单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1701	2025-03-12	Microbial metabolites control self-renewal and precancerous progression of human cervical stem cells 2025-Mar-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57323-6 PMID:40057497	研究论文	本文研究了人类宫颈干细胞的自我更新和癌前进展的调控机制，特别是微生物代谢物在这一过程中的作用	首次报道了通过单细胞RNA测序技术鉴定人类宫颈干细胞的异质性，并发现乳酸菌衍生的乳酸通过PI3K-AKT通路和YAP1调控宫颈干细胞的自我更新和早期肿瘤发生	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探索宫颈干细胞的调控机制及其在宫颈健康和疾病中的作用	人类宫颈干细胞及其癌前进展	生物医学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及人类和鼠类宫颈干细胞
1702	2025-03-12	Immunomodulatory role of the stem cell circadian clock in muscle repair 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq8538 PMID:40043110	研究论文	本研究揭示了肌肉干细胞（SCs）中的生物钟在肌肉再生过程中调节免疫微环境的作用	发现了肌肉干细胞生物钟通过调节NAD的细胞质再生来触发时间依赖性炎症基因转录，从而影响肌肉再生	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨肌肉干细胞生物钟在肌肉再生中的免疫调节作用	肌肉干细胞及其在肌肉再生中的免疫微环境	生物医学	肌肉损伤	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
1703	2025-03-12	CTSO and HLA-DQA1 as biomarkers in sepsis-associated ARDS: insights from RNA sequencing and immune infiltration analysis 2025-Mar-07, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-025-10726-8 PMID:40055592	研究论文	本研究通过RNA测序和免疫浸润分析，探讨了CTSO和HLA-DQA1作为脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的生物标志物的潜力	本研究首次从生物信息学的角度深入探讨了溶酶体相关基因与脓毒症免疫微环境中溶酶体变化之间的关联，并鉴定了CTSO和HLA-DQA1作为预测脓毒症相关预后的核心基因	脓毒症的病因复杂，ARDS和脓毒症的差异可能仅在于感染部位的不同，且许多ARDS病例的病因复杂，可能进展为脓毒症	探讨溶酶体相关基因与脓毒症免疫微环境中溶酶体变化之间的关联，并寻找新的临床诊断和治疗靶点	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	RNA测序、免疫浸润分析、单细胞测序	NA	RNA测序数据、临床数据	NA
1704	2025-03-12	Extracellular vesicular delivery of ceramides from pulmonary macrophages to endothelial cells facilitates chronic obstructive pulmonary disease 2025-Mar-07, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02125-y PMID:40055817	研究论文	本研究揭示了慢性阻塞性肺疾病（COPD）发病机制中的一种新机制，即肺巨噬细胞通过含有神经酰胺的细胞外囊泡（EVs）将香烟烟雾（CS）诱导的代谢应激传递给内皮细胞（ECs），导致内皮屏障功能障碍	发现了肺巨噬细胞通过EVs传递神经酰胺到ECs的新机制，这一机制在COPD的发病过程中起关键作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨神经酰胺是否作为COPD发展中的细胞非自主介质，通过传递代谢应激从肺巨噬细胞到ECs，损害内皮功能并协调肺部炎症	肺巨噬细胞和内皮细胞	生物医学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序、质谱脂质组学、透射电子显微镜、纳米颗粒跟踪分析	小鼠模型	RNA测序数据、脂质组学数据、显微镜图像	人类肺组织样本、小鼠肺泡巨噬细胞
1705	2025-03-12	Bacteroides fragilis Toxin Suppresses METTL3-Mediated m6A Modification in Macrophage to Promote Inflammatory Bowel Disease 2025-Mar-05, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae179 PMID:40065724	研究论文	本研究探讨了Bacteroides fragilis毒素（BFT）通过抑制METTL3介导的m6A修饰在巨噬细胞中的作用，从而促进炎症性肠病的机制	揭示了BFT通过抑制FOXD3表达减少METTL3转录，进而降低m6A修饰，并通过减少YTHDF2依赖的mRNA降解促进ITGA5表达的新机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	研究BFT与宿主相互作用对宿主mRNA的m6A修饰的影响及其机制	炎症性肠病患者和硫酸葡聚糖钠诱导的结肠炎小鼠	分子生物学	炎症性肠病	单细胞测序	NA	基因表达数据	炎症性肠病患者和结肠炎小鼠
