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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1681 | 2026-01-05 |
Guardians within: Cross-talk between the gut microbiome and host immune system
2025-Dec-22, World journal of gastrointestinal pathophysiology
DOI:10.4291/wjgp.v16.i4.111245
PMID:41479870
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综述 | 本文综述了肠道微生物群与宿主免疫系统之间的复杂互作,探讨了微生物如何影响免疫细胞分化、调节炎症反应并维持免疫稳态 | 整合了宏基因组学、代谢组学和单细胞测序等最新技术进展,深入揭示了微生物-免疫轴的作用机制,为基于微生物组的治疗策略开辟了新途径 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,且微生物-免疫互作的因果机制仍需进一步实验验证 | 探讨肠道微生物群与宿主免疫系统之间的互作关系及其在健康和疾病中的作用 | 肠道微生物群、宿主免疫细胞(如巨噬细胞、树突状细胞、自然杀伤细胞、先天淋巴细胞、T细胞、B细胞)及其代谢产物(如短链脂肪酸) | NA | 自身免疫性疾病、炎症性疾病、癌症 | 宏基因组学、代谢组学、单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1682 | 2026-01-05 |
Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration
2025-04-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019
PMID:39755116
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研究论文 | 本研究探讨了谷胱甘肽(GSH)在植物细胞再生过程中如何通过加速细胞周期和促进细胞重编程来发挥作用 | 首次在植物再生过程中,通过单细胞RNA测序和活体成像技术,揭示了GSH在调控G1期缩短和细胞重编程中的关键作用,并提出了一个基于GSH释放的损伤响应模型 | 研究主要基于拟南芥根系统,可能不直接适用于其他植物组织或物种,且GSH的具体信号传导机制尚未完全阐明 | 探究细胞周期动态在植物细胞重编程和再生过程中的作用机制 | 拟南芥(Arabidopsis)根细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),活体成像 | NA | RNA测序数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1683 | 2026-01-05 |
Single-cell RNA-seq reveals that granulosa cells are a target of phthalate toxicity in the ovary
2025-Apr-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfaf001
PMID:39752319
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了邻苯二甲酸盐对卵巢颗粒细胞的毒性作用及其分子机制 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示了邻苯二甲酸盐对卵巢颗粒细胞(特别是壁层颗粒细胞)的特异性毒性作用,并发现批量测序可能掩盖对脆弱细胞类型的影响 | 研究仅使用小鼠模型和特定浓度的邻苯二甲酸盐代谢混合物,体外培养系统可能无法完全模拟体内环境 | 探究邻苯二甲酸盐对卵巢毒性的分子机制 | 小鼠卵巢卵泡(特别是颗粒细胞、膜细胞/基质细胞) | 单细胞组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠卵泡体外培养96小时(处理组与对照组) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1684 | 2026-01-05 |
Microfluidics and molecular diagnostics in renal cell carcinoma: advances, challenges, and future directions
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1674789
PMID:41479787
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综述 | 本文全面探讨了肾细胞癌的临床病理学现状,并重点回顾了微流控和分子诊断技术的最新进展及其在肾癌管理中的应用 | 整合了微流控平台与分子诊断技术,用于分析循环肿瘤细胞、循环肿瘤DNA和外泌体等生物标志物,并探讨了单细胞测序、空间转录组学等新技术在肿瘤异质性和治疗耐药性研究中的应用 | 临床转化面临检测标准化和监管障碍等挑战 | 探讨微流控和分子诊断技术在肾细胞癌管理中的进展、挑战和未来方向,以推动精准医疗 | 肾细胞癌 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, 下一代测序, 多组学整合 | NA | 生物标志物数据, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 下一代测序 | NA | NA |
| 1685 | 2026-01-05 |
Macrophage-driven immunopathology in pulmonary arterial hypertension: from mechanisms to targeted therapies
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1721071
PMID:41479889
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综述 | 本文综述了巨噬细胞极化在肺动脉高压发病机制中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力 | 强调了巨噬细胞极化通过M1/M2表型驱动局部炎症和纤维化,并揭示了“肺-心免疫轴”在右心室重塑中的间接影响,同时指出巨噬细胞异质性、单细胞转录组学和精准免疫调节策略作为未来研究方向 | NA | 探讨巨噬细胞驱动的免疫病理在肺动脉高压中的机制,并评估靶向治疗策略 | 肺动脉高压的发病机制,特别是巨噬细胞在血管重塑和炎症中的作用 | NA | 肺动脉高压 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1686 | 2026-01-05 |
Dynamic genetic regulation of CD4+ T cells in obstructive sleep apnea: integrating context-specific eQTL, Mendelian randomization, single-cell sequencing, and experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1691347
PMID:41479897
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研究论文 | 本研究整合了多种分析方法,探究了CD4+ T细胞在阻塞性睡眠呼吸暂停发病机制中的动态遗传调控机制 | 首次整合了情境特异性eQTL分析、孟德尔随机化、共定位分析、单细胞RNA测序和实验验证,系统揭示了CD4+ T细胞在OSA中的时间动态性和细胞类型特异性免疫调控 | 样本仅来自欧洲血统的119名供体,可能限制了结果在其他人群中的普适性;研究主要关注CD4+ T细胞,其他免疫细胞的作用未充分探讨 | 探究阻塞性睡眠呼吸暂停中CD4+ T细胞的动态遗传调控机制,特别是在间歇性缺氧诱导的免疫和炎症反应中的作用 | 来自119名欧洲血统供体的CD4+ T细胞,以及间歇性缺氧小鼠模型 | 生物信息学 | 阻塞性睡眠呼吸暂停 | 情境特异性eQTL分析, 孟德尔随机化, 共定位分析, 单细胞RNA测序, qPCR | NA | 基因表达数据, 遗传变异数据, 单细胞转录组数据 | 119名欧洲血统供体的CD4+ T细胞(在0小时、16小时、40小时和5天多个时间点) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1687 | 2026-01-04 |
Identifying vascular stiffening-sensitive macrophages through integration of single-cell transcriptomics and imaging flow cytometry
2025-Dec-31, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2025.240063
PMID:41477484
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和成像流式细胞术,识别了在血管硬化过程中对细胞外基质刚度敏感的SPP1+巨噬细胞亚群 | 首次结合单细胞转录组学与成像流式细胞术,在动脉硬化模型中系统性地识别并验证了SPP1+巨噬细胞是对细胞外基质刚度敏感的特定免疫细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型和体外培养系统,在人体样本中的验证尚不充分,且未深入探讨SPP1+巨噬细胞促进血管硬化的具体分子机制 | 旨在识别在心血管疾病中响应动脉硬化的特定免疫细胞成分和关键因子 | 硬化颈动脉斑块中的免疫细胞、不同刚度聚丙烯酰胺凝胶上培养的巨噬细胞、急性钙化小鼠模型中的血管组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,成像流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1688 | 2026-01-04 |
A competition model of multilineage priming and cell-fate decisions
2025-Dec-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116690
PMID:41481416
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综述 | 本文综述了多谱系启动和细胞命运决策的竞争模型,探讨了祖细胞如何通过基因表达程序的竞争产生多样化的细胞命运 | 提出了集体多能性作为群体自我调节以平衡胚胎发育中所有下游命运产生的新兴状态,并整合了诱导性发育与自主性命运选择模式 | NA | 探讨祖细胞和干细胞如何通过多谱系启动和基因表达程序的竞争性相互作用产生多样化的细胞命运 | 祖细胞、干细胞及其在胚胎发育中的命运决策过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、克隆谱系追踪、多组学整合 | 竞争模型 | 转录组数据、谱系数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1689 | 2026-01-04 |
Epidermal resident memory T cell fitness requires antigen encounter in the skin
2025-Dec-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.107096
PMID:41468295
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研究论文 | 本文研究了表皮驻留记忆T细胞(T)的适应性,发现其在皮肤中遭遇抗原的经历能增强其持久性和增殖能力 | 揭示了抗原在表皮中的遭遇如何通过TGFβ信号通路增强T细胞的持久性和增殖能力,并识别了TGFβRIII的关键作用 | NA | 探讨表皮驻留记忆T细胞适应性的机制,特别是抗原遭遇对其持久性和功能的影响 | 表皮驻留记忆T细胞(T) | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1690 | 2026-01-04 |
Quantum Generative Modeling of Single-Cell transcriptomes: Capturing Gene-Gene and Cell-Cell Interactions
2025-Dec-19, ArXiv
PMID:41281198
|
研究论文 | 本文提出了一种基于量子计算的单细胞转录组模拟器qSimCells,利用量子纠缠同时建模基因-基因和细胞-细胞相互作用 | 首次引入量子计算框架,通过参数化量子电路和CNOT门编码非线性基因调控网络和具有明确因果方向的细胞间通讯拓扑,克服了经典方法仅依赖线性相关的局限 | 未明确说明模拟数据规模与真实数据的定量对比指标,且量子计算硬件依赖可能限制实际应用 | 开发能够捕获单细胞转录组数据中非线性依赖关系的高保真模拟方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 量子生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1691 | 2026-01-04 |
Temporal single-cell analysis reveals age-associated delay in immune resolution after respiratory viral infection
2025-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.15.694321
PMID:41446064
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和高维流式细胞术,比较了年轻和老年小鼠在流感病毒感染后的肺部免疫反应,揭示了老年宿主中干扰素信号通路异常导致免疫细胞持续存在和慢性免疫病理的机制 | 首次在老年宿主中系统性地结合时间序列单细胞分析,识别出干扰素α/γ信号通路在单核细胞来源巨噬细胞和间质巨噬细胞亚群中的关键作用,并证明抑制该通路可改善长期呼吸结局 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;且主要关注肺部免疫,未全面评估全身性免疫反应 | 阐明老年宿主在急性呼吸道病毒感染后免疫病理增强和肺修复延迟的免疫决定因素 | 年轻和老年小鼠的肺部组织 | 数字病理学 | 呼吸道病毒感染 | 单细胞RNA测序, 高维流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 年轻和老年小鼠的肺部样本(具体数量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1692 | 2026-01-04 |
Host Genetic Architecture between Epstein-Barr Virus Activity and Multiple Sclerosis Reveals Shared Pathways
2025-Dec-15, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2025.12.11.25342083
PMID:41445616
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研究论文 | 本研究通过开发从全基因组测序数据量化EBV DNA的流程,进行了跨祖先的EBV DNA阳性全基因组关联研究,揭示了EBV活动与多发性硬化症风险之间的遗传和细胞联系 | 开发了从全基因组测序数据量化EBV DNA的新流程,并首次在人群规模队列中进行了跨祖先的EBV DNA阳性GWAS,同时建立了优化的单细胞RNA-seq方法用于EBV检测 | 未明确说明样本的具体临床特征或随访时间,且独立验证队列样本量较小(n=94) | 阐明EBV活动与多发性硬化症之间的宿主遗传机制和细胞通路 | EBV感染、多发性硬化症、宿主遗传变异、B细胞 | 基因组学 | 多发性硬化症 | 全基因组测序、GWAS、qPCR、单细胞RNA-seq、孟德尔随机化分析 | 多基因风险评分、孟德尔随机化 | 基因组数据、单细胞转录组数据 | 617,186名个体(GWAS),94名个体(独立验证队列),以及MS患者和健康个体的单细胞样本 | NA | 全基因组测序,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1693 | 2026-01-04 |
MisTIC: Missegmented Transcript Inference Correction for Improved Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.11.693759
PMID:41446065
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MisTIC的变分贝叶斯模型,用于校正空间转录组学数据中的转录本错误分配问题,以提高分析准确性 | MisTIC模型无需重新分割细胞,即可有效校正转录本错误分配,从而提升下游分析的精度并支持新的研究视角 | NA | 开发一种校正空间转录组学数据中转录本错误分配的方法,以改善细胞类型识别、差异表达分析和细胞间通讯检测 | 空间转录组学数据中的转录本分配错误 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 变分贝叶斯模型 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics, Vizgen, NanoString | 空间转录组学 | 10X Xenium, MERSCOPE, CosMx | NA |
| 1694 | 2026-01-04 |
SEEK-VEC: Robust Latent Structure Discovery via Ensemble Topic Modeling
2025-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.12.693799
PMID:41427368
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研究论文 | 本文提出了一种名为SEEK-VEC的集成框架,用于通过主题建模发现计数数据中的潜在结构 | SEEK-VEC通过集成多个候选主题模型,利用谱集成程序自动强化信号并减轻噪声,生成数据的共识低维嵌入,从而在信号弱时优于现有方法 | NA | 开发一个鲁棒的集成框架,用于在计数数据中检测潜在结构,以克服标准主题建模方法的限制 | 计数数据,包括自报告的心理病理症状数据、食物偏好问卷和单细胞转录组学数据 | 机器学习 | NA | 主题建模 | 集成主题模型 | 计数数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1695 | 2026-01-04 |
Spatiotemporal Atlas of Heart Development Reveals Blood-Flow-Dependent Cellular, Structural, Metabolic, and Spatial Remodeling
2025-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.09.693024
PMID:41427371
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研究论文 | 本研究通过扰动鸡胚胎心脏血流,结合单细胞和空间转录组学,构建了血流依赖的心脏发育时空图谱,揭示了血流力学如何重塑心脏组织的细胞、结构和代谢特征 | 首次在胚胎心脏发育中系统整合血流力学扰动与高分辨率空间转录组学,揭示了血流依赖的跨尺度(分子、细胞、结构)重塑机制,并识别了LOX表达心肌细胞等新的血流敏感细胞状态 | 研究基于鸡胚胎模型,其结论在哺乳动物或人类中的普适性需进一步验证;空间转录组分辨率虽高但仍存在技术限制 | 探究血流力学如何调控胚胎心脏的细胞程序、组织结构和代谢适应,阐明血流依赖的发育重塑机制 | 鸡胚胎心脏组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 空间转录组数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1696 | 2026-01-04 |
Riemannian Metric Learning for Alignment of Spatial Multiomics
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.09.693237
PMID:41427348
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研究论文 | 本文提出了一种名为Manifold Gromov-Wasserstein (MGW)的度量学习框架,用于对齐空间多组学数据中的异构模态 | MGW框架利用神经场推断模态特定的黎曼度量,并通过Gromov-Wasserstein最优传输对齐这些度量,实现了无需超参数的成本计算,并具有理论不变性 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种能够对齐空间多组学数据中不同模态的方法 | 空间多组学数据,包括转录组、表观基因组、蛋白质组和代谢组等 | 机器学习 | 结直肠癌、肾癌 | 空间转录组学、空间代谢组学 | 神经场 | 空间多模态数据 | 数千个细胞 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |
| 1697 | 2026-01-04 |
Analysis of clinical, single cell, and spatial data from the Human Tumor Atlas Network (HTAN) with massively distributed cloud-based queries
2025-Nov-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7769205/v1
PMID:41333415
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研究论文 | 本文介绍了人类肿瘤图谱网络(HTAN)开发的基于云的基础设施,用于整合和分析大规模、多模态的癌症数据 | 引入了两个关键创新:基于来源的HTAN ID表简化了队列构建和跨检测整合;以及将BigQuery的地理空间功能创新性地应用于空间生物学,实现了肿瘤微环境的邻域和相关性分析 | 未明确提及具体的技术或应用限制 | 开发一个基于云的基础设施,以降低整合和分析大规模、多模态癌症数据的技术和计算障碍 | 人类肿瘤图谱网络(HTAN)生成的多模态癌症数据,包括单细胞转录组学、蛋白质组学、多重成像数据以及临床数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞转录组学、蛋白质组学、多重成像 | NA | 单细胞数据、空间数据、临床数据、图像数据 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | Google BigQuery | 基于Google BigQuery的云基础设施,托管于系统生物学研究所癌症云网关(ISB-CGC) | |
| 1698 | 2026-01-04 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal a Tumor-Associated Macrophage Subpopulation that Mediates Prostate Cancer Progression and Metastasis
2025-Jul-02, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0791
PMID:40105746
|
研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和多重免疫荧光数据,揭示了前列腺癌中肿瘤相关巨噬细胞(TAM)的异质性,并识别出一个与转移相关的SPP1+/TREM2+ TAM亚群 | 首次整合单细胞和空间转录组学数据,识别出SPP1+/TREM2+ TAM亚群在前列腺癌转移中的关键作用,并验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,需要更大规模临床验证;SPP1阻断策略的长期疗效和安全性未充分评估 | 探究前列腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其在肿瘤进展和转移中的作用机制 | 人类前列腺癌患者样本、小鼠前列腺癌模型(RM1模型) | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、免疫荧光图像 | 人类患者样本和小鼠模型样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1699 | 2026-01-04 |
Microglia depletion reduces human neuronal APOE4-related pathologies in a chimeric Alzheimer's disease model
2025-Jan-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.10.005
PMID:39500314
|
研究论文 | 本研究通过在小鼠海马中移植人类iPSC来源的神经元,并利用小胶质细胞耗竭技术,探讨了小胶质细胞对神经元APOE4相关阿尔茨海默病病理的影响 | 首次在嵌合模型中结合神经元APOE基因型和小胶质细胞耗竭,揭示了APOE4与小胶质细胞协同促进Aβ和tau病理形成的机制 | 研究基于嵌合小鼠模型,可能不完全反映人类AD的复杂环境;样本量未明确说明 | 探究小胶质细胞在神经元APOE4相关阿尔茨海默病病理形成中的作用 | 人类iPSC来源的神经元(APOE4、APOE3和APOE-KO基因型)移植到人类APOE3或APOE4敲入小鼠海马中 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 嵌合小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1700 | 2026-01-04 |
Histopathologic Analysis of Human Kidney Spatial Transcriptomics Data: Toward Precision Pathology
2025-Jan, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.06.011
PMID:39097165
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研究论文 | 本研究通过形态学方法分析人类肾脏空间转录组学数据,旨在推进精准病理学的发展 | 首次将基于形态学的分析方法应用于人类肾脏空间转录组学数据,以病理学为基础识别聚类,并成功投影到其他样本中 | 仅基于单一人类肾脏样本进行建模,未涉及大规模验证或多种疾病状态的比较 | 探索基于形态学的空间转录组学数据分析方法,以提升对慢性肾脏病病变机制的理解 | 人类肾脏组织样本,包括健康与疾病状态 | 数字病理学 | 慢性肾脏病 | 空间转录组学 | NA | 图像与空间转录组学数据 | 单个人类肾脏样本,并扩展到肾切除或针吸活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |