单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 10788 篇文献,本页显示第 1561 - 1580 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1561 2025-12-17
HLA-DQB1*03:01 strongly affects age of onset of type 1 narcolepsy independently of DQA1 and ethnicity
2025-Jun-16, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本研究探讨了HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响,通过跨种族数据分析发现该等位基因独立于DQA1和种族背景,显著降低发病年龄 首次进行跨种族研究,发现HLA-DQB1*03:01对发病年龄的强烈且独立影响,并通过TCR分析揭示了其可能的作用机制 研究依赖于已收集的数据集,且尚未直接识别导致疾病的T细胞,限制了病理生理机制的深入理解 探究HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响及其与种族和DQA1的独立性 5,339例来自中国、欧洲、韩国、日本和美国的1型发作性睡病患者 遗传学与免疫学 发作性睡病 GWAS, HLA等位基因推算, TCR分析, 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA 遗传数据, RNA-seq数据 5,339例患者 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
1562 2025-12-17
Spatial Transcriptomics Unveils the Blueprint of Mammalian Lung Development
2025-06-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 本研究构建了小鼠肺发育从早期假腺期到肺泡期的全面空间转录组图谱,揭示了基因表达的空间模式、转录因子调控网络及细胞间通讯的动态变化 首次整合空间转录组与空间表观基因组数据,识别了早期肺发育中关键的上皮祖细胞eRegulons,并揭示了胶原通路在肺泡AT1和AT2细胞空间汇聚形成初级肺泡中的作用机制 研究仅基于小鼠模型,其发现向人类肺发育的转化仍需进一步验证;空间分辨率可能不足以解析所有细胞亚型的微环境 解析哺乳动物肺发育过程中空间基因表达模式与调控机制 小鼠肺组织 空间转录组学 NA 空间转录组学,空间表观基因组学 NA 空间转录组数据,表观基因组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1563 2025-12-17
An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过整合新数据集与已发表数据,构建了一个更新且经过空间验证的Hydractinia symbiolongicarpus体细胞单细胞图谱 整合固定细胞与活细胞数据,显著扩大了细胞数量与转录组深度,发现了新的假定免疫细胞群、神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群、一个匍匐茎特异性细胞类型,并完整解析了刺细胞的发育轨迹 未明确提及,但可能涉及样本类型(仅来自摄食息肉和匍匐茎组织)或技术整合的潜在偏差 构建一个更全面、经过空间验证的单细胞图谱,以深入理解Hydractinia symbiolongicarpus的细胞多样性和动态变化 Hydractinia symbiolongicarpus(一种用于干细胞和再生研究的刺胞动物模型)的体细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 超过47,000个细胞,来自摄食息肉和匍匐茎组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1564 2025-12-17
Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序揭示了新生儿期吗啡暴露导致青少年小鼠中脑基因表达广泛改变,以及益生菌干预如何逆转这些改变 首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集,揭示了益生菌对早期阿片类药物暴露的神经发育影响的逆转作用 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本,且机制探索可能不够深入 探究新生儿吗啡暴露对青少年疼痛通路的长期神经发育影响,以及益生菌干预的潜在治疗作用 青少年小鼠的中脑单细胞 单细胞转录组学 疼痛相关疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 107,427个中脑单细胞,来自新生儿期暴露于盐水、吗啡或吗啡加益生菌的青少年小鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1565 2025-12-17
EryDB: A Transcriptomic Profile Database for Erythropoiesis and Erythroid-related Diseases
2025-05-30, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 本文介绍了EryDB,一个专为红细胞生成和红细胞相关疾病设计的开放获取转录组数据库,整合了多种物种和疾病的数据 EryDB是首个全面整合红细胞生成和红细胞相关疾病转录组数据的数据库,支持单细胞和批量RNA测序数据的计算分析 数据库目前仅包含三个物种的数据,可能未覆盖所有相关疾病或组织类型 构建一个综合数据库以促进红细胞生成和红细胞相关疾病的基因表达数据挖掘和大规模研究 红细胞生成过程、红细胞相关疾病以及来自人类、小鼠和斑马鱼的转录组数据 生物信息学 红细胞相关疾病 RNA测序(包括单细胞和批量RNA测序) NA 转录组数据 3803个样本和1,187,119个单细胞,来自107项公共研究 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
1566 2025-12-17
Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过多模态单细胞测序和刺激实验,定义了来自不同组织(肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结)的人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性特征 首次系统性地定义了人类黏膜和淋巴器官中巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性转录和蛋白特征,并揭示了这些特征在极化刺激下仍能保持 研究样本来自器官捐献者,可能无法完全反映所有生理或病理状态;研究聚焦于特定器官,未涵盖所有组织类型 阐明人类巨噬细胞在不同组织(尤其是黏膜和淋巴器官)中的身份如何与其居住部位耦合,并在激活和极化过程中维持 从器官捐献者分离的肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结组织中的巨噬细胞和单核细胞 单细胞组学 NA 多模态单细胞测序,刺激实验 NA 单细胞转录组数据,蛋白数据 来自个体器官捐献者的多个组织样本(肺、小肠、脾、骨髓、淋巴结) NA 单细胞测序 NA NA
1567 2025-12-17
CIEC: Cross-tissue Immune Cell Type Enrichment and Expression Map Visualization for Cancer
2025-05-10, Genomics, proteomics & bioinformatics
研究论文 本文介绍了一个名为CIEC的基于网络的应用程序,用于跨组织免疫细胞类型或状态的富集分析和可视化,以探索癌症患者的免疫细胞特征 首次开发了一个集成数据库和富集分析的网络应用程序,用于估计跨组织免疫细胞类型或状态,并提供了多组织免疫细胞特征的全面分析界面 样本量相对有限(323名患者),且仅覆盖了特定癌症类型和组织的480个样本,可能无法代表所有癌症或免疫细胞状态 通过整合单细胞转录组测序数据,构建跨组织免疫细胞类型/状态图谱,以深入理解肿瘤免疫系统并指导癌症免疫生物标志物开发和免疫治疗策略 癌症患者的免疫细胞,包括来自原发性肿瘤、邻近正常组织、淋巴结、转移组织和外周血的样本 生物信息学 癌症 单细胞转录组测序 KOBAS算法 单细胞RNA-seq数据 323名癌症患者的480个样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1568 2025-12-17
GUIDING CLUSTERING AND ANNOTATION IN SINGLE-CELL RNA SEQUENCING USING THE AVERAGE OVERLAP METRIC
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种基于平均重叠度量的方法,用于指导单细胞RNA测序中的聚类和注释,以改进细胞类型的定义和生物解释 引入平均重叠度量来比较差异表达基因的排名列表,从而定义单细胞簇之间的距离,提高了在高度同质群体中检测微小亚群的能力 方法在未知细胞身份的未排序数据中应用时,可能仍面临聚类分辨率的挑战,且主要针对T细胞群体进行了验证 开发一种稳健的方法来比较和注释单细胞RNA测序中推断的细胞簇,以准确识别细胞类型和亚群 T细胞群体,包括高度相似但不同的T细胞亚群和未排序小鼠胸腺细胞中的T细胞发育阶段 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序 无监督聚类算法 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1569 2025-12-17
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Feb-20, Research square
研究论文 本文提出了一种名为随机空间主成分分析(RASP)的计算高效方法,用于高分辨率空间转录组数据的降维处理 RASP采用随机化两阶段PCA框架,结合稀疏矩阵运算和可配置的空间平滑,相比现有方法计算速度提升数个数量级,可处理超过10万个空间位置的数据,并支持非转录组协变量的灵活整合 NA 开发一种计算高效的空间感知降维方法,以促进高分辨率空间转录组数据的分析 人类和小鼠组织的空间转录组数据 空间转录组学 NA 空间转录组学 随机化主成分分析(PCA) 空间基因表达数据 NA 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium, 10x Xenium 10x Visium, 10x Xenium, 以及Stereo-Seq和MERFISH技术
1570 2025-12-17
A Bi-Specific T Cell-Engaging Antibody Shows Potent Activity, Specificity, and Tumor Microenvironment Remodeling in Experimental Syngeneic and Genetically Engineered Models of GBM
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究开发了一种靶向IL13Rα2的双特异性T细胞衔接抗体,并在具有完整免疫系统的胶质母细胞瘤小鼠模型中评估了其疗效、作用机制及对肿瘤微环境的重塑作用 首次在具有完整免疫系统的原位胶质瘤和基因工程小鼠模型中,系统评估了双特异性T细胞衔接抗体的治疗机制及其对免疫抑制性肿瘤微环境的调控作用 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证;且仅针对IL13Rα2这一靶点 探究双特异性T细胞衔接抗体在胶质母细胞瘤中的治疗机制及对肿瘤微环境的影响 表达IL13Rα2的胶质母细胞瘤细胞、小鼠T细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞 NA 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序、多色流式细胞术、多重免疫荧光、多参数磁共振成像 NA 基因表达数据、影像数据、细胞表型数据 多个临床前胶质母细胞瘤模型中的小鼠样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1571 2025-12-17
