单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-04-10	Single-Cell Proteomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes 2025-Mar-14, Molecular & cellular proteomics : MCP IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.mcpro.2025.100949 PMID:40090465	研究论文	本研究通过单细胞蛋白质组学技术揭示了前列腺癌耐药细胞的分子特征及其与形态变化的关联	采用优化的高通量数据非依赖性采集(DIA)方法进行单细胞蛋白质组分析，平均每个细胞鉴定超过1300种蛋白质，并发现与细胞大小变化密切相关的蛋白质亚群	NA	探索前列腺癌耐药细胞的蛋白质组特征及其在治疗抵抗中的作用	前列腺癌耐药细胞(DRCs)和亲代PC3细胞	蛋白质组学	前列腺癌	单细胞蛋白质组学(SCP)、数据非依赖性采集(DIA)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质组数据、转录组数据	每日60个样本的高通量分析
142	2025-04-10	Selective Depletion of CCR8+Treg Cells Enhances the Antitumor Immunity of Cytotoxic T Cells in Lung Cancer by Dendritic Cells 2025-Mar-06, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2025.02.029 PMID:40056978	研究论文	本研究探讨了通过选择性耗竭CCR8+Treg细胞增强细胞毒性T细胞在肺癌中的抗肿瘤免疫的机制	发现抗CCR8疗法与PD1抑制剂联合使用可重塑肿瘤微环境，并通过JAK-STAT途径激活增强CD8+ T细胞的细胞毒性活性	研究主要基于小鼠模型，临床患者数据有限	评估抗CCR8单药及其与PD1抑制剂联合治疗在NSCLC中的疗效和安全性	非小细胞肺癌（NSCLC）小鼠模型和临床患者	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序分析、流式细胞术、多色免疫荧光、Luminex检测	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	四个NSCLC小鼠模型及临床患者数据
143	2025-04-10	scMUG: deep clustering analysis of single-cell RNA-seq data on multiple gene functional modules 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf138 PMID:40188497	研究论文	本文介绍了一种名为scMUG的计算流程，用于增强单细胞RNA测序数据的聚类分析	首次将基因功能关联信息整合到单细胞RNA测序聚类分析中，并引入了一种结合局部密度和全局分布的新型相似性度量方法	未明确提及具体限制	解决单细胞RNA测序数据的高维稀疏性问题，提高聚类分析性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	九个人类单细胞RNA测序数据集
144	2025-04-10	Cellular heterogeneity in metabolism and associated microbiome of a non-model phytoflagellate 2025-Jan-02, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wraf046 PMID:40057978	research paper	本研究利用单细胞转录组学技术探究了非模型微真核生物Ochromonas triangulata的代谢异质性及其相关微生物组	首次在缺乏参考基因组的非模型微真核生物中应用单细胞转录组学，揭示了与不同生长阶段相关的代谢状态和微生物组相互作用	研究对象仅限于单一微真核生物物种，未验证在其他非模型生物中的普适性	探索非模型微真核生物的代谢异质性和微生物组相互作用	Ochromonas triangulata微真核生物及其共培养细菌群落	单细胞转录组学	NA	Smart-seq2单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	单个微真核生物物种及其共培养细菌群落
145	2025-04-10	Single-cell transcriptomics reveals immunosuppressive microenvironment and highlights tumor-promoting macrophage cells in Glioblastoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0312764 PMID:40193323	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了胶质母细胞瘤中的免疫抑制微环境，并突出了肿瘤促进性巨噬细胞亚型	鉴定了五种不同的肿瘤相关巨噬细胞亚型，并发现TAM_MRC1亚型具有明显的M2极化特征，同时识别出一种具有耗竭表型的NK细胞亚型CD56dim_DNAJB1	样本量相对较小（24名患者的48个肿瘤片段），且研究仅关注了转录组层面的特征	探索胶质母细胞瘤微环境中的细胞异质性和复杂性，以寻找更有效的免疫治疗靶点	胶质母细胞瘤患者的肿瘤组织和其中的免疫细胞	digital pathology	glioblastoma	single-cell transcriptomics	NA	single-cell RNA sequencing data	48个肿瘤片段（来自24名胶质母细胞瘤患者）
146	2025-04-10	The single-cell transcriptional landscape of lung cells from PCV2d-infected mice 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1554961 PMID:40196036	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析PCV2d感染小鼠肺组织中10种细胞类型的转录组变化	首次系统性地研究了PCV2d感染后小鼠肺组织中不同细胞类型的转录组变化，并建立了全面的标记基因目录	研究仅使用BALB/c小鼠模型，可能无法完全反映猪类宿主的感染情况	研究PCV2d亚型的生物学特性及其引起的免疫反应机制	PCV2d感染的小鼠肺组织细胞	生物信息学	猪圆环病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	PCV2d感染和未感染的BALB/c小鼠肺组织细胞
147	2025-04-10	Exploring the mechanism of action of succinic acid in ovarian cancer via single-cell sequencing of the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1535504 PMID:40196737	研究论文	通过单细胞测序技术探索琥珀酸在卵巢癌肿瘤免疫微环境中的作用机制	利用单细胞测序技术分析琥珀酸在卵巢癌中的潜在靶点和治疗机制，揭示了关键枢纽基因SPP1、SLPI和CD9的表达模式	研究仅基于生物信息学和单细胞测序数据，缺乏体内或体外实验验证	探索琥珀酸在卵巢癌中的潜在治疗靶点和作用机制	卵巢癌患者的肿瘤免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	卵巢癌患者和正常个体的单细胞测序数据
148	2025-04-09	Molecular characterization of benign intracranial glioependymal and arachnoid cysts suggest heterogeneous mechanisms of action 2025-Apr-08, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlaf029 PMID:40197611	研究论文	本研究对良性颅内胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿进行了分子特征分析，揭示了其不同的发病机制	首次通过单细胞测序和RNA表达谱比较，揭示了胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿具有不同的细胞特征和表达谱，并提出了不同的发病机制假说	样本量较小（仅16例患者，其中8例进行了病理分析），且仅分析了4例囊液样本	探究良性颅内囊肿的形成和生长机制	16例接受手术治疗的良性颅内囊肿患者（其中8例囊肿壁病理样本）	神经病理学	颅内囊肿	H&E染色、免疫荧光染色、单细胞测序、RNA表达谱分析	NA	组织病理样本、囊液样本、单细胞测序数据、RNA表达数据	16例患者（8例病理样本，4例囊液样本）
149	2025-04-09	ICOS+CD4 T cells define a high susceptibility to anti-PD-1 therapy-induced lung pathogenesis 2025-Apr-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186483 PMID:40198121	research paper	研究探讨了抗PD-1治疗引起的肺毒性机制，特别是在老年小鼠模型中，发现ICOS+CD4 T细胞在介导异常免疫反应和肺功能障碍中起关键作用	揭示了ICOS+CD4 T细胞在老年环境中对抗PD-1治疗诱导的肺毒性中的关键作用，并提出了通过干扰ICOS-ICOSL相互作用或局部给予IL-21来减轻这种毒性	研究主要基于小鼠模型，虽然与人类患者数据一致，但需要进一步验证	探索抗PD-(L)1治疗引起的免疫相关不良事件（irAEs）的细胞机制，特别是在老年患者中	老年小鼠模型和癌症患者	免疫学	lung cancer	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	老年小鼠和癌症患者样本
150	2025-04-09	Klf9 promotes the repair of myocardial infarction by regulating macrophage recruitment and polarization 2025-Apr-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187072 PMID:40198141	research paper	该研究揭示了Klf9通过调节巨噬细胞的招募和极化，促进心肌梗死后的修复过程	首次发现Klf9通过调控IFN-γ-STAT1信号通路影响巨噬细胞的表型和功能，从而影响心肌梗死后的伤口愈合	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Klf9在心肌梗死后巨噬细胞表型和功能中的作用	心肌梗死小鼠模型和巨噬细胞	心血管疾病	心肌梗死	单细胞RNA测序和流式细胞术	小鼠基因敲除模型	基因表达数据和细胞表型数据	野生型和Klf9敲除小鼠
151	2025-04-09	Spatial dissection of tumour microenvironments in gastric cancers reveals the immunosuppressive crosstalk between CCL2+ fibroblasts and STAT3-activated macrophages 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332901 PMID:39580151	研究论文	通过空间转录组学分析胃癌微环境，揭示了CCL2+成纤维细胞与STAT3激活的巨噬细胞之间的免疫抑制性互作	首次在胃癌中利用空间转录组学技术揭示了CCL2+成纤维细胞通过JAK-STAT3信号通路促进肿瘤进展的机制	样本量较小（仅9例原发性胃癌样本），需要在更大队列中验证	解析胃癌生态系统中恶性、基质和免疫细胞的空间组织与功能互作	胃癌微环境中的恶性细胞、基质细胞和免疫细胞	数字病理	胃癌	空间转录组学（Visium平台）	NA	空间转录组数据	9例原发性胃癌样本
152	2025-04-09	Genetic variation at 11q23.1 confers colorectal cancer risk by dysregulation of colonic tuft cell transcriptional activator POU2AF2 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332121 PMID:39609081	研究论文	本研究通过多学科方法揭示了11q23.1位点的遗传变异如何通过调控POU2AF2等基因影响结直肠癌风险	首次将rs3087967确立为11q23.1位点的主要eQTL变异，并发现其通过POU2AF2调控一系列远端基因的表达，揭示了簇细胞在结肠癌保护中的关键作用	研究中使用的鼠模型可能与人类结直肠癌的病理机制存在差异，且样本量未明确说明	阐明11q23.1位点遗传变异导致结直肠癌风险的分子机制	结直肠癌相关遗传变异及其对基因表达的调控作用	遗传学	结直肠癌	RNA测序、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序、单细胞ATAC测序、CRISPR基因编辑	ApcMin/+小鼠模型	基因组数据、转录组数据、表观基因组数据	NA
153	2025-04-09	Induction of macrophage efferocytosis in pancreatic cancer via PI3Kγ inhibition and radiotherapy promotes tumour control 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333492 PMID:39788719	research paper	该研究探讨了通过抑制PI3Kγ和放疗联合治疗胰腺癌，以促进巨噬细胞对凋亡细胞的清除并增强抗肿瘤免疫	揭示了PI3Kγ抑制与放疗联合治疗胰腺癌的新免疫治疗策略，通过改变巨噬细胞表型促进抗原呈递和CD8+ T细胞激活	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证其效果	探索胰腺导管腺癌（PDAC）中的免疫抑制机制，并开发新的免疫治疗方法	胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、多重免疫组化、RNA测序、单细胞RNA测序	LSL-KrasG12D/+;Trp53R172H/+;Pdx1-Cre小鼠模型	RNA测序数据、免疫组化数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和新鲜肿瘤样本
154	2025-04-09	Fasting-mimicking diet-enriched Bifidobacterium pseudolongum suppresses colorectal cancer by inducing memory CD8+ T cells 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333020 PMID:39870395	研究论文	本研究探讨了模拟禁食饮食(FMD)通过调节肠道微生物群抑制结直肠癌(CRC)的机制，并发现Bifidobacterium pseudolongum及其代谢产物L-精氨酸在增强CD8+ T细胞记忆功能中的关键作用	首次揭示了B. pseudolongum通过产生L-精氨酸促进CD8+ T细胞分化为记忆细胞，从而增强FMD抗肿瘤效应的分子机制	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床研究验证	探究FMD通过调节肠道微生物群保护免受CRC的机制	结直肠癌小鼠模型和CRC患者	肿瘤免疫学	结直肠癌	粪便宏基因组测序、单细胞RNA测序、多色流式细胞术、代谢组学分析	正交小鼠CRC模型	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	小鼠模型和有限数量的CRC患者样本
155	2025-04-09	Exploring and validating the marmoset as a primate model for chromosomal instability in early development 2025-Apr-07, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf012 PMID:40193493	research paper	本研究探索并验证了狨猴作为灵长类动物模型在研究早期发育中染色体不稳定性（CIN）的适用性	首次将狨猴确立为研究非整倍体的合适模型，并建立了具有内在染色体不稳定性的naïve-like狨猴多能干细胞系（cjPSCs）	研究结果主要基于体外实验，体内验证仍需进一步研究	探索早期发育中染色体不稳定性的分子机制	狨猴胚胎细胞和naïve-like狨猴多能干细胞系（cjPSCs）	developmental biology	early miscarriage	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	狨猴胚胎细胞和cjPSCs
156	2025-04-09	Integrating microbial GWAS and single-cell transcriptomics reveals associations between host cell populations and the gut microbiome 2025-Apr-07, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-01978-w PMID:40195537	研究论文	该研究通过整合微生物GWAS和单细胞转录组数据，揭示了宿主细胞群体与肠道微生物组之间的关联	开发了一个名为scBPS的计算框架，用于整合微生物GWAS和单细胞RNA测序数据，系统地绘制宿主与微生物之间的相互作用	研究主要基于现有数据，实验验证仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探索宿主遗传变异、肠道微生物组与特定细胞环境之间的联系	人类24个器官的微生物GWAS和单细胞RNA测序数据，包括肝脏、胰腺、肺和肠道	生物信息学	NA	微生物GWAS、单细胞RNA测序、单核RNA测序	scBPS	基因组数据、转录组数据	207个微生物分类群和254种宿主细胞类型
157	2025-04-09	SLC27A2 marks lipid peroxidation in nasal epithelial cells driven by type 2 inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Apr-07, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01440-1 PMID:40195539	研究论文	本文揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中鼻息肉上皮细胞脂质代谢失调和脂质过氧化增加在疾病发病机制中的作用	发现SLC27A2/FATP2在鼻息肉上皮中的上调与脂质过氧化增加相关，并证实FATP2介导的脂质过氧化是CRSwNP中上皮功能障碍和炎症的关键驱动因素	研究主要基于RNA测序数据和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨CRSwNP的分子机制并寻找潜在治疗靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻息肉上皮细胞	分子病理学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
158	2025-04-09	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2025-Apr-07, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02148-8 PMID:40195561	research paper	介绍了一种名为CHOIR的新方法，用于从单细胞数据中检测细胞类型和状态，通过统计推断测试优化聚类结果	CHOIR通过随机森林分类器和置换测试在层次聚类树上统计确定代表不同细胞群体的聚类，解决了现有聚类工具缺乏统计推断测试的问题	NA	开发一种能够更有效识别单细胞数据中生物相关细胞群体的聚类方法	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、空间转录组和多组学数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、空间转录组和多组学技术	随机森林	单细胞数据	230个模拟数据集和5个真实数据集
159	2025-04-09	Microglia heterogeneity, modeling and cell-state annotation in development and neurodegeneration 2025-Apr-07, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01931-4 PMID:40195564	综述	本文综述了当前对小胶质细胞转录异质性的理解，并概述了小鼠和人类小胶质细胞在发育、神经退行性疾病、性别和中枢神经系统区域方面的多样性	提供了基于基因表达的小胶质细胞状态注释工具和建议，以及先进技术和模型系统的见解	NA	探讨小胶质细胞在健康和疾病中的转录异质性及其功能动态	小鼠和人类的小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
160	2025-04-09	Age-dependent glial heterogeneity and traumatic injury responses in a vertebrate brain structure 2025-Apr-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115508 PMID:40198221	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱分析了斑马鱼中脑视顶盖中三种主要胶质细胞在生理和创伤性脑损伤（TBI）条件下的动态变化，揭示了年龄依赖性胶质细胞亚型和状态对TBI的差异响应	首次提供了脊椎动物大脑中TBI诱导的年龄相关胶质动态的分子和细胞框架，并鉴定了dla-notch3和cxcl12a-cxcr4b相互作用在胶质细胞对TBI响应中的关键作用	研究仅针对斑马鱼模型，结果在人类或其他高等脊椎动物中的适用性需要进一步验证	探究年龄如何影响胶质细胞动态及其对创伤性脑损伤的响应	斑马鱼中脑视顶盖中的三种主要胶质细胞	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞转录组测序, CRISPR-Cas9基因编辑	斑马鱼模型	转录组数据	四个胚胎后生命阶段的斑马鱼中脑视顶盖样本