单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1781	2025-06-20	Association of Obesity and Innate Immune Markers With Resistance to Biologic Therapy in Psoriasis 2025-Jun-01, JAMA dermatology IF:11.5Q1 DOI:10.1001/jamadermatol.2025.0288 PMID:40172874	研究论文	探讨肥胖和先天免疫标志物与银屑病生物疗法耐药性的关联	首次揭示了表皮中失调的先天免疫反应和增强的中性粒细胞活性可能是生物疗法治疗效果持续降低的原因	样本量较小（87例患者），且为横断面研究，无法确定因果关系	阐明影响严重银屑病患者持续治疗反应的炎症微环境因素	18岁及以上患有斑块型严重银屑病的患者	皮肤病学	银屑病	空间转录组学通路分析、免疫荧光分析	NA	临床数据、基因表达数据	87例患者（24名女性，63名男性）
1782	2025-06-20	Fast Encapsulation of Microbes into Dissolvable Hydrogel Beads Enables High-Throughput Microbial Single-Cell RNA Sequencing of Clinical Microbiome Samples 2025-Jun, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202500481 PMID:40200683	研究论文	本文介绍了一种名为smGel-seq的高通量单微生物RNA测序方法，用于临床微生物组样本，通过水凝胶珠封装单个微生物以减少微生物损失和输入需求	smGel-seq采用新型微通道阵列装置封装单个微生物于可溶解水凝胶珠中，并结合优化的自动化微流控平台，显著提高了微生物回收率并降低了输入需求	NA	开发一种适用于临床微生物组样本的高通量单微生物RNA测序方法	临床微生物组样本中的单个微生物	微生物组学	NA	单细胞RNA测序（mscRNA-seq），微流控技术	NA	RNA测序数据	肠道微生物组样本和临床痰液微生物组样本
1783	2025-06-20	Perinatal Exposure to Lead or Diethylhexyl Phthalate in Mice: Sex-Specific Effects on Cardiac DNA Methylation and Gene Expression across Time 2025-Jun, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP15503 PMID:40315424	研究论文	研究围产期暴露于铅或邻苯二甲酸二乙基己酯对小鼠心脏DNA甲基化和基因表达的性别特异性影响	首次研究了心脏转录组和表观基因组在雄性和雌性小鼠生命周期中的变化，以及早期化学暴露对这种编程的影响	需要进一步研究表观遗传和转录差异如何影响心血管健康，特别是在老年心血管疾病风险显著增加时	研究围产期暴露于铅或DEHP对小鼠心脏DNA甲基化和基因表达的影响	小鼠心脏	表观遗传学	心血管疾病	ERRBS, RNA-Seq, MuSiC算法	NA	DNA甲基化数据, 基因表达数据	每组至少5只雄性和5只雌性小鼠，分别在3周、5个月和10个月龄时采集心脏样本
1784	2025-06-20	Single-Cell Profiling of the Microenvironment in High-Risk Neuroblastoma 2025-Jun, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70029 PMID:40536225	研究论文	通过单细胞RNA测序分析高风险神经母细胞瘤（HR-NB）的肿瘤微环境（TME），揭示了特定的免疫抑制细胞群和潜在的治疗靶点	首次在单细胞水平上揭示了HR-NB的TME景观，并确定了多个具有免疫抑制或促进肿瘤进展作用的TME细胞群	样本量较小（16个NB样本），可能影响结果的普遍性	深入理解HR-NB的复杂TME，寻找新的免疫治疗靶点和预后标志物	高风险神经母细胞瘤（HR-NB）患者的肿瘤微环境	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	SCENIC分析	RNA测序数据	16个神经母细胞瘤样本（11例HR-NB患者和5例中/低风险NB患者）
1785	2025-06-20	Multi-omics approaches for identifying the PANoptosis signature and prognostic model via a multimachine-learning computational framework for intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Apr-15, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001352 PMID:40233411	研究论文	本研究通过多组学方法识别肝内胆管癌(ICC)的PANoptosis特征，并利用多机器学习计算框架构建预后模型	整合Cox回归分析和5种机器学习算法识别出5个核心基因，构建的PANoptosis风险评分在预测预后和临床转化方面表现出色	样本量相对有限(85个PANoptosis相关基因)，需要更多临床验证	表征ICC患者的PANoptosis特征，构建临床诊断和治疗指导模型，探索耐药相关分子机制	肝内胆管癌(ICC)患者	机器学习	肝内胆管癌	转录组学、蛋白质组学测序、单细胞转录组分析	Cox回归分析+5种机器学习算法	多组学数据(转录组、蛋白质组)	OEP001105公共队列和重庆医科大学附属第一医院的多组学数据
1786	2025-06-20	Tumor-derived CD109 orchestrates reprogramming of tumor-associated macrophages to dampen immune response 2025-Apr-11, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.03.035 PMID:40220905	研究论文	该研究揭示了肿瘤源性可溶性CD109（sCD109）在免疫抑制性肿瘤微环境中的作用及其调控机制	发现sCD109作为'分泌性免疫检查点'通过双重机制（激活FcγRI/SYK/NF-κB信号通路上调CD73转录，同时竞争性结合E3连接酶TRIM21抑制CD73蛋白降解）重编程肿瘤相关巨噬细胞	研究主要基于临床前小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索iCCA中免疫抑制性分泌蛋白及其调控机制，开发提高免疫治疗疗效的新靶点	肝内胆管癌（iCCA）的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	蛋白质组学分析、单细胞转录组学、飞行时间质谱流式细胞术、RNA测序、质谱分析	NA	多组学数据（蛋白质组、转录组等）	NA（未明确说明样本数量）
1787	2025-06-20	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.17.608386 PMID:39229240	研究论文	通过多组学分析探讨食管腺癌的疾病进展和治疗反应	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与表观遗传可塑性和临床结果的关联，以及预测了它们与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在外部队列中进行进一步验证	解密食管腺癌的疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组和染色质可及性测序，空间分析	NA	转录组数据，染色质可及性数据，空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本
1788	2025-06-20	Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT 2025-Mar-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000934 PMID:38779918	研究论文	研究揭示了循环肿瘤细胞（CTCs）如何通过与血小板结合上调CD155-TIGIT免疫检查点逃避免疫监视的机制	首次发现CTC-血小板粘附通过CD155-TIGIT通路逃逸NK细胞杀伤的机制，并证实阻断该通路可恢复免疫监视功能	研究主要关注CD155-TIGIT通路，未全面评估其他潜在逃逸机制	探究循环肿瘤细胞在血液传播过程中逃避免疫监视的分子机制	多种癌症患者的循环肿瘤细胞（CTCs）和血小板	肿瘤免疫学	肝癌（HCC）及其他多种癌症	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、体外/离体/体内实验	NA	基因表达数据、临床生存数据	多种癌症患者的血液样本（具体数量未说明）
1789	2025-06-20	scFTAT: a novel cell annotation method integrating FFT and transformer 2025-Feb-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06061-z PMID:39994539	研究论文	提出了一种名为scFTAT的新型细胞注释方法，该方法整合了FFT和Transformer技术，用于单细胞RNA测序数据的自动注释	整合FFT和增强型Transformer进行自动特征学习，解决了单细胞数据高稀疏性和大规模数据手动注释繁琐的挑战	NA	开发一种高效、准确的单细胞RNA测序数据自动注释方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	基因表达数据	六个典型数据集（包括人类和小鼠组织）
1790	2025-06-20	Telomemore enables single-cell analysis of cell cycle and chromatin condensation 2025-Jan-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf031 PMID:39878215	研究论文	该论文介绍了Telomemore工具，用于单细胞分析细胞周期和染色质凝聚状态	揭示了ATAC-seq端粒样读段不能用于推断端粒长度，但可作为染色质凝聚的生物标志物，并开发了Telomemore工具来量化非对齐的亚端粒读段	未明确提及具体局限性	开发新工具以增强单细胞数据分析能力	单细胞ATAC-seq和RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 长读长测序	NA	基因组数据	多个公共数据集和新生成的多组纤维母细胞和B细胞图谱
1791	2025-06-19	Integrating scRNA-seq to explore offspring neurodevelopmental toxicity induced by Cyfluthrin exposure during pregnancy: A fate decision for NSCs 2025-Jul-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138205 PMID:40209410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了孕期暴露于氟氯氰菊酯对子代神经发育的毒性机制	首次构建了孕期暴露于氟氯氰菊酯的子代大脑海马单细胞图谱，揭示了神经干细胞命运改变是导致发育毒性的主要原因	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究孕期氟氯氰菊酯暴露对子代神经发育的毒性作用机制	孕期暴露于氟氯氰菊酯的大鼠及其子代	神经毒理学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	基因表达数据	不同年龄段的子代大鼠
1792	2025-06-19	[Integrating single-cell analysis and epharmalib reverse virtual screening to predict novel vascular endothelial cell targets of dapagliflozin in treating diabetic cardiomyopathy] 2025-Jun-24, Zhonghua xin xue guan bing za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn112148-20250213-00102 PMID:40528600	研究论文	本研究通过整合单细胞分析和ePharmaLib反向虚拟筛选技术，预测达格列净在治疗糖尿病心肌病中的血管内皮细胞新靶点	结合单细胞RNA测序和反向虚拟筛选技术，首次系统性地探索了达格列净在糖尿病心肌病中对内皮细胞异质性的影响及其潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性需要进一步验证	探究糖尿病心肌病中内皮细胞异质性并鉴定达格列净在心脏血管内皮细胞中的潜在治疗靶点	糖尿病心肌病小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、ePharmaLib反向虚拟筛选、微阵列芯片分析、Western blot、实时逆转录聚合酶链反应	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	野生型小鼠和db/db小鼠（糖尿病心肌病模型）的单细胞RNA测序数据，高脂饮食并接受达格列净治疗的小鼠心脏组织芯片数据，人脐静脉内皮细胞体外实验
1793	2025-06-19	Ginsenoside Compound K Mitigates Mitochondrial Fission Through Bile Acid Receptors/YAP Signaling to Counteract Podocyte Injury in Lupus Nephritis 2025-Jun-18, Phytotherapy research : PTR IF:6.1Q1 DOI:10.1002/ptr.8492 PMID:40528637	研究论文	本研究探讨了人参皂苷化合物K（CK）通过胆汁酸受体/YAP信号通路减轻线粒体分裂，从而对抗狼疮性肾炎中的足细胞损伤	揭示了CK通过调节胆汁酸受体-YAP轴来抑制线粒体过度分裂的新机制，为狼疮性肾炎提供了潜在的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探究CK在狼疮性肾炎中保护足细胞的分子机制	MRL/lpr小鼠和体外培养的足细胞	分子生物学与肾脏病学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、代谢组学分析、体外实验	NA	基因表达数据、代谢物数据	MRL/lpr小鼠（具体数量未明确说明）和体外培养的足细胞
1794	2025-06-19	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Jun-17, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次证明脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞对心肌梗死后促消退和修复反应的必要性，并展示了其治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及循环单核细胞的观察	探究心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞及其在心肌梗死后的功能	心血管疾病研究	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、联体共生、细胞过继转移	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、单细胞RNA测序数据、功能表征数据	小鼠模型和人类ST段抬高型心肌梗死患者与稳定型冠心病对照组的血液样本
1795	2025-06-19	Single-cell and bulk transcriptome analysis identifies B-cell subpopulations and associated cancer subtypes with distinct clinical and molecular characteristics 2025-Jun-17, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01082-5 PMID:40526246	研究论文	该研究通过单细胞和批量转录组分析，识别了B细胞亚群及其相关的癌症亚型，并揭示了这些亚群在临床和分子特征上的差异	整合了14个单细胞RNA测序数据集，识别了8个B细胞亚群，并构建了预测癌症预后和免疫治疗反应的模型	研究仅基于转录组数据，未涉及蛋白质水平或其他功能实验验证	研究B细胞亚群在泛癌中的临床和分子特征及其对癌症预后和免疫治疗反应的影响	B细胞亚群及其相关的癌症亚型	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组分析	预测模型	转录组数据	102,504个细胞来自424名患者，涵盖15种癌症类型
1796	2025-06-19	Clonal sharing of CD8+ T-cells links skin and joint inflammation in psoriatic arthritis 2025-Jun-17, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43286 PMID:40528683	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了银屑病关节炎（PsA）患者皮肤和关节炎症中CD8+ T细胞的表型和克隆性联系	首次揭示了皮肤和关节炎症中CD8+ T细胞的克隆共享现象，并发现这些细胞在两个部位具有相似的细胞毒性和组织驻留表型	样本量较小（仅6例皮肤样本和5例配对滑膜组织/滑液样本），且空间转录组学数据仅来自1例配对样本	验证银屑病关节炎患者皮肤和关节炎症在CD8+ T细胞表型和克隆性方面存在联系的假设	银屑病关节炎患者的皮肤和关节组织中的CD8+ T细胞	免疫学	银屑病关节炎	scRNAseq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	6例皮肤样本，5例配对滑膜组织/滑液样本，1例配对皮肤和滑膜活检样本，4例非配对活检样本
1797	2025-06-19	Single-cell multi-omics reveals that FABP1 + renal cell carcinoma drive tumor angiogenesis through the PLG-PLAT axis under fatty acid reprogramming 2025-Jun-16, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02377-9 PMID:40518526	research paper	该研究通过单细胞多组学分析揭示了FABP1+肾细胞癌通过PLG-PLAT轴在脂肪酸重编程下驱动肿瘤血管生成的机制	发现了FABP1+肿瘤亚群通过PLG-PLAT功能轴促进血管生成的新机制，并提出了靶向该轴可能增强酪氨酸激酶抑制剂治疗敏感性的潜在策略	研究结果主要基于单细胞和空间转录组学分析，需要更多体内外实验验证	探究肾细胞癌中脂肪酸代谢重编程与肿瘤血管生成的关系	FABP1+肾细胞癌亚群及其与内皮细胞的相互作用	肿瘤生物学	肾细胞癌	单细胞多组学分析、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，涉及肾细胞癌患者样本和临床前模型
1798	2025-06-19	Role of local complement activation in kidney fibrosis and repair 2025-Jun-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI188345 PMID:40519169	review	本文综述了局部补体激活在肾脏纤维化和修复中的作用	强调了局部补体激活在肾脏疾病中的致病作用及其作为治疗靶点的潜力	主要基于动物模型研究，人类临床数据有限	探讨局部补体激活在肾脏纤维化和修复中的作用	肾脏疾病（肾小球和肾小管间质疾病）	NA	慢性肾脏病（CKD）	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学	NA	NA	动物模型和人类肾脏活检样本
1799	2025-06-19	From inserts to chips: microfluidic culture and 3D astrocyte co-culture drive functional and transcriptomic changes in hiPSC-derived endothelial cells 2025-Jun-16, Fluids and barriers of the CNS IF:5.9Q1 DOI:10.1186/s12987-025-00672-7 PMID:40524169	research paper	该研究探讨了不同培养平台如何改变hiPSC衍生的内皮细胞（ECs）的功能和转录组表型	使用微流控BBB芯片平台（AKITA plate）和hiPSC衍生的星形胶质细胞共培养系统，研究了其对ECs功能和转录组的影响	需要进一步研究这些复杂细胞培养系统的特性	改进疾病模型和药物开发平台	hiPSC衍生的内皮细胞（ECs）和星形胶质细胞	生物医学工程	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	微流控BBB芯片平台（AKITA plate）	转录组数据	NA
1800	2025-06-19	Exploring T-cell metabolism in tuberculosis: development of a diagnostic model using metabolic genes 2025-Jun-16, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02768-0 PMID:40524207	研究论文	通过单细胞RNA测序分析结核病患者外周血单个核细胞，开发基于代谢基因的诊断模型	首次利用T细胞相关代谢差异表达基因构建结核病诊断模型，并揭示免疫代谢重编程在结核病进展中的关键作用	样本量较小（仅7人），需要更大规模验证	阐明活动性结核与潜伏感染免疫调控机制，开发新型诊断方法	结核病患者外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理	结核病	scRNA-seq	XGBoost, SVM-RFE, Boruta	RNA测序数据	7人（2健康对照+2潜伏感染+3活动性结核）