单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1501	2025-03-16	Integrative whole slide image and spatial transcriptomics analysis with QuST and QuPath 2025-Mar-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00841-9 PMID:40075141	研究论文	本文介绍了一种名为QuST的QuPath扩展工具，用于在单细胞水平上整合全切片图像（WSI）和空间转录组学（ST）分析	提出了QuST工具，首次在单细胞水平上整合WSI和ST分析，为疾病生物学研究提供了新的视角	面临训练模式准备和分辨率差异等挑战	增强对疾病的理解，特别是在数字病理学领域	全切片图像（WSI）和空间转录组学（ST）数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	NA	图像和转录组数据	NA
1502	2025-03-16	A dynamic transcriptional cell atlas of testes development after birth in Hu sheep 2025-Mar-12, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02186-y PMID:40075363	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了胡羊出生后睾丸发育的动态转录细胞图谱	首次在大型动物中揭示了睾丸发育过程中精原细胞亚型和体细胞成熟的关键动态变化	研究仅限于胡羊，结果可能无法直接推广到其他物种	探索大型动物睾丸发育过程中的细胞动态变化和调控机制	胡羊睾丸细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	近100,000个细胞，涵盖七个发育阶段（出生、青春期前、青春期和成年期）
1503	2025-03-16	Fatty acid metabolism shapes immune responses in chronic lymphocytic leukemia 2025-Mar-12, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00753-7 PMID:40075418	研究论文	本研究探讨了脂肪酸代谢在慢性淋巴细胞白血病（CLL）中的特征及其对免疫反应的影响，构建了相关的预后评分，并研究了脂肪酸代谢在CLL发展中的调控作用和机制	构建了基于脂肪酸代谢基因表达的预后风险评分，揭示了相关的免疫表型差异，并探索了脂肪酸氧化在CLL发展中的调控作用	研究主要基于RNA测序数据，缺乏对脂肪酸代谢在CLL中具体分子机制的深入实验验证	阐明脂肪酸代谢在CLL中的特征及其对免疫反应的影响，构建预后评分并探索其调控机制	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者和健康对照	肿瘤免疫学	慢性淋巴细胞白血病	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	Cox-LASSO回归	RNA测序数据	CLL患者和健康对照的RNA测序数据
1504	2025-03-16	Harnessing the power of traceable system C-GAP: homologous-targeting to fire up T-cell immune responses with low-dose irradiation 2025-Mar-12, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03281-6 PMID:40075499	研究论文	本研究开发了一种仿生纳米平台C-GAP，用于增强低剂量放疗的免疫治疗效果	C-GAP纳米平台具有同源和可追踪的靶向特性，能够实现肿瘤选择性积累，并通过低剂量放疗增强ROS生成，触发有效的免疫原性细胞死亡	NA	开发一种安全有效的放射免疫治疗方法	肿瘤细胞和CD8 T细胞	生物医学工程	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1505	2025-03-16	IRF-1 promotes diabetic vasculopathy by mediating endothelial cell pyroptosis 2025-Mar-12, Annals of vascular surgery IF:1.4Q3 DOI:10.1016/j.avsg.2025.02.018 PMID:40086624	研究论文	本文探讨了IRF-1通过介导内皮细胞焦亡促进糖尿病血管病变的机制	首次揭示了IRF-1在糖尿病血管病变中的关键作用，特别是通过调节内皮细胞焦亡	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索糖尿病血管病变的分子机制，特别是内皮细胞焦亡的作用	糖尿病模型小鼠BKS-db/db和内皮细胞	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、免疫组化（IHC）、苏木精-伊红（H&E）染色、Masson染色	NA	基因表达数据、组织图像	两组样本：非糖尿病动脉粥样硬化组和糖尿病动脉粥样硬化组
1506	2025-03-16	Integrated genetic analysis and single cell-RNA sequencing for brain image-derived phenotypes and Parkinson's disease 2025-Mar-11, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111317 PMID:40081564	研究论文	本研究通过整合遗传分析和单细胞RNA测序技术，揭示了脑图像衍生表型（IDPs）与帕金森病（PD）之间的遗传和生物学联系	首次全面分析了624个脑IDPs与PD之间的遗传相关性，并通过多种统计方法验证了因果关系，同时利用单细胞RNA测序技术确定了潜在的共享基因及其在脑组织中的表达图谱	研究主要依赖于GWAS汇总统计数据和单细胞RNA测序数据，可能受到数据来源和样本量的限制	揭示脑IDPs与PD之间的遗传和生物学联系	帕金森病患者及其脑图像衍生表型	数字病理学	帕金森病	GWAS, scRNA-seq	LDSC, MR, MAGMA, PLACO, FUMA, Metascape	基因组数据, 单细胞RNA测序数据	624个脑IDPs
1507	2025-03-16	From inflammation to remodelling: A novel BASP1+ monocyte subset as a catalyst for acute aortic dissection 2025-Mar-06, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.003 PMID:40057028	研究论文	本文研究了BASP1+单核细胞亚群在急性主动脉夹层（AAD）发展中的作用及其机制	首次揭示了BASP1+单核细胞亚群在AAD中的关键作用及其通过特定信号通路促进炎症和血管重塑的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	探讨BASP1+单核细胞亚群在AAD发展中的作用及其机制	人类外周血和主动脉组织中的单核细胞/巨噬细胞	生物医学	心血管疾病	scRNA-seq, 免疫荧光, 激光散斑成像, 超声成像, Co-IP, ChIP测序	BASP1-CreER/Lyz2-DreER-tdT报告小鼠	基因表达数据, 图像数据	人类外周血和主动脉组织样本, BASP1-CreER/Lyz2-DreER-tdT报告小鼠
1508	2025-03-16	Single-cell transcriptomics of clinical grade adipose-derived regenerative cells reveals consistency between donors independent of gender and BMI 2025-Mar-05, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04234-4 PMID:40038777	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术研究了临床级脂肪来源再生细胞（ADRCs）的异质性，发现不同供体之间的ADRCs组成和质量具有高度一致性，不受性别和BMI的影响	首次通过单细胞RNA测序技术全面绘制了ADRCs的异质性图谱，并发现供体、性别和BMI对ADRCs组成的影响较小	研究仅基于两项细胞试验干预研究，样本量可能有限，且未探讨其他潜在影响因素	探讨供体、性别和BMI对脂肪来源再生细胞（ADRCs）组成和质量的影响	临床级脂肪来源再生细胞（ADRCs）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	两项细胞试验干预研究中的ADRCs样本
1509	2025-03-16	Single-Cell RNA Sequencing Reveals an Atlas of Meihua Pig Testis Cells 2025-Mar-05, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15050752 PMID:40076035	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了梅花猪睾丸细胞的转录组图谱，并鉴定了不同发育阶段的细胞类型及其潜在标记基因	首次在梅花猪中应用单细胞RNA测序技术，构建了睾丸发育过程中生殖细胞和体细胞的单细胞发育图谱，并鉴定了精原细胞的候选标记基因TKTL1	研究仅限于梅花猪，未涉及其他物种或更广泛的样本	解析梅花猪睾丸发育过程中的细胞异质性及其转录组特征	梅花猪睾丸细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	13,839个梅花猪睾丸细胞
1510	2025-03-16	HOXA1 Contributes to Bronchial Epithelial Cell Cycle Progression by Regulating p21/CDKN1A 2025-Mar-05, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052332 PMID:40076953	研究论文	本研究探讨了HOXA1基因在支气管上皮细胞增殖和迁移中的作用，发现其通过调控p21/CDKN1A影响细胞周期进程	首次使用CRISPR/CAS9技术生成HOXA1敲除的支气管上皮细胞系，并通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了HOXA1在细胞周期调控中的具体机制	研究仅限于体外细胞实验，未涉及体内模型或临床试验	研究HOXA1基因在支气管上皮细胞增殖和迁移中的作用	支气管上皮细胞	细胞生物学	慢性阻塞性肺病	CRISPR/CAS9, 单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 细胞周期数据	HOXA1敲除和野生型支气管上皮细胞系
1511	2025-03-16	NAD+ Promotes Superovulation of Huaxi Cattle Through Regulation of Cumulus Cell Proliferation and Oocyte Maturation 2025-Mar-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052276 PMID:40076893	研究论文	本研究探讨了烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD）在提高华西牛超排卵效率中的作用及其机制	首次发现NAD通过调节卵丘细胞增殖和卵母细胞成熟，显著提高华西牛超排卵后可移植胚胎的数量和质量	研究仅针对华西牛，未涉及其他品种或物种，且机制研究尚需进一步深入	提高华西牛超排卵效率，改善胚胎质量和数量	华西牛及其卵丘细胞和卵母细胞	动物繁殖学	NA	血清代谢组学和单细胞RNA测序	NA	代谢组数据和RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及华西牛的卵丘细胞和卵母细胞
1512	2025-03-16	Single-cell transcriptomic sequencing identifies subcutaneous patient-derived xenograft recapitulated medulloblastoma 2025-Mar, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12399 PMID:38477441	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序比较了皮下患者来源的异种移植模型（sPDX）、颅内患者来源的异种移植模型（iPDX）和基因工程小鼠模型（GEMM）在单细胞水平上对髓母细胞瘤（MB）的再现性	首次在单细胞水平上比较了MB的实验模型，为不同研究目的提供了模型选择的见解	研究样本量较小，仅包括六名患者的样本	比较不同模型在单细胞水平上对MB的再现性	髓母细胞瘤（MB）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	sPDX, iPDX, GEMM	RNA测序数据	六名患者的样本，每种模型分别开发了两个sPDX和iPDX模型，以及三个GEMM模型
1513	2025-03-16	MLLT3 Regulates Melanoma Stemness and Progression by Inhibiting HMGB1 Nuclear Entry and MAGEA1 M5C Modification 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408529 PMID:39716999	研究论文	本研究揭示了MLLT3作为转录因子在调节黑色素瘤干细胞特性和进展中的作用	首次发现MLLT3通过与HMGB1和YBX1的相互作用，抑制HMGB1核进入和MAGEA1的m5C修饰，从而调控黑色素瘤的干细胞特性和进展	NA	探讨MLLT3在黑色素瘤干细胞特性和进展中的调控机制	黑色素瘤干细胞	分子生物学	黑色素瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
1514	2025-03-16	Exosome-Mediated Lectin Pathway and Resistin-MIF-AA Metabolism Axis Drive Immune Dysfunction in Immune Thrombocytopenia 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412378 PMID:39792656	研究论文	本研究探讨了外泌体介导的凝集素途径和resistin-MIF-AA代谢轴在免疫性血小板减少症（ITP）中的免疫功能障碍作用	揭示了外泌体介导的凝集素补体途径在ITP发病机制中的作用，并识别了resistin和MIF作为糖皮质激素治疗抵抗的潜在因素	研究中未明确触发ITP的确切病因，且缺乏全面的高通量数据支持	探索ITP的发病机制及潜在治疗靶点	免疫性血小板减少症（ITP）患者	免疫学	免疫性血小板减少症	流式细胞术（FCM）、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	生物样本	ITP患者的样本
1515	2025-03-16	Intratumoral Collagen Deposition Supports Angiogenesis Suggesting Anti-angiogenic Therapy in Armored and Cold Tumors 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409147 PMID:39823457	研究论文	本研究分析了胶原沉积与肿瘤血管生成之间的关系，特别是在装甲和冷肿瘤中，并探讨了抗血管生成治疗的应用	揭示了胶原沉积在肿瘤血管生成中的关键作用，并提出了装甲和冷肿瘤作为抗血管生成治疗选择的潜在生物标志物	研究主要集中在肺腺癌（LUAD），其他癌症类型的普遍性尚需进一步验证	探讨胶原沉积与肿瘤血管生成的关系，并评估抗血管生成治疗的效果	肺腺癌（LUAD）及其他多种癌症类型	肿瘤学	肺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、体外实验	NA	转录组数据、实验数据	多种癌症类型的样本，具体数量未明确
1516	2025-03-16	Targeting MAPK14 by Lobeline Upregulates Slurp1-Mediated Inhibition of Alternative Activation of TAM and Retards Colorectal Cancer Growth 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407900 PMID:39840525	研究论文	本文探讨了中药成分洛贝林通过靶向MAPK14上调Slurp1介导的TAM替代激活抑制，从而延缓结直肠癌生长的机制	首次发现洛贝林通过靶向MAPK14上调Slurp1表达，抑制TAM的M2样极化，增强抗肿瘤效果，并提出洛贝林与抗PD1联合治疗的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	探索洛贝林在结直肠癌免疫抑制微环境中的抗肿瘤机制	结直肠癌细胞和肿瘤相关巨噬细胞（TAM）	癌症免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和靶向响应可及性分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	小鼠模型中的结直肠癌细胞和TAM
1517	2025-03-16	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization reveals immune-mediated regulatory mechanisms and drug targets for COVID-19 2025-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105596 PMID:39933264	研究论文	本文通过单细胞转录组孟德尔随机化和共定位分析，揭示了COVID-19的免疫介导调控机制和潜在药物靶点	首次在14种外周血免疫细胞中使用26,597个单细胞表达数量性状位点（sc-eQTL）进行孟德尔随机化和共定位分析，发现了58个先前未报道的基因	研究依赖于GWAS元分析数据，可能存在样本选择和统计偏差	揭示COVID-19的免疫介导调控机制并识别潜在药物靶点	14种外周血免疫细胞中的16,597个基因	生物信息学	COVID-19	单细胞转录组测序、孟德尔随机化、共定位分析、深度学习模型	深度学习模型	基因表达数据	26,597个单细胞表达数量性状位点（sc-eQTL）
1518	2025-03-16	Biases in machine-learning models of human single-cell data 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01619-8 PMID:39972066	研究论文	本文讨论了在基于机器学习的单细胞数据分析过程中出现的各种偏差	系统地识别和分类了从样本收集到结果解释整个流程中可能出现的偏差，并提出了评估和缓解这些偏差的方法	未提供具体的实验数据或案例研究来验证所提出方法的有效性	探讨机器学习在单细胞数据分析中的偏差问题，并提出解决方案	人类单细胞数据	机器学习	NA	单细胞测序	弱监督或无监督机器学习模型	单细胞数据	NA
1519	2025-03-16	Intratumour oxidative hotspots provide a niche for cancer cell dissemination 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01617-w PMID:39984655	研究论文	本文开发了一种名为T-AP1的肿瘤靶向探针，用于追踪细胞外HO，从而可视化和表征暴露于氧化应激的肿瘤细胞	T-AP1探针首次实现了对肿瘤内HO富集微环境（HO热点）的可视化和表征，揭示了肿瘤细胞通过p38-MYC轴激活进行部分上皮-间质转化并迁移的机制	研究未涉及NRF2过度激活肿瘤的详细机制，且对正常上皮细胞的逃逸机制缺乏深入探讨	研究肿瘤内氧化应激微环境对肿瘤细胞扩散的影响	肿瘤细胞和正常上皮细胞	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序，T-AP1探针	NA	细胞图像和分子数据	未明确提及具体样本数量
1520	2025-03-16	Systematic reconstruction of molecular pathway signatures using scalable single-cell perturbation screens 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01622-z PMID:40011560	研究论文	本文利用Perturb-seq技术系统地识别了不同生物背景下信号调节因子的靶标，并提出了改进的计算框架Mixscale来处理扰动效率的细胞变异	提出了改进的计算框架Mixscale，并展示了Perturb-seq在推断信号通路激活变化中的精确性	NA	系统重建分子通路签名，增强对信号调节因子及其靶标的理解	六种细胞系和五种生物信号背景下的1500多次扰动	功能基因组学	NA	Perturb-seq, 组合索引, 下一代测序	Mixscale	单细胞测序数据	1500多次扰动，涉及六种细胞系和五种生物信号背景