单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1681	2025-03-13	A novel signature predicts prognosis in pancreatic cancer based on tumor membrane-associated genes 2025-Feb-28, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42791 PMID:40066030	研究论文	本研究基于肿瘤膜相关基因构建了一个新的签名模型MaGPS，用于预测胰腺癌患者的预后，并探索了潜在的治疗靶点	通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质表达数据，首次构建了基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型MaGPS，并揭示了其与药物敏感性的关联	研究依赖于外部数据集进行验证，可能受到数据质量和样本异质性的限制	开发一个基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型，以改善胰腺癌患者的治疗策略	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 蛋白质表达分析	LASSO, Cox回归	RNA-seq, 蛋白质表达数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的患者队列
1682	2025-03-13	A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638726 PMID:40027680	研究论文	本文提出了一种在广义估计方程（GEEs）框架下的广义得分检验（GST），用于空间转录组学（ST）数据中的差异基因表达分析，并与现有方法进行了全面比较	提出了广义得分检验（GST），该方法能够有效结合空间相关性，相较于非参数方法（如Wilcoxon秩和检验），在控制I型错误率和提高准确性方面表现更优	尽管GST在模拟和实际数据中表现出色，但其在更广泛的数据集和应用场景中的表现仍需进一步验证	研究目的是开发一种更稳健的统计方法，用于空间转录组学数据中的差异基因表达分析	空间转录组学数据，特别是乳腺癌和前列腺癌的数据	生物信息学	乳腺癌, 前列腺癌	空间转录组学（ST）	广义估计方程（GEEs）, 广义得分检验（GST）	基因表达数据	NA
1683	2025-03-13	The tree labeling polytope: a unified approach to ancestral reconstruction problems 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.14.638328 PMID:40027631	研究论文	本文提出了一种基于树标记多面体的新方法，用于解决系统发育树中的祖先状态重建问题	引入了树标记多面体这一几何对象，其顶点表示树的可行祖先标记，从而提供了一种多项式时间的线性规划算法	虽然新方法在模拟和真实数据集上表现优异，但其在大规模数据集上的计算效率仍需进一步验证	解决系统发育树中的祖先状态重建问题，特别是在现代应用中引入的额外全局约束	系统发育树中的祖先状态	计算生物学	肺癌	线性规划、混合整数规划	树标记多面体	系统发育树数据	数千个叶节点的大树，包括小鼠转移性肺腺癌模型的数据
1684	2025-03-13	Adulthood outcomes of thymic transplantation in a case of congenital athymia due to FOXN1 mutation 2025-Feb-14, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.02.006 PMID:39956280	研究论文	本文报告了一例因FOXN1突变导致的先天性无胸腺症患者在接受胸腺移植后的长期临床和免疫学结果	首次详细描述了成年后接受胸腺移植的先天性无胸腺症患者的长期免疫重建情况，揭示了异体胸腺移植后T细胞的独特生物学特性	仅报告了一例患者的长期随访结果，样本量有限，难以推广到更广泛的患者群体	探讨先天性无胸腺症患者接受胸腺移植后的长期免疫重建效果	一例因FOXN1突变导致的先天性无胸腺症患者	免疫学	先天性无胸腺症	高维光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体测序、细胞表面蛋白测序	NA	临床数据、免疫学数据、基因测序数据	1例患者
1685	2025-03-13	A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes 2025-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618577 PMID:39463993	meta-analysis	本文评估了阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）、精神分裂症（SCZ）和COVID-19的单细胞RNA测序研究中差异表达基因（DEGs）的可重复性，并开发了一种基于数据集间相对差异表达排名可重复性的非参数元分析方法SumRank	开发了一种新的非参数元分析方法SumRank，提高了差异表达基因的预测能力，并通过多种指标验证了其特异性与敏感性优于现有方法	研究结果依赖于已发表数据集的可用性和质量，且部分疾病（如AD和SCZ）的预测能力仍较低	评估单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因的可重复性，并开发一种改进的元分析方法	阿尔茨海默病、帕金森病、精神分裂症和COVID-19的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 帕金森病, 精神分裂症, COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SumRank（非参数元分析方法）	单细胞RNA测序数据	多个已发表数据集（具体样本量未明确说明）
