单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 3354 篇文献，本页显示第 1801 - 1820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1801 | 2025-03-08 |
Erratum for the Research Article "Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria" by A. Sarfatis et al
2025-Mar-07, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx0881
PMID:40048545
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1802 | 2025-03-08 |
Transcriptomic profiling reveals mechanism, therapeutic potential, and prognostic value of cancer stemness characteristic in nasopharyngeal carcinoma
2025-Mar-07, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01561-w
PMID:40053129
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研究论文 | 本文通过生物信息学和机器学习技术，结合单细胞RNA测序和大规模转录组数据集，研究了鼻咽癌中的干细胞特性，并识别了与癌症干细胞相关的特征 | 首次在鼻咽癌中识别并验证了与癌症干细胞相关的特征（STEM-signature），并发现了四种与干细胞特性相关的miRNA，这些miRNA可能作为治疗靶点 | 研究主要依赖于生物信息学分析和实验室基础实验，临床验证和样本量可能有限 | 研究鼻咽癌中癌症干细胞特性的机制、治疗潜力和预后价值 | 鼻咽癌细胞及其干细胞特性 | 生物信息学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序、生物信息学分析、机器学习 | LASSO Cox回归模型 | RNA-seq数据、转录组数据 | 未明确提及具体样本数量，但使用了单细胞RNA测序和大规模转录组数据集 |
| 1803 | 2024-10-04 |
Unravelling lipidomic disruptions across multiple tissues in Chd8-mutant ASD mice through integration of lipidomics and single-cell transcriptomics
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332972
PMID:39358004
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1804 | 2025-03-08 |
Pharmacological activation of STAT1-GSDME pyroptotic circuitry reinforces epigenetic immunotherapy for hepatocellular carcinoma
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332281
PMID:39486886
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研究论文 | 本研究通过药物激活STAT1-GSDME焦亡回路，增强表观遗传免疫治疗对肝细胞癌的效果 | 揭示了STAT1-GSDME焦亡回路在增强免疫治疗中的新机制，并开发了一种可转化的组合治疗方法 | 研究主要基于实验室模型，需要在更多临床样本中验证其效果 | 识别与免疫检查点阻断（ICB）耐药相关的可药物化组蛋白去乙酰化酶（HDACs），并开发针对肝细胞癌（HCC）患者的治疗方法 | 肝细胞癌（HCC）患者和ICB耐药的肿瘤模型 | 表观遗传学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、单细胞多组学、染色质免疫沉淀测序 | ICB耐药的肝细胞癌模型 | 基因表达数据、多组学数据 | 来自pembrolizumab试验（NCT03419481）的HCC患者样本和4种ICB耐药模型 |
| 1805 | 2025-03-08 |
Immunosuppressive microenvironment of liver restrains chemotherapeutic efficacy in triple-negative breast cancer
2025-Mar-06, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010871
PMID:40050043
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研究论文 | 本文探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）肝转移与原发性肿瘤在化疗效果上的差异及其免疫微环境的影响 | 揭示了TNBC肝转移肿瘤化疗效果较差的免疫相关机制，并提出了通过增强巨噬细胞活性或使用NET抑制剂来改善化疗效果的新策略 | 研究主要依赖于小鼠模型和公开数据库的单细胞RNA测序数据，可能无法完全反映人类患者的复杂情况 | 研究TNBC肝转移与原发性肿瘤在化疗效果上的差异及其免疫微环境的影响 | 三阴性乳腺癌（TNBC）的肝转移肿瘤和原发性肿瘤 | 肿瘤学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、伤口愈合实验、集落形成实验、流式细胞术 | 小鼠模型 | RNA测序数据、图像数据 | NA |
| 1806 | 2025-03-08 |
A Single-Cell Transcriptome Atlas Characterizes the Immune Landscape of Human Testes During Aging
2025-Mar-06, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70032
PMID:40051066
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了33个年龄在21至69岁之间的人类睾丸样本中的免疫细胞，揭示了年龄对睾丸免疫细胞的影响 | 首次系统地描述了人类睾丸在衰老过程中免疫细胞的变化，特别是单核细胞和MRC1组织驻留巨噬细胞的年龄相关变化 | 样本量相对较小，且仅涵盖了21至69岁的年龄范围，可能无法全面反映所有年龄段的免疫变化 | 研究衰老对人类睾丸免疫细胞的影响及其分子机制 | 人类睾丸样本中的免疫细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 33个年龄在21至69岁之间的人类睾丸样本 |
| 1807 | 2025-03-08 |
Adipose-derived stem cells attenuate rheumatoid arthritis by restoring CX3CR1+ synovial lining macrophage barrier
2025-Mar-05, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04144-5
PMID:40038808
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研究论文 | 本研究探讨了脂肪来源干细胞（ADSCs）通过恢复CX3CR1+滑膜巨噬细胞屏障来缓解类风湿性关节炎（RA）的机制 | 揭示了ADSCs通过线粒体转移改善CX3CR1+巨噬细胞的能量代谢特征，并促进屏障恢复的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证 | 探讨ADSCs在RA治疗中的作用机制，特别是其与CX3CR1+巨噬细胞的相互作用 | 血清转移诱导的关节炎模型小鼠 | 细胞治疗 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 血清转移诱导的关节炎模型小鼠 |
| 1808 | 2025-03-08 |
Discovering root causal genes with high-throughput perturbations
2025-Mar-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.100949
PMID:40042510
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研究论文 | 本文提出了一种利用高通量扰动技术（Perturb-seq）识别根因基因的新方法，以开发针对疾病早期阶段的治疗方法 | 首次提出利用Perturb-seq技术从单细胞RNA-seq数据中学习基因间的因果顺序，并将其应用于批量RNA-seq数据以识别特定患者的根因基因 | RNA-seq数据存在测量误差、高维性和非线性等挑战，可能影响根因果效应的准确估计 | 识别根因基因，以开发针对疾病早期阶段的治疗方法 | 基因表达水平 | 生物信息学 | 黄斑变性和多发性硬化症 | Perturb-seq, 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 1809 | 2025-03-08 |
GCLink: a graph contrastive link prediction framework for gene regulatory network inference
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf074
PMID:39960893
|
研究论文 | 本文提出了一种名为GCLink的图对比链接预测框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | GCLink引入了图对比学习策略，通过聚合基因的特征和邻域信息来学习其表示，减少了对样本量的依赖，并提高了预测潜在基因调控相互作用的能力 | 尽管GCLink在大多数情况下优于其他最先进的方法，但其在数据集有限的情况下表现仍需进一步验证 | 研究目的是开发一种能够从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络的新方法 | 研究对象是基因调控网络及其在单细胞RNA测序数据中的应用 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 图对比学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | 多个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 1810 | 2025-03-08 |
Benchmarking copy number aberrations inference tools using single-cell multi-omics datasets
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf076
PMID:40037644
|
研究论文 | 本文评估了五种从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的最先进方法，并提供了选择合适方法的指南 | 首次全面评估了从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的五种方法的性能，并提供了详细的性能比较 | 研究仅限于五种方法，可能未涵盖所有现有工具 | 评估和比较从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的计算方法的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 1811 | 2025-03-08 |
Single cell immunoprofile of synovial fluid in rheumatoid arthritis with TNF/JAK inhibitor treatment
2025-Mar-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57361-0
PMID:40038288
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了类风湿性关节炎患者滑膜液中的免疫细胞特征及其在TNF/JAK抑制剂治疗前后的变化 | 首次在单细胞水平上揭示了滑膜液中致病细胞的功能及其在药物特异性治疗中的作用 | 研究样本量有限，且仅针对特定药物（阿达木单抗和托法替尼）进行了分析 | 探讨类风湿性关节炎患者滑膜液中致病细胞的功能及其在药物特异性治疗中的作用 | 类风湿性关节炎患者的滑膜液 | 单细胞测序 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 类风湿性关节炎患者的滑膜液样本 |
| 1812 | 2025-03-08 |
E3 ubiquitin ligase RNF128 promotes Lys63-linked polyubiquitination on SRB1 in macrophages and aggravates atherosclerosis
2025-Mar-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57404-6
PMID:40038329
|
研究论文 | 本文研究了E3泛素连接酶RNF128在巨噬细胞中对SRB1的Lys63连接的多泛素化作用及其在动脉粥样硬化中的促进作用 | 首次揭示了RNF128在巨噬细胞中的特异性表达及其通过促进SRB1的Lys63连接的多泛素化来加剧动脉粥样硬化的机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨RNF128在动脉粥样硬化中的作用机制 | 巨噬细胞和SRB1受体 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | ApoE和LDLR缺陷的雄性和雌性小鼠 |
| 1813 | 2025-03-08 |
Investigation of cell development and tissue structure network based on natural Language processing of scRNA-seq data
2025-Mar-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06263-2
PMID:40038714
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研究论文 | 本文提出了一种基于自然语言处理（NLP）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析方法，通过将基因类比为单词，生成基因、细胞和组织的向量表示，用于研究细胞发育轨迹和组织结构网络 | 创新点在于将NLP技术应用于scRNA-seq数据分析，使用word2vec生成基因的向量表示，并通过聚合基因和细胞向量来构建组织网络，提供了一种计算效率高的单细胞数据分析方法 | 未提及具体局限性 | 研究目的是通过NLP技术分析scRNA-seq数据，揭示细胞发育轨迹和组织结构网络 | 研究对象是单细胞RNA测序数据中的基因、细胞和组织 | 自然语言处理 | NA | scRNA-seq | word2vec | 基因表达数据 | 未提及具体样本数量 |
| 1814 | 2025-03-08 |
Single-cell lineage tracing techniques in hematology: unraveling the cellular narrative
2025-Mar-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06318-4
PMID:40038725
|
综述 | 本文综述了单细胞谱系追踪技术在血液学中的应用，特别是整合条形码、CRISPR条形码和碱基编辑技术 | 强调了新兴单细胞谱系追踪技术在揭示正常和病理状态下复杂细胞行为和谱系动态方面的巨大潜力 | NA | 探讨单细胞谱系追踪技术在血液学系统中的应用 | 血液系统中的细胞，特别是造血干细胞和恶性肿瘤细胞 | 生物信息学 | 血液系统疾病 | 单细胞测序技术、整合条形码、CRISPR条形码、碱基编辑 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 1815 | 2025-03-08 |
Histidine metabolism drives liver cancer progression via immune microenvironment modulation through metabolic reprogramming
2025-Mar-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06267-y
PMID:40038727
|
研究论文 | 本研究探讨了组氨酸代谢在肝细胞癌（HCC）中的作用，特别是其对肿瘤进展和免疫微环境的影响 | 通过单细胞RNA测序和体内外实验，揭示了组氨酸代谢如何通过代谢重编程和免疫微环境调节促进肝癌进展，并鉴定了关键基因BUD23 | 研究主要基于单细胞RNA测序和TCGA数据库分析，需要进一步实验验证组氨酸代谢和BUD23在肝癌中的具体机制 | 探讨组氨酸代谢在肝细胞癌中的作用及其对肿瘤进展和免疫微环境的影响 | 肝细胞癌（HCC）样本中的不同细胞类型 | 癌症生物学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 多变量Cox回归模型 | RNA测序数据 | HCC样本中的不同细胞类型 |
| 1816 | 2025-03-08 |
Benchmarking single-cell cross-omics imputation methods for surface protein expression
2025-Mar-04, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03514-9
PMID:40038818
|
研究论文 | 本文对十二种最先进的单细胞跨组学表面蛋白表达数据插补方法进行了全面基准测试 | 首次对多种单细胞跨组学数据插补方法进行了全面的基准测试，提供了关于这些方法在单细胞组学研究中的性能和适用性的宝贵见解 | 研究依赖于现有的数据集和实验条件，可能无法完全覆盖所有实际应用场景 | 评估单细胞跨组学数据插补方法在表面蛋白表达预测中的准确性和适用性 | 单细胞转录组和表面蛋白组数据 | 单细胞组学 | NA | CITE-seq, REAP-seq, scRNA-seq | PCA | 单细胞转录组和表面蛋白组数据 | 十一个数据集 |
| 1817 | 2025-03-08 |
Cellular interactions within the immune microenvironment underpins resistance to cell cycle inhibition in breast cancers
2025-Mar-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56279-x
PMID:40032842
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研究论文 | 本文研究了乳腺癌中免疫微环境内的细胞相互作用如何导致对细胞周期抑制剂的耐药性 | 揭示了在治疗过程中，癌细胞通过上调细胞因子和生长因子刺激免疫抑制性髓系分化，从而减少髓系细胞与CD8+ T细胞之间的IL-15/18信号传导，导致T细胞活化和招募减少的机制 | 研究主要基于单细胞RNA测序分析，可能无法完全反映体内复杂的细胞相互作用 | 探讨乳腺癌中免疫微环境内的细胞相互作用如何影响对细胞周期抑制剂的耐药性 | II期和III期高风险雌激素受体阳性（ER+）乳腺癌患者 | 癌症研究 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 纵向收集的II期和III期高风险ER+乳腺癌患者的样本 |
| 1818 | 2025-03-08 |
The Hydractinia cell atlas reveals cellular and molecular principles of cnidarian coloniality
2025-Mar-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57168-z
PMID:40032860
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学技术，构建了Hydractinia symbiolongicarpus的细胞图谱，揭示了刺胞动物群体性的细胞和分子机制 | 发现了与生物矿化和几丁质合成相关的新型匍匐茎特异性细胞类型，以及介导自我/非自我识别的新细胞类型 | NA | 探究刺胞动物群体性结构的功能和生成机制 | Hydractinia symbiolongicarpus的细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 约200,000个Hydractinia细胞 |
| 1819 | 2025-03-08 |
When is prostate cancer really cancer?
2025-Mar-01, Journal of the National Cancer Institute
DOI:10.1093/jnci/djae200
PMID:39350309
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研究论文 | 本文探讨了前列腺癌（PC）中Grade Group 1（GG1）是否应被标记为“癌症”，并总结了国际研讨会的关键讨论点 | 提出了GG1前列腺癌可能不应被视为“癌症”的新观点，并探讨了其作为正常衰老现象的可能性 | 未明确说明GG1前列腺癌重新分类后的具体临床管理策略，且患者对无癌症诊断的持续监测依从性未知 | 旨在减少前列腺癌死亡率，同时最小化过度诊断和过度治疗带来的危害 | Grade Group 1（GG1）前列腺癌 | NA | 前列腺癌 | 空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 1820 | 2025-03-08 |
Identification of novel biomarkers for atherosclerosis using single-cell RNA sequencing and machine learning
2025-Mar, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-024-10077-w
PMID:39400603
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和机器学习技术，识别了动脉粥样硬化的新型生物标志物 | 结合单细胞RNA测序、加权共表达网络分析（WGCNA）、差异表达分析以及机器学习方法（LASSO和SVM-RFE），识别并验证了动脉粥样硬化的潜在诊断标志物C1QC和COL1A1 | 研究结果仍需在更大规模的临床样本中进一步验证 | 识别动脉粥样硬化的新型生物标志物，以改善其诊断和治疗 | 动脉粥样硬化样本和正常样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、加权共表达网络分析（WGCNA）、差异表达分析、LASSO、SVM-RFE、CIBERSORT、免疫荧光、免疫组化、ELISA | LASSO、SVM-RFE | RNA测序数据、免疫细胞数据 | 256个差异表达基因（DEGs），小鼠和人类样本 |