单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1421	2025-03-19	Citrullination of NF-κB p65 by PAD2 as a Novel Therapeutic Target for Modulating Macrophage Polarization in Acute Lung Injury 2025-Mar-14, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413253 PMID:40087815	研究论文	本文研究了PAD2通过瓜氨酸化NF-κB p65调控巨噬细胞极化在急性肺损伤中的作用，并开发了一种基于金纳米颗粒的靶向治疗策略	发现NF-κB p65上的新瓜氨酸化位点R171，并开发了一种新型纳米药物用于选择性递送PAD2抑制剂到M1极化巨噬细胞	研究主要基于PA诱导的急性肺损伤模型，未涉及其他类型的肺损伤	探索PAD2在巨噬细胞极化中的作用及其在急性肺损伤中的治疗潜力	巨噬细胞、急性肺损伤模型	生物医学	急性肺损伤	单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	未明确提及具体样本数量
1422	2025-03-19	Exosome-mediated effects of BRCA1 on cardiovascular artery disease 2025-Mar-13, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-09996-4 PMID:40080209	研究论文	本研究探讨了源自M1巨噬细胞的外泌体（Exo）中BRCA1对冠状动脉疾病（CAD）的影响	揭示了BRCA1在M1巨噬细胞外泌体中对心肌细胞凋亡和平滑肌细胞行为的调控作用，为CAD治疗提供了新的分子靶点	研究中未详细探讨BRCA1-Exo对其他类型细胞的影响，且样本量可能有限	研究BRCA1在M1巨噬细胞外泌体中对CAD进展的影响	M1巨噬细胞、心肌细胞、平滑肌细胞	心血管疾病	冠状动脉疾病	单细胞RNA-seq、加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	RNA-seq数据	NA
1423	2025-03-19	Single-cell spatial transcriptomics unravels cell states and ecosystems associated with clinical response to immunotherapy 2025-Mar-13, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011308 PMID:40081939	研究论文	本研究利用单细胞空间转录组学技术，系统解析了肿瘤微环境（TME）的复杂性，特别是细胞异质性和空间相互作用，并探讨了它们对免疫治疗效果的集体影响	首次在单一患者群体中应用单细胞空间转录组学技术，揭示了TME中细胞组成和空间组织对免疫治疗临床反应的双重重要性	研究样本量较小，仅包括20个预处理vHSIL病变，且结果需要在更广泛的肿瘤类型中进一步验证	探讨肿瘤微环境中的细胞异质性和空间相互作用如何影响免疫治疗的临床反应	接受免疫治疗肿瘤特异性肽疫苗治疗的外阴高级别鳞状上皮内病变（vHSIL）患者	数字病理学	外阴高级别鳞状上皮内病变	单细胞空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	20个预处理vHSIL病变
1424	2025-03-19	Artificial intelligence-driven integration of single-cell RNA sequencing and transcriptome analysis to decipher APOE's role in gastric cancer prognosis and therapy 2025-Mar-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02100-6 PMID:40082390	研究论文	本研究利用人工智能驱动的单细胞RNA测序和转录组分析，探索了胃肿瘤微环境，并识别了新的预后标志物和治疗靶点	结合人工智能技术，首次揭示了APOE在胃癌中的免疫抑制作用及其通过M2巨噬细胞极化促进肿瘤进展的机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仍需进一步扩展	探索胃癌的肿瘤微环境，识别新的预后标志物和治疗靶点	胃癌患者的单细胞RNA测序和转录组数据	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组分析	AI增强的分析方法	RNA测序数据	胃癌患者的单细胞RNA测序和转录组数据集
1425	2025-03-19	TIMM23 overexpression drives NSCLC cell growth and survival by enhancing mitochondrial function 2025-Mar-13, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07505-3 PMID:40082395	研究论文	本文探讨了TIMM23在非小细胞肺癌（NSCLC）细胞生长和存活中的作用，通过增强线粒体功能来促进肿瘤发展	首次揭示了TIMM23在NSCLC中的过表达与不良临床结果之间的强相关性，并通过实验验证了TIMM23对线粒体功能及肿瘤细胞生长的影响	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证TIMM23作为治疗靶点的效果	研究TIMM23在NSCLC中的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞	癌症生物学	肺癌	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因编辑、shRNA沉默	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	多个原代/已建立的NSCLC细胞系及裸鼠皮下NSCLC异种移植模型
1426	2025-03-19	A single-cell network approach to decode metabolic regulation in gynecologic and breast cancers 2025-Mar-13, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00506-0 PMID:40082472	研究论文	本研究采用单细胞网络方法，解析妇科和乳腺癌中的代谢调控机制	利用单细胞RNA测序数据，构建癌症特异性蛋白质-蛋白质相互作用网络和基因调控网络，揭示代谢调控的关键变化	NA	理解妇科和乳腺癌中代谢异质性及其调控机制，以开发个性化治疗策略	妇科和乳腺癌细胞	生物信息学	妇科癌症, 乳腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1427	2025-03-19	Mesothelioma cell heterogeneity identified by single cell RNA sequencing 2025-Mar-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92542-3 PMID:40082554	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了间皮瘤细胞的异质性，揭示了不同来源的间皮瘤细胞具有独特的基因特征	首次使用单细胞RNA测序技术探索循环间皮瘤细胞的异质性，并识别了不同亚群的独特基因特征	研究主要基于小鼠模型，结果在人类间皮瘤中的适用性尚需进一步验证	研究间皮瘤细胞的异质性及其对疾病进展和治疗的影响	间皮瘤细胞，包括细胞培养、腹腔灌洗液和循环肿瘤细胞	数字病理学	间皮瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠模型中的间皮瘤细胞
1428	2025-03-19	Impdh1 was identified as a key protein promotes diabetic vasculopathy by intervention of vascular endothelial cell pyroptosis 2025-Mar-13, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-025-04604-z PMID:40082765	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，识别出Impdh1作为促进糖尿病血管病变的关键蛋白，并通过抑制血管内皮细胞焦亡来保护主动脉内皮细胞	首次将Impdh1识别为与糖尿病血管病变相关的焦亡关键分子，并验证了其在抑制内皮细胞焦亡和炎症中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨糖尿病血管病变的分子机制，特别是焦亡在内皮细胞中的作用	糖尿病小鼠模型和血管内皮细胞	生物医学	糖尿病血管病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、实时定量逆转录PCR（qRT-PCR）、免疫组化（IHC）、免疫荧光（IF）染色、细胞划痕实验、细胞计数试剂盒-8（CCK-8）实验、管形成实验、酶联免疫吸附测定（ELISA）	NA	RNA测序数据、免疫组化和免疫荧光图像数据	糖尿病小鼠模型和体外培养的血管内皮细胞
1429	2025-03-19	Single-cell transcriptomic analyses reveal heterogeneity and key subsets associated with survival and response to PD-1 blockade in cervical squamous cell carcinoma 2025-Mar-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03725-x PMID:40082876	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了宫颈鳞状细胞癌（CSCC）肿瘤微环境的异质性及其与生存和PD-1阻断治疗反应相关的关键细胞亚群	首次在CSCC中通过单细胞RNA测序结合TCGA数据，识别了10种主要细胞类型和35个基质及免疫细胞亚群，并发现PCLAF+ TAEpis与CD8+ T细胞数量、患者生存率及抗PD-1治疗反应呈负相关	研究样本量有限，且主要基于单中心数据，需要更大规模的多中心研究验证	探讨CSCC肿瘤微环境的异质性及其对PD-1阻断治疗反应的影响	宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者肿瘤组织中的细胞	数字病理	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据、TCGA数据	50,649个细胞
1430	2025-03-19	Basal cell adhesion molecule (BCAM) promotes mesothelial-to-mesenchymal transition and tumor angiogenesis through paracrine signaling 2025-Mar-13, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02128-9 PMID:40082910	研究论文	本文研究了基底细胞粘附分子（BCAM）在卵巢癌（OC）进展中的作用，特别是其通过旁分泌信号促进间皮细胞向间充质细胞转化（MMT）和肿瘤血管生成	揭示了BCAM通过诱导细胞因子分泌促进MMT和肿瘤血管生成的新功能，这些功能在OC转移的不同阶段可能发挥重要作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨BCAM在OC转移中的作用机制及其潜在的治疗靶点	卵巢癌细胞、间皮细胞、小鼠模型	肿瘤生物学	卵巢癌	亲和蛋白质组学、bulk和单细胞RNA测序、活细胞和多光子显微镜、生化功能体外实验	小鼠肿瘤模型	蛋白质组数据、RNA测序数据、显微镜图像	NA
1431	2025-03-19	MuCST: restoring and integrating heterogeneous morphology images and spatial transcriptomics data with contrastive learning 2025-Mar-13, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01449-1 PMID:40082941	研究论文	本文提出了一种名为MuCST的多模态对比学习方法，用于整合空间转录组学数据，包括去噪、异质性消除和兼容特征学习	MuCST方法通过对比学习整合多模态空间转录组学数据，能够准确识别空间域，并适用于多种数据集平台	NA	开发一种灵活的多模态对比学习方法，用于整合空间转录组学数据，以更好地理解生物机制	空间转录组学数据，包括空间位置、组织学图像和转录组数据	生物信息学	NA	对比学习	MuCST	图像、空间位置数据、转录组数据	NA
1432	2025-03-19	Structure and function relationships of mucociliary clearance in human and rat airways 2025-Mar-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57667-z PMID:40069153	研究论文	本文研究了人类和老鼠气道中黏液纤毛清除功能的结构与功能关系，揭示了物种间在纤毛和分泌细胞分布及纤毛摆动上的差异，并建立了评估人类气道功能的通用基准	通过结合多种实验和基于物理的建模，建立了评估人类气道功能的通用基准，并揭示了实验室培养物与人类气道在清除效率上的结构差异	研究主要依赖于动物模型和实验室培养物，可能无法完全反映人类气道的复杂性	研究气道结构对黏液纤毛清除功能的影响，并建立评估人类气道功能的基准	人类和老鼠的气道	NA	慢性阻塞性肺疾病（COPD）和哮喘	单细胞转录组学	基于物理的建模	NA	NA
1433	2025-03-19	Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2025-Mar-12, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070248 PMID:40071347	研究论文	本文探讨了心力衰竭伴射血分数保留（HFpEF）中髓系脂肪酸代谢对邻近造血干细胞激活的作用及其对系统性炎症和心脏舒张功能障碍的促进作用	发现了HFpEF患者外周血造血干细胞增多的现象，并揭示了髓系脂肪酸代谢在其中的关键作用	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本的验证仍需进一步研究	研究HFpEF的病理机制，特别是炎症和代谢在其中的作用	HFpEF患者样本和动物模型	心血管疾病	心力衰竭	流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、碳标记	高脂饮食和高血压小鼠模型	RNA测序数据、质谱数据	患者样本和动物模型
1434	2025-03-19	Blocking MIF secretion enhances CAR T-cell efficacy against neuroblastoma 2025-Mar-11, European journal of cancer (Oxford, England : 1990) DOI:10.1016/j.ejca.2025.115263 PMID:39908652	研究论文	本研究通过多组学方法识别神经母细胞瘤肿瘤微环境中的免疫抑制因子，并探索通过PROTAC技术靶向MIF以增强CAR T细胞疗效	首次揭示了神经母细胞瘤肿瘤微环境中MIF的关键免疫抑制作用，并利用PROTAC技术成功增强CAR T细胞的活性	研究主要基于体外和体内功能实验，尚未进行大规模临床试验验证	提高CAR T细胞疗法在神经母细胞瘤中的疗效	神经母细胞瘤的肿瘤微环境及CAR T细胞	肿瘤免疫治疗	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱分析、PROTAC技术	NA	RNA测序数据、质谱数据	24个神经母细胞瘤肿瘤样本
1435	2025-03-19	Single-cell RNA-seq data have prevalent blood contamination but can be rescued by Originator, a computational tool separating single-cell RNA-seq by genetic and contextual information 2025-Mar-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03495-9 PMID:40069819	研究论文	本文提出了一种名为Originator的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中分离出血液污染细胞和预期组织驻留细胞	Originator通过遗传和上下文信息分离单细胞RNA测序数据，解决了样本制备过程中普遍存在的血液细胞污染问题	NA	开发一种计算工具，用于从复杂的单细胞RNA测序数据中分离出血液污染细胞和不同遗传来源的细胞	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Originator	RNA测序数据	多种人工混合和真实数据集，包括胰腺癌和胎盘样本
1436	2025-03-19	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641843 PMID:40093090	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症条件下内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重编程	首次验证了d-flow和高胆固醇血症共同作用下内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重编程，并提供了单细胞RNA测序和免疫组化染色证据	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究动脉粥样硬化形成过程中内皮细胞的重编程机制	小鼠的颈动脉内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组化染色	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	95只小鼠，98,553个单细胞
1437	2025-03-19	Dynamic responses to rejection in the transplanted human heart revealed through spatial transcriptomics 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640852 PMID:40093136	研究论文	本研究利用基于图像的空间转录组学在亚细胞分辨率下对纵向人类心脏活检样本进行分析，以表征62名成人和儿童心脏移植受者在组织学诊断的排斥反应期间和之后的转录异质性	首次在亚细胞分辨率下应用空间转录组学技术，揭示了心脏移植排斥反应期间的转录异质性，并识别了与长期预后相关的基因	研究样本量相对较小（62名受者），且主要依赖于组织学诊断的排斥反应，可能存在诊断变异性的问题	研究心脏移植后排斥反应的分子表型，以分层治疗反应并改善移植后的短期和长期结果	62名成人和儿童心脏移植受者	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	图像	62名心脏移植受者
1438	2025-03-19	TrAGEDy-trajectory alignment of gene expression dynamics 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf073 PMID:40065693	研究论文	本文介绍了一种名为TrAGEDy的新方法，用于对齐基因表达动态的独立轨迹，避免了容易出错的整合步骤	TrAGEDy方法能够对齐独立轨迹，克服了现有工具在处理不对称对齐时的复杂性，并在模拟和真实数据集中表现优异	NA	开发一种新方法来对齐单细胞转录组测序数据中的基因表达动态轨迹	单细胞转录组测序数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	模拟数据集和真实数据集（包括T细胞和Trypanosoma brucei的血液形式）
1439	2025-03-19	Single-cell RNA sequencing and cell-cell communication analysis reveal tumor microenvironment associated with chemotherapy responsiveness in ovarian cancer 2025-Mar, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03655-6 PMID:39122983	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和细胞间通讯分析，探讨了肿瘤微环境（TME）对卵巢癌化疗响应的影响	揭示了TME中不同成分（如SPP1+肿瘤相关巨噬细胞、基质细胞和淋巴细胞）如何直接影响卵巢癌细胞的化疗响应，并提出了针对TME的潜在治疗策略	研究依赖于已有的单细胞RNA测序数据集，可能受到样本量和数据质量的限制	探讨肿瘤微环境对卵巢癌化疗响应的影响	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	包含化疗响应信息的卵巢癌单细胞RNA测序数据集
1440	2025-03-19	The role and mechanism of JAK2 inhibitor in endothelial mesenchymal transition in systemic sclerosis 2025-Mar, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.02.001 PMID:40023747	研究论文	本文研究了JAK2抑制剂在系统性硬化症（SSc）皮肤内皮间质转化（EndoMT）中的作用及其分子机制	首次探讨了JAK2抑制剂对SSc皮肤EndoMT的潜在治疗效果及其分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探讨JAK2抑制剂对SSc皮肤EndoMT的影响及其分子机制	野生型雌性C57BL/6小鼠和人脐静脉内皮细胞（HUVECs）	生物医学	系统性硬化症	H&E染色、Masson染色、免疫荧光、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量RT-PCR、RNA测序、Western blot	NA	图像、RNA测序数据	野生型雌性C57BL/6小鼠和培养的HUVECs