单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1541	2025-03-15	Single-cell RNA sequencing revealed changes in the tumor microenvironment induced by radiotherapy for cervical cancer and the molecular mechanism of mast cells in immunosuppression 2025-Mar-14, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01564-7 PMID:40082276	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了宫颈癌患者放疗前后肿瘤微环境的变化，揭示了放疗诱导的细胞异质性及其分子机制	首次应用单细胞RNA测序技术分析宫颈癌患者放疗前后的组织样本，揭示了放疗后肿瘤微环境中细胞组成和基因表达的变化，特别是肥大细胞的上调及其在肿瘤免疫抑制和基质重塑中的关键作用	样本量较小，仅包括三名宫颈癌患者，可能影响结果的普遍性	研究宫颈癌放疗后肿瘤微环境的变化，以提供改善放疗治疗效果的证据	宫颈癌患者放疗前后的组织样本	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三名宫颈癌患者的52,506个细胞
1542	2025-03-15	Gene print-based cell subtypes annotation of human disease across heterogeneous datasets with gPRINT 2025-Mar-14, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf001 PMID:40083145	研究论文	本研究开发了gPRINT算法，用于在异质单细胞数据集中统一注释疾病特异性细胞亚型（DSCSs）	gPRINT算法受语音识别原理启发，将基因位置和表达信息转化为声纹，结合神经网络减少背景噪音对细胞身份标签映射的影响，实现了跨数据集自动细胞亚型注释	NA	开发一种自动化且统一的方法，用于跨数据集识别疾病特异性细胞亚型，以促进不同疾病状态下特定细胞亚型的阐明，并为探索疾病治疗靶点提供有力工具	人类疾病中的细胞亚型	生物信息学	纤维化相关疾病	单细胞测序	神经网络	单细胞基因表达数据	NA
1543	2025-03-15	Blocking ITGA5 potentiates the efficacy of anti-PD-1 therapy on glioblastoma by remodeling tumor-associated macrophages 2025-Mar-14, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70016 PMID:40084746	研究论文	本研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）对PD-1抗体治疗抵抗的分子机制，并发现通过阻断ITGA5可以增强抗PD-1治疗的疗效	揭示了circSDHAF2通过稳定ITGA5蛋白促进MES-GBM细胞形成，并通过N-糖基化促进ITGA5蛋白转运至外泌体，进而诱导SPP1+ MDMs的形成，最终促进GBM免疫逃逸的新机制	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学数据，尚未在更大规模的临床试验中验证	解析GBM对PD-1抗体治疗抵抗的分子机制，并探索新的免疫治疗策略	胶质母细胞瘤（GBM）组织中的MES-GBM细胞、SPP1+ MDMs和T细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、共免疫沉淀、RNA免疫沉淀、下拉实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	接受抗PD-1治疗的GBM组织样本
1544	2025-03-15	Recent Neuropathology Concepts 2025-Mar-13, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251320056 PMID:40079493	会议摘要	2024年欧洲毒理病理学会大会的最后一场会议专注于最新的神经病理学概念，涵盖了人工智能在毒理病理学中的应用、组织可视化和分析的新技术以及特定病例报告	介绍了人工智能和计算病理学在毒理病理学中的角色、冷冻荧光断层扫描在神经病理学中的应用、血脑屏障类器官在早期药物筛选中的应用以及空间转录组学在毒理病理学中的应用	NA	探讨新兴技术在药物筛选和开发中的当前和未来影响	毒理病理学家、神经病理学技术、药物筛选模型	数字病理	NA	人工智能、冷冻荧光断层扫描、血脑屏障类器官、空间转录组学	NA	组织图像、基因表达数据	NA
1545	2025-03-15	CO-Releasing Polyoxometalates Nanozyme with Gut Mucosal Immunity and Microbiota Homeostasis Remodeling Effects for Restoring Intestinal Barrier Integrity 2025-Mar-13, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500116 PMID:40079617	研究论文	本研究介绍了一种新型CO释放多金属氧酸盐纳米酶（PMC），用于修复炎症性肠病（IBD）中的肠道屏障完整性	PMC通过靶向积累、高效清除活性氧（ROS）和响应性CO释放，展现出多重治疗效果，并能够重塑肠道微生物组成和免疫平衡	研究未明确PMC在长期使用中的安全性和潜在副作用	开发一种多功能治疗剂，用于修复炎症性肠病中的肠道屏障完整性	炎症性肠病（IBD）患者	生物医学工程	炎症性肠病	16S rRNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	未明确样本数量
1546	2025-03-15	Exploring mechanisms of britannin against colorectal cancer based on experimentally validated network pharmacology 2025-Mar-13, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-03995-2 PMID:40080155	研究论文	本研究探讨了britannin对结直肠癌的治疗机制，结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，并通过体内外实验验证其效果	首次结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，系统地探讨了britannin对结直肠癌的治疗机制，并验证了其对肿瘤微环境的调节作用	研究主要基于实验模型，尚未在临床环境中验证britannin的效果	探索britannin在结直肠癌治疗中的机制	结直肠癌细胞及肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	网络药理学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1547	2025-03-15	Predictive and personalized approaches for idiopathic pulmonary fibrosis: a Wnt-related gene set scoring framework integrating single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and machine learning for diagnosis and prognosis 2025-Mar-13, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01571-8 PMID:40080215	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1548	2025-03-15	BMP-2 generates a functional bone marrow niche by inducing the differentiation of local mesenchymal cells into CAR cells 2025-Mar-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014062 PMID:40080674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和移植模型，首次证明BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）具有与长骨骨髓（LB-BM）相似的微结构、细胞组成和功能性造血能力	首次证明BMP-eBM能够支持造血干细胞和CXCL12丰富的网状细胞（CAR细胞），并能在辐照小鼠中恢复生存能力	未明确说明BMP-eBM在长期使用中的稳定性和安全性	研究BMP-2诱导的异位骨髓是否能够提供与天然骨髓相似的功能性骨髓微环境	BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）和长骨骨髓（LB-BM）	生物医学	骨髓相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	辐照小鼠模型
1549	2025-03-15	The High Expression of PD-1 Defines A Subpopulation of Tfh Cells Responding to COVID-19 Vaccine in Humans 2025-Mar-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf019 PMID:40080696	研究论文	本文研究了COVID-19疫苗在人体中诱导的Tfh细胞亚群，特别是高表达PD-1的Tfh细胞在增强体液免疫反应中的作用	发现了一组高表达PD-1的经典Tfh细胞，这些细胞在加强疫苗接种后被显著激活，并且其比例与抗体滴度水平相关	研究主要关注Tfh细胞，未涉及其他免疫细胞类型在疫苗反应中的作用	研究COVID-19疫苗诱导的Tfh细胞反应，特别是高表达PD-1的Tfh细胞在体液免疫中的作用	COVID-19疫苗接种后的Tfh细胞	免疫学	COVID-19	单细胞测序和流式细胞术	NA	单细胞数据	未明确说明样本数量
1550	2025-03-15	Cutaneous Granulomas: Mechanisms, Cellular Interactions, and Therapeutic Insights 2025-Mar-13, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf096 PMID:40080709	综述	本文综述了皮肤肉芽肿的形成机制、细胞相互作用及其治疗前景	本文通过整合最新研究成果，特别是单细胞RNA测序技术揭示的细胞异质性和分子途径，提供了对肉芽肿形成机制的新见解	尽管有这些进展，肉芽肿形成的精确过程及其功能意义仍不明确	探讨肉芽肿的形成机制及其在疾病中的作用，为开发新的治疗策略提供依据	皮肤肉芽肿	分子生物学	肉芽肿性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1551	2025-03-15	Deciphering the Premetastatic Lymphatic Niche of Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar-13, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241307894 PMID:40082761	研究论文	本研究通过建立小鼠模型和单细胞RNA测序，揭示了口腔鳞状细胞癌（OSCC）淋巴结转移前微环境中的细胞结构，特别是CD4+ Tex-pre细胞的作用	首次详细描述了OSCC淋巴结转移前微环境中的细胞结构，并发现了一种新的CD4+ T细胞亚群（CD4+ Tex-pre细胞）在转移前微环境中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要进一步在人类患者中进行验证	探索口腔鳞状细胞癌淋巴结转移前微环境的细胞结构及其在转移中的作用	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者和小鼠模型的淋巴结	数字病理	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	OSCC患者的淋巴结样本和小鼠模型
1552	2025-03-15	A high-resolution view of the immune and stromal cell response to Haemophilus ducreyi infection in human volunteers 2025-Mar-12, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03885-24 PMID:39882906	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学技术，研究了人类志愿者皮肤对杜克雷嗜血杆菌感染的免疫和基质细胞反应	首次在单细胞水平上定义了人类皮肤对细胞外细菌病原体感染的免疫浸润的高分辨率视图，并确定了在未能自发清除感染并形成脓疱的志愿者中存在的细胞类型	样本量较小，仅涉及五名志愿者，且空间转录组学数据仅来自其中四名	研究杜克雷嗜血杆菌感染人类皮肤后的免疫和基质细胞反应	人类志愿者皮肤	免疫学	皮肤感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据	五名志愿者的皮肤活检样本
1553	2025-03-15	Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction 2025-Mar-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.95566 PMID:40073070	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术在酵母中绘制了表达数量性状位点（eQTLs），揭示了生长与繁殖之间的权衡	开发了一种一锅法来通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）绘制eQTLs，并应用于三个杂交的超过100,000个单细胞，揭示了eQTL效应与细胞周期阶段之间的相互作用	研究仅限于酵母，可能不直接适用于其他生物体	研究基因变异对基因表达和下游性状的影响	酵母单细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	超过100,000个单细胞
1554	2025-03-15	A dataset of single-cell transcriptomic atlas of Bama pig and potential marker genes across seven tissues 2025-Mar-12, BMC genomic data IF:1.9Q3 DOI:10.1186/s12863-025-01308-3 PMID:40075302	研究论文	本研究利用单细胞和单核测序技术，对巴马猪的多种解剖组织和器官进行了单细胞转录组学研究，识别了独特的标记基因及其转录组特征	首次在巴马猪中应用单细胞和单核测序技术，全面分类了不同解剖组织和器官的细胞类型，并识别了潜在的标记基因	研究仅限于巴马猪的特定组织和器官，未涵盖所有可能的细胞类型和组织	通过单细胞转录组学研究，识别和预测巴马猪不同组织和器官中的潜在标记基因	巴马猪的皮下脂肪、内脏脂肪、腰大肌、肝脏、脾脏、肺和肾脏	单细胞转录组学	NA	单细胞测序、单核测序	NA	单细胞转录组数据	巴马猪的七种组织和器官
1555	2025-03-15	Integrated computational analysis identifies therapeutic targets with dual action in cancer cells and T cells 2025-Mar-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.007 PMID:40023158	研究论文	本文介绍了一种计算目标发现平台ICRAFT，用于识别既能抑制肿瘤进展又能增强抗肿瘤免疫的靶点	开发了ICRAFT平台，整合了免疫相关CRISPR筛选数据集、单细胞RNA测序数据和临床试验数据，用于系统级治疗靶点发现	未明确说明样本量及具体临床试验的局限性	识别既能增强癌细胞对免疫攻击的敏感性又能激活T细胞的治疗靶点	癌细胞和T细胞	生物信息学	癌症	CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序（RNA-seq）	NA	基因组数据、RNA测序数据	NA
1556	2025-03-15	Splenic TNF-α signaling potentiates the innate-to-adaptive transition of antiviral NK cells 2025-Mar-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.012 PMID:40023159	研究论文	本文研究了自然杀伤（NK）细胞在巨细胞病毒感染期间的激活过程，揭示了脾脏中TNF-α信号在NK细胞从先天免疫向适应性免疫转变中的关键作用	发现了脾脏中TNF-α信号通过两种不同的NF-κB信号通路调控NK细胞的先天效应和适应性分化，揭示了NK细胞在病毒感染期间从先天免疫向适应性免疫转变的机制	研究主要聚焦于脾脏中的NK细胞，未涉及其他组织中的NK细胞反应	探讨NK细胞在病毒感染期间的激活机制及其从先天免疫向适应性免疫的转变	自然杀伤（NK）细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
1557	2025-03-15	PLOD3 as a novel oncogene in prognostic and immune infiltration risk model based on multi-machine learning in cervical cancer 2025-Mar-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02031-2 PMID:40067513	研究论文	本研究基于多机器学习方法，开发了一种基于代谢相关基因的宫颈癌预后和免疫浸润风险模型，并发现PLOD3作为新的致癌基因	首次将多机器学习算法应用于宫颈癌的预后模型，结合代谢相关基因，发现PLOD3作为新的致癌基因，并揭示了其在肿瘤增殖中的作用	研究依赖于多数据库的整合数据，可能存在数据异质性问题，且模型的外部验证尚未进行	提高宫颈癌的预后准确性和治疗策略	宫颈癌患者及其代谢相关基因	机器学习	宫颈癌	基因组学、转录组学、空间转录组学、单细胞分析	随机生存森林、监督主成分分析	基因组数据、转录组数据、空间数据	112个关键代谢基因，337个关键基因
1558	2025-03-15	Infusing structural assumptions into dimensionality reduction for single-cell RNA sequencing data to identify small gene sets 2025-Mar-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07872-9 PMID:40069486	研究论文	本文提出了一种结合无监督深度学习和增强方法的提升自编码器（BAE）方法，用于单细胞RNA测序数据的降维，以识别小基因集	提出了提升自编码器（BAE）方法，结合无监督深度学习和增强方法，能够在降维过程中融入生物学合理的假设	未明确提及具体局限性	探索单细胞RNA测序数据中的细胞异质性，识别小基因集	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自编码器（Autoencoder）	基因表达数据	未明确提及样本数量
1559	2025-03-15	PTN activity in quiescent neural stem cells mediates Shank3 overexpression-induced manic behavior 2025-Mar-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57699-5 PMID:40069581	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了Shank3过表达导致的躁狂小鼠模型中静息神经干细胞（qNSC）数量增加引起的异常成体神经发生，并发现由失调的qNSCs释放的过多多效生长因子（PTN）是导致Shank3过表达小鼠模型中躁狂样表型的关键因素	首次发现PTN在qNSCs中的活性调控对躁狂样行为的影响，并提出PTN作为躁狂发展的潜在治疗靶点	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨躁狂发病机制中的分子靶点	Shank3过表达的小鼠模型	神经科学	精神疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	NA
1560	2025-03-15	mpECs with high Piezo2 expression promote fracture healing by driving angiogenesis through the Notch signaling pathway 2025-Mar-11, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-025-08476-4 PMID:40069682	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了不同内皮细胞亚群在骨折愈合中的作用，发现高表达Piezo2的mpECs通过Notch信号通路促进血管生成，从而加速骨折愈合	首次揭示了Piezo2通过Notch信号通路调控内皮细胞表型，进而促进血管生成和骨折愈合的机制	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨不同内皮细胞亚群在骨折愈合中的作用及其分子机制	人脐静脉内皮细胞（HUVECs）	生物医学	骨折	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、shRNA转染、细胞计数试剂盒-8（CCK-8）检测、流式细胞术	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	NA