1686	2025-03-13	Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634791 PMID:39975330	研究论文	本文提出了一种结合批量DNA测序和单细胞RNA测序数据的方法TUSV-int，用于去卷积和系统发育推断，以解析肿瘤克隆结构	TUSV-int方法通过整合批量DNA测序和单细胞RNA测序数据，能够同时处理单核苷酸变异、拷贝数变异和结构变异，提高了克隆结构的解析能力	尽管TUSV-int在解析克隆结构方面表现出色，但单细胞DNA测序的高成本和技术挑战仍然限制了其在大规模队列中的常规使用	研究目的是开发一种能够整合多种基因组技术的方法，以更好地解析肿瘤克隆结构和突变历史	研究对象为肿瘤基因组数据，特别是单核苷酸变异、拷贝数变异和结构变异	基因组学	乳腺癌	批量DNA测序（DNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	整数线性规划（ILP）	DNA测序数据、RNA测序数据	NA
1687	2025-03-13	Ribosome profiling and single-cell RNA sequencing identify the unfolded protein response as a key regulator of pigeon lactation 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.336 PMID:39846187	研究论文	本研究通过RNA测序、核糖体分析和单细胞转录组测序技术，揭示了未折叠蛋白反应在鸽子泌乳过程中的关键调控作用	首次结合RNA测序、核糖体分析和单细胞转录组测序技术，系统研究了鸽子泌乳过程中的基因表达变化和细胞类型，揭示了未折叠蛋白反应在泌乳中的关键作用	研究仅针对225天龄的雄性鸽子，未涉及其他年龄或雌性鸽子的泌乳过程	探究鸽子泌乳过程中的分子机制和细胞动态	225天龄未配对的非泌乳雄性鸽子（MN）和开始泌乳的雄性鸽子（ML）的嗉囊	分子生物学	NA	RNA测序, 核糖体分析, 单细胞转录组测序（scRNA-seq）, RNA荧光原位杂交（RNA FISH）	NA	RNA序列数据, 单细胞转录组数据	225天龄的雄性鸽子嗉囊样本
1688	2025-03-13	Deciphering the toxic effects of polystyrene nanoparticles on erythropoiesis at single-cell resolution 2025-01-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.277 PMID:39846194	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术全面评估了聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼胚胎红细胞生成的影响	首次在单细胞分辨率下揭示了聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼胚胎红细胞生成的毒性影响	研究仅限于斑马鱼胚胎，未涉及其他生物或成体	评估聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼胚胎红细胞生成的毒性影响	斑马鱼胚胎	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量，研究对象为斑马鱼胚胎
1689	2025-03-13	Cross-species single-cell transcriptomics reveals neuronal similarities and heterogeneity in amniote pallium 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.102 PMID:39846196	研究论文	本研究利用单核RNA测序技术，对包括猕猴、人类、小鼠、斑胸草雀、龟和蜥蜴在内的多种羊膜动物的脑皮层进行了跨物种比较，揭示了脑皮层神经元的转录组保守性和物种特异性差异	首次在跨物种水平上，通过单核RNA测序技术系统地比较了羊膜动物脑皮层的神经元转录组特征，揭示了抑制性神经元的保守性和兴奋性神经元的区域差异	研究涉及的物种数量有限，可能无法全面反映所有羊膜动物脑皮层的进化动态	探讨羊膜动物脑皮层的进化动态和神经元转录组特征	猕猴、人类、小鼠、斑胸草雀、龟和蜥蜴的脑皮层神经元	生物信息学	NA	单核RNA测序	NA	RNA测序数据	超过130,000个细胞核
1690	2025-03-13	Multi-omics analysis and experimental verification reveal testicular fatty acid metabolism disorder in non-obstructive azoospermia 2025-01-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.223 PMID:39846195	研究论文	本文通过多组学分析和实验验证，揭示了非梗阻性无精子症（NOA）中睾丸脂肪酸代谢紊乱的关键机制	首次通过多组学分析（包括微阵列分析、单细胞RNA测序和代谢组学）揭示了NOA中脂肪酸代谢紊乱的具体机制，并识别出PPARG作为关键转录因子	研究主要依赖于公共数据库数据，缺乏大规模临床样本验证	探讨非梗阻性无精子症（NOA）中脂肪酸代谢紊乱的机制及其对疾病的影响	非梗阻性无精子症（NOA）患者的睾丸组织	代谢组学	男性不育症	微阵列分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、代谢组学	NA	基因表达数据、代谢物数据	公共数据库中的NOA患者数据
1691	2025-03-13	Lung Endothelial Cell Heterogeneity in Health and Pulmonary Vascular Disease 2025-Jan-08, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00296.2024 PMID:39772753	综述	本文探讨了肺内皮细胞（ECs）在健康和肺血管疾病中的异质性，特别是通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的视角	利用scRNA-seq技术揭示了肺内皮细胞的异质性，识别了新的细胞类型如aerocytes和一般毛细血管ECs，并发现了与肺动脉高压（PH）发病机制相关的新途径和机制	NA	探讨肺内皮细胞异质性在肺血管疾病中的作用，特别是肺动脉高压（PH）的发病机制	肺内皮细胞（ECs）	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
1692	2025-03-13	The tumor coagulome as a potential biological determinant of postsurgical recurrence of oral squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oral health IF:3.0Q1 DOI:10.3389/froh.2025.1554739 PMID:40065838	研究论文	本研究探讨了肿瘤凝血组作为口腔鳞状细胞癌（OSCC）术后复发的潜在生物学决定因素	首次将肿瘤凝血组与OSCC术后复发联系起来，并识别了与复发相关的七个凝血相关基因	研究主要依赖于转录组数据分析，未进行实验验证	研究肿瘤凝血组在OSCC术后复发中的作用	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔癌	RNA-seq	机器学习	转录组数据	TCGA等来源的85个基因的RNA-seq数据
1693	2025-03-13	Augmenting the human interactome for disease prediction through gene networks inferred from human cell atlas 2025, Animal cells and systems IF:2.5Q1 DOI:10.1080/19768354.2025.2472002 PMID:40066175	研究论文	本文介绍了一种名为scNET的框架，用于从单细胞转录组数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，并展示了其在增强人类相互作用组以更准确预测疾病基因方面的应用	开发了scNET框架，通过dropout填补、元细胞形成和数据转换等方法解决了单细胞数据推断网络时的噪声和稀疏性问题，显著提高了疾病基因预测的准确性	虽然scNET框架在数据预处理方面有所改进，但单细胞数据的噪声和稀疏性仍然是挑战，且需要进一步验证其在不同数据集上的普适性	通过从单细胞基因表达数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，增强人类相互作用组，以提高疾病基因预测的准确性	单细胞转录组数据	网络医学	NA	单细胞转录组测序	scNET	单细胞基因表达数据	覆盖多种细胞类型和组织的单细胞图谱数据，整合了超过850K的推断链接
1694	2025-03-12	USP7 - A novel target for controlling periodontal inflammation through modulation of macrophage polarization 2025-Jun, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2025.106981 PMID:39946796	研究论文	本文研究了泛素特异性蛋白酶7（USP7）及其抑制剂P5091在牙周炎中调控巨噬细胞极化的作用	首次揭示了USP7在牙周炎巨噬细胞极化中的调控作用，并探讨了其抑制剂P5091的潜在治疗价值	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨USP7及其抑制剂P5091在牙周炎中调控巨噬细胞极化的作用	牙周炎组织、RAW264.7细胞和小鼠模型	生物医学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot	小鼠模型	基因表达数据	牙周炎组织和正常对照组织、RAW264.7细胞
1695	2025-03-12	Deciphering the Vulnerability of Pollen to Heat Stress for Securing Crop Yields in a Warming Climate 2025-Apr, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15315 PMID:39722468	review	本文综述了热应激如何影响花粉发育的基因调控网络，并探讨了这些变化对花粉发育各阶段的影响	利用单细胞RNA测序等基因组技术揭示热应激引发的基因调控重编程，提出花粉选择作为提高作物耐热性的关键策略	NA	研究热应激对花粉发育的影响，以提高作物在气候变暖条件下的耐热性	花粉	植物生物学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR/Cas系统	NA	基因组数据	NA
