单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1441	2025-03-19	Identification and Validation of Four Serum Biomarkers With Optimal Diagnostic and Prognostic Potential for Gastric Cancer Based on Machine Learning Algorithms 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70659 PMID:40084401	研究论文	本研究通过机器学习和多种生物信息学分析方法，识别并验证了四种具有最佳诊断和预后潜力的胃癌血清生物标志物	结合LASSO回归和随机森林算法，从TCGA和GEO数据库中识别出18个关键基因，并进一步验证了四种具有临床实用性的生物标志物	研究依赖于公共数据库数据，实验验证样本量可能有限	识别和验证胃癌的诊断和预后生物标志物	胃癌患者血清样本	机器学习	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR、ELISA	LASSO回归、随机森林（RF）	基因表达数据、血清样本数据	TCGA和GEO数据库中的胃癌样本
1442	2025-03-19	Altered Arginine Metabolism Affects Proliferation and Radiosensitivity of Keloids 2025-Mar, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70077 PMID:40095415	研究论文	本文通过代谢组学、转录组学和单细胞RNA测序数据，研究了瘢痕疙瘩中精氨酸和脯氨酸代谢的改变及其对细胞增殖和放射敏感性的影响	首次通过多组学整合分析揭示了瘢痕疙瘩中精氨酸和脯氨酸代谢的上调，并发现精氨酸剥夺疗法（ADT）可以抑制瘢痕疙瘩来源的成纤维细胞增殖并增强其放射敏感性	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨瘢痕疙瘩中细胞代谢与生物学行为之间的关系，以发现新的治疗策略	瘢痕疙瘩及其邻近皮肤组织	代谢组学	瘢痕疙瘩	代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	瘢痕疙瘩及邻近皮肤组织样本
1443	2025-03-19	Novel therapeutic strategy: Nrf2 activation in targeting senescence-related changes in chronic obstructive pulmonary disease 2025-Feb-28, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-24-710 PMID:40083491	研究论文	本研究探讨了核因子红细胞2相关因子2（Nrf2）激活在靶向衰老相关变化以缓解慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的治疗潜力	首次提出Nrf2激活作为靶向衰老相关分泌表型（SASP）以缓解COPD进展的治疗策略	研究主要基于体外细胞模型和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨Nrf2激活在缓解COPD进展中的治疗潜力	COPD患者的衰老纤毛上皮细胞及COPD小鼠模型	NA	慢性阻塞性肺疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	COPD患者样本及COPD小鼠模型
1444	2025-03-19	Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.20.639313 PMID:40060435	研究论文	本研究通过全脑转录组分析，揭示了怀孕和产后经历对母体大脑神经可塑性的长期影响，特别是背侧海马体在转录重塑中的关键作用	首次将多巴胺确定为怀孕诱导的神经适应的核心调节因子，揭示了女性生殖经历通过转录机制重塑母体大脑以维持长期行为适应的基本机制	研究主要关注背侧海马体，可能忽略了其他脑区在怀孕和产后神经适应中的作用	探讨怀孕和产后经历对母体大脑神经可塑性的分子机制	母体大脑，特别是背侧海马体	神经科学	NA	单细胞RNA测序，化学遗传学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及母体小鼠及其幼崽
1445	2025-03-19	Laser-capture microdissection for spatial transcriptomics of immunohistochemically detected neurons 2025-Feb, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.108150 PMID:39736395	研究论文	开发了一种名为'IHC/LCM-Seq'的多功能方法，用于对免疫组化检测到的神经元进行空间转录组学研究	使用铝试剂和聚乙烯磺酸作为创新的RNA保存策略，在4%甲醛固定的大脑切片中保持RNA完整性	NA	研究免疫组化检测到的神经元的转录组特征	纹状体胆碱能中间神经元和促性腺激素释放激素（GnRH）神经元	数字病理学	NA	激光捕获显微切割（LCM），RNA-seq	NA	RNA序列数据	成年雄性大鼠和小鼠的GnRH神经元
1446	2025-03-19	A panoramic view of cell population dynamics in mammalian aging 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adn3949 PMID:39607904	研究论文	本文介绍了PanSci，一个单细胞转录组图谱，分析了623个小鼠组织在不同生命阶段、性别和基因型下的超过2000万个细胞，揭示了超过3000种不同的细胞状态和200多个与衰老相关的细胞群体	通过单细胞转录组图谱PanSci，首次全面揭示了小鼠在不同生命阶段、性别和基因型下的细胞群体动态变化，特别是与衰老相关的细胞群体变化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	阐明与衰老相关的细胞群体动态变化	小鼠组织中的细胞群体	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	超过2000万个细胞，来自623个小鼠组织
1447	2025-03-19	Single-cell RNA-Seq data have prevalent blood contamination but can be rescued by Originator, a computational tool separating single-cell RNA-Seq by genetic and contextual information 2025-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.04.588144 PMID:38617220	研究论文	本文提出了一种名为Originator的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中分离出血液污染细胞和预期组织驻留细胞	Originator通过遗传和上下文信息分离单细胞RNA测序数据，解决了样本制备过程中普遍存在的血液细胞污染问题	研究主要依赖于人工混合和真实数据集进行验证，可能在实际应用中存在一定局限性	解决单细胞RNA测序数据中的血液污染问题，确保下游功能分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多种人工混合和真实数据集
1448	2025-03-19	A cell atlas of the human fallopian tube throughout the menstrual cycle and menopause 2025-Jan-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55440-2 PMID:39753552	研究论文	本文通过单细胞RNA和ATAC测序技术，构建了人类输卵管在月经周期和更年期期间的全面细胞图谱	首次在单细胞水平上揭示了输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化，包括细胞类型频率、基因表达、转录因子活性和细胞间通讯的显著变化	研究主要关注健康人类输卵管，未涉及疾病状态下的输卵管变化	研究人类输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化	健康人类输卵管细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序	NA	单细胞RNA和ATAC测序数据	85,107个更年期前和46,111个更年期后输卵管细胞
1449	2025-03-19	Molecular Mechanisms of Ischemia/Reperfusion Injury and Graft Dysfunction in Liver Transplantation: Insights from Multi-Omics Studies in Rodent Animal Models 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.109449 PMID:40083684	review	本文综述了啮齿动物缺血再灌注损伤和肝移植模型在多组学研究中的应用，探讨了移植损伤和免疫排斥的分子机制及治疗策略	整合多组学数据和单细胞RNA测序等先进技术，扩展了对肝移植病理生理过程的理解	需要跨物种验证以提高治疗潜力，未来需结合单细胞、空间组学技术和机器学习算法进一步研究	探讨肝移植中缺血再灌注损伤和移植功能障碍的分子机制，并评估治疗方法的疗效	啮齿动物模型	生物医学	肝移植	单细胞RNA测序、多组学技术	NA	多组学数据	啮齿动物模型
1450	2025-03-19	YBX1/CD36 positive feedback loop-mediated lipid accumulation drives metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105798 PMID:40083711	研究论文	本研究探讨了YBX1在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的作用及其机制	揭示了YBX1/CD36正反馈环路在肝脏脂质积累中的作用，为MASLD治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中验证	研究MASLD的机制及YBX1在其中的作用	小鼠模型、人类肝脏样本、原代肝细胞	代谢疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞测序、透射电子显微镜、生物学和组织学分析	小鼠模型	基因表达数据、组织样本	小鼠模型和人类肝脏样本
1451	2025-03-19	Contact Cooling-Induced ELOVL4 Enhances Skin Wound Healing by Promoting the Inflammation-to-Proliferation Phase Transition 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.107871 PMID:40083712	研究论文	本文探讨了适宜温度通过诱导ELOVL4表达促进皮肤伤口愈合的机制	揭示了接触冷却通过上调ELOVL4表达促进伤口愈合的新机制，并识别了DHA和EPA作为ELOVL4的关键产物在调控炎症反应中的作用	研究主要基于皮肤损伤和皮肤类器官模型，未涉及人体临床试验	研究适宜温度如何通过调控ELOVL4表达促进皮肤伤口愈合	皮肤伤口愈合过程	生物医学	皮肤损伤	bulk-和单细胞RNA测序、空间转录组分析、功能扰动实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
1452	2025-03-19	NSUN2-mediated m5C modification drives alternative splicing reprogramming and promotes multidrug resistance in anaplastic thyroid cancer through the NSUN2/SRSF6/UAP1 signaling axis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104713 PMID:40083919	研究论文	本文探讨了NSUN2介导的m5C修饰在未分化甲状腺癌（ATC）中的多药耐药性（MDR）中的作用及其机制	揭示了NSUN2通过调控SRSF6 mRNA的m5C修饰，诱导选择性剪接重编程，进而影响UAP1基因的剪接形式，从而增强ABC转运蛋白的N-连接糖基化，防止其通过泛素化介导的降解，最终促进ATC的多药耐药性	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明NSUN2在ATC多药耐药性中的生物学机制，并探索新的治疗靶点	未分化甲状腺癌（ATC）	癌症生物学	甲状腺癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、MeRIP-seq、流式细胞术、IC实验、糖蛋白染色、去泛素化IP、核质分离、PCR	NSUN2敲除的ATC小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	ATC样本的批量RNA测序和单细胞RNA测序数据
1453	2025-03-19	YBX1-driven TUBB6 upregulation facilitates ocular angiogenesis via WNT3A-FZD8 pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104573 PMID:40083923	研究论文	本文研究了TUBB6在眼血管生成中的作用及其分子机制，揭示了YBX1-TUBB6-WNT3A/FZD8通路在血管生成中的关键作用	首次揭示了YBX1通过结合TUBB6的3'UTR维持其mRNA稳定性，进而调控WNT3A和FZD8的表达，影响眼血管生成的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨TUBB6在眼血管生成中的分子机制，为治疗眼微血管疾病提供新靶点	氧诱导视网膜病变（OIR）和激光诱导脉络膜新生血管（CNV）小鼠模型，以及糖尿病视网膜病变（PDR）和新生血管性年龄相关性黄斑变性（nAMD）患者的血管内皮细胞	分子生物学	眼血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、批量RNA测序（bulk RNA-Seq）、Transwell迁移实验、伤口愈合实验、管形成实验、流式细胞术、免疫荧光染色	NA	RNA表达数据、细胞实验数据	OIR和CNV小鼠模型、PDR和nAMD患者的血管内皮细胞
1454	2025-03-19	Spatial Metabolomics and Transcriptomics Reveal Metabolic Reprogramming and Cellular Interactions in Nasopharyngeal Carcinoma with High PD-1 Expression and Therapeutic Response 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102822 PMID:40083932	研究论文	本研究通过空间代谢组学和转录组学技术，探索了鼻咽癌患者中不同治疗反应和PD-1表达水平下的代谢和基因表达变化	首次结合空间代谢组学和转录组学技术，揭示了鼻咽癌中脂质代谢、支链氨基酸代谢和谷氨酰胺代谢的重编程及其与治疗反应和PD-1表达的关系	研究样本量未明确提及，且功能验证仅限于部分基因	探索鼻咽癌患者中代谢和基因表达变化对治疗反应和PD-1表达的影响	鼻咽癌患者	数字病理学	鼻咽癌	空间代谢组学(SM)、空间转录组学(ST)	NA	代谢组数据、转录组数据	NA
1455	2025-03-19	The allogenic non-proteinogenic amino acid BMAA-based vaccine breaks up the immune tolerance against colorectal cancer 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104722 PMID:40083927	研究论文	本文探讨了基于非蛋白质氨基酸BMAA的疫苗在打破结直肠癌免疫耐受中的作用	利用非蛋白质氨基酸BMAA作为丝氨酸类似物，通过错误掺入蛋白质生成新抗原，增强肿瘤细胞的抗原性和抗肿瘤免疫反应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	开发一种新型疫苗策略，以打破结直肠癌的免疫耐受并提高免疫治疗效果	结直肠癌小鼠模型	免疫疗法	结直肠癌	质谱分析（MS）、单细胞测序	小鼠模型	蛋白质数据、免疫反应数据	结直肠癌小鼠模型
1456	2025-03-19	The TMBIM1-YBX1 axis orchestrates MDSC recruitment and immunosuppressive microenvironment in pancreatic cancer 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.111180 PMID:40083936	研究论文	本研究探讨了TMBIM1在胰腺导管腺癌（PDAC）中调节肿瘤免疫微环境（TIME）的作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了TMBIM1/YBX1轴通过上调CCL2和PD-L1表达驱动PDAC免疫逃逸的新机制，并展示了TMBIM1敲低与抗PD-1抗体联合治疗的潜在疗效	研究主要基于细胞系和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索TMBIM1在PDAC免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	胰腺导管腺癌细胞系（PANC-1）和C57BL/6J小鼠模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、染色质免疫共沉淀、ELISA、实时定量PCR、流式细胞术、趋化实验	小鼠异种移植模型	基因表达数据、免疫细胞动态数据	胰腺癌细胞系和C57BL/6J小鼠模型
1457	2025-03-19	Graph-Based 3-Dimensional Spatial Gene Neighborhood Networks of Single Cells in Gels and Tissues 2025, BME frontiers IF:5.0Q1 DOI:10.34133/bmef.0110 PMID:40084126	研究论文	本文开发了一种基于图的三维空间基因邻域网络嵌入方法（3D-spaGNN-E），用于发现亚细胞基因邻近关系并识别细胞间通讯中的关键亚细胞模式	结合3D成像空间转录组学和基于图的深度学习，首次在三维空间中解析亚细胞基因邻近关系，并通过可解释性分析识别亚细胞通讯模式	三维数据的复杂性增加了分析难度，且需要新的分析方法来处理这些数据	研究细胞间通讯中的亚细胞基因邻近关系及其模式	间充质干细胞（MSCs）、外周血单核细胞（PBMCs）、小鼠下丘脑和皮质的星形胶质细胞与神经元	数字病理学	NA	3D成像空间转录组学、MERFISH	图自编码器	3D空间转录组数据	间充质干细胞、外周血单核细胞、小鼠下丘脑和皮质组织
1458	2025-03-19	Specific immune landscape of heatstroke distinguished from sepsis and aseptic inflammation 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.108212 PMID:40084252	研究论文	本研究通过比较热射病与脓毒症和无菌性炎症的免疫特征，识别出热射病特有的免疫标志	首次详细描述了热射病的免疫景观，并与脓毒症和无菌性炎症进行了对比，揭示了热射病特有的TLR4单核细胞增多和T细胞耗竭等特征	样本量相对较小，仅包括40名热射病患者及其对照，可能需要更大规模的研究来验证这些发现	识别热射病特有的免疫特征，为热射病的免疫治疗提供理论基础	热射病患者、脓毒症患者、心肺转流诱导的无菌性炎症患者及健康对照	免疫学	热射病	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、蛋白质芯片分析	NA	血液样本	40名热射病患者及相同数量的年龄和性别匹配的健康对照、脓毒症患者、无菌性炎症患者
1459	2025-03-19	Multi-Omics Profiling Identifies a High-Risk Subgroup of Breast Cancer Stem Cells for Prognostic Stratification and Personalized Treatment 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.109589 PMID:40092692	研究论文	本研究通过多组学分析识别出乳腺癌干细胞中的一个高风险亚群，用于预后分层和个性化治疗	利用单细胞RNA测序数据集将乳腺癌干细胞分为两个亚群，并研究了它们的伪时间发育动态，揭示了BCSCs-2亚群的预后和治疗重要性	研究主要基于单细胞RNA测序和TCGA-BRCA的转录组数据，可能缺乏其他类型的数据验证	研究乳腺癌干细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的动态作用，以提供预后和治疗的生物标志物	乳腺癌干细胞（BCSCs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	459个乳腺癌干细胞
1460	2025-03-19	Multi-omics analysis reveals lysosome-associated molecular subtype characterization and prognostic modeling system in lung adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105351 PMID:40092704	研究论文	本文通过多组学分析揭示了肺腺癌中与溶酶体相关的分子亚型特征，并构建了一个预后模型系统	首次通过多组学整合分析开发了基于溶酶体相关基因（LRGs）评分的肺腺癌预后风险分层系统，并验证了关键预后靶点SLC2A1的功能	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏大规模临床样本的验证	探索溶酶体相关基因在肺腺癌中的作用，并构建预后风险分层系统	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	多组学分析、单细胞测序、Western blotting、PCR、集落形成实验、Transwell实验	LASSO回归、单变量和多变量Cox分析	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本