单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1521	2025-03-16	TCL1A in naïve B cells as a therapeutic target for type 1 diabetes 2025-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105593 PMID:39946833	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术等方法，探讨了1型糖尿病（T1D）早期阶段中B细胞的作用，并开发了一种基于siRNA的纳米药物用于治疗T1D	发现了T1D早期阶段中naïve B细胞数量的增加及其与TCL1A表达的关系，并开发了一种针对Tcl1a mRNA的siRNA纳米药物，展示了其在T1D治疗中的潜力	研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	探讨1型糖尿病早期阶段中B细胞的作用，并开发新的治疗方法	1型糖尿病患者、NOD小鼠	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、磷酸化蛋白微阵列分析	NA	RNA序列数据、蛋白质磷酸化数据	新诊断的T1D患者、对照组、年龄匹配的健康对照组、NOD小鼠
1522	2025-03-16	Spatial Transcriptomics Reveals Novel Mechanisms Involved in Perineural Invasion in Pancreatic Ductal Adenocarcinomas 2025-Mar-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17050852 PMID:40075699	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中神经周围侵袭（PNI）的新机制	通过空间转录组学技术，首次揭示了PNI病灶对肿瘤微环境（TME）免疫景观的影响，并发现了内源性大麻素和多胺代谢在PNI、癌症生长和癌症疼痛中的作用	样本量较小，仅涉及13名PDAC患者	探索胰腺导管腺癌中神经周围侵袭的分子机制及其对肿瘤微环境的影响	胰腺导管腺癌患者的癌症和神经细胞	数字病理学	胰腺癌	Nanostring GeoMx Digital Spatial Profiler	NA	转录组数据	13名PDAC患者
1523	2025-03-16	InfoScan: A New Transcript Identification Tool Based on scRNA-Seq and Its Application in Glioblastoma 2025-Feb-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052208 PMID:40076844	研究论文	本文介绍了一种名为InfoScan的新型生物信息学工具，用于全面分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，并在胶质母细胞瘤（GBM）中应用，识别出具有癌症干细胞特征的罕见细胞亚群	InfoScan工具的创新之处在于能够识别未注释的转录本和罕见细胞群体，为转录组特征分析提供了强大的平台	本文未明确提及研究的局限性	研究目的是开发和应用InfoScan工具，以探索胶质母细胞瘤的复杂转录组景观并表征罕见细胞群体	研究对象是胶质母细胞瘤（GBM）中的罕见细胞亚群，特别是具有癌症干细胞特征的细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
1524	2025-03-16	Single-Cell Sequencing: Genomic and Transcriptomic Approaches in Cancer Cell Biology 2025-Feb-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052074 PMID:40076700	综述	本文综述了单细胞测序（SCS）在癌症生物学研究中的影响	SCS提供了基因组、转录组和表观基因组的高分辨率分析，揭示了癌症和肿瘤异质性、克隆进化以及癌细胞与肿瘤微环境之间的复杂相互作用	NA	探讨单细胞测序在癌症生物学研究中的应用及其对个性化癌症诊断、预后和治疗的推动作用	癌细胞和肿瘤微环境	癌症生物学	癌症	单细胞测序（SCS）、空间转录组学、原位测序	NA	基因组、转录组、表观基因组数据	NA
1525	2025-03-16	Single cell analysis identifies distinct CD4 + T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity related asthma 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88423-4 PMID:40000680	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，识别了与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型	首次揭示了CDC42上调在CD4+ T细胞中的具体亚型及其对类固醇抵抗的贡献	研究局限于儿童肥胖相关哮喘，未涉及其他类型哮喘或成人患者	探讨儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的分子机制及其对类固醇抵抗的影响	儿童肥胖相关哮喘患者的CD4+ T细胞	生物信息学	哮喘	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	涉及肥胖哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的CD4+ T细胞
1526	2025-03-16	Cancer-Associated Fibroblasts Genes and Transforming Growth Factor Beta Pathway in Gastric Cancer for Novel Therapeutic Strategy 2025-Feb-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17050795 PMID:40075643	综述	本文综述了胃癌中癌症相关成纤维细胞基因（CAFGs）的分子特征及其在肿瘤进展和预后中的作用，探讨了其与TGFB通路的相互作用，以开发新的治疗策略	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析揭示了CAFGs不仅在CAFs中表达，还可能反映周围细胞的激活状态，并验证了多个CAFGs在胃癌中的预后相关性	与其他癌症相比，CAFGs在胃癌中的功能机制尚不明确，且由于现有微解剖数据的限制，CAFGs在胃癌中的表达模式尚未得到确认	探讨CAFGs在胃癌中的分子特征及其与TGFB通路的相互作用，以开发新的治疗策略	胃癌中的癌症相关成纤维细胞基因（CAFGs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
1527	2025-03-16	Comprehensive SHAP Values and Single-Cell Sequencing Technology Reveal Key Cell Clusters in Bovine Skeletal Muscle 2025-Feb-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052054 PMID:40076676	研究论文	本研究通过SHAP值和单细胞测序技术揭示了牛骨骼肌中的关键细胞群	首次结合SHAP值和单细胞测序技术，成功构建了476基因的SHAP值矩阵，并绘制了骨骼肌的单细胞图谱	研究仅针对牛骨骼肌，未涉及其他物种或组织	揭示牛骨骼肌中不同类型细胞群的重要性排序及其在肌肉生长和发育中的关键作用	牛骨骼肌中的细胞群	生物信息学	NA	单细胞测序技术	SHAP值分析模型	基因表达数据	NA
1528	2025-03-16	Identification of Prognostic Genes Related to Cell Senescence and Lipid Metabolism in Glioblastoma Based on Transcriptome and Single-Cell RNA-Seq Data 2025-Feb-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051875 PMID:40076502	研究论文	本研究旨在通过转录组和单细胞RNA测序数据，识别与细胞衰老和脂质代谢相关的预后基因，以改善胶质母细胞瘤的预后和治疗	结合细胞衰老和脂质代谢相关基因，构建了具有优秀预测能力的风险模型和列线图，并识别了SOCS1和PHB2作为预后标志物	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据偏差或局限性	改善胶质母细胞瘤的预后和治疗	胶质母细胞瘤（GBM）	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	WGCNA, 单变量Cox回归	RNA-seq数据	公共数据库中的胶质母细胞瘤样本
1529	2025-03-16	Uncovering the Signatures of Cellular Senescence in the Human Dorsolateral Prefrontal Cortex 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639091 PMID:40027780	研究论文	本文通过Visium空间转录组学和单核RNA测序技术，构建了人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）衰老和细胞衰老的转录组图谱	结合空间转录组学和单核RNA测序技术，首次在非病理人类组织中揭示了dlPFC衰老和细胞衰老的异质性特征	研究局限于非病理组织，未涉及疾病状态下的细胞衰老特征	探索人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）衰老和细胞衰老的转录组特征	人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）的非病理组织	生物信息学	NA	Visium空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
1530	2025-03-16	Spatial Transcriptomic Analysis of Surgical Resection Specimens of Primary Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Treated with Afatinib in a Window-of-Opportunity Study (EORTC90111-24111) 2025-Feb-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051830 PMID:40076457	研究论文	本研究通过空间转录组学技术评估了阿法替尼治疗头颈部鳞状细胞癌后肿瘤及其微环境的变化	首次在阿法替尼治疗的头颈部鳞状细胞癌手术标本中应用空间转录组学技术，揭示了肿瘤在抗HER治疗下的演变和组成变化	研究样本量较小，仅分析了三个患者的样本	探索抗HER治疗下头颈部鳞状细胞癌的肿瘤演变和组成	头颈部鳞状细胞癌患者的手术标本和肿瘤活检	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学, RNA测序	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	三个患者的样本（ID08, ID15, ID30）
1531	2025-03-16	Deciphering the generation of heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma metastasis via single-cell multiomics analysis 2025-Feb-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06154-6 PMID:39905485	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示食管鳞状细胞癌转移中异质性的生成机制	首次在单细胞水平上结合scATAC-seq、scRNA-seq、ChIP-seq、CUT&Tag、Hi-C、bulk RNA-seq和bulk ATAC-seq数据，全面解析了ESCC转移过程中的染色质可及性及其对细胞异质性的影响	样本量较小，仅包括四名ESCC患者	研究食管鳞状细胞癌（ESCC）转移过程中染色质可及性对细胞异质性的影响	四名病理分期为T1a、T2b、T3b或T4a的ESCC患者的癌组织和邻近非癌组织	数字病理学	食管鳞状细胞癌	scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, CUT&Tag, Hi-C, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	四名ESCC患者的癌组织和邻近非癌组织
1532	2025-03-16	Differences in immune cells and gene expression in human milk by parity on integrated scRNA sequencing 2025-Feb, Clinical and experimental pediatrics IF:3.2Q1 DOI:10.3345/cep.2024.01585 PMID:39810510	研究论文	本研究通过整合和分析公开的单细胞RNA测序数据集，探讨了胎次对人类母乳中免疫细胞异质性和基因表达的影响	首次通过单细胞RNA测序技术系统地分析了胎次对人类母乳中免疫细胞组成和基因表达的影响	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的多样性和样本量	阐明胎次对人类母乳中免疫细胞异质性和基因表达的影响	人类母乳中的免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了公开的单细胞RNA测序数据集
1533	2025-03-16	Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.19.604364 PMID:39071335	研究论文	本文介绍了一种名为lr-kallisto的工具，用于长读长测序数据的转录组定量分析	开发了lr-kallisto工具，将kallisto的RNA-seq定量方法适配到长读长测序技术，提高了长读长数据的定量准确性和速度	未提及具体的研究局限性	实现长读长测序数据的快速准确转录组定量	长读长测序数据	生物信息学	NA	ONT（Oxford Nanopore Technologies）	kallisto	RNA-seq数据	未提及具体样本数量
1534	2025-03-16	Spatial Transcriptomics in Inflammatory Skin Diseases Using GeoMx Digital Spatial Profiling: A Practical Guide for Applications in Dermatology 2025-Jan, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2024.100317 PMID:39559817	研究论文	本文讨论了使用NanoString的GeoMx数字空间分析仪进行炎症性皮肤疾病转录组空间分析的技术和用户体验概述	提供了制造商指南中未涵盖的RNA捕获优化方法和潜在陷阱，并通过具体实验示例展示了这些策略	NA	探讨数字空间分析在炎症性皮肤疾病中的应用，为其他皮肤生物学研究者提供框架	炎症性皮肤疾病，包括银屑病、扁平苔藓和盘状红斑狼疮	数字病理学	炎症性皮肤疾病	GeoMx数字空间分析	NA	转录组数据	NA
1535	2024-12-15	Author Correction: Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain 2025-Jan, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01855-5 PMID:39672966	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1536	2025-03-15	Pdia3 deficiency exacerbates intestinal injury by disrupting goblet and Paneth cell function during ischemia/reperfusion 2025-Jun, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111682 PMID:39988288	研究论文	本研究探讨了PDIA3在肠缺血/再灌注（I/R）损伤中维持肠道完整性和免疫功能的作用	首次揭示了PDIA3在肠I/R损伤中通过影响杯状细胞和潘氏细胞功能来维持肠道屏障完整性的机制，并提出了通过重组防御素α1治疗Pdia3缺陷的可能性	研究主要依赖于小鼠模型，人类样本的应用有限，且未深入探讨PDIA3在其他类型细胞中的作用	探索PDIA3在肠I/R损伤中维持肠道完整性和免疫功能的作用	人类和小鼠的肠上皮细胞，特别是杯状细胞和潘氏细胞	NA	肠缺血/再灌注损伤	单细胞RNA测序、免疫组织化学、转录组分析	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据、转录组数据	人类和小鼠的肠上皮细胞样本
1537	2025-03-15	Timestamp calibration for time-series single cell RNA-seq expression data 2025-May-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169021 PMID:40010431	研究论文	本文提出了一种名为ScPace的新时间戳校准模型，用于处理带有噪声标签的时间序列单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	ScPace模型通过引入潜在变量指示器而非概率采样来有效检测噪声样本，显著提升了时间戳自动注释的性能	当前方法倾向于选择不太关键的清洗样本进行时间戳校准，可能影响校准效果	提高时间序列scRNA-seq数据中时间戳自动注释的准确性和鲁棒性	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ScPace	时间序列单细胞RNA测序数据	模拟和真实时间序列scRNA-seq数据集
1538	2025-03-15	How fish intestinal cells responded to dietary methylmercury exposure? A single-cell transcriptomic analysis 2025-Apr-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.125967 PMID:40043872	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了鱼类肠道细胞对膳食甲基汞暴露的响应	首次在单细胞水平上揭示了不同肠道细胞群体对甲基汞暴露的异质性响应	研究仅限于一种鱼类（金头鲷），未涉及其他物种或更广泛的生态影响	探讨鱼类肠道细胞对膳食甲基汞暴露的响应机制	金头鲷的肠道细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
1539	2025-03-15	Hypoxia-Induced Senescent Fibroblasts Secrete IGF1 to Promote Cancer Stemness in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1185 PMID:39661488	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了一种与食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤干细胞性相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群，即缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAF），并揭示了其通过分泌胰岛素样生长因子1（IGF1）促进肿瘤干细胞性的机制	首次识别并描述了缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAF）这一CAF亚群，并揭示了其在促进食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤干细胞性和化疗抵抗中的关键作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的功能实验验证hsCAF的具体作用机制	阐明癌症相关成纤维细胞（CAF）在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的具体作用及其对肿瘤干细胞性和化疗抵抗的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本
1540	2025-03-15	Shaping early neural development by timed elevated tissue oxygen tension: Insights from multiomic analysis on human cerebral organoids 2025-Mar-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado1164 PMID:40073136	研究论文	本研究利用体外人类大脑类器官模型和多组学分析，探讨了在神经发育早期组织氧张力的作用	揭示了在神经发育的第4至6周期间，类器官内氧张力升高、能量稳态改变和快速神经生成的关键时期，并探讨了神经球蛋白在神经发育中的作用	由于技术限制，氧在早期神经发育中的作用很少被研究	探讨氧在早期神经发育中的作用及其对神经生成的影响	人类大脑类器官	神经科学	神经退行性疾病	多组学分析、高级显微镜技术、单细胞RNA测序	人类大脑类器官模型	多组学数据	NA