1696	2025-03-12	Single-cell transcriptomics reveals the immune mechanisms by which tonsillectomy improves clinical outcomes of recurrent Immuoglobulin A nephropathy after kidney transplant 2025-Apr, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.02.010 PMID:39985963	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了扁桃体切除术改善肾移植后复发性免疫球蛋白A肾病（IgANR）临床效果的免疫机制	首次通过单细胞转录组学分析揭示了扁桃体切除术对IgANR患者B细胞表型和功能的影响，特别是IGHA1表达下调、记忆B细胞失活及相关通路的改变	样本量较小，仅分析了29名IgANR患者的扁桃体组织和外周血单核细胞（PBMCs）	探讨扁桃体切除术在IgANR治疗中的细胞和分子机制	29名IgANR患者的扁桃体组织和外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	免疫球蛋白A肾病	流式细胞术、单细胞mRNA测序	NA	单细胞转录组数据	29名IgANR患者的扁桃体组织和3份PBMC样本
1697	2025-03-12	SARS-CoV-2 infection of human lung ALI cultures reveals basal cells as relevant targets 2025-Mar-11, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf125 PMID:40065723	研究论文	本文通过病毒复制分析、单细胞RNA测序和光谱显微镜技术，研究了SARS-CoV-2在人类鼻和支气管上皮细胞的气液界面培养物中的感染情况，揭示了基底细胞在病毒传播和免疫反应中的关键作用	研究发现基底细胞是SARS-CoV-2感染的重要靶点，并揭示了其在病毒传播和上皮免疫反应中的关键作用，同时验证了局部应用Camostat mesylate对抑制病毒复制和免疫激活的有效性	研究主要基于体外培养的细胞模型，可能无法完全反映体内复杂的生理环境	研究SARS-CoV-2在上呼吸道感染中的细胞靶点及其对上皮免疫反应的影响	人类鼻和支气管上皮细胞的气液界面培养物	病毒学	COVID-19	病毒复制分析、单细胞RNA测序、光谱显微镜	NA	RNA测序数据、显微镜图像	人类鼻和支气管上皮细胞的气液界面培养物
1698	2025-03-12	Novel cell-to-cell communications between macrophages and fibroblasts regulate obesity-induced adipose tissue fibrosis 2025-Mar-10, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0762 PMID:40063503	研究论文	本研究通过单细胞分析技术探讨了肥胖诱导的脂肪组织中巨噬细胞和成纤维细胞之间的细胞间通讯，揭示了Mincle信号在调节脂肪组织纤维化中的作用	发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群，并揭示了其通过分泌Osm抑制脂肪组织成纤维细胞中胶原基因表达的机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探讨肥胖诱导的脂肪组织纤维化过程中巨噬细胞和成纤维细胞之间的细胞间通讯机制	饮食诱导的肥胖小鼠的脂肪组织	细胞生物学	肥胖	单细胞转录组分析、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	饮食诱导的肥胖小鼠
1699	2025-03-12	Mitochondrial fatty acid oxidation regulates adult muscle stem cell function through modulating metabolic flux and protein acetylation 2025-Mar-10, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00397-1 PMID:40065099	研究论文	本文揭示了线粒体脂肪酸氧化（FAO）在卫星细胞完整性和功能中的作用	首次发现线粒体脂肪酸氧化在卫星细胞激活、增殖和肌源性承诺过程中的逐步富集，并揭示了Cpt2缺失对卫星细胞代谢和再生的影响	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨不同能量来源对卫星细胞代谢和功能的贡献	骨骼肌中的卫星细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1700	2025-03-12	Individualized therapy guided by single-cell sequencing in anti-GABAAR encephalitis 2025-Mar-08, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-025-03300-y PMID:40057475	研究论文	本文介绍了一位难治性抗GABA-R脑炎患者，通过单细胞测序技术分析其外周血单核细胞和脑脊液细胞，揭示了疾病中的单克隆CD8 T细胞群和异常的JAK-STAT信号通路	首次在抗GABA-R脑炎患者中通过单细胞测序技术识别出特定的单克隆CD8 T细胞群和JAK-STAT信号通路的异常，并发现LMO5蛋白在激活这些T细胞中的作用	研究仅基于单一病例，样本量有限，需要更多病例验证	探索抗GABA-R脑炎的个体化治疗策略	抗GABA-R脑炎患者的外周血单核细胞和脑脊液细胞，以及健康志愿者的外周血单核细胞	单细胞测序	脑炎	单细胞测序	NA	单细胞数据	1位患者和4位健康志愿者的外周血单核细胞，以及患者的脑脊液细胞