单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1481	2025-03-18	3D spatial transcriptomics reveals the molecular domain structure of the mouse olfactory bulb 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639192 PMID:40060607	研究论文	本文利用3D空间转录组学技术重建了小鼠嗅球的解剖和分子组织，揭示了其分子域结构	首次提供了嗅球分子域结构的全面图谱，揭示了嗅球中分子对称性的组织方式	研究仅限于小鼠嗅球，未涉及其他脑区或其他物种	研究小鼠嗅球的解剖和分子组织，揭示其对称性结构	小鼠嗅球中的分子域结构	空间转录组学	NA	3D空间转录组学	NA	空间转录组数据	近一千个分子上不同的肾小球
1482	2025-03-18	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2025-Feb-20, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6050441/v1 PMID:40034439	研究论文	本文提出了一种名为随机空间主成分分析（RASP）的新方法，用于高效降维高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到包含10万多个位置的数据集，并支持非转录组协变量的灵活整合	NA	开发一种计算效率高的降维方法，以更好地理解组织结构和疾病进展的机制	人类和小鼠组织的高分辨率空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机空间主成分分析（RASP）	PCA	空间转录组数据	多种空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）
1483	2025-03-18	EpiFoundation: A Foundation Model for Single-Cell ATAC-seq via Peak-to-Gene Alignment 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636688 PMID:39975086	研究论文	本文介绍了一种名为EpiFoundation的基础模型，用于从单细胞ATAC-seq数据中学习细胞表示，通过创新的跨模态预训练过程解决数据稀疏性问题	EpiFoundation通过处理非零峰值集和利用密集基因表达信息监督预训练过程，创新性地解决了scATAC-seq数据的高维稀疏性问题	NA	开发专门针对单细胞ATAC-seq数据的基础模型，以解决数据稀疏性和峰值间相关性建模的挑战	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scATAC-seq, scRNA-seq	基础模型	单细胞ATAC-seq数据	100,000+单细胞
1484	2025-03-17	Spatial transcriptomics combined with single-nucleus RNA sequencing reveals glial cell heterogeneity in the human spinal cord 2025-Nov-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-01876 PMID:38934400	研究论文	本文通过结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了人类脊髓中胶质细胞的异质性	首次在人类脊髓中应用高吞吐量单核RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞的分子异质性，并与小鼠数据进行了跨物种比较	研究主要局限于人类和小鼠的脊髓胶质细胞，未涉及其他物种或神经系统的其他部分	探索人类脊髓中胶质细胞的分子异质性及其在疾病中的作用	人类和小鼠脊髓中的星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞	数字病理	神经退行性疾病	单核RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA序列数据	人类和小鼠的脊髓样本
1485	2025-03-17	Exosomes originating from neural stem cells undergoing necroptosis participate in cellular communication by inducing TSC2 upregulation of recipient cells following spinal cord injury 2025-Nov-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00068 PMID:38993124	研究论文	本文研究了脊髓损伤后神经干细胞坏死性凋亡产生的外泌体在细胞通讯中的作用，并发现这些外泌体通过诱导受体细胞中TSC2的上调参与细胞通讯	首次揭示了神经干细胞坏死性凋亡产生的外泌体在脊髓损伤后细胞通讯中的具体机制，特别是TSC2的上调作用	研究主要基于体外模型，尚未在体内模型中验证这些发现	探讨脊髓损伤后神经干细胞坏死性凋亡产生的外泌体在细胞通讯中的作用	神经干细胞及其外泌体	细胞生物学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、转录组测序	体外坏死性凋亡模型	RNA测序数据	16-17天胚胎小鼠的神经干细胞
