单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1601	2025-03-15	Integrative bioinformatics analysis reveals mitochondrial-Immune crosstalk in depression and stroke: a multi-omics mechanistic exploration 2025-Mar-08, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111308 PMID:40058518	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了线粒体代谢与免疫相关炎症在抑郁症和中风中的复杂相互作用	首次整合多组学数据，揭示了线粒体代谢与免疫微环境在抑郁症和中风中的相互作用，并识别了十个关键基因和潜在药物靶点	研究主要依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明线粒体代谢和免疫微环境在抑郁症和中风发病机制中的具体作用及其相互作用	抑郁症和中风患者	生物信息学	抑郁症, 中风	基因表达谱分析, 单细胞RNA测序, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	抑郁症和中风数据集中的基因表达数据
1602	2025-03-15	Pharmacological blocking of microfibrillar-associated protein 4 reduces retinal neoangiogenesis and vascular leakage 2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.038 PMID:39863929	研究论文	本文研究了通过药理学方法阻断微纤维相关蛋白4（MFAP4）对视网膜新生血管和血管渗漏的影响	首次展示了抗MFAP4抗体hAS0326在抑制视网膜新生血管和血管渗漏中的潜在治疗效果	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行临床试验	探索MFAP4在视网膜疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力	视网膜新生血管和血管渗漏	药理学	视网膜疾病	单细胞转录组学	NA	实验数据	激光诱导的脉络膜新生血管小鼠模型、链脲佐菌素诱导的视网膜病变模型、DL-2-氨基己二酸诱导的视网膜病变非人灵长类模型
1603	2025-03-15	Tissue nanotransfection-based endothelial PLCγ2-targeted epigenetic gene editing rescues perfusion and diabetic ischemic wound healing 2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.034 PMID:39863930	研究论文	本研究探讨了通过组织纳米转染技术（TNT）进行内皮PLCγ2靶向表观遗传基因编辑，以改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合	首次使用CRISPR-dCas9去甲基化鸡尾酒结合TNT技术，针对糖尿病伤口边缘的内皮细胞PLCγ2基因进行特异性去甲基化，以增强VEGF治疗的血管新生效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合	糖尿病缺血性伤口的内皮细胞	表观遗传学	糖尿病	CRISPR-dCas9去甲基化、组织纳米转染（TNT）技术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
1604	2025-03-15	Single-cell copy number calling and event history reconstruction 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf072 PMID:39946094	研究论文	本文介绍了一种名为SCICoNE的统计模型和MCMC算法，用于从浅层全基因组DNA测序数据中进行单细胞拷贝数分析	SCICoNE能够重建肿瘤中拷贝数事件的历史，并利用这些进化关系识别单个细胞的拷贝数谱	NA	开发个性化且精确的癌症诊断和治疗方法	肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	浅层全基因组DNA测序	MCMC算法	DNA测序数据	两个乳腺癌样本
1605	2025-03-15	AsaruSim: a single-cell and spatial RNA-Seq Nanopore long-reads simulation workflow 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf087 PMID:39985444	研究论文	本文介绍了一个名为AsaruSim的工作流程，用于模拟单细胞和空间RNA-Seq Nanopore长读数据集	AsaruSim是首个能够有效模拟scRNAseq长读数据集复杂性的高级模拟工具，填补了该领域的空白	尽管AsaruSim能够准确模拟实验数据，但其在更广泛数据集上的适用性和性能仍需进一步验证	开发一个模拟工具，用于评估和优化单细胞长读研究中的异构体检测方法	单细胞长读RNA-Seq数据集	生物信息学	NA	Oxford Nanopore长读测序技术	NA	RNA-Seq数据	人类外周血单核细胞数据集
1606	2025-03-15	COME: contrastive mapping learning for spatial reconstruction of single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf083 PMID:39992219	研究论文	本文介绍了一种名为COME的对比映射学习方法，用于从单细胞RNA测序数据中恢复空间信息	COME方法通过对比映射学习，有效地捕捉了细胞与位置之间的关系，并在恢复单细胞RNA测序数据的空间位置方面优于现有方法	NA	研究旨在通过单细胞RNA测序和空间转录组数据的知识转移，恢复单细胞RNA测序数据中的空间信息	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组技术（ST）	对比映射学习	基因表达数据	NA
1607	2025-03-15	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.17.608386 PMID:39229240	研究论文	本文通过多组学分析，包括单核转录组和染色质可及性测序以及空间分析，研究了食管腺癌（EAC）的疾病进展和治疗反应	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了这些细胞程序与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在外部的单细胞RNA-seq和批量RNA-seq研究中进一步验证	解析食管腺癌的疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组测序、染色质可及性测序、空间分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本
1608	2025-03-15	Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE 2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.25.640190 PMID:40060412	研究论文	本文介绍了一种名为iSCALE的方法，用于预测超分辨率基因表达并自动注释大尺寸组织的细胞级组织结构，解决了现有空间转录组学平台的高成本、长周转时间、低分辨率、有限基因覆盖和小组织捕获区域的问题	iSCALE方法能够预测超分辨率基因表达并自动注释大尺寸组织的细胞级组织结构，突破了现有空间转录组学平台的限制	NA	开发一种能够分析大尺寸组织并自动注释细胞级组织结构的方法，以克服现有空间转录组学平台的局限性	大尺寸组织，特别是多发性硬化症人类脑样本	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	基因表达数据	多发性硬化症人类脑样本
1609	2025-03-15	Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis 2025-Mar-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553 PMID:39991825	研究论文	本研究通过两样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析，识别了肝细胞癌中的因果血浆蛋白	利用UK Biobank Pharma Proteomics Project的蛋白质组数据，结合单细胞RNA测序数据进行验证，并通过分子对接发现潜在药物	NA	识别肝细胞癌中的因果血浆蛋白	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	两样本孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	UK Biobank Pharma Proteomics Project的数据
1610	2025-03-15	Effects of maternal edible THC consumption on offspring lung growth and function in a rhesus macaque model 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00360.2024 PMID:39903192	研究论文	本研究探讨了母体食用THC对后代肺发育和功能的影响，使用恒河猴模型进行实验	首次在恒河猴模型中系统研究母体食用THC对后代肺发育和功能的长期影响，并揭示了相关的分子机制	研究样本量较小，且仅针对恒河猴模型，结果可能无法完全推广到人类	确定母体在孕期食用THC是否对后代肺发育和功能产生负面影响	恒河猴及其后代	生物医学研究	肺发育异常	MRI, bulk RNAseq, whole genome bisulfite sequencing, spatial RNAseq	恒河猴模型	影像数据、分子数据	未明确说明具体数量，但涉及母体恒河猴及其后代
1611	2025-03-15	Spatial transcriptome and single-cell RNA sequencing reveal the molecular basis of cotton fiber initiation development 2025-Mar, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70064 PMID:40084712	研究论文	本文通过空间转录组和单细胞RNA测序技术，揭示了棉花纤维起始发育的分子基础	成功构建了棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的空间转录组图谱，并结合单细胞RNA测序数据，揭示了纤维发育的关键基因SVB和SVBL的功能冗余	NA	研究棉花纤维起始发育的分子机制	棉花胚珠和纤维细胞	植物发育生物学	NA	空间转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的样本
1612	2025-03-15	Mitochondrial Regulator CRIF1 Plays a Critical Role in the Development and Homeostasis of Alveolar Macrophages via Maintaining Metabolic Fitness 2025-Feb, Immune network IF:4.3Q2 DOI:10.4110/in.2025.25.e9 PMID:40078782	研究论文	本研究探讨了线粒体调节因子CRIF1在肺泡巨噬细胞（AMs）发育和稳态中的关键作用，特别是通过维持代谢适应性来支持其功能	首次揭示了CRIF1作为特定调节因子在肺泡巨噬细胞中的独特作用，区别于其他广泛作用的线粒体调节因子	研究主要基于小鼠模型，未在人类样本中验证CRIF1的作用	探索CRIF1在肺泡巨噬细胞代谢适应性和功能维持中的具体作用	肺泡巨噬细胞（AMs）	细胞生物学	肺疾病	单细胞RNA测序和转录组分析	NA	RNA测序数据	NA
1613	2025-03-15	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomes uncovers clinically relevant molecular subtypes in human prostate cancer 2025-Jan-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.01.07 PMID:40078560	研究论文	本文通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了人类前列腺癌中临床相关的分子亚型	整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，建立了一个分子分类系统，揭示了前列腺癌的分子亚型及其临床意义	样本量相对较小，特别是CRPC肿瘤的样本数量有限	揭示前列腺癌的分子亚型及其临床意义，以促进精准肿瘤学的发展	前列腺癌组织和正常前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类分析	转录组数据	10个未经治疗的原发性前列腺癌组织，3个正常前列腺组织，2个未经治疗的原发性前列腺癌组织，6个CRPC肿瘤
1614	2025-03-15	Identification of cold tumor induction-related markers in pancreatic cancer and the clinical implication of PCDH7 2025-Jan-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06095-z PMID:39856454	研究论文	本研究旨在识别与胰腺导管腺癌（PDAC）冷肿瘤免疫微环境（TIME）诱导相关的标记基因，并探讨PCDH7的临床意义	通过RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）识别了与PDAC冷TIME相关的六个基因，特别是PCDH7，并验证了其与CD8+ T细胞浸润的负相关性及其作为PDAC患者预后标志物的潜力	研究样本量较小，且主要基于小鼠模型，需要进一步在更大规模的人类样本中验证	识别与PDAC冷TIME诱导相关的标记基因，并探讨其临床意义	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	RNA测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组化（IHC）	NA	RNA测序数据，单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	10个来自KPC小鼠的原代PDAC培养物，人类PDAC样本
1615	2025-03-15	Single-cell RNA-sequencing reveals cellular heterogeneity and immune microenvironment characteristics between ocular adnexal mucosa-associated lymphoid lymphoma and IgG4-related ophthalmic disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1508559 PMID:40078987	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了眼附属器黏膜相关淋巴组织淋巴瘤（MALT淋巴瘤）和IgG4相关眼病（IgG4-ROD）的细胞组成、转录异质性和免疫微环境特征	首次对眼附属器MALT淋巴瘤和IgG4-ROD进行单细胞转录组测序比较分析，揭示了两种疾病的细胞组成、关键通路和免疫微环境差异	样本量较小，仅包括3例MALT淋巴瘤和3例IgG4-ROD患者	探讨MALT淋巴瘤和IgG4-ROD在细胞组成、转录异质性和免疫微环境方面的差异	眼附属器MALT淋巴瘤和IgG4-ROD患者的眼眶泪腺区域组织样本	数字病理学	淋巴瘤, IgG4相关眼病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	3例MALT淋巴瘤患者和3例IgG4-ROD患者的组织样本
1616	2025-03-15	Development of a tertiary lymphoid structure-based prognostic model for breast cancer: integrating single-cell sequencing and machine learning to enhance patient outcomes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534928 PMID:40078998	研究论文	本文开发了一种基于三级淋巴结构（TLS）的乳腺癌预后模型，结合单细胞测序和机器学习技术，以提高患者预后	通过整合单细胞RNA测序和机器学习算法，识别了关键的TLS相关基因，并开发了一个新的TLS预测模型，该模型在预测乳腺癌患者总体生存率方面优于传统模型	研究依赖于多个独立的乳腺癌队列数据，可能存在数据异质性问题，且样本量虽大，但未涵盖所有乳腺癌亚型	开发并验证一种基于TLS的乳腺癌预后模型，以改善患者预后	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	机器学习	RNA测序数据	来自13个独立乳腺癌队列的9,551名患者
1617	2025-03-15	The sentinels of coronary artery disease: heterogeneous monocytes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1428978 PMID:40079002	综述	本文探讨了冠状动脉疾病（CAD）中单核细胞的异质性，重点关注单核细胞亚群数量、比例及功能受体表达的变化及其与临床特征的相关性	提出了增强单核细胞异质性临床实用价值的策略，并概述了CAD领域未来的研究方向	NA	探讨单核细胞在冠状动脉疾病中的异质性及其临床意义	冠状动脉疾病患者中的单核细胞	NA	心血管疾病	高参数流式细胞术和单细胞测序技术	NA	NA	NA
1618	2025-03-15	Analysis of single-cell and spatial transcriptomics in TNBC cell-cell interactions 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521388 PMID:40079015	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在三阴性乳腺癌（TNBC）细胞间相互作用研究中的应用	强调了scRNA-seq和ST在探索TNBC异质性、细胞空间分布模式和细胞间相互作用中的应用	未提及具体的研究限制	增强对TNBC在细胞水平上的理解，以开发有效的治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	NA
1619	2025-03-14	Pathogenesis, attenuation, and treatment strategies for keloid management 2025-Jun, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2025.102800 PMID:39999656	综述	本文综述了瘢痕疙瘩的发病机制、减缓和治疗策略，包括各种治疗方法的优缺点	介绍了单细胞RNA测序和转录组学研究在理解瘢痕疙瘩发病机制中的应用，并讨论了纳米治疗技术如微针、纳米颗粒、脂质体和外泌体的进展	瘢痕疙瘩治疗后容易复发，随访非常重要，使得治疗过程复杂	探讨瘢痕疙瘩的发病机制、减缓和治疗策略	瘢痕疙瘩	NA	皮肤疾病	单细胞RNA测序, 转录组学	NA	NA	NA
1620	2025-03-14	Integrated multi-omics characterization of neuroblastoma with bone or bone marrow metastasis 2025-May, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101511 PMID:40070366	研究论文	本文通过整合多组学方法，研究了伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤（NB-BBM）的发病机制及其复杂的免疫微环境	使用Swin-Transformer进行病理组织学特征识别，预测NB-BBM的发生，并通过单细胞转录组学识别与BBM密切相关的肿瘤细胞亚群和肿瘤相关巨噬细胞亚群，突出了转酮醇酶（TKT）作为NB转移进展的关键分子标志物	研究样本量较小，仅涉及142例石蜡包埋的苏木精-伊红染色肿瘤切片图像	阐明NB-BBM的发病机制及其免疫微环境，以促进更有效的风险预测和治疗策略的开发	伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤（NB-BBM）	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组学	Swin-Transformer	图像	142例石蜡包埋的苏木精-伊红染色肿瘤切片图像