单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-07-15	Inhibition of Aspartate β-Hydroxylase Enhances Anti-Tumor Immunity 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S530987 PMID:40655119	研究论文	本研究探讨了抑制天冬氨酸β-羟化酶（ASPH）对增强抗肿瘤免疫的影响，并分析了相关免疫细胞的作用	首次揭示了ASPH抑制与DNA疫苗接种联合治疗可显著增强CD8+ T细胞的抗肿瘤免疫反应，并激活多种免疫细胞	研究仅在小鼠TC-1/A9模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	研究ASPH抑制对抗肿瘤免疫的诱导作用及其机制	小鼠TC-1/A9肿瘤模型及相关的免疫细胞	肿瘤免疫学	肿瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISPOT检测	小鼠肿瘤模型	实验数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠模型和多种免疫细胞分析
162	2025-07-15	The role of ATF3 in precision medicine of brain arteriovenous malformation: based on endothelial cell proliferation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567970 PMID:40655140	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，阐明了ATF3在脑动静脉畸形内皮细胞增殖中的关键作用	揭示了ATF3在BAVM发病机制中的关键作用，并验证了其通过影响内皮细胞增殖促进BAVM进展的可能性	NA	探索脑动静脉畸形的发病机制并开发新的治疗策略	脑动静脉畸形(BAVM)内皮细胞	精准医学	脑动静脉畸形	scRNA-seq, 多组学分析, 细胞实验(转染、CCK-8、RT-qPCR等)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
163	2025-07-15	Using pseudotime derivative on single-cell RNA sequencing data to identify genes undergoing cell cycle regulation 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf123 PMID:40655197	研究论文	本文开发了一种利用单细胞RNA测序数据中的伪时间导数来识别细胞周期调控基因的稳健方法	通过伪时间方法和基因表达速度计算，无需化学修饰或特定细胞周期阶段选择即可研究细胞周期	方法主要应用于细胞系实验，可能不适用于所有细胞类型	开发一种基于单细胞RNA测序研究细胞周期调控基因的新方法	细胞周期调控基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	伪时间方法	基因表达数据	NA
164	2025-07-15	Single-cell analysis reveals the spatiotemporal effects of long-term electromagnetic field exposure on the liver 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1579121 PMID:40655943	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了长期电磁场暴露对肝脏的时空影响	首次利用单细胞RNA测序和时空分辨分析技术，系统评估了长期电磁场暴露对肝脏不同细胞类型的影响	研究仅在小鼠模型中进行，结果可能无法完全反映人类情况	系统评估长期电磁场暴露对肝脏的影响	小鼠肝脏细胞	生物医学研究	肝脏疾病	单细胞RNA测序、脂质组学分析、组织学分析	NA	转录组数据、脂质组数据、组织学数据	长期暴露于2.45 GHz电磁场的小鼠
165	2025-07-15	Multi-Omics Analysis Reveals the transforming growth factor-β Signaling-Driven Multicellular Interactions with Prognostic Relevance in Cervical Cancer Progression 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.114505 PMID:40657372	研究论文	通过多组学分析揭示了TGF-β信号驱动的多细胞相互作用在宫颈癌进展中的预后相关性	首次在单细胞分辨率上系统描绘了宫颈癌进展中肿瘤微环境的时空演变，发现了一个新的转移相关上皮亚群（Epi0_AGR2）及其与中性粒细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）的协同作用	样本量相对较小（scRNA-seq n=11），且主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	阐明宫颈癌进展中肿瘤微环境异质性的动态变化及其预后意义	宫颈癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, mIHC	计算模型	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据	scRNA-seq（n=11：局部3例，区域4例，转移4例），TCGA-CESC队列（n=304）
166	2025-07-15	Integration of Multi-Scale Profiling and Machine Learning Reveals the Prognostic Role of Extracellular Matrix-Related Cancer-Associated Fibroblasts in Lung Adenocarcinoma 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.113580 PMID:40657391	研究论文	本研究通过整合多尺度分析和机器学习，揭示了细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞（eCAFs）在肺腺癌（LUAD）中的预后作用	首次将eCAFs与SPP1+巨噬细胞的相互作用机制与LUAD的进展和预后联系起来，并开发了一个基于28个eCAFs相关基因的预后模型	需要进一步的实验验证	探索eCAFs及其与SPP1+巨噬细胞的相互作用在LUAD进展和预后中的作用	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，机器学习	机器学习算法	转录组数据	15个LUAD肿瘤样本，整合了TCGA、GSE31210、GSE72094等多队列数据
167	2025-07-14	Impact of intercellular adhesion molecule 1-positive dental pulp stem cells in deep caries progression 2025-Aug, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14248 PMID:40343788	research paper	本研究探讨了深龋进展中ICAM1阳性牙髓干细胞（ICAM1+ DPSCs）的作用及其在免疫微环境中的功能	首次揭示了ICAM1+ DPSCs在深龋牙髓组织中的促炎作用及其对巨噬细胞炎症活性的增强机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床样本数量有限，需进一步验证	开发针对深龋的治疗策略	牙髓干细胞（DPSCs）和单核巨噬细胞	口腔医学	龋齿	单细胞测序、免疫荧光/流式细胞术、RT-qPCR、Western Blot、ELISA、SCENIC、RNA-seq	人类和小鼠模型	基因表达数据和细胞表型数据	人类和小鼠的深龋及健康牙髓组织
168	2025-07-14	Integrative Proteomics and Genomics Identify Novel Biomarkers and Therapeutic Targets in Vitiligo via Mendelian Randomization 2025-Aug, Dermatology and therapy IF:3.5Q1 DOI:10.1007/s13555-025-01448-5 PMID:40536728	研究论文	通过整合蛋白质组学和基因组学，结合孟德尔随机化方法，识别白癜风的新型生物标志物和治疗靶点	首次采用蛋白质组范围的孟德尔随机化（MR）结合转录组测序分析，鉴定与白癜风风险相关的候选蛋白标志物和治疗靶点	样本量相对较小（60例白癜风病例和402,672例对照；95例白癜风病例和337,064例对照），且数据主要来自欧洲人群，可能限制结果的普适性	识别白癜风的生物标志物和治疗靶点，改善其诊断和治疗	白癜风患者及其相关蛋白质和基因	基因组学与蛋白质组学	白癜风	孟德尔随机化（MR）、转录组测序（RNA-seq）、单细胞RNA-seq、生物信息学分析、分子对接	NA	基因组数据、蛋白质组数据、RNA-seq数据	60例白癜风病例和402,672例对照（EBI数据库）；95例白癜风病例和337,064例对照（UK Biobank）
169	2025-07-14	EIF4A3 Promotes Muscle Atrophy and Aging by Inhibiting the FAK Pathway Through NEDD9 mRNA Destabilization 2025-Aug, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.70010 PMID:40641186	研究论文	本研究探讨了EJC核心RNA解旋酶EIF4A3在肌肉萎缩和衰老中的作用及其机制	首次揭示了EIF4A3通过促进NEDD9 mRNA降解抑制FAK通路导致肌肉萎缩的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本数量有限(n=5)	探究外显子连接复合体(EJC)在肌肉萎缩中的作用	肌肉组织、肌管细胞、年轻与老年人类和小鼠样本	分子生物学	肌肉萎缩	单细胞转录组分析、RNA-seq、RIP-seq、RT-qPCR、免疫印迹	NA	转录组数据、蛋白质数据	人类样本：5例(年轻vs老年)；小鼠样本：6-10例/组；体外实验n=6
170	2025-07-14	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals intratumor heterogeneity phenotypes and immune infiltration in pancreatic cancer 2025-Jul-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03080-3 PMID:40652419	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺癌中的肿瘤内异质性表型及其与免疫浸润的关系	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，系统研究了胰腺癌中的肿瘤内异质性及其临床意义	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探究胰腺癌中肿瘤内异质性的临床意义及其与免疫微环境的关系	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	机器学习模型	转录组数据	TCGA和GEO数据库中的胰腺癌样本
171	2025-07-14	Unraveling the Transcription Factor Code of Odontoblast Differentiation 2025-Jul-12, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251348148 PMID:40650465	研究论文	本文通过单细胞RNA-seq分析揭示了控制小鼠牙齿持续生长过程中成牙本质细胞分化的转录因子代码	首次评估了4种转录因子在牙齿发育中的作用，并证明通过控制这些因子的过表达可以引导小鼠诱导多能干细胞分化为成牙本质细胞样表型	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类细胞中验证	解析成牙本质细胞分化的分子机制并为组织工程提供新方法	小鼠牙齿干细胞和诱导多能干细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	持续生长的小鼠牙齿样本
172	2025-07-14	Zmiz1-Mediated SUMOylation of NLRP3 Inflammasome Regulates Satellite Glial Cell Activation and Neuronal Autophagy in Trigeminal Neuralgia 2025-Jul-12, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02330-4 PMID:40650830	研究论文	本研究揭示了Zmiz1通过促进NLRP3炎症小体的SUMO化，调节三叉神经痛中卫星胶质细胞激活和神经元自噬的新机制	首次发现Zmiz1作为关键调控因子，通过促进NLRP3的SUMO化影响三叉神经痛的病理过程	研究主要基于大鼠模型，人类临床样本验证不足	阐明三叉神经痛中神经炎症和卫星胶质细胞激活的分子机制	三叉神经痛大鼠模型和体外培养的卫星胶质细胞与神经元	神经生物学	三叉神经痛	单细胞转录组学、共表达网络分析、Co-IP、Western blotting	大鼠疼痛模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明具体样本数量，使用了大鼠模型和体外细胞实验
173	2025-07-14	Quantification of transcript isoforms at the single-cell level using SCALPEL 2025-Jul-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61118-0 PMID:40640129	研究论文	介绍了一种名为SCALPEL的Nextflow工具，用于从标准的3'单细胞RNA测序数据中量化和表征转录本异构体	SCALPEL在合成数据中表现出比其他工具更高的敏感性和特异性，能够揭示使用单细胞基因表达数据无法检测到的新细胞群体，并确认已知的3' UTR长度变化	NA	探索单细胞水平上的转录后基因调控机制	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
174	2025-07-14	Ontogeny-specific induction of the KMT2A::AFF1-fusion drives development of a distinct CD24 positive pre-leukemic state 2025-Jul-11, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-025-02665-9 PMID:40646135	研究论文	本研究通过新型小鼠KMT2A::AFF1模型，揭示了KMT2A::AFF1融合基因在胚胎期诱导的独特CD24阳性前白血病状态	首次建立了可精确诱导KMT2A::AFF1融合基因的小鼠模型，并发现胚胎期特异性扩增的CD24阳性前ProB细胞亚群具有前白血病干细胞特征	研究主要基于小鼠模型，人类疾病直接相关性需进一步验证	探究KMT2A::AFF1融合基因在胚胎期诱导白血病发生的起始机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及CD24阳性前ProB细胞亚群	血液肿瘤学	急性淋巴细胞白血病（ALL）	单细胞转录组测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型及人类KMT2A::AFF1患者样本
175	2025-07-14	Targeting ribosomes reprograms the tumour microenvironment and augments cancer immunotherapy 2025-Jul-11, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03109-y PMID:40646287	研究论文	该研究探讨了靶向核糖体对肿瘤微环境的重编程作用及其在增强癌症免疫治疗中的潜力	揭示了细胞核糖体生物合成在维持免疫抑制性非癌细胞中的先前未被认识的作用，并提出了通过阻断核糖体生物合成来恢复免疫监视的新策略	研究主要依赖于免疫活性体内模型和单细胞RNA测序数据，可能需要在更广泛的临床样本中进行验证	研究核糖体生物合成阻断对肿瘤微环境的免疫调节作用及其在癌症免疫治疗中的应用	肿瘤微环境中的癌细胞和非癌细胞	癌症免疫治疗	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	免疫活性体内模型	RNA测序数据、临床样本数据	免疫活性体内模型、大规模人类scRNA-seq数据、内部临床样本
176	2025-07-14	Protocol for predicting single- and multiple-dose-dependent gene expression using deep generative learning 2025-Jul-11, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103932 PMID:40650899	研究论文	本文提出了一种使用深度生成学习预测单剂量和多剂量依赖性基因表达的协议	开发了scVIDR，一种专为剂量依赖性化学扰动设计的VAE模型，用于单细胞基因表达建模	未提及模型在特定数据集上的性能限制或适用范围	预测单剂量和多剂量依赖性基因表达	单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据	机器学习	NA	scRNA-seq	VAE	基因表达数据	NA
177	2025-07-14	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-Jul-10, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	研究论文	本研究通过整合空间转录组学(ST)和单核RNA测序(snRNA-seq)数据，提高了阿尔茨海默病(AD)相关表型的空间信息差异基因表达(DGE)分析能力	首次整合ST和snRNA-seq数据进行空间信息增强的细胞类型特异性DGE分析，发现传统CTS分析无法检测到的AD风险基因	ST数据样本量较小可能限制分析效力，研究仅针对DLPFC脑区	提高阿尔茨海默病相关表型的空间分辨基因表达分析能力	436例死后大脑的背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST), 单核RNA测序(snRNA-seq)	线性混合模型	基因表达数据	436个死后大脑样本的DLPFC组织，约150万个细胞
178	2025-07-14	PLIN2 promotes colorectal cancer progression through CD36-mediated epithelial-mesenchymal transition 2025-Jul-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07836-1 PMID:40640171	研究论文	该研究揭示了PLIN2通过CD36介导的上皮-间质转化促进结直肠癌进展的分子机制	首次发现PLIN2/CD36轴通过稳定CD36蛋白表达促进EMT过程，为结直肠癌治疗提供新靶点	未在更多临床队列中验证PLIN2的预后价值，动物模型需要进一步优化	探究结直肠癌进展的关键分子机制并构建预后预测模型	结直肠癌细胞系和临床患者样本	肿瘤分子生物学	结直肠癌	WGCNA、scRNA-seq、空间转录组、免疫共沉淀	LASSO回归模型、Cox回归模型	基因表达谱数据、单细胞测序数据、组织芯片数据	120个免疫细胞表达谱+临床标本验证
179	2025-07-14	Exploration and validation of the prognostic value of mitophagy and mitochondrial dynamics-related genes in cervical cancer 2025-Jul-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-09310-6 PMID:40640353	研究论文	本研究探讨并验证了线粒体自噬和线粒体动力学相关基因在宫颈癌中的预后价值	首次结合孟德尔随机化(MR)和101种机器学习模型识别宫颈癌中线粒体自噬和线粒体动力学相关的预后基因，并构建了风险分层模型	研究样本量未明确说明，且模型AUC值仅超过0.6，预测准确性有待提高	评估线粒体自噬和线粒体动力学过程在宫颈癌中的预后意义	宫颈癌患者	数字病理学	宫颈癌	孟德尔随机化(MR)，机器学习，单细胞RNA测序(scRNA-seq)，基因集富集分析(GSEA)	101种机器学习模型	基因表达数据	NA
180	2025-07-14	Single cell RNA sequencing analysis of mice hindlimb muscles identifies transcriptional heterogeneity in aging and physical frailty 2025-Jul-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10421-3 PMID:40640360	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠后肢肌肉，揭示了衰老和身体衰弱中的转录异质性	首次在单细胞水平上研究了衰老相关和年龄无关的衰弱转录变化，并鉴定了B细胞和卫星细胞在衰弱过程中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究衰老和身体衰弱的分子机制	小鼠后肢肌肉细胞	单细胞转录组学	老年疾病	单细胞RNA测序, SMART-sequencing	NA	RNA-seq数据	年轻和老年小鼠（分为非衰弱年轻/老年组和衰弱老年组）