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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1381 | 2026-06-29 |
Characterising Shared and Specific Cell-Cell Communication in Cardiomyopathy Subtypes From Single-Cell Transcriptomics Data
2025-05, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70554
PMID:40344498
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研究论文 | 从单细胞转录组数据表征心肌病亚型中共享和特定的细胞间通讯 | 系统分析了四种心肌病亚型及健康供体中细胞间通讯的共性和差异,识别了共享的炎症、自身免疫等通用通路及亚型特异性通路 | NA | 理解心肌病亚型中细胞间相互作用的共同和独特特征,以推动靶向治疗 | 致心律失常性心肌病、扩张型心肌病、肥厚型心肌病、缺血性心肌病及健康供体心室区域的单细胞RNA测序数据 | 单细胞转录组学 | 心肌病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自致心律失常性心肌病、扩张型心肌病、肥厚型心肌病、缺血性心肌病患者及健康供体心室区域的多组样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1382 | 2026-06-29 |
Integration of Single-Cell RNA Sequencing Data and Bulk Sequencing Data to Characterise the CD8+ T-Cell Exhaustion Mediated Immune Microenvironment in CRC
2025-05, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70556
PMID:40356050
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量测序数据,研究结直肠癌中CD8+ T细胞耗竭介导的免疫微环境 | 首次通过整合单细胞和批量测序数据,系统揭示结直肠癌中CD8+ T细胞耗竭的免疫微环境特征,并发现MIF和CD99是T细胞耗竭的关键调控因子 | 未明确提及,但可能包括样本量有限、需进一步验证机制、XGBoost模型的泛化性待评估 | 阐明结直肠癌中CD8+ T细胞耗竭的免疫微环境机制,并开发预后模型以改善免疫治疗 | 结直肠癌组织中的CD8+ T细胞及上皮细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、批量测序、CellChat | XGBoost | 单细胞基因表达数据、批量基因表达数据 | 未明确提及样本数量,但包含肿瘤组织的单细胞和批量数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1383 | 2026-06-29 |
Crosstalk Between Gastric Cancer and Adjacent Mucosa Reveals EDN1-EDNRA-Mediated Regulation of Cancer Stemness and Immunomodulation Networks
2025-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70547
PMID:40245183
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析,揭示了胃癌与相邻黏膜(特别是胃黏膜)之间的细胞通讯网络,发现EDN1-EDNRA通路在肿瘤干细胞性和免疫调节中的关键作用 | 首次绘制了胃癌组织、相邻正常组织和胃黏膜之间的细胞交互图谱,并揭示了EDNRA在胃黏膜与肿瘤通讯中的新角色及其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于公共数据集和体外实验,缺乏体内验证和更大队列样本的临床证据 | 探索胃癌与相邻黏膜之间的细胞通讯机制,特别是EDN1-EDNRA通路在肿瘤进展和免疫调节中的作用 | 胃癌组织、相邻正常组织和胃黏膜样本,以及胃癌细胞系(NCI-N87、MKN-28、GSE-1) | 计算生物学, 单细胞分析 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 药理学抑制 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个独立研究(GSE183904和GSE184198)的数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1384 | 2026-06-29 |
Oncolytic Virus Infection Modulates Lysine Acetyltransferase in Gliomas: Comprehensive Analysis and Experimental Validation of KAT8 in Glioma
2025-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70558
PMID:40259204
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研究论文 | 本文研究了溶瘤病毒EV-A71感染后胶质瘤细胞中赖氨酸乙酰转移酶8(KAT8)的表达变化,并分析了KAT8在胶质瘤中的表达、临床意义和功能 | 首次发现溶瘤病毒感染调节胶质瘤中的乳酰化酶,并鉴定了KAT8作为关键基因,同时通过多组学数据分析和体外实验验证了KAT8在胶质瘤中的预后价值和治疗潜力 | 未进行体内动物模型验证,且KAT8调控凋亡的具体分子机制未完全阐明 | 阐明溶瘤病毒感染后胶质瘤中乳酰化酶的表达变化,并评估KAT8作为胶质瘤生物标志物和治疗靶点的潜力 | 胶质瘤细胞和胶质瘤组织样本 | 生物信息学 | 胶质瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 体外实验 | NA | 转录组学数据, 单细胞测序数据 | TCGA和GTEx数据库的胶质瘤及正常脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1385 | 2026-06-29 |
Highly efficient combination of multiple single cells using a deterministic single-cell combinatorial reactor
2025-02-11, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d4lc00951g
PMID:39679936
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研究论文 | 提出一种新型微流控器件(确定性单细胞组合反应器,DSCR),用于高效组合多个单细胞 | 首次利用多层互连Si/SiO控制电路实现确定性单细胞组合,通过蚀刻SiO钝化层产生高度局部电场,逐个捕获不同细胞群至指定阱内 | 实验仅以PC3细胞系为模型,未在真实复杂样本(如组织来源细胞)中验证;三重组合效率(82±7%)仍有提升空间 | 开发高效组合多个单细胞的技术,以支撑单细胞转录组分析或细胞间相互作用研究 | PC3细胞系(三种荧光标记的细胞群) | 微流控 | NA | 微流控、单细胞捕获 | NA | 荧光图像 | 三种不同荧光染色的PC3细胞群 | NA | 单细胞组合 | DSCR器件 | 多层互连Si/SiO电极控制电路,蚀刻SiO钝化层形成阱阵列 |
| 1386 | 2026-06-29 |
Exploring the Expanded Role of Astrocytes in Primate Brain Evolution via Changes in Gene Expression
2025, Brain, behavior and evolution
DOI:10.1159/000544004
PMID:39907990
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综述 | 探讨星形胶质细胞在灵长类大脑进化中通过基因表达变化所发挥的扩展作用 | 综合分析了星形胶质细胞在灵长类进化中的基因表达和基因调控变化,利用诱导多能干细胞和单细胞RNA测序等新技术来理解该细胞类型的动态和复杂性 | 不适用 | 理解星形胶质细胞在灵长类大脑进化中的变化及其在神经系统疾病中的潜在作用 | 星形胶质细胞在灵长类(包括人类)大脑进化中的基因表达和基因调控 | 自然语言处理 | 神经系统疾病, 阿尔茨海默病, 帕金森病 | 单细胞RNA测序, 诱导多能干细胞 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1387 | 2026-06-26 |
Immunological dynamics in orthotopic compared with subcutaneous murine models of HPV-positive oropharyngeal cancer
2025-12-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.052311
PMID:40899264
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术,比较HPV阳性口咽鳞癌原位与皮下小鼠模型的免疫动态,揭示不同模型反映人类肿瘤免疫阶段的准确性 | 首次系统比较了HPV阳性口咽鳞癌皮下与原位小鼠模型在免疫特征和药物反应方面的差异,发现皮下模型更准确反映早期免疫原性阶段,原位模型更匹配晚期免疫排斥阶段 | 未提及具体局限性 | 评估HPV阳性口咽鳞癌小鼠模型在免疫治疗临床前研究中的可靠性 | HPV阳性口咽鳞癌的皮下和原位(舌根)小鼠模型 | 单细胞生物学 | HPV阳性口咽鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 1388 | 2026-06-26 |
Cell Type-Specific Expression of Long Noncoding RNAs in Human Diabetic Kidneys Identifies TARID as a Key Regulator of Podocyte Function
2025-11-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db25-0272
PMID:40902080
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研究论文 | 利用单细胞核RNA测序数据识别人类糖尿病肾脏中细胞类型特异性长非编码RNA,并发现TARID在足细胞功能中的关键调控作用 | 首次在单细胞水平上系统分析糖尿病肾病中长非编码RNA的细胞类型特异性表达,并揭示TARID通过调控肌动蛋白细胞骨架重组影响足细胞功能 | NA | 探索长非编码RNA在肾脏细胞类型中的特异性表达及其在糖尿病肾病中的功能 | 人类肾脏样本中的细胞类型,特别是足细胞 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5名健康个体和6名糖尿病肾病患者的肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1389 | 2026-06-26 |
The involvement of microglia and the CXCL16-CXCR6 axis in the recruitment of CD8+ T cells to an amyloidogenic mouse brain
2025-Oct-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-22137-5
PMID:41174156
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研究论文 | 研究了小胶质细胞和CXCL16-CXCR6轴在招募CD8+ T细胞到淀粉样变性小鼠大脑中的作用 | 揭示了CXCL16-CXCR6轴在AD病理下招募CD8+ T细胞中的潜在作用,并发现PLX5622敏感的小胶质细胞在招募过程中并非必需 | PLX5622处理后,耐药性小胶质细胞或其他脑驻留髓系细胞补偿性表达Cxcl16,可能掩盖了关键机制;未来需体内分析进一步解析机制 | 探究小胶质细胞和CXCL16-CXCR6轴在CD8+ T细胞招募到AD模型小鼠大脑中的作用 | APP/PS1小鼠和野生型小鼠的脑组织,以及体外培养的永生化和原代小鼠细胞 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 公开单细胞RNA测序数据集;APP/PS1小鼠和野生型小鼠;体外永生化和原代细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1390 | 2026-06-26 |
How Single-Cell Transcriptomics of Hydractinia Is Informing the Evolution of Cnidarian Sensory Systems
2025-09-26, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf090
PMID:40504553
|
综述 | 利用单细胞转录组学揭示水螅虫感觉系统的进化信息 | 通过构建更新的成年水螅虫群体单细胞转录组图谱,系统研究感觉细胞类型(如刺细胞和神经元)及其基因表达的进化 | 尚未明确说明研究的具体局限性 | 探究水螅虫感觉系统的细胞生物学和进化机制 | 两种水螅虫物种:H. symbiolongicarpus 和 H. echinata 的成年群体 | 自然语言处理 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1391 | 2026-06-26 |
Shedding Light on Patterns of Unconventional Expression of Opsin Genes in Hydra vulgaris
2025-09-26, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf100
PMID:40581592
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研究论文 | 通过分析水螅单细胞RNA测序和染色质可及性数据,揭示了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非常规表达模式 | 首次系统描绘了刺胞动物水螅中视蛋白基因在非神经元细胞中的广泛表达及其与发育基因的共调控关系 | 基于已发表数据的再分析,可能受限于原始实验的覆盖度和分辨率 | 探究刺胞动物水螅中视蛋白基因的非神经元表达模式及其潜在功能 | 水螅(Hydra vulgaris)的多种细胞类型及其分化状态 | 计算机视觉 | NA | 单细胞RNA测序, 转座酶可及性染色质测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 已发表的水螅单细胞RNA测序和ATAC测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 1392 | 2026-06-26 |
Cancer-associated fibroblast-derived extracellular vesicles loaded with GLUT1 inhibitor synergize anti-PD-L1 to suppress tumor growth via degrading matrix stiffness and remodeling tumor microenvironment
2025-09-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113998
PMID:40609836
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研究论文 | 本研究首次利用癌症相关成纤维细胞来源的细胞外囊泡装载GLUT1抑制剂BAY-876,通过降解基质刚性和重塑肿瘤微环境,协同抗PD-L1治疗抑制肿瘤生长 | 首次将CAFs来源的细胞外囊泡作为药物载体靶向GLUT1高表达的CAFs和肿瘤细胞,实现肿瘤基质特异性治疗以增强免疫检查点抑制剂的疗效 | 未提供明确的局限性信息 | 开发一种靶向肿瘤微环境代谢的联合免疫疗法,通过抑制GLUT1改善基质刚性和免疫抑制状态 | 肺癌细胞系、癌症相关成纤维细胞、小鼠肺癌模型 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 公共数据库中的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1393 | 2026-06-26 |
Spatial transcriptomic profiling of the human aortic valve reveals cellular sex differences near sites of calcification
2025-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671175
PMID:40894684
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析人类主动脉瓣,揭示了钙化点附近细胞水平的性别差异 | 首次结合单细胞测序和空间转录组学技术,系统阐明了主动脉瓣钙化部位附近瓣膜间质细胞和巨噬细胞的性别特异性基因表达模式及细胞间互作机制 | 未明确提及研究局限性 | 探究驱动主动脉瓣组织中性别依赖性钙化的潜在细胞机制 | 人类男性和女性主动脉瓣组织 | 机器学习和生物信息学 | 主动脉瓣狭窄 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、RNA荧光原位杂交 | 细胞间通讯分析模型 | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、组织学图像 | 人类主动脉瓣组织样本,分为健康和疾病组,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | NA |
| 1394 | 2026-06-26 |
SOX2 regulates foregut squamous epithelial homeostasis and is lost during Barrett's esophagus development
2025-08-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI190374
PMID:40587339
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研究论文 | 研究SOX2在食管鳞状上皮稳态维持中的作用及其在Barrett食管发生过程中的表达丢失 | 首次利用人Barrett食管类器官生物库结合单细胞转录组学和条件性基因敲除小鼠模型,揭示SOX2通过调控分化与增殖平衡影响Barrett食管发生的分子机制 | 未明确SOX2表达丢失的上游调控因素,且仅基于动物模型和体外类器官研究,需进一步在临床样本中验证 | 探究SOX2转录因子在Barrett食管形成中的分子机制及其对食管腺癌发生的影响 | 人Barrett食管类器官、Krt5CreER/+ Sox2Δ/Δ ROSA26tdTomato/+小鼠的鳞状上皮组织 | 机器学习和数字病理学(涉及转录组学分析) | 食管腺癌、Barrett食管 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、CUT&RUN | 类器官模型、条件性基因敲除小鼠模型 | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 人Barrett食管类器官生物库(含多个病例样本)、小鼠组织样本(数量未具体说明) | Illumina | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq(推测,未明确) | NA |
| 1395 | 2026-06-26 |
CAF-derived GLUT1 and its role in modulating ovarian cancer progression: a multi-dimensional analysis of the tumor microenvironment
2025-Jul-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08380-6
PMID:40629043
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研究论文 | 揭示卵巢癌中CAF来源的GLUT1通过TGF-β1/p38/MMP2/MMP9通路促进肿瘤进展的机制 | 首次明确CAF中GLUT1通过TGF-β1/p38/MMP2/MMP9通路调控卵巢癌细胞增殖和迁移的代谢-信号串扰机制 | 未提及具体局限性 | 解析卵巢癌微环境中CAF的葡萄糖代谢重编程及其对肿瘤进展的影响 | 卵巢癌相关成纤维细胞(CAFs)及卵巢癌细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序、3D生物打印 | NA | 单细胞转录组数据、3D模型图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1396 | 2026-06-26 |
Disruption of Morrbid alleviates autoinflammatory osteomyelitis in Pstpip2-deficient mice
2025-07-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.052176
PMID:40503910
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研究论文 | 该研究揭示了Morrbid基因缺失可缓解Pstpip2缺陷小鼠的自体炎症性骨髓炎 | 首次发现Morrbid基因在慢性复发性多灶性骨髓炎(CRMO)中的致病作用,并通过单细胞转录组分析揭示了其调控骨髓细胞寿命的机制 | 研究基于小鼠模型,其结果向人类疾病的转化仍需验证 | 探讨Morrbid基因在自体炎症性骨髓炎中的致病作用及潜在治疗靶点 | Pstpip2缺陷小鼠及其与Morrbid双敲除小鼠 | 机器学习 | 自身炎症性骨病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠骨髓细胞样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1397 | 2026-06-26 |
Integrating Ambient Ionization Mass Spectrometry Imaging and Spatial Transcriptomics on the Same Cancer Tissues to Identify RNA-Metabolite Correlations
2025-06-10, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202502028
PMID:40216587
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研究论文 | 提出一种在相同组织切片上整合解吸电喷雾电离质谱成像(DESI-MSI)和空间转录组学(Visium)的方法,以识别RNA与代谢物之间的相关性 | 首次实现同一组织切片上空间代谢组学和空间转录组学的联合分析,避免了相邻切片间变异导致的数据整合问题 | 需要进一步验证该方法在更广泛组织类型和疾病中的适用性,以及分析通量可能有限 | 开发一种整合空间代谢组学和空间转录组学的新方法,识别癌症组织中RNA与代谢物的空间相关性 | 人类乳腺癌和肺癌组织 | 数字病理学 | 乳腺癌、肺癌 | DESI-质谱成像(DESI-MSI)、空间转录组学 | NA | 图像、转录组数据、代谢组数据 | 人类乳腺癌和肺癌组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学、空间代谢组学 | 10x Visium | DESI-MSI与10x Visium空间转录组学在同一组织切片上结合使用 |
| 1398 | 2026-06-26 |
A Temporal Single-Cell Multi-Omics Atlas of Murine Pancreatic Islet Remodeling During Hyperglycaemia Progression
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.29.656754
PMID:40568114
|
研究论文 | 利用单细胞多组学技术绘制小鼠胰岛在高血糖进展过程中的动态重塑图谱 | 首次通过纵向单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序结合,系统解析了肥胖诱导胰岛素抵抗过程中胰岛内分泌与非内分泌区室的分子变化,并整合人类数据集验证了保守的β细胞身份转变和免疫激活特征 | 未在摘要中明确提及局限性 | 探究肥胖诱导胰岛素抵抗过程中胰岛细胞重塑的分子动态变化及相关信号通路 | C57BL/6小鼠胰岛细胞(包括β细胞、α细胞、δ细胞、巨噬细胞等)及人类肥胖和2型糖尿病供体胰岛样本 | 单细胞组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据、单细胞染色质开放性数据 | 高脂饮食喂养8、16、24周的C57BL/6小鼠及同龄正常饮食对照组 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 和 10x Chromium Single Cell ATAC |
| 1399 | 2026-06-26 |
Avian photoreceptor homologies and the origin of double cones
2025-May-19, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2025.02.040
PMID:40250431
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析新生鸡视网膜,追踪鸟类感光细胞与其他脊椎动物的进化关系,揭示双锥体感光细胞的独特起源 | 首次提出鸟类双锥体感光细胞(DC-P和DC-A)分别起源于祖先红锥体和蓝锥体,并通过CRISPR敲除、转录因子表达和顺式调控分析提供了多重证据 | 仅使用鸡作为模型,未涵盖所有鸟类物种;CRISPR实验仅验证了THRB的作用,其他转录因子的功能尚未确认 | 阐明鸟类感光细胞与其他脊椎动物感光细胞的进化同源性,尤其聚焦双锥体感光细胞的起源 | 新生鸡的视网膜细胞,以及绿安乐蜥视网膜细胞用于跨物种比较 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),CRISPR基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | 新生鸡视网膜样本,未明确具体数量;绿安乐蜥视网膜样本用于比较 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于scRNA-seq文库构建 |
| 1400 | 2026-06-26 |
Microvascular aberrations found in human polycystic kidneys are an early feature in a Pkd1 mutant mouse model
2025-04-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.052024
PMID:40114603
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研究论文 | 利用单细胞转录组学、三维成像和多模态磁共振成像技术,发现人类和多囊蛋白1突变小鼠多囊肾中的微血管异常,并揭示其早期特征 | 首次在人类和多囊蛋白1突变小鼠模型中共同鉴定出分子水平上独特的血液微血管亚群,并发现微血管异常出现在肾小管扩张的胎儿期,表明血管异常是早期事件 | 未提及具体限制信息 | 探究常染色体显性多囊肾病中肾脏微血管异常的起始时间和性质 | 人类多囊肾组织和多囊蛋白1突变小鼠肾脏 | 数字病理学 | 多囊肾病 | 单细胞转录组学、三维成像、几何拓扑分析、多模态磁共振成像 | NA | 单细胞转录组数据、图像数据 | 人类晚期多囊肾样本和多囊蛋白1突变小鼠出生后及胎儿肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |