单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1561	2025-03-15	Single-cell analysis identifies MKI67+ microglia as drivers of neovascularization in proliferative diabetic retinopathy 2025-Mar-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06320-w PMID:40069725	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别并表征了与乳酸代谢相关的细胞类型，揭示了MKI67+小胶质细胞在糖尿病视网膜病变中的新血管生成作用	首次识别出一种新型小胶质细胞亚群MKI67+小胶质细胞，该细胞群在乳酸代谢和增殖相关基因表达上显著上调，并通过SPP1-ITGA4信号通路与内皮细胞相互作用促进血管生成	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证，且高糖条件模拟的微环境可能与实际病理环境存在差异	探讨乳酸代谢在糖尿病视网膜病变中的具体作用机制，特别是其对病理性新血管生成的影响	糖尿病视网膜病变患者和小鼠模型	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1562	2025-03-15	AnomalGRN: deciphering single-cell gene regulation network with graph anomaly detection 2025-Mar-11, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02177-z PMID:40069807	研究论文	本文介绍了AnomalGRN模型，通过图异常检测技术解析单细胞基因调控网络	首次将异常检测技术应用于基因调控网络分析，通过余弦度量规则区分节点间的同质性和异质性，并采用图结构稀疏化技术减少噪声数据的影响	未提及具体的数据集或实验结果的局限性	解析单细胞基因调控网络中的复杂调控机制	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	AnomalGRN	基因表达数据	NA
1563	2025-03-15	Young fibroblast-derived migrasomes alleviate keratinocyte senescence and enhance wound healing in aged skin 2025-Mar-11, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03293-2 PMID:40069826	研究论文	本文探讨了细胞衰老与迁移体形成之间的关系，并研究了年轻成纤维细胞来源的迁移体对衰老角质形成细胞及老年皮肤伤口愈合的影响	首次揭示了细胞衰老与迁移体形成之间的关系，并发现年轻成纤维细胞来源的迁移体能够减轻角质形成细胞的衰老并促进老年皮肤的伤口愈合	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探索细胞衰老与迁移体形成的关系，并研究年轻成纤维细胞来源的迁移体对老年皮肤伤口愈合的影响	成纤维细胞、角质形成细胞、老年皮肤	细胞生物学	皮肤老化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫组化（mIHC）、透射电子显微镜（TEM）、扫描电子显微镜（SEM）	NA	RNA测序数据、显微镜图像	小鼠皮肤样本、HaCaT细胞
1564	2025-03-15	Single-cell transcriptomics analysis reveals that the tumor-infiltrating B cells determine the indolent fate of papillary thyroid carcinoma 2025-Mar-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03341-7 PMID:40069827	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了肿瘤浸润B细胞在决定乳头状甲状腺癌（PTC）惰性命运中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术系统分析了早期PTC肿瘤中的细胞差异，并发现肿瘤浸润B细胞特别是生发中心B细胞在惰性PTC中的重要作用	样本量相对较小，仅分析了10个早期PTC肿瘤，验证集也仅有25个肿瘤	识别惰性和进展性PTC之间的差异，寻找新的生物标志物和治疗策略靶点	早期乳头状甲状腺癌（PTC）肿瘤	数字病理	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），细胞共培养，迁移实验，免疫荧光染色，流式细胞术，TCGA数据分析	NA	单细胞RNA测序数据，TCGA数据	10个早期PTC肿瘤（初步分析），25个肿瘤（验证集）
1565	2025-03-15	Single-cell transcriptomics reveals the cellular dynamics of hexafluoropropylene oxide dimer acid in exerting mouse male reproductive toxicity 2025-Mar-11, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-025-01177-x PMID:40069855	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了六氟环氧丙烷二聚酸（GenX）对小鼠雄性生殖系统的毒性作用及其潜在的细胞和分子调控机制	首次系统地描述了GenX暴露对小鼠睾丸的细胞动态和转录组变化的影响，提供了理解其生殖毒性的宝贵资源	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的数据	探索GenX暴露引起的雄性生殖毒性及其背后的细胞和分子调控机制	正常发育的小鼠	生物信息学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1566	2025-03-15	Enhanced mitochondrial function and delivery from adipose-derived stem cell spheres via the EZH2-H3K27me3-PPARγ pathway for advanced therapy 2025-Mar-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04164-1 PMID:40069892	研究论文	本研究探讨了通过EZH2-H3K27me3-PPARγ途径增强脂肪来源干细胞（ASCs）球体的线粒体功能和递送效率，以用于高级治疗	揭示了ASCs球体形成通过EZH2-H3K27me3-PPARγ途径增强线粒体功能和递送效率的机制，为再生医学提供了新的治疗策略	研究主要基于体外实验，未涉及体内实验验证	阐明ASCs球体形成如何增强线粒体功能、递送和救援效率	人类脂肪来源干细胞（ASCs）	再生医学	NA	单细胞RNA测序、Ingenuity Pathway Analysis (IPA)、分子技术、MitoTracker染色、Seahorse XF分析、ATP发光测定	NA	基因表达数据、蛋白质数据	NA
1567	2025-03-15	PbImpute: Precise Zero Discrimination and Balanced Imputation in Single-Cell RNA Sequencing Data 2025-Mar-10, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.4c02125 PMID:39957720	研究论文	本文提出了一种名为PbImpute的精确平衡插补方法，用于解决单细胞RNA测序数据中的零计数问题	PbImpute方法通过结合零膨胀负二项分布模型和静态与动态修复机制，实现了技术性丢失与生物性零值的精确区分与平衡插补	NA	提高单细胞RNA测序数据插补的准确性，以改善细胞亚群的识别和差异表达基因的检测	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	零膨胀负二项分布模型, 图嵌入神经网络	单细胞RNA测序数据	模拟和真实的单细胞RNA测序数据集
1568	2025-03-15	Integrative bioinformatics analysis reveals mitochondrial-Immune crosstalk in depression and stroke: a multi-omics mechanistic exploration 2025-Mar-08, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111308 PMID:40058518	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了线粒体代谢与免疫相关炎症在抑郁症和中风中的复杂相互作用	首次整合多组学数据，揭示了线粒体代谢与免疫微环境在抑郁症和中风中的相互作用，并识别了十个关键基因和潜在药物靶点	研究主要依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明线粒体代谢和免疫微环境在抑郁症和中风发病机制中的具体作用及其相互作用	抑郁症和中风患者	生物信息学	抑郁症, 中风	基因表达谱分析, 单细胞RNA测序, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	抑郁症和中风数据集中的基因表达数据
1569	2025-03-15	Pharmacological blocking of microfibrillar-associated protein 4 reduces retinal neoangiogenesis and vascular leakage 2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.038 PMID:39863929	研究论文	本文研究了通过药理学方法阻断微纤维相关蛋白4（MFAP4）对视网膜新生血管和血管渗漏的影响	首次展示了抗MFAP4抗体hAS0326在抑制视网膜新生血管和血管渗漏中的潜在治疗效果	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行临床试验	探索MFAP4在视网膜疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力	视网膜新生血管和血管渗漏	药理学	视网膜疾病	单细胞转录组学	NA	实验数据	激光诱导的脉络膜新生血管小鼠模型、链脲佐菌素诱导的视网膜病变模型、DL-2-氨基己二酸诱导的视网膜病变非人灵长类模型
1570	2025-03-15	Tissue nanotransfection-based endothelial PLCγ2-targeted epigenetic gene editing rescues perfusion and diabetic ischemic wound healing 2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.034 PMID:39863930	研究论文	本研究探讨了通过组织纳米转染技术（TNT）进行内皮PLCγ2靶向表观遗传基因编辑，以改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合	首次使用CRISPR-dCas9去甲基化鸡尾酒结合TNT技术，针对糖尿病伤口边缘的内皮细胞PLCγ2基因进行特异性去甲基化，以增强VEGF治疗的血管新生效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合	糖尿病缺血性伤口的内皮细胞	表观遗传学	糖尿病	CRISPR-dCas9去甲基化、组织纳米转染（TNT）技术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
1571	2025-03-15	Single-cell copy number calling and event history reconstruction 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf072 PMID:39946094	研究论文	本文介绍了一种名为SCICoNE的统计模型和MCMC算法，用于从浅层全基因组DNA测序数据中进行单细胞拷贝数分析	SCICoNE能够重建肿瘤中拷贝数事件的历史，并利用这些进化关系识别单个细胞的拷贝数谱	NA	开发个性化且精确的癌症诊断和治疗方法	肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	浅层全基因组DNA测序	MCMC算法	DNA测序数据	两个乳腺癌样本
1572	2025-03-15	AsaruSim: a single-cell and spatial RNA-Seq Nanopore long-reads simulation workflow 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf087 PMID:39985444	研究论文	本文介绍了一个名为AsaruSim的工作流程，用于模拟单细胞和空间RNA-Seq Nanopore长读数据集	AsaruSim是首个能够有效模拟scRNAseq长读数据集复杂性的高级模拟工具，填补了该领域的空白	尽管AsaruSim能够准确模拟实验数据，但其在更广泛数据集上的适用性和性能仍需进一步验证	开发一个模拟工具，用于评估和优化单细胞长读研究中的异构体检测方法	单细胞长读RNA-Seq数据集	生物信息学	NA	Oxford Nanopore长读测序技术	NA	RNA-Seq数据	人类外周血单核细胞数据集
1573	2025-03-15	COME: contrastive mapping learning for spatial reconstruction of single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf083 PMID:39992219	研究论文	本文介绍了一种名为COME的对比映射学习方法，用于从单细胞RNA测序数据中恢复空间信息	COME方法通过对比映射学习，有效地捕捉了细胞与位置之间的关系，并在恢复单细胞RNA测序数据的空间位置方面优于现有方法	NA	研究旨在通过单细胞RNA测序和空间转录组数据的知识转移，恢复单细胞RNA测序数据中的空间信息	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组技术（ST）	对比映射学习	基因表达数据	NA
1574	2025-03-15	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.17.608386 PMID:39229240	研究论文	本文通过多组学分析，包括单核转录组和染色质可及性测序以及空间分析，研究了食管腺癌（EAC）的疾病进展和治疗反应	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了这些细胞程序与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在外部的单细胞RNA-seq和批量RNA-seq研究中进一步验证	解析食管腺癌的疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组测序、染色质可及性测序、空间分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本
1575	2025-03-15	Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE 2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.25.640190 PMID:40060412	研究论文	本文介绍了一种名为iSCALE的方法，用于预测超分辨率基因表达并自动注释大尺寸组织的细胞级组织结构，解决了现有空间转录组学平台的高成本、长周转时间、低分辨率、有限基因覆盖和小组织捕获区域的问题	iSCALE方法能够预测超分辨率基因表达并自动注释大尺寸组织的细胞级组织结构，突破了现有空间转录组学平台的限制	NA	开发一种能够分析大尺寸组织并自动注释细胞级组织结构的方法，以克服现有空间转录组学平台的局限性	大尺寸组织，特别是多发性硬化症人类脑样本	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	基因表达数据	多发性硬化症人类脑样本
1576	2025-03-15	Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis 2025-Mar-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553 PMID:39991825	研究论文	本研究通过两样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析，识别了肝细胞癌中的因果血浆蛋白	利用UK Biobank Pharma Proteomics Project的蛋白质组数据，结合单细胞RNA测序数据进行验证，并通过分子对接发现潜在药物	NA	识别肝细胞癌中的因果血浆蛋白	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	两样本孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	UK Biobank Pharma Proteomics Project的数据
1577	2025-03-15	Effects of maternal edible THC consumption on offspring lung growth and function in a rhesus macaque model 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00360.2024 PMID:39903192	研究论文	本研究探讨了母体食用THC对后代肺发育和功能的影响，使用恒河猴模型进行实验	首次在恒河猴模型中系统研究母体食用THC对后代肺发育和功能的长期影响，并揭示了相关的分子机制	研究样本量较小，且仅针对恒河猴模型，结果可能无法完全推广到人类	确定母体在孕期食用THC是否对后代肺发育和功能产生负面影响	恒河猴及其后代	生物医学研究	肺发育异常	MRI, bulk RNAseq, whole genome bisulfite sequencing, spatial RNAseq	恒河猴模型	影像数据、分子数据	未明确说明具体数量，但涉及母体恒河猴及其后代
1578	2025-03-15	Spatial transcriptome and single-cell RNA sequencing reveal the molecular basis of cotton fiber initiation development 2025-Mar, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70064 PMID:40084712	研究论文	本文通过空间转录组和单细胞RNA测序技术，揭示了棉花纤维起始发育的分子基础	成功构建了棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的空间转录组图谱，并结合单细胞RNA测序数据，揭示了纤维发育的关键基因SVB和SVBL的功能冗余	NA	研究棉花纤维起始发育的分子机制	棉花胚珠和纤维细胞	植物发育生物学	NA	空间转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	棉花胚珠在-1 DPA、0 DPA和1 DPA的样本
1579	2025-03-15	Mitochondrial Regulator CRIF1 Plays a Critical Role in the Development and Homeostasis of Alveolar Macrophages via Maintaining Metabolic Fitness 2025-Feb, Immune network IF:4.3Q2 DOI:10.4110/in.2025.25.e9 PMID:40078782	研究论文	本研究探讨了线粒体调节因子CRIF1在肺泡巨噬细胞（AMs）发育和稳态中的关键作用，特别是通过维持代谢适应性来支持其功能	首次揭示了CRIF1作为特定调节因子在肺泡巨噬细胞中的独特作用，区别于其他广泛作用的线粒体调节因子	研究主要基于小鼠模型，未在人类样本中验证CRIF1的作用	探索CRIF1在肺泡巨噬细胞代谢适应性和功能维持中的具体作用	肺泡巨噬细胞（AMs）	细胞生物学	肺疾病	单细胞RNA测序和转录组分析	NA	RNA测序数据	NA
1580	2025-03-15	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomes uncovers clinically relevant molecular subtypes in human prostate cancer 2025-Jan-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.01.07 PMID:40078560	研究论文	本文通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了人类前列腺癌中临床相关的分子亚型	整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，建立了一个分子分类系统，揭示了前列腺癌的分子亚型及其临床意义	样本量相对较小，特别是CRPC肿瘤的样本数量有限	揭示前列腺癌的分子亚型及其临床意义，以促进精准肿瘤学的发展	前列腺癌组织和正常前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类分析	转录组数据	10个未经治疗的原发性前列腺癌组织，3个正常前列腺组织，2个未经治疗的原发性前列腺癌组织，6个CRPC肿瘤