单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1781	2025-03-09	Cell-Type Specific miRNA Regulatory Network Responses to ABA Stress Revealed by Time Series Transcriptional Atlases in Arabidopsis 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415083 PMID:39792694	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了拟南芥在ABA胁迫下不同时间点的miRNA调控网络响应，揭示了miRNA在植物发育和应激反应中的动态和细胞类型特异性作用	首次在单细胞水平上构建了ABA诱导的miRNA调控网络，揭示了miRNA在细胞类型特异性响应中的快速动态变化及其在调控网络中的枢纽作用	研究仅限于拟南芥，未涉及其他植物物种	研究miRNA在ABA胁迫下的动态和细胞类型特异性调控网络	拟南芥	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	不同时间点的拟南芥单细胞样本
1782	2025-03-09	Mannose Promotes β-Amyloid Pathology by Regulating BACE1 Glycosylation in Alzheimer's Disease 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409105 PMID:39807036	研究论文	本文探讨了单糖甘露糖在阿尔茨海默病（AD）病理中的作用，发现甘露糖通过调节BACE1的糖基化促进β-淀粉样蛋白（Aβ）的生成，从而加剧AD的病理进展	首次揭示了甘露糖通过调节BACE1的糖基化促进Aβ生成的具体机制，并提出了限制膳食甘露糖摄入作为AD治疗的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证	研究甘露糖在阿尔茨海默病病理中的作用及其机制	AD小鼠模型及AD患者的血清样本	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、代谢组学	NA	RNA测序数据、代谢组数据	AD小鼠及AD患者的血清样本
1783	2025-03-09	Identification of increased dedifferentiation along the Prom1+ cancer cells in Müllerian adenosarcoma with sarcomatous overgrowth 2025-Mar, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02943-4 PMID:39920368	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞的分化异质性及其在肿瘤发展中的作用	首次揭示了Prom1+癌细胞在Müllerian腺肉瘤中的分化异质性，并发现E2F1是Prom1谱系去分化的主要转录因子	研究样本量较小，且主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证	研究Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞的分化异质性及其在肿瘤发展中的作用	Müllerian腺肉瘤（MA）及其肉瘤过度生长（MASO）的肿瘤组织	生物信息学	子宫肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MASO和配对的正常组织
1784	2025-03-09	PCBP2 promotes immune evasion via cGAS-STING pathway in biochemical recurrence of prostate cancer 2025-Mar, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250173 PMID:40051782	研究论文	本研究探讨了前列腺癌（PCa）中与免疫逃逸相关的基因（CIERGs），并开发了用于预测生化复发（BCR）的签名	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定了48个与BCR显著相关的CIERGs，并开发了一个基于CIERGs的风险签名，揭示了PCBP2通过抑制cGAS-STING通路促进PCa细胞增殖、迁移和侵袭的机制	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能缺乏实验验证的广泛性	探索前列腺癌中与免疫逃逸相关的基因，并开发预测生化复发的签名	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	LASSO回归	RNA测序数据	TCGA-PRAD和GSE70769队列的数据
1785	2025-03-09	Prognostic and Therapeutic Significance of Cancer-Associated Fibroblasts Genes in Osteosarcoma Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70424 PMID:40045162	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了癌症相关成纤维细胞（CAF）基因在骨肉瘤中的预后和治疗意义	构建了一个基于11个CAF相关基因的风险模型，用于预测骨肉瘤患者的预后，并提供了新的治疗策略	研究样本量较小，仅包含6名骨肉瘤患者和46,544个细胞	发现新的风险模型以更准确地预测和改善骨肉瘤患者的预后	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	Lasso-Cox回归分析	RNA测序数据	6名骨肉瘤患者和46,544个细胞