1706	2025-03-12	AcImpute: a constraint-enhancing smooth-based approach for imputing single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae711 PMID:40037523	研究论文	本文提出了一种名为AcImpute的无监督方法，用于提高单细胞RNA测序数据的插补准确性，通过约束不同表达水平基因之间的平滑权重来防止过度平滑	AcImpute方法通过约束平滑权重，有效解决了基于平滑的插补方法中的过度平滑问题，提高了基因表达的恢复精度，并保持了细胞间的变异性	NA	提高单细胞RNA测序数据的插补准确性，以增强下游分析的有效性和准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督方法	基因表达数据	NA
1707	2025-03-12	Complement activation in tumor microenvironment after neoadjuvant therapy and its impact on pancreatic cancer outcomes 2025-Mar-03, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00848-2 PMID:40032924	研究论文	本研究探讨了新辅助治疗（NAT）对胰腺导管腺癌（PDAC）癌细胞和肿瘤微环境（TME）的不同影响，并发现NAT通过上调TME中的补体基因表达，改善了患者的总体生存率	首次揭示了NAT通过上调TME中的补体基因表达，改善了PDAC患者的预后，并提出了局部补体动态作为新的生物标志物的潜力	样本量相对较小（23例NAT治疗和13例NAT未治疗的PDAC），需要更大规模的研究进一步验证	研究NAT对PDAC癌细胞和TME的影响，并探索补体基因表达在预后和治疗反应中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	肿瘤微环境研究	胰腺癌	空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	23例NAT治疗和13例NAT未治疗的PDAC样本
1708	2025-03-12	Integrated analyses uncover new features of atypical memory B cells and novel targets for intervention 2025-Mar, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152877 PMID:39938454	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了非典型记忆B细胞（AMB）的转录组特征、免疫表型及其在系统性风湿性疾病中的潜在作用	首次全面描述了AMB的转录组特征和免疫表型，并确认了其在系统性红斑狼疮（SLE）、类风湿性关节炎（RA）和干燥综合征（SjS）中的扩展	研究主要依赖于生物信息学分析，缺乏实验验证	揭示AMB的转录组特征、免疫表型及其在系统性风湿性疾病中的潜在作用	非典型记忆B细胞（AMB）	生物信息学	系统性风湿性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CyTOF表型分析	NA	RNA测序数据、免疫表型数据	系统性红斑狼疮（SLE）、类风湿性关节炎（RA）和干燥综合征（SjS）患者的血液和组织样本
1709	2025-03-12	Endogenously generated Dutch-type Aβ nonfibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation 2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.25.639746 PMID:40060689	研究论文	本研究探讨了荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症情况下对突触前神经传递的失调作用	揭示了荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症情况下对突触前神经传递的直接影响，并发现其与线粒体复合物I活性降低相关	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	研究荷兰型Aβ非纤维聚集体对突触前神经传递的影响	转基因小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	A11免疫组化、环状D,L-α-肽-FITC显微镜、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	转基因小鼠
1710	2025-03-12	Inhibition of the Hippo pathway by verteporfin reduces the proliferation and stemness of rat hair follicle neural crest stem cells under hypoxia 2025-Mar, FASEB bioAdvances IF:2.5Q3 DOI:10.1096/fba.2025-00025 PMID:40060945	研究论文	本研究探讨了Hippo通路在缺氧条件下对毛囊神经嵴干细胞增殖和干性维持的调控作用	首次研究了Hippo信号通路在缺氧环境下对毛囊神经嵴干细胞生长的调控作用	研究仅在大鼠毛囊神经嵴干细胞中进行，未涉及人类细胞或其他类型的干细胞	研究Hippo通路在缺氧条件下对毛囊神经嵴干细胞的调控作用	大鼠毛囊神经嵴干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、定量实时PCR、免疫荧光、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	大鼠毛囊神经嵴干细胞
1711	2025-03-12	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2025-Feb-28, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf045 PMID:40036847	研究论文	本文报道了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊分泌细胞的转录组特征及其在精液生成中的作用	首次构建了小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊分泌细胞的转录组特征及其在精液生成中的作用	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的精囊	研究精囊的细胞组成及其在精液生成中的作用	小鼠精囊	单细胞组学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
1712	2025-03-12	Estimating the cis -heritability of gene expression using single cell expression profiles controls false positive rate of eGene detection 2025-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639892 PMID:40060452	研究论文	本文介绍了一种名为scGeneHE的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计基因表达的遗传性	提出了scGeneHE方法，解决了从原生单细胞RNA测序数据中估计基因表达遗传性的分析挑战	NA	量化特定细胞类型中基因表达的遗传性，阐明疾病变异和基因的细胞类型特异性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	免疫介导疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	泊松混合效应模型	单细胞RNA测序数据	969个个体，11种免疫细胞类型，822,552个细胞
1713	2025-03-12	stAI: a deep learning-based model for missing gene imputation and cell-type annotation of spatial transcriptomics 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf158 PMID:40057378	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的模型stAI，用于解决单细胞空间转录组学数据中的基因缺失插补和细胞类型注释问题	stAI模型通过联合嵌入scST和参考scRNA-seq数据，利用两个独立的编码器-解码器模块，在潜在空间中以监督方式进行插补和注释，显著提高了未测量基因（尤其是标记基因）的预测准确性和细胞类型注释的精确度	尽管stAI在多个数据集上表现出色，但其性能可能受到参考scRNA-seq数据质量和数量的限制	解决单细胞空间转录组学数据中的基因缺失插补和细胞类型注释问题	单细胞空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术	深度学习模型	RNA转录水平数据	多个平台生成的数据集，涉及不同数量的测量基因
1714	2025-03-12	High expression of stearoyl-coenzyme A desaturase in colorectal cancer oncogenic functions and its potential as a therapeutic target 2025-Feb-27, World journal of gastrointestinal surgery IF:1.8Q2 DOI:10.4240/wjgs.v17.i2.100237 PMID:40061980	研究论文	本文探讨了硬脂酰辅酶A去饱和酶（SCD）在结直肠癌（CRC）中的临床和病理意义，并评估了氯化硝基喹啉（NC）与SCD的靶向亲和力	首次整合多中心高通量数据，结合单细胞测序和分子对接技术，明确了SCD在CRC中的致癌功能及其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探索SCD在CRC中的临床和病理意义，并评估NC与SCD的靶向亲和力	结直肠癌组织和细胞	癌症研究	结直肠癌	高通量数据分析、免疫组化染色、CRISPR敲除筛选、单细胞测序、分子对接	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据	2482个CRC样本和1334个非癌性结直肠组织对照
1715	2025-03-12	Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles 2025-Feb-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03493-x PMID:40012008	研究论文	本文开发了一个名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种预测和比较单细胞转录组图谱	Icebear框架首次实现了跨物种单细胞基因表达谱的准确预测，并揭示了哺乳动物X染色体上调的进化和多样化适应	单细胞图谱在某些生物学背景下难以获取，限制了假设生成的范围	理解进化过程中的调控变化，并将从模型生物中学到的知识转移到人类	单细胞RNA测序（scRNA-seq）图谱	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	单细胞基因表达数据	NA
1716	2025-03-12	A humanized mouse model system mimics prenatal Zika infection and reveals premature differentiation of neural stem cells 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639556 PMID:40060457	研究论文	本文开发了一种人源化小鼠模型系统，模拟了产前寨卡病毒感染，并揭示了神经干细胞的过早分化	开发了一种人源化、免疫活性小鼠模型系统，能够模拟从轻度到重度的产前寨卡病毒感染，并通过单细胞RNA测序揭示了寨卡病毒感染对大脑皮层转录组的影响	模型系统虽然模拟了人类表型谱，但仍需进一步验证其在临床转化中的可靠性	开发一种可靠的、临床可转化的实验系统，模拟人类产前寨卡病毒感染的情况	人源化小鼠模型	生物医学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	人源化小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及样本数量
1717	2025-03-12	PLXNB1 and other signaling drives a pathologic astrocyte state contributing to cognitive decline in Alzheimer's Disease 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639868 PMID:40060644	研究论文	本文通过单核转录组数据分析，揭示了阿尔茨海默病中一种特定星形胶质细胞亚群Ast10在认知衰退中的关键作用及其信号驱动机制	首次通过大规模单核转录组数据分析，识别出Ast10星形胶质细胞亚群在阿尔茨海默病和衰老相关认知衰退中的关键作用，并揭示了其信号驱动机制	研究主要依赖于转录组数据，未涉及蛋白质水平的功能验证，且样本来源主要为已故个体，可能无法完全反映活体中的动态变化	探讨阿尔茨海默病中星形胶质细胞亚群Ast10在认知衰退中的作用及其信号驱动机制	869个不同来源的脑组织样本，包括阿尔茨海默病患者和健康对照	生物信息学	阿尔茨海默病	单核转录组测序（snRNAseq），空间转录组学	NA	转录组数据	869个脑组织样本
1718	2025-03-12	Molecular differences between young and mature stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111832 PMID:40028281	研究论文	本文通过开发新生和成熟小鼠的全组织外植模型，研究了耳蜗血管纹（SV）的分子差异及其在听力损失中的作用	开发了新生和成熟小鼠的全组织外植模型，并首次通过单细胞RNA测序揭示了SV增殖和维持的关键基因和通路	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类SV的生物学特性	研究耳蜗血管纹（SV）的分子差异及其在听力损失中的作用	新生和成熟小鼠的耳蜗血管纹（SV）及其周围组织	分子生物学	听力损失	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	新生和成熟小鼠的耳蜗血管纹（SV）及其周围组织
1719	2025-03-12	Single Cell Spatial Transcriptomics of the Murine Embryonic Palate Links Pax9 to Patterning and Organization of Extracellular Matrix Components 2025-Feb-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5969552/v1 PMID:40034445	研究论文	本文通过单细胞空间转录组学研究，探索了小鼠胚胎腭裂模型中信号微环境的基因组基础	首次在腭裂模型中设计和实施了单细胞空间RNA测序研究，并使用了Visium HD平台进行2×2 μm空间基因表达数据的分析	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索腭裂形成的基因组基础，为开发有效的人类腭裂治疗方法提供分子靶点	小鼠胚胎腭裂模型	基因组学	腭裂	单细胞空间RNA测序，Visium HD，Xenium In Situ mRNA空间分析，RNAscope多重检测	NA	空间基因表达数据	多个发育时间点的小鼠胚胎腭裂模型
1720	2025-03-12	A Nerve-Fibroblast Axis in Mammalian Lung Fibrosis 2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.09.611003 PMID:39314391	研究论文	本文揭示了哺乳动物肺纤维化中神经-成纤维细胞轴的存在及其在纤维化过程中的作用	发现了α1-肾上腺素受体表达的肌成纤维细胞在纤维化肺中接收交感神经来源的去甲肾上腺素输入，并定义了一个由异常模式化的交感神经和α1-肾上腺素受体亚型D表达的肌成纤维细胞组成的纤维化单位	NA	研究肺纤维化的机制，特别是肌成纤维细胞在纤维化过程中的作用	小鼠和人类纤维化肺组织	生物医学	肺纤维化	光学清除、全肺成像、细胞特异性基因删除、药理学干预、交感神经共培养、精确切割肺切片、支气管肺泡灌洗液分析、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据、组织样本	来自不同形式肺纤维化患者的肺成纤维细胞