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当前共找到 10788 篇文献，本页显示第 1581 - 1600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1581 | 2025-12-16 |
Cholesterol-metabolic TAMs regulates tumor budding like cell subpopulation to promote chordoma stemness via BACH1/ANGPTL4/SDC4 axis
2025-Dec-14, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf286
PMID:41390963
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研究论文 | 本研究揭示了脊索瘤中肿瘤出芽样结构的存在及其通过BACH1/ANGPTL4/SDC4轴与胆固醇代谢性肿瘤相关巨噬细胞相互作用，促进肿瘤干细胞性和恶性进展的机制 | 首次在脊索瘤中定义并评估了肿瘤出芽样结构，并发现了胆固醇代谢性肿瘤相关巨噬细胞通过BACH1-ANGPTL4-SDC4信号轴激活肿瘤出芽样细胞亚群的新机制 | 研究主要基于回顾性队列和临床前模型，需要进一步的前瞻性临床验证 | 探究脊索瘤中肿瘤出芽样结构的分子机制及其对肿瘤进展的功能影响 | 481例脊索瘤患者的肿瘤样本及临床前模型 | 数字病理学 | 脊索瘤 | GeoMx数字空间分析、空间转录组学、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、多重定量免疫荧光 | NA | 多组学数据 | 481例脊索瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1582 | 2025-12-16 |
High-throughput proteomics uncovers molecular clusters and biomarkers of severity in bullous pemphigoid
2025-Dec-14, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.70252
PMID:41392513
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研究论文 | 本研究利用高通量蛋白质组学技术，分析了天疱疮患者的皮肤和血清样本，揭示了疾病相关的分子簇和严重程度生物标志物 | 首次在天疱疮中通过蛋白质组学识别出两个不同的皮肤分子簇，并发现CCL13作为关键的炎症蛋白与疾病活动性相关 | 样本量较小（29例皮肤活检和27例血清样本），且为单中心研究，可能限制结果的普遍性 | 全面分析天疱疮的局部和全身炎症反应，探索其与疾病严重程度、临床特征和治疗结果的关联 | 天疱疮患者的皮肤活检和血清样本，以及健康对照样本 | 蛋白质组学 | 天疱疮 | Olink Target 96炎症面板蛋白质组学分析，单细胞RNA测序 | 主成分分析、无监督聚类、差异表达分析、基因集富集分析、k-means聚类 | 蛋白质组数据、转录组数据 | 29例天疱疮皮肤活检、27例匹配血清样本、14例健康对照 | Olink | 高通量蛋白质组学 | Olink Target 96 Inflammation panel | 用于炎症相关蛋白质的靶向蛋白质组学分析 |
| 1583 | 2025-12-16 |
Spatially defined multicellular functional units in colorectal cancer revealed from single cell and spatial transcriptomics
2025-Dec-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.104815
PMID:41384492
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研究论文 | 本文结合单细胞RNA测序、Slide-seq空间转录组学和原位多重RNA分析，绘制了健康和发育不良结肠细胞生态系统的详细空间图谱，并揭示了其在结直肠癌进展中的关联 | 通过整合单细胞和空间转录组学技术，首次在结直肠癌中定义了具有特定空间组织和功能交互的多细胞功能单元，并验证了小鼠模型与人类疾病之间的保守性 | 研究主要基于小鼠模型，虽然与人类数据进行了比较，但直接应用于临床仍需进一步验证 | 揭示结直肠癌中细胞的空间组织和功能交互，以理解疾病进展机制 | 健康和发育不良的结肠组织，包括诱导性遗传结直肠癌小鼠模型和人类结直肠癌样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 原位多重RNA分析 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Slide-seq | NA |
| 1584 | 2025-12-16 |
Integrated single-cell atlases unveil the operation principles of whole-brain 5-HT neuronal subsystems
2025-Dec-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv8128
PMID:41385633
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞图谱揭示了全脑5-HT神经元亚系统的运作原理 | 开发了包含单细胞投射组学、两个独立的scRNA-seq数据集和全脑5-HT神经元功能成像数据库的资源数据集，首次在斑马鱼中系统揭示了5-HT神经元亚系统的模块化功能组织原则 | 研究基于斑马鱼模型，虽然为哺乳动物系统提供了见解，但直接转化到哺乳动物仍需进一步验证 | 阐明5-羟色胺（5-HT）神经元亚系统的运作原理及其在生理和行为调节中的复杂作用 | 斑马鱼全脑5-HT神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），功能成像，单细胞投射组学 | NA | 单细胞转录组数据，成像数据，投射组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1585 | 2025-12-16 |
A single-cell transcriptomic atlas reveals resident dendritic-like cells in the zebrafish brain parenchyma
2025-Dec-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.91427
PMID:41379882
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了成年斑马鱼大脑中免疫细胞的复杂性，并发现了一种与哺乳动物树突状细胞相似的驻留性髓系细胞亚群 | 首次在非哺乳类脊椎动物（斑马鱼）大脑中发现并表征了具有树突状细胞特征的髓系细胞亚群，揭示了脊椎动物大脑免疫细胞异质性的进化保守性 | 研究主要基于转录组数据，功能验证相对有限；突变体表型分析尚未完全阐明这些细胞的生理功能 | 探究斑马鱼大脑免疫细胞的多样性及其与哺乳动物的进化保守性 | 成年斑马鱼大脑中的免疫细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及野生型和多种突变体斑马鱼 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1586 | 2025-12-16 |
scRegulate: single-cell regulatory-embedded variational inference of transcription factor activity from gene expression
2025-Dec-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf638
PMID:41288963
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scRegulate的生成式深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性和基因调控网络 | scRegulate通过变分推理整合先验生物学知识与数据驱动推断，能够捕获新颖、动态和上下文特定的调控相互作用，相比现有方法更具可扩展性和生物学基础 | NA | 开发一种从单细胞RNA测序数据中准确推断转录因子活性和基因调控网络的计算方法 | 转录因子活性和基因调控网络 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成式深度学习框架，变分推理 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1587 | 2025-12-16 |
Deciphering the Osteoimmune Landscape in Subtalar Arthrodesis: A Single-Cell RNA Sequencing Approach
2025-Dec, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70980
PMID:41381396
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了距下关节融合术患者中免疫细胞动态变化与骨愈合的关系 | 首次应用单细胞RNA测序技术系统性解析距下关节融合术后的骨免疫景观，揭示了单核细胞和NK细胞在骨愈合中的关键作用及功能差异 | 样本量相对较小，仅分析了术后3个月的时间点，未涵盖更长期的愈合过程 | 阐明距下关节融合术后骨愈合的免疫机制，并探索免疫调节对骨修复的潜在影响 | 接受距下关节融合术的患者外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确具体数量，但涉及早期愈合和延迟愈合两组患者的外周血单个核细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1588 | 2025-12-16 |
Loureirin B Accelerates Diabetic Wound Healing by Promoting TGFβ/Smad-Dependent Macrophage M2 Polarization: A Concerted Analytical Approach Through Single-Cell RNA Sequencing and Experimental Verification
2025-Dec, Phytotherapy research : PTR
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/ptr.8373
PMID:39532388
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了龙血竭提取物龙血素B通过激活TGFβ/Smad信号通路促进巨噬细胞M2极化，从而加速糖尿病伤口愈合的机制 | 首次结合单细胞RNA测序技术与实验验证，系统阐明了龙血素B在糖尿病伤口愈合中通过TGFβ/Smad通路调控巨噬细胞极化的具体分子机制 | 研究主要在动物模型和体外实验中进行，尚未在人体临床试验中验证其疗效和机制 | 探究龙血素B促进糖尿病伤口愈合的分子机制和疗效 | 糖尿病伤口愈合过程中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 单细胞组学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 糖尿病足溃疡组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1589 | 2025-12-16 |
Unveiling the role of the extracellular matrix in the osteosarcoma tumor microenvironment through integrated transcriptomics and experimental validation
2025-Dec, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00970-0
PMID:41057667
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学分析和实验验证，揭示了细胞外基质（ECM）在骨肉瘤肿瘤微环境中的关键作用，并确定了COL5A2基因和C0成骨细胞簇作为重要的ECM相关标志物 | 首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合实验验证，系统性地揭示了COL5A2基因通过激活黏着斑通路和IGFBP3-TMEM219轴介导的细胞间通讯来驱动骨肉瘤增殖的新机制 | 研究主要基于公共数据库的数据和体外实验，缺乏体内动物模型的验证，并且ECM其他成分的作用有待进一步探索 | 阐明细胞外基质在骨肉瘤肿瘤微环境中的作用机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 骨肉瘤肿瘤微环境中的细胞外基质成分及相关细胞类型（如成骨细胞、内皮细胞） | 数字病理学 | 骨肉瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 生物信息学分析, Western blot, CCK-8, 集落形成实验 | 预后模型 | 转录组数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1590 | 2025-12-16 |
Uncovering senescent fibroblast heterogeneity connects DNA damage response to idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690792
PMID:41394576
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研究论文 | 本研究揭示了特发性肺纤维化（IPF）中衰老成纤维细胞的异质性，并连接DNA损伤反应与疾病机制 | 首次在人类原代肺成纤维细胞中展示了DNA损伤后衰老的微妙异质性，并开发了新的衰老相关基因集以识别疾病相关细胞 | 研究主要基于体外细胞模型，可能未完全反映体内复杂环境；样本量有限，需进一步验证 | 探索特发性肺纤维化中衰老成纤维细胞的异质性及其与DNA损伤反应的联系 | 健康供体和特发性肺纤维化患者的原代人类肺成纤维细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 健康供体和IPF患者的原代肺成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1591 | 2025-12-16 |
High-resolution MRI Guided Whole Mouse Brain Cell Type Atlas using Deep Learning
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690475
PMID:41394590
|
研究论文 | 本研究提出了一种深度学习框架，整合高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜数据，生成了小鼠全脑细胞类型图谱 | 首次将高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜结合，利用深度学习直接预测细胞类型，实现了10微米各向同性分辨率的全脑细胞图谱 | 研究依赖于特定成像技术的配准精度，且方法在其它物种或成像模式中的普适性尚未验证 | 开发高效高分辨率的脑细胞图谱生成方法，探索先进成像技术揭示大脑细胞机制的潜力 | 小鼠全脑 | 计算机视觉 | NA | 扩散MRI、三维光片显微镜、空间转录组学 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1592 | 2025-12-16 |
Evaluation of single-cell RNA profiling technologies using FFPE, fresh, and frozen ccRCC tumor specimens
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690485
PMID:41394662
|
研究论文 | 本研究评估了三种10x单细胞RNA分析技术（新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex）在ccRCC活检样本中的应用，比较了它们在细胞类型识别和转录谱一致性方面的表现 | 首次在ccRCC肿瘤样本中系统比较了基于不同保存方式（FFPE、新鲜、冷冻）的单细胞RNA分析技术，特别是评估了新型FFPE兼容平台10x Genomics Flex的实用性 | 研究仅针对ccRCC一种肿瘤类型，且样本来源有限，可能无法完全代表其他肿瘤或组织类型 | 评估和比较不同单细胞RNA分析技术在人类肿瘤活检样本中的性能，为转化研究提供技术选择指导 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）活检样本，包括FFPE、新鲜和冷冻保存的标本 | 单细胞转录组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | ccRCC活检样本（具体数量未明确说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单核Multiome, 单核Flex | 10x Chromium（推测）, 10x Flex | 10x单细胞RNA分析技术包括新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex（snFlex） |
| 1593 | 2025-11-29 |
Unveiling the temporal and spatial trajectories of early resistance formation during Hylocereus undatus senescence through single-cell transcriptomics
2025-Nov-27, Plant molecular biology
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s11103-025-01663-w
PMID:41310123
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1594 | 2025-12-16 |
Mapping spatial gradients in spatial transcriptomics data with score matching
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690257
PMID:41394758
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SLOPER的生成模型，用于从空间转录组学数据中学习空间梯度，以增强基因表达测量的空间一致性和特异性 | SLOPER采用基于分数的匹配方法，通过泊松模型建模mRNA转录本的空间分布，并利用新颖的扩散采样方法提升基因表达的空间连贯性 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种方法以准确学习空间转录组学数据中的空间梯度，并改进基因表达的空间模式分析 | 空间转录组学数据中的基因表达空间梯度 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 生成模型（SLOPER） | 空间转录组学数据（二维组织切片中的基因表达） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1595 | 2025-12-16 |
Gene regulatory network determinants of rapid recall in human memory CD4+ T cells
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.06.646912
PMID:41394561
|
研究论文 | 本文利用单核多组学测序技术，研究了人类记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控网络决定因素 | 通过整合单核RNA-seq和ATAC-seq数据，首次预测并验证了记忆相关转录因子（如MAF、PRDM1、RUNX2、SMAD3、KLF6）在调控快速回忆中的作用，并结合GWAS数据关联免疫介导疾病风险 | 研究主要基于体外实验和计算预测，体内功能验证有限，且样本来源和疾病关联性需进一步探索 | 揭示记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控机制及其在免疫介导疾病中的潜在作用 | 人类CD4+ T细胞亚群，特别是记忆T细胞 | 生物信息学 | 免疫介导疾病 | 单核多组学测序（snRNA-seq和snATAC-seq）、ChIP-seq、scRNA-seq、GWAS | 基因调控网络重建 | 单细胞多组学数据、基因组数据 | NA | NA | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1596 | 2025-12-16 |
Deconvolution of Sparse-count RNA Sequencing Data for Tumor Cells Using Embedded Negative Binomial Distributions
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689822
PMID:41394660
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研究论文 | 本文开发了一种名为DeMixNB的半参考解卷积模型，用于从稀疏计数RNA测序数据中估计肿瘤细胞特异性转录本比例 | DeMixNB模型首次假设负二项分布之和来处理稀疏计数数据，如miRNA-seq和空间转录组学数据，解决了现有方法在准确性上的不足 | NA | 提高从混合批量样本中估计肿瘤特异性转录本比例的准确性，以揭示新的生物学机制 | 乳腺癌患者的miRNA-seq数据和肺癌的空间转录组学数据 | 生物信息学 | 乳腺癌, 肺癌 | miRNA-seq, 空间转录组学 | 半参考解卷积模型 | RNA测序数据 | 856名乳腺癌患者和3,755个肺癌空间点 | NA | miRNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1597 | 2025-12-16 |
CONCERT predicts niche-aware perturbation responses in spatial transcriptomics
2025-Nov-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.08.686890
PMID:41292874
|
研究论文 | 本文提出了CONCERT模型，一种能够预测空间转录组学中扰动响应的生成模型 | 提出了首个能够同时考虑细胞内在状态和微环境传播效应的空间扰动预测模型，并形式化了三种预测任务 | 模型仅在Perturb-map肺部数据集和两种疾病模型上进行验证，需要更多组织类型验证 | 开发能够预测空间转录组学中遗传或化学扰动效应的计算方法 | 空间转录组学数据，特别是Perturb-map肺部数据集、结肠炎模型和缺血性中风模型 | 空间转录组学 | 肺部疾病、结肠炎、缺血性中风 | 空间转录组学 | 高斯过程变分自编码器 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1598 | 2025-12-16 |
Single-cell RNA sequencing of cerebrospinal fluid immune cells in relapsing-remitting multiple sclerosis: insights into cellular composition and immune dynamics
2025-Nov-19, Journal of neurology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00415-025-13505-2
PMID:41261231
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了复发缓解型多发性硬化症患者脑脊液中的免疫细胞，揭示了其细胞组成和免疫动态 | 首次在复发缓解型多发性硬化症中，通过单细胞RNA测序高分辨率解析脑脊液免疫细胞的转录组异质性、功能状态及细胞间相互作用网络 | 样本量相对较小，仅为探索性研究，需要更大队列的验证研究来确认结果 | 阐明复发缓解型多发性硬化症中脑脊液免疫细胞的异质性、转录调控及细胞间相互作用，以揭示疾病病理机制 | 复发缓解型多发性硬化症患者和匹配健康对照的脑脊液免疫细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 23,247个脑脊液细胞（初始捕获），经质控后9,528个高质量细胞（12,200个健康对照细胞，11,047个RRMS细胞） | Singleron | 单细胞RNA-seq | GEXSCOPE™ kit | GEXSCOPE™单细胞RNA测序试剂盒 |
| 1599 | 2025-12-16 |
Constructing a novel MPT-driven necrosis-associated gene set for predicting prognosis and immune status in skin cutaneous melanoma
2025-Nov-18, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-025-06370-z
PMID:41254408
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研究论文 | 本研究构建了一个基于线粒体通透性转换驱动的坏死相关基因集，用于预测皮肤黑色素瘤的预后和免疫状态 | 首次将线粒体通透性转换驱动的坏死相关基因与皮肤黑色素瘤的预后和免疫状态预测相结合，并识别出BIRC3作为T细胞功能障碍的潜在调节因子 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证，且样本量可能有限 | 开发一个可靠的预后模型，以预测皮肤黑色素瘤患者的生存结局和免疫状态 | 皮肤黑色素瘤患者及其相关基因表达数据 | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Cox回归分析、LASSO分析 | 基因特征模型（MPTDNRGS） | 基因表达数据 | TCGA-SKCM和GTEx数据集，以及GEO队列（GSE19234、GSE65904） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1600 | 2025-12-16 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data to dissect genetic links between periodontitis and obstructive sleep apnea
2025-Nov-17, Sleep & breathing = Schlaf & Atmung
DOI:10.1007/s11325-025-03536-4
PMID:41247559
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，结合机器学习方法，探索了牙周炎与阻塞性睡眠呼吸暂停之间的遗传联系，并识别了关键诊断与治疗靶点 | 首次整合bulk和单细胞RNA-seq数据，结合多种机器学习算法（LASSO、SVM-RFE、Boruta）筛选hub基因，并利用虚拟基因敲除和药物预测揭示疾病互作机制 | 研究依赖于公共数据库（GEO）数据，样本来源和实验条件可能存在异质性；虚拟基因敲除为计算模拟，需实验验证 | 探索牙周炎与阻塞性睡眠呼吸暂停之间的遗传联系，识别诊断与治疗靶点 | 牙周炎和阻塞性睡眠呼吸暂停患者的基因表达数据 | 生物信息学 | 牙周炎, 阻塞性睡眠呼吸暂停 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO, SVM-RFE, Boruta | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |