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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1761 | 2025-11-25 |
Lateral plate mesoderm directs human amnion and ventral skin organoid formation
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.685987
PMID:41278640
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研究论文 | 本研究通过调控细胞组成和信号环境,成功构建了模拟腹侧皮肤和人类羊膜组织的类器官模型 | 首次利用侧板中胚层祖细胞生成腹侧皮肤类器官,并通过信号调控将其重编程为羊膜样组织 | NA | 研究人类胚胎-胚外界面发育过程,为先天性皮肤和羊膜疾病提供新见解 | 人类皮肤类器官和羊膜样组织 | 发育生物学 | 先天性皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1762 | 2025-11-25 |
A Reference Atlas of the Human Dorsal Root Ganglion
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686654
PMID:41279342
|
研究论文 | 构建了人类背根神经节的参考细胞图谱,揭示了22种神经元亚型和10种非神经元细胞 | 首次系统构建人类背根神经节单细胞转录组图谱,发现新的神经元亚型并进行跨物种功能比较 | NA | 解析人类背根神经节的细胞和分子组成特征 | 人类背根神经节细胞 | 单细胞生物学 | 慢性疼痛 | 单细胞转录组测序,空间转录组学,显微神经成像 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 126名捐赠者的颈段、胸段和腰段背根神经节样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1763 | 2025-11-25 |
CD73 inhibitor AB680 suppresses glioblastoma in mice by inhibiting purine metabolism and promoting P2RY12+ microglia transformation
2025-Nov, Acta pharmacologica Sinica
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41401-025-01585-9
PMID:40500344
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研究论文 | 本研究探讨CD73抑制剂AB680通过抑制嘌呤代谢和促进P2RY12+小胶质细胞转化来抑制小鼠胶质母细胞瘤的机制 | 首次揭示AB680通过改变GBM微环境中嘌呤代谢促进P2RY12+小胶质细胞向M1样抗肿瘤表型转化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床疗效仍需进一步验证 | 研究AB680在胶质母细胞瘤中的抗肿瘤作用及其分子机制 | 胶质母细胞瘤小鼠模型和人类GBM样本 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 代谢组学分析,单细胞RNA测序,核RNA测序 | NA | 代谢组数据,基因表达数据 | G422-GBM荷瘤小鼠模型和人类GBM样本 | NA | 单细胞RNA测序,核RNA测序 | NA | NA |
| 1764 | 2025-11-25 |
New advances on the interaction between internal and external factors in the tumor microenvironment of solid tumors
2025-Nov, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2025.2585349
PMID:41177968
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综述 | 本文综述了实体瘤肿瘤微环境中内外因素相互作用的最新研究进展 | 整合单细胞测序和空间组学技术揭示肿瘤微环境中细胞间相互作用的复杂细节 | NA | 寻求突破实体瘤免疫治疗瓶颈的联合免疫治疗方案 | 实体瘤肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 实体瘤 | 单细胞测序, 空间组学技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1765 | 2025-11-25 |
Cell2Spatial is a computational framework that maps single cells to spatial transcriptomic spots to reconstruct tissue architecture
2025-Nov, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003477
PMID:41248160
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研究论文 | 开发了一种计算框架Cell2Spatial,可将单细胞数据映射到空间转录组spots以重建组织架构 | 开发了首个能够在不完全匹配的单细胞和空间转录组数据集上实现单细胞分辨率空间映射的计算框架 | NA | 解决单细胞测序缺乏空间信息和空间转录组分辨率有限的挑战 | 小鼠大脑、人类胸腺、小鼠肾脏和人类背外侧前额叶皮层组织 | 计算生物学 | NA | 信息论基因选择、空间加权似然建模、空间热点检测、神经网络引导聚类 | 神经网络、成本最小化分配算法 | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 多个组织类型(包括4种不同组织) | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 10x Visium, Xenium In Situ, Visium HD, Slide-seqV2 | 10x Visium空间转录组平台 |
| 1766 | 2025-11-25 |
White and brown adipose tissue share a convergent fibro-adipogenic progenitor population
2025-Nov, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00591-6
PMID:41062857
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现白色和棕色脂肪组织共享一种趋同的纤维-脂肪生成祖细胞群 | 首次在棕色脂肪组织中鉴定出纤维-脂肪生成祖细胞样细胞,扩展了该组织中已知祖细胞群的范围 | 体外培养条件可能影响祖细胞特性,研究结果需在体内进一步验证 | 研究体外培养条件对白色和棕色脂肪祖细胞特性的影响 | 培养的原代白色和棕色前脂肪细胞 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析、调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1767 | 2025-11-25 |
LogicSR: prior-guided symbolic regression for gene regulatory network inference from single-cell transcriptomics data
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf621
PMID:41269283
|
研究论文 | 提出一种结合布尔逻辑模型和符号回归的计算框架LogicSR,用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络 | 将布尔逻辑模型的机制可解释性与符号回归的方程发现能力相结合,并整合先验知识到多目标蒙特卡洛树搜索框架中 | NA | 从单细胞基因表达数据中重建基因调控网络 | 基因调控网络、转录因子-靶基因调控关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | 符号回归、蒙特卡洛树搜索(MCTS)、布尔逻辑模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1768 | 2025-11-25 |
Single-Cell Transcriptomics Uncovers Cellular Heterogeneity, Mechanisms, and Therapeutic Targets for Ferroptosis-Related Genes in Parkinson's Disease
2025-Nov, The European journal of neuroscience
DOI:10.1111/ejn.70339
PMID:41276944
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了帕金森病中铁死亡相关基因的细胞异质性、作用机制和治疗靶点 | 首次在单细胞水平系统分析帕金森病中铁死亡相关基因的细胞特异性表达模式,并鉴定出内皮细胞为关键细胞类型 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探索铁死亡相关基因在帕金森病中的调控机制和潜在治疗靶点 | 帕金森病患者和健康对照的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,基因集富集分析 | NA | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的帕金森病相关数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1769 | 2025-11-25 |
Multi-Omics and Molecular Dynamics Analysis for Biomarker Discovery in Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps
2025-Nov, Chemical biology & drug design
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/cbdd.70202
PMID:41277316
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和分子动力学模拟探索慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的生物标志物 | 首次结合多组学数据、分子对接和动力学模拟鉴定PRKCZ基因作为CRSwNP的潜在治疗靶点 | 研究主要基于数据库分析和体外实验,需要进一步临床验证 | 发现慢性鼻窦炎伴鼻息肉的生物标志物和治疗靶点 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者相关基因和信号通路 | 生物信息学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 多组学分析,分子对接,分子动力学模拟,单细胞测序,qRT-PCR,Western blot,免疫组化,荧光检测 | NA | 基因表达数据,蛋白质结构数据 | 来自GEO数据库的差异表达基因数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1770 | 2025-11-25 |
Macrophage EHD1 promotes inflammation and stabilizes sortilin to accelerate atherosclerosis
2025-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.27.684958
PMID:41279772
|
研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞内吞调节因子EHD1通过促进TNFR2-NF-κB信号通路和稳定分拣蛋白sortilin来加速动脉粥样硬化进程的新机制 | 首次发现EHD1通过调控膜运输促进炎症反应和稳定动脉粥样硬化风险因子sortilin的新功能 | 机制研究主要在骨髓来源巨噬细胞中进行,需要更多体内验证 | 探究EHD1在巨噬细胞免疫反应中的作用及其对动脉粥样硬化进展的贡献 | 小鼠和人类动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 骨髓移植, 炎症信号分析, 内吞实验 | NA | 基因表达数据, 组织图像数据 | 小鼠模型和人类斑块样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1771 | 2025-11-25 |
Amoeboid-Mesenchymal Transition and the Proteolytic Control of Cancer Invasion Plasticity
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684403
PMID:41278919
|
研究论文 | 本研究通过癌症球体-3D基质模型、单细胞RNA测序和人体组织外植体,揭示了MMP14/MT1-MMP在控制间充质与阿米巴样侵袭表型转换中的核心作用 | 意外发现阿米巴样侵袭程序同样依赖基质金属蛋白酶活性,并证明MMP14是维持核完整性和侵袭能力的必需蛋白 | 研究主要基于体外模型和有限的组织样本,未涉及完整的体内肿瘤微环境 | 阐明控制癌症细胞间充质与阿米巴样侵袭表型转换的分子机制 | 癌症细胞系和人类乳腺癌组织外植体 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因编辑, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1772 | 2025-11-25 |
Individual Host Variation in Single-cell Responses to Enteroaggregative Escherichia coli Infection Modeled with Human Colon Organoids
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.24.684350
PMID:41279052
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研究论文 | 本研究利用人类结肠类器官和单细胞RNA测序技术,探索个体宿主对肠聚集性大肠杆菌感染的异质性反应 | 首次在单细胞水平揭示人类结肠类器官对EAEC感染的个体特异性反应,发现三种不同的反应表型 | 仅使用三名健康成人供体的类器官样本,样本量有限 | 理解宿主驱动的EAEC感染疾病异质性 | 人类结肠类器官 | 单细胞生物学 | 肠道感染疾病 | 单细胞RNA测序 | 人类结肠类器官感染模型 | 单细胞转录组数据 | 三名健康成人供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1773 | 2025-11-25 |
Chromosomal instability degrades developmental phenotypes essential for anti-GD2 immunotherapy outcomes in high-risk neuroblastoma
2025-Oct-21, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102375
PMID:41015032
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研究论文 | 本研究通过分析840个高风险神经母细胞瘤样本,揭示了染色体不稳定性通过降解发育表型影响抗GD2免疫治疗效果 | 首次发现染色体11q缺失通过降解去甲肾上腺素能和代谢表型影响抗GD2免疫治疗效果 | 基因组与治疗结果的相关性研究仍有限,仅分析了19对活检样本的克隆演化 | 探索高风险神经母细胞瘤多模式治疗(含抗GD2免疫治疗)的基因组相关性 | 高风险神经母细胞瘤患者肿瘤样本 | 癌症基因组学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,基因组分析 | NA | 基因组数据,单细胞RNA测序数据 | 840个肿瘤样本,19对活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1774 | 2025-11-25 |
Early developmental neuronal activity inhibits oligodendrocyte differentiation through AMPA receptor activation
2025-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.683139
PMID:41279286
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研究论文 | 本研究揭示了早期发育阶段神经元活动通过AMPA受体激活抑制少突胶质细胞分化的新机制 | 首次发现在早期大脑发育阶段神经元活动抑制而非促进少突胶质细胞分化,并确定了AMPA受体信号在此过程中的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究早期发育阶段神经元活动对少突胶质细胞分化的影响机制 | 小鼠嗅觉系统、体感皮层和胼胝体中的少突胶质前体细胞和少突胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 化学遗传学, 感觉刺激 | NA | 基因表达数据, 细胞分化数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1775 | 2025-11-25 |
Region-specific human brain organoids reveal synaptic and cell state drivers of glioblastoma invasion
2025-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.15.682580
PMID:41278684
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研究论文 | 本研究利用区域特异性人脑类器官揭示胶质母细胞瘤侵袭的突触和细胞状态驱动因素 | 开发了完全人源化的神经-GBM连接组模型,首次在区域特异性脑类器官中系统研究GBM侵袭机制 | 样本数量有限(15个独立样本),类器官模型可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 识别侵袭性GBM细胞的分子特征及其在神经微环境中的调控因子 | 患者来源的胶质母细胞瘤细胞和人诱导多能干细胞衍生的脑类器官 | 神经肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 狂犬病病毒单突触示踪,单细胞转录组学 | 脑类器官模型 | 转录组数据,示踪数据 | 15个独立GBM样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1776 | 2025-11-25 |
Characterization of immunosenescent alveolar macrophages in rhesus macaques
2025-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.10.681684
PMID:41279789
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序表征了恒河猴肺泡巨噬细胞在自然衰老过程中的免疫衰老特征 | 首次在非人灵长类动物模型中系统揭示肺泡巨噬细胞在自然衰老过程中的转录组和功能变化,并发现巨噬细胞迁移抑制因子(MIF)作为潜在生物标志物 | 支气管肺泡灌洗液可能无法准确反映肺组织中肺泡巨噬细胞的真实状态,样本量未明确说明 | 研究自然衰老对肺泡巨噬细胞的影响及其在肺部衰老中的作用机制 | 年轻与老年恒河猴的肺泡巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序, 细胞因子分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 年轻和老年恒河猴(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1777 | 2025-11-25 |
RUNX1T1-HDAC Reprogramming of the HOX Code Signaling Drives a Targetable Pan-Cancer Lineage Plasticity
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.07.681000
PMID:41280130
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现RUNX1T1-HDAC复合物通过重编程HOX编码信号驱动泛癌谱系可塑性,并揭示其可作为治疗靶点 | 首次发现RUNX1T1作为泛癌谱系可塑性的新型生物标志物,并鉴定RUNX1T1-HDAC复合物作为可药物靶点 | 研究主要关注前列腺癌、肺癌和AML三种癌症类型,在其他癌症中的普适性需进一步验证 | 探索癌症谱系可塑性的分子机制并寻找可靶向治疗的生物标志物 | 114种癌症类型的80,000多个RNA-seq样本,重点关注前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病 | 机器学习 | 前列腺癌,肺癌,急性髓系白血病 | RNA-seq,单细胞RNA-seq,多组学分析 | AI建模 | 基因表达数据 | 超过80,000个RNA-seq样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1778 | 2025-11-25 |
Optimal transport modeling uncovers spatial domain dynamics in spatiotemporal transcriptomics studies
2025-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.06.680672
PMID:41278900
|
研究论文 | 提出了一种名为SpaDOT的计算方法,用于识别空间转录组学研究中的空间域并推断其跨时间点的动态变化 | 结合变分自编码器框架与最优传输理论,首次在空间转录组学中同时建模全局空间连续性和局部结构异质性,并能追踪空间域随时间的动态转变 | NA | 开发计算方法来识别和追踪空间转录组学数据中的空间域动态变化 | 时空转录组学数据 | 空间转录组学 | 心脏瓣膜发育 | 时空转录组学 | 变分自编码器(VAE), 高斯过程, 最优传输(OT) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1779 | 2025-11-25 |
Tertiary lymphoid structures support the development of allergen-specific progenitor CD4+ T cells
2025-Oct-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.03.680350
PMID:41256356
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研究论文 | 本研究揭示了肺脏三级淋巴结构在过敏原特异性CD4+ T细胞发育中的关键作用 | 首次发现TCF1+祖细胞亚群定位于三级淋巴结构,并证实其通过PD1通路响应免疫治疗 | 研究主要聚焦于尘螨过敏模型,尚未验证其他过敏原或疾病场景 | 探究组织驻留记忆CD4+ T细胞在过敏性疾病中的发育机制 | 过敏原特异性CD4+ T细胞亚群 | 免疫学 | 过敏性疾病 | 转录组分析、流式细胞术、共聚焦显微镜、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据、空间定位数据 | 尘螨暴露后的小鼠肺组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1780 | 2025-11-25 |
Comparative transcriptomics reveals shifts in cortical architecture at the metatherian/eutherian transition
2025-Oct-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.03.680397
PMID:41256371
|
研究论文 | 通过比较转录组学分析揭示后兽类与真兽类哺乳动物在皮质柱细胞类型特异性组织方面的差异 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术系统比较后兽类与真兽类哺乳动物初级视觉皮层的基因表达、细胞类型和分层结构差异 | 研究仅针对初级视觉皮层,且样本数量有限,可能无法完全代表所有哺乳动物类群 | 探究后兽类与真兽类分化过程中皮质柱细胞类型特异性组织是否发生变化 | 后兽类和真兽类哺乳动物的初级视觉皮层 | 比较转录组学 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 两种哺乳动物物种(后兽类和真兽类各一)的初级视觉皮层样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |