本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1621 | 2025-11-27 |
Cigarette smoke-mediated YTHDC2 suppression drives macrophage senescence and a tumor-promoting microenvironment in lung cancer
2025-Nov-25, Immunology and cell biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/imcb.70068
PMID:41292214
|
研究论文 | 本研究揭示了香烟烟雾通过抑制YTHDC2表达诱导巨噬细胞衰老,从而促进肺癌肿瘤微环境形成的机制 | 首次发现YTHDC2在香烟烟雾诱导的巨噬细胞衰老和肿瘤促进微环境形成中的关键调控作用 | NA | 探究香烟烟雾对m6A阅读器YTHDC2的影响及其在肺癌免疫微环境重塑中的作用 | 肺癌组织、巨噬细胞、香烟烟雾暴露的肺癌模型 | 单细胞测序分析 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 吸烟者与非吸烟者的肺癌组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1622 | 2025-11-27 |
CD8+ T cell depletion promotes human Tph/Tfh cell proliferation and Sjögren syndrome-like symptoms in PBMC-based humanized mice
2025-Nov-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.191700
PMID:41277554
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过CD8+ T细胞耗竭促进人Tph/Tfh和B细胞增殖的方法,并建立了干燥综合征样症状的人源化小鼠模型 | 首次发现CD8+ T细胞耗竭可促进人Tph/Tfh细胞在体增殖,并建立了可模拟干燥综合征症状的PBMC人源化小鼠模型 | 研究基于人源化小鼠模型,与真实人体环境存在差异 | 研究人Tph/Tfh细胞分化机制及干燥综合征发病机理 | 人外周血单个核细胞、人源化小鼠模型、Tph/Tfh细胞、B细胞、CD8+ T细胞 | 免疫学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 多色流式细胞术 | 人源化小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 人PBMC移植的免疫缺陷小鼠 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | NA |
| 1623 | 2025-11-27 |
Dicer is essential for proper maturation, composition, and function in the postnatal retina
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113794
PMID:41244583
|
研究论文 | 本研究探讨了Dicer/miRNAs在出生后视网膜发育中的关键作用 | 首次揭示了Dicer在出生后视网膜祖细胞/前体细胞中对视网膜成熟和功能的必要性 | 研究主要基于小鼠模型,结果向人类转化的适用性需要进一步验证 | 评估Dicer缺失对出生后视网膜发育和功能的影响 | 小鼠视网膜祖细胞/前体细胞和成年视网膜 | 发育生物学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序,光学相干断层扫描,视网膜电图,组织学分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 转录组数据,图像数据,电生理数据 | 一周龄和成年小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1624 | 2025-11-27 |
Fibrinogen triggers perivascular fibroblast activation in a mouse model of cortical ischemic stroke
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113834
PMID:41280671
|
研究论文 | 本研究揭示了纤维蛋白原是皮质缺血性中风小鼠模型中血管周围成纤维细胞活化的关键触发因子 | 首次证明血液来源的纤维蛋白原通过β1整合素信号通路诱导血管周围成纤维细胞活化,并揭示其通过髓系细胞间接促进纤维化瘢痕形成的机制 | 研究仅限于小鼠光血栓形成模型,人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 探究缺血性中风后纤维化瘢痕形成的分子机制 | 小鼠皮质缺血性中风模型中的血管周围成纤维细胞 | 神经科学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序,遗传学方法,药理学干预 | NA | 基因表达数据,细胞行为观察数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1625 | 2025-11-27 |
Multi-cellular phenotypic dynamics during the progression of an immunocompetent breast cancer model
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113808
PMID:41280683
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析免疫活性乳腺癌模型中肿瘤微环境的多细胞表型动态变化 | 首次在小鼠乳腺癌同种移植模型中系统描绘肿瘤微环境的多细胞表型时间动态模式 | 使用小鼠模型而非人类样本,可能无法完全反映人类乳腺癌的复杂性 | 揭示乳腺癌肿瘤微环境中细胞组成和表型的时间动态变化规律 | 小鼠乳腺癌同种移植模型中的肿瘤微环境细胞 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同时间点的小鼠乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1626 | 2025-11-27 |
Innovative insights and future research directions in gastric cancer through single-cell RNA sequencing
2025-Nov-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i11.103808
PMID:41281499
|
综述 | 本文通过单细胞RNA测序分析胃癌,解读研究发现并提出未来研究方向 | 提出整合多组学方法、空间转录组学、人工智能临床应用和新型免疫治疗策略等创新研究方向 | NA | 改善胃癌治疗结果,推动个性化医疗和早期检测 | 胃癌及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1627 | 2025-11-27 |
S3R: Modeling spatially varying associations with Spatially Smooth Sparse Regression
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.06.674629
PMID:40964272
|
研究论文 | 提出一种名为S3R的空间平滑稀疏回归框架,用于建模空间转录组数据中分子和细胞特征之间的空间变化关联 | 结合结构化稀疏性和最小生成树引导的平滑惩罚,能够在邻域内保持系数连贯性同时允许锐利边界 | NA | 开发能够处理空间转录组数据中噪声、共线性、细胞混合和高维预测因子的统计模型 | 空间转录组数据中的分子和细胞特征关联 | 空间转录组学 | 乳腺癌,胰腺导管腺癌,皮肤感染,神经退行性疾病 | 空间转录组学 | 稀疏回归 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, Xenium | Visium空间转录组平台, Xenium原位分析平台 |
| 1628 | 2025-11-27 |
YAP1 Depletion Enhances TAZ and its Complexation with TEAD4 and AP-1 Heterodimer C-JUN/FOSB to Promote Gastric Cancer Progression and Metastases
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.683933
PMID:41292957
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验揭示了YAP1缺失通过增强TAZ与TEAD4/AP-1异源二聚体的复合物形成促进胃癌腹膜转移的机制 | 首次在胃癌腹膜转移中发现YAP1抑制会代偿性上调TAZ,并揭示TAZ与TEAD4/AP-1异源二聚体形成新型转录复合物的机制 | 研究主要聚焦于胃癌腹膜转移,其他转移类型的适用性需进一步验证 | 评估YAP1和TAZ双重靶向在胃癌腹膜转移治疗中的协同抗肿瘤效果 | 胃癌腹膜转移组织、患者来源异种移植模型和KPLuc2同系模型 | 癌症生物学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 共免疫荧光染色, 基因敲除, 反义寡核苷酸抑制, 共免疫沉淀, 荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 体内外功能验证数据 | 胃癌腹膜转移组织样本和多个体内模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1629 | 2025-11-27 |
A vascular origin for pulmonary smooth muscle in the avian lung
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.07.13.499952
PMID:41292748
|
研究论文 | 本研究通过比较单细胞测序和成像技术揭示了鸟类肺平滑肌的血管起源 | 首次发现鸟类肺平滑肌来源于血管平滑肌而非内脏平滑肌,并鉴定出关键调控因子 | 研究仅针对鸡胚胎,未验证其他鸟类物种 | 探究鸟类肺平滑肌发育延迟的发育基础 | 小鼠、安乐蜥和鸡胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC测序, 成像技术 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 图像数据 | 三种物种的胚胎样本 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC测序 | NA | NA |
| 1630 | 2025-11-27 |
Enrichment of a CD4 - CD8 - NK-like cytotoxic Vδ1/3 T cell subset in tuberculosis disease
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.12.688134
PMID:41292844
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了结核病患者外周血中CD4-CD8-γδ T细胞的独特特征 | 首次发现结核病中富集的具有NK样细胞毒性的Vδ1/3 T细胞亚群及其独特的Vδ3 TCR基因使用模式 | 样本量相对有限,且主要关注外周血中的γδ T细胞 | 研究结核病患者与健康个体γδ T细胞的数量和质量差异 | 健康未致敏个体、健康致敏个体和结核病治疗前后患者的外周血CD4-CD8-γδ T细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个队列的健康个体和结核病患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1631 | 2025-11-27 |
Colibactin-producing E. coli promote carcinogenesis of gastroesophageal adenocarcinoma and simultaneously induce autophagy and differentiation
2025-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.10.687579
PMID:41292761
|
研究论文 | 本研究验证了产大肠杆菌素的大肠杆菌在胃食管腺癌发生中的双重作用,既促进癌变又诱导自噬和分化 | 首次揭示产大肠杆菌素的大肠杆菌在胃食管腺癌发生中同时促进遗传不稳定性和增殖,又激活自噬和细胞稳态的双重作用机制 | 研究主要基于小鼠类器官模型,人类样本验证有限,且样本量相对较小 | 验证产大肠杆菌素的大肠杆菌对胃食管腺癌发生的影响及其分子机制 | 人类胃食管交界组织活检样本和小鼠胃食管腺癌类器官模型 | 癌症生物学 | 胃食管腺癌 | 16S rRNA基因测序, 单细胞RNA测序, 类器官微注射, 组织学分析 | L2-IL1B小鼠模型 | 基因测序数据, 转录组数据, 组织图像 | 人类活检样本和Barrett食管患者样本 | NA | 16S rRNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1632 | 2025-11-27 |
A multi-dimensional bioinformatic dissection of the molecular mechanisms in high BMI-associated colorectal cancer: identification and validation of EGLN1 as a key target
2025-Nov-05, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003801
PMID:41191606
|
研究论文 | 通过多维度生物信息学分析揭示高BMI相关结直肠癌的分子机制,并验证EGLN1作为关键治疗靶点 | 首次通过整合多组学数据和孟德尔随机化分析系统揭示EGLN1在高BMI相关结直肠癌中的保护作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,需要进一步体内实验验证 | 系统研究高BMI与结直肠癌的遗传关联和分子机制,识别关键治疗靶点 | 结直肠癌患者数据、HCT116结直肠癌细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接、体外细胞实验 | 四基因预后模型(ACADVL, TGFA, SMPD1, BSG) | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、微生物组数据 | TCGA队列数据、全球疾病负担数据(1990-2021) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1633 | 2025-11-27 |
Epidemiological characteristics of thyroid cancer worldwide and construction of a machine learning diagnostic model
2025-Nov, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University
IF:2.1Q3
DOI:10.17219/acem/199327
PMID:40237525
|
研究论文 | 分析全球甲状腺癌流行病学特征并构建机器学习诊断模型 | 结合全球疾病负担数据与机器学习算法开发诊断模型,并首次通过单细胞RNA测序探索甲状腺癌肿瘤微环境 | NA | 研究甲状腺癌全球流行趋势并开发诊断工具 | 全球甲状腺癌患者数据 | 机器学习 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO, Ridge回归 | 流行病学数据, 基因表达数据 | 1990-2021年全球疾病负担数据库 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1634 | 2025-11-27 |
Single-cell transcriptomics reveals the regulation of bco1 and bco2 genes in the carotenoid metabolism of koi carp
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147965
PMID:41043743
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了锦鲤皮肤色素细胞发育及类胡萝卜素代谢中bco1和bco2基因的调控机制 | 首次构建锦鲤红白皮肤的单细胞图谱,发现色素细胞从白色皮肤向红色皮肤发育的动态过程,并揭示bco2比bco1具有更广泛的底物特异性 | NA | 探究锦鲤皮肤颜色形成的分子机制及类胡萝卜素代谢调控 | 锦鲤红白皮肤组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, TEM, HPLC, ISH, 免疫荧光, RNAi, 细胞培养, 基因编辑, RNA-seq, 基因家族分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1635 | 2025-11-27 |
Single-cell landscape of the tumour immune microenvironment in human gynaecologic malignancies
2025-Nov, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70538
PMID:41275425
|
研究论文 | 通过整合公开单细胞RNA测序数据系统分析三种妇科恶性肿瘤的肿瘤免疫微环境特征 | 首次系统描绘三种主要妇科恶性肿瘤的免疫微环境单细胞图谱,发现与临床预后相关的促血管生成巨噬细胞亚群和干扰素启动巨噬细胞亚群 | 基于公开数据集的回顾性分析,样本来源可能存在异质性 | 系统研究妇科恶性肿瘤肿瘤免疫微环境的细胞组成和功能特征 | 272,389个CD45+免疫细胞,来自111个肿瘤和非恶性组织样本 | 单细胞组学 | 妇科恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序,多色免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,免疫组化数据 | 272,389个细胞,111个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1636 | 2025-11-27 |
Single-Cell Analysis of L-Myc Expressing Neural Stem Cells and Their Extracellular Vesicles Revealed Distinct Progenitor Populations With Neurogenic Potential
2025-Nov, Journal of extracellular biology
DOI:10.1002/jex2.70095
PMID:41281155
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析表征了表达L-Myc的神经干细胞及其细胞外囊泡,揭示了具有神经源性潜能的独特祖细胞群 | 首次对两种治疗相关的人胎儿神经干细胞系及其细胞外囊泡进行全面分子表征,并发现它们对化疗诱导的神经毒性具有不同的神经保护作用 | 细胞外囊泡未能成功拯救少突胶质祖细胞群,表明需要重复或补充干预来恢复完整的神经细胞群 | 研究神经干细胞及其细胞外囊泡在脑修复中的治疗潜力 | 人胎儿神经干细胞系LMNSC01和LMNSC02及其细胞外囊泡 | 单细胞分析 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞外囊泡纳米显微镜技术, 蛋白质组学分析 | 脑类器官模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 显微镜图像数据 | 两种人胎儿神经干细胞系及其细胞外囊泡 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 细胞外囊泡分析 | NA | NA |
| 1637 | 2025-11-27 |
Artificial Intelligence-driven spatial transcriptomics in OSCC: Mapping the tumor microenvironment and personalizing therapy
2025 Nov-Dec, Journal of oral biology and craniofacial research
DOI:10.1016/j.jobcr.2025.10.015
PMID:41282271
|
综述 | 本文探讨人工智能驱动的空间转录组学在口腔鳞状细胞癌研究中的应用及其临床转化潜力 | 整合空间转录组学与人工智能技术,实现肿瘤微环境空间异质性解析和个性化治疗策略开发 | 计算需求高、新鲜冷冻组织获取受限、平台特异性偏差 | 通过空间转录组学技术解析口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境并推动精准医疗 | 口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 机器学习 | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics, NanoString, BGI | 空间转录组学 | 10x Visium, GeoMx DSP, Stereo-seq | 10x Genomics Visium, NanoString GeoMx DSP, BGI Stereo-seq |
| 1638 | 2025-11-27 |
From Single-Cell Atlas to Functional Validation: Critical Next Steps for Understanding Tip Cell-Mediated Communication in the Injured Spinal Cord
2025-Nov, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70117
PMID:41288006
|
评论 | 对Zeng等人单细胞RNA测序研究的批判性展望,强调内皮尖端细胞在脊髓损伤中介导通讯的功能验证需求 | 提出单细胞图谱向功能验证转化的关键挑战,特别关注尖端细胞靶向治疗的两难困境 | 当前数据缺乏时空分辨率来解析相互作用的动态过程,计算预测的旁分泌网络需要体内功能验证 | 探讨脊髓损伤研究中单细胞数据向机制理解和治疗策略转化的关键步骤 | 内皮尖端细胞与星形胶质细胞、巨噬细胞的通讯网络 | 单细胞生物学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1639 | 2025-11-27 |
iPSC-derived macrophages: An in vitro model to study human disease-relevant macrophage biology
2025-Nov-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf184
PMID:40795241
|
研究论文 | 本研究探索使用诱导多能干细胞衍生的巨噬细胞作为研究人类疾病相关巨噬细胞生物学的体外模型 | 建立了基于iPSC的巨噬细胞模型,克服了传统单核细胞来源巨噬细胞的局限性,能够更好地模拟体内疾病相关表型 | 研究主要基于体外实验,需要进一步验证与体内真实情况的对应关系 | 开发更优的人类巨噬细胞体外研究模型 | 诱导多能干细胞衍生的巨噬细胞、脐带血来源巨噬细胞、骨髓来源巨噬细胞和单核细胞来源巨噬细胞 | 细胞生物学 | 炎症性疾病 | RNA测序、细胞表型分析 | 体外细胞模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多种来源的巨噬细胞比较研究 | NA | RNA测序 | NA | NA |
| 1640 | 2025-11-27 |
Optimized detection and inference of immune cell type names in single-cell RNA sequencing data
2025-Nov-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf183
PMID:40839860
|
研究论文 | 开发了一种名为scODIN的计算方法,用于优化单细胞RNA测序数据中免疫细胞类型的检测和推断 | 采用结合专家知识与机器学习的整体两步法,能够检测传统分析中常被忽视的双重和过渡表型 | 未在摘要中明确说明具体局限性 | 提高单细胞RNA测序数据中免疫细胞亚群识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的免疫细胞 | 生物信息学 | 自身免疫疾病、感染性疾病、癌症 | 单细胞RNA测序 | k-近邻算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |