蛋白质稳态的守护者，为糖尿病治疗提供了新的靶点	研究主要基于动物模型和细胞实验，尚未在人体中进行验证	探索胰腺β细胞衰老的分子机制及其与糖尿病的关系	胰腺β细胞	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA-seq、微阵列分析	d-半乳糖诱导的衰老小鼠模型、HO处理的MIN6细胞	RNA-seq数据、微阵列数据	年轻和年老的食蟹猴及小鼠的胰腺β细胞数据，D-gal诱导的小鼠模型和HO处理的MIN6细胞
1834	2025-07-24	Induction of host genes by nested genes during C. elegans development 2025-Aug-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113021 PMID:40686608	研究论文	本研究分析了在胚胎发育过程中，相反嵌套配置的基因组拓扑结构对转录的影响	揭示了嵌套基因如何影响其宿主基因的表达，特别是在神经元中诱导宿主基因的短版本转录	研究仅关注了线虫的胚胎发育，未涉及其他生物或发育阶段	探究相反嵌套配置的基因对宿主基因转录的影响	线虫（C. elegans）的胚胎发育	基因组学	NA	CRISPR基因组工程、单分子FISH、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	数百个蛋白质编码基因的相反嵌套配置，覆盖线虫胚胎发育的单细胞RNA-seq数据
1835	2025-07-24	Unraveling asthma through single-cell RNA sequencing in understanding disease mechanisms 2025-Aug, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma DOI:10.1080/02770903.2025.2472358 PMID:40014380	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基本原理及其在哮喘研究中的应用，旨在增进对哮喘病理生理学的理解并指导未来研究方向	利用scRNA-seq技术揭示了哮喘中免疫细胞亚型的多样性及其在疾病发病机制中的特定作用，为靶向治疗策略的开发提供了理论基础	数据整合方法需要进一步优化，当前发现的临床适用性有限，未来研究应关注这些限制的克服、细胞类型注释的改进以及纵向和临床数据的纳入	阐明scRNA-seq的基本原理并总结其在哮喘研究中的应用，以增进对哮喘病理生理学的理解	哮喘的细胞类型异质性及其功能状态，特别是免疫细胞和气道重塑	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
1836	2025-07-24	A robust diagnostic model for high-risk MASH: integrating clinical parameters and circulating biomarkers through a multi-omics approach 2025-Aug, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10792-9 PMID:40205303	研究论文	本研究通过多组学方法开发了一个用于高风险MASH的稳健诊断模型	整合了循环生物标志物和临床参数，开发了ABD-LTyG预测模型，并在独立队列中验证了其效能	样本量相对较小，且仅在特定队列中验证	开发一个用于高风险MASH的诊断模型	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)患者	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	蛋白质组学分析、转录组分析、scRNA-seq、免疫荧光双标记、LASSO回归	ABD-LTyG模型	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据、临床数据	发现队列144人，验证队列171人
1837	2025-07-24	Single-cell transcriptomic profiling reveals dysregulation of B-cell subset function in patients with chronic hepatitis B 2025-Aug, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10846-y PMID:40489024	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了慢性乙型肝炎患者B细胞亚群功能的失调	首次在慢性乙型肝炎患者中鉴定了肝脏组织中富集的非典型B细胞(ABC)和FCRL1+ B细胞亚群，并揭示了它们在免疫耐受和免疫激活阶段的不同基因表达特征	样本量相对较小，特别是慢性恢复期患者仅有3例	研究乙型肝炎病毒(HBV)感染不同阶段B细胞亚群的免疫学特征及其临床意义	25名个体的46份肝脏和血液样本中的23,967个B细胞(包括1,677个浆细胞)	免疫学	乙型肝炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	25名个体(6名健康对照，6名免疫耐受期，6名免疫激活期，4名急性恢复期，3名慢性恢复期)，另有验证队列38名个体
1838	2025-07-24	Bone marrow tumor microenvironment profiling predicts distinct immunosuppressive phenotypes and immunotherapy potential in AML patients 2025-Aug, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118287 PMID:40555045	研究论文	该研究通过分析急性髓性白血病（AML）的骨髓微环境，预测了不同的免疫抑制表型及其免疫治疗潜力	提出了基于13基因和16基因的多基因标记物来区分AML的不同免疫表型，并通过单细胞RNA测序和共培养实验验证了这些标记物	研究结果需要在大规模临床样本中进一步验证	探索AML的免疫微环境特征及其对免疫治疗的影响	成人及儿童AML患者样本和AML细胞系	肿瘤免疫学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序、xCell算法、TIDE分析、共培养实验	NA	RNA测序数据、单细胞数据	成人及儿童AML患者队列和AML细胞系
1839	2025-07-24	Multi-omic profiling reveals age-specific blood biomarkers and aging-driven B Cell remodeling in osteoarthritis 2025-Jul-23, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003076 PMID:40696927	研究论文	通过多组学分析揭示了骨关节炎中年龄特异性的血液生物标志物及衰老驱动的B细胞重塑	发现了五个外周血生物标志物用于区分骨关节炎患者与对照组，并揭示了这些标志物在老年与年轻患者中的年龄特异性表达模式，以及衰老驱动的B细胞重塑在老年骨关节炎发病机制中的关键作用	研究样本量虽大，但未明确提及是否覆盖不同种族或地理区域的多样性	探索骨关节炎的非侵入性诊断工具及其发病机制	骨关节炎患者的外周血和关节组织	数字病理学	骨关节炎	转录组分析、WGCNA、scRNA-seq、流式细胞术	机器学习	转录组数据、单细胞RNA测序数据	217,983个关节细胞
1840	2025-07-24	From Harmony to Discord: Multicellular Coordination in Tissues and Its Rewiring in Cancer 2025-Jul-23, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3155 PMID:40698653	研究论文	该研究介绍了CoVarNet，一个计算框架，用于通过单细胞和空间转录组学在35个人体组织中绘制可重复的多细胞模块（CMs）	从细胞中心转向生态系统水平的生物学理解，提供了一个通用的框架来整合多模态数据以解析组织水平的协调	未解决的模块化组织生物学问题	研究组织功能如何通过多样细胞类型的协调互动产生，以及这些互动在疾病中如何被重构	35个人体组织中的多细胞模块（CMs）	计算生物学	癌症	单细胞和空间转录组学	CoVarNet	转录组数据	35个人体组织