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当前共找到 10349 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-12-16 |
A chromosome-level assembly and functional genomic resources for the model annelid Capitella teleta
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685816
PMID:41279112
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研究论文 | 本研究通过结合长读长和短读长测序与Hi-C染色质构象捕获数据，组装了多毛类模型生物Capitella teleta的染色体水平基因组，并提供了功能基因组资源 | 首次为C. teleta实验室品系组装了染色体水平的核基因组和线粒体基因组，揭示了基因组重排现象，并利用多组学数据集改进了基因标记识别和生物学见解 | 未明确提及具体样本数量或实验重复，可能限制统计稳健性 | 为多毛类模型生物Capitella teleta提供先进的基因组资源，以支持进化发育生物学、比较基因组学和生态毒理学研究 | 多毛类动物Capitella teleta的实验室品系 | 比较基因组学 | NA | 长读长测序, 短读长测序, Hi-C染色质构象捕获, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, EM-seq | NA | 基因组序列, 转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, EM-seq | NA | NA |
| 162 | 2025-12-16 |
Empirical Evaluation of Single-Cell Foundation Models for Predicting Cancer Outcomes
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685892
PMID:41279698
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研究论文 | 本文系统评估了九种单细胞基础模型和三种基线方法在六项癌症相关任务中的表现，以探索其在预测癌症临床结果方面的实用性 | 首次对多种单细胞基础模型在癌症患者临床结果预测任务上进行系统性评估，并比较了零样本学习、持续训练和微调等不同条件下的性能 | 当前单细胞基础模型在预测癌症患者临床和生物学结果方面相比简单基线模型优势有限，且需要更多癌症单细胞队列数据支持 | 评估单细胞基础模型在癌症临床相关任务中的表现，推动其在精准肿瘤学中的应用 | 单细胞RNA测序数据，癌症患者样本 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 基础模型，基线模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 163 | 2025-12-16 |
Spatial Transcriptomics Identify T Cell-Driven Mechanisms of Kidney Damage in Immune Checkpoint Inhibitor-Associated Acute Interstitial Nephritis
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685702
PMID:41280053
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎（ICI-AIN）中T细胞驱动的肾脏损伤机制 | 首次应用亚细胞分辨率空间转录组学平台（Xenium Prime 5K）比较ICI-AIN与ICI-ATN的肾脏组织细胞组成，识别出独特的炎症微环境及CD8+ T细胞通过IFN-γ驱动髓系细胞炎症程序的空间交互机制 | 样本量较小（仅8例活检标本），且为观察性研究，需更大规模验证 | 阐明免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎（ICI-AIN）的炎症发生机制 | 接受免疫检查点抑制剂治疗患者的肾脏活检组织（4例ICI-AIN，4例ICI-ATN） | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 8例肾脏活检标本（4例ICI-AIN，4例ICI-ATN），共分析332,000个细胞 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium Prime 5K | Xenium Prime 5K空间转录组学平台（亚细胞分辨率） |
| 164 | 2025-12-16 |
Acetoacetate suppresses colon cancer via an MR1-MAIT axis
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.29.685375
PMID:41279095
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研究论文 | 本研究揭示了外源性酮体乙酰乙酸通过MR1-MAIT细胞轴抑制结肠癌生长的机制 | 首次阐明乙酰乙酸通过转化为甲基乙二醛，与微生物衍生的5-A-RU结合生成强效MR1配体5-OP-RU，从而选择性扩增并激活细胞毒性MAIT细胞的抗肿瘤机制 | 研究主要基于临床前模型，人类细胞培养实验的体内转化效果仍需验证，且未涉及长期安全性评估 | 探索乙酰乙酸在结直肠癌治疗中的免疫调节作用及分子机制 | 结直肠癌临床前模型、肿瘤单核细胞、MAIT细胞 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、遗传学敲除、抗体介导的细胞耗竭 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多个临床前结直肠癌模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 165 | 2025-12-16 |
A molecular map of the human spinal dorsal and ventral horn defines arrangement of neuronal types and glial sex differences
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685953
PMID:41279941
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研究论文 | 本研究通过深度单核测序和空间转录组学技术，绘制了人类脊髓背角和腹角的分子图谱，揭示了神经元类型的空间排列和胶质细胞的性别差异 | 首次结合单核测序和单分子空间转录组学，系统解析了人类脊髓背角和腹角的细胞多样性空间特性，并发现了胶质细胞在转录组水平的性别特异性类型和状态 | 研究基于死后器官捐赠者组织，样本量相对较小（11例），且可能无法完全反映活体生理状态 | 理解人类脊髓的细胞多样性空间特性和性别差异，以促进脊髓生理学和神经系统疾病（特别是疼痛）药物靶点的研究 | 人类腰椎脊髓背角和腹角组织样本 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单核测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 11例器官捐赠者（6名女性，5名男性）的腰椎脊髓样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium 单分子空间转录组学平台 |
| 166 | 2025-12-16 |
SpaTM: topic models for inferring spatially informed transcriptional programs
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf657
PMID:41359801
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpaTM的空间主题模型框架，用于从注释引导和无注释角度联合分析空间转录组数据，以推断空间信息化的转录程序 | SpaTM能够同时进行注释引导和无注释的空间转录组分析，学习基于组织学的基因程序，并在手动注释有限或嘈杂时推断空间域，提供了一个统一且可解释的分析框架 | NA | 开发一个统一的框架来分析和解释空间转录组数据，以增强对组织结构和疾病的理解 | 空间转录组数据，具体应用于背外侧前额叶皮层和导管癌样本，以及人类大脑中的大规模单核RNA测序图谱 | 空间转录组学 | 抑郁症 | 空间转录组学 | 主题模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 167 | 2025-12-16 |
Defects in the DNA Damage Response of Patient-derived Endometriosis Stromal Cells
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.29.685406
PMID:41278719
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研究论文 | 本研究探讨了子宫内膜异位症患者来源的基质细胞在DNA损伤反应中的缺陷 | 首次在患者来源的月经流出物基质细胞中揭示了子宫内膜异位症相关的DNA损伤反应缺陷，并发现其与MRN复合物下调相关 | 研究基于体外细胞系模型，可能无法完全反映体内情况；样本量未明确说明 | 研究子宫内膜异位症患者基质细胞的DNA损伤反应机制 | 患者来源的月经流出物基质细胞（来自健康捐赠者和子宫内膜异位症患者） | 分子生物学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 168 | 2025-12-16 |
CONTRASTIVE LINEAR REGRESSION
2025-Sep, The annals of applied statistics
DOI:10.1214/24-aoas1977
PMID:41383351
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研究论文 | 本文提出了一种对比线性回归方法，用于处理具有响应变量的案例-对照研究数据，以识别与案例特定响应相关的预测因子 | 开发了对比回归模型，能够捕获案例和对照组预测因子之间的共享低维变异，并通过移除共享变异后的剩余方差解释案例特定响应变量 | NA | 旨在识别与疾病严重程度或干预剂量等响应变量相关的生物信息学预测因子 | 慢性鼻窦炎伴或不伴鼻息肉患者的单细胞RNA测序数据，以及自闭症患者与对照者死后脑样本的单核RNA测序数据 | 机器学习 | 慢性鼻窦炎，自闭症 | 单细胞RNA测序，单核RNA测序 | 对比线性回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单核RNA-seq | NA | NA |
| 169 | 2025-12-16 |
A spatiotemporal atlas of mouse gastrulation and early organogenesis to explore axial patterning and project in vitro models onto in vivo space
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116047
PMID:40728928
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研究论文 | 本研究构建了一个小鼠原肠胚形成和早期器官发生时空图谱，用于探索轴向模式，并将体外模型投射到体内空间 | 整合了E7.25和E7.5天的空间转录组数据与现有E8.5空间及E6.5-E9.5单细胞RNA-seq图谱，创建了包含超过15万个细胞、82种精细细胞类型注释的时空图谱，揭示了原条中胚层命运决定的空间逻辑 | 研究主要聚焦于特定胚胎发育阶段（E6.5-E9.5），可能未完全覆盖更早期或更晚期的发育事件 | 探索小鼠原肠胚形成和早期器官发生过程中的空间转录组动态和轴向模式 | 小鼠胚胎（E6.5-E9.5发育阶段） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 计算分析流程 | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 超过150,000个细胞 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 170 | 2025-12-16 |
Etiological basis for chronic pain genetic variation in brain and dorsal root ganglia cell types
2025-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.07.03.25330832
PMID:40630576
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研究论文 | 本研究通过整合慢性疼痛的GWAS数据与人类大脑、背根神经节及小鼠背角的单细胞测序数据，揭示了慢性疼痛在特定神经元亚型中的遗传基础 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示了慢性疼痛的遗传变异在人类大脑和背根神经节特定细胞类型中的富集模式，并整合了跨物种（人/鼠）的染色质可及性数据 | 样本量相对有限（特别是患者DRG样本仅12例），且小鼠模型数据与人类数据的直接可比性可能存在物种差异 | 解析慢性疼痛的细胞类型特异性遗传结构，为靶向治疗研究提供基础 | 慢性疼痛患者群体、人类大脑组织、人类背根神经节组织、小鼠背角组织 | 生物信息学 | 慢性疼痛 | 全基因组关联研究、单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观基因组数据 | GWAS样本1,235,695例；患者背根神经节样本12例 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞染色质可及性分析 | NA | NA |
| 171 | 2025-12-16 |
Developmental Origins and Oncogenesis in Medulloblastoma
2025-07, Annual review of neuroscience
IF:12.1Q1
|
综述 | 本文综述了髓母细胞瘤的发育起源和致癌机制，重点讨论了其分子亚群的细胞起源、可塑性、异质性以及相关的遗传和表观遗传改变 | 整合了最新的单细胞转录组学研究，提出了各分子亚群特异性遗传-表观遗传改变导致神经发育程序停滞并引发肿瘤的新观点，并强调了靶向特定致癌脆弱性的治疗进展 | NA | 探讨髓母细胞瘤的细胞起源、肿瘤发生机制以及相关治疗策略 | 髓母细胞瘤及其分子亚群 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 172 | 2025-12-16 |
A pair-rule-like transcription network coordinates neural tube closure in a proto-vertebrate
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.18.660479
PMID:40666853
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研究论文 | 本研究在尾索动物中揭示了一个由转录因子调控的、类似于体节形成对规则基因网络的转录回路，该回路通过协调细胞增殖与神经褶融合来调控神经管闭合过程 | 首次在原始脊椎动物（尾索动物）中发现了一个调控神经管闭合的、具有对规则基因样表达模式的转录网络，揭示了从早期神经模式化到形态发生执行的转录转换机制 | 研究主要基于尾索动物模型，其机制在高等脊椎动物中的保守性仍需进一步验证；单细胞RNA-seq数据仅提供了转录组层面的证据，功能验证有待加强 | 探究神经管闭合过程中协调细胞行为的转录调控程序 | 尾索动物（Ciona）胚胎的神经管闭合过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，高分辨率HCR原位杂交，错误表达研究 | NA | 基因表达数据，单细胞转录组数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 173 | 2025-12-16 |
Spatially defined multicellular functional units in colorectal cancer revealed from single cell and spatial transcriptomics
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.10.02.508492
PMID:40667258
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序、Slide-seq空间转录组学和多重RNA分析，绘制了健康和发育不良结肠细胞生态系统的详细空间图谱，揭示了结直肠癌中空间定义的多细胞功能单元 | 创新点在于整合单细胞和空间转录组学技术，首次在结直肠癌中识别出具有特定细胞组成和功能互动的空间细胞邻域，并展示了这些特征在小鼠与人类之间的保守性 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全捕捉人类结直肠癌的全部异质性，且空间分辨率受Slide-seq技术限制 | 研究目标是表征结直肠癌中细胞生态系统的空间组织和功能互动，以理解疾病进展机制 | 研究对象包括诱导性遗传结直肠癌小鼠模型和人类结直肠癌样本，涵盖健康和发育不良的结肠组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多重RNA分析 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Slide-seq | Slide-seq空间转录组学技术 |
| 174 | 2025-12-16 |
A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity
2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.02.656433
PMID:40502191
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研究论文 | 本研究利用成像空间转录组学技术，分析了17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺部，构建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱，以揭示肺部发育和疾病中的分子空间关系 | 首次创建了涵盖发育和疾病严重程度的人类婴儿肺部空间转录组图谱，并提出了基于胎龄和寿命的简化分类方案，超越了传统的“疾病vs.对照”二元比较 | 样本量相对有限（17例），且主要关注急性新生儿肺损伤，可能无法完全代表其他肺部疾病或更广泛的发育阶段 | 阐明肺部器官发生过程中的细胞转变时序和调控机制，以及疾病如何破坏这些空间分子关系 | 人类婴儿肺部组织 | 空间转录组学 | 新生儿肺损伤 | 成像空间转录组学 | 计算聚类方法 | 空间转录组数据 | 17个人类婴儿肺部样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 175 | 2025-12-16 |
Brain tumors induce immunoregulatory dendritic cells in draining lymph nodes that can be targeted by OX40 agonist treatment
2025-May-19, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011548
PMID:40389372
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研究论文 | 本研究探讨了脑肿瘤如何诱导引流淋巴结中的免疫调节性树突状细胞，并发现OX40激动剂治疗可靶向这些细胞 | 揭示了脑肿瘤引流淋巴结中树突状细胞的独特免疫调节功能，并首次将OX40信号通路与CCR7+OX40+树突状细胞的直接作用及对T细胞的间接影响联系起来 | 研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；未详细探讨其他免疫细胞或信号通路在脑肿瘤免疫微环境中的潜在作用 | 研究脑肿瘤免疫微环境中树突状细胞的免疫调节功能及其对治疗反应的影响 | 小鼠胶质瘤和淋巴瘤模型中的树突状细胞及T细胞 | 免疫学 | 脑肿瘤 | 高分辨率流式细胞术、单细胞RNA测序、体外和体内功能表征 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 176 | 2025-12-16 |
Single-cell RNA sequencing reveals cellular diversity and gene expression dynamics in maize root development
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1666531
PMID:41393869
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，解析了玉米根尖发育过程中的细胞多样性和基因表达动态 | 首次在单细胞分辨率下绘制了玉米根尖的转录组图谱，揭示了不同于拟南芥和水稻的激素相关基因表达模式，并识别了细胞命运决定的关键候选调控因子 | 研究仅聚焦于根尖区域，未涵盖整个根系；功能推断基于生物信息学分析，缺乏直接的实验验证 | 阐明玉米根发育的分子基础及细胞异质性 | 玉米根尖细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析、加权基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量（玉米根尖细胞） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 177 | 2025-12-16 |
Single-cell RNA-seq reveals breast cancer heterogeneity and identifies TCP1 as a therapeutic target in breast cancer
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.20451
PMID:41394417
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术解析乳腺癌的肿瘤异质性，并识别TCP1作为潜在治疗靶点 | 通过单细胞RNA测序高分辨率揭示乳腺癌肿瘤微环境中的细胞异质性，首次将KRT17阳性亚群与干细胞样表型及患者生存分层关联，并验证TCP1在乳腺癌细胞迁移和侵袭中的关键作用 | 研究样本量相对有限（68个标本），且主要基于回顾性数据分析，需要进一步功能实验和临床试验验证TCP1的治疗潜力 | 解析乳腺癌的肿瘤异质性并识别新的治疗靶点 | 乳腺癌患者肿瘤样本（68个标本）及乳腺癌细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），拷贝数变异推断（inferCNV） | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 68个乳腺癌标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 178 | 2025-12-16 |
Single-cell profiling identifies heterogeneity of the immune microenvironment in healthy, primary and lymph node metastatic BC
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1690992
PMID:41394809
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫组织化学数据，揭示了乳腺癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其与免疫微环境的相互作用 | 鉴定了两种先前未表征的、肿瘤富集的内皮细胞亚型EC4和EC5，揭示了它们在乳腺癌亚型中的特异性功能适应和预后意义，并发现了这些新EC亚群与免疫细胞（特别是CD8+T细胞和巨噬细胞）之间新颖的、亚型特异性的通讯 | 研究样本量相对有限（约12个样本），且主要基于转录组学分析，功能验证有待进一步深入 | 阐明乳腺癌及其淋巴结转移中肿瘤内皮细胞的异质性及其与免疫微环境的复杂相互作用，以揭示发病机制并寻找治疗靶点 | 乳腺癌原发肿瘤、淋巴结转移组织和健康组织中的细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 约98,000个细胞（来自约12个样本） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 179 | 2025-12-16 |
Efferocytosis-induced metabolic shift in bone macrophages drives lactate production and modulates inflammation and osteoclastogenesis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1650465
PMID:41394808
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析吞噬凋亡成骨细胞的骨髓巨噬细胞，揭示了两个独特的巨噬细胞亚群，这些亚群表现出增强的糖酵解代谢和抗炎基因特征，并探讨了乳酸在调节骨微环境中的作用 | 首次在骨巨噬细胞中通过单细胞RNA测序识别出efferocytosis诱导的两个独特亚群，并揭示了其糖酵解代谢转变及乳酸产生对骨微环境的调节作用 | 研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证；样本来源有限，仅使用骨髓来源的巨噬细胞；未深入探讨乳酸调节的具体分子机制 | 探究巨噬细胞吞噬凋亡成骨细胞后的代谢转变及其对骨微环境炎症和破骨细胞生成的影响 | 骨髓来源的巨噬细胞、凋亡的成骨细胞 | 单细胞组学 | 骨代谢疾病 | 单细胞RNA测序、qRT-PCR、代谢组学分析、乳酸ELISA | NA | 单细胞RNA测序数据、代谢组学数据、基因表达数据 | 未明确指定样本数量，但基于骨髓来源巨噬细胞的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 180 | 2025-12-16 |
Unveiling the novel value of TREM1 in the proneural-mesenchymal transition of glioma via tumor-associated macrophages
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1662351
PMID:41394801
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研究论文 | 本研究揭示了TREM1在胶质母细胞瘤中通过肿瘤相关巨噬细胞介导的神经前-间质转化中的新作用 | 首次将TREM1在TAMs中鉴定为驱动GBM神经前-间质转化的关键生物标志物，并通过TLR4/PI3K/AKT/mTOR轴阐明其作用机制 | 样本量相对较小（7名患者），且体内实验仅使用了腹腔给药模型，可能无法完全反映临床情况 | 探究TREM1在胶质母细胞瘤神经前-间质转化中的作用及其机制 | 胶质母细胞瘤患者样本、肿瘤相关巨噬细胞、恶性细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, mRNA测序, 加权基因共表达网络分析, LASSO-Cox回归 | NA | 单细胞RNA测序数据, mRNA测序数据 | 7名胶质母细胞瘤患者的24,366个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |