单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 6188 篇文献,本页显示第 1481 - 1500 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
1481 2025-06-24
Immunosuppressive microenvironment of liver restrains chemotherapeutic efficacy in triple-negative breast cancer
2025-Mar-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本研究探讨了三阴性乳腺癌(TNBC)肝转移灶化疗效果较差的免疫微环境机制 首次揭示肝转移灶中CD8+T细胞浸润受阻与巨噬细胞活化降低的关联机制,并提出NET抑制剂与巨噬细胞激活剂的联合治疗策略 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 探究TNBC肝转移灶化疗敏感性降低的免疫微环境机制 三阴性乳腺癌肝转移灶与原发灶 肿瘤免疫学 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术、伤口愈合实验、集落形成实验 小鼠肿瘤模型 RNA测序数据、图像数据、流式数据 公共数据库单细胞数据及实验小鼠模型
1482 2025-06-24
Decoding the blueprints of embryo development with single-cell and spatial omics
2025-03, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1
综述 本文深入探讨了单细胞和空间组学技术在胚胎发育研究中的最新进展和应用 综述了单细胞和空间多组学方法的最新技术进展,并系统整理了它们在胚胎发育领域的应用 未提及具体的技术限制或研究不足 探讨单细胞和空间组学技术在胚胎发育研究中的应用和潜力 胚胎发育过程中的细胞分化和基因表达变化 生物信息学 NA 单细胞测序、空间转录组学 NA 转录组数据、多组学数据 NA
1483 2025-06-24
Recent advancement in the spatial immuno-oncology
2025-02, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1
综述 本文总结了空间转录组学和空间蛋白质组学的最新进展及其在肿瘤微环境研究中的应用 强调了空间组学数据的概念框架及其在免疫肿瘤学领域的更新知识 NA 总结空间组学技术在免疫肿瘤学领域的应用和进展 肿瘤微环境中的细胞类型和细胞状态 数字病理学 肿瘤 空间转录组学, 空间蛋白质组学 NA 空间组学数据 NA
1484 2025-06-24
Single-cell and spatial characterization of plasmablast-like lymphoma cells in primary central nervous system lymphoma
2025-Feb, Blood neoplasia
研究论文 通过单细胞和空间多组学分析,研究原发性中枢神经系统淋巴瘤(PCNSL)中浆母细胞样淋巴瘤细胞的细胞和空间异质性及其微环境 首次在PCNSL中发现具有浆母细胞(PBL)特征的淋巴瘤亚群,并揭示了其与微环境的独特分子和空间相互作用 样本量相对较小,且研究结果需要进一步验证 探究PCNSL中肿瘤细胞的异质性及其与微环境的关系 原发性中枢神经系统淋巴瘤(PCNSL)患者 数字病理学 淋巴瘤 单细胞测序、空间多组学分析、B细胞受体(BCR)分析、CD138免疫组织化学染色 NA 单细胞数据、空间数据 约40%的PCNSL患者
1485 2025-06-24
A Monocyte-Driven Prognostic Model for Multiple Myeloma: Multi-Omics and Machine Learning Insights
2025, Blood and lymphatic cancer : targets and therapy
research paper 该研究通过多组学分析和机器学习算法,建立了一个与单核细胞相关的多发性骨髓瘤预后模型 结合孟德尔随机化分析、流式细胞术和单细胞RNA测序,开发了一个新的单核细胞相关基因预后特征(MGPS)模型,并验证其在预测多发性骨髓瘤患者预后和治疗反应中的价值 研究主要基于回顾性数据,需要进一步的前瞻性研究验证MGPS模型的临床适用性 探索多发性骨髓瘤的免疫微环境,开发预后模型以优化治疗策略 多发性骨髓瘤患者及其骨髓微环境中的单核细胞 digital pathology multiple myeloma scRNA-seq, flow cytometry, Mendelian Randomization machine learning (10种算法生成的101个预测模型) genomic data, transcriptome data 731种免疫细胞表型分析,多组转录组测序数据集
1486 2025-06-23
KHDC3 affects the lineage differentiation of early embryo by regulating the differential distribution of YAP signal
2025-Oct-01, Theriogenology IF:2.4Q1
research paper 研究揭示了KHDC3通过调节YAP信号通路在早期胚胎细胞谱系分化中的作用 首次发现KHDC3通过影响YAP信号通路和皮层肌动蛋白帽的形成来调控早期胚胎细胞的内外分布和谱系分化 KHDC3如何通过肌动蛋白细胞骨架影响YAP信号通路的具体机制尚未完全阐明 探究KHDC3在早期胚胎发育中的作用机制 早期胚胎细胞 发育生物学 妊娠滋养细胞疾病 单细胞转录组分析、基因敲除 NA 基因表达数据 早期胚胎细胞(从2细胞期到囊胚期)
1487 2025-06-23
Single-cell analysis of proximal tubular cells with different DNA content reveals functional heterogeneity in the acute kidney injury to chronic kidney disease transition
2025-Jul, Kidney international IF:14.8Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞,揭示其在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性 发现不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞具有独特的转录组特征,特别是多倍体细胞在促纤维化和促炎症簇中的富集,以及SPP1在促进肾纤维化中的关键作用 研究仅关注了缺血再灌注损伤后的特定时间点(第3天和第14天),可能未涵盖AKI-to-CKD转变的所有阶段 探究不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变中的异质性和功能 近端肾小管上皮细胞 单细胞分析 肾病 单细胞RNA测序 NA RNA-seq数据 缺血再灌注损伤后第3天和第14天的近端肾小管上皮细胞
1488 2025-06-23
Increased inflammation as well as decreased endoplasmic reticulum stress and translation differentiate pancreatic islets from donors with pre-symptomatic stage 1 type 1 diabetes and non-diabetic donors
2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1
研究论文 本研究通过蛋白质组学方法比较了1型糖尿病前期患者与非糖尿病捐赠者的胰岛蛋白质变化,揭示了胰岛功能障碍的潜在机制 首次在人类胰岛素分泌β细胞中发现了1型糖尿病前期阶段的分子变化,包括免疫反应增强和内质网应激及蛋白质翻译减少 样本量较小(mAAb+组n=3,ND组n=3),且存在较大的个体间差异 识别1型糖尿病前期阶段胰岛β细胞功能障碍的分子通路 胰岛自身抗体阳性的器官捐赠者(AAb+)与非糖尿病(ND)对照捐赠者的胰岛组织 蛋白质组学 1型糖尿病 激光显微切割、质谱(MS)蛋白质组学、无标记定量分析 NA 蛋白质组数据 AAb+组5例(其中mAAb+亚组3例),ND对照组5例(匹配分析用3例)
1489 2025-06-23
TSC22 domain family member 3 links natural killer cells to CD8+ T cell-mediated drug hypersensitivity
2025-Jun-21, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1
research paper 该研究探讨了TSC22D3在自然杀伤细胞(NK细胞)与CD8+ T细胞介导的药物过敏反应中的关键作用 揭示了TSC22D3通过调控NK细胞功能,影响CD8+ T细胞介导的免疫反应,为药物过敏反应提供了新的机制解释 研究主要基于DHS患者和小鼠模型,结果在其他类型的SCARs中的普适性尚待验证 探索药物过敏反应(特别是DHS)的免疫学机制 DHS患者、dapsone耐受个体及小鼠模型 免疫学 药物过敏反应 单细胞RNA测序 小鼠模型 基因表达数据 DHS患者与dapsone耐受个体的比较研究
1490 2025-06-23
Cytoskeletal-related genes function as checkpoints for the maintenance of VSMC contractile phenotype and prevent pathological remodeling in arterial diseases
2025-Jun-20, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 本研究构建了一个跨物种整合模型,研究血管平滑肌细胞(VSMC)在动脉疾病中的表型转换,并验证了细胞骨架相关基因在维持VSMC收缩表型及防止病理重塑中的关键作用 首次揭示了细胞骨架相关基因(Fblim1、Tns1和Synpo2)作为VSMC表型转换的检查点,在动脉病理重塑中的关键作用 研究主要依赖于公共单细胞RNA-seq数据集和动物模型,尚未在人类临床样本中进行验证 探究VSMC表型转换的分子机制,为动脉疾病提供新的治疗策略 血管平滑肌细胞(VSMC) 分子生物学 动脉疾病(包括动脉粥样硬化和主动脉瘤) 单细胞RNA-seq、siRNA介导的基因敲除、腺病毒介导的基因过表达 跨物种整合模型 RNA-seq数据 公共单细胞RNA-seq数据集、实验动物动脉瘤样本和PDGF-BB处理的VSMCs
1491 2025-06-23
Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics
2025-Jun-18, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 介绍了一种名为Vispro的端到端自动化图像处理工具,用于优化10× Visium数据的空间转录组学图像分析 Vispro通过包括基准标记检测、图像恢复、组织区域检测和断开组织区域分割等模块,提高了图像质量,从而提升了下游分析的准确性和性能 NA 解决空间转录组学中组织学图像因基准标记和背景区域而退化的问题 10× Visium数据的空间转录组学图像 数字病理学 NA 空间转录组学 NA 图像 NA
1492 2025-06-23
A single-cell transposable element atlas of human cell identity
2025-Jun-18, Cell reports methods IF:4.3Q2
研究论文 开发了一种名为Stellarscope的计算工具,用于单细胞转座因子(TE)位点水平的分析,并构建了人类PBMCs中TE表达的图谱 首次在单细胞水平上量化了位点特异性TE表达,并揭示了TE表达在细胞类型和亚群中的新作用 TE的重复序列内容和注释不完善可能影响分析的准确性 研究转座因子在人类生物学中的影响 人类PBMCs(外周血单个核细胞) 生物信息学 NA scRNA-seq(单细胞RNA测序) 期望最大化算法 RNA测序数据 NA
1493 2025-06-23
A single-cell plume transcriptome atlas of the cold-seep tubeworm Paraescarpia echinospica
2025-Jun-17, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本文提供了深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组图谱,为深海管虫的单细胞分辨率分析提供了基础 首次对深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物进行单细胞转录组分析,揭示了六种细胞簇及其相关基因 研究仅针对一种深海管虫的羽状物,可能无法完全代表其他深海管虫或不同组织 研究深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组,以了解其代谢交换机制 深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物 单细胞转录组学 NA 单细胞转录组测序 NA 转录组数据 未明确说明样本数量,但研究涉及Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞分析
1494 2025-06-23
Folliculin Deletion in the Mouse Kidney Results in Cystogenesis of the Loops of Henle via Aberrant TFEB Activation
2025-Jun-09, The American journal of pathology
研究论文 该研究探讨了在小鼠肾脏中删除Folliculin(FLCN)基因如何通过异常的TFEB激活导致Henle环的囊性形成 揭示了FLCN-TFEB信号通路在肾单位发育中的关键作用,特别是在Henle环中,为Birt-Hogg-Dubé综合征的发病机制提供了新的见解 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证 探究FLCN基因在肾单位发育中的具体作用及其与TFEB激活的关系 小鼠肾脏中的肾单位,特别是Henle环 分子生物学 Birt-Hogg-Dubé综合征 单细胞RNA测序 基因敲除小鼠模型 基因表达数据 基因敲除小鼠及其对照组
1495 2025-06-23
Formononetin enhances cisplatin chemotherapy sensitivity in osteosarcoma by inducing ferroptosis and reconstructing the immune microenvironment
2025-Jun-09, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1
研究论文 本研究探讨了生物活性化合物芒柄花素(formononetin)在增强骨肉瘤细胞对顺铂化疗敏感性中的作用 首次证明芒柄花素通过抑制MAZ/GPX4轴诱导铁死亡并重塑肿瘤免疫微环境来增强顺铂敏感性 研究仅基于PDX模型,尚未进行临床验证 探索增强骨肉瘤对顺铂化疗敏感性的新策略 骨肉瘤细胞和肿瘤免疫微环境 肿瘤学 骨肉瘤 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 PDX模型 测序数据 7216个人源骨肉瘤细胞和89,558个小鼠源细胞
1496 2025-06-23
Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model: Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis With Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer
2025-Jun-03, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1
研究论文 该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析,开发了一个基于深度学习的结直肠癌肝转移病理组学模型,用于预测结直肠癌患者的肝转移风险 识别了一种触发肝转移的恶性细胞类型(LMTMCs),并通过多组学细胞通讯分析揭示了成纤维细胞与LMTMCs之间的相互作用机制,开发了无需人工标注的弱监督学习模型 模型在外部验证集中的AUC值存在差异(0.72-0.89),可能需要进一步优化和验证 提高结直肠癌肝转移风险的早期识别和预测能力 结直肠癌患者和肝转移组织 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序、空间转录组分析、批量RNA测序 ResNet18 全切片图像、转录组数据 TCGA-CRC组织图像内部测试集和两个外部独立验证队列(西南医科大学附属医院和附属中医医院)
1497 2025-06-23
BCAT1 Activation Reprograms Branched-Chain Amino Acid Metabolism and Epigenetically Promotes Inflammation in Diabetic Retinopathy
2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1
研究论文 研究探讨了BCAT1在糖尿病视网膜病变中如何重塑支链氨基酸代谢并通过表观遗传机制促进炎症 揭示了BCAT1在糖尿病视网膜病变中的新作用机制,包括其对支链氨基酸代谢的重塑和通过表观遗传学调控炎症基因的表达 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类样本的验证不足 探究支链氨基酸代谢重塑及其在糖尿病视网膜病变进展中的作用 糖尿病视网膜病变中的Müller细胞和小鼠模型 代谢组学与表观遗传学 糖尿病视网膜病变 单细胞测序、靶向代谢组学、染色质免疫沉淀(ChIP)、RNA测序、激酶筛选实验 NA 测序数据、代谢组数据、免疫荧光图像 糖尿病小鼠模型和高糖处理的Müller细胞
1498 2025-06-23
Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress
2025-Jun, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法,揭示了水稻根部细胞如何适应不同的土壤条件 首次在单细胞分辨率下揭示了根部组织如何通过细胞间通讯和基因表达变化适应土壤压力 研究仅针对水稻,其他植物物种的适应性机制可能不同 探究根部组织在单细胞尺度上适应不同土壤条件的分子机制 水稻根部细胞 植物分子生物学 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA 转录组数据 不同生长条件(凝胶与土壤)下的水稻根部细胞
1499 2025-06-23
Multigenerational cell tracking of DNA replication and heritable DNA damage
2025-Jun, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本文通过多代单细胞追踪技术,研究了DNA复制和遗传性DNA损伤如何导致细胞异质性 结合内源性标记蛋白和定制计算工具,首次实现了多代细胞中DNA复制模式和遗传性DNA损伤的同时追踪 研究仅限于最多四代细胞的追踪,可能无法完全反映长期细胞演化过程 解析致癌扰动如何诱导姐妹细胞不对称性和表型异质性 异步生长的细胞系 单细胞生物学 癌症 双CRISPR基因组编辑、单细胞转录组学、迭代染色 NA 单细胞追踪数据、转录组数据 多代细胞系(最多四代)
1500 2025-06-23
NOTCH2 disrupts the synovial fibroblast identity and the inflammatory response of epiphyseal chondrocytes
2025-May-08, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2
研究论文 本研究探讨了NOTCH2信号在软骨细胞中对转录组和细胞群体的影响,特别是在炎症反应和骨关节炎中的作用 揭示了NOTCH2通过改变软骨细胞和关节滑膜成纤维细胞的转录组,增强炎症相关通路的活动 研究主要基于小鼠模型,可能不完全适用于人类疾病 探究NOTCH2信号如何修改转录组和细胞群体,及其在骨关节炎中的作用 小鼠的软骨细胞和关节滑膜成纤维细胞 分子生物学 骨关节炎 RNA-Seq, scRNA-Seq NA 转录组数据 两种功能获得性突变小鼠模型的原代骺细胞
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