Pathogenesis of Germinal Matrix Hemorrhage: Insights from Single-Cell Transcriptomics
2025-01, Annual review of pathology
综述 本文综述了利用单细胞转录组学揭示产前人脑生发基质中神经发生和血管生成的新机制,以及免疫-血管相互作用在其中的关键角色 应用单细胞转录组学技术,首次系统揭示了生发基质中免疫-血管相互作用在血管形态发生中的关键作用,以及促炎因子如何破坏该过程导致出血 本文为综述性文章,主要总结现有研究进展,未报告新的原始实验数据 阐明早产儿生发基质出血的发病机制,探索潜在治疗干预靶点 产前人脑生发基质的神经干细胞、血管细胞及免疫细胞 单细胞组学 新生儿脑出血 单细胞转录组测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1572 2025-12-17
Challenges and Opportunities in the Clinical Translation of High-Resolution Spatial Transcriptomics
2025-01, Annual review of pathology
综述 本文综述了高分辨率空间转录组学技术在临床转化中的挑战与机遇,探讨了其在疾病机制识别和个性化治疗指导方面的潜力 强调了空间转录组学作为分子显微镜在亚细胞分辨率下数字化基因表达的革命性发展,并讨论了多模态数据与深度学习整合的前景 指出了高分辨率空间转录组学技术快速临床转化中仍存在的挑战,如技术整合和临床研究设计复杂性 旨在推动空间转录组学技术在临床病理学中的应用,以实现对组织生物学和病理学的整体理解 常规收集和存档的临床样本,包括完整组织切片 数字病理学 NA 空间转录组学技术 深度学习 基因表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
1573 2025-12-17
Significance of SUMOylation in breast cancer progression: a comprehensive investigation using single-cell analysis and bioinformatics
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究利用bulk和单细胞RNA测序,结合生物信息学方法,全面探究了SUMOylation在乳腺癌进展中的作用,并鉴定了预后生物标志物和潜在治疗靶点 首次通过整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和机器学习方法,系统性地鉴定了与乳腺癌SUMOylation相关的枢纽基因,并基于这些基因的表达模式将患者分为具有不同预后、免疫和药物反应特征的分子亚型 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床队列验证;单细胞分析样本量相对有限;功能实验验证不足 探究SUMOylation在乳腺癌进展中的分子网络,鉴定预后生物标志物和潜在治疗应用 乳腺癌组织和正常乳腺组织 生物信息学 乳腺癌 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 机器学习 机器学习(未指定具体模型) 转录组数据 1,445个乳腺癌样本和113个正常样本(bulk RNA-seq);单细胞RNA-seq样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
1574 2025-12-16
Molecular glue degrader function of SPOP inhibitors enhances STING-dependent immunotherapy efficacy in melanoma models
2025-Dec-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究揭示了SPOP通过降解STING促进黑色素瘤生长,并发现SPOP抑制剂可作为分子胶降解剂增强STING依赖性免疫治疗效果 首次发现SPOP抑制剂具有分子胶降解剂功能,能重定向SPOP降解新底物如CBX4,从而增强DNA损伤和先天免疫反应 研究主要基于小鼠黑色素瘤模型,人类临床相关性尚需进一步验证 探索SPOP在肿瘤免疫中的作用及其抑制剂在免疫治疗中的潜在应用 黑色素瘤细胞、小鼠B16肿瘤模型、STING蛋白、CBX4蛋白 癌症免疫学 黑色素瘤 单细胞RNA测序、免疫检查点阻断、CAR-T细胞疗法 NA RNA-seq数据、免疫细胞浸润数据 小鼠B16肿瘤模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1575 2025-12-16
Artificial Intelligence and Multimodality Data Integration Decipher Tertiary Lymphoid Structure Maturity in Gastric Cancer
2025-Dec-15, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 本研究开发了一种基于Transformer的深度学习模型,用于从胃腺癌全切片图像中定量表征三级淋巴结构(TLS)的成熟度,并结合多组学数据揭示了成熟TLS中关键的免疫细胞相互作用 首次开发了基于Transformer的AI模型来自动化评估胃腺癌中TLS成熟度,并通过整合单细胞RNA测序、多重免疫组化、流式细胞术和功能共培养实验,揭示了CD8+组织驻留记忆T细胞与B细胞通过CXCL13-CXCR5轴形成的免疫回路 样本量相对有限(单细胞RNA测序仅来自17例患者),且模型在外部验证队列中的泛化能力未明确说明 开发自动化工具以评估胃腺癌中三级淋巴结构的成熟度,并探究其与患者预后及抗肿瘤免疫机制的关系 胃腺癌患者组织样本及其相关的多模态数据 数字病理学 胃腺癌 单细胞RNA测序, 多重免疫组化, 流式细胞术, 功能共培养实验 Transformer 图像, 基因表达数据, 蛋白质表达数据 253例胃腺癌患者(全切片图像),其中17例进行了单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1576 2025-12-16
The cell-type-specific genetic architecture of chronic pain in brain and dorsal root ganglia
2025-Dec-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究整合了慢性疼痛的GWAS数据与人类大脑和背根神经节的单细胞RNA测序数据,揭示了慢性疼痛在特定细胞类型中的遗传结构 通过整合GWAS与单细胞测序数据,首次系统性地揭示了慢性疼痛在中央和周围神经系统特定细胞类型中的遗传富集模式,包括谷氨酸能神经元和特定神经元亚型 研究主要基于相关性分析,未进行功能验证实验;样本来源和数量可能限制结果的普适性;依赖动物模型数据可能不完全反映人类生物学 探究慢性疼痛在细胞类型特异性层面的遗传基础,以理解其病理机制 人类大脑、背根神经节(hDRG)、小鼠背角组织 生物信息学 慢性疼痛 GWAS, 单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 单细胞染色质可及性分析 NA 基因组关联数据, 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞染色质可及性分析 NA NA
1577 2025-12-16
IL-17-producing γδ T cells in the tumor microenvironment promote radioresistance in mice
2025-Dec-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究揭示了肿瘤微环境中产生IL-17的γδ T细胞通过招募髓源性抑制细胞促进小鼠放疗抵抗的机制 首次阐明了放疗后肿瘤微环境中γδ T细胞通过产生IL-17A促进放疗抵抗的具体机制,并发现肿瘤细胞来源的微粒通过cGAS-STING/NF-κB通路调控CCL20表达的关键作用 研究基于小鼠模型,在人体中的适用性有待验证;机制研究主要集中在γδ T细胞和巨噬细胞的相互作用,其他免疫细胞的作用可能未完全涵盖 探究γδ T细胞在肿瘤放疗抵抗中的作用机制 小鼠肿瘤模型中的γδ T细胞、髓源性抑制细胞、巨噬细胞及肿瘤细胞 肿瘤免疫学 癌症 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1578 2025-12-16
Distinct Cellular and Molecular Patterns in Pretreatment Peripheral Blood Are Associated with CAR T-cell Outcomes in Diffuse Large B-cell Lymphoma
2025-Dec-15, Cancer research IF:12.5Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了弥漫性大B细胞淋巴瘤患者治疗前外周血样本和CAR T细胞产品,揭示了与临床结局相关的分子和细胞特征 首次在单细胞水平上系统关联了治疗前外周血免疫特征与CAR T细胞治疗结局,并识别了与良好反应相关的B细胞存在 样本量相对有限(57例患者),且为观察性研究,需要更大规模的前瞻性验证 探究CAR T细胞治疗在弥漫性大B细胞淋巴瘤中反应和耐药的决定因素 57例弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的治疗前外周血样本和抗CD19 CAR T细胞产品 单细胞组学 弥漫性大B细胞淋巴瘤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 57例弥漫性大B细胞淋巴瘤患者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1579 2025-12-16
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals RNA-Binding Protein Dysregulation in Immune Checkpoint Inhibitor-Induced Colitis
2025-Dec-15, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2
研究论文 本文通过单细胞转录组分析揭示了RNA结合蛋白在免疫检查点抑制剂诱导的结肠炎中的失调作用 首次系统性地在单细胞水平上鉴定了免疫检查点抑制剂诱导结肠炎中RNA结合蛋白的细胞类型特异性表达模式,并识别出与疾病相关的关键RBP簇和分子 研究基于已发表的单细胞RNA测序数据进行重新分析,未进行实验验证,且样本来源和数量可能有限 探究RNA结合蛋白在免疫检查点抑制剂诱导的结肠炎发病机制中的作用 从免疫检查点抑制剂结肠炎患者、免疫检查点抑制剂治疗非结肠炎患者和健康对照中分离的CD45+免疫细胞 数字病理学 结肠炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 来自免疫检查点抑制剂结肠炎患者、免疫检查点抑制剂治疗非结肠炎患者和健康对照的CD45+免疫细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1580 2025-12-16
Single-cell RNA sequencing informs precision targeting of monogenic lupus associated with IKZF1 haploinsufficiency
2025-Dec-15, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,探究了由IKZF1单倍体不足驱动的单基因狼疮患者的免疫失调机制 首次将单细胞RNA测序应用于IKZF1单倍体不足相关的单基因狼疮患者,揭示了B细胞和T细胞的特定失调模式,并基于此提出了精准靶向治疗策略 研究仅基于一名儿科患者,样本量较小,限制了结果的普适性 探究IKZF1单倍体不足导致的单基因狼疮的免疫失调机制,并为精准治疗提供依据 IKZF1单倍体不足的儿科狼疮患者、无已知基因突变的狼疮病例及健康对照者的外周免疫细胞 数字病理学 狼疮 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 一名IKZF1单倍体不足患者、多名狼疮病例及健康对照者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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