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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1701 | 2025-11-26 |
Comment on "Melanoma microsatellites exhibit a metastatic signature by spatial transcriptomics and overexpress mediators of immune evasion"
2025-Nov, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-025-04305-0
PMID:41091168
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1702 | 2025-11-26 |
Spatial analysis reveals the cellular microenvironments and mechanisms of inflammation and kidney injury in acute interstitial nephritis
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.29.684811
PMID:41278888
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研究论文 | 通过空间分析技术揭示急性间质性肾炎中细胞微环境、炎症机制和肾损伤的分子通路 | 首次使用高分辨率成像质谱流式和单细胞空间转录组学识别CXCL9-CXCR3轴为AIN的特异性免疫特征,并发现烟酰胺磷酸核糖转移酶协调代谢-炎症微环境 | 研究样本仅限于人类肾活检组织,样本量未明确说明 | 阐明急性间质性肾炎的发病机制并识别潜在治疗靶点 | 人类肾活检组织(包括AIN、非免疫性急性肾小管损伤和参考组织) | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 成像质谱流式技术, 单细胞空间转录组学 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 成像质谱流式 | NA | NA |
| 1703 | 2025-11-26 |
Subclinical Fields of BRAF V600E-Mutant Melanocytes Populate Human Skin and Are Enriched Around Melanoma and Naevi
2025-Oct-28, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf412
PMID:41148046
|
研究论文 | 本研究在黑色素瘤高风险人群的正常皮肤中发现普遍存在BRAF V600E突变黑色素细胞亚临床区域 | 首次证实正常皮肤中存在BRAF V600E突变黑色素细胞区域,这些区域在肿瘤邻近皮肤中密度更高、频率更高 | 样本主要来自高风险澳大利亚人群,样本量为97例 | 确定BRAF V600E突变黑色素细胞是否常见于高风险成人非病变皮肤 | 高风险澳大利亚黑色素瘤队列的非病变皮肤样本及新生儿包皮来源的黑色素母细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 免疫组织化学,液滴数字PCR,单细胞RNA测序 | NA | 组织切片,基因表达数据 | 97例非病变皮肤样本及新生儿包皮黑色素母细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1704 | 2025-11-26 |
Cardiomyocyte-specific plakophilin-2 loss is sufficient to induce aging and senescence of nonmyocytes. Relevance to arrhythmogenic cardiomyopathy
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.682160
PMID:41279511
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研究论文 | 本研究通过心肌细胞特异性PKP2敲除模型,首次证实仅心肌细胞中plakophilin-2缺失足以诱导非心肌细胞衰老和心脏整体早衰 | 首次将细胞衰老和早衰机制与桥粒性心律失常心肌病相关联,揭示了心肌细胞基因缺陷通过旁分泌机制引发非心肌细胞衰老的新路径 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;衰老机制的具体信号通路尚未完全阐明 | 探究PKP2缺陷是否仅通过心肌细胞即可引发非心肌细胞衰老和心脏早衰 | 心肌细胞特异性PKP2敲除小鼠模型中的心肌细胞和非心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心律失常性心肌病 | 多重成像、细胞因子阵列、表观遗传时钟、空间转录组学、扩展显微镜、结构照明显微镜 | 基因敲除小鼠模型 | 图像、转录组、蛋白质组、表观遗传数据 | PKP2cKO小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 空间转录组学、多重免疫组化 | NA | NA |
| 1705 | 2025-11-26 |
Glutamine synthetase loss in β-catenin-mutant hepatocellular carcinoma promotes tumor burden through macrophage metabolic reprogramming
2025-Oct-23, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001591
PMID:41129335
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研究论文 | 本研究探讨β-连环蛋白突变肝细胞癌中谷氨酰胺合成酶缺失如何通过巨噬细胞代谢重编程促进肿瘤负荷 | 首次揭示肿瘤细胞GS缺失后巨噬细胞通过代谢适应维持mTOR激活的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 阐明β-连环蛋白突变肝癌中谷氨酰胺合成酶缺失对肿瘤进展的影响机制 | 肝细胞癌小鼠模型和TCGA数据库中的肝癌患者数据 | 癌症代谢研究 | 肝细胞癌 | 单细胞空间转录组学,基因条件性敲除,巨噬细胞清除 | 基因工程小鼠模型 | 转录组数据,组织学数据 | TCGA数据库中的CTNNB1突变肝癌患者和小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 1706 | 2025-11-26 |
Modeling Alzheimer's Disease with APOE4 Neuron-Glial Brain Assembloids Reveals IGFBPs as Therapeutic Targets
2025-Oct-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.683162
PMID:41279729
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研究论文 | 本研究开发了一种模拟阿尔茨海默病的3D脑类组装体模型,揭示了IGFBP通路在疾病进展中的新作用 | 首次创建包含神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞的3D类组装体模型,能够完整模拟阿尔茨海默病病理特征 | 模型仍需进一步验证其与人类疾病进展的完全一致性 | 开发能够准确模拟阿尔茨海默病进展的人类遗传背景模型,并探索治疗靶点 | iPSC来源的神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞 | 疾病建模 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,iPSC分化技术 | 3D类组装体模型 | 基因表达数据 | APOE4/4和同基因对照细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1707 | 2025-11-26 |
Activated fatty acid synthesis pathway in macrophages propagates pathogenic fibroblast expansion after myocardial infarction
2025-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.10.681697
PMID:41279812
|
研究论文 | 本研究揭示心肌梗死后巨噬细胞中脂肪酸合成通路通过ACLY和FASN促进致病性成纤维细胞扩增的机制 | 首次发现心脏巨噬细胞通过脂肪酸合成通路调控成纤维细胞扩增,并阐明ACLY通过乙酰化调控促纤维化细胞因子IL-33产生的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究巨噬细胞脂肪酸合成通路在心肌梗死后炎症和心脏重塑中的作用 | 心肌梗死小鼠模型和人类心脏样本中的巨噬细胞与成纤维细胞 | 代谢组学与单细胞生物学 | 心血管疾病 | 空间代谢组学,CUT&RUN,RNA测序,单细胞RNA测序,空间多组学 | 基因敲除小鼠模型 | 代谢组数据,基因组数据,转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,空间多组学 | NA | NA |
| 1708 | 2025-11-26 |
ST2HE: A Cross-Platform Framework for Virtual Histology and Annotation of High-Resolution Spatial Transcriptomics Data
2025-Oct-13, ArXiv
PMID:41281202
|
研究论文 | 提出ST2HE跨平台生成框架,能够从高分辨率空间转录组数据直接合成虚拟H&E图像 | 首次开发了基于一步扩散模型的跨平台框架,整合细胞核形态和空间转录坐标生成组织学忠实的虚拟H&E图像 | NA | 为高分辨率空间转录组数据开发标准化的组织学注释框架 | 乳腺癌、非小细胞肺癌和卡波西肉瘤组织样本 | 计算病理学 | 多种癌症 | 空间转录组学 | 扩散模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 高分辨率空间转录组学 | NA | NA |
| 1709 | 2025-11-26 |
Transposable Elements and Homotypic Niches Drive Immune Dynamics and Resistance in Melanoma Epigenetic-based immunotherapy
2025-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.09.679175
PMID:41278906
|
研究论文 | 本研究通过单细胞多组学和高分辨率空间转录组学分析,揭示了表观遗传免疫疗法如何重塑黑色素瘤生态系统 | 发现转座子元件激活和同型生态位驱动免疫动态,识别NFATC2作为神经嵴样表型的主调控因子和耐药促进因子 | 样本来源于单一临床试验队列,需要更大规模验证 | 探索表观遗传免疫疗法对黑色素瘤生态系统重塑的机制 | 黑色素瘤患者纵向活检样本 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 单细胞多组学,空间转录组学 | 空间建模 | 单细胞多组学数据,空间转录组数据 | NIBIT-M4临床试验患者纵向活检样本 | NA | 单细胞多组学,空间转录组学 | NA | NA |
| 1710 | 2025-11-26 |
Nutritional hyperketonemia by dietary medium-chain fatty acids is driven by the liver without contribution from the intestine
2025-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681190
PMID:41279942
|
研究论文 | 本研究通过基因敲除小鼠模型和细胞实验证明膳食中链脂肪酸诱导的营养性高酮血症主要由肝脏介导,肠道几乎不参与此过程 | 首次明确区分肝脏和肠道在膳食中链脂肪酸诱导酮体生成中的具体作用,挑战了通过门静脉代谢物测量推断肠道贡献的常规做法 | 研究主要聚焦于C8:0中链脂肪酸,其他类型中链脂肪酸的作用尚未验证;细胞实验可能无法完全模拟体内复杂环境 | 阐明膳食中链脂肪酸诱导营养性高酮血症的主要器官来源 | 基因敲除小鼠、原代肝细胞、人和小鼠肠道细胞系 | 代谢研究 | 代谢疾病 | RNA测序、细胞培养、代谢物测量 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、代谢物浓度数据 | 多种基因型小鼠、原代细胞和细胞系 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1711 | 2025-11-26 |
SpaGene: A Deep Adversarial Framework for Spatial Gene Imputation
2025-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.03.680242
PMID:41278680
|
研究论文 | 提出一种名为SpaGene的深度学习框架,用于整合单细胞RNA测序和空间转录组数据以填补空间基因表达缺失 | 采用包含两个编码器-解码器对、两个翻译器和两个判别器的深度对抗框架,实现空间转录组数据中缺失基因表达的有效填补 | NA | 整合单细胞RNA测序和空间转录组数据,提升空间基因表达数据的完整性 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 深度学习, 对抗生成网络 | 基因表达数据, 空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1712 | 2025-11-26 |
Transcriptional and epigenetic repression of hematopoietic stem cells underlies bone marrow failure after spinal cord injury
2025-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.05.680535
PMID:41279599
|
研究论文 | 本研究揭示了脊髓损伤通过转录和表观遗传抑制导致造血干细胞功能受损和骨髓衰竭的机制 | 首次发现脊髓损伤通过抑制造血干细胞的转录程序和染色质可塑性导致骨髓衰竭的系统性后果 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究脊髓损伤对造血干细胞功能和长期造血的影响机制 | 造血干细胞(HSCs) | 表观遗传学 | 脊髓损伤 | 单细胞转录组学,染色质可及性分析,体内移植实验 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,ATAC-seq | NA | NA |
| 1713 | 2025-11-26 |
Investigating the dynamic signaling pathways involved in the specialization and differentiation of epiblast cells in early human embryos
2025-Oct, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2025.05.014
PMID:40581241
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类胚胎早期发育过程中外胚层细胞特化的动态信号通路 | 首次系统揭示BMP、WNT、FGF、LIF和TGFβ等多条信号通路在人类胚胎外胚层发育中的动态作用模式 | 研究结果基于RNA表达模式推断,需要蛋白质水平和功能验证 | 探索人类胚胎外胚层细胞特化和分化过程中的细胞间通讯机制 | 人类早期胚胎发育过程中的外胚层细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 涵盖植入前、植入后、原肠胚形成前和早期原肠胚形成阶段的人类胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1714 | 2025-11-26 |
Treg activation during allograft tolerance induction requires mitochondrion-induced TGF-β1 in type 1 conventional dendritic cells
2025-Sep-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178960
PMID:40644411
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研究论文 | 本研究揭示了1型常规树突状细胞通过线粒体代谢诱导TGF-β1表达,进而促进抗原特异性调节性T细胞生成和心脏移植物耐受的机制 | 首次发现cDC1细胞在移植物耐受诱导中的关键作用,并阐明线粒体代谢-TGF-β1信号轴调控抗原特异性Treg生成的新机制 | 研究基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证;cDC1特异性基因敲除模型可能存在脱靶效应 | 探究1型常规树突状细胞在实体器官移植物耐受诱导中的作用机制 | 小鼠心脏移植模型、1型常规树突状细胞、CD4+CD25+FoxP3+调节性T细胞 | 免疫学 | 器官移植排斥 | 单细胞RNA测序、代谢分析、基因敲除 | NA | 基因表达数据、代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1715 | 2025-11-26 |
Integrated multi-omics analysis identifies lipid metabolism biomarkers in ONFH and reveals therapeutic potential of retinoic acid
2025-Aug-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13703-y
PMID:40841396
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研究论文 | 通过多组学分析识别股骨头坏死中脂质代谢生物标志物并揭示视黄酸的治疗潜力 | 首次整合多组学分析与机器学习技术识别ONFH脂质代谢生物标志物,并通过单细胞测序验证生物标志物与免疫细胞的关联 | 未明确说明样本量大小及数据来源的具体细节 | 识别股骨头坏死的潜在生物标志物并为疾病治疗提供参考 | 股骨头坏死相关基因和免疫细胞 | 生物信息学 | 股骨头坏死 | 多组学分析、机器学习、分子对接、单细胞测序 | 列线图模型、ROC曲线分析 | 基因组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1716 | 2025-11-26 |
Subcellular spatial transcriptomics reveals immune-stromal crosstalk within the synovium of patients with juvenile idiopathic arthritis
2025-Aug-08, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.05.25332835
PMID:40894156
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研究论文 | 通过亚细胞分辨率空间转录组分析揭示幼年特发性关节炎患者滑膜组织中免疫细胞与基质细胞的空间互作网络 | 开发了新的空间共定位分析流程,首次在亚细胞分辨率揭示JIA滑膜中NOTCH信号介导的内皮-成纤维细胞互作、CXCL9-CXCR3信号轴等微解剖结构 | 研究样本仅来自活动期JIA患者,未涵盖疾病不同阶段;与类风湿关节炎的比较分析样本量有限 | 解析幼年特发性关节炎滑膜组织的空间分子结构 | 幼年特发性关节炎患者的滑膜组织样本 | 空间转录组学 | 幼年特发性关节炎 | 空间转录组测序 | 空间共定位分析流程 | 空间转录组数据 | 活动期JIA患者滑膜组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 亚细胞分辨率空间转录组分析 |
| 1717 | 2025-11-26 |
Cannabidiol exerts anti-inflammatory effects but maintains T effector memory cell differentiation: A Single-Cell Study in Humans
2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.30.667742
PMID:40766582
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研究论文 | 通过单细胞研究探讨大麻二酚在人类中的抗炎作用及其对T效应记忆细胞分化的影响 | 首次在人体研究中结合单细胞RNA测序和流式细胞术分析大麻二酚对免疫细胞的调节作用 | 样本量较小(23名参与者),缺乏长期随访数据 | 评估大麻二酚对人类外周免疫细胞分布和功能的调节作用 | 23名接受口服大麻二酚治疗的人类参与者 | 免疫学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,细胞因子检测,串联质谱 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞术数据,蛋白质浓度数据 | 23名人类参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1718 | 2025-11-26 |
Genital herpes shedding episodes associate with alterations in the spatial organization and activation of mucosal immune cells
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.24.661157
PMID:40667113
|
研究论文 | 本研究探讨了HSV-2感染期间生殖器疱疹脱落对阴道黏膜免疫细胞空间组织和活化的影响 | 首次结合空间转录组学和免疫荧光成像技术揭示活动性HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞的空间重分布和基因表达变化 | 研究样本量相对有限(232名参与者),且主要关注黏膜局部免疫反应 | 研究HSV-2对宫颈阴道道免疫系统的影响机制 | HSV-2血清阳性和血清阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本 | 免疫学 | 生殖器疱疹 | 流式细胞术,免疫荧光成像,可溶性免疫因子分析,空间转录组学 | NA | 组织样本,血液样本,图像数据,基因表达数据 | 232名HSV-2血清阳性和血清阴性参与者 | NA | 空间转录组学,流式细胞术,免疫荧光成像 | NA | NA |
| 1719 | 2025-11-26 |
HPV integration in head and neck cancer: downstream splicing events and expression ratios linked with poor outcomes
2025-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.17.633627
PMID:39896613
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研究论文 | 研究HPV整合在头颈癌中对下游剪接事件和基因表达比例的影响及其与不良预后的关联 | 首次基于RNA特征对HPV整合阳性患者进行分类,发现特定HPV-人类融合转录本和HPV基因转录比例与较差临床结局相关 | 主要基于RNA分析而非DNA分析,样本量相对有限 | 探索HPV整合在头颈鳞状细胞癌中的致癌机制及其与临床预后的关系 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 261个HPV相关HNSCC样本(包括bulk和单细胞RNA-seq),其中102名HPV阳性患者的DNA整合事件 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1720 | 2025-11-26 |
Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.31.578123
PMID:38352551
|
研究论文 | 提出了一种名为Piscis的深度学习算法,通过新颖的SmoothF1损失函数实现荧光显微镜图像中RNA转录本斑点的自动检测 | 开发了SmoothF1损失函数,可近似F1分数并直接惩罚假阳性和假阴性,同时保持可微性以用于深度学习训练 | NA | 开发无需手动参数调优的自动斑点检测算法,用于空间转录组学图像分析 | 荧光显微镜图像中的RNA转录本斑点 | 计算机视觉 | NA | RNA荧光原位杂交 | 深度学习 | 图像 | 358张手动标注的实验RNA FISH图像和240张合成图像 | NA | 空间转录组学, 单分子RNA荧光原位杂交 | NA | NA |