单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1421	2025-06-26	Calbindin 2 as a Novel Biomarker and Therapeutic Target for Abdominal Aortic Aneurysm: Integrative Analysis of Human Proteomes and Genetics 2025-May-06, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.039195 PMID:40314374	研究论文	本研究通过整合人类蛋白质组和遗传学数据，发现CALB2作为腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点	首次将CALB2与腹主动脉瘤的发病机制联系起来，并验证了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床试验尚未进行	寻找腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点	腹主动脉瘤患者和小鼠模型	生物医学研究	腹主动脉瘤	蛋白质组范围孟德尔随机化、遗传相关性分析、共定位分析、RNA测序、单细胞/单核RNA测序、空间转录组学	载脂蛋白E缺陷小鼠模型	蛋白质组数据、遗传数据、RNA测序数据	NA
1422	2025-06-26	Candidate Biomarkers for Hard-to-Heal Wounds Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Wound Fluid in Murine Wound Models 2025 May-Jun, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70038 PMID:40444294	研究论文	通过小鼠伤口模型中的伤口液单细胞RNA测序，揭示了难愈性伤口的候选生物标志物	首次使用伤口液中的细胞进行单细胞RNA测序，探索不同病理延迟伤口模型中的共同基因表达模式	研究仅基于小鼠模型，结果尚未在临床环境中验证	探索不依赖于单一病理的难愈性伤口治疗靶点	小鼠伤口模型中的伤口液细胞	数字病理	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	三种代表性延迟伤口模型(老年、糖尿病和脂多糖诱导的炎症伤口模型)与正常年轻小鼠的比较
1423	2025-06-26	Proteomic profiling of nasal fluids and serum for type 2 nasal polyps diagnosis 2025-Apr-24, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2025.04.007 PMID:40280274	研究论文	通过蛋白质组学分析和机器学习框架，研究鼻腔液体和血清中蛋白质表达对2型鼻息肉（T2 CRSwNP）的诊断价值	首次结合蛋白质组学与机器学习，利用非侵入性样本（鼻腔液体和血清）中的生物标志物诊断T2 CRSwNP，并验证了四种关键生物标志物的预测价值	样本量较小（82例患者），且未涉及其他亚型的鼻息肉比较	评估鼻腔液体和血清中蛋白质表达对T2 CRSwNP的预测价值	2型与非2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉（T2/non-T2 CRSwNP）患者	数字病理学	鼻息肉	邻近延伸分析（PEA）、免疫组织化学、单细胞RNA测序、逆转录定量PCR	机器学习（LASSO回归）	蛋白质表达数据	82例患者（鼻腔液体和血清匹配样本）
1424	2025-06-26	Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals specific transcription patterns, immune responses and early morphological alteration signaling 2025-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635571 PMID:39975088	research paper	该研究通过空间转录组学分析，揭示了HIV和结核分枝杆菌共感染在小鼠模型中的早期转录模式、免疫反应和形态学改变信号	首次在人类化小鼠模型中，使用空间转录组学技术研究HIV和结核分枝杆菌共感染的早期免疫细胞浸润和转录模式	研究仅关注了感染后三周的早期阶段，未探讨长期感染效应	理解HIV和结核分枝杆菌共感染早期的表型和功能变化	人类化小鼠模型的肺组织	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics	humanized mouse model	spatial transcriptomic data	多组人类化小鼠（单感染HIV、单感染结核分枝杆菌、共感染组）
1425	2025-06-26	A Toolkit for Single-Nucleus Characterization of Glioblastoma 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4654-0_18 PMID:40553287	研究论文	本文介绍了一个用于胶质母细胞瘤单核表征的工具包，包括核分离、计数和质量控制的详细协议	提供了一个优化的单核制备流程，适用于冷冻样本和难以解离的组织，如脑或脑肿瘤组织	未提及该工具包在不同实验室条件下的可重复性和适用性	开发一个高效的单核RNA测序（snRNA-seq）工具包，用于胶质母细胞瘤的表征	胶质母细胞瘤（GBM）的临床标本和患者来源的GBM细胞系	数字病理学	胶质母细胞瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1426	2025-06-26	Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1609616 PMID:40547038	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了二氧化硅暴露下小鼠肺部上皮细胞动态变化及其在免疫激活中的作用	发现了一种新型应激诱导的上皮细胞亚群C0，该亚群具有混合表型，能够通过特定信号通路驱动免疫细胞的招募和激活	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证	探究慢性损伤过程中肺上皮细胞调控免疫反应的机制	二氧化硅暴露的小鼠肺部上皮细胞	数字病理	肺损伤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	二氧化硅暴露的小鼠肺部组织样本
1427	2025-06-26	A CD8+ T Cell Infiltration-Driven Prognostic Signature for Gastric Cancer: Bridging Tumor Immunity and Clinical Outcomes 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6629479 PMID:40547199	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示了胃癌中CD8+ T细胞的异质性及其与临床预后的关系	首次系统解析了胃癌微环境中CD8+ T细胞的功能亚群，并鉴定了一个由SELL、CD79B和RAMP2组成的三基因预后标志物	样本量相对较小（23例胃癌组织），且需要进一步的前瞻性临床验证	探究胃癌微环境中CD8+ T细胞异质性及其与肿瘤进展和免疫治疗反应的关系	胃癌组织中的CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	无监督聚类、伪时间轨迹分析	单细胞转录组数据、批量转录组数据	23例胃癌组织（来自GEO数据库）和TCGA-STAD数据集
1428	2025-06-26	Interrogation of macrophage-related prognostic signatures reveals a potential immune-mediated therapy strategy by histone deacetylase inhibition in glioma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1554845 PMID:40548122	研究论文	该研究通过分析胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）的基因特征，构建了一个预后模型，并筛选出Vorinostat作为潜在的治疗药物	结合单细胞RNA测序和WGCNA分析，识别了14个与GAMs相关的预后基因，并验证了Vorinostat在胶质瘤微环境中的抑制作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅使用了胶质瘤细胞-巨噬细胞共培养模型，未进行体内实验	探索胶质瘤相关巨噬细胞的分子机制，寻找潜在的治疗靶点和药物	胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-seq, WGCNA, Cox回归分析, LASSO回归分析	预后模型	基因表达数据	NA
1429	2025-06-26	Development of a machine learning-derived dendritic cell signature for prognostic stratification in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1621370 PMID:40552290	研究论文	开发了一种基于机器学习的树突状细胞特征，用于肺腺癌的预后分层	首次构建了树突状细胞相关特征（DCRS），并验证其在多个外部队列中的预后性能，同时揭示了PLEK2在肺腺癌中的功能作用	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索树突状细胞在肺腺癌中的转录多样性和预后价值	肺腺癌（LUAD）患者和正常组织的树突状细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）、伪时间分析	Lasso-Cox、RSF、CoxBoost、Stepwise-Cox	RNA测序数据	七个外部队列的临床样本和肺腺癌细胞系
1430	2025-06-24	Kidney diseases and single-cell sequencing research: a bibliometric analysis from 2015 to 2024 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2521457 PMID:40545992	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2015年至2024年间单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肾脏疾病研究中的应用	揭示了scRNA-seq技术在肾脏疾病研究中的快速发展和应用趋势，包括疾病进展机制、基因调控表达等新兴研究方向	研究仅基于Web of Science Core Collection数据库，可能未涵盖所有相关文献	评估scRNA-seq在肾脏疾病研究中的应用现状和未来趋势	2015年至2024年间发表的关于scRNA-seq在肾脏疾病研究中应用的文献	数字病理学	肾脏疾病	scRNA-seq	NA	文本	1,210篇出版物
1431	2025-06-24	Sex-specific neurotoxicity induced by long-term bisphenol A exposure: Single-cell sequencing reveals dual mechanisms involving hippocampal gliosis and neuronal apoptosis 2025-Aug-10, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.179810 PMID:40505511	研究论文	本研究探讨了长期暴露于双酚A（BPA）对成年小鼠行为记忆和神经系统的影响，揭示了性别特异性的神经毒性机制	首次结合单细胞测序技术，揭示了BPA暴露引起的性别特异性神经毒性机制，包括雌性小鼠海马胶质增生和雄性小鼠海马齿状回颗粒神经元凋亡	研究仅在小鼠模型中进行，结果向人类外推需谨慎	探究长期BPA暴露对神经系统的影响及其性别特异性机制	成年小鼠	神经毒理学	神经退行性疾病	单细胞测序	小鼠模型	行为数据、形态学数据、单细胞测序数据	未明确说明小鼠数量
1432	2025-06-24	Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury 2025-Jul, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252 PMID:40086603	研究论文	本研究揭示了黏膜巨噬细胞在肠道损伤后再生过程中的关键作用	首次发现巨噬细胞通过分泌neuregulin 1和osteopontin分子诱导肠道上皮细胞胎儿样重编程和增殖	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明辐射性肠炎后肠道再生的分子机制	肠道巨噬细胞与肠道干细胞	分子生物学	辐射性肠炎	RNA-seq、单细胞RNA-seq、流式细胞术、器官共培养系统	小鼠辐射损伤模型、人类肠道类器官模型	基因表达数据、细胞成像数据	未明确说明具体样本数量（小鼠模型和人类类器官）
1433	2025-06-24	Targeting FGFR Attenuates Tumor Growth in an Anal Squamous Cell Carcinoma Patient Derived Xenograft Model 2025-Jul, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23919 PMID:40256931	研究论文	通过患者来源的异种移植模型和单细胞RNA测序，研究发现FGFR抑制能有效减缓肛门鳞状细胞癌的肿瘤生长	首次在肛门鳞状细胞癌患者来源的异种移植模型中验证FGFR抑制剂的治疗效果，并通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤细胞的异质性	研究仅基于一个转移性肛门鳞状细胞癌样本，样本量较小	寻找肛门鳞状细胞癌的可操作治疗靶点	肛门鳞状细胞癌患者来源的异种移植模型	肿瘤学	肛门鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 傅里叶变换红外光谱	患者来源的异种移植模型(PDX)	基因表达数据, 光谱数据	1例转移性肛门鳞状细胞癌样本
1434	2025-05-14	Simultaneous single-cell sequencing of RNA and DNA at scale with DEFND-seq 2025-Jul, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00853-y PMID:40355601	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1435	2025-06-22	Deciphering Macrophage-Fibroblast Cross Talk in Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis: Insights From Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2025-Jul-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db25-0337 PMID:40540667	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1436	2025-06-24	Deciphering the Regulatory Networks of the Migrasome-Associated Cell Subpopulation in Heterotopic Ossification via Multi-Omics Analysis 2025-Jun-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500965R PMID:40540299	研究论文	通过多组学分析解析异位骨化中迁移体相关细胞亚群的调控网络	识别了异位骨化中的关键细胞亚群和分子（Ppib和Tagln），并构建了它们的调控网络和空间分布	NA	阐明异位骨化（HO）的关键生物分子网络	异位骨化中的迁移体相关细胞亚群	多组学分析	异位骨化	单细胞转录组、批量转录组、空间转录组、hdWGCNA、机器学习	NA	转录组数据	来自GEO数据库的多个数据集和临床样本
1437	2025-06-24	Integrating Single-Cell and Experimental Analyses Uncover Macrophage Ferroptosis Is a Key Event in the Development of Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Jun-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202501120R PMID:40542598	研究论文	本文通过整合单细胞和实验分析，揭示了巨噬细胞铁死亡在慢性阻塞性肺疾病（COPD）发展中的关键作用	首次发现巨噬细胞铁死亡是COPD发展的关键事件，并揭示了相关基因表达的变化	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	探究COPD发病机制中巨噬细胞铁死亡的作用	巨噬细胞和COPD患者及小鼠模型	生物医学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞测序、免疫荧光、免疫组化、qRT-PCR、Western blotting	小鼠COPD模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	公共数据库GSE171541和GSE173896的单细胞测序数据，RAW264.7细胞系和BMDM细胞系，COPD小鼠模型
1438	2025-06-24	Imbalances in adrenal hormones and their effects on bone metabolism 2025-Jun-21, Endocrine journal IF:1.3Q4 DOI:10.1507/endocrj.EJ25-0117 PMID:40545362	综述	本文综述了肾上腺激素失衡对骨代谢的影响，重点关注自主皮质醇分泌、原发性醛固酮增多症和嗜铬细胞瘤/副神经节瘤这三种病理状况	利用最新的类固醇分析和单细胞转录组分析技术，揭示了肾上腺皮质腺瘤中多种类固醇激素共同影响骨代谢，而非单一激素作用	主要基于现有文献进行综述，缺乏新的实验数据支持	探讨肾上腺激素失衡对骨代谢的影响机制	肾上腺激素及其对骨代谢的影响	内分泌学	骨质疏松症	类固醇分析、单细胞转录组分析	NA	文献数据	NA
1439	2025-06-24	Comprehensive single-cell chromatin and transcriptomic profiling of peripheral immune cells in nonsegmental vitiligo 2025-Jun-20, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf041 PMID:39888372	research paper	该研究通过单细胞多组学方法分析了非节段性白癜风患者外周血单个核细胞的转录组和染色质可及性，揭示了系统性免疫失调的机制	首次对非节段性白癜风患者外周血单个核细胞进行单细胞多组学研究，整合了转录组和染色质可及性数据，揭示了系统性免疫失调的新机制	样本量相对较小（NSV患者11例，健康对照5例），虽然通过流式细胞术在扩展队列中进行了验证，但可能影响结果的普遍性	研究非节段性白癜风患者外周免疫细胞的系统性免疫失调机制	非节段性白癜风患者和健康对照者的外周血单个核细胞	digital pathology	autoimmune disease	scRNAseq, scATACseq, spectral flow cytometry	NA	single-cell transcriptomic data, chromatin accessibility data	初始队列：NSV患者11例，健康对照5例；验证队列：NSV患者16例，健康对照9例
1440	2025-06-24	Colorectal cancer cell line-derived organoid model with stem cell properties captures the regrowing state of residual cancer cells after neoadjuvant chemotherapy 2025-Jun-20, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02567-w PMID:40537472	research paper	该研究建立了一种具有干细胞特性的结直肠癌细胞系衍生的类器官模型，用于模拟新辅助化疗后残留癌细胞的再生状态	通过单细胞RNA测序分析揭示了非循环细胞中的不同状态和动态变化，并识别了高表达蛋白质翻译相关基因RPL17和EEF1G的亚群	研究仅基于患者来源的细胞系建立的类器官模型，可能无法完全反映临床实际情况	探索针对耐受药物的残留癌细胞的独特治疗靶点	结直肠癌细胞系衍生的类器官模型	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing	organoid model	RNA-seq data	患者来源的细胞系