单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-04-10	Single-nucleus and spatial transcriptomics identify brain landscape of gene regulatory networks associated with behavioral maturation in honeybees 2025-Apr-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58614-8 PMID:40199930	research paper	通过单核RNA测序和空间转录组学分析蜜蜂行为成熟过程中脑细胞的基因表达模式	整合空间和细胞数据揭示了基因调控网络(GRN)在细胞类型和空间上的异质性，并发现stripe调节子在蜜蜂觅食行为中的特定激活	研究仅针对蜜蜂，结果是否适用于其他社会性动物尚不明确	探索脑活动与行为之间的联系	蜜蜂的脑细胞	基因组学	NA	单核RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
122	2025-04-10	α-Lipoic acid alleviate myocardial infarction by suppressing age-independent macrophage senescence 2025-Apr-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92328-7 PMID:40199978	研究论文	本文研究了α-硫辛酸（ALA）通过抑制与年龄无关的巨噬细胞衰老来缓解心肌梗死（MI）的机制	揭示了巨噬细胞在心肌梗死中表现出与年龄无关的衰老倾向，并发现ALA通过调节SIRT1和Nrf2通路缓解巨噬细胞衰老和心肌缺血损伤	未明确提及研究的局限性	探究巨噬细胞衰老相关分泌表型（SASP）在心肌梗死中的作用及ALA的治疗效果	巨噬细胞和心肌细胞	心血管疾病	心肌梗死	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qPCR、Western blot、免疫荧光	NA	基因表达数据、蛋白质数据	使用了GEO GSE163465数据集，具体样本数量未明确说明
123	2025-04-10	Genetic regulation of gene expression across multiple tissues in chickens 2025-Apr-08, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02155-9 PMID:40200121	research paper	该研究通过整合大量RNA测序数据和全基因组序列，构建了鸡28种组织的调控变异图谱，揭示了调控变异对基因表达和转录后修饰的影响	首次系统地描述了鸡基因组中的功能变异，并构建了跨组织的调控变异图谱，为理解鸡的复杂性状提供了新资源	研究仅基于特定品种的鸡，可能无法完全代表所有鸡种的遗传多样性	系统表征鸡基因组中的功能变异，并解析其对复杂性状的调控机制	鸡的28种组织	基因组学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全基因组测序	NA	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 全基因组序列	7,015个RNA-seq样本, 127,598个单细胞, 2,869个全基因组序列
124	2025-04-10	Novel insights into kidney disease: the scRNA-seq and spatial transcriptomics approaches: a literature review 2025-Apr-08, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-025-04103-5 PMID:40200175	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（ST）在肾脏疾病研究中的应用与发展	结合scRNA-seq和ST技术，以前所未有的分辨率解析肾脏疾病中的细胞异质性，识别新的细胞亚群及其在肾脏微环境中的动态相互作用	NA	探讨scRNA-seq和ST技术在肾脏疾病研究中的应用及其对肾脏发育、稳态和疾病进展的细胞和分子机制的阐明	肾脏疾病中的细胞异质性和空间组织	digital pathology	kidney disease	scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data, spatial transcriptomics data	NA
125	2025-04-10	Single-cell transcriptome sequencing reveals the mechanism of Realgar improvement on erythropoiesis in mice with myelodysplastic syndrome 2025-Apr-08, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03768-0 PMID:40200265	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了雄黄改善骨髓增生异常综合征小鼠红细胞生成的机制	首次在单细胞水平上研究了雄黄及其主要活性成分AsS对小鼠成红细胞的影响，揭示了其调控的差异表达基因和潜在信号通路	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究雄黄改善骨髓增生异常综合征贫血症状的作用机制	骨髓增生异常综合征小鼠模型和体外培养的小鼠成红细胞	单细胞转录组学	骨髓增生异常综合征	单细胞转录组测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
126	2025-04-10	Fast Encapsulation of Microbes into Dissolvable Hydrogel Beads Enables High-Throughput Microbial Single-Cell RNA Sequencing of Clinical Microbiome Samples 2025-Apr-08, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202500481 PMID:40200683	research paper	介绍了一种名为smGel-seq的高通量单微生物RNA测序方法，用于临床微生物组样本，通过水凝胶珠封装单个微生物以减少微生物损失和输入要求	使用新型微通道阵列设备封装单个微生物于可溶性水凝胶珠中，并结合优化的自动化微流控平台实现高通量条形码标记，显著提高了微生物回收率	NA	开发一种适用于临床微生物组样本的高通量单微生物RNA测序方法，以提高微生物回收率和降低输入要求	临床微生物组样本中的单个微生物	microbial genomics	NA	single-microbe RNA sequencing (mscRNA-seq), microfluidic platform	NA	RNA-seq data	临床微生物组样本，微生物输入量比之前方法低20倍
127	2025-04-10	Single-cell transcriptome integrated with genome-wide association study reveals heterogeneity of carotid and femoral plaques and its association with plaque stability 2025-Apr-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96434-4 PMID:40189611	研究论文	本研究通过单细胞转录组与全基因组关联研究整合，揭示了颈动脉和股动脉斑块的异质性及其与斑块稳定性的关联	首次整合单细胞转录组和全基因组关联研究分析颈动脉与股动脉斑块的异质性，并识别与斑块栓塞相关的关键基因和细胞类型	未明确说明样本量大小及具体临床特征，可能影响结果的普适性	探究颈动脉和股动脉斑块的基因/细胞表达差异及其与斑块栓塞的关系	颈动脉和股动脉斑块的细胞和基因	数字病理学	心血管疾病	sc-RNA-seq, 批量RNA测序	7种机器学习模型（未指定具体类型）	单细胞转录组数据, 批量RNA数据	NA
128	2025-04-10	A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate 2025-Apr-07, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102819 PMID:40192104	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了小鼠胚胎颅神经管闭合过程中六个连续阶段的基因表达图谱	首次系统分析了颅神经板闭合过程中空间调控的细胞命运和行为的转录变化，揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同调控程序	研究仅局限于小鼠模型，未涉及其他哺乳动物或人类样本	探究哺乳动物大脑形成过程中颅神经板区域化和形态发生的分子机制	小鼠胚胎颅神经板	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本
129	2025-04-10	Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome 2025-Apr-07, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03623-9 PMID:40195449	研究论文	本研究揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并提供了用于临床前研究的模型	首次揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并通过碱基编辑技术创建了人源化疾病模型	研究样本量较小（仅9名男性患者），且缺乏长期随访数据	探究VEXAS综合征中造血克隆优势的致病机制	VEXAS综合征患者和通过碱基编辑创建的人源化模型	血液病学	VEXAS综合征（一种成人发病的自身炎症性疾病）	单细胞转录组学、碱基编辑、竞争性移植	人源化疾病模型	单细胞转录组数据、免疫表型数据	9名男性VEXAS综合征患者
130	2025-04-10	Combining multi-omics analysis with machine learning to uncover novel molecular subtypes, prognostic markers, and insights into immunotherapy for melanoma 2025-Apr-07, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14012-3 PMID:40200221	research paper	通过多组学分析和机器学习技术，识别黑色素瘤的关键靶基因并提高其预后诊断准确性，开发新的治疗策略	结合多组学分析和机器学习，发现了三种具有不同预后特征的黑色素瘤亚型，并开发了一个基于标记基因的机器学习驱动签名（MLDS）以提高预后预测准确性	研究依赖于TCGA和GEO数据集，可能受到数据来源的限制，且实验验证仅在细胞系和小鼠模型中进行	提高黑色素瘤的预后诊断准确性并开发新的治疗策略	黑色素瘤（SKCM）患者	digital pathology	melanoma	multi-omics analysis, RNA-seq, methylation microarray, gene mutation analysis, single-cell sequencing	machine learning	transcriptomic data, methylation data, gene mutation data, clinical information	TCGA-SKCM和GEO队列数据
131	2025-04-10	A replication study of novel fetal hemoglobin-associated genetic variants in sickle cell disease-only cohorts 2025-Apr-06, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf015 PMID:39886999	research paper	本研究验证了镰状细胞病(SCD)患者中胎儿血红蛋白(HbF)水平与五个新基因位点的关联，并探索了这些位点在调控β-珠蛋白基因表达中的作用	首次在独立SCD队列中验证了GWAS发现的五个新HbF相关位点，并利用CRISPR抑制和单细胞转录组学揭示了非编码变异对β-珠蛋白基因表达的调控机制	未能发现对HbF水平有显著影响的罕见遗传变异，样本量虽大但仍可能限制对罕见变异的检测能力	验证新发现的HbF相关遗传变异在SCD患者中的关联性，并探索其分子机制	3740例SCD患者和1354例SCD患者的全外显子组数据	遗传学	镰状细胞病	GWAS、CRISPR抑制、单细胞转录组学、全外显子测序	NA	基因组数据、转录组数据	3740例SCD患者用于验证研究，1354例SCD患者用于全外显子分析
132	2025-04-10	Single-cell transcriptomics reveals liver developmental trajectory during lineage reprogramming of human induced hepatocyte-like cells 2025-Apr-06, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05677-x PMID:40188417	研究论文	利用单细胞转录组学揭示人类诱导肝细胞样细胞在谱系重编程过程中的肝脏发育轨迹	通过单细胞RNA测序技术揭示了两步重编程过程中肝细胞特异性基因调控网络的建立过程，并识别了关键的表面标记物和转录因子	研究可能受限于样本数量和重编程效率	研究肝细胞特异性基因调控网络的建立过程	人类诱导肝细胞（hiHeps）	单细胞转录组学	肝脏疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
133	2025-04-10	PRMT5 deficiency in myeloid cells reprograms macrophages to enhance antitumor immunity and synergizes with anti-PD-L1 therapy 2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011299 PMID:40187753	研究论文	本文研究了PRMT5在骨髓细胞中的缺失如何重编程巨噬细胞以增强抗肿瘤免疫，并与抗PD-L1疗法协同作用	揭示了PRMT5通过STAT6-PPARγ途径调控脂质代谢和巨噬细胞极化，促进免疫抑制性肿瘤微环境的新机制，并展示了PRMT5缺失与抗PD-L1疗法的协同治疗效果	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探究PRMT5在巨噬细胞生物学中的作用及其在癌症免疫治疗中的潜在应用	骨髓细胞、巨噬细胞和肿瘤微环境	癌症免疫治疗	癌症	单细胞转录组分析、批量转录组学	小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及多癌种单细胞数据分析和小鼠实验
134	2025-04-10	Conformation-sensitive targeting of CD18 depletes M2-like tumor-associated macrophages resulting in inhibition of solid tumor progression 2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011422 PMID:40187756	research paper	该研究揭示了新型肽药物偶联物TB511通过靶向M2样肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的激活CD18蛋白，抑制实体肿瘤进展的机制	首次鉴定出激活CD18作为M2-TAMs的特异性靶标蛋白，并阐明了TB511通过结合CD18半胱氨酸富集域诱导M2-TAMs凋亡的作用机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证TB511的安全性和有效性	开发靶向肿瘤微环境中M2样巨噬细胞的精准治疗策略	结直肠癌（CRC）、非小细胞肺癌（NSCLC）和胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型中的M2样肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫治疗	结直肠癌、非小细胞肺癌、胰腺癌	LC-MS/MS分析、表面等离子共振技术、肽-蛋白质相互作用3D建模、空间转录组学	小鼠肿瘤模型、人源化小鼠模型	蛋白质组学数据、转录组学数据、流式细胞术数据	多种实体瘤小鼠模型（具体数量未明确说明）
135	2025-04-10	Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway 2025-Apr, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06341-y PMID:39694915	research paper	通过单细胞RNA测序技术，研究发现内皮细胞衍生的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me通路促进小鼠胰腺β细胞增殖	首次揭示了内皮细胞衍生的HBEGF通过Kmt5a-H4K20me信号通路调控β细胞增殖的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中进行验证	探索调控β细胞生理性增殖的细胞内和细胞外信号通路	小鼠胰腺β细胞	digital pathology	diabetes	scRNA-seq, RNA-seq	NA	RNA sequencing data	43,724个内分泌和非内分泌细胞（其中15,569个β细胞）
136	2025-04-10	Origin and stepwise evolution of vertebrate lungs 2025-Apr, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-025-02642-6 PMID:39953253	research paper	该研究通过分析脊椎动物成年和发育中肺部的单细胞RNA测序数据，揭示了肺部细胞组成、发育轨迹和基因表达模式的显著相似性，并探讨了肺部进化的遗传基础	研究发现软骨鱼类虽无肺部，但存在大量与肺部相关的基因、共表达模式和增强子，表明颌类脊椎动物共同祖先已具备肺部发育的遗传基础，并识别出哺乳动物特有的肺泡1型细胞和基因	研究未涉及肺部功能在进化过程中的具体适应性变化及其生态意义	研究脊椎动物肺部的起源和逐步进化过程	脊椎动物的成年和发育中肺部	进化生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	跨脊椎动物物种的成年和发育中肺部样本
137	2025-04-10	H1-0 is a specific mediator of the repressive ETV6::RUNX1 transcriptional landscape in preleukemia and B cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Apr, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.70116 PMID:40177616	研究论文	本研究揭示了连接组蛋白H1-0在ETV6::RUNX1融合基因诱导的儿童B细胞前体急性淋巴细胞白血病（BCP-ALL）前白血病状态中的关键作用	首次发现H1-0是ETV6::RUNX1转录景观的特异性调节因子，并证明HDAC抑制剂Quisinostat与化疗药物联合治疗的潜在协同效应	研究主要基于hiPSC模型和体外实验，需要进一步体内验证	阐明ETV6::RUNX1+前白血病细胞静默状态的分子机制	ETV6::RUNX1融合基因阳性的BCP-ALL患者样本和hiPSC模型	血液肿瘤学	B细胞急性淋巴细胞白血病	CRISPR/Cas9基因编辑、全转录组分析、双荧光素酶报告基因检测、单细胞测序	hiPSC模型	基因表达数据、转录组数据	1,727例白血病患者样本
138	2025-04-10	Single-Cell Profiling and Proteomics-Based Insights Into mTORC1-Mediated Angio+TAMs Polarization in Recurrent IDH-Mutant Gliomas 2025-Apr, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70371 PMID:40202138	研究论文	本研究通过蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学和多维转录组学方法，探讨了mTORC1通路和肿瘤相关巨噬细胞在IDH突变型胶质瘤复发和进展中的作用机制	首次结合单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了mTORC1介导的Angio+TAMs极化在IDH突变型胶质瘤复发中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本数据，需要更大规模的临床验证	阐明IDH突变型胶质瘤复发和进展的分子机制	IDH突变型胶质瘤及其微环境	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、空间转录组学	小鼠模型	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	匹配的IDH突变型胶质瘤复发和进展队列（具体数量未明确说明）
139	2025-04-10	Bioinformatics Combined With Biological Experiments to Identify the Pathogenetic Link of Type 2 Diabetes for Breast Cancer 2025-Apr, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70759 PMID:40202151	research paper	通过生物信息学方法和生物学实验识别2型糖尿病与乳腺癌之间的致病关联	结合WGCNA、DEG分析、机器学习和单细胞测序分析，首次鉴定出CCNB2、XRCC2和CENPI作为T2DM与BC之间的关键致病分子	研究样本量有限，且未进行大规模临床验证	阐明T2DM与BC的共病机制以改善BC的诊断和治疗策略	2型糖尿病(T2DM)和乳腺癌(BC)患者	bioinformatics	breast cancer	WGCNA, DEG分析, 机器学习, 单细胞测序, CCK-8, 集落形成, 伤口愈合, Transwell实验, 免疫组化, 免疫荧光	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	T2DM数据集(GSE25724和GSE20966)和TCGA BC队列
140	2025-04-10	Spatial Transcriptomics Identifies Immune-Stromal Niches Associated with Cancer in Adult Dermatomyositis 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644147 PMID:40166232	研究论文	通过空间转录组学和单细胞转录组学分析，揭示了成人皮肌炎中与癌症相关的独特免疫和基质微环境	首次全面绘制了成人皮肌炎中免疫和基质细胞的空间分布图，并发现了与癌症相关的特定免疫浸润模式	研究样本可能有限，未涉及所有皮肌炎亚型	探索成人皮肌炎中免疫和基质微环境与癌症的关联	成人皮肌炎患者的皮肤组织	数字病理学	皮肌炎	空间转录组学, 单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量