单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1641	2025-03-14	Single-cell transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity in the aortas of Takayasu arteritis 2025-Mar-10, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03523-w PMID:40065428	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了大动脉炎（TAK）患者主动脉中的细胞异质性，并探讨了其潜在的免疫病理机制	首次在大动脉炎患者的主动脉组织中识别出11种主要细胞类型，并揭示了T细胞、B细胞、单核-巨噬细胞等免疫细胞在TAK发病机制中的活跃参与	样本量较小（仅3名TAK患者的主动脉样本），且对照组数据来自公开数据库，可能影响结果的普适性	揭示大动脉炎的细胞异质性及其免疫病理机制，寻找潜在治疗靶点	大动脉炎患者的主动脉组织和外周血T细胞	数字病理	心血管疾病	单细胞转录组分析、bulk RNA测序	NA	RNA测序数据	3名TAK患者的主动脉样本，8名TAK患者和8名健康志愿者的外周血T细胞
1642	2025-03-14	Systemic coordination of whole-body tissue remodeling during local regeneration in sea anemones 2025-Mar-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.11.001 PMID:39615481	研究论文	本文研究了海葵在局部再生过程中全身组织的系统性协调重塑	揭示了局部再生触发全身稳态反应，并通过空间转录组学、内源蛋白标记和活体成像技术在生物体尺度上全面解析了这一系统性反应	未明确提及研究的局限性	探讨局部再生过程中全身分子过程的功能相关性和协调性	海葵（Nematostella vectensis）	生物再生	NA	空间转录组学、内源蛋白标记、活体成像	NA	分子数据、图像数据	未明确提及样本数量
1643	2025-03-12	FK506-binding proteins: Emerging target and therapeutic opportunity in multiple tumors 2025-Mar-08, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141914 PMID:40064252	综述	本文总结了FK506结合蛋白（FKBP）家族在不同类型肿瘤中的双重功能，并探讨其作为潜在诊断和预后生物标志物的可能性	总结了FKBP家族成员在不同肿瘤中的双重功能，并提出了结合单细胞测序技术解析FKBP异构体空间分布的未来研究方向	需要进一步结合单细胞测序技术进行临床验证，以促进从分子机制到精准治疗的转化	探讨FKBP家族在肿瘤中的作用及其作为诊断和预后生物标志物的潜力	FK506结合蛋白（FKBP）家族	肿瘤学	多种肿瘤	单细胞测序	NA	NA	NA
1644	2025-03-14	Nuclear receptor 4A1 facilitates complete Freund's adjuvant-induced inflammatory pain in rats by promoting ferroptosis in spinal glial cells 2025-Mar, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.12.152 PMID:39722371	研究论文	本研究探讨了核受体4A1（NR4A1）在完全弗氏佐剂（CFA）诱导的炎症性疼痛中的作用，发现NR4A1通过促进脊髓胶质细胞的铁死亡来加剧疼痛	首次揭示了NR4A1在CFA诱导的炎症性疼痛中通过促进铁死亡的机制，并发现MAPK3是NR4A1的靶蛋白	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨炎症性疼痛中铁死亡发生的分子机制	大鼠脊髓胶质细胞（星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞）	神经科学	炎症性疼痛	RNA测序（bulk和单细胞RNA测序）、Western blotting、免疫染色、蛋白质组学分析、染色质免疫共沉淀、双荧光素酶报告基因检测	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	CFA处理的大鼠
1645	2025-03-14	Novel Meningoencephalomyelitis Associated With Vimentin IgG Autoantibodies 2025-Mar-01, JAMA neurology IF:20.4Q1 DOI:10.1001/jamaneurol.2024.4763 PMID:39836414	研究论文	本文描述了一种与vimentin IgG自身抗体相关的未知脑膜脑脊髓炎综合征	首次识别出针对星形胶质细胞中间丝蛋白vimentin的自身抗体，并描述了其相关的脑膜脑脊髓炎综合征	样本量较小（14名患者），且为回顾性研究，可能存在选择偏倚	表征一种与星形胶质细胞自身抗体相关的未知脑膜脑脊髓炎综合征	患有未表征的中枢神经系统自身免疫性疾病的患者	神经免疫学	脑膜脑脊髓炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基于细胞和组织的检测	NA	脑脊液（CSF）细胞，磁共振成像（MRI）数据	14名患者（10名女性，中位年龄33岁）
1646	2025-03-14	Primed Mesenchymal Stem Cells by IFN-γ and IL-1β Ameliorate Acute Respiratory Distress Syndrome through Enhancing Homing Effect and Immunomodulation 2025-Mar-01, Biomolecules & therapeutics IF:3.0Q2 DOI:10.4062/biomolther.2025.004 PMID:39973472	研究论文	本研究探讨了通过IFN-γ和IL-1β预处理的间充质干细胞（MSCs）在急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中的治疗潜力及其机制	研究发现，IFN-γ和IL-1β预处理的MSCs相比未处理的MSCs，在抑制T细胞活性和调节巨噬细胞炎症反应方面表现出更强的效果，并揭示了其通过调节NFκB和TNF-α信号通路增强疗效的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索预处理的MSCs在ARDS中的治疗潜力及其作用机制	间充质干细胞（MSCs）和LPS诱导的ARDS小鼠模型	细胞治疗	急性呼吸窘迫综合征	RNA测序、混合淋巴细胞反应（MLR）实验、空间转录组学分析	NA	基因表达数据、细胞实验数据	LPS诱导的ARDS小鼠模型
1647	2025-03-14	Aged hippocampal single-cell atlas screening unveils disrupted neuroglial system in postoperative cognitive impairment 2025-Mar, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14406 PMID:39540334	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了老年小鼠海马神经胶质系统在术后认知障碍中的基因表达特征及其潜在机制	首次构建了老年海马单细胞图谱，并揭示了神经胶质系统在术后认知障碍中的关键作用及潜在治疗靶点	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究老年海马神经胶质系统在术后认知障碍中的调控机制及潜在治疗策略	老年小鼠海马神经胶质系统	神经科学	认知障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	老年小鼠海马组织
1648	2025-03-14	Deciphering Precursor Cell Dynamics in Esophageal Preneoplasia via Genetic Barcoding and Single-Cell Transcriptomics 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.637920 PMID:40060545	研究论文	本文通过整合遗传条形码和单细胞RNA测序技术，揭示了食管癌前病变中前体细胞的动态变化	开发了一种结合遗传条形码和单细胞RNA测序的谱系追踪工具，并引入了eXamined Ridge (XR)评分来准确识别高可塑性细胞	未提及具体样本量，可能限制了结果的普适性	研究食管癌前病变中前体细胞的起源和谱系轨迹	食管癌前病变中的前体细胞	数字病理学	食管癌	遗传条形码，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1649	2025-03-14	The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638733 PMID:40027766	研究论文	本文研究了叉头转录因子FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的作用，揭示了其在幼虫进入发育停滞的dauer阶段决策中的功能	首次描述了FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能，并展示了人类FOXP1可以替代FKH-7的功能，同时通过单细胞转录组学发现了与自闭症相关的钙激活钾通道的下调表达	研究主要集中在特定神经元类型和发育阶段，可能无法全面反映FOXP1在其他神经元类型或发育阶段的功能	研究FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能及其在发育决策中的作用	化学感应神经元和幼虫发育决策	神经科学	自闭症	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
1650	2025-03-14	General and individualized changes in T cell immunity during aging 2025-Feb-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkae033 PMID:40073079	研究论文	本文探讨了T细胞免疫在衰老过程中的普遍和个体化变化	利用单细胞测序技术，识别了新的T细胞亚群，并描述了T细胞转录组和TCR克隆型随年龄的变化	未提及具体的研究限制	研究T细胞免疫在衰老过程中的变化	T细胞亚群、转录组和TCR库	免疫学	老年疾病	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
1651	2025-03-14	Single-cell transcriptome analysis of the early immune response in the lymph nodes of Borrelia burgdorferi-infected mice 2025-Feb, Microbes and infection IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.micinf.2024.105424 PMID:39306236	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，分析了Borrelia burgdorferi感染小鼠淋巴结淋巴细胞在早期感染阶段的免疫景观	首次在单细胞水平上揭示了Borrelia burgdorferi感染早期淋巴结中的免疫反应特征，包括B细胞增殖、免疫球蛋白类别转换至IgG3和IgG2b同种型、浆母细胞分化等	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨Borrelia burgdorferi感染早期淋巴结中的免疫反应机制	Borrelia burgdorferi感染小鼠的淋巴结淋巴细胞	免疫学	莱姆病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确提及具体样本数量
1652	2025-03-14	Opportunities and challenges in the application of single-cell transcriptomics in plant tissue research 2025-Feb, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s12298-025-01558-6 PMID:40070535	综述	本文综述了单细胞转录组学在植物组织研究中的应用、挑战及整合多源数据的方法	探讨了整合多源单细胞RNA测序和多模态数据的方法，以构建全面的细胞图谱并揭示基因调控机制	单细胞RNA测序实验无法全面捕获所有细胞和基因，单模态数据不足以解释细胞状态和系统性变化	总结单细胞转录组学整合方法的基本原理、应用价值及其在揭示生物变化中的作用	植物组织中的单细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据、多模态数据	NA
1653	2025-03-14	Single-cell RNA sequencing comparison of CD4+, CD8+ and T-cell receptor γδ+ cutaneous T-cell lymphomas reveals subset-specific molecular phenotypes 2025-Jan-24, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae313 PMID:39133553	研究论文	本文通过单细胞RNA测序比较了CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤的分子表型，揭示了不同亚型的特异性分子模式	首次使用单细胞RNA测序技术对CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤进行全面的分子特征比较	样本量较小，仅包含18个皮肤活检样本	比较CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤的分子特征	CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤的皮肤活检样本	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	18个皮肤活检样本
1654	2025-03-14	Portable-CELLxGENE: standalone executables of CELLxGENE for easy installation 2025, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.151 PMID:40070474	研究论文	本文介绍了Portable-CELLxGENE，一个易于安装和运行的CELLxGENE独立版本，旨在为非生物信息学家提供便利	Portable-CELLxGENE通过图形界面简化了安装和运行过程，使非生物信息学家能够独立进行单细胞转录组数据分析	未提及具体的技术限制或性能问题	为非生物信息学家提供易于使用的单细胞转录组数据分析工具	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据	NA
1655	2025-03-14	Cellular and molecular determinants mediating the dysregulated germinal center immune dynamics in systemic lupus erythematosus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530327 PMID:40070830	研究论文	本文通过空间转录组学和多路成像技术，研究了系统性红斑狼疮（SLE）患者淋巴结中的滤泡免疫景观和原位转录组特征	揭示了SLE滤泡中I型干扰素和浆细胞特征的显著增强，以及滤泡T细胞亚群受I型干扰素指纹影响的机制	研究主要依赖于空间转录组学和成像技术，可能忽略了其他潜在的分子机制	探讨SLE患者淋巴结中滤泡免疫动态的细胞和分子决定因素	系统性红斑狼疮（SLE）患者的淋巴结	免疫学	系统性红斑狼疮	空间转录组学，多路成像	NA	转录组数据，图像数据	SLE患者的淋巴结样本
1656	2025-03-13	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveals the Regional Division of the Spatial Structure of MASH Fibrosis 2025-Apr, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.16125 PMID:39400982	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）纤维化在肝脏中的区域分布，并识别了潜在的治疗靶点	首次在MASH纤维化中描述了基因表达的谱系特异性变化、亚群组成和伪时间分析，揭示了潜在的治疗靶点	NA	阐明MASH纤维化在肝脏中的区域分布，并识别潜在的治疗靶点	健康对照组、单纯脂肪变性患者和MASH患者的肝脏切片	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、病理HE染色图	NA
1657	2025-03-13	Therapeutic potential of p-coumaric acid in alleviating renal fibrosis through inhibition of M2 macrophage infiltration and cellular communication 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156507 PMID:39978279	研究论文	本研究探讨了p-香豆酸（p-CA）在缓解肾纤维化中的治疗潜力，特别是通过抑制M2巨噬细胞浸润和细胞间通讯	首次详细阐明了p-CA通过靶向M2巨噬细胞及其与肾小管上皮细胞的相互作用来减轻肾纤维化的机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验验证p-CA在人体中的效果	评估p-CA在肾纤维化中的治疗潜力并阐明其作用机制	肾纤维化模型中的M2巨噬细胞和肾小管上皮细胞	生物医学	肾纤维化	液相色谱-串联质谱（LC-MS）、飞行时间细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、Western blot（WB）、实时定量PCR（qRT-PCR）、免疫组织化学（IHC）、免疫荧光（IF）	NA	代谢组学数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	NA
1658	2025-03-13	Dihydromyricetin regulates the miR-155-5p/SIRT1/VDAC1 pathway to promote liver regeneration and improve alcohol-induced liver injury 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156522 PMID:39986231	研究论文	本研究探讨了二氢杨梅素（DMY）在酒精性肝病（ALD）中促进肝再生和改善肝损伤的分子机制	首次揭示了DMY通过调节miR-155-5p/SIRT1/VDAC1正反馈环路改善肝炎症和细胞衰老，促进肝再生以改善ALD	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限，需进一步临床试验验证	探索DMY在ALD相关肝再生障碍中的治疗潜力和分子机制	酒精性肝病（ALD）小鼠模型及临床ALD样本	生物医学	酒精性肝病	血清非靶向代谢组学、肝脏转录组学、单细胞测序、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、免疫荧光	NA	生化标志物、肝组织病理学、代谢组学、转录组学、单细胞测序数据	ALD小鼠模型及临床ALD样本
1659	2025-03-13	Parvalbumin neurons mediate neurological phenotypes of anti-NMDAR encephalitis 2025-Mar-12, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae374 PMID:40071389	研究论文	本研究通过构建抗NMDAR脑炎动物模型，揭示了抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理机制，并探讨了parvalbumin神经元在其中的作用	首次通过动物模型揭示了抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理机制，并发现parvalbumin神经元在其中的关键作用，为治疗提供了新的靶点	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理机制	抗NMDAR脑炎患者和健康个体的血清IgG，以及小鼠的parvalbumin神经元	神经科学	脑炎	免疫组织化学染色、电生理测试、光遗传学、药物遗传学、单细胞测序	动物模型	生理数据、基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了患者和健康个体的血清IgG，以及小鼠的parvalbumin神经元
1660	2025-03-13	Modeling epilepsy by loss-of-function of the CUG-binding protein Elav-like family member 2 in zebrafish with multi-omics analysis 2025-Mar-11, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003398 PMID:40066778	研究论文	本研究利用斑马鱼模型和多组学分析探讨了CELF2基因突变在癫痫中的致病机制	首次建立了CELF2基因敲除和敲低的斑马鱼模型，并通过行为学和电生理学分析确认了癫痫样表型，同时结合蛋白质组学和代谢组学分析揭示了CELF2缺陷对代谢途径的影响	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨CELF2基因突变在癫痫中的致病机制	斑马鱼模型和一名与CELF2基因突变相关的婴儿癫痫痉挛综合征患者	生物医学	癫痫	全外显子测序、CRISPR/Cas9技术、蛋白质组学分析、代谢组学分析、单细胞测序	斑马鱼模型	基因序列数据、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞测序数据	一名患者和多个斑马鱼模型