1486	2025-03-17	Oligodendroglial heterogeneity in health, disease, and recovery: deeper insights into myelin dynamics 2025-Nov-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00694 PMID:39665821	研究论文	本文探讨了少突胶质细胞在健康、疾病和恢复过程中的异质性，特别是通过单细胞RNA测序技术揭示了新的细胞状态，并提出了新的分类系统	通过单细胞RNA测序技术发现了少突胶质细胞谱系中的五种新细胞状态，并提出了新的分类系统，有助于更深入地理解少突胶质细胞在生理和病理环境中的作用	需要进一步的研究来验证这些新发现的细胞状态在不同疾病模型中的具体作用	研究少突胶质细胞在健康和疾病状态下的异质性，以及其在脱髓鞘疾病中的作用	少突胶质细胞谱系	生物医学	多发性硬化症、阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1487	2025-03-17	Lactate drives senescence-resistant lineages in hepatocellular carcinoma via histone H2B lactylation of NDRG1 2025-Apr-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217567 PMID:39978571	研究论文	本文通过单细胞RNA测序轨迹分析重建了肝细胞癌（HCC）的克隆进化，揭示了LDHA-NDRG1轴在癌症进展中的关键作用，并提出了针对乳酸化介导的表观遗传调控的精准医学策略	揭示了LDHA-NDRG1轴通过乳酸化组蛋白H2B在K58位点的表观遗传机制，连接代谢重编程与衰老逃逸，为HCC异质性提供了新的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索肝细胞癌的克隆进化及其与肿瘤异质性和衰老抵抗的关系	肝细胞癌（HCC）	癌症研究	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1488	2025-03-17	Spatial transcriptomics and single-cell RNA-sequencing revealed dendritic cell-mediated inflammation in keratoconus 2025-Apr, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.01.008 PMID:39837422	研究论文	本研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术揭示了树突状细胞介导的炎症在圆锥角膜中的作用	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，全面揭示了圆锥角膜的炎症特征及其空间分布	研究中未详细探讨其他可能的炎症通路及其在圆锥角膜中的作用	研究圆锥角膜的分子和细胞变化，特别是炎症反应的作用	圆锥角膜患者的角膜组织	数字病理学	圆锥角膜	空间转录组学, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
1489	2025-03-17	Network-based analysis of Alzheimer's Disease genes using multi-omics network integration with graph diffusion 2025-Apr, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2025.104797 PMID:39993589	研究论文	本文通过整合多组学网络，利用图扩散方法构建高质量网络，分析阿尔茨海默病（AD）基因的网络特性	挑战了AD基因主要是网络中枢纽基因的传统观点，揭示了AD基因在网络中的分布特性及其调控机制	需要进一步验证多组学网络整合方法的普适性及其在不同疾病中的应用	研究阿尔茨海默病基因在网络中的特性及其调控机制	阿尔茨海默病基因	生物信息学	阿尔茨海默病	微阵列、单细胞RNA测序、单核RNA测序、蛋白质相互作用、基因本体信息	图扩散	基因表达数据	NA
1490	2025-03-17	scRNA-seq reveals involvement of monocytes in immune response in SLE patients 2025-Mar, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.110994 PMID:39818255	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了系统性红斑狼疮（SLE）患者中单核细胞在免疫反应中的作用	揭示了SLE患者外周血中单核细胞的显著增加及其高表达的IRF1在免疫调节和炎症反应中的作用	未明确说明样本的具体数量及可能的样本偏差	探索SLE患者单核细胞的炎症因子，以发现新的诊断靶点	SLE患者和健康志愿者的循环免疫细胞	生物信息学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量
1491	2025-03-17	Single-cell transcriptome reveals three types of adipocytes associated with intramuscular fat content in pigs 2025-Mar, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.110998 PMID:39855485	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了与猪肌肉内脂肪含量相关的三种脂肪细胞类型	首次在猪肌肉组织中鉴定出三种新型脂肪细胞类型，并揭示了它们的基因表达特征和转录因子富集模式	研究仅限于猪的肌肉组织，未涉及其他物种或组织类型	研究猪肌肉内脂肪的细胞组成和基因表达特征，以理解其对肌肉脂肪浸润和肉质的影响	成年猪的肌肉组织	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组分析, ATAC-seq, RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据, ATAC-seq数据	成年猪的肌肉组织样本
1492	2025-03-17	Cxcl9 modulates aging associated microvascular metabolic and angiogenic dysfunctions in subcutaneous adipose tissue 2025-Feb-11, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-09970-y PMID:39934436	研究论文	本研究探讨了衰老对皮下脂肪组织中微血管内皮细胞（ECs）的影响及其机制，发现Cxcl9与衰老ECs的氧化磷酸化受损相关，并提出了Cxcl9作为微血管衰老相关功能障碍的生物标志物	首次发现Cxcl9与衰老ECs的氧化磷酸化受损相关，并提出了Cxcl9作为微血管衰老相关功能障碍的生物标志物	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨衰老对微血管内皮细胞的影响及其机制	小鼠皮下脂肪组织中的微血管内皮细胞	生物医学	心血管疾病	光片免疫荧光显微镜、单细胞RNA测序、代谢通量平衡分析	NA	图像、RNA测序数据	老年小鼠的皮下脂肪组织
1493	2025-03-16	Centromere protein U mediates the ubiquitination and degradation of RPS3 to facilitate temozolomide resistance in glioblastoma 2025-May, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2025.101214 PMID:40023134	研究论文	本研究揭示了CENPU在胶质母细胞瘤中对替莫唑胺（TMZ）耐药性的作用机制	首次发现CENPU通过促进RPS3的泛素化和降解来增强TMZ耐药性，并阐明了其分子机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明TMZ耐药的机制并探索提高胶质母细胞瘤对TMZ敏感性的方法	胶质母细胞瘤（GBM）	肿瘤学	胶质母细胞瘤	转录组测序、免疫组化（IHC）、HE染色、单细胞测序、免疫荧光、慢病毒转导、共免疫沉淀、质谱分析、碱性彗星实验	NA	基因表达数据、组织病理学数据、单细胞测序数据	患者来源的GBM类器官、颅内和皮下胶质瘤小鼠模型
1494	2025-03-16	Divergent PTEN-p53 interaction upon DNA damage in a human thyroid organoid model with germline PTEN mutations 2025-Apr-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2 DOI:10.1530/ERC-24-0216 PMID:39970536	研究论文	本文研究了在携带不同PTEN基因变异的甲状腺类器官模型中，电离辐射如何影响DNA损伤反应，特别是PTEN与p53的相互作用	首次揭示了不同PTEN基因变异在辐射诱导的DNA损伤反应中的差异，特别是PTEN M134R变异与甲状腺癌易感性的关联	研究仅基于体外类器官模型，未涉及体内环境或临床样本验证	探讨PTEN基因变异在甲状腺癌发生中的作用机制	携带不同PTEN基因变异的人类诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的甲状腺类器官	肿瘤生物学	甲状腺癌	CRISPR-Cas9基因编辑技术、RNA测序（RNA-seq）	甲状腺类器官模型	RNA测序数据	来自健康供体的hiPSC细胞系，携带PTEN WT/G132D和PTEN WT/M134R变异的类器官
1495	2025-03-16	Mycoplasma ovipnuemoniae impairs the immune response of sheep and suppresses neutrophil function by inhibiting S100A9 2025-Apr, Veterinary microbiology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.vetmic.2025.110446 PMID:40022823	研究论文	本文研究了绵羊感染绵羊肺炎支原体（MO）后，肺部免疫反应和中性粒细胞功能的变化	首次系统分析了MO感染后绵羊肺组织中11种细胞类型的转录组变化，并构建了细胞间通讯模型和关键调控基因的差异表达图谱	研究主要基于体外实验，体内实验的验证可能不足	探讨MO感染对绵羊肺部免疫反应和中性粒细胞功能的影响	绵羊肺组织中的11种细胞类型	生物信息学	肺炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	细胞间通讯模型	RNA测序数据	感染MO 28天后的绵羊肺组织
1496	2025-03-16	Case report: single-cell transcriptome sequencing reveals the clonal origin of mature plasmacytoid dendritic cell proliferation in early T-cell precursor lymphoblastic leukemia 2025-Mar-14, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06301-5 PMID:40085211	病例报告	本文报告了一例69岁男性患者，通过单细胞转录组测序技术揭示了成熟浆细胞样树突状细胞增殖（MPDCP）与早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病（T-ALL）的克隆起源	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了T-ALL原始细胞与浆细胞样树突状细胞（pDC）之间的转录连续性，表明这两种细胞类型之间可能存在发育关系	需要进一步研究以确认这些发现并探索其临床意义	探讨MPDCP与淋巴系统恶性肿瘤的关联及其细胞发育关系	69岁男性患者，患有早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病并伴有MPDCP	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	1例患者
