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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1461 | 2026-02-26 |
Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice
2025-07, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364
PMID:40513949
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研究论文 | 本研究探讨了EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用,揭示其缺失导致精子发生障碍和雄性不育 | 首次在雄性生殖细胞中系统研究EXOSC10的功能,通过条件性敲除模型结合单细胞RNA测序技术,阐明其在减数分裂转录组调控中的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,人类中的功能保守性尚未验证;单细胞测序样本量相对有限 | 探究EXOSC10核糖核酸酶在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用机制 | 小鼠雄性生殖细胞(特别是减数分裂前生殖细胞和精母细胞) | 生殖生物学 | 男性不育症 | 条件性基因敲除、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及条件性敲除小鼠的生殖细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1462 | 2026-02-26 |
A tumor necrosis factor-α-responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7
2025-06, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568
PMID:40316021
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研究论文 | 本研究揭示了内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中通过肿瘤坏死因子-α响应的隐蔽启动子驱动的过表达机制 | 发现了ERVK-7的两个新型转录本(ERVK-7.long和ERVK-7.short),并阐明了它们由不同上游启动子驱动、受炎症信号通路差异调控的机制 | 研究主要聚焦于肺腺癌,对其他癌症类型中ERVK-7的调控机制探讨有限 | 探究内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的表达调控机制及其临床意义 | 人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的转录调控 | 表观遗传学 | 肺腺癌 | 单细胞转录组测序、表观遗传图谱分析 | NA | RNA-seq数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1463 | 2026-02-26 |
NOTCH2 disrupts the synovial fibroblast identity and the inflammatory response of epiphyseal chondrocytes
2025-06, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110206
PMID:40345585
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研究论文 | 本研究探讨NOTCH2信号在小鼠骨骺软骨细胞中对转录组和细胞群体的影响,特别是在炎症反应和骨关节炎发病机制中的作用 | 通过NOTCH2功能获得性突变和条件性模型,结合bulk RNA-Seq和scRNA-Seq分析,揭示了NOTCH2如何增强炎症通路并破坏关节滑膜成纤维细胞的转录组特性 | 研究主要基于小鼠模型,可能无法完全反映人类骨关节炎的复杂性,且样本来源和实验条件存在一定限制 | 探究NOTCH2信号如何调控骨骺软骨细胞的转录组和细胞群体,以理解其在骨关节炎发病机制中的作用 | 小鼠骨骺软骨细胞,包括NOTCH2功能获得性突变模型和条件性表达NICD2的模型 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | bulk RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq (scRNA-Seq) | NA | RNA序列数据 | 来自NOTCH2功能获得性突变小鼠和R26-NICD2小鼠的原代骨骺细胞 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1464 | 2026-02-26 |
A comparison of integration methods for single-cell RNA sequencing data and ATAC sequencing data
2025-Jun, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1002/qub2.91
PMID:41675510
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综述 | 本文系统回顾并评估了超过10种流行的单细胞RNA测序和ATAC测序数据整合方法 | 强调在生物学相关粒度上进行数据整合的重要性,并考虑不同模态间的固有差异以平衡生物学发现与噪声去除 | 讨论了这些整合方法的数据偏好、局限性、应用挑战及未来方向 | 比较和评估单细胞多模态数据整合方法,以解决细胞间对应关系识别这一挑战性任务 | 单细胞RNA测序数据和ATAC测序数据 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞多模态数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1465 | 2026-02-26 |
Tumor cell villages define the co-dependency of tumor and microenvironment in liver cancer
2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.07.642107
PMID:40161587
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研究论文 | 本研究通过空间单细胞成像和单细胞RNA测序分析肝癌样本,揭示了肿瘤细胞村庄及其与微环境的共依赖性对肿瘤异质性和患者预后的影响 | 开发了一种基于深度学习的空间动态网络策略,首次将肿瘤细胞状态组织成村庄概念,并展示了其与微环境的特异性分子共依赖性 | 研究样本量有限(50个肿瘤生物样本),且主要聚焦于肝癌,可能不适用于其他癌症类型 | 探究肿瘤空间景观的形成机制及其对肿瘤适应性的影响 | 肝癌肿瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间单细胞成像,单细胞RNA测序 | 深度学习 | 图像,RNA测序数据 | 超过200万个细胞,来自50个肿瘤生物样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1466 | 2026-02-26 |
Single-cell transcriptome analysis profiles cellular dynamics and transcriptional changes in diabetic wound tissues following ESWT treatment
2025, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2025.1693937
PMID:41334557
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,构建了体外冲击波疗法治疗糖尿病伤口组织的细胞图谱,揭示了该疗法促进组织修复的细胞机制 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘了体外冲击波疗法对糖尿病伤口组织的细胞动态和转录重编程影响,并阐明了其通过调节巨噬细胞、成纤维细胞和内皮细胞状态以及增强免疫细胞通讯网络来促进修复的机制 | 研究主要基于转录组层面的分析,缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入探索;样本量相对有限,且为观察性研究,因果关系需进一步验证 | 探究体外冲击波疗法促进糖尿病伤口愈合的细胞和分子机制 | 糖尿病伤口组织 | 数字病理学 | 糖尿病并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约39,475个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1467 | 2026-01-23 |
Correction: High-resolution single-cell RNA sequencing using canFam4 reveals novel immune subsets and checkpoint programs in healthy dogs
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1773404
PMID:41567218
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correction | 本文是对先前发表的一篇关于使用canFam4进行高分辨率单细胞RNA测序以揭示健康犬类新型免疫亚群和检查点程序的研究文章的更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1468 | 2026-02-25 |
A human-mouse atlas of intrarenal myeloid cells identifies conserved disease-associated macrophages in lupus nephritis
2025-Nov-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20241873
PMID:40900124
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析、空间转录组学和功能研究,比较了四种小鼠模型和155名狼疮性肾炎患者的肾内髓系细胞,识别了保守的疾病相关巨噬细胞 | 首次通过跨物种分析识别了狼疮性肾炎中保守的疾病相关单核细胞和巨噬细胞,并验证了小鼠模型在理解人类疾病中的适用性 | 研究主要基于观察性数据,功能机制验证可能有限,且样本量虽大但可能未覆盖所有疾病亚型 | 探索狼疮性肾炎中肾内髓系细胞的改变,并评估小鼠模型在治疗开发中的适用性 | 四种小鼠模型和155名狼疮性肾炎患者的肾内髓系细胞 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞分析,空间转录组学,功能研究 | NA | 单细胞数据,空间转录组数据 | 155名狼疮性肾炎患者和四种小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1469 | 2026-02-25 |
Multi-omic profiling reveals age-specific blood biomarkers and aging-driven B cell remodeling in osteoarthritis
2025-Nov-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003076
PMID:40696927
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研究论文 | 本研究通过多组学分析,揭示了骨关节炎(OA)中年龄特异性的血液生物标志物及衰老驱动的B细胞重塑机制 | 识别了五个外周血生物标志物(MAPK1、MAP3K8、ING1、LDLR、NUP153),并建立了基于年龄特异性标志物的优化预测模型,首次揭示了衰老驱动的B细胞重塑在老年OA发病中的关键作用 | 研究样本量有限,且主要聚焦于膝关节OA,未来需在更大队列和其他关节类型中验证 | 开发骨关节炎的非侵入性诊断工具并探索其发病机制,特别是年龄相关的免疫失调 | 骨关节炎患者(包括年轻和老年)的关节组织(四种OA受累关节组织)和外周血样本 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 转录组分析、单细胞RNA测序、流式细胞术 | 机器学习 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、流式细胞数据 | 217,983个关节细胞进行单细胞RNA测序,具体患者样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1470 | 2026-02-25 |
Unraveling molecular characteristics and functional exploration of panoptosis for prognosis stratification in lung adenocarcinoma: a tumor marker prognostic study
2025-Nov-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002968
PMID:40844260
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,揭示了PANoptosis在肺腺癌中的分子特征,并开发了一个预后分层模型 | 首次将PANoptosis与肺腺癌预后关联,并识别出YWHAG-vasopressin-PANoptosis轴作为潜在治疗靶点 | 研究基于回顾性队列数据,需要前瞻性验证;体外和体内实验样本量有限 | 探索PANoptosis在肺腺癌中的分子机制并建立预后预测模型 | 肺腺癌患者活检样本 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析 | 机器学习组合算法 | 转录组数据、单细胞数据 | 超过1500个肺腺癌及其他癌症活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1471 | 2026-02-25 |
Human microglia in brain assembloids display region-specific diversity and respond to hyperexcitable neurons carrying SCN2A mutation: Microglial diversity and response in assembloids
2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657874
PMID:40501840
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研究论文 | 本研究通过构建包含人类小胶质细胞的区域特异性脑类器官和组装体,揭示了小胶质细胞在人类大脑不同区域的多样性及其对神经元过度兴奋的响应机制 | 首次在人类脑类器官和组装体中整合小胶质细胞,系统揭示了其区域特异性亚型多样性,并建立了研究神经免疫相互作用的先进平台 | 研究基于体外类器官模型,可能无法完全模拟体内复杂环境;样本规模相对有限 | 探究人类大脑不同区域小胶质细胞的特性及其在神经回路发育和功能中的作用 | 人类小胶质细胞、区域特异性脑类器官(皮质、纹状体、中脑)以及中脑-纹状体组装体 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、钙成像、化学遗传学 | 脑类器官模型、组装体模型 | 单细胞转录组数据、钙信号数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1472 | 2026-02-25 |
sciLaMA: A Single-Cell Representation Learning Framework to Leverage Prior Knowledge from Large Language Models
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.28.635153
PMID:40501921
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研究论文 | 提出了一种名为sciLaMA的新型单细胞表示学习框架,通过整合多模态大语言模型的静态基因嵌入与单细胞RNA测序数据,以提升下游任务性能 | 首创性地将多模态大语言模型的基因嵌入与单细胞RNA测序数据通过配对变分自编码器架构相结合,生成上下文感知的细胞和基因表示 | 未在摘要中明确说明 | 解决单细胞RNA测序数据分析中整合外部生物知识、计算效率和可解释性的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器,大语言模型 | 基因表达表格数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1473 | 2026-02-25 |
Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis
2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652535
PMID:40654739
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PDI-TCR的新方法,用于从人类血液中识别抗原特异性T细胞受体,并应用于结核病研究 | 开发了PDI-TCR方法,通过比较非重叠肽池的响应,能够区分真正的抗原特异性TCR克隆型与非特异性旁观者激活相关的TCR | NA | 识别和监测抗原特异性T细胞,以研究结核病中CD4 T细胞的动态和表型 | 结核病患者、结核分枝杆菌致敏的健康个体(IGRA+)的血液样本 | 免疫学 | 结核病 | 肽池扩增、批量TCR测序、单细胞RNA测序 | NA | 序列数据、RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1474 | 2026-02-24 |
Decoding muscle-resident Schwann cell dynamics during neuromuscular junction remodeling
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.06.561193
PMID:38370853
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的作用,并发现了调控该过程的关键分子通路 | 发现了神经肌肉接头重塑过程中一种新型的终末雪旺细胞亚型,并确定了SPP1信号通路作为调控雪旺细胞增殖和肌肉再神经支配的关键调节因子 | 研究主要基于小鼠模型,其在人类疾病中的直接适用性尚需进一步验证 | 阐明肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的细胞动力学和分子机制 | 肌肉驻留雪旺细胞及其在稳定神经支配、部分去神经支配和完全去神经支配再神经支配模型中的亚型 | 单细胞组学 | 神经肌肉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1475 | 2026-02-23 |
Coronary Artery Calcification: Decoding Mechanisms, Innovations, and Translational Strategies from Bench to Bedside
2025-Dec-26, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-025-10720-0
PMID:41454180
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综述 | 本文综述了冠状动脉钙化(CAC)的病理机制、技术创新及临床管理策略,强调其从被动标志物向主动调控过程的转变 | 整合了30年研究,通过单细胞测序识别了内膜与中膜钙化亚型,并强调了AI在影像分割(99.2%准确率)和血管内碎石术(IVL,≥98%成功率)等创新技术的应用 | 他汀类药物对钙化的双重效应、亚型诊断缺口以及先进工具(如IVL在>70%资源有限设施中不可用)的可及性有限 | 总结CAC的病理机制、技术进展和临床证据,推动从被动治疗向主动血管健康优化的转变 | 冠状动脉钙化(CAC)及其相关的动脉粥样硬化病理 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | AI | 影像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1476 | 2026-02-23 |
Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.18.643943
PMID:40166305
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析,识别了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤中一个表达恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群 | 首次在组织学低级别IPMN中发现了一个表达恶性转录特征(如KRT17、S100A10和CEACAM5)的上皮细胞亚群,该亚群可能代表向高级别不典型增生进展的过渡状态 | 研究样本数量可能有限,且需要进一步验证该KRT17阳性亚群在更大队列中的临床意义和预测价值 | 探究IPMN进展过程中的转录变化,以改善患者风险分层和治疗决策 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤患者样本,包括低级别不典型增生、高级别不典型增生和IPMN来源的癌组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,免疫荧光图像 | 包含IPMN疾病全谱的患者样本,具体数量未明确说明 | Nanostring | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | Nanostring GeoMx | Nanostring GeoMx空间转录组平台 |
| 1477 | 2026-02-22 |
A cycling, progenitor-like cell population at the base of atypical teratoid rhabdoid tumor subtype differentiation trajectories
2025-Dec-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf179
PMID:40726147
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了非典型畸胎样横纹肌样瘤(ATRT)的亚型特异性分化轨迹及其共同的循环前体细胞群 | 首次构建了ATRT的单核转录组图谱,整合了单核ATAC-seq和空间转录组数据,并发现所有ATRT亚型中均存在共享的循环中间前体细胞群 | 研究主要基于患者来源的肿瘤类器官模型进行验证,仍需在更多临床样本和体内模型中进一步证实 | 深入理解ATRT的细胞异质性和发育起源,为开发亚型特异性治疗策略提供依据 | 非典型畸胎样横纹肌样瘤(ATRT)肿瘤样本和患者来源的肿瘤类器官 | 数字病理学 | 儿科中枢神经系统肿瘤 | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据 | 多个ATRT患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1478 | 2026-02-22 |
Phase IB study of Avelumab and whole brain radiotherapy in patients with leptomeningeal disease from solid tumors: Results and molecular analyses
2025-Dec-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf183
PMID:40888040
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研究论文 | 本研究评估了Avelumab联合全脑放疗在实体瘤软脑膜转移患者中的安全性和疗效,并进行了分子分析 | 首次在软脑膜转移患者中评估Avelumab联合全脑放疗的联合疗法,并利用单细胞RNA测序分析治疗前后脑脊液中的免疫细胞变化 | 样本量较小(15例患者),且为单臂研究,缺乏对照组 | 评估Avelumab联合全脑放疗在软脑膜转移患者中的安全性和疗效,并探索免疫反应机制 | 实体瘤软脑膜转移患者,包括乳腺癌、肺癌、鼻咽癌、卵巢癌和胰腺癌患者 | 临床肿瘤学 | 实体瘤软脑膜转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、单细胞RNA测序数据 | 15例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1479 | 2026-02-22 |
MAP3K4 signaling regulates HDAC6 and TRAF4 coexpression and stabilization in trophoblast stem cells
2025-02, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.108116
PMID:39710325
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研究论文 | 本研究揭示了MAP3K4信号通过调控HDAC6和TRAF4的共表达与稳定性,在滋养层干细胞中影响胎盘发育的机制 | 首次发现MAP3K4、TRAF4和HDAC6在滋养层干细胞中的共调控机制,以及它们在胎盘迷路分化过程中的表达转换 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类胎盘中的具体机制尚需进一步验证 | 探究MAP3K4信号在胎盘发育中的作用及其与TRAF4和HDAC6的调控关系 | 小鼠滋养层干细胞和胎盘组织 | 发育生物学 | 胎盘功能不全 | 单细胞RNA测序,shRNA敲低,蛋白质复合物分析 | NA | RNA测序数据,蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1480 | 2026-02-22 |
Laser-capture microdissection for spatial transcriptomics of immunohistochemically detected neurons
2025-02, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.108150
PMID:39736395
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研究论文 | 本文开发了一种名为IHC/LCM-Seq的空间转录组学方法,用于对免疫组化检测的神经元进行转录组分析 | 开发了一种创新的IHC/LCM-Seq方法,结合了免疫组化、激光捕获显微切割和RNA测序技术,首次实现了对免疫组化检测的神经元进行高灵敏度空间转录组分析 | 方法基于4%甲醛固定脑组织的游离切片,可能不适用于其他固定条件或组织类型 | 开发并验证一种用于免疫组化检测神经元空间转录组分析的新方法 | 纹状体胆碱能中间神经元和促性腺激素释放激素(GnRH)神经元 | 空间转录组学 | 不孕症 | 激光捕获显微切割,RNA测序,免疫组化 | NA | RNA测序数据 | 成年雄性大鼠和小鼠的GnRH神经元 | Illumina | bulk RNA-seq | NextSeq | Illumina NextSeq平台进行批量测序 |