单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1461	2025-03-19	Identification of M2 macrophage markers for predicting outcome and therapeutic response in osteosarcoma: Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.104855 PMID:40092698	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别了骨肉瘤中M2巨噬细胞的标志物，并构建了风险评分模型，以预测患者的预后和免疫治疗反应	本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别了骨肉瘤中M2巨噬细胞的标志物，并构建了风险评分模型，揭示了M2巨噬细胞在骨肉瘤发展中的作用及其与免疫治疗反应的关系	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制，且需要进一步实验验证	提高骨肉瘤患者免疫治疗的疗效，识别有效的生物标志物	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的M2巨噬细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	风险评分模型	RNA测序数据	来自GEO数据库的多个数据集
1462	2025-03-19	T cell receptor usage and epitope specificity amongst CD8+ and CD4+ SARS-CoV-2-specific T cells 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1510436 PMID:40092978	研究论文	本研究探讨了COVID-19康复者中SARS-CoV-2特异性CD8+和CD4+ T细胞的表位特异性、T细胞受体（TCR）使用情况及表型变化	揭示了SARS-CoV-2特异性T细胞的长期动态变化，包括从记忆样状态向初始样状态的转变，以及共享的TCR库，为疫苗策略优化提供了新见解	样本量较小（28人），且仅针对未接种疫苗的个体进行研究	研究SARS-CoV-2特异性T细胞的长期免疫反应及其在长期保护中的作用	COVID-19康复者的外周血单核细胞（PBMCs）	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据	28名未接种疫苗的COVID-19康复者
1463	2025-03-19	Metabolic pathway activation and immune microenvironment features in non-small cell lung cancer: insights from single-cell transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546764 PMID:40092988	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据深入探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤微环境（TME）及其代谢特征，并利用机器学习算法构建了具有强预测能力的风险特征	利用单细胞RNA测序数据揭示了NSCLC中肿瘤微环境与代谢途径的关系，并构建了具有强预测能力的风险特征模型	未来研究需要进一步探索这些代谢途径的具体机制及其在临床应用中的潜力	理解NSCLC中肿瘤微环境与代谢途径的关系，以开发新的治疗策略	非小细胞肺癌（NSCLC）的肿瘤微环境及其代谢特征	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）	机器学习算法	RNA测序数据	29,053个细胞
1464	2025-03-19	Unveiling the immunological landscape of disseminated tuberculosis: a single-cell transcriptome perspective 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1527592 PMID:40092995	研究论文	本文通过单细胞转录组和T细胞受体测序，揭示了血行播散性结核病的免疫学特征	首次通过单细胞RNA转录组和TCR测序揭示了DTB患者的免疫细胞组成和T细胞功能耗竭的特征，并发现了独特的TCR签名	样本量较小，仅包括7名DTB患者，可能限制了结果的普适性	阐明血行播散性结核病的免疫学特征及其发病机制	血行播散性结核病（DTB）患者	免疫学	结核病	单细胞RNA转录组测序，T细胞受体（TCR）测序	NA	单细胞RNA测序数据，TCR测序数据	7名DTB患者，2名潜伏性结核感染患者，3名活动性结核患者，2名健康对照
1465	2025-03-19	Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq to reveal the association and potential molecular mechanisms of metabolic reprogramming regulated by lactylation and chemotherapy resistance in ovarian cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1513806 PMID:40093000	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了乳酸化在卵巢癌化疗耐药中的关联及其潜在分子机制	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与卵巢癌化疗耐药相关的乳酸化基因ALDH1A1和S100A4，并深入探讨了这些基因在肿瘤耐药中的作用和分子机制	研究主要基于RNA测序数据，缺乏对蛋白质水平和功能实验的深入验证	阐明卵巢癌化疗耐药相关的乳酸化机制，为克服化疗耐药提供新的理论基础和治疗策略	卵巢癌组织和细胞	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	铂耐药和敏感卵巢癌患者的组织和细胞样本
1466	2025-03-19	Identification of glycolysis-related gene signatures for prognosis and therapeutic targeting in idiopathic pulmonary fibrosis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1486357 PMID:40093327	研究论文	本研究通过分析特发性肺纤维化（IPF）中的糖酵解相关基因（GRGs），识别出与预后和治疗靶向相关的基因特征	首次系统地识别了IPF中的糖酵解相关基因，并构建了预后模型，揭示了这些基因在纤维化肺微环境中的免疫调节作用	研究主要基于公共数据集，实验验证仅限于小鼠模型，未进行大规模临床验证	探索IPF中糖酵解相关基因的作用及其作为预后和治疗靶点的潜力	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	生物信息学	肺纤维化	基因表达分析、LASSO回归、SVM-RFE、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫浸润分析、GSEA、GSVA、RT-qPCR	LASSO回归模型	基因表达数据	三个IPF基因表达数据集和一个小鼠模型
1467	2025-03-19	Dehydrodiisoeugenol targets the PLK1-p53 axis to inhibit breast cancer cell cycle 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1545498 PMID:40093330	研究论文	本研究探讨了中药高良姜中的脱氢二异丁香酚（DHIE）通过调控PLK1-p53信号轴抑制乳腺癌细胞周期的机制	首次筛选并验证了高良姜中的DHIE作为主要抗乳腺癌活性成分，并通过多组学分析揭示了其通过PLK1-p53信号轴抑制乳腺癌细胞周期的机制	DHIE在不同亚型乳腺癌细胞中对p53的调控机制及其与其他化疗药物联合使用的优势仍需进一步探索	探索高良姜中主要抗乳腺癌活性成分及其作用机制	乳腺癌细胞及小鼠模型	癌症研究	乳腺癌	LC-MS、WGCNA、网络药理学、分子对接、转录组测序分析、免疫浸润分析、单细胞测序、CCK-8、流式细胞术、Western blot	NA	分子数据、细胞数据、动物模型数据	NA
1468	2025-03-19	Current status and future perspectives of the diagnostic of plant bacterial pathogens 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1547974 PMID:40093602	综述	本文综述了植物细菌病原体诊断的现状和未来展望，从基于培养的策略发展到无培养检测	介绍了微拉曼光谱技术在单细胞水平上快速、无标记、非侵入性地鉴别存活但不可培养的病原体的创新应用	光谱学方法在检测先前未知的植物病原体方面仍显不足	探讨植物细菌病原体诊断技术的发展及其应用前景	植物细菌病原体	植物病理学	NA	微拉曼光谱技术、单细胞测序、合成生物学	NA	光谱数据	NA
1469	2025-03-19	From Gene to Intervention: NLRC4 and WIPI1 Regulate Septic Acute Lung Injury Through Autophagy 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S510691 PMID:40093959	研究论文	本研究探讨了NLRC4和WIPI1通过自噬调节脓毒症急性肺损伤（SALI）的分子机制	首次揭示了NLRC4和WIPI1在SALI中的关键作用，并通过自噬调节机制提供了新的治疗靶点	研究主要依赖于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索自噬在脓毒症急性肺损伤中的分子机制及其治疗潜力	脓毒症急性肺损伤（SALI）	分子生物学	脓毒症	流式细胞术、免疫荧光、qPCR、Western Blotting、siRNA	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	两个微阵列数据集（GSE33118和GSE131761）和三个单细胞测序数据集（SCP43、SCP548和SCP2156）
1470	2025-03-19	The aggrephagy-related gene TUBA1B influences clinical outcomes in glioma patients by regulating the cell cycle 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1531465 PMID:40094001	研究论文	本研究探讨了与聚集自噬相关的基因TUBA1B如何通过调控细胞周期影响胶质瘤患者的临床结果	首次将TUBA1B基因与胶质瘤的聚集自噬亚型联系起来，并验证了其作为独立预后标志物的潜力	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏多中心验证	阐明胶质瘤的潜在机制并识别新的生物标志物以改善治疗策略和预后模型	胶质瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序、qRT-PCR、体外功能实验、小鼠异种移植模型	机器学习、多变量Cox回归	基因表达数据、临床数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的胶质瘤数据集
1471	2025-03-18	Key genes linking gut microbiota, immune cells, and osteoporosis: A multi-omics approach 2025-May, Microbial pathogenesis IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.micpath.2025.107412 PMID:39993547	研究论文	本研究通过整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和生物信息学分析，全面探讨了肠道微生物群、免疫细胞调节与骨质疏松症之间的因果关系	首次揭示了肠道微生物群通过免疫细胞调节与骨质疏松症之间的因果关系，并鉴定了USP6NL、SELENOT和TAF1A作为潜在的治疗靶点	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索肠道微生物群、免疫细胞调节与骨质疏松症之间的分子机制，以改进治疗方法	肠道微生物群、免疫细胞和骨质疏松症	生物信息学	骨质疏松症	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、生物信息学分析	NA	基因表达数据	来自UK Biobank和芬兰队列的数据
1472	2025-03-18	FABP5+ lipid-loaded macrophages process tumour-derived unsaturated fatty acid signal to suppress T-cell antitumour immunity 2025-Apr, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.09.029 PMID:39357545	研究论文	本研究揭示了FABP5+脂质负载的肿瘤相关巨噬细胞通过FABP5-PPARγ信号通路增强肿瘤免疫抑制微环境的机制	首次揭示了FABP5介导的不饱和脂肪酸代谢在肿瘤相关巨噬细胞中的免疫调节作用，并提出了靶向FABP5作为肝癌治疗的新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探讨脂质代谢如何增强肿瘤相关巨噬细胞的促肿瘤作用	小鼠和人类肝细胞癌（HCC）肿瘤样本	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠和人类HCC肿瘤样本
1473	2025-03-18	Identification of DIO2 as a Molecular Therapeutic Target for Depression in Chronic Rhinosinusitis: A Comprehensive Bioinformatics and Experimental Study 2025-Mar-16, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11085-4 PMID:40089956	研究论文	本研究通过综合生物信息学和实验方法，识别了DIO2作为慢性鼻窦炎（CRS）与抑郁症共病的分子治疗靶点	首次通过机器学习和单细胞RNA测序技术，识别了CRS与抑郁症共病的共享枢纽基因，并验证了DIO2在CRS相关抑郁症中的关键作用	研究主要依赖于公共数据库的基因表达数据，实验验证仅限于动物模型，尚未在人类临床试验中得到验证	探索慢性鼻窦炎与抑郁症共病的分子机制，并识别潜在的治疗靶点	慢性鼻窦炎患者和抑郁症患者的基因表达数据	生物信息学	慢性鼻窦炎, 抑郁症	差异表达基因分析, 加权基因共表达网络分析, 单细胞RNA测序	随机森林, LASSO回归	基因表达数据	来自GEO数据库的基因表达数据集，具体样本数量未明确说明
1474	2025-03-18	Multi-omics integration and machine learning identify and validate neutrophil extracellular trap-associated gene signatures in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Mar-13, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110473 PMID:40089249	研究论文	本研究旨在探索慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中中性粒细胞外陷阱（NETs）的分子特征，并识别相关基因标志物	通过多组学整合和机器学习方法，识别并验证了与NETs相关的三个核心基因（CXCR4、CYBB和PTAFR），这些基因在CRSwNP患者中显著上调，并可能通过IL-17信号和代谢相关途径参与疾病发病机制	NA	探索CRSwNP中NETs的分子特征，识别相关基因标志物，为精确诊断和个性化治疗提供新靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者	机器学习和多组学整合	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、机器学习算法、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	多中心数据验证
1475	2025-03-18	CD105 blockade restores osimertinib sensitivity in drug-resistant EGFR-mutant non-small cell lung cancer 2025-Mar-12, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2025.101237 PMID:40090182	研究论文	本研究探讨了CD105在EGFR突变非小细胞肺癌（NSCLC）中对EGFR靶向治疗耐药性的作用，并发现通过阻断CD105可以恢复对奥希替尼的敏感性	首次揭示了CD105在EGFR突变NSCLC中对奥希替尼耐药性的作用，并提出了通过阻断CD105恢复药物敏感性的新策略	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	研究CD105在EGFR突变NSCLC中对EGFR靶向治疗耐药性的作用	EGFR突变的非小细胞肺癌（NSCLC）	癌症研究	肺癌	成像质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、ATAC测序、SCENITH分析	NA	细胞系数据、小鼠模型数据	66个NSCLC肿瘤样本，其中44个具有EGFR突变
1476	2025-03-18	STAT3-orchestrated gene expression signatures and tumor microenvironment in esophageal squamous cell carcinoma uncovered by single-cell sequencing 2025-Mar-09, Biochimica et biophysica acta. General subjects DOI:10.1016/j.bbagen.2025.130791 PMID:40068710	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）的分子机制和细胞动态变化	利用单细胞RNA测序技术揭示了ESCC中的主要细胞类型和转录组变化，并发现STAT3是ESCC的核心调控因子，负调控LHPP的表达	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探索ESCC的分子机制和细胞动态变化	食管鳞状细胞癌（ESCC）	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	临床样本组织和ESCC细胞系
1477	2025-03-18	Smoothie: Efficient Inference of Spatial Co-expression Networks from Denoised Spatial Transcriptomics Data 2025-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.640406 PMID:40060619	研究论文	本文介绍了一种名为Smoothie的方法，用于从去噪的空间转录组数据中高效推断空间共表达网络	Smoothie通过高斯平滑去噪空间转录组数据，并构建和整合全基因组共表达网络，具有快速运行时间和低内存使用的特点	NA	研究空间基因表达的相关性，以揭示基因在组织中的共表达模式	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	超过1亿个空间解析点
1478	2025-03-18	Recurrent ERBB2 alterations are associated with esophageal adenocarcinoma brain metastases 2025-Feb-26, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.02.19.25322558 PMID:40061311	研究论文	本文通过多组学分析研究了食管腺癌脑转移的分子特征及其临床意义	首次发现ERBB2在食管腺癌脑转移中的反复改变，并揭示了其在疾病进展早期的作用	样本量较小（10例），且仅针对脑转移病例进行研究	探索食管腺癌脑转移的分子机制及其治疗策略	食管腺癌脑转移患者及其匹配的原发肿瘤	数字病理学	食管腺癌	全基因组测序、单细胞空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	10例食管腺癌脑转移患者
1479	2025-03-18	Consequences of training data composition for deep learning models in single-cell biology 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639127 PMID:40060416	研究论文	本文系统研究了训练数据集组成对单细胞转录组学深度学习模型行为的影响	首次系统探讨了训练数据组成对单细胞转录组学基础模型性能的影响，特别是在人类造血系统中的应用	研究主要集中于人类造血系统，可能不适用于其他细胞类型或生物系统	探讨训练数据组成对单细胞转录组学深度学习模型性能的影响	人类造血系统中的单细胞转录组数据	单细胞生物学	NA	单细胞转录组学	深度学习模型	单细胞转录组数据	包括成人和发育组织、疾病状态和扰动图谱的细胞
1480	2025-03-18	MolGene-E: Inverse Molecular Design to Modulate Single Cell Transcriptomics 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.638723 PMID:40060426	研究论文	本文介绍了一种名为MolGene-E的深度生成框架，用于利用单细胞转录组数据设计新药物分子	MolGene-E结合了两种新模型：一种能够协调和去噪化学扰动的批量和单细胞转录组数据的跨模态模型，以及一种基于对比学习的生成模型，能够根据转录组数据生成新分子	单细胞组学数据具有噪声、异质性、稀缺性和高维性，这为机器学习方法的应用带来了挑战	开发一种能够利用单细胞转录组数据设计新药物分子的机器学习方法	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞转录组学	深度生成模型	单细胞转录组数据	NA