单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1761	2025-03-10	Genetically encoded tension heterogeneity sculpts cardiac trabeculation 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads2998 PMID:40053597	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、基因编码生物传感器和全活体成像技术，研究了心肌细胞命运决定的机制，特别是心肌壁中心肌细胞的分层和心肌小梁的形成	揭示了心肌细胞命运决定的内在机制，特别是通过PI3K活性和Arp2/3复合物的招募，驱动细胞分层，并通过Notch信号通路调控邻近心肌细胞的张力，从而形成心肌模式	未提及具体样本量或实验条件的限制	研究心肌细胞命运决定的机制，特别是心肌壁中心肌细胞的分层和心肌小梁的形成	心肌细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、基因编码生物传感器、全活体成像	NA	基因表达数据、活体成像数据	NA
1762	2025-03-10	Endothelial senescence induced by PAI-1 promotes endometrial fibrosis 2025-Mar-06, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02377-0 PMID:40050610	研究论文	本文研究了PAI-1诱导的内皮细胞衰老如何促进子宫内膜纤维化	通过单细胞测序和实验验证，揭示了PAI-1在子宫内膜纤维化中的作用机制，并提出了抑制PAI-1作为治疗子宫内膜纤维化的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨子宫内膜纤维化的病理机制及潜在治疗方法	子宫内膜纤维化患者和小鼠模型	生物医学	子宫内膜纤维化	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	IUA患者和小鼠模型
1763	2025-03-10	Exploring the active ingredients and potential mechanisms of Pingchan granules in Parkinson's disease treatment through network pharmacology and transcriptomics 2025-Mar-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91344-x PMID:40050654	研究论文	本文通过网络药理学和转录组学探讨了平颤颗粒在帕金森病治疗中的活性成分及其潜在机制	首次系统地识别了平颤颗粒的96个抗帕金森病靶点，并通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析和随机森林模型揭示了SLC6A3和SRC作为核心靶点，进一步通过分子对接和单细胞测序验证了其主要活性成分dauricine的作用机制	研究主要基于计算和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨平颤颗粒在帕金森病治疗中的分子机制	帕金森病患者和相关的分子靶点	网络药理学	帕金森病	网络药理学、转录组学、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、随机森林模型、分子对接、单细胞测序	随机森林模型	转录组数据、单细胞测序数据	NA
1764	2025-03-10	TRain: T-cell receptor automated immunoinformatics 2025-Mar-06, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06074-8 PMID:40050726	研究论文	本文介绍了一个名为TRain的Python工具，旨在简化从T细胞受体（TCR）序列到预测的3D TCRpMHC复合物的过程	TRain工具通过自动化流程整合了现有的TCR建模和对接工具，减少了从序列到3D结构预测的复杂步骤	依赖于现有的TCR建模和对接工具，可能受限于这些工具的准确性和性能	开发一个自动化工具，简化TCR序列到3D TCRpMHC复合物的预测过程	T细胞受体（TCR）和肽-MHC复合物（pMHC）	生物信息学	NA	单细胞测序、RosettaDock对接工具	NA	序列数据、结构数据	NA
1765	2025-03-10	Unveiling ac4C modification pattern: a prospective target for improving the response to immunotherapeutic strategies in melanoma 2025-Mar-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06297-6 PMID:40050821	研究论文	本研究通过整合单细胞测序数据和转录组学数据，识别了与黑色素瘤进展相关的ac4C mRNA修饰模式，并开发了一个acRG相关签名（acRGS），用于预测黑色素瘤患者的总体生存和对免疫治疗的敏感性	首次揭示了ac4C mRNA修饰模式在黑色素瘤中的临床意义，并开发了一个优于现有120个签名的acRGS，用于预测患者生存和免疫治疗反应	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认acRGS的临床应用价值	探讨ac4C mRNA修饰模式对黑色素瘤临床结果的影响，并开发预测工具	黑色素瘤患者	生物信息学	黑色素瘤	单细胞测序，转录组学	机器学习算法	测序数据，转录组数据	四个外部数据集
1766	2025-03-10	Single-cell and spatial transcriptome profiling reveal CTHRC1+ fibroblasts promote EMT through WNT5A signaling in colorectal cancer 2025-Mar-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06236-5 PMID:40050872	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组分析，揭示了CTHRC1+成纤维细胞通过WNT5A信号促进结直肠癌中的上皮-间质转化（EMT）	首次发现CTHRC1+成纤维细胞作为WNT5A的主要来源，通过上调邻近恶性上皮细胞中的MSLN表达，促进EMT和肿瘤细胞侵袭性	研究中使用的样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探索结直肠癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其与肿瘤细胞的相互作用	结直肠癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和恶性上皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	NA
1767	2025-03-10	MAEST: accurately spatial domain detection in spatial transcriptomics with graph masked autoencoder 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf086 PMID:40052440	研究论文	本文介绍了一种名为MAEST的新型图神经网络模型，用于在空间转录组学数据中进行空间域识别	MAEST利用图掩码自编码器进行去噪和表示精炼，并结合图对比学习以防止特征崩溃并增强模型鲁棒性，通过整合一跳和多跳表示，有效捕捉局部和全局空间关系，提高聚类精度	NA	解决现有方法在空间转录组学数据中未能充分利用空间信息的问题，提高空间域识别的准确性和鲁棒性	空间转录组学数据	机器学习	NA	图神经网络	图掩码自编码器	空间转录组学数据	包括人脑、小鼠海马体、嗅球、大脑和胚胎等多种数据集
1768	2025-03-10	Unveiling a novel cancer hallmark by evaluation of neural infiltration in cancer 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf082 PMID:40052442	研究论文	本文通过评估肿瘤微环境中的神经浸润程度，揭示了神经系统在癌症恶性功能获得中的关键作用，并提出了癌症相关神经浸润评分（C-Neural score）	提出了癌症相关神经浸润评分（C-Neural score），并揭示了其在癌症进展和预后中的重要作用	研究主要基于RNA-seq数据，未涉及其他类型的数据验证	评估神经系统在癌症恶性功能获得中的作用，并探索其作为癌症标志物的潜力	多种癌症类型的肿瘤微环境	癌症研究	癌症	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	40个批量RNA-seq数据集和55个单细胞RNA测序数据集
1769	2025-03-10	Integrated Analysis to Reveal Heterogeneity of Tumor-Associated Neutrophils in Glioma 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70745 PMID:40052358	研究论文	本研究通过整合分析揭示了胶质瘤中肿瘤相关中性粒细胞（TANs）的异质性，并开发了一个预后模型	首次系统性地研究了TANs在胶质瘤中的异质性及其作用，并开发了一个基于7个基因的风险评分模型，具有显著的预后价值	研究主要基于RNA-seq数据，缺乏更多临床样本的验证，且体外实验仅验证了部分基因的功能	研究胶质瘤中TANs的异质性及其在预后中的作用，并开发预后模型	胶质瘤中的肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, IHC, CCK8, EdU, Transwell, TUNEL	风险评分模型	RNA-seq数据	四个独立数据集中的胶质瘤样本
1770	2025-03-10	Decoding the corneal immune microenvironment in healthy and diabetic mice during corneal wound healing 2025-Feb-27, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.02.010 PMID:40023495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病和健康小鼠角膜在稳态和伤口愈合过程中免疫细胞的转录变化	首次建立了健康和糖尿病小鼠角膜伤口愈合过程中免疫细胞的全面单细胞RNA测序转录组图谱	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨糖尿病角膜病变（DK）中免疫微环境的变化及其在病理过程中的作用	糖尿病和健康小鼠的角膜免疫细胞	生物信息学	糖尿病角膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	糖尿病和健康小鼠的角膜样本
1771	2025-03-10	Exploring the Expanded Role of Astrocytes in Primate Brain Evolution via Changes in Gene Expression 2025-Feb-05, Brain, behavior and evolution DOI:10.1159/000544004 PMID:39907990	综述	本文探讨了灵长类大脑进化中星形胶质细胞基因表达和基因调控的变化	通过新的技术如诱导多能干细胞和单细胞RNA测序，动态和复杂地理解星形胶质细胞	主要关注灵长类动物，未涉及其他哺乳动物的星形胶质细胞进化	理解星形胶质细胞在灵长类大脑进化中的作用及其在神经系统疾病中的角色	灵长类动物中的星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病, 帕金森病	诱导多能干细胞, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1772	2025-03-09	Plaque erosion risk and JAK2 V617F variant 2025-Mar-07, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf114 PMID:40053703	研究论文	本研究探讨了JAK2 V617F变异与心肌梗死（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	首次明确了JAK2 V617F变异与斑块侵蚀风险之间的显著关联，并通过单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞在其中的潜在作用机制	研究样本量相对有限，且未涵盖所有可能的CHIP突变类型	探讨JAK2 V617F变异与心肌梗死（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体	心血管疾病	心肌梗死	数字滴PCR、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体
1773	2025-03-09	Tracking HIV persistence across T cell lineages during early ART-treated HIV-1-infection using a reservoir-marking humanized mouse model 2025-Mar-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57368-7 PMID:40044684	研究论文	本文介绍了一种名为HIV-1诱导的谱系追踪（HILT）系统，用于在人类化小鼠模型中标记HIV感染的细胞，以检测罕见的潜伏感染细胞	开发了HILT系统，能够在人类化小鼠模型中不可逆地标记HIV感染的细胞，并通过单细胞RNA测序识别不同CD4+ T细胞转录谱系	研究依赖于人类化小鼠模型，可能无法完全模拟人类免疫系统的复杂性	研究HIV在早期ART治疗期间的持久性，特别是在不同T细胞谱系中的持久性	HIV-1感染的人类化小鼠模型中的CD4 T细胞	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	人类化小鼠模型	RNA测序数据	免疫缺陷小鼠移植了基因修饰的造血干细胞
1774	2025-03-09	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2025-Mar-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.016 PMID:39814010	研究论文	本文介绍了一种基于CRISPRi筛选的3D共培养系统iAssembloids，用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其对神经元存活的影响	开发了iAssembloids系统，结合CRISPRi筛选技术，揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的分子机制，并探讨了APOE-ε4在阿尔茨海默病中的作用	研究主要基于体外模型，可能无法完全模拟体内复杂的神经元-胶质细胞相互作用	研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其对神经元存活的影响	诱导多能干细胞（iPSC）衍生的神经元和胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学	iAssembloids（3D共培养系统）	基因表达数据	NA
1775	2025-03-09	Targeting Caveolin-1 for enhanced rotator cuff repair: findings from single-cell RNA sequencing 2025-Mar-05, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02359-2 PMID:40044676	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了肩袖损伤组织中细胞亚群的异质性，并评估了Caveolin-1（Cav-1）的调节作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了Cav-1在肩袖损伤中的负相关作用及其通过运动或靶向治疗调节的潜力	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索Cav-1在肩袖损伤修复中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肩袖损伤组织中的细胞亚群	生物医学研究	肩袖损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cav-1敲除和过表达模型	RNA测序数据	动物模型中的肩袖损伤组织
1776	2025-03-09	MCT4: a key player influencing gastric cancer metastasis and participating in the regulation of the metastatic immune microenvironment 2025-Mar-05, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06279-8 PMID:40045374	研究论文	本研究探讨了MCT4在胃癌及其转移中的作用，特别是其对免疫微环境的调节	首次全面利用单细胞测序和外部转录组测序数据库深入分析MCT4对胃癌及其微环境的影响机制，并通过体内外实验验证其功能	研究主要基于实验模型和临床样本，未涉及大规模人群研究，可能限制结果的普适性	阐明MCT4在胃癌发生、发展及转移中的作用及其对免疫微环境的调节机制	胃癌细胞、胃癌肝转移模型、皮下肿瘤模型及临床胃癌患者的肿瘤和正常组织样本	数字病理学	胃癌	单细胞测序、转录组测序、免疫组化、多重免疫荧光	NA	基因表达数据、组织样本	临床胃癌患者的肿瘤和正常组织样本
1777	2025-03-09	Progressive T cell exhaustion and predominance of aging tissue associated macrophages with advancing disease stage in penile squamous cell carcinoma 2025-Mar-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89760-0 PMID:40044748	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了阴茎鳞状细胞癌（PSCC）肿瘤免疫微环境的变化，揭示了疾病进展和HPV感染状态对免疫细胞浸润的影响	首次通过单细胞RNA测序技术系统分析了PSCC肿瘤免疫微环境的变化，揭示了疾病进展和HPV感染状态对免疫细胞浸润的显著影响	样本量较小，仅包括10个PSCC组织样本，可能限制了结果的普遍性	评估PSCC肿瘤免疫微环境在疾病进展和HPV感染状态下的变化，识别晚期PSCC中的潜在免疫逃逸机制	阴茎鳞状细胞癌（PSCC）组织样本	数字病理学	阴茎癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	10个PSCC组织样本，包括阴茎、淋巴结和远处转移部位，其中4个为匹配的阴茎和淋巴结样本
1778	2025-03-09	New mouse models for exploring renal tumor extension into the inferior vena cava 2025-Mar-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07757-x PMID:40044768	研究论文	本研究开发了两种用于探索肾肿瘤延伸至下腔静脉的鼠模型	首次在BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠中开发了两种下腔静脉肿瘤血栓（IVCTT）模型，并使用人类肿瘤细胞系在BALB/c nu/nu小鼠中成功创建了IVCTT模型	NA	阐明肾肿瘤延伸至下腔静脉的发病机制，识别治疗靶点，并筛选有效药物	BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠，以及人类肿瘤细胞系	肿瘤学	肾癌	单细胞转录组测序，免疫组织化学，多重免疫组织化学	鼠模型	基因表达数据，组织图像	BALB/c和BALB/c-nu/nu小鼠
1779	2025-03-09	Bystander neuronal progenitors in forebrain organoids promote protective antiviral responses 2025-Mar-05, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03381-y PMID:40045355	研究论文	本文研究了神经元间相互作用在介导内在神经元免疫中的作用及其对限制病毒感染的贡献	揭示了在三维前脑类器官中，感染神经元与旁观神经祖细胞之间的抗病毒相互作用由I型干扰素信号介导，并发现了表达独特抗病毒基因的旁观神经祖细胞区域	在二维培养中，这种动态反应未能限制病毒传播	探讨神经元内在免疫反应在介导保护性抗病毒反应中的能力	神经元和神经祖细胞	神经科学	病毒性脑炎	空间转录组学	NA	NA	NA
1780	2025-03-09	Unveiling the key mechanisms of FOLR2+ macrophage-mediated antitumor immunity in breast cancer using integrated single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Mar-05, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-01980-4 PMID:40045365	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，结合体内外实验，深入探讨了FOLR2+巨噬细胞在乳腺癌中的免疫功能和机制	揭示了FOLR2+巨噬细胞通过CXCL9-CXCR3轴激活CD8 T细胞，从而在乳腺癌中发挥抗肿瘤免疫作用的新机制	NA	探讨FOLR2+巨噬细胞在乳腺癌中的免疫功能和机制	乳腺癌患者的肿瘤组织和FOLR2+巨噬细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA