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当前共找到 10570 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 121 | 2026-09-20 |
Single-cell RNA sequencing reveals immune cell alterations in patients with allergic rhinitis treated with Peiyuan Tong-qiao decoction
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102325
PMID:41323806
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析培元通窍汤治疗过敏性鼻炎患者前后外周血单核细胞的免疫细胞变化 | 首次利用单细胞RNA测序揭示培元通窍汤治疗过敏性鼻炎的免疫细胞改变机制，发现CD14单核细胞与中央记忆CD4 T细胞和过渡性B细胞之间的通讯强度变化，以及转录因子VDR和RUNX3调节Th1/Th2平衡 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探索中药培元通窍汤治疗过敏性鼻炎的有效机制 | 过敏性鼻炎患者的外周血单核细胞 | 机器学习 | 过敏性鼻炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 未明确说明样本数量，涉及过敏性鼻炎患者治疗前后的外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 122 | 2026-09-20 |
A scheduler for rhythmic gene expression
2025-Dec, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00155-9
PMID:41073798
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研究论文 | 该研究利用秀丽隐杆线虫蜕皮时钟作为模型，通过单细胞RNA测序和时间分辨ATAC测序，揭示了振荡器如何调度数千个基因的有序表达，并开发了一个基于转录因子结合的线性模型来预测染色质动态 | 开发了一个基于超过200个转录因子结合的线性模型，能够预测染色质动态，并识别出9个关键调控因子，这些因子通过加性效应决定每个调控元件的峰值相位和振幅，还能通过破坏性干涉产生组成型非节律活性 | 研究主要基于秀丽隐杆线虫模型，其结论在其它生物系统中的普适性尚需进一步验证，且模型预测的准确性可能受限于已知转录因子结合数据的完整性 | 探究振荡器如何调度数千个基因的有序表达，并理解组合性、非协同的转录因子结合如何安排复杂的基因表达模式 | 秀丽隐杆线虫的蜕皮时钟 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC测序 | 线性模型 | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 123 | 2026-09-20 |
Integration of single-cell and RNA-seq analysis reveals sepsis heterogeneity and prognostic significance of FCGR3A+ Macrophage subtypes
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102352
PMID:41332909
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研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，分析脓毒症免疫微环境异质性并构建预后模型 | 首次整合53个样本的单细胞RNA测序数据和479例脓毒症患者的批量转录组数据，鉴定出促炎性FCGR3A+巨噬细胞亚群在脓毒症预后中的关键作用，并构建了基于13个关键基因的预后模型 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 分析脓毒症免疫微环境异质性并开发预后特征 | 脓毒症患者样本 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | scVI, BayesPrism, StepCox + Ridge | 基因表达数据 | 53个单细胞RNA测序样本和479例脓毒症患者的批量转录组数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 124 | 2026-09-20 |
Elucidating cardiac fibroblasts heterogeneity and activation during experimental autoimmune myocarditis using spatial transcriptomics
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102344
PMID:41341993
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研究论文 | 该研究利用空间转录组学技术，探究实验性自身免疫性心肌炎（EAM）急性炎症期心脏成纤维细胞的转录模式变化及其异质性 | 首次在EAM模型中利用空间转录组学揭示心脏成纤维细胞的异质性，鉴定出六个不同的成纤维细胞亚群，并发现急性炎症期免疫细胞与成纤维细胞的时空共定位现象 | 研究仅基于EAM动物模型，结果向人类扩张型心肌病的转化仍需进一步验证；样本量相对有限 | 利用空间转录组学探究EAM急性炎症期心脏成纤维细胞转录模式的变化及其与免疫细胞的相互作用 | EAM小鼠模型中的心脏成纤维细胞及浸润免疫细胞 | 空间转录组学 | 心肌炎、扩张型心肌病、心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 1545个富含心脏成纤维细胞的空间斑点，其中657个斑点的成纤维细胞为优势细胞群 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 125 | 2026-09-20 |
Multi-omics integration reveals hypoxia-driven mechanisms in vascular dementia: a machine learning and single-cell sequencing approach
2025-Dec, Annals of medicine and surgery (2012)
DOI:10.1097/MS9.0000000000004296
PMID:41377395
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研究论文 | 该研究通过多组学整合、机器学习和单细胞测序，识别并分析了血管性痴呆中与缺氧相关的核心基因DUSP1、MAFF和TGFBI及其在代谢、免疫和细胞分化中的作用 | 结合WGCNA、机器学习和单细胞测序多组学方法，首次系统鉴定血管性痴呆中缺氧相关核心基因，并揭示其在代谢调控、细胞死亡通路、免疫微环境调节和神经分化中的关键作用 | 摘要中未明确说明研究局限性 | 识别和分析血管性痴呆中与缺氧相关的核心基因，探索其在代谢、免疫反应和细胞分化中的作用，提供潜在的生物标志物和治疗靶点 | 血管性痴呆患者数据集及慢性脑低灌注动物模型 | 机器学习 | 血管性痴呆 | 高通量测序，单细胞测序 | 机器学习 | 基因表达数据，图像 | NA | NA | bulk RNA-seq，single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 126 | 2026-09-20 |
Systematic analysis of the expression profiles and prognostic values of the FAM72 family in liver cancer
2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102358
PMID:41378103
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研究论文 | 该研究通过生物信息学分析系统评估了FAM72家族成员（FAM72A-D）在肝癌中的表达特征及其预后价值 | 首次系统分析FAM72家族在肝癌中的表达谱和预后意义，并构建了基于FAM72基因的预后预测模型，揭示了其与免疫浸润的关联 | 研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证；未在独立队列中进行前瞻性验证 | 评估FAM72A-D在肝癌中的表达水平、临床相关性及预后价值，并构建预后预测模型 | 肝癌患者组织样本及公共数据库中的肝癌表达谱数据 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析 | NA | 基因表达数据，文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 127 | 2026-09-20 |
Optimized protocol for processing murine tumor-bearing lung tissue for flow cytometry and single cell RNA-sequencing
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690629
PMID:41394615
|
研究方法学论文 | 该文章提出了一种从携带肿瘤的小鼠肺组织中分离高质量单细胞悬液的详细实验方案，用于流式细胞术和单细胞RNA测序 | 该方案针对纤维化和异质性肿瘤肺组织，通过组织灌注、控制性酶消化、温和机械解离、红细胞裂解、过滤和活力评估等步骤，实现了>85%的细胞活力，并能有效分离tdTomato肿瘤细胞用于scRNA-seq | 该方案仅在Kras; tdTomato报告小鼠模型中验证，未在其他肿瘤模型或人类组织中测试，可能不适用于所有类型的肺肿瘤 | 开发一种优化的实验方案，从健康和携带肿瘤的小鼠肺组织中分离高质量单细胞悬液，用于流式细胞术和单细胞RNA测序 | Kras; tdTomato报告小鼠模型中的健康和携带肿瘤的肺组织 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | 未明确提及样本数量，涉及健康和携带肿瘤的小鼠肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 128 | 2026-09-20 |
Single-cell transcriptome analyses reveal disturbed decidual microenvironment in women of advanced maternal age
2025-12, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70541
PMID:41407538
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研究论文 | 通过整合组织学、类器官建模和高分辨率单细胞RNA测序，揭示了高龄产妇蜕膜微环境的病理重塑，包括TGF-β信号过度激活和PRR15缺失导致的纤维化和蜕膜化失败 | 首次提供高龄产妇人类蜕膜的单细胞图谱，发现新的PRR15-TGF-β轴，其中PRR15缺失驱动基质纤维化和蜕膜化失败，并揭示AMA相关的子宫纤维化始于妊娠早期 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 表征高龄产妇的蜕膜微环境，识别关键病理变化和调控通路 | 高龄产妇和对照生育年龄女性的早孕期蜕膜组织 | 数字病理学 | 生殖疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像和文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 129 | 2026-09-20 |
PD-1 regulates CD4+ T cell-mediated CD8+ T cell responses in the brain to balance viral control and neuroinflammation
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690770
PMID:41409145
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研究论文 | 本文研究了PD-1如何调控CD4+ T细胞介导的CD8+ T细胞反应，以平衡多瘤病毒中枢神经系统感染中的病毒控制与神经炎症 | 首次揭示了PD-1在CD4 T细胞中而非CD8 T细胞中的缺失足以重现全局PD-1缺失的效果，表明CD4 T细胞内在的PD-1信号在平衡抗病毒防御与神经损伤中起关键作用 | 研究基于小鼠多瘤病毒脑炎模型，其结果是否适用于人类JC多瘤病毒引起的进行性多灶性白质脑病仍需进一步验证 | 探究PD-1在多瘤病毒中枢神经系统感染中如何调节CD4和CD8 T细胞反应，以平衡病毒控制与神经炎症 | 小鼠多瘤病毒脑炎模型中的脑浸润CD4和CD8 T细胞 | 免疫学 | 进行性多灶性白质脑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 130 | 2026-09-20 |
A computational framework to dissect imputation strategies for single-cell histone modification data
2025-12, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf192
PMID:41472883
|
研究论文 | 本文提出了首个系统性评估单细胞组蛋白修饰数据插补策略的计算框架，并使用合成和公开数据集进行基准测试 | 首个针对单细胞组蛋白修饰数据的插补策略综合评估框架，引入了新的性能指标并实现为模块化R包 | 未提出新的插补算法，仅评估现有方法；缺乏任务自适应的通用解决方案 | 系统评估单细胞组蛋白修饰数据的插补策略，指导下一代任务感知算法的发展 | 单细胞组蛋白修饰数据 | 机器学习 | NA | 单细胞组蛋白修饰测序 | NA | 单细胞表观遗传数据 | 合成数据集和公开数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 131 | 2026-09-20 |
Phylogenomic Analysis of Deep-Branching Telonemid
2025-11-28, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaf202
PMID:41157959
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序和系统发育基因组学分析，研究了一种深海分支的Telonemia新物种（TEL2亚群）对真核生物超群之间进化关系的影响 | 首次从太平洋深海分离并测序了TEL2亚群的Telonemia单细胞，增加了Telonemia的稀疏采样，并评估了其对Telonemia与Hemimastigophora、Provora、Haptista及SAR超群关系的冲击 | 贝叶斯分析未能收敛到稳定拓扑结构；不同采样、基因、修剪和位点去除方案下，部分类群的位置仍不稳定 | 探究新发现的TEL2亚群Telonemia对Telonemia与Stramenopila-Alveolata-Rhizaria超群及其他采样稀疏或历史不稳定超群（Hemimastigophora、Provora、Haptista）之间系统发育关系的影响 | 从太平洋远洋分离的一株Telonemia单细胞（属于TEL2亚群） | 系统发育基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | 最大似然法、贝叶斯分析 | 转录组序列数据 | 1个单细胞 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 132 | 2026-09-20 |
Molecular signatures and lineage diversification of neurogenic and gliogenic radial glia in the gyrencephalic ferret cortex
2025-Nov-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8062841/v1
PMID:41356342
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研究论文 | 本研究利用脑回化雪貂模型，通过单细胞RNA测序、BrdU标记和免疫组化等手段，系统解析了皮层放射状胶质细胞的分子特征和谱系动态，揭示了ERK、PKA、YAP/TAZ和SHH信号通路在神经发生、胶质发生及皮层进化扩张中的协同调控机制。 | 首次在脑回化雪貂模型中系统比较了雪貂与人类皮层放射状胶质细胞的分子特征，揭示了oRG中ERK和PKA信号的增强及其相互促进自我更新和神经发生的机制；发现了皮层胶质化RG的区域特化现象，即YAP/TAZ驱动内侧皮层tRG向室管膜胶质命运分化，而SHH信号指导外侧皮层tRG产生三潜能中间祖细胞。 | 摘要中未明确提及研究的具体局限性 | 系统表征脑回化雪貂皮层放射状胶质细胞的分子谱和谱系动态，揭示哺乳动物皮层神经发生、胶质发生和进化扩张的调控机制 | 雪貂和人类大脑皮层中的放射状胶质细胞（RGs），包括外层放射状胶质细胞（oRGs）、截短型放射状胶质细胞（tRGs）及中间祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, BrdU标记, 免疫组化 | NA | 图像, 文本 | 雪貂和人类皮层组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2026-09-20 |
LARIS enables accurate and efficient ligand and receptor interaction analysis in spatial transcriptomics
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690796
PMID:41394607
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研究论文 | 本文提出了LARIS方法，用于在空间转录组数据中准确高效地识别细胞类型特异性和空间限制性的配体-受体相互作用 | LARIS能够兼容所有空间转录组技术，在单细胞或微珠分辨率下识别配体-受体相互作用，量化特异性、推断发送者-接收者方向性，并检测差异相互作用如何在时间和空间上变化 | 未明确提及 | 开发一种准确且可扩展的方法，将空间信息稳健且计算高效地整合到细胞间通讯推断中 | 人类扁桃体和小鼠发育中大脑皮层的空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 134 | 2026-09-20 |
A novel zinc finger protein gene signature for prognostic prediction, tumor microenvironment characterization, and therapeutic response in uterine corpus endometrial carcinoma
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-28415-6
PMID:41309884
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研究论文 | 本研究基于TCGA和GEO数据库中子宫内膜癌的转录组与临床数据，利用差异表达的锌指蛋白基因对患者进行无监督聚类分型，并通过COX回归和LASSO回归构建了由8个预后ZNF基因组成的风险评分模型，评估其在预后预测、肿瘤微环境、免疫治疗反应等方面的价值 | 首次系统性地利用锌指蛋白基因构建UCEC预后风险评分模型，并结合转录组、单细胞测序、免疫组化和DIA定量蛋白质组学多维度验证ZNF基因在UCEC中的表达模式和临床意义 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床试验验证；风险评分模型的预测效能仍需在更大规模的多中心独立队列中进一步验证 | 系统研究锌指蛋白家族基因在子宫体子宫内膜癌中的表达模式及其在预后预测、肿瘤微环境特征刻画和治疗反应评估中的作用 | 子宫体子宫内膜癌（UCEC）患者及其转录组数据和临床信息 | 机器学习 | 子宫内膜癌 | 转录组测序、单细胞RNA测序、免疫组化、数据非依赖性采集定量蛋白质组学分析 | LASSO回归、单因素COX回归、多因素COX回归、无监督聚类 | 转录组数据、临床数据、单细胞RNA测序数据、图像（免疫组化）、蛋白质组数据 | 来自TCGA和GEO数据库的子宫内膜癌转录组和临床数据样本，具体数量未在摘要中说明；另使用了单细胞RNA测序数据、HPA数据库数据及DIA蛋白质组学样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 135 | 2026-09-20 |
Lactylation-related gene signatures define immune heterogeneity and provide diagnostic biomarkers for periodontitis
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-30213-z
PMID:41310117
|
研究论文 | 该研究通过整合批量转录组和单细胞RNA测序数据，系统分析了牙周炎中乳酸化相关基因的表达特征、免疫浸润模式及诊断价值 | 首次系统性地将乳酸化相关基因与牙周炎的免疫异质性和诊断生物标志物联系起来，并通过多水平整合分析（批量转录组、单细胞测序、机器学习、免疫组化）揭示了代谢-表观遗传-免疫轴在牙周炎中的作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，样本量有限，缺乏前瞻性队列验证和功能实验验证乳酸化修饰的直接调控机制 | 探索乳酸化相关基因在牙周炎免疫失调中的作用，筛选诊断生物标志物并揭示免疫异质性 | 牙周炎患者的牙龈组织和外周血单核细胞，以及健康对照 | 数字病理学 | 牙周炎 | 微阵列、单细胞RNA测序、免疫组化 | LASSO回归、随机森林、极端梯度提升 | 基因表达数据、图像 | 来自GSE10334和GSE16134数据集的批量转录组样本，以及牙周炎患者和健康对照的外周血单核细胞单细胞RNA测序数据，具体样本数量未在摘要中明确 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 136 | 2026-09-20 |
Airway Delivery of Encapsulated Cytokine-Secreting Cells for Local Immunomodulation in Inflammatory Lung Diseases
2025-Nov-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8051602/v1
PMID:41356371
|
研究论文 | 该论文开发了一种模块化细胞微胶囊平台，可通过气道递送分泌免疫调节蛋白的细胞，用于炎性肺病的局部免疫调节治疗 | 开发了一种可通过气道给药的模块化细胞微胶囊平台，实现免疫调节蛋白的局部、持久和可调递送，避免全身给药的脱靶效应，并在ARDS和肺纤维化模型中验证疗效，同时通过单细胞RNA测序揭示IL-10分泌胶囊重编程肺部免疫景观的机制 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 开发一种可通过气道递送的细胞微胶囊平台，实现免疫调节蛋白的局部递送，用于治疗炎性肺病如ARDS和肺纤维化 | 脂多糖诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）啮齿动物模型、博来霉素诱导的肺纤维化模型以及大型动物模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 137 | 2026-09-20 |
Spatial Transcriptomics Reveals CXCL12 + Fibroblasts as Central Immune Organizers through CXCR4 Signaling in Abdominal Aortic Aneurysm
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690328
PMID:41357983
|
研究论文 | 该研究利用Xenium空间转录组学技术，构建了人类腹主动脉瘤（AAA）的高分辨率空间转录组图谱，揭示了CXCL12+成纤维细胞通过CXCR4信号作为中枢免疫组织者，驱动免疫-基质相互作用。 | 首次在人类腹主动脉瘤组织中应用Xenium空间转录组学，构建了包含581,664个细胞的高分辨率空间图谱，并发现CXCL12+成纤维细胞通过CXCR4信号与T细胞和B细胞相互作用，作为适应性免疫聚集的基质枢纽。 | 研究为观察性横断面设计，样本量有限（11例AAA患者和12例对照），无法确定因果关系；仅分析了FFPE组织，可能受限于RNA质量；未进行功能验证实验。 | 阐明人类腹主动脉瘤中免疫-基质相互作用的分子机制和空间组织，以寻找有效的药物治疗靶点。 | 腹主动脉瘤患者和对照者的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）主动脉组织。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 图像 | 11例AAA患者和12例对照者的FFPE组织，共分析581,664个细胞。 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | Xenium空间转录组学平台，用于FFPE组织分析 |
| 138 | 2026-09-20 |
Amaranth: Enhanced Single-Cell Transcript Assembly via Discriminative Modeling of UMI Reads and Internal Reads
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690228
PMID:41357981
|
研究论文 | 本文提出了一种名为Amaranth的新型单细胞转录组组装器，通过对UMI reads和internal reads进行判别性建模，显著提高了单细胞全长转录本的组装准确性 | 首次发现UMI reads和internal reads在链方向性、5'/3'覆盖偏好和局部性分布上具有显著不同的生物学和统计学特性，并基于这一发现开发了专门针对两类reads不同偏差的启发式算法，实现了internal reads链方向的准确分配、剪接图的可靠精炼以及转录起始和终止位点的精确确定 | 仅在Smart-seq3数据集上进行了基准测试，未在其他单细胞全长测序平台（如Smart-seq2或其他新兴协议）上验证；未提及对低表达基因或稀有异构体的组装效果 | 解决单细胞RNA测序中全长转录本精确重建的核心挑战，实现单细胞水平的异构体级别表达分析 | 人类和小鼠的Smart-seq3单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、Smart-seq3 | 判别性建模、启发式算法 | 测序reads | NA | Illumina | 单细胞RNA测序 | Smart-seq3 | Smart-seq3协议产生的UMI-linked reads和internal reads |
| 139 | 2026-09-20 |
MIMYR: Generative modeling of missing tissue in spatial transcriptomics
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690239
PMID:41394599
|
研究论文 | 本文提出了MIMYR，一个用于重建空间转录组学中未测量组织区域的生成框架，通过引导扩散预测细胞位置、监督分类分配细胞类型以及基于空间和细胞上下文的Transformer生成基因表达谱 | MIMYR是首个专门针对空间转录组学缺失组织重建的生成框架，创新性地结合了引导扩散、监督分类和Transformer三种技术，能够从有限训练数据中高保真地插补未测量区域，并泛化到不同实验条件（如基因面板和切片方向变化），还能在阿尔茨海默病数据上微调后捕获疾病相关转录变化 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 解决空间转录组学中因组织切片损伤或中间切片分配其他检测而导致的数据缺失问题，实现未测量组织区域的高保真空间插补 | 空间转录组学数据中的未测量组织区域，包括小鼠大脑数据和阿尔茨海默病数据 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 扩散模型, Transformer | 图像, 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 140 | 2026-09-20 |
TissueNarrator: Generative Modeling of Spatial Transcriptomics with Large Language Models
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690325
PMID:41394628
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研究论文 | 该文章提出了TissueNarrator框架，将空间转录组学分析重新定义为语言建模问题，利用预训练大语言模型生成空间条件基因表达模式，并预测细胞间相互作用 | 首次将空间组学分析重新表述为语言建模问题，将组织切片表示为空间句子（基于排序的基因列表加上空间坐标和元数据），利用预训练大语言模型学习空间条件基因表达模式，并引入对话式推理模式实现自然语言查询组织组织架构 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 解决现有计算方法主要关注基于嵌入的任务、生成能力有限且未整合生物学知识的问题，实现对组织系统的建模、模拟和推理 | 空间转录组学数据，包括MERFISH、Perturb-FISH和CosMx SMI等多种空间转录组技术产生的组织切片数据 | 空间转录组学, 计算生物学, 自然语言处理 | NA | 空间转录组学, MERFISH, Perturb-FISH, CosMx SMI | 大语言模型 (LLM) | 基因表达数据, 空间坐标数据, 文本 | NA | NanoString (CosMx SMI), Vizgen (MERFISH) | 空间转录组学 | CosMx SMI, MERFISH | MERFISH, Perturb-FISH, CosMx SMI 空间转录组技术 |