单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7416 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-09-15 |
Joint single-cell profiling of Cas9 edits and transcriptomes reveals widespread off-target events and effects on gene expression
2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.636966
PMID:40909645
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研究论文 | 开发Superb-seq技术，实现单细胞水平同时测量Cas9编辑结果及其对基因表达的影响 | 首次结合T7转录和单细胞RNA测序，在单细胞分辨率下联合检测Cas9靶向和脱靶编辑及其功能效应 | 研究仅针对K562细胞系和四个染色质重塑基因，尚未在其他细胞类型或全基因组范围验证 | 评估CRISPR-Cas9基因组编辑的脱靶效应及其对基因表达的影响 | K562细胞系中的10,000个单细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, T7转录, CRISPR-Cas9编辑 | NA | 单细胞转录组数据 | 10,000个K562细胞，使用7个guide RNAs靶向4个基因 |
| 162 | 2025-09-15 |
PCK1 and ALDH1A1 are identified as biomarkers for inherent drug resistance in hepatocellular carcinoma
2025-Aug-26, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03481-4
PMID:40856889
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学识别肝细胞癌中与固有耐药性相关的生物标志物PCK1和ALDH1A1 | 首次结合单细胞测序与空间转录组学技术揭示HCC肿瘤异质性，并发现PCK1和ALDH1A1作为固有耐药性的新型生物标志物 | 研究样本来源于接受乐伐替尼治疗的患者，可能存在特定药物偏倚，且样本量未明确说明 | 探究肝细胞癌的肿瘤异质性并识别与固有耐药性相关的生物标志物 | 肝细胞癌患者肿瘤样本中的恶性细胞亚群 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, 伪时序分析 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量的肝细胞癌患者肿瘤样本 |
| 163 | 2025-09-15 |
Single-cell RNA sequencing reveals different cellular states in malignant cells and the tumor microenvironment in primary and metastatic ER-positive breast cancer
2025-Aug-26, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-025-00808-w
PMID:40858590
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示ER阳性乳腺癌原发灶和转移灶中恶性细胞及肿瘤微环境的细胞状态差异 | 首次在未配对患者样本中系统比较原发与转移性ER阳性乳腺癌的单细胞转录组特征，识别转移灶中促肿瘤微环境的关键细胞亚型 | 样本量有限（23例患者），且为未配对样本设计 | 阐明ER阳性乳腺癌从原发向转移转变的遗传和分子机制 | 23例女性ER阳性乳腺癌患者（原发或转移灶）的单细胞转录组数据 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | NA | 单细胞转录组数据 | 23例女性患者样本 |
| 164 | 2025-09-15 |
MYD88 mutations in clonal hematopoiesis promote inflammation and hematopoietic stem cell expansion
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.19.660202
PMID:40667002
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研究论文 | 本研究探讨MYD88突变在克隆性造血中的作用及其通过激活先天免疫通路促进炎症和造血干细胞扩张的机制 | 首次系统揭示MYD88突变（包括淋巴瘤相关和新变异）在普通人群和实体癌患者中促进克隆性造血的功能获得性机制 | 未明确说明样本规模及统计显著性，对罕见突变的全面性分析可能有限 | 阐明MYD88基因突变在克隆性造血（CHIP）中的致病机制及炎症促进作用 | 人类普通人群和初诊实体癌患者的血细胞，以及小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | 血液肿瘤学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序，基因突变分析，IRAK1/4抑制剂干预 | 小鼠基因工程模型 | 基因组数据，转录组数据 | NA |
| 165 | 2025-09-15 |
An emergent disease-associated motor neuron state precedes cell death in a mouse model of ALS
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.21.671404
PMID:40909710
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研究论文 | 通过单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示ALS小鼠模型中运动神经元退化的分子机制和选择性易感性 | 首次发现并命名了'疾病相关运动神经元'(DAMNs)这一新型细胞状态，并鉴定了调控健康细胞向DAMNs转变的转录因子网络 | 研究基于SOD1-G93A ALS小鼠模型，结果向人类ALS的普适性需要进一步验证 | 探究肌萎缩侧索硬化(ALS)中运动神经元退化和选择性易感性的分子决定因素 | SOD1-G93A ALS小鼠模型的脊髓运动神经元 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化(ALS) | 单核转录组测序、染色质可及性分析、空间转录组学 | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | ALS小鼠模型的脊髓运动神经元（具体数量未在摘要中说明） |
| 166 | 2025-09-15 |
Mendelian randomization and single-cell analysis reveal causal relationships between renal clear cell carcinoma, kidney fibrosis, and inflammatory factors
2025-Aug-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03343-z
PMID:40853443
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研究论文 | 本研究利用孟德尔随机化和单细胞分析探讨肾透明细胞癌与肾脏纤维化及炎症因子之间的因果关系 | 首次结合双向孟德尔随机化与单细胞RNA测序分析，揭示肾癌与特定炎症因子的遗传因果关系并解析肿瘤微环境异质性 | 基于GWAS数据的孟德尔随机化分析可能受遗传工具变量限制，单细胞数据来源单一（仅GEO数据库一个数据集） | 评估肾癌与肾脏纤维化及炎症因子之间的因果关系，并探索肿瘤微环境特征 | 肾透明细胞癌患者遗传数据和肿瘤微环境细胞 | 生物信息学 | 肾癌 | 孟德尔随机化分析，单细胞RNA测序 | MR Egger, IVW, weighted mode方法 | 遗传数据，单细胞RNA测序数据 | 基于大规模GWAS数据，单细胞数据来自GEO数据库（GSM4819725） |
| 167 | 2025-09-15 |
CD38+ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.29.667333
PMID:40766487
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研究论文 | 本研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学揭示了快速进展性口腔炎症中CD38+内皮细胞重塑的空间多样性血管病变程序 | 首次发现CD34-VEC丢失和CD38-VEC扩张是快速进展性口腔炎症的空间特异性标志，并开发了三重空间分析方法 | 样本量相对有限（总计59个样本），且主要聚焦于特定口腔炎症类型 | 探究快速进展性口腔炎症的细胞机制和空间结构特征 | 种植体周围炎和重度牙周炎患者的口腔黏膜组织 | 数字病理学 | 口腔炎症疾病 | scRNA-seq, 空间蛋白质组学, 激光捕获显微切割, 微生物组分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间蛋白质组数据, 微生物组数据 | 总计59个样本（36个scRNA-seq样本，15个空间蛋白质组样本，8个匹配活检样本），共683,792个细胞 |
| 168 | 2025-09-15 |
Identification of endothelial INSR as an osteosarcoma-related biomarker and therapeutic target based on weighted gene co-expression network analysis
2025-Aug-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03414-1
PMID:40846806
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研究论文 | 通过加权基因共表达网络分析和单细胞分析，鉴定内皮细胞INSR作为骨肉瘤的潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次结合WGCNA和单细胞RNA测序技术，发现内皮细胞INSR在骨肉瘤中的关键作用并验证其作为独立风险因子 | 研究基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证INSR的功能机制 | 识别骨肉瘤的新型治疗靶点 | 骨肉瘤患者基因表达数据和肿瘤微环境细胞 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | WGCNA, scRNA-seq, 差异表达分析, Cox回归分析 | NA | 基因表达数据, 临床数据 | 多个公共数据库（TCGA、GTEx、GEO）的骨肉瘤样本数据 |
| 169 | 2025-09-15 |
Healing of lytic lesions and restoration of bone health in multiple myeloma through sclerostin inhibition
2025-Aug-22, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-025-00699-4
PMID:40847323
|
研究论文 | 本研究探讨了通过抑制硬化素（Scl-ab）促进多发性骨髓瘤患者溶骨性病变愈合和骨健康恢复的效果 | 首次证明Scl-ab不仅能促进骨骼修复，还能增强抗癌药物的肿瘤抑制效果，并通过单细胞RNA测序揭示了其作用机制 | 研究主要基于临床前小鼠模型和回顾性患者分析，需要前瞻性临床试验进一步验证 | 评估硬化素抑制剂在多发性骨髓瘤骨病治疗中的疗效和机制 | 多发性骨髓瘤小鼠模型和缓解期患者样本 | 肿瘤学研究 | 多发性骨髓瘤 | bulk和单细胞RNA测序，回顾性分析 | NA | RNA测序数据，临床数据 | 临床前小鼠模型和患者样本（具体数量未明确说明） |
| 170 | 2025-09-15 |
Elucidating the dynamic tumor microenvironment through deep transcriptomic analysis and therapeutic implication of MRE11 expression patterns in hepatocellular carcinoma
2025-Aug-21, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03931-7
PMID:40841647
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研究论文 | 通过深度转录组分析探索肝细胞癌肿瘤微环境动态变化，并验证MRE11基因的免疫调节与预后意义 | 首次整合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示MRE11通过cGAS-STING通路和HGF-MET轴调控免疫逃逸的新机制 | 样本量有限（92例患者），且主要依赖回顾性数据分析 | 探究肝细胞癌肿瘤微环境动态特征及MRE11的免疫调控功能 | 肝细胞癌患者组织样本及公共单细胞测序数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, qPCR, 免疫组化, Western blotting | 机器学习算法（101种） | 转录组数据、单细胞数据、空间转录数据 | 92例HCC患者样本+公共数据集验证 |
| 171 | 2025-09-15 |
Revelation of prognosis and tumor microenvironment of colorectal cancer based on genes related to antibody-dependent cellular phagocytosis and single-cell landscape
2025-Aug-21, Clinical proteomics
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s12014-025-09553-5
PMID:40841999
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研究论文 | 基于抗体依赖性细胞吞噬作用相关基因构建结直肠癌预后模型并探索肿瘤微环境特征 | 首次利用ADCP相关基因建立结直肠癌预后预测模型，并结合单细胞数据分析揭示基因在肿瘤微环境中的细胞分布特征 | 研究基于公共数据库的回顾性数据，需要前瞻性临床验证 | 开发结直肠癌预后预测工具并指导治疗决策 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | RNA-seq, scRNA-seq, LASSO Cox回归, 分子对接 | Cox比例风险模型 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA-CRC队列（训练集）和GSE29621（验证集） |
| 172 | 2025-09-15 |
APOE-high myeloid cells are uniquely associated with metastatic intrathoracic lymph nodes obtained by EBUS-TBNA in primary lung cancer
2025-Aug-20, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01091-5
PMID:40835684
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研究论文 | 通过单细胞技术分析EBUS-TBNA样本，揭示转移性淋巴结中APOE高表达髓系细胞的独特免疫特征 | 首次在EBUS-TBNA样本中发现转移性淋巴结中APOE高表达髓系细胞的显著富集及其转录紊乱特征 | 样本量较小（18例转移患者+4例对照），仅针对胸腔内淋巴结 | 探索肺癌转移淋巴结的免疫微环境特征并评估其诊断价值 | 胸腔内淋巴结样本（来自原发性肺癌患者） | 癌症免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，质谱流式细胞分析 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质表达数据 | 22例样本（18例转移性淋巴结，4例非转移对照） |
| 173 | 2025-09-15 |
Single-cell transcriptome analysis identifies MIF as a novel tumor-associated neutrophil marker for pancreatic ductal adenocarcinoma
2025-Aug-20, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01085-3
PMID:40835726
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析识别MIF作为胰腺导管腺癌中肿瘤相关中性粒细胞的新标志物 | 首次鉴定出MIF+中性粒细胞作为PDAC的新型TAN亚型，并阐明其通过ERK/AKT通路和EMT促进肿瘤进展的机制 | NA | 探索胰腺导管腺癌中肿瘤相关中性粒细胞的亚型分类及其功能机制 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者组织、原位胰腺肿瘤模型和患者来源异种移植（PDX）模型 | 单细胞组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、bulk RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 174 | 2025-09-15 |
Identifying genes associated with Sorafenib resistance in hepatocellular carcinoma to develop risk model
2025-Aug-20, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03442-x
PMID:40835789
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研究论文 | 本研究识别与肝细胞癌索拉非尼耐药相关的基因并开发预后风险模型 | 通过整合多组学数据构建七基因风险模型，首次揭示其与免疫细胞浸润及药物敏感性的关联 | 基于公共数据库的回顾性分析，需进一步实验验证 | 开发预测肝细胞癌患者索拉非尼耐药风险的预后模型 | 肝细胞癌细胞系（Huh7、MHCC97H）及TCGA、ICGC数据库患者数据 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 转录组分析、单细胞RNA测序、差异表达分析 | 风险预测模型（七基因特征） | 基因表达数据、突变数据、临床数据 | GEO数据库细胞系数据（GSE94550、GSE176151）及TCGA、ICGC患者数据集 |
| 175 | 2025-09-15 |
Single-cell RNA sequencing reveals hemocyte heterogeneity, differentiation trajectories, and viral tropism in shrimp (Macrobrachium rosenbergii) infected with decapodiridovirus litopenaeus1
2025-Aug-19, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00790-25
PMID:40679295
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术解析了罗氏沼虾在DIV1病毒感染下的血细胞异质性、分化轨迹及病毒嗜性 | 首次在单细胞分辨率下绘制了虾类血细胞在病毒感染下的转录图谱，揭示了血细胞亚群的动态变化和分化加速现象 | NA | 探究虾类血细胞在DIV1病毒感染下的免疫应答机制和细胞异质性 | 罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）的血细胞 | 单细胞组学 | 病毒性感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 感染前后的虾血细胞样本 |
| 176 | 2025-09-15 |
Inhibition of interferon signaling improves rabbit calicivirus replication in biliary organoid cultures
2025-Aug-19, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00574-25
PMID:40709942
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研究论文 | 本研究通过抑制干扰素信号通路，首次实现了兔杯状病毒在胆管类器官培养系统中的连续传代 | 首次发现干扰素抑制剂Ruxolitinib可显著增强病毒复制并实现RHDV的连续细胞培养传代 | 仅实现四次连续传代，病毒培养系统的长期稳定性尚未验证 | 开发支持兔杯状病毒（RHDV）复制的可靠细胞培养系统 | 兔肝脏来源的胆管类器官培养物 | 病毒学 | 病毒感染 | 实时定量PCR、免疫荧光分析、单细胞RNA测序 | 类器官培养模型 | 分子生物学数据、图像数据、测序数据 | 兔肝脏类器官培养系统（具体样本量未明确说明） |
| 177 | 2025-09-15 |
CAFs exosomal miR-21-5p suppresses ferroptosis and promotes proliferation and migration in osteosarcoma
2025-Aug-19, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03930-8
PMID:40826086
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研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过外泌体miR-21-5p抑制铁死亡并促进骨肉瘤增殖与迁移的分子机制 | 首次发现CAFs来源的外泌体miR-21-5p通过抑制铁死亡途径促进骨肉瘤恶性进展 | 分子机制细节需进一步探索，临床转化潜力待验证 | 探究CAFs在骨肉瘤肿瘤微环境中的作用机制 | 骨肉瘤细胞及癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 肿瘤微环境研究 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、外泌体miRNA测序、qRT-PCR、CCK8、Transwell、siRNA干扰 | NA | 测序数据、细胞实验数据、体内实验数据 | 基于GSE162454数据集及实验验证样本 |
| 178 | 2025-09-15 |
Senolytic treatment with fisetin reverses age-related endothelial dysfunction partially mediated by SASP factor CXCL12
2025-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.13.670216
PMID:40894771
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析和小鼠实验，探讨衰老内皮细胞中SASP因子（特别是CXCL12）在年龄相关内皮功能障碍中的作用，并验证非瑟汀作为senolytic药物的干预效果 | 首次揭示CXCL12是介导年龄相关内皮功能障碍的关键SASP因子，并阐明非瑟汀通过逆转该过程改善血管功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类内皮细胞的实验仅为体外培养，需进一步临床验证 | 识别内皮细胞衰老相关信号通路、SASP因子及其在衰老过程中对内皮功能的影响 | 年轻（6个月）和年老（27个月）小鼠的主动脉组织、分离的小鼠动脉以及培养的人内皮细胞 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、血浆暴露实验、蛋白质添加与抑制实验 | NA | 转录组数据、蛋白质浓度数据、功能实验数据 | 年轻和年老小鼠群体（具体数量未明确说明），间歇性给予非瑟汀（100 mg/kg/天）处理 |
| 179 | 2025-09-15 |
The expression of PD-1 ligands in the immune microenvironment was altered in TTF-1-negative lung adenocarcinoma
2025-Aug-18, Human cell
IF:3.4Q3
DOI:10.1007/s13577-025-01275-y
PMID:40824335
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研究论文 | 本研究探讨TTF-1阴性肺腺癌中肿瘤免疫微环境的变化，特别是PD-1配体在肿瘤相关巨噬细胞中的表达差异 | 首次揭示TTF-1阴性肺腺癌中PD-L1和PD-L2在肿瘤相关巨噬细胞（而非癌细胞）中的表达显著降低，并发现其与免疫抑制微环境的相关性 | PDCD1LG2 (PD-L2)表达模式不一致，样本量有限（226例），主要依赖回顾性分析 | 研究TTF-1表达对肺腺癌免疫微环境的影响 | 肺腺癌患者肿瘤样本和肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组织化学（IHC）、单细胞RNA测序、转录组分析 | NA | 组织切片图像、基因表达数据 | 226例肺腺癌标本，另使用TCGA数据库队列 |
| 180 | 2025-09-15 |
A hybrid adversarial autoencoder-graph network model with dynamic fusion for robust scRNA-seq clustering
2025-Aug-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11941-y
PMID:40826008
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研究论文 | 提出一种基于对抗自编码器和图卷积网络的深度聚类方法scCAGN，用于单细胞RNA测序数据的鲁棒聚类分析 | 结合对抗自编码器(AAE)和交叉注意力图卷积网络(GCN)，采用动态信息融合机制和联合聚类优化策略 | NA | 解决scRNA-seq数据由于异质性、稀疏性和高维度带来的细胞聚类技术挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | AAE, GCN | 基因表达数据 | 八个典型scRNA-seq数据集 |