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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1521 | 2026-06-06 |
Integration of single cell and bulk transcriptomic analyses identifies FAM189A2 as a key prognostic gene in lung cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1701806
PMID:41567189
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析,识别出FAM189A2作为肺癌关键预后基因 | 首次将单细胞RNA测序与TCGA批量转录组数据整合,构建八基因LASSO-Cox风险模型,并发现FAM189A2作为推定肿瘤抑制因子和潜在生物标志物 | 研究基于回顾性公共数据集,FAM189A2的功能仅在体外细胞系中验证,缺乏体内模型和前瞻性临床验证 | 阐明恶性细胞状态与患者预后和治疗脆弱性的关联,开发可行的预后风险分层模型 | 13例原发性肺肿瘤及配对正常肺组织的单细胞RNA测序数据,以及TCGA-LUAD和两个外部验证队列 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | CNN, LSTM, GAN | 图像, 文本, 视频 | 13例肺肿瘤和配对正常组织(48149个细胞)以及三个批量转录组队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1522 | 2026-06-06 |
A review of omics studies in sarcopenia: from molecular mechanisms to hepatic-gut-muscle interactions in chronic liver disease comorbidity
2025, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2025.1710582
PMID:41568005
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综述 | 综述了肌少症的多组学研究,从分子机制到慢性肝病共病中的肝-肠-肌肉相互作用 | 提出“共性-特异性”双层框架,在共性层面识别出蛋白质稳态失衡、线粒体功能障碍、慢性炎症和肠-肌轴失调四大核心病理支柱,在特异性层面提出“弱信号协同积累”假说解释慢性肝病中的肌少症机制 | 目前组学研究大多停留在相关性层面,向临床转化面临挑战 | 系统解析肌少症及其与慢性肝病共病的分子机制,为精准诊疗提供理论基础和发展路线图 | 肌少症及慢性肝病相关肌少症的多组学研究 | 机器学习 | 肌少症,慢性肝病 | 单细胞多组学,空间转录组学 | NA | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1523 | 2026-06-06 |
Elucidating the role of SHROOM4 in non-small cell lung cancer: expression patterns, clinical correlations, and potential functions
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1723844
PMID:41573567
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研究论文 | 通过生物信息学分析探索SHROOM4在非小细胞肺癌中的表达模式、临床相关性及潜在功能 | 首次系统研究SHROOM4在非小细胞肺癌中的表达特征及其与肿瘤微环境的关系,发现其与Wnt/Beta-Catenin通路和ANGPTL7/SFTPC的关联 | 基于公共数据库分析,需进一步实验验证SHROOM4在肺癌进展中的具体机制及临床实用性 | 阐明SHROOM4在非小细胞肺癌中的表达模式、临床意义及潜在功能 | SHROOM4基因在非小细胞肺癌(尤其是肺鳞癌)中的表达及其相关机制 | 生物信息学 | 肺癌 | 生物信息学分析、RNA-seq、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 肺鳞癌组织及对应正常组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1524 | 2026-06-06 |
Cuproptosis-driven reprogramming of fibroblast communication by GK is associated with the immune microenvironment in diabetic foot ulcers
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1687806
PMID:41583446
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析,揭示铜死亡相关基因GK在糖尿病足溃疡中通过成纤维细胞重编程免疫微环境的作用 | 首次将铜死亡机制与糖尿病足溃疡的成纤维细胞-免疫细胞通讯联系起来,并鉴定GK为诊断生物标志物 | 功能验证仅基于动物实验和计算预测,缺乏直接的细胞功能实验和人类样本验证 | 探究铜死亡在糖尿病足溃疡成纤维细胞与免疫细胞相互作用中的角色及潜在生物标志物 | 糖尿病足溃疡患者和健康皮肤组织的单细胞RNA测序数据,以及大鼠模型 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | scRNA-seq | 机器学习(LASSO, SVM-RFE, 随机森林) | 基因表达数据 | 33,095个细胞(质控后25,198个),9只SD大鼠(每组3只) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1525 | 2026-06-06 |
PANoptosis in urological diseases: molecular mechanisms, pathological roles, and emerging therapeutic opportunities
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1729348
PMID:41583472
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综述 | 本文综述了PANoptosis在泌尿系统疾病中的分子机制、病理作用及新兴治疗策略 | 首次系统阐述了PANoptosis在泌尿系统疾病中的双重作用,既促进组织损伤又驱动抗肿瘤免疫,并提出了多组学生物标志物筛选、纳米材料递送系统和联合疗法等创新治疗方向 | 未提及具体局限性 | 梳理PANoptosis在泌尿系统疾病中的分子机制和调控网络,探讨其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力 | 泌尿系统疾病,包括急性/慢性肾损伤、前列腺癌、肾癌和睾丸病变 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | NA | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序,10x Visium FFPE空间转录组学 |
| 1526 | 2026-06-06 |
Single-cell transcriptomics reveals a novel mechanism of RDH16 regulating immune infiltration in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1689987
PMID:41601632
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示RDH16在肝细胞癌中调控免疫浸润的新机制 | 整合单细胞RNA测序与批量转录组数据集,全面表征HCC的肿瘤细胞异质性和免疫微环境特征,并首次揭示了RDH16作为免疫调节生物标志物,通过调控CD163⁺ M2巨噬细胞浸润影响肿瘤免疫微环境 | NA | 探索肝细胞癌中免疫调节的可操作生物标志物及机制,以改善患者预后 | 肝细胞癌肿瘤细胞和免疫浸润细胞 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1527 | 2026-06-06 |
Integrated multi-omic profiling reveals macrophage-driven prognostic signatures in clear cell renal cell carcinoma through machine learning optimization
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1612262
PMID:41601657
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序与机器学习方法,揭示了肾透明细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其驱动的预后特征 | 首次通过机器学习优化整合多组学数据,鉴定出五种转录上不同的巨噬细胞亚群,并构建了基于巨噬细胞的预后签名,特别是识别出PRDX1+LA-Mac作为主要病理亚型 | 未提及具体限制,但基于摘要可推测可能包括样本量有限(仅10个肿瘤)及验证队列数量不足 | 描绘肾透明细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性,识别预后巨噬细胞特征,并表征驱动疾病进展的免疫-代谢程序 | 肾透明细胞癌肿瘤组织中的巨噬细胞亚群及其相关免疫和代谢特征 | 机器学习 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | 随机生存森林 | 基因表达数据 | 10个肾透明细胞癌肿瘤样本(scRNA-seq)及TCGA和CPTAC独立队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1528 | 2026-06-06 |
Interleukin-36 upregulates type-I interferon responses in systemic lupus erythematosus by promoting the accumulation of self-nucleic acids
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1727524
PMID:41607774
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研究论文 | 研究揭示白介素-36通过促进自我核酸积累上调系统性红斑狼疮中的I型干扰素反应 | 首次阐明IL-36通过下调RNA酶基因和诱导单核细胞凋亡,促进自我核酸积累,从而激活I型IFN通路的新机制 | 样本量较小(scRNA-seq 5个供体,qPCR 9个供体,流式6个供体),可能限制统计效力 | 探索IL-36在系统性红斑狼疮中过度激活I型IFN反应的分子机制 | 健康人和SLE患者的外周血单核细胞 | 机器学习和单细胞转录组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、实时定量PCR、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、基因表达数据、流式数据 | scRNA-seq: 5个健康供体;qPCR: 9个供体;流式: 6个供体;SLE scRNA-seq数据集: 33例患者和11例对照 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1529 | 2026-06-05 |
SLC12A7 serves as a prognostic and immunotherapeutic biomarker identified by multi-omics analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1712579
PMID:41668766
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研究论文 | 通过多组学分析鉴定SLC12A7作为预后和免疫治疗生物标志物 | 首次系统揭示SLC12A7在多种癌症中的预后价值和免疫治疗潜力,尤其在肝细胞癌中通过体外实验验证其促癌功能 | 未明确说明具体局限性 | 评估SLC12A7在泛癌中的表达模式、预后意义及免疫相关性,并验证其在肝细胞癌中的致癌作用 | 多种癌症组织样本及肝细胞癌细胞系 | 机器学习和生物信息学 | 肝细胞癌,多种癌症 | 转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | TCGA、GTEx、cBioPortal、TIMER 2.0和GEO数据库中的多种癌症样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1530 | 2026-06-04 |
The role of 5-methylcytosine regulator-related genes in diagnostic and immune regulatory functions in atherosclerosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1636323
PMID:41583468
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研究论文 | 研究5-甲基胞嘧啶调控相关基因在动脉粥样硬化诊断和免疫调节中的作用 | 首次系统分析m5C修饰及其调控基因在AS中的诊断和免疫调控功能,并通过单细胞RNA测序和体外实验验证NSUN3在巨噬细胞功能中的关键作用 | 研究主要基于公开微阵列数据集,样本量有限且缺乏大规模临床验证;ceRNA网络仅通过数据库预测,未进行实验验证 | 探究m5C修饰和相关基因在动脉粥样硬化诊断和免疫调节中的功能 | 动脉粥样硬化患者样本和THP-1巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 微阵列分析,单细胞RNA测序,实时定量PCR,RNA干扰 | LASSO逻辑回归模型,WGCNA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | 四个GEO数据集(GSE90074、GSE27034、GSE59421、GSE159677) | NA | 转录组测序 | NA | 来自GEO数据库的微阵列平台相关数据 |
| 1531 | 2026-06-02 |
Genetic Loci Associated With Periodontitis: The FinnGen Study Based on National Health Registers
2025-09, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.14193
PMID:40682483
|
研究论文 | 利用FinnGen队列和全国健康登记数据,对牙周炎进行全基因组关联研究,识别出11个遗传位点 | 基于芬兰全国健康登记中的诊断和手术编码以及CPI指数设计三种牙周炎表型,并发现6个新的遗传位点 | 未在论文摘要中明确说明局限性 | 探索牙周炎的遗传因素及其与其他复杂性状的遗传相似性 | 近25万名芬兰公共医疗牙科就诊者 | 机器学习 | 牙周炎 | GWAS,单细胞RNA测序 | NA | 基因型数据,单细胞RNA表达数据 | 约250,000名芬兰个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1532 | 2026-06-02 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
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综述 | 综述了基于图像的轮廓分析在计算领域的发展现状,包括当前程序、局限性及未来发展方向 | 系统梳理了深度学习对基于图像的轮廓分析的变革性影响,包括特征提取、可扩展性和多模态数据整合的改进 | 该领域仍面临显著挑战,需要创新解决方案 | 为研究人员提供基于图像的轮廓分析技术演进的路线图 | 基于图像的轮廓分析方法及其计算工具 | 计算机视觉 | NA | NA | 深度学习 | 显微图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1533 | 2026-06-02 |
Correlative analysis of metallomic gene expression and metal ion content within the mouse hippocampus
2025-03-28, Metallomics : integrated biometal science
IF:2.9Q3
DOI:10.1093/mtomcs/mfaf009
PMID:40175292
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研究论文 | 通过X射线荧光显微镜和空间转录组学相结合的多模态方法,研究小鼠海马体中金属组基因表达与金属离子含量的相关性 | 首次将元素图谱与空间转录组学结合,揭示海马体关键亚区金属异质性的分子基础 | 文中未提及具体局限 | 揭示海马体神经金属组图谱的分子基础及其区域异质性机制 | 小鼠海马体及其亚区 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | X射线荧光显微镜, 空间转录组学 | NA | 图像, 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1534 | 2026-06-02 |
Glucocorticoid receptor inhibits Th2 immune responses by down-regulating Pparg and Gata3 in schistosomiasis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1518586
PMID:40196108
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研究论文 | 本研究探究糖皮质激素受体激活通过下调Pparg和Gata3抑制血吸虫病中Th2免疫反应的机制 | 首次整合RNA测序和单细胞测序揭示GR激活通过下调关键转录因子Gata3和Pparg抑制血吸虫病Th2免疫反应的分子机制 | 需要进一步研究评估靶向GR激活治疗血吸虫病的可行性和安全性 | 探究GR激活对血吸虫病肝脏Th2免疫反应的影响及其分子机制 | 日本血吸虫感染小鼠模型和Th2细胞 | 机器学习和数字病理学 | 血吸虫病 | RNA测序,单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 感染日本血吸虫的小鼠及体外培养的Th2细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1535 | 2026-05-31 |
RAB25 modulates pit cell commitment by coordinating transforming growth factor-alpha secretion from gastric epithelial cells
2025-Dec-09, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08316-2
PMID:41365858
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析发现Rab25在胃上皮细胞中调控转化生长因子-α分泌,从而调节胃小凹细胞定向分化的机制 | 首次揭示Rab25通过调控TGFA分泌协调EGFR信号通路,影响胃体部小凹细胞定向分化的分子机制,并发现其在人Ménétrier病中表达降低 | 主要基于小鼠模型和体外细胞培养实验,人类样本数据有限,具体机制研究尚需进一步验证 | 探究胃上皮细胞中Rab25对转化生长因子-α分泌及小凹细胞定向分化的调控机制 | 胃体部小凹细胞和胃上皮细胞 | 数字病理学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠原代细胞培养样本及RAB25敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1536 | 2026-05-31 |
Single-cell RNA sequencing: enhancing the predictive accuracy of tumor immunotherapy efficacy
2025-09-08, Essays in biochemistry
IF:5.6Q1
DOI:10.1042/EBC20253017
PMID:40857744
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在提高肿瘤免疫治疗效果预测准确性方面的应用 | 全面探讨scRNA-seq在免疫治疗疗效预测和生物标志物发现中的潜力,并提出生物材料整合带来的新研究方向 | 未明确指出具体研究限制,但暗示现有研究存在挑战需进一步探索 | 回顾scRNA-seq在免疫治疗中的现状,识别挑战并提出未来方向 | 肿瘤微环境中的免疫细胞异质性及生物材料整合 | 机器学习 | 肿瘤 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1537 | 2026-05-31 |
Insight into pericytes in glioblastoma angiogenesis: In vivo tracking by two-photon microscopy and proteomic profiling
2025-09, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.70073
PMID:40772404
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研究论文 | 通过双光子显微镜和蛋白质组学分析,揭示周细胞在胶质母细胞瘤血管生成中的时空动态和分子重编程 | 首次结合双光子活体成像和蛋白质组学分析,动态追踪周细胞在胶质母细胞瘤血管生成中的空间重排和分子变化,并发现周细胞在肿瘤早期和晚期具有阶段依赖性作用,为抗血管治疗提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型,未在人类样本中进行实时成像验证;蛋白质组学数据来自FACS分选细胞,可能遗漏低丰度或细胞间异质性变化 | 阐明周细胞在胶质母细胞瘤血管生成中的时空动态、分子重编程及其作为治疗靶点的潜力 | 小鼠胶质母细胞瘤模型中的Pdgfrb+周细胞、肿瘤细胞和肿瘤血管 | 数字病理学, 计算机视觉 | 胶质母细胞瘤 | 双光子显微镜, 蛋白质组学, RNA-seq, 流式细胞术 | NA | 图像, 蛋白质组数据, 转录组数据 | 小鼠模型(GL261-Luc和GL261-CFP细胞)及转基因小鼠(PT小鼠和DTA小鼠);人类胶质母细胞瘤单细胞RNA-seq数据用于验证 | Illumina, NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | Illumina NovaSeq, NA | 用于单细胞RNA-seq的人类胶质母细胞瘤样本测序;蛋白质组学使用LC-MS/MS |
| 1538 | 2026-05-31 |
Single-cell atlas of human liver and blood immune cells across fatty liver disease stages reveals distinct signatures linked to liver dysfunction and fibrogenesis
2025-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02255-y
PMID:40883571
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研究论文 | 通过对人类肝脏和血液免疫细胞在脂肪肝疾病各阶段的单细胞图谱分析,揭示了与肝功能障碍和纤维化相关的独特免疫特征 | 首次提供了涵盖MASLD/MASH全谱系人类队列的外周血和肝脏细针穿刺样本的单细胞RNA测序图谱,识别了MASH进展中增强的免疫调节程序及其与肝功能障碍和纤维化的关联 | 未明确提及,但可能包括样本量有限及对免疫机制的进一步验证需求 | 阐明免疫细胞在代谢功能障碍相关脂肪性肝病及其肝炎(MASLD/MASH)不同阶段中的角色,识别阶段特异性免疫靶点 | 人类外周血和肝脏细针穿刺样本中的免疫细胞 | 机器学习和数字病理学相关(基于单细胞转录组分析) | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病/脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 涵盖MASLD/MASH全谱系的人类队列(具体数量未提及) | 10x Genomics(推测,基于单细胞RNA-seq技术) | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1539 | 2026-05-31 |
Etiological basis for chronic pain genetic variation in brain and dorsal root ganglia cell types
2025-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.07.03.25330832
PMID:40630576
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研究论文 | 整合慢性疼痛GWAS数据与脑和背根神经节单细胞数据,揭示疼痛相关遗传变异的细胞类型特异性 | 首次将慢性疼痛遗传变异与人类脑和背根神经节单细胞RNA测序及染色质可及性数据相结合,精确定位细胞类型特异性富集模式 | 样本量有限(患者n=12),且仅限于宫颈背根神经节;小鼠数据可能不完全适用于人类 | 阐明慢性疼痛遗传变异的细胞类型基础,连接中枢和外周神经系统 | 人类脑和背根神经节细胞类型 | 机器学习 | 慢性疼痛 | 单细胞RNA测序,单细胞染色质可及性分析 | NA | 基因数据 | 慢性疼痛GWAS样本量1,235,695;急性或慢性疼痛患者宫颈背根神经节样本量12 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞染色质可及性测序 | NA | NA |
| 1540 | 2026-05-31 |
A multi-step immune-competent genetic mouse model reveals phenotypic plasticity in uveal melanoma
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657841
PMID:40502063
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研究论文 | 开发了一种多步免疫健全的遗传小鼠模型,揭示了葡萄膜黑色素瘤的表型可塑性 | 首次利用内源位点条件性表达突变GNAQ并结合BAP1缺失和MYC激活,构建出具有转移潜力的完全外显免疫健全小鼠模型,并通过单细胞RNA测序揭示恶性细胞的转录异质性和分化可塑性 | 模型仅模拟了部分人类疾病关键遗传事件,且8号染色体额外驱动因子的协同作用机制尚待明确 | 构建生理相关且免疫健全的葡萄膜黑色素瘤小鼠模型,用于研究肿瘤生物学、特征化候选驱动基因及开发免疫治疗策略 | 葡萄膜黑色素瘤小鼠模型及人类葡萄膜黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 基因工程小鼠模型、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠模型(具体数量未在摘要中说明)及人类葡萄膜黑色素瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium平台进行单细胞RNA测序 |