1786	2025-03-09	Single-cell RNA sequencing defines distinct disease subtypes and reveals hypo-responsiveness to interferon in asymptomatic Waldenstrom's Macroglobulinemia 2025-Feb-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56323-w PMID:39929803	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，定义了无症状Waldenstrom's Macroglobulinemia (WM)的不同疾病亚型，并揭示了其对干扰素的低反应性	首次在无症状WM患者中通过单细胞RNA测序揭示了免疫失调和干扰素低反应性，并提出了分子分类和疾病进展标志	样本量相对较小，且仅针对特定类型的骨髓瘤进行研究	探讨WM肿瘤内在和免疫机制，特别是无症状WM的疾病进展机制	30名AWM/WM患者、26名Smoldering Myeloma患者和23名健康捐赠者的骨髓肿瘤和免疫细胞	数字病理学	骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	294,206个骨髓肿瘤和免疫细胞，来自79名个体
1787	2025-03-09	Interaction of the endogenous antibody response with activating FcγRs enhance control of Mayaro virus through monocytes 2025-Feb, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012944 PMID:39993025	研究论文	本文研究了内源性抗体反应与激活型FcγRs的相互作用如何通过单核细胞增强对Mayaro病毒的控制	首次评估了在自然感染过程中FcγRs对保护作用的需求，并揭示了抗体Fc与激活型FcγRs的相互作用在MAYV感染中的保护性反应	研究主要基于小鼠模型，未在人类中进行验证	探讨抗体Fc效应功能在MAYV感染中的保护机制	小鼠和Mayaro病毒	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1788	2025-03-09	Spatiotemporal transcriptome and metabolome landscapes of cotton somatic embryos 2025-Jan-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55870-6 PMID:39833155	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，探索了棉花体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢模式	首次在棉花中应用单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了体细胞胚胎发生过程中的关键基因和代谢物的时空表达模式	研究主要集中在棉花体细胞胚胎发生过程的特定阶段，可能无法全面反映整个发育过程的动态变化	研究棉花体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢模式，以促进作物育种和改良	棉花体细胞胚胎	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、空间代谢组学（SM）	NA	基因表达数据、代谢物数据	NA
1789	2025-03-09	Herpesviruses mimic zygotic genome activation to promote viral replication 2025-Jan-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55928-5 PMID:39814710	研究论文	本文揭示了疱疹病毒通过模仿合子基因组激活（ZGA）来促进病毒复制的新机制	首次发现疱疹病毒通过诱导DUX4表达来模拟合子基因组激活，从而促进病毒转录和复制	研究主要基于HSV-1病毒，其他疱疹病毒的机制可能有所不同	探讨疱疹病毒如何利用宿主细胞的合子基因组激活机制来促进自身复制	疱疹病毒、乳头瘤病毒和Merkel细胞多瘤病毒	病毒学	病毒感染	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、纳米抗体构建	NA	单细胞测序数据	患者单细胞测序数据集
1790	2025-03-09	Comprehensive analysis of cuproptosis-related genes involved in immune infiltration and their use in the diagnosis of hepatic ischemia-reperfusion injury: an experimental study 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001893 PMID:38935114	研究论文	本研究通过分析铜死亡相关基因在免疫浸润中的作用，构建了肝缺血再灌注损伤（HIRI）的诊断模型，并验证了其预测准确性	首次揭示了铜死亡在HIRI中的作用，并构建了基于铜死亡相关基因的HIRI诊断模型	研究主要依赖于公开数据集和动物模型，尚未在临床样本中进行大规模验证	研究铜死亡相关基因在HIRI中的作用，并构建诊断模型	肝缺血再灌注损伤（HIRI）	生物信息学	肝病	基因表达分析、机器学习算法、单细胞测序	LASSO逻辑回归、层次聚类	基因表达数据	GSE151648数据集、GSE14951微阵列数据集、GSE171539单细胞测序数据集、HIRI小鼠模型
1791	2025-03-09	Antibiotic use attenuates response to immune checkpoint blockade in urothelial carcinoma via inhibiting CD74-MIF/COPA: revealing cross-talk between anti-bacterial immunity and ant-itumor immunity 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001901 PMID:38995167	研究论文	本研究探讨了抗生素使用对接受免疫检查点阻断治疗的尿路上皮癌患者预后的影响，并揭示了抗生素通过抑制CD74-MIF/COPA信号通路影响抗肿瘤免疫的分子机制	首次通过单细胞转录组和单细胞微生物组分析，揭示了尿路上皮癌微环境中抗菌免疫与抗肿瘤免疫之间的相互作用，并明确了CD74-MIF/COPA信号通路在这一过程中的关键作用	研究主要基于回顾性数据，且样本量相对有限，需要进一步的前瞻性研究验证	评估抗生素使用对尿路上皮癌患者免疫检查点阻断治疗预后的影响，并探索其分子机制	尿路上皮癌患者	肿瘤免疫学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序、单细胞微生物组分析、批量RNA测序	NA	RNA测序数据、临床数据	3496名接受免疫检查点阻断治疗的尿路上皮癌患者，8个尿路上皮癌样本和63185个单细胞
1792	2025-03-09	Artificial intelligence-based multi-modal multi-tasks analysis reveals tumor molecular heterogeneity, predicts preoperative lymph node metastasis and prognosis in papillary thyroid carcinoma: a retrospective study 2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001875 PMID:38990290	研究论文	本研究利用人工智能技术，通过多模态多任务分析揭示了甲状腺乳头状癌（PTC）的分子异质性，预测了术前淋巴结转移和预后	开发了一种基于深度学习的多模态模型，结合组织病理学图像、基因组、转录组和免疫细胞数据，预测淋巴结转移和无病生存期	研究为回顾性研究，可能存在选择偏倚，且样本量虽大但来自不同来源，可能存在异质性	揭示PTC的分子异质性，预测淋巴结转移和预后，以改善诊断和治疗策略	521名PTC患者（来自医院）和499名PTC患者（来自TCGA数据库）	数字病理学	甲状腺癌	DNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习模型	图像、基因组数据、转录组数据、免疫细胞数据	1011名PTC患者（256名来自队列1，275名来自队列2，499名来自TCGA）
1793	2025-03-09	AI applications in HIV research: advances and future directions 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1541942 PMID:40051479	综述	本文探讨了人工智能（AI）在HIV研究中的应用进展及未来方向	整合AI与单细胞测序等技术，实现精确生物标志物识别和改进治疗靶向	数据限制和模型可解释性等挑战	探索AI技术在HIV研究中的应用进展	人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）和获得性免疫缺陷综合征（AIDS）	医学研究	HIV/AIDS	单细胞测序	NA	NA	NA
1794	2025-03-09	Single-cell genomics and spatial transcriptomics in islet transplantation for diabetes treatment: advancing towards personalized therapies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1554876 PMID:40051625	review	本文综述了单细胞和空间转录组学在胰岛移植治疗糖尿病中的应用，强调了这些技术在糖尿病管理中的革命性潜力	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面解析胰岛移植中的细胞多样性和功能，以及移植胰岛与宿主组织的相互作用	需要解决伦理和技术挑战，以成功将这些集成方法应用于研究和临床实践	通过单细胞和空间转录组学技术，提升胰岛移植的效果，改善糖尿病患者的治疗结果	胰岛移植中的细胞多样性和功能，以及移植胰岛与宿主组织的相互作用	digital pathology	diabetes	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	gene expression data	NA
1795	2025-03-09	Development of a prognostic model for hepatocellular carcinoma based on microvascular invasion characteristic genes by spatial transcriptomics sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529569 PMID:40051627	研究论文	本研究通过空间转录组测序，基于微血管侵犯（MVI）特征基因开发了一种新的肝细胞癌（HCC）预后预测模型	首次基于MVI特征基因构建HCC预后预测模型，并通过外部验证队列验证其预测性能优于现有模型	研究样本量较小，仅包含4个不同分级的MVI样本	开发一种基于MVI特征基因的HCC预后预测模型，用于区分高风险和低风险患者并评估患者预后	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间转录组测序，单核RNA测序	Cox回归分析，LASSO回归分析，随机生存森林	基因表达数据	4个不同分级的MVI样本
1796	2025-03-08	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	综述	本文综述了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展，及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在应用	整合时间身份规范与促神经因子过表达以提高重编程效率并扩大从重编程哺乳动物胶质细胞生成的神经元亚型范围	NA	探讨神经祖细胞时间身份调控机制及其在神经再生治疗中的潜在应用	哺乳动物神经祖细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1797	2025-03-08	Clinical Significance of Complement and Coagulation Cascades Genes for Patients With Acute Lymphoblastic Leukemia 2025-Apr, International journal of laboratory hematology IF:2.2Q3 DOI:10.1111/ijlh.14392 PMID:39523585	研究论文	本文研究了补体和凝血级联通路基因在急性淋巴细胞白血病（ALL）患者中的临床意义，并评估其作为诊断和预后生物标志物的潜力	通过分析ALL患者和健康个体的基因表达谱，识别出18个在骨髓样本中差异表达的CCCP基因，并发现其中部分基因与患者生存率相关，同时利用机器学习预测ALL的准确性较高	研究主要依赖于TCGA数据库的数据，样本来源有限，且未进行实验验证	探讨补体和凝血级联通路基因在ALL中的临床意义及其作为诊断和预后标志物的潜力	急性淋巴细胞白血病（ALL）患者和健康个体的骨髓和外周血样本	生物信息学	急性淋巴细胞白血病	基因表达谱分析、单细胞RNA测序、机器学习	NA	基因表达数据	998个骨髓样本和122个外周血样本
1798	2025-03-08	MicroRNA-mediated Ets1 repression in retinal endothelial cells: A novel anti-angiogenic mechanism in nonproliferative diabetic retinopathy 2025-Apr, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.16182 PMID:39777974	研究论文	本研究旨在发现非增殖性糖尿病视网膜病变（NPDR）中血管生成的调控机制	发现了一种新的microRNA，通过靶向ETS原癌基因1（Ets1）在NPDR中发挥抗血管生成作用	研究主要基于2型糖尿病患者，未涉及其他类型的糖尿病	探索非增殖性糖尿病视网膜病变中血管生成的分子机制	2型糖尿病患者，包括有和无NPDR的患者	数字病理学	糖尿病视网膜病变	microRNA测序，单细胞测序	NA	血浆和视网膜样本	2型糖尿病患者（有和无NPDR）
1799	2025-03-08	Heterogeneities of Site-Specific N-Glycosylation in the Hippocampus of Depression-like Behavior Models in Mice Induced by Acute Stress and Chronic Stress 2025-Mar-07, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00655 PMID:39992808	研究论文	本文通过整合N-糖蛋白组学和蛋白质组学分析，研究了急性应激和慢性应激诱导的抑郁样行为模型小鼠海马中糖蛋白和位点特异性糖基化的异质性	首次在抑郁样行为模型中系统分析了急性应激和慢性应激对海马糖基化的影响，并鉴定了与糖基化相关的基因	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本，且未深入探讨糖基化变化与抑郁行为之间的因果关系	探讨急性应激和慢性应激对抑郁样行为模型小鼠海马糖基化的影响	小鼠海马组织	糖生物学	抑郁症	N-糖蛋白组学、蛋白质组学、ScRNA-seq	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	控制组、急性应激组和慢性应激组小鼠海马组织
1800	2025-03-08	Unraveling asthma through single-cell RNA sequencing in understanding disease mechanisms 2025-Mar-07, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma DOI:10.1080/02770903.2025.2472358 PMID:40014380	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基本原理及其在哮喘研究中的应用，旨在增强对哮喘病理生理学的理解并指导未来研究方向	利用scRNA-seq技术揭示了哮喘中免疫细胞亚型的多样性及其在疾病进展中的具体作用，为开发靶向治疗策略提供了理论基础	数据整合方法需要进一步优化，当前发现的临床适用性有限，未来研究应克服这些限制，改进细胞类型注释，并扩展至纵向和临床数据	阐明scRNA-seq的基本原理并总结其在哮喘研究中的应用，以增强对哮喘病理生理学的理解	哮喘的细胞类型异质性及其功能状态，特别是免疫细胞和气道重塑	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA