单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 10788 篇文献,本页显示第 1761 - 1780 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1761 2025-12-13
A spatial transcriptomics dataset of the endometrium from repeated implantation failure patients
2025-Oct-29, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本研究利用空间转录组学技术,首次构建了正常个体与反复种植失败患者子宫内膜组织的空间转录组图谱 首次构建了正常与反复种植失败条件下的子宫内膜空间转录组图谱,并识别出7个具有特定特征的细胞生态位 样本量较小(仅8个组织样本),且仅研究了黄体中期阶段 增强和深化对反复种植失败患者子宫内膜组织背景的理解 来自4名正常个体和4名反复种植失败患者的子宫内膜组织 空间转录组学 生殖系统疾病 空间转录组测序 NA 空间转录组数据 8个子宫内膜组织样本(4名正常个体,4名RIF患者) 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium平台
1762 2025-12-13
Benchmarking large-scale single-cell RNA-seq analysis
2025-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文对五种广泛使用的单细胞RNA测序分析框架进行了基准测试,评估了它们在可扩展性、效率和准确性方面的表现 首次系统性地比较了不同算法和基础设施选择对大规模单细胞RNA测序分析性能的影响,并提供了GPU加速和优化配置的实用指南 研究主要关注PCA步骤和聚类准确性,可能未全面覆盖所有分析步骤或更复杂的生物场景 评估大规模单细胞RNA测序数据分析的计算挑战和性能优化策略 五种单细胞RNA测序分析框架(Seurat、OSCA、scrapper、Scanpy和rapids_singlecell)及其算法实现 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 PCA、SVD算法(exact、ARPACK、IRLBA、randomized、Jacobi、incremental PCA) 单细胞RNA测序数据 包括一个130万小鼠脑细胞数据集和三个较小数据集(BE1、scMixology和cord blood CITE-seq) NA 单细胞RNA-seq, CITE-seq NA NA
1763 2025-12-13
Adipocytes are dispensable in shaping the ovarian cancer tumor microenvironment in the omentum
2025-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过构建缺乏成熟脂肪细胞的小鼠模型,挑战了传统观点,揭示了网膜血管内皮细胞而非脂肪细胞在卵巢癌腹膜转移微环境中的关键作用 首次通过特异性敲除腹膜成熟脂肪细胞的模型,证明脂肪细胞对卵巢癌生长并非必需,并发现血管内皮细胞高表达FABP4是支持肿瘤代谢生长的关键因素 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限;肿瘤微环境中其他细胞类型的相互作用尚未完全阐明 重新评估脂肪细胞在卵巢癌腹膜转移微环境中的作用机制 卵巢癌细胞(ID8p53Brca2、BPPNM、KPCA细胞系)、小鼠模型、人类单细胞RNA测序数据 肿瘤微环境研究 卵巢癌 单细胞RNA测序、基因敲除小鼠模型 基因敲除动物模型 基因表达数据、动物实验数据 多种卵巢癌细胞系及基因工程小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1764 2025-12-13
Identification of tumor initiating cells and early marker genes in normal colonic epithelium that lead to neoplastic transformation
2025-Oct-27, Research square
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,识别了结肠癌发生过程中的肿瘤起始细胞及早期转录标志物 首次在组织学正常的结肠上皮中识别出肿瘤起始细胞,并揭示了其早期转录和通路重编程事件 样本量相对较小(7名受试者),且研究主要基于转录组数据,功能验证有限 识别结肠癌发生过程中的肿瘤起始细胞和早期分子事件 人类结肠组织(包括正常黏膜、息肉和腺癌) 数字病理学 结肠癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 7名人类受试者的配对正常和病变结肠组织样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10X Genomics平台 NA
1765 2025-12-13
Integrative and Emerging Models in Antibody Research: A Comprehensive Review
2025-Oct, Antibody therapeutics
综述 本文全面回顾了抗体研究中的整合与新兴模型,包括体内、体外和计算模型,并探讨了它们各自的优势、局限及整合应用 强调多模型整合以克服可重复性、免疫原性预测和可扩展性等现有挑战,并展望了CRISPR工程、单细胞测序等新兴技术如何重塑抗体发现 作为综述文章,未进行原创性实验研究,主要基于现有文献进行评述,可能未涵盖所有最新进展 评估抗体研究中的各类模型,推动下一代癌症、自身免疫性疾病和传染病疗法的开发 抗体研究模型,包括体内模型(如动物模型)、体外技术(如杂交瘤技术)和计算方法 机器学习 NA 单细胞测序、微流控、器官芯片、CRISPR工程 计算生物学与机器学习模型 NA NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1766 2025-12-13
The Genomics of Aging at the Single-Cell Scale
2025-08, Annual review of genomics and human genetics IF:7.7Q1
综述 本文综述了单细胞测序技术在研究衰老相关细胞变化中的应用,总结了衰老对哺乳动物器官中细胞类型特异性种群的影响 通过整合近期单细胞研究,系统性地总结了衰老对哺乳动物全身细胞类型特异性种群的影响,填补了系统性理解衰老相关细胞变化的知识空白 NA 阐明衰老对哺乳动物器官中细胞类型特异性种群变化的影响,为衰老及相关疾病提供潜在治疗靶点 哺乳动物器官中的细胞类型特异性种群 数字病理学 老年疾病 单细胞测序 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1767 2025-12-13
Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters
2025-Jul-22, Cell reports IF:7.5Q1
研究论文 本研究通过一项为期3年的队列研究,探讨了重复接种COVID-19疫苗对适应性免疫的长期影响 首次通过长达3年的纵向研究,结合单细胞RNA测序技术,系统揭示了重复疫苗接种后T细胞反应的动态变化与表型特征,并发现了无症状感染对免疫应答的独特影响 样本量相对较小(78人),且依赖于自我报告的无症状感染证据,可能存在漏报或误报 评估重复COVID-19疫苗接种对适应性免疫(特别是T细胞反应)的长期影响 78名未报告有症状感染的个体 免疫学 COVID-19 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 78名个体 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1768 2025-12-13
Molecular Mechanisms of Perivascular Macrophages in Alzheimer's Disease: Insights from Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization
2025-Jul-07, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2
研究论文 本研究结合单细胞测序和孟德尔随机化分析,探讨了阿尔茨海默病中血管周围巨噬细胞的分子机制 首次将单细胞测序与孟德尔随机化分析结合,系统研究血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病中的分子机制,并识别出四个关键基因 研究主要基于公共数据集分析,缺乏实验验证;样本来源和数量可能限制结果的普适性 揭示血管周围巨噬细胞在阿尔茨海默病发病和进展中的具体分子机制 阿尔茨海默病患者中的血管周围巨噬细胞 生物信息学 阿尔茨海默病 单细胞测序, 孟德尔随机化分析 NA 单细胞RNA测序数据, 表达数量性状位点数据 基于GSE264648和eQTLGen数据集,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1769 2025-12-13
Acquired resistance to immunotherapy by physical barriers with cancer cell-expressing collagens in non-small cell lung cancer
2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究揭示了非小细胞肺癌中肿瘤细胞通过表达胶原蛋白形成物理屏障,从而导致获得性免疫治疗耐药的新机制 首次在体内模型中完整重现了从免疫治疗响应到获得性耐药的全过程,并发现肿瘤细胞通过表达COL3A1和COL6A1形成两种不同结构的物理屏障来抵抗T细胞攻击 研究主要基于小鼠模型和肿瘤类器官,尚未在临床患者中得到直接验证 探究非小细胞肺癌获得性免疫治疗耐药的内在机制 非小细胞肺癌小鼠模型、肿瘤类器官、肿瘤细胞 肿瘤免疫学 肺癌 单细胞RNA测序、电子显微镜检测、基因敲除 小鼠肿瘤模型、肿瘤类器官移植模型 基因表达数据、显微图像数据 未明确说明具体样本数量,使用小鼠模型和系列移植实验 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1770 2025-12-13
Tissue-Resident CD8+ T Cells as Mediators of Protective Immunity in Breast Milk Transmission of Human Cytomegalovirus
2025-Jun-02, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1
研究论文 本研究探讨了母乳中组织驻留记忆CD8+ T细胞在预防人类巨细胞病毒母婴传播中的作用 首次描述了母乳中存在组织驻留记忆T细胞,并发现其频率与母乳HCMV病毒载量呈负相关,且非传播者母亲母乳中CD8+ Trm频率更高 样本量相对较小,未明确Trm的具体保护机制,需要进一步验证性研究 探究母乳中T细胞在预防HCMV母婴传播中的免疫保护作用 母乳样本及其中分离的T细胞 免疫学 病毒感染(人类巨细胞病毒感染) 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 HCMV传播者与非传播者母亲的母乳样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1771 2025-12-13
Application of computational algorithms for single-cell RNA-seq and ATAC-seq in neurodegenerative diseases
2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3
综述 本文综述了整合单细胞RNA测序和ATAC测序数据的计算工具与机器学习方法,及其在神经退行性疾病中的应用 整合scRNA-seq和scATAC-seq数据以关联转录组与染色质可及性,揭示神经退行性疾病的致病机制 面临数据稀疏性和计算需求高的挑战 促进单细胞多组学技术在神经退行性疾病研究中的应用,以阐明病理机制并识别治疗靶点 阿尔茨海默病和帕金森病等神经退行性疾病 机器学习 神经退行性疾病 scRNA-seq, scATAC-seq NA 单细胞转录组和染色质可及性数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
1772 2025-12-13
TIMP1 Mediates Astrocyte-Dependent Local Immunosuppression in Brain Metastasis Acting on Infiltrating CD8+ T Cells
2025-Jan-13, Cancer discovery IF:29.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脑转移中星形胶质细胞的异质性,并发现一个分泌TIMP1的星形胶质细胞亚群通过抑制浸润性CD8+ T细胞的抗肿瘤活性介导局部免疫抑制,为症状性脑转移患者的联合免疫治疗提供了新策略 首次利用单细胞RNA测序技术解析脑转移中星形胶质细胞的异质性,并鉴定出通过分泌TIMP1介导局部免疫抑制的pSTAT3+星形胶质细胞亚群及其对CD63+ CD8+ T细胞功能的调控机制 研究主要基于小鼠和人类脑转移模型,临床转化效果需进一步验证;TIMP1作为生物标志物的敏感性和特异性在更大样本中待评估 探究脑转移中星形胶质细胞介导的局部免疫抑制机制,以开发针对症状性脑转移的联合免疫治疗策略 脑转移中的星形胶质细胞和浸润性CD8+ T细胞 单细胞测序与免疫学 脑转移瘤 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1773 2025-12-13
Mechanistic insights into GPAA1-mediated cold tumor phenotype and immune evasion in colorectal cancer: integrative multi-omics analysis and experimental validation
2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
研究论文 本研究通过整合多组学数据揭示了GPAA1在结直肠癌中的过表达及其通过基因组不稳定性和免疫抑制促进肿瘤进展的机制 首次系统分析了GPAA1在泛癌及结直肠癌中的表达模式,并揭示了其通过诱导基因组不稳定和免疫冷表型促进肿瘤进展的新机制 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内动物模型验证;样本来源多样可能引入批次效应 阐明GPAA1在结直肠癌中的表达模式、功能作用及其与免疫微环境的关系 结直肠癌组织和细胞系 多组学分析 结直肠癌 多组学整合分析、单细胞转录组学、空间转录组学、功能实验(增殖、迁移、侵袭) NA mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据 来自TCGA、GTEx、GEO、HPA等多个公共数据库的结直肠癌样本 NA 单细胞RNA-seq、空间转录组学、bulk RNA-seq NA NA
1774 2025-12-13
Case Report: Blood single-cell analysis of a IVB high-grade serous ovarian cancer patient presenting a favorable prognosis
2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2
病例报告 本文报告了一例IVB期高级别浆液性卵巢癌患者,通过血液单细胞分析揭示其良好预后的潜在分子特征 采用多平台液体活检方法,结合血小板RNA测序、单细胞RNA测序和成像流式细胞术,全面分析血液成分,识别与预后相关的独特分子特征 本研究为单病例报告,样本量有限,结果需要更大规模研究验证 探索IVB期高级别浆液性卵巢癌患者良好预后的潜在驱动因素 一名IVB期高级别浆液性卵巢癌患者 数字病理学 卵巢癌 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,成像流式细胞术 NA RNA测序数据,流式细胞术图像数据 1名患者的术前外周血样本 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
1775 2025-12-13
Integrated Multi-Omic Analysis Reveals Causal Relationships and Causal Mechanisms of Peripheral Lymphocyte-Driven Remodeling in the Intrahepatic Immune Microenvironment of Early-Stage MAFLD
2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2
研究论文 本研究通过整合孟德尔随机化、批量RNA测序和单细胞RNA测序分析,揭示了外周淋巴细胞通过Cd5介导的炎症通路和Vcam1-Itgb1粘附通路驱动早期MAFLD肝内免疫微环境重塑的因果关系和机制 首次利用孟德尔随机化建立了外周淋巴细胞与MAFLD风险的单向因果关系,并通过单细胞RNA测序在MAFLD模型中鉴定出新的Itgb1⁺Cd5⁺Cd4⁺T细胞亚群及其与肝内Vcam1highMmp12⁺Kupffer细胞的相互作用机制 研究主要基于小鼠模型和公共数据集,需要在更大规模的人类队列中进行验证;因果关系推断依赖于孟德尔随机化假设 探究外周血细胞指标与早期MAFLD肝内免疫微环境重塑之间的因果关系和潜在机制 代谢功能障碍相关脂肪肝病(MAFLD)患者和小鼠模型 单细胞组学 代谢功能障碍相关脂肪肝病 孟德尔随机化分析,批量RNA测序,单细胞RNA测序 NA 基因组数据,转录组数据,单细胞转录组数据 小鼠模型和人类公共单细胞RNA测序数据集 NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA NA
1776 2025-12-13
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Microglial Heterogeneity and Functional States After Cerebral Ischemia-Reperfusion Injury
2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脑缺血再灌注损伤后小胶质细胞的异质性和功能状态 识别了七个转录特征不同的小胶质细胞亚群,并发现ATF3作为核心调控因子,将CH25H介导的代谢变化与细胞因子驱动的神经炎症联系起来 研究基于大鼠模型,结果向人类转化需进一步验证 分析缺血性卒中中小胶质细胞的异质性、激活轨迹和代谢状态,以发现治疗靶点 缺血性和对照大鼠的脑组织 单细胞组学 缺血性卒中 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blot, 免疫组织化学 NA 单细胞RNA测序数据 未明确具体数量,但涉及缺血性和对照大鼠的脑组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1777 2025-12-12
Breaking the shields of resistance: multidimensional therapeutic strategies in the breast cancer drug resistance conundrum
2025-Dec-11, International journal of surgery (London, England)
综述 本文综述了乳腺癌治疗中多维度策略的临床应用与最新进展,并探讨了克服耐药性的创新方法 系统整合了单细胞测序、纳米技术和靶向治疗等新兴方法,以应对乳腺癌治疗中的耐药性挑战 作为综述文章,未提供原始实验数据或具体临床验证结果 总结乳腺癌治疗的临床现状与进展,探讨克服耐药性的多维度策略 乳腺癌及其治疗耐药性 NA 乳腺癌 单细胞测序 NA NA NA NA NA NA NA
1778 2025-12-12
Autophagy of Kupffer cells modulates CD8+ T cell activation in primary biliary cholangitis
2025-Dec-10, Gut IF:23.0Q1
研究论文 本研究探讨了库普弗细胞自噬在原发性胆汁性胆管炎中对CD8+ T细胞活化的调控作用及其治疗潜力 首次揭示了库普弗细胞自噬通过降解iNOS来解除对CD8+ T细胞的抑制,从而促进自身免疫性胆管炎的新机制,并开发了靶向Atg5的纳米颗粒siRNA疗法 研究主要基于小鼠模型和患者样本,人类样本的深入机制验证可能有限,且纳米颗粒疗法的长期安全性和有效性需进一步评估 探究肝巨噬细胞在原发性胆汁性胆管炎中的作用及其治疗潜力 原发性胆汁性胆管炎患者、dnTGFβRII小鼠模型、Lyz2-Cre介导的Atg5敲除小鼠 数字病理学 原发性胆汁性胆管炎 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学、共培养实验 小鼠模型 RNA序列数据、细胞表型数据、组织图像数据 患者样本和小鼠模型,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1779 2025-12-12
A trispecific antibody engaging T cells with tumour and myeloid cells augments antitumour immunity
2025-Dec-10, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1
研究论文 本研究开发了一种靶向B7H3、CD3和PDL1的三特异性抗体,用于重定向T细胞并减轻免疫抑制,以增强抗肿瘤免疫 通过分析单细胞RNA测序数据,识别了多种恶性肿瘤中功能受限的旁观者T细胞,并设计了首个同时靶向肿瘤细胞、T细胞和免疫检查点的三特异性抗体,结合机器学习模型预测患者反应 研究主要基于体外和动物模型验证,临床疗效和安全性尚未在人体试验中全面评估 增强免疫无响应肿瘤的抗肿瘤免疫,克服免疫检查点抑制剂耐药性 卵巢癌、结直肠癌等17种肿瘤类型中的T细胞和肿瘤微环境 机器学习 卵巢癌、结直肠癌 单细胞RNA测序、成像流式细胞术、机器学习 机器学习模型 单细胞转录组数据、细胞毒性数据 300名患者,覆盖17种肿瘤类型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1780 2025-12-12
GBP1 as a machine learning-prioritized biomarker and therapeutic target for epstein-barr virus-induced clear cell renal cell carcinoma: multi-omics causal validation
2025-Dec-10, International journal of surgery (London, England)
研究论文 本研究通过孟德尔随机化、单细胞RNA测序和机器学习,揭示了EBV感染通过调节性T细胞和B细胞介导增加透明细胞肾细胞癌风险的因果机制,并确定GBP1为核心生物标志物和潜在治疗靶点 首次将孟德尔随机化、单细胞RNA测序与机器学习模型(SHAP框架)相结合,系统性地识别并验证了EBV诱导ccRCC的因果机制和核心靶点GBP1,并通过药物预测和分子对接提出了非那雄胺作为潜在抑制剂的新治疗策略 研究主要基于遗传学和计算生物学证据,缺乏体内或体外实验的功能性验证;药物预测结果需要进一步的临床前和临床研究确认 探索EBV在透明细胞肾细胞癌中的致癌机制,并识别可操作的生物标志物和治疗靶点 EBV感染、透明细胞肾细胞癌、免疫细胞(调节性T细胞和B细胞)、候选基因(GBP1等) 机器学习 肾细胞癌 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 机器学习, 药物预测, 分子对接 机器学习模型(未指定具体类型,使用SHAP框架进行解释) 遗传数据, 单细胞RNA测序数据, 批量mRNA数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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