单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1661	2025-03-13	Transcriptomic profiling after B-cell depletion reveals central and peripheral immune cell changes in multiple sclerosis 2025-Mar-11, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182790 PMID:40067358	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了B细胞耗竭疗法如何调节多发性硬化症患者的免疫景观	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析B细胞耗竭疗法对多发性硬化症患者免疫细胞的影响，揭示了特定细胞类型的变化	研究样本量未明确提及，可能限制了结果的普遍性	探索B细胞耗竭疗法对多发性硬化症患者免疫景观的影响	多发性硬化症患者的脑脊液巨噬细胞和外周血单核细胞	生物信息学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	NA
1662	2025-03-13	Identification of conserved gene expression changes across common glomerular diseases by spatial transcriptomics 2025-Mar-11, Journal of nephrology IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s40620-025-02233-5 PMID:40067649	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，识别了多种肾小球疾病中共有的基因表达变化	首次使用空间转录组学技术分析多种肾小球疾病中共有的基因表达变化，揭示了潜在的分子机制	样本量相对较小，且仅分析了肾小球疾病中的基因表达变化，未涉及其他肾脏疾病	研究目的是识别多种肾小球疾病中共有的基因表达变化，以揭示其潜在的分子机制	研究对象为肾小球疾病患者和健康对照者的肾活检标本	空间转录组学	肾小球疾病	空间转录组学分析，GeoMx Digital Spatial Profiler	NA	基因表达数据	肾小球疾病患者和健康对照者的肾活检标本，具体样本数量未明确
1663	2025-03-13	Modulating lipid metabolism by nanoparticles (NPs)-mediated ACSL3 silencing to inhibit hepatocellular carcinoma growth and metastasis 2025-Mar-10, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02274-1 PMID:40059153	研究论文	本文通过分析肝细胞癌（HCC）患者的蛋白质组测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）结果，揭示了ACSL3在HCC细胞中的主要表达及其与异常脂质代谢的正相关关系，并开发了一种用于系统性递送ACSL3 siRNA的纳米颗粒平台，以抑制HCC肿瘤的生长和转移	揭示了ACSL3在HCC中的关键作用及其与脂质代谢的关系，并开发了一种新型的纳米颗粒平台用于ACSL3 siRNA的递送	ACSL3的具体作用机制尚未完全阐明，且纳米颗粒平台的临床应用效果仍需进一步验证	研究ACSL3在HCC中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）患者	生物医学工程	肝细胞癌	蛋白质组测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据, RNA测序数据	HCC患者的蛋白质组和RNA测序数据
1664	2025-03-13	Exploring the "chemo" in chemoimmunotherapy for triple-negative breast cancer 2025-Mar-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.02.016 PMID:40068590	研究论文	本文通过单细胞RNA测序比较了三阴性乳腺癌在接受PD-L1抑制剂atezolizumab联合紫杉醇或白蛋白结合型紫杉醇治疗后的免疫细胞动态变化	揭示了白蛋白结合型紫杉醇组合中独特的T细胞激活模式以及肥大细胞在免疫激活中的独特作用	NA	探索三阴性乳腺癌化疗免疫治疗中的化疗作用	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1665	2025-03-13	IL-24 promotes atopic dermatitis-like inflammation through driving MRSA-induced allergic responses 2025-Mar-08, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwae030 PMID:38752989	研究论文	本文研究了IL-24在特应性皮炎（AD）样炎症中的作用，揭示了其通过驱动MRSA诱导的过敏反应促进AD发展的机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了角质形成细胞在暴露于MRSA时激活的独特免疫反应，并发现IL-24在AD发病和进展中的关键作用	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨IL-24在特应性皮炎（AD）发病和进展中的作用及其机制	角质形成细胞、动物模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	动物模型	RNA测序数据	NA
1666	2025-03-13	IL-19 as a promising theranostic target to reprogram the glioblastoma immunosuppressive microenvironment 2025-Mar-08, Journal of biomedical science IF:9.0Q1 DOI:10.1186/s12929-025-01126-w PMID:40057744	研究论文	本文探讨了IL-19作为胶质母细胞瘤（GBM）免疫抑制微环境的治疗诊断靶点的潜力	首次将IL-19识别为GBM免疫抑制微环境的关键因子，并开发了新型CHOL-PEG-SPIO-IL-19纳米颗粒用于靶向治疗和诊断	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行大规模临床试验	研究旨在通过靶向IL-19来改善GBM的免疫抑制和侵袭性特性，以提高临床治疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）患者样本、小鼠模型	数字病理学	胶质母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、CRISPR、MRI成像	CRISPR Il-19-/-细胞系、Il-19-/-小鼠模型	基因组数据、RNA测序数据、影像数据	台湾GBM队列和TCGA数据库中的患者样本、小鼠模型
1667	2025-03-13	Lactylation modification in cancer: mechanisms, functions, and therapeutic strategies 2025-Mar-08, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00622-x PMID:40057816	review	本文综述了乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及治疗策略	乳酸化修饰作为一种新发现的翻译后修饰，在癌症中的作用机制和功能被详细探讨	当前研究在揭示乳酸化修饰机制方面仍存在许多障碍	探讨乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及潜在治疗策略	癌症细胞及肿瘤微环境	癌症研究	癌症	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	NA	NA
1668	2025-03-13	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing to predict prognosis and therapeutic response for colorectal cancer 2025-Mar-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91761-y PMID:40055390	研究论文	本文通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一个新的预后模型，用于预测结直肠癌的预后和治疗反应	开发了一个由9个基因组成的预后模型，并基于此模型将患者分为高风险和低风险组，揭示了不同风险组与特定免疫细胞类型的相关性	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	理解结直肠癌的分子机制，识别有效的预后标志物，并为临床预后评估和治疗提供新的理论支持	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	LASSO回归，Cox回归	RNA测序数据	来自GEO和TCGA数据库的结直肠癌样本
1669	2025-03-13	Role of GPX3+ astrocytes in breast cancer brain metastasis activated by circulating tumor cell exosomes 2025-Mar-07, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00833-9 PMID:40055530	研究论文	本研究探讨了循环肿瘤细胞（CTC）衍生的外泌体在乳腺癌脑转移过程中激活GPX3+星形胶质细胞的作用	揭示了CTC通过激活GPX3+星形胶质细胞促进乳腺癌脑转移的新机制，并提出了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索乳腺癌脑转移的机制，特别是CTC衍生的外泌体对GPX3+星形胶质细胞的激活作用	乳腺癌脑转移中的GPX3+星形胶质细胞和循环肿瘤细胞（CTC）	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和代谢组学	小鼠模型	RNA序列数据和代谢物数据	NA
1670	2025-03-05	Scupa: single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf090 PMID:39999031	研究论文	本文介绍了一种名为Scupa的计算方法，用于全面评估单细胞RNA测序数据中的免疫细胞极化状态	Scupa是首个用于全面评估免疫细胞极化的计算方法，利用单细胞基础模型Universal Cell Embeddings的细胞嵌入数据，有效识别不同物种和实验条件下的极化细胞	NA	开发一种系统的方法来评估单细胞RNA测序数据中的细胞因子驱动的免疫细胞极化状态	免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Universal Cell Embeddings	单细胞RNA测序数据	14种免疫细胞类型
1671	2025-03-13	Inferring gene regulatory networks from time-series scRNA-seq data via GRANGER causal recurrent autoencoders 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf089 PMID:40062616	研究论文	本文介绍了一种名为GRANGER的无监督深度学习方法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	GRANGER方法整合了多种先进技术，包括循环变分自编码器、GRANGER因果关系、稀疏性诱导惩罚和基于负二项分布的损失函数，以处理时间序列scRNA-seq数据中的高噪声和数据稀疏性问题	尽管GRANGER在多个基准数据集上表现出色，但其在更广泛的应用场景中的有效性和鲁棒性仍需进一步验证	研究目的是开发一种能够准确处理时间序列单细胞RNA测序数据的方法，以推断基因调控网络	研究对象是时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	循环变分自编码器	时间序列单细胞RNA测序数据	多个流行的基准数据集以及来自BRAIN Initiative项目的小鼠全脑scRNA-seq数据
1672	2025-03-13	STING Deficiency Promotes Th17-Like Tfh to Aggravate the Experimental Autoimmune Uveitis 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.8 PMID:40042874	研究论文	本研究探讨了STING信号调控的Th17样T滤泡辅助细胞（Tfh）在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的致病机制	揭示了STING缺陷如何促进Th17样Tfh细胞的分化和表型转化，加剧EAU的炎症反应，并提出了靶向STING调节Tfh细胞作为葡萄膜炎治疗策略的潜力	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索Th17样Tfh细胞在EAU中的致病机制及STING信号的作用	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型	免疫学	葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	NA	RNA序列数据、细胞表型数据	EAU和对照小鼠的引流淋巴结（DLNs）及naïve CD4+ T细胞
1673	2025-03-13	Single-Cell Multiomics Analysis of Early Wound Response Programs in the Mouse Corneal Epithelium 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.9 PMID:40042873	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和ATAC测序分析，研究了小鼠角膜上皮在早期伤口反应中的基因调控程序	首次结合单细胞RNA测序和ATAC测序技术，详细描绘了小鼠角膜上皮在早期伤口反应中的转录组和表观遗传变化	仅关注了早期伤口反应，未涉及伤口愈合的后期阶段	阐明小鼠角膜上皮在早期伤口反应中的基因调控机制	小鼠角膜上皮	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (RNA-seq), ATAC测序 (ATAC-seq)	NA	单细胞RNA测序数据, ATAC测序数据	未明确说明样本数量，但使用了已发表的小鼠角膜上皮单细胞数据集和伤口后的上皮测序数据
1674	2025-03-13	Mixed exposure to PFOA and PFOS induces oocyte apoptosis and subfertility in mice by activating the Hippo signaling pathway 2025-Mar, Reproductive toxicology (Elmsford, N.Y.) DOI:10.1016/j.reprotox.2024.108829 PMID:39746460	研究论文	本研究探讨了PFOA和PFOS混合物对小鼠卵母细胞质量和生育能力的影响及其机制	首次揭示了PFOA和PFOS混合物通过激活Hippo信号通路诱导卵母细胞凋亡，从而损害生育能力	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究PFOA和PFOS混合物对卵母细胞质量和生育能力的影响及其机制	小鼠卵母细胞	生殖生物学	生育障碍	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1675	2025-03-13	PerC B-Cells Activation via Thermogenetics-Based CXCL12 Generator for Intraperitoneal Immunity Against Metastatic Disseminated Tumor Cells 2025-Mar, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202411731 PMID:39865939	研究论文	本文描述了一种基于热遗传学的CXCL12生成器，用于激活腹膜腔B细胞亚群，以通过外源性抗原呈递实现腹膜内抗肿瘤免疫	提出了一种不依赖树突状细胞的下一代腹膜内免疫疗法，通过热遗传学方法调控CXCL12表达，避免细胞因子风暴，并识别了在腹膜内免疫疗法中起关键作用的抗原呈递B细胞群	NA	开发一种新型腹膜内免疫疗法，以激活腹膜腔B细胞亚群，增强腹膜内抗肿瘤免疫	腹膜腔B细胞亚群和腹膜转移的肿瘤细胞	免疫疗法	胃癌	热遗传学，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1676	2025-03-13	Analyze the Diversity and Function of Immune Cells in the Tumor Microenvironment From the Perspective of Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70622 PMID:40062730	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肿瘤微环境（TME）中免疫细胞多样性和功能研究中的应用	利用scRNA-seq揭示免疫细胞的功能异质性，并构建免疫细胞相互作用网络，为癌症免疫治疗和个性化治疗提供新途径	尽管scRNA-seq在免疫细胞分析中显示出潜力，但仍存在一些挑战，需要进一步的技术进步以完全整合到临床应用中	总结TME中免疫细胞的多样性及其对患者预后和治疗反应的影响，以及scRNA-seq在理解其功能异质性中的贡献	肿瘤微环境中的免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
1677	2025-03-13	Heat Shock Protein Family A Member 1A Attenuates Apoptosis and Oxidative Stress via ERK/JNK Pathway in Hyperplastic Prostate 2025-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70129 PMID:40066224	研究论文	本文研究了热休克蛋白家族A成员1A（HSPA1A）在良性前列腺增生（BPH）中的作用及其通过ERK/JNK信号通路减轻细胞凋亡和氧化应激的机制	首次揭示了HSPA1A在BPH中的上调表达及其通过ERK/JNK信号通路减轻细胞凋亡和氧化应激的作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨HSPA1A在BPH发病机制中的作用及其潜在的治疗靶点	前列腺细胞（BPH-1和WPMY-1细胞）和睾酮诱导的BPH大鼠模型	生物医学	前列腺增生	RNA测序、单细胞测序、组织芯片分析	NA	基因表达数据、组织样本	139例BPH组织样本
1678	2025-03-13	Spatial and single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblasts dependent immune environment in colorectal cancer 2025 Mar-Apr, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.70012 PMID:40068177	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对免疫环境的影响	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统解析了结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对肿瘤微环境的影响，并识别出四个与成纤维细胞相关的关键基因（TRIP6、TIMP1、BGN和CERCAM），这些基因在结直肠癌的预后和治疗反应中具有显著相关性	研究主要基于计算分析和体外实验验证，缺乏体内实验和临床样本的进一步验证	解析结直肠癌中成纤维细胞的异质性及其对肿瘤微环境和免疫反应的影响	结直肠癌患者样本及其肿瘤微环境中的成纤维细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、CCK8、划痕实验、Transwell实验	Seurat、DESeq2、CIBERSORT、xCell、TIDE平台	RNA测序数据、空间转录组数据	结直肠癌患者样本
1679	2025-03-13	Enhancing single-cell classification accuracy using image conversion and deep learning 2025-Mar, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.24-213 PMID:40068952	研究论文	本文提出了一种创新的单细胞分类方法scIC，通过将单细胞转录组测序数据转换为图像形式并结合深度学习技术进行细胞分类	将单细胞转录组测序数据转换为图像形式，并结合卷积神经网络（CNN）和残差网络（ResNet）构建高效分类模型，显著提高了分类准确率	现有方法在细胞类型识别、特征选择和批次效应校正方面仍存在局限性，难以满足复杂生物学研究的需求	提高单细胞分类的准确性，解决单细胞数据分析中的关键挑战	小鼠皮肤基底细胞、小鼠淋巴细胞、人类神经元细胞和小鼠脊髓细胞	机器学习	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	CNN, ResNet	图像	四种细胞类型的scRNA-seq数据
1680	2025-03-13	Spatial transcriptomics in glomerular diseases 2025-Mar-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae556 PMID:40071426	综述	本文综述了空间转录组学技术在肾小球疾病研究中的应用，探讨了其机会与局限性，并讨论了在少免疫性局灶坏死性（和新月体性）肾小球肾炎（piFNGN）和巨细胞动脉炎（GCA）中使用数字空间分析技术获得的结果	空间转录组学技术为研究自身免疫和炎症性疾病中的特定区域提供了强大的工具，能够识别不同类型病变和不同疾病病因之间的差异表达基因	选择感兴趣区域需要了解基础的组织病理学变化和方法的局限性，如由于预分析变化或使用的探针引起的伪影	探讨空间转录组学技术在肾小球疾病研究中的应用及其潜力	少免疫性局灶坏死性（和新月体性）肾小球肾炎（piFNGN）和巨细胞动脉炎（GCA）	数字病理学	肾小球疾病	空间转录组学，数字空间分析	NA	RNA和/或蛋白质	NA