1497	2025-03-16	Mature Megakaryocytes Acquire Immune Characteristics in a Mouse Model of Aplastic Anemia 2025-Mar-14, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015621 PMID:40086077	研究论文	本文探讨了在免疫性骨髓衰竭小鼠模型中，成熟巨核细胞获得免疫特性的现象	揭示了成熟巨核细胞在免疫性骨髓衰竭中的新角色，包括其作为抗原呈递细胞的能力和对T细胞的激活作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚不充分	研究巨核细胞在免疫性骨髓衰竭中的功能和特性	小鼠模型中的巨核细胞和T细胞	血液学	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序（scRNA-seq），电子显微镜	小鼠模型	基因表达数据，显微镜图像	小鼠模型中的巨核细胞和T细胞，以及再生障碍性贫血患者的样本
1498	2025-03-16	Mapping glioma progression: single-cell RNA sequencing illuminates cell-cell interactions and immune response variability 2025-Mar-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01903-x PMID:40072722	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胶质瘤微环境的复杂性，特别是恶性胶质瘤细胞与巨噬细胞/单核细胞之间的相互作用及其对肿瘤进展和治疗反应的影响	利用单细胞RNA测序技术深入分析了胶质瘤样本，识别了多种细胞亚群和巨噬细胞/单核细胞亚型，揭示了它们通过特定途径的相互作用，并开发了一个基于风险评分的预后模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	探索胶质瘤微环境中恶性细胞与免疫细胞的相互作用及其对肿瘤进展和治疗反应的影响	胶质瘤细胞和巨噬细胞/单核细胞	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序	预后模型	RNA-seq数据	来自TCGA和CGGA数据库的胶质瘤样本
1499	2025-03-16	Spatial transcriptomics of the epipharynx in long COVID identifies SARS-CoV-2 signalling pathways and the therapeutic potential of epipharyngeal abrasive therapy 2025-Mar-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92908-7 PMID:40074801	研究论文	本研究通过空间基因表达分析（Visium HD）探讨了咽部在长期COVID-19中的关键作用，特别是残留的SARS-CoV-2 RNA如何影响咽部的信号通路，并假设针对咽部的咽部磨擦疗法（EAT）可以通过调节局部炎症和基因表达来改善长期COVID症状	首次使用空间基因表达分析技术研究长期COVID-19患者咽部残留SARS-CoV-2 RNA的影响，并提出咽部磨擦疗法（EAT）作为潜在治疗方法	样本量较小，仅包括三名长期COVID-19患者和两名对照个体	探讨咽部在长期COVID-19中的作用及咽部磨擦疗法（EAT）的治疗潜力	长期COVID-19患者和对照个体的咽部组织	数字病理学	COVID-19	空间基因表达分析（Visium HD）	NA	基因表达数据	三名长期COVID-19患者和两名对照个体
1500	2025-03-16	Transcription factor networks and novel immune biomarkers reveal key prognostic and therapeutic insights in ovarian cancer 2025-Mar-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01788-w PMID:40074978	研究论文	本研究通过分析卵巢癌单细胞RNA测序数据，构建了一个基于转录因子调控网络的9基因风险模型，用于预测卵巢癌的预后和免疫治疗效果	首次利用单细胞RNA测序数据构建卵巢癌的转录因子调控网络，并开发了一个9基因风险模型，同时鉴定了三个新的免疫相关生物标志物	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量可能有限，且需要进一步验证模型在其他独立队列中的有效性	研究卵巢癌肿瘤微环境中的转录因子调控网络，开发预后预测模型并探索新的免疫治疗靶点	卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞和转录因子	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），qPCR，免疫组化（IHC）	Lasso回归，ConsensusClusterPlus	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	未明确提及具体样本数量，但使用了138种GDSC数据库药物进行